朝鲜蓟细菌性根茎腐烂病病原的分离与鉴定

 在湖南省常德市西洞庭管区种植的朝鲜蓟（Cynara scolumus  L.）上发现了一种新的病害,其症状表现为地上部分从外层叶片开始逐步枯萎,随后根部和主茎杆的髓部腐烂变褐,最后整株枯萎。从田间感病朝鲜蓟茎杆的病健交界处用NA培养基分离,获得10个菌株,分别指定为HNXDT001~010,并进行了致病性测定、形态观察和细菌学特征分析,同时对HNXDT002菌株进行分子生物学鉴定。结果表明,该系列菌株在NA培养基上均形成灰白色圆形菌落,稍突起,有光泽,半透明。在显微镜下菌体呈短杆状,两端钝圆,具有2～8根周生鞭毛,革兰氏阴性。10个菌株通过针刺法接种均可导致朝鲜蓟茎杆、胡萝卜、辣椒、白菜、土豆、番茄和莴苣茎杆软腐,经科赫法则验证为致病病原菌。该菌株的16S rDNA序列和果胶酶基因片段测序(分别用16S rDNA通用引物16SF/16SR和果胶酶基因引物Y1/Y2扩增)与系统发育学分析表明,其16S rDNA序列(GenBank Accession No. JF721958)与胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种（Pectobacterium carotovorum  subsp.  carotovorum）菌株ATCC15713 (GenBank Accession No. U80197)序列同源性高达99％;果胶酶基因序列(GenBank Accession No. JF721960)与胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种（Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum）PC1菌株(GenBank Accession No. CP001657)序列同源性为93%。结果表明：朝鲜蓟细菌性根茎腐烂病病原为胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种。     

芹菜细菌性软腐病病原的分离与鉴定

 由植物病原细菌引起的芹菜软腐病在北京地区普遍发生,其中以顺义及通州区县较为严重。自发病芹菜茎段中分离细菌,通过接种芹菜进行致病性测定,确定了54个致病菌株。虽然菌株间致病力有一定的差异,但大多数菌株对芹菜致病力强。通过培养性状和菌体形态观察、生理生化反应和Biolog测定,结合胡萝卜软腐果胶杆菌Pectobacterium carotovorum 6个管家基因(pgi、rpoS、mdh、proA、mtlD、icdA)的基因扩增、序列测定和多基因联合系统发育分析,将病原菌鉴定为胡萝卜软腐果胶杆菌P. carotovorum的3个亚种。其中45个菌株为P. carotovorum subsp. odoriferum,频数为83.33%;6个菌株为P. carotovorum subsp. carotovorum,频数为11.11%;3个菌株为P. carotovorum subsp. brasiliensis,频数为5.56%。上述结果显示,北京地区芹菜细菌性软腐病的病原菌为胡萝卜软腐果胶杆菌P. carotovorum的3个亚种,其中以P. carotovorum subsp. odoriferum为优势种。     

芦蒿细菌性软腐病的病原鉴定

芦蒿是一种因其具有独特气味而广受市民欢迎的野菜,尤其在南京被广泛种植与消费。南京的八卦洲地区每年因芦蒿可获得数亿的产值。自2012年,该地区芦蒿在8~9月份相继出现一种新病害。病害发生初期,扦插在土壤下部的植株茎秆外皮变褐色,伴有臭味,随着病害发生严重,植株表现枯萎直至全株死亡。在八卦洲每年该病害的发生率在10%~20%左右,部分田块绝产。本研究采集发病植株,进行组织分离,通过科赫氏法则验证,共获得了30余株具有致病性的分离物。随机挑选了12株细菌,通过生理生化反应、Biolog测定以及多位点序列分析,将该病原菌鉴定为胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种(Pectobacterium carotovorum subsp.carotovorum)。本研究为芦蒿细菌性软腐病的首次报道。     

福建省马铃薯黑胫病病原菌的鉴定及其遗传多样性分析

为明确福建省马铃薯黑胫病病原菌的种类、分布情况及群体遗传特性,通过16S rDNA序列分析法对分离自福建省各马铃薯产区的90株黑胫病病原菌进行鉴定,并利用细菌基因组重复序列 PCR（repetitive sequence-PCR,Rep-PCR）方法分析福建省不同地区的马铃薯黑胫病病原菌群体的遗传变异情况。结果表明,经16S rDNA序列分析鉴定,引起福建省马铃薯黑胫病的病原菌包括黑腐果胶杆菌Pectobacterium atrosepticum、胡萝卜果胶杆菌巴西亚种P.carotovorum subsp.brasiliense、胡萝卜果胶杆菌胡萝卜亚种P.carotovorum subsp.carotovorum、帕曼蒂氏果胶杆菌P.parmentieri、P.polaris和达旦提狄基氏菌Dickeya dadantii。对90株菌株的Rep-PCR检测得到47多态性条带条,多态性比率为100.00%。按采集地区将菌株划分为8个群体,其等位基因数平均为1.48,有效等位基数平均为1.30,Nei''s基因多样性指数平均为0.17,Shannon信息指数平均为0.26,多态性位点数平均为22.75,多态性位点百分率平均为48.40%。供试90株菌株之间的相似系数为0.584~1.000,遗传距离为0.149~0.602,群体遗传距离和地理距离之间无显著相关性。聚类分析结果表明当相似系数为0.605时,可将90株菌株分为4个类群,其中93.33%的菌株分布在Ⅰ和Ⅱ类群中,当相似系数为0.646时,第Ⅰ类群可分为2个亚群,第Ⅱ类群可分为3个亚群。表明福建省马铃薯黑胫病病原菌群体存在丰富的遗传多样性,Rep-PCR技术可用于其遗传多样性分析。     

大白菜软腐病新病原菌Pectobacterium aroidearum的鉴定及其生物学特性

细菌性软腐病是大白菜生产上主要发生病害之一,其病原菌通常为胡萝卜软腐果胶杆菌Pectobacterium carotovorum subsp.carotovorum(Pcc)。从北京房山区大白菜软腐病样中分离获得一株菌株KC20,其在LB固体培养基上的菌落呈圆形、乳白色、半透明、表面光滑且边缘整齐,在半选择性培养基CVP上产生典型的杯状凹陷。致病性测定结果表明,该菌株侵染引发的大白菜软腐症状与田间大白菜软腐自然发病症状相同。利用果胶杆菌属特异引物Y1/Y2可扩增出预期大小为434 bp的目的片段;ITS-PCR和ITS-PCR-RFLP结果发现,KC20与P.carotovorum菌株带型均不相同。KC20的16S rDNA基因完整序列与已报道的标准菌株P.aroidearum SCRI 109T(JN600323)的相应序列相似性高达99%以上;该序列系统发育关系分析表明,KC20与已报道的P.aroidearum菌株聚集,并形成了明显的P.aroidearum类群,基于pmrA基因序列和基于果胶杆菌8个看家基因(acnA、icd、gapA、mdh、mtlD、pgi、proA和rpoS)的MLSA-多位点序列分析进一步支持了这一结果。以上结果表明,引发北京地区大白菜软腐病的病原菌株KC20为果胶杆菌P.aroidearum。人工接种条件下,KC20还可侵染马蹄莲、虎眼万年青、马铃薯、鳄梨、西葫芦、胡萝卜、生菜和芹菜等植物;该菌株具备在37℃以及含有7%NaCl培养基中生长的能力,能液化明胶;可利用棉籽糖、纤维素二糖、蜜二糖,不能利用异麦芽酮糖、D-麦芽糖、D-阿拉伯糖、D-山梨醇、菊糖等。大白菜软腐病新病原菌Pectobacterium aroidearum的发现加深了我们对该病害的了解,为该病害的有效防治提供了参考。     

胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种(Pectobacterium carotovorum subsp.brasiliense)引起的黄瓜细菌性软腐病在中国发生

2014—2015年,在中国山东、山西、河北、河南、辽宁等省的黄瓜茎叶上发生了毁灭性的细菌性软腐病,造成了黄瓜产业严重的经济损失。黄瓜叶片、茎、叶柄和果实表面出现流胶;茎基部呈深褐色进而出现湿腐。受侵染的黄瓜叶边缘出现黄斑和湿腐症状,并逐渐扩散至叶片中心。从受侵染组织中分离出45个细菌菌株,在形态学特性鉴定、生理学、生物化学和16Sr RNA基因序列分析的基础上,将病原体鉴定为胡萝卜软腐果胶杆菌(Pectobacterium carotovorum)。多位点序列分析(MLSA)证实,分离菌株是胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种[Pectobacterium carotovorum subsp.brasiliensis(Pcb)],病原菌归入进化枝II。重新分离获得与原始菌株相同的菌株,证实了分离菌株的致病力。寄主范围测试表明,该菌株具有广泛的寄主范围。目前为止,这是对Pcb引起的黄瓜软腐病——这一对黄瓜生产具有重要经济影响的病害在中国乃至全球范围内的首次报道。     

魔芋软腐病病原菌TaqMan荧光探针PCR技术的建立及应用

为实现对田间土壤软腐病病原菌的定量检测,基于魔芋软腐病优势病原菌胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum的FyuA基因序列,设计特异性引物PCC1/PCC2/PCC3,建立TaqMan荧光探针实时荧光定量PCR技术,并对魔芋根系土壤中软腐病病原菌进行动态监测。结果显示:基于FyuA基因序列设计的引物特异性好,仅能特异性检出胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种;当模拟带菌土壤中病原菌浓度低至1.88 CFU/g时也能检出,灵敏度高;发病魔芋根际土壤中软腐病病原菌检出率为100.00%,病原菌DNA浓度最高达到了7.52×10~7ng/μL,健康魔芋根际土壤中也存在病原菌,检出率为40.00%;不同种植模式中,林下魔芋土壤中软腐病病原菌数量较少;连作时间与病原菌数量、病情指数存在正相关关系,连作时间越长,病原菌积累越多,魔芋病情指数也越高,魔芋连作4年土壤中病原菌DNA浓度最高达到4.03×10~4ng/μL;对魔芋土壤软腐病病原菌进行全年监测,病原菌数量随着月份增长逐渐上升,在8—10月达到峰值543.20 ng/μL后下降,病原菌数量与魔芋病情指数变化规律一致,但田间魔芋软腐病的发生相对滞后。表明建立的TaqMan荧光探针实时荧光定量PCR技术可用于田间魔芋软腐病的监测。     

半夏细菌性软腐病原菌的分离及鉴定

 在浙江省人工栽培的半夏[Pinellia ternata(Thunb.) Breit.]上发现一种新的软腐病害,软腐症状常常表现在块茎上,高温高湿条件可导致叶面腐烂和整株死亡。为了对病原菌进行鉴定,从软腐的半夏病株块茎中分离到10个菌株,分别指定为RF1~RF10,并进行了致病性测定、形态观察和细菌学特性分析,同时对RF1菌株进行了分子鉴定。结果表明,10个菌株均可经人工接种导致半夏、胡萝卜、马铃薯、番茄、黄瓜和白菜软腐。在电镜下菌体呈短杆状,两端钝圆,具有4~6根周生鞭毛。兼性厌氧、革兰氏阴性,DNA中G+C mol%为51。RF1菌株的16S rDNA测序和系统发育学分析表明,其与胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜软腐亚种(Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum)M1菌株报告的序列相同点为99%,与该亚种另2个菌株(E161和441)的序列相同点达97%。结果表明,半夏软腐病原菌应归属于胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜软腐亚种。     

吉林省人参细菌性软腐病病原

对分离自吉林省主要参场的软腐病参根和厌气诱发产生软腐症状的参根的菌株进行了致病性测定、电镜形态观察和生理生化测定等。结果表明,造成吉林省人参细菌性软腐病的病原种类为:胡萝卜软腐欧文氏菌胡萝卜软腐亚种(Erwinia carotovora subsp, carotovora Dye)、胡萝卜软腐欧文氏菌黑胫亚种(Erwinia carotovora subsp, atroseptica Dye)和石竹假单胞菌[Pseudomonas caryophylli(Burkholder) Starr & Burkholder]。     

韭菜细菌性软腐病

本文对在日本山形县鹤岗市于1987年首次发现的韭菜软腐病进行介绍。文章描述了该病症状,病原菌的分离、鉴定结果及致病力的测定。研究证明,韭菜细菌性软腐病病原为胡萝卜软腐欧文氏菌胡萝卜软腐亚种(Erwinia carotovora subsp. carotovora)。     

Pectobacterium spp. associated with bacterial stem rot syndrome of potato in Canada

Pectobacterium atrosepticum, P. carotovorum subsp. brasiliensis, P. carotovorum subsp. carotovorum, and P. wasabiae were detected in potato stems with blackleg symptoms using species- and subspecies-specific polymerase chain reaction (PCR). The tests included a new assay for P. wasabiae based on the phytase gene sequence. Identification of isolates from diseased stems by biochemical or physiological characterization, PCR, and multi-locus sequence typing (MLST) largely confirmed the PCR detection of Pectobacterium spp. in stem samples. P. atrosepticum was most commonly present but was the sole Pectobacterium sp. detected in only 52% of the diseased stems. P. wasabiae was most frequently present in combination with P. atrosepticum and was the sole Pectobacterium sp. detected in 13% of diseased stems. Pathogenicity of P. wasabiae on potato and its capacity to cause blackleg disease were demonstrated by stem inoculation and its isolation as the sole Pectobacterium sp. from field-grown diseased plants produced from inoculated seed tubers. Incidence of P. carotovorum subsp. brasiliensis was low in diseased stems, and the ability of Canadian strains to cause blackleg in plants grown from inoculated tubers was not confirmed. Canadian isolates of P. carotovorum subsp. brasiliensis differed from Brazilian isolates in diagnostic biochemical tests but conformed to the subspecies in PCR specificity and typing by MLST.     

Pectinolytic bacteria associated with potato soft rot and blackleg in South Africa and Zimbabwe

Soft rot and blackleg can cause severe economic losses in potato production in South Africa and Zimbabwe depending on climatic conditions. The aim of the study was to identify the predominant bacteria causing potato soft rot and blackleg in these countries. Samples, comprising of stems and tubers from potato plants with blackleg and soft rot symptoms were collected from 2006?C2009 from potato production areas where disease outbreaks occurred. The isolates from these plants and tubers yielded Gram negative, pectinolytic bacteria on crystal violet pectate and inoculated tubers. Identification was based on biochemical and phenotypic characteristics, rep-PCR, Amplified Fragment Length Polymorphisms and sequences of gyrB and recA genes. Isolates from Zimbabwe were identified as Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis (Pcb) (21 isolates), Dickeya dadantii subsp. dadantii (Dd) (20 isolates), P. c. subsp. carotovorum (Pcc) (16 isolates) and P. atrosepticum (Pa) (4 isolates). Pcb, Pcc and Dd subsp. dadantii were isolated from samples collected from all the regions, while Pa was isolated from Nyanga the coolest region in Zimbabwe. In South Africa, however, Pcb was the most common causal agent of soft rot and blackleg. P. atrosepticum was the only pathogen isolated from samples collected in Nyanga, Zimbabwe, and was not isolated from any South African samples. AFLP analysis separated the Pcb strains into 12 clusters, reflecting subdivision in terms of geographic origin, and Pcc isolates were clearly differentiated from Pcb isolates. A large degree of DNA polymorphism was evident among these 12 clusters. The study identified all the pathogens associated with the blackleg/soft rot disease complex.     

番茄细菌性软腐病病原的分离与鉴定

 近年来,山东省以及浙江省部分地区,番茄陆续出现茎秆严重腐烂现象。发病初期,番茄茎秆、枝条上出现椭圆或条状灰褐色腐斑,然后逐渐扩散、腐烂。湿度大的情况下,植株表皮湿腐,伴随异味产生,茎秆很快腐烂直至整株死亡,给菜农造成严重的经济损失。目前国内对番茄软腐病虽有调查报道,但未见该病原的分离鉴定研究。因此,明确该病原菌,尤其是该病原菌的生理生化及分子生物学特征,为该病害的防治提供可行依据,从而解决生产上的实际问题,显得尤为迫切。     

Simple and sensitive BIO-PCR detection of potato blackleg pathogens from stem,tuber, and soil samples

Journal of General Plant Pathology - A BIO-PCR was developed for the detection of potato blackleg pathogens, including Pectobacterium wasabiae (Pw), P. atrosepticum (Pa), P. carotovorum subsp....     

首次发现巴西果胶杆菌(Pectobacterium brasiliense)引起甘薯茎腐病

<正>Dickeya和Pectobacterium属细菌的植物寄主广泛,包括十字花科、茄科、百合科、伞形花科和禾本科等科的农作物^[1],所引发的细菌性软腐病严重影响农作物的产量和品质,造成严重经济损失,威胁农业生产和粮食安全。Dickeya和Pectobacterium属不同种的菌株能侵染同一种植物,产生相似的病症。如已发现能侵染马铃薯并导致软腐病害的有D. solani、D. dianthicola、D. dadantii、D.chrysanthemi、D. zeae、P. versatile、P. carotovorum、P. brasiliense、P. atrosepticum、P. betavasculorum、P. parmentieri、P. parvum、P. peruviense、P. polaris、P. actinidiae和P. punjabense等种的细菌^[2-3]。     

华北地区十字花科芸薹属蔬菜上立枯丝核菌的病原生物学研究

 由丝核菌引起的十字花科蔬菜叶腐和茎基腐病在中国华北地区普遍发生,其中以河北、内蒙以及北京较为严重。2011~2018年,从华北地区不同省份具有典型叶腐和茎基腐症状的芸苔属蔬菜上分离获得95个丝核菌(Rhizoctonia spp.)分离物,大多数分离自发病植株的叶部,少数分离自茎基部。通过细胞核染色,87株菌属于多核丝核菌,另外8株属于双核丝核菌;经菌丝融合鉴定、rDNA-ITS区及TEF-1α(translation elongation factor 1-alpha, TEF-1α)序列分析,大多数多核丝核菌属于立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)AG-2-1(74％),其他少数分别属于AG-1-IB(16％)、AG-4-HG II(2％)和双核丝核菌AG-A(8％)。温室条件下进行寄主范围致病力测定,各分离物对原寄主都表现出致病力,呈现典型叶腐或茎基腐症状;对其他作物的致病力差异较大。不同融合群(Anastomosis group,AG)的菌株对寄主致病力大小存在差异,AG-2-1致病力最强,只有AG-A对叶部没有致病力。AG-2-1对寄主叶部的致病力和对茎基部的致病力呈显著正相关,AG-1-IB对寄主叶部的致病力和对茎基部的致病力无显著相关性。     

华北地区十字花科芸薹属蔬菜上立枯丝核菌的病原生物学研究

 由丝核菌引起的十字花科蔬菜叶腐和茎基腐病在中国华北地区普遍发生,其中以河北、内蒙以及北京较为严重。2011~2018年,从华北地区不同省份具有典型叶腐和茎基腐症状的芸苔属蔬菜上分离获得95个丝核菌(Rhizoctonia spp.)分离物,大多数分离自发病植株的叶部,少数分离自茎基部。通过细胞核染色,87株菌属于多核丝核菌,另外8株属于双核丝核菌;经菌丝融合鉴定、rDNA-ITS区及TEF-1α(translation elongation factor 1-alpha, TEF-1α)序列分析,大多数多核丝核菌属于立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)AG-2-1(74％),其他少数分别属于AG-1-IB(16％)、AG-4-HG II(2％)和双核丝核菌AG-A(8％)。温室条件下进行寄主范围致病力测定,各分离物对原寄主都表现出致病力,呈现典型叶腐或茎基腐症状;对其他作物的致病力差异较大。不同融合群(Anastomosis group,AG)的菌株对寄主致病力大小存在差异,AG-2-1致病力最强,只有AG-A对叶部没有致病力。AG-2-1对寄主叶部的致病力和对茎基部的致病力呈显著正相关,AG-1-IB对寄主叶部的致病力和对茎基部的致病力无显著相关性。     

埃吉类芽孢杆菌SWL-W8的鉴定及其对白菜软腐病的生物防治效果

从云南省腾冲市温泉中筛选到1株对白菜软腐病病原菌Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum 具有较好拮抗作用的菌株SWL-W8，对该菌株进行了鉴定和抑菌活性测试，并研究了其对白菜软腐病的防治效果。结果显示:通过菌株形态、BIOLOG及16S rDNA鉴定SWL-W8菌株为埃吉类芽孢杆菌Paenibacillus elgii，并发现该菌株对多种病原菌有较好的抑制效果。利用Nanopore 测序技术对SWL-W8进行全基因组测序，显示该菌株含有表面活性素 (surfactin)、聚酮化合物 (polyketide)、枯草杆菌蛋白酶 (subtilisin)、几丁质酶 (chitinase)、杆菌素 (bacillibactin)、杀镰孢菌素 (fusaricidin)、羊毛硫抗生素 (elgicin) 等脂肽类、肽聚糖和聚酮类抗性化合物的基因，揭示了其可能产生的次生代谢产物及潜在的生防作用机制。菌株SWL-W8在土壤中能较好地定殖，菌悬液浓度为1.0 × 106 cfu/mL时对白菜软腐病的最高预防作用防效为79.7%，治疗作用防效为64.4%，且能促进白菜种子萌发和生长，具有很好的开发应用前景。