侵染假酸浆的泰国番茄黄化曲叶病毒全基因组结构特征

为明确假酸浆Nicandra physalodes叶片黄化、皱缩症状是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,本研究利用分子检测方法和生物信息学技术鉴定了假酸浆样品中的病毒种类。从采集的病样中克隆并获得了2条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全序列和1条beta卫星全序列,经全序列分析发现,该双生病毒的两条DNA-A全序列与泰国番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl Thailand virus, TYLCTHV)云南分离物TYLCTHV-YN1732一致性最高,达99.3%,亲缘关系较近;beta卫星的全序列与云南番茄曲叶beta卫星(tomato leaf curl Yunnan betasatellite, TLCYnB)的分离物YN5230一致性最高,达99.3%,亲缘关系较近。重组分析显示,假酸浆上分离的TYLCTHV-YN5735-12是一个重组病毒,有两个重组事件,一个主要发生在AV1的编码区,由中国番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV)和广西大戟曲叶病毒(euphorbia lea...     

云南省烟草上双生病毒的发生与分布

 已报道云南省烟草曲叶病(Tobacco leaf curl disease, TLCD)由3种菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)的双生病毒引起。它们是烟草曲茎病毒(Tobacco curly shoot virus, TbCSV)、云南烟草曲叶病毒(Tobacco leaf curl Yunnan virus, TbLCYNV)和中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV)。为了了解这3种病毒的分布, 2000~2005年, 从云南省4个市(州)采集了109个烟草曲叶病样品, 利用3种病毒的特异引物对采集样品进行了PCR检测。从保山市的烟草曲叶病样品中检测到3种病毒, 并且存在TbCSV+TbLCYNV、TbCSV+TYLCCNV和TbCSV+TbLYNV+TYLCCNV的复合侵染, 从大理州、文山州和红河州的烟草曲叶病样品中仅检测到TYLCCNV。对39个分离物部分序列的系统进化分析结果表明, 病毒分离物依据病毒种类和地理位置聚成几簇。对烟草曲叶病的流行和病害控制策略进行了讨论。     

复合侵染水茄的两种菜豆金色花叶病毒属病毒基因组结构特征分析

为明确水茄Solanum torvum植株叶片邹缩、褪绿是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,从云南省西双版纳傣族自治州田间采集具有疑似感染症状的水茄植株叶片样品,应用菜豆金色花叶病毒属病毒简并引物和特异性引物进行PCR扩增、克隆和测序,通过生物信息软件分析比较其核苷酸序列特征,并对其进行系统发育分析。结果显示,从采集的疑似病叶中共克隆获得了5条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全序列和3条DNA-B全序列,经全序列分析发现,侵染水茄的2种菜豆金色花叶病毒属病毒分离物分别属于中国南瓜曲叶病毒(squash leaf curl China virus,SLCCNV)和野茼蒿黄脉病毒(Crassocephalum yellow vein virus,CraYVV)。SLCCNV水茄分离物的基因组具有典型的菜豆金色花叶病毒属病毒双组分结构特征,与来自泰国的SLCCNV分离物(AB330078)亲缘关系最近,相似性最高达到99.0%;CraYVV水茄分离物的基因组具有典型的菜豆金色花叶病毒属病毒单组分结构特征,与来自云南省景洪市的CraYVV分离物(EF165536)亲缘关系最近,相似性最高达到97.6%。表明水茄是这2种菜豆金色花叶病毒属病毒的新寄主,并首次发现双组分和单组分菜豆金色花叶病毒属病毒可复合侵染水茄。     

侵染青蒿的烟草曲茎病毒的分子鉴定及基因组结构特征分析

菜豆金色花叶病毒属病毒是一类在全球热带及亚热带地区造成严重经济损失的植物病毒,田间杂草是这类病毒重要的中间寄主。 本研究从云南省玉溪市采集了表现黄脉的青蒿植株,通过PCR扩增、克隆及测序从样品中获得两条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全基因组序列,分别为YN6393-23和YN6393-27,其全长均为2 739 bp,相似性为100%。序列分析发现,YN6393-23和YN6393-27的核苷酸序列与烟草曲茎病毒Tobacco curly shoot virus(TbCSV）的分离物YN4584的核苷酸序列相似性最高,为99.45%。根据国际病毒分类委员会对菜豆金色花叶病毒属病毒种的分类标准,全基因组序列相似性大于91%则为同种病毒,表明此病毒分离物为烟草曲茎病毒的一个分离物。这是菜豆金色花叶病毒属病毒侵染青蒿植株的首次报道。     

侵染云南雾水葛的菜豆金色花叶病毒属病毒的全基因组结构特征

 为明确云南雾水葛表现叶片黄化、花叶等症状的植株是否被菜豆金色黄花叶病毒属病毒侵染,本研究通过PCR扩增、克隆测序及核苷酸序列特征分析,确定样品中病原种类及其系统进化关系。结果显示,该病样中检测到雾水葛金色花叶病毒(pouzolzia golden mosaic virus,PouGMV),该分离物全基因组具有典型的菜豆金色花叶病毒属单组分病毒结构特征,与来自越南的Vietam分离物(KC857508)亲缘关系最近,相似性最高达94.6%,与PouGMV其他分离物亲缘关系相对较远,相似性在88.9%~93.2%之间。病毒alpha卫星分子检测及分析显示,该样品中检测到的alpha卫星分子,其全长核苷酸序列与云南番茄黄化曲叶alpha卫星(tomato yellow leaf curl Yunnan alphasatellite,TYLCYnA)相似性最高,达到92.3%。研究结果表明云南雾水葛中分离到PouGMV,且异源伴随TYLCYnA卫星分子。这是雾水葛金色花叶病毒伴随alpha卫星分子侵染雾水葛的首次报道。     

侵染木薯的两种单组分菜豆金色花叶病毒属病毒及卫星分子基因组结构特征分析

 为明确木薯(Manihot esculenta Crantz)植株叶片皱缩、畸形是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,从云南省红河州田间采集具有疑似感染症状的木薯植株叶片样品,应用菜豆金色花叶病毒属病毒简并引物、种专化性引物及卫星分子引物进行PCR扩增、克隆,通过测序分析其核苷酸序列特征并对其进行系统进化分析。结果显示,从采集疑似病叶中共克隆获得4条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全序列和6条beta卫星分子全序列,经全序列分析发现侵染木薯的2种菜豆金色花叶病毒属病毒分离物分别属于烟草曲茎病毒(tobacco curly shoot virus,TbCSV)和中国胜红蓟黄脉病毒(ageratum yellow vein China virus,AYVCNV)。TbCSV木薯分离物全基因组核苷酸序列与分离自云南的TbCSV-YN2247(KX290925)分离物亲缘关系最近,相似性最高达到96.67%;AYVCNV木薯分离物全基因组核苷酸序列与分离自云南的AYVCNV-YN4326(KU601622)分离物亲缘关系最近,相似性最高达到95.80%;侵染木薯的beta卫星分子分别为赛葵黄脉病毒beta卫星(malvastrum yellow vein betasatellite,MaYVB)和中国胜红蓟黄脉病毒beta卫星(ageratum yellow vein China virus betasatellite,AYVCNB),MaYVB-YN6332-12全基因组核苷酸序列与分离自云南的MaYVB-Y216(KX290925)分离物亲缘关系最近,相似性最高达到96.4%;AYVCNB-YN6338-17全基因组核苷酸序列与分离自海南的AYVCNB-Hn9(KU601622)分离物亲缘关系最近,相似性最高达到90.4%,表明木薯是这两种菜豆金色花叶病毒属病毒的新寄主。单组分菜豆金色花叶病毒属病毒及其伴随beta卫星分子可以复合侵染木薯植株为首次发现。     

番茄黄化曲叶病毒病暴发原因分析及防控对策

<正>番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)为双生病毒科(Geminniviridae)菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)成员[1]。该类病毒通过B型烟粉虱和Q型烟粉虱进行传播,同时可经嫁     

野茼蒿黄脉病毒的田间寄主范围及其基因多样性特征

为明确野茼蒿黄脉病毒(Crassocephalum yellow vein virus,CraYVV)的田间寄主范围及其群体基因结构特征,分别采用克隆和测序技术对采自云南省西双版纳傣族州、红河哈尼族彝族自治州的7种杂草和2种作物进行CraYVV的分离和鉴定,并通过生物信息学软件对分离到的CraYVV进行基因组结构、重组及基因遗传结构分析。结果显示,在赛葵、龙葵、臭牡丹、水茄、豨莶、野茼蒿和一点红7种杂草以及茄子和草莓2种作物中均分离到CraYVV,共获得20条CraYVV全长序列;CraYVV所有分离物分属2个株系,将其命名为YJ株系和JH株系;JH株系具有地理隔离特征,与YJ株系存在一定的遗传距离;重组分析显示,CraYVV是由烟草曲茎病毒(tobacco curly shoot virus,TbCSV)和云南烟草曲叶病毒(tobacco leaf curl Yunnan virus,TbLCYnV)重组产生;遗传结构分析显示,CraYVV中C1基因变异最显著,其次是C4基因和基因间隔区。表明CraYVV能侵染5科9种杂草和作物,具有较广的寄主范围,且菜豆金色花叶病毒属病毒能够侵染草莓、CraYVV能够侵染茄子,显示来源于杂草的菜豆金色花叶病毒属病毒在自然条件下能够侵染作物。     

云南凹头苋上分离到的2种菜豆金色花叶病毒属病毒基因组结构特征

菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)病毒是热带亚热带地区多种作物的重要病原,杂草作为该属病毒的中间寄主在病害发生流行中具有重要作用。本研究通过克隆、测序和生物信息学分析,对3株具有曲叶症状的凹头苋(Amaranthus lividus)进行菜豆金色花叶病毒属病毒的分离分析。从这些凹头苋中共分离到2种菜豆金色花叶病毒属病毒和3种beta卫星。序列分析显示,其中一种病毒与云南番茄黄化曲叶病毒相似性最高(96%),另一种与中国胜红蓟黄脉病毒相似性最高(96.5%或91%)。Beta卫星的分析显示,其中一种与云南番茄黄化曲叶beta卫星相似性最高(94.3%),另一种与赛葵曲叶beta卫星相似性最高(92%),最后一种与中国番茄曲叶beta卫星相似性最高(91%)。重组分析表明,分离物YN4331-69是一个重组病毒,是由中国胜红蓟黄脉病毒YN4326-60和一个尚未发现的菜豆金色花叶病毒属病毒重组形成。这是首次报道凹头苋被不同的菜豆金色花叶病毒属病毒及其伴随的beta卫星侵染,表明凹头苋是一个适宜该属病毒的中间寄主。     

侵染甜椒的番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定和全序列分析

<正>番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)在世界范围内可危害多种作物,造成植株矮化、叶片皱缩变形、局部黄化等症状。该病毒自1964年首次报道以来已蔓延至世界多地。在我国2006年上海首次报道该病毒[1],随后江苏、山东、安徽、北京、河北、天津等地相继报道,危害严重。TYLCV为双生病毒科(Geminiviridae)菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)成员,基因组为单组     

吉林番茄黄化曲叶病毒分离物的检测及其DNA-A全基因组序列分析

从吉林省松原市田间表现黄化曲叶症状的番茄上分离到病毒分离物JLSY,基因组全序列测定结果表明,基因组全长2781 bp,共编码6个ORF。序列比对表明,JLSY基因组与番茄黄化曲叶病毒（TYLCV）安徽分离物（FN650807）相似性最高,为99.5%,而与其他双生病毒的序列相似性低于89%。经系统进化分析,该病毒分离物属于TYLCV以色列株系（TYLCV-IL）。这是首次在我国吉林省检测到番茄黄化曲叶病毒。     

番茄黄化曲叶病毒在湖北首次报道

2014年春季,在湖北省武汉市发现种植的番茄表现植株矮缩,叶片上卷,叶缘黄化等症状。PCR检测结果显示,所有采集的病样中均存在菜豆金色花叶病毒属病毒。进一步通过滚环扩增方法获得了该病毒的湖北分离物HB01的全基因组。基因克隆及序列分析结果表明,该病毒基因组全长为2 781nt,与已报道的番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)各分离物同源性在89.0%以上,而与来自中国不同地区的TYLCV分离物的同源率均在97.0%以上。因此,HB01属于TYLCV的一个分离物。     

广西部分烟区烟草曲叶病病原的分子鉴定

[目的]明确广西西部地区靖西(JX)、凌云(LY)、德保(DB)和乐业(LeY)等4个县市烟草曲叶病的病原。[方法]2010年5-6月分别从广西靖西、凌云、德保和乐业等县市采集具有典型曲叶症状的烟草叶片,用基于双生病毒DNA保守序列设计简并引物Bego-1和Bego-6对病叶组织总DNA抽提物进行PCR扩增和对PCR产物进行序列测定,用BLAST、Vector NTI、MEGA 4.0和Simplot program 3.2软件等进行病毒序列分析、系统进化树构建和病毒重组分析。[结果]从选取的9个表现典型曲叶症状的样品叶组织总DNA抽提物中均可扩增出约1500bp与预期大小相符的DNA片段。测序和序列比对分析显示,9个样品扩增产物核苷酸序列相似性为73.7%～99.2%,与已报道的双生病毒具较高的相似性。其中,JX-2与中国番茄曲叶病毒广西番茄分离物(G32)的相似性最高,达99.2%;JX-3和JX-5与云南胡椒曲叶病毒云南辣椒分离物(YN323)相似性最高,分别为92.5%和93.4%;LeY-1、LY-1、DB-1、JX-1、JX-4和JX-6则与中国番茄黄化曲叶病毒中国番茄分离物(CHI)和广西烟草分离物(G102)的相似性最高,均高于95.0%。基于PCR扩增产物及已报道的双生病毒属代表种相应核苷酸序列构建的系统进化树分析表明,9个广西烟草分离物分属3个簇群:中国番茄曲叶病毒簇、云南辣椒曲叶病毒簇和中国番茄黄化曲叶病毒簇。重组分析结果表明:JX-3是云南辣椒曲叶病毒和中国番茄曲叶病毒的重组病毒,JX-5是云南辣椒曲叶病毒和中国番茄黄化曲叶病毒的重组病毒。[结论]9个广西烟草分离物分属于4种双生病毒:中国番茄曲叶病毒和中国番茄黄化曲叶病毒,以及分别由上述两种病毒与云南辣椒曲叶病毒重组而来的2种重组病毒。其中,中国番茄曲叶病毒自然侵染烟草、云南辣椒曲叶病毒和中国番茄曲叶病毒及中国番茄黄化曲叶病毒的重组病毒等结果此前均未见报道。     

Tomato leaf curl Gujarat virus, a New Begomovirus Species Causing a Severe Leaf Curl Disease of Tomato in Varanasi, India

ABSTRACT The biological and molecular properties of Tomato leaf curl Gujarat virus from Varanasi, India (ToLCGV-[Var]) were characterized. ToLCGV-[Var] could be transmitted by grafting and through whitefly transmission in a persistent manner. The full-length genome of DNA-A and DNA-B of ToLCGV-[Var] was cloned in pUC18. Sequence analysis revealed that DNA-A (AY190290) is 2,757 bp and DNA-B (AY190291) is 2,688 bp in length. ToLCGV-[Var] could infect and cause symptoms in tomato, pepper, Nicotiana benthamiana, and N. tabacum when partial tandem dimeric constructs of DNA-A and DNA-B were co-inoculated by particle bombardment. DNA-A alone also is infectious, but symptoms were milder and took longer to develop. ToLCGV-Var virus can be transmitted through sap inoculation from infected tomato plants to the above-mentioned hosts causing the same symptoms. Open reading frames (ORFs) in both DNA-A and DNA-B are organized similarly to those in other begomoviruses. DNA-A and DNA-B share a common region of 155 bp with only 60% sequence identity. DNA-B of ToLCGV-[Var] shares overall 80% identity with DNA-B of Tomato leaf curl New Delhi virus-Severe (ToLCNDV-Svr) and 75% with ToLCNDV-[Lucknow] (ToLCNDV-[Luc]). Comparison of DNA-A sequence with different begomoviruses indicates that ToLCGV-[Var] shares 84% identity with Tomato leaf curl Karnataka virus (ToLCKV) and 66% with ToLCNDV-Svr. ToLCGV-[Var] shares a maximum of 98% identity with another isolate of the same region (ToLCGV-[Mir]; AF449999) and 97% identity with one isolate from Gujarat (ToLCGV-[Vad]; AF413671). All three viruses belong to the same species that is distinct from all the other geminivirus species described so far in the genus Begomovirus of the family Geminiviridae. The name Tomato leaf curl Gujarat virus is proposed because the first sequence was taken from an isolate of Gujarat, India.     

Tomato leaf curl Guangxi virus is a distinct monopartite begomovirus species

Three begomovirus isolates were obtained from tomato plants showing leaf curl symptoms in Guangxi province of China. Typical begomovirus DNA components representing the three isolates (GX-1, GX-2 and GX-3) were cloned and their full-length sequences were determined to be 2752 nucleotides. Nucleotide identities among the three viral sequences were 98.9–99.7%, but all shared <86.7% nucleotide sequence identity with other reported begomoviruses. The sequence data indicated that GX-1, GX-2 and GX-3 are isolates of a distinct begomovirus species for which the name Tomato leaf curl Guangxi virus (ToLCGXV) is proposed. Further analysis indicated that ToLCGXV probably originated through recombination among viruses related to Ageratum yellow vein virus, Tomato leaf curl China virus and Euphorbia leaf curl virus. PCR and Southern blot analyses demonstrated that isolates GX-1 and GX-2 were associated with DNAβ components, but not isolate GX-3. Sequence comparisons revealed that GX-1 and GX-2 DNAβ components shared the highest sequence identity (86.2%) with that of Tomato yellow leaf curl China virus (TYLCCNV). An infectious construct of ToLCGXV isolate GX-1 (ToLCGXV-GX) was produced and determined to be highly infectious in Nicotiana benthamiana, N. glutinosa, tobacco cvs. Samsun and Xanthi, tomato and Petunia hybrida plants inducing leaf curl and stunting symptoms. Co-inoculation of tomato plants with ToLCGXV-GX and TYLCCNV DNAβ resulted in disease symptoms similar to that caused by ToLCGXV-GX alone or that observed in infected field tomato plants.     

福州市发生由木尔坦棉花曲叶病毒引起的朱槿曲叶病

棉花曲叶病是世界棉花生产上最具毁灭性的病毒病害,其主要病原木尔坦棉花曲叶病毒(Cotton leaf curlMultan virus,CLCuMV)已经入侵我国广东、广西、海南等省多个地理区域,扩散危害范围日益加大.2011-2012年调查发现福建省厦门、福州和宁德等多个城市绿化植物朱槿(Hibiscus rosa-sinensis)发生朱槿曲叶病的流行.应用双生病毒通用引物以及烟粉虱生物型鉴定的通用引物,通过PCR扩增、序列分析等方法,分别检测或鉴定了福州市朱槿曲叶病的病原、介体烟粉虱的生物型以及朱槿病株上烟粉虱的带毒率.结果显示:福州市朱槿曲叶病的病原是木尔坦棉花曲叶病毒,与CLCuMV广东分离物和广西分离物的相似性高达99.6％以上;介体烟粉虱生物型为B型,病株上烟粉虱的带毒率为100％.试验结果说明CLCuMV已经扩散至福建省,应警惕和控制木尔坦棉花曲叶病毒的进一步扩散和危害.     

侵染曼陀罗的中国番茄黄化曲叶病毒及其卫星DNAβ全基因组结构特征

 从云南大理曼陀罗上采集到病毒分离物YN72,症状表现为叶脉增厚、叶片褪绿、植株矮化。全序列测定表明,YN72DNA-A全长2739个核苷酸。基因组比较发现,YN72DNA-A与中国番茄黄化曲叶病毒分离物(TYLCCNV-[Y43])同源性最高(93.4%),与中国番茄黄化曲叶病毒烟草分离物(TYLCCNV-[Y5])的同源性次之(92.9%),而与亚洲地区的其它双生病毒的同源性均在90%以下,表明曼陀罗中的分离物YN72是TYLCCNV的1个分离物。利用WTGs卫星分子DNAβ的特异性引物beta01和beta02,在YN72中PCR扩增到DNAβ分子。序列分析表明,YN7213全长1335个核苷酸,在其互补链上编码1个有功能的ORF(C1)。YN72β的全序列与TYLCCNV分离物卫星分子Beanβ和Y297β的同源性最高,分别为99.8%和99.3%;与其它所比较的DNAβ的同源性均低于80.6%。系统进化树研究表明,YN72卫星分子DNAβ与其辅助病毒是共同进化的。