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相似文献
 共查询到20条相似文献,搜索用时 31 毫秒
1.
乌鳢(Channa argus,♂)、斑鳢(Channa maculatus,♀)是杂交鳢"杭鳢1号"的亲本。利用高通量测序技术对乌鳢和斑鳢的肝脏进行转录组测序获得大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析,结果表明,通过转录组测序获得乌鳢EST序列59 959条,长度45 mb,发现15 428个SSR,出现频率为25.73%;获得斑鳢EST序列44 337条,长度27 mb,发现8 439个SSR,出现频率为19.03%。在乌鳢和斑鳢EST-SSR中,重复单元以1~2碱基重复为最多,并以长度小于16 bp的短重复序列为主,间隔SSR和复合SSR的EST序列RPKM均值要低于单纯型SSR的EST序列RPKM均值,且在单纯型SSR中SSR长度越长,其RPKM均值则越低。  相似文献   

2.
表达序列标签是一种快捷、高效的揭示基因组信息的方法。本研究以蓝塘猪与大白猪差异表达的5条EST在各组织中的表达情况为目的,采用大白猪、蓝塘猪为实验材料,从成年种猪的10个组织中提取总RNA,运用RT-PCR方法分析,结果显示5条EST在猪的多数组织中均有表达;同源性比对后发现,在5条差异显示cDNA中,EST1、EST2与已知序列无同源性;电子表达谱分析表明EST1、EST2、EST4及EST5在骨骼肌、肝脏组织中有表达。这为进一步研究该EST的功能奠定基础。  相似文献   

3.
EST及EST-SSR分子标记应用   总被引:1,自引:0,他引:1  
黄心尧  卢茵 《畜禽业》2010,(8):40-43
EST是对cDNA文库随机挑取的克隆进行大规模测序获得的序列,长度一般为150~500bp。EST携带信息量较大,含有潜在的表达序列信息,与一些已知和未知的功能基因连锁。EST中SSR结构及分布广,不仅可以存在与内含子,也存在于编码区、非编码区和调控区,数量庞大的SSR在基因组中分布均匀,可代表整个基因组。综述了EST-SSR标记的开发过程及在动物及动物寄生虫上的应用。  相似文献   

4.
以拟南芥eIF4A氨基酸序列为信息探针,在条斑紫菜EST(Expressed sequence tag)数据库中找到高度相似的EST,通过人工序列拼接及RT-PCR确认得到了翻译起始因子4A(Eukaryotic translation initiation factors 4A,eIF4A)基因PyeIF4A的cDNA序列.该cDNA序列含有长1278 bp的完整开放阅读框,编码蛋白(PyeIF4A)分子量47.4 kDa,长425 AA.PyeIF4A与小鼠、非洲爪蟾、水稻和拟南芥等多种动植物的eIF4A具有较高的序列一致性,含有eIF4A的保守基序.  相似文献   

5.
<正>随着生命科学的发展,"人类基因组计划"大规模测序工作的完成,新基因的搜寻和蛋白功能分析成为研究的热点。在本实验中,我们以人的PDCD5序列(NM-004708)为线索,经过Blast,EST支持情况,拼接得到猪的同源序列,nr查新,多物种EST数据库支持分析.  相似文献   

6.
利用抑制消减杂交技术构建了潮间带绿藻孔石莼(Ulva pertusa)在干出胁迫状态下上调表达基因的消减cDNA文库.获得的阳性克隆经测序得到150条上调表达的EST片段,其中21条为冗余序列(RS),137条非冗余序列(NRS).片段中最长833 bp,最短106 bp,平均长度364 bp.参与比对的EST片段按照...  相似文献   

7.
应用Gubler-Hoffman cDNA文库技术.构建虾夷马粪海胆(Strongylocentrotus intermedius)性腺cDNA文库.测试结果表明.其库容量为2.10x 106 PFU/mL.长度范围在0.54.2 kb.插人片段平均长度为1.4 kb.达到建库要求.对虾夷马粪海胆cDNA克隆测序.将获得的819条EST序列与NCB1数据库进行BLAST比对.获得了65个有研究价值的EST序列和cDN^克隆.其EST序列已提交到GenBank.序列号分别为G0448010-GO448016,GR410172-GR410229.虾夷马粪海胆性腺cDNA文库的成功构建.使短期内获得大量调控海胆性腺生长和营养性状的关键基因表达信息成为可能.为进一步开发海胆的生物资源提供参考.  相似文献   

8.
表达序列标签是一种快捷、高效的揭示基因组信息的方法。本研究以蓝塘猪与大白猪差异表达的5条EsT在各组织中的表达情况为目的.采用大白猪、蓝塘猪为实验材料,从成年种猪的10个组织中提取总RNA;运用RT—PCR方法分析,结果显示5条EST在猪的多数组织中均有表达;同源性比对后发现,在5条差异显示cDNA中,EST1、EST2与已知序列无同源性;电子表达谱分析表明EST1、EST2、EST4及ESt5在骨骼肌、肝脏组织中有表达。这为进一步研究该EST的功能奠定基础。  相似文献   

9.
马氏珠母贝EST微卫星的筛选   总被引:5,自引:2,他引:3  
构建了马氏珠母贝的血液、足、鳃、胃、肝、心脏、外套膜、珍珠囊和感染多毛虫马氏珠母贝的血液(血感)等9个组织的cDNA文库,测序获得了6979个EST序列,从中查找到了268个重复序列,隶属于243个EST,含微卫星的EST数占EST总数的3.48%.珍珠囊cDNA文库含微卫星的序列所占比例最高,为6.16%,血感的最低,为1.65%.双碱基重复序列130个,占48.5%,(AT/AT)n类型最常见;三碱基类型的83个,占约31%,其中(AAT/ATT)n和(AAG/CTT)n较多;四碱基重复的有30个,占11.2%,(AAAT/ATTT)n占了该类型的约50%.一共能够设计151对微卫星引物,有130对可以扩增,占合成引物总数的86.09%,其中,多态性引物45对.多态性EST-SSR的筛选将为马氏珠母贝的分子遗传学研究、种质鉴定和野生资源保护等提供可靠的工具.  相似文献   

10.
条斑紫菜半胱氨酸合成酶基因的电子克隆与分析   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
从网络共享的条斑紫菜(PorphyrayezoensisUeda)表达序列标签(expressed sequencetag,EST)数据库检索出与拟南芥(Arabidopsis thaliana)半胱氨酸合成酶(cysteine synthase,CSase)基因高度相似的EST序列,构建EST叠连群(contig),并依据contig设计引物.提取条斑紫菜叶状体总RNA,采用RT-PCR方法,扩增得到了条斑紫菜半胱氨酸合成酶基因(PyCSase-B)的cDNA序列(GenBank accession:FJ232911).该cDNA序列含有长1 152 nt的完整开放阅读框,编码产物(PyCSase-B)的分子量39.3 kD,长383 AA.PyCSase-B的N端前60个氨基酸残基构成了叶绿体转运肽序列,成熟的PyCSase-B定位在叶绿体中.PyCSase-B与紫红紫菜(P.purpurea)、莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)、拟南芥和水稻(Oryza sativa)的序列一致性分别为94%、69%、64%和65%,进化树显示PyCSase-B在进化上处在细菌和高等植物之间.PyCSase-B含有与5'-磷酸吡哆醛(Pyridoxal 5'-phosphate)和O-乙酰丝氨酸(O-acetylserine)结合的保守氨基酸残基和序列,含有将硫转移到半胱氨酸的保守残基;成熟PyCSase-B单体的三维结构与拟南芥CSase相似,由2个α/β结构域组成.PyCSase-B的成功克隆与生物信息学分析有助于进一步研究其在条斑紫菜抗逆调控中的作用.  相似文献   

11.
10株副溶血弧菌多位点序列分型新序列型   总被引:1,自引:0,他引:1  
2011年浙江某规模化养殖场大面积爆发凡纳滨对虾红体病。病虾未检出白斑病毒与桃拉病毒,在肝胰脏分离得到10株副溶血弧菌,对其进行基于dnaE-gyrB-recA-dtdS-pntA-pyrC-tnaA的多位点序列分型。这些菌株均为新序列型(ST)菌株,其中1株为ST413,7株为ST414,2株为ST415;ST413包含新等位基因型recA-166与tnaA-121,ST414则含有新等位基因型gyrB-219。新等位基因型与新序列型已被多位点序列分型数据库确认并收录。新序列型与已知序列型均只含有3个以下相同的等位基因。结果提示,与此次凡纳滨对虾红体病相关的副溶血弧菌分离株可能经历了较高水平的分子变异,呈现出显著的分子多样性,并非来自单一克隆。本研究代表由副溶血弧菌新序列型引起凡纳滨对虾红体病的首次报道。  相似文献   

12.
13.
编码鳗鲡生长激素基因的序列与结构   总被引:3,自引:0,他引:3  
贡成良 《水产学报》2002,26(4):295-300
序列分析表明;欧洲鳗鲡GH基因从ATG到TAG共计2393bp,有4个外显子,3个内含子,推测编码209个氨基酸,第一内含子存在3个重复单体构成的微卫星序列。同源性分析表明:欧洲鳗鲡GH可分为5个结构域,GD1-GD4区域与GH的活性有关,为GH与其受体专一性结合区域,GD5区域与GH分子的结构,稳定性有关。进化分析表明,鱼类GH分可成3个不同的组,欧洲鳗鲡GH基因属Ⅰ组,Ⅱ组可分含4个内含子基因及含5个内含子基因二个亚组。Ⅲ组GH基因有5个内含子,推测原始的GH基因在进化过程中,通过丢失或增加内含子导致基因歧化。  相似文献   

14.
本文提出DNA序列相似度指标,建立DNA序列比对算法。首先,将水生生物DNA样本序列与现有的基因库中的DNA序列逐项比对;其次,在满足特定阈值条件下,确认样本序列的分类。利用Java编程语言来实现算法,通过MonteCarlo模拟和实际应用,验证算法的有效性。理论结果表明:在满足特定阈值条件下,通过计算DNA序列相似度,能够确定数据库中与未知DNA样本序列最相似的序列,判断样本序列的分类。模拟实验、对比研究和应用结果表明:相似度指标算法在有效判别DNA序列的分类,提高DNA序列匹配成功率,降低程序复杂度等方面具有优良特征。  相似文献   

15.
采用PCR技术获得我国南海斜带髭鲷(Hapalogenys nitens)养殖及野生群体共50尾样品的mtDNA控制区全序列,长度范围788~790bp;测得序列与GenBank下载的其他鲈形目鱼类D-loop全序列利用CLUSTALX进行排序后,对控制区结构进行分析。识别了其终止结合序列区、中央保守区和保守序列区,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3),并给出了其一般形式;此外,基于斜带髭鲷D-Loop全长序列,利用贝叶斯法构建了分子系统进化树。结果显示,斜带髭鲷养殖群体与野生群体部分样品各自紧密聚成一小支,而在整棵进化树上,养殖样品与野生样品相互交错聚集在一起,可见本研究海区斜带髭鲷养殖群体与野生群体之间的遗传差异分化不显著。  相似文献   

16.
罗氐沼虾3个Dmrt基因的序列分析   总被引:5,自引:0,他引:5       下载免费PDF全文
Dmrt基因家族是一个与性别决定相关的基因家族。迄今,已在鱼类、爬行类、鸟类、哺乳类等高等动物中检测到了Dmrt基因的存在。为了进一步探讨该家族在系统进化中的保守性,本研究采用简并PCR技术,扩增了罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)Dmrt基因的DM结构域。经序列分析,获得了Dmrt基因家族的3个成员,其编码序列分别与人DMRT2、DMRT3、DMRT14基因DM结构域编码序列的相似性分别为93%、80%和95%,根据罗氏沼虾的拉丁名分别命名为MrDmrt2、MrDmrt3、MrDmrt4。与其他动物相关的Dmrt基因进行聚类分析,结果表明,不同进化地位动物的Dmrt基因DM域编码序列存在高度的同源性,显示Dmrt基因在系统进化上高度保守,序列上的相似性可能暗示着它们在功能上的保守性。  相似文献   

17.
采用PCR技术获得我国南海斜带髭鲷(Hapalogenys nitens)养殖及野生群体共50尾样品的mtDNA控制区全序列,长度范围788 ~790 bp;测得序列与GenBank下载的其他鲈形目鱼类D-loop全序列利用CLUSTAL X进行排序后,对控制区结构进行分析.识别了其终止结合序列区、中央保守区和保守序列区,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3),并给出了其一般形式;此外,基于斜带髭鲷D-Loop全长序列,利用贝叶斯法构建了分子系统进化树.结果显示,斜带髭鲷养殖群体与野生群体部分样品各自紧密聚成一小支,而在整棵进化树上,养殖样品与野生样品相互交错聚集在一起,可见本研究海区斜带髭鲷养殖群体与野生群体之间的遗传差异分化不显著.  相似文献   

18.
以三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)线粒体DNA设计特异性引物,对池蝶蚌(H. Schlegelii)的线粒体COⅠ基因进行PCR扩增,以期了解池蝶蚌的选育效果。结果表明在10个个体中均得到序列一致的COⅠ序列,长度为1542 bp;A、T、G、C 含量分别为18.1% (280 个)、41.8 % (644个) 、 25.4 % (392个)和14.7% (226个) ,A+T含量(59.9%)明显高于G+C(40.1%)含量,与其他无脊柱动物相同基因片段碱基含量相似。该基因中密码子使用中T(U)的使用频率很高,第1位核苷酸中T和G的含量较为一致分别为32.0%和30.8%;密码子第2位上碱基T的使用比率高达42.7 %,碱基G的使用比率低至17. 2 %;密码子第3位上碱基T的使用比率高达50.7 %,而碱基C的使用比率仅为6. 6 %。BLAST结果显示池蝶蚌与其他淡水贝类的COⅠ基因具有较高的同源性,其中与三角帆蚌的相似性为为95%,MP 法构建的分子系统进化树表明:池蝶蚌COⅠ基因与三角帆蚌COⅠ基因亲缘关系最近。以上表明池蝶蚌经过人工选育后已初步成为一个纯系,遗传性状趋于稳定。  相似文献   

19.
根据日本kazusaDNA研究所收录的坛紫菜EST序列AV434021和AV433683设计引物,对坛紫菜配子体的RNA进行RT-PCR扩增,得到产物长度为480 bp。利用DNAstar、Clastal1.81等专业软件进行分析,结果表明,所得产物为紫菜叶绿体的psaA基因片段,其G C含量为55.9%。G C含量明显高于A T的含量;对按核酸序列推导的蛋白序列进行二级结构和三级结构预测,该蛋白存在3个α螺旋和2个β折叠。  相似文献   

20.
为了开发太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)的微卫星分子标记,采用生物素标记探针(AC)12、(AAC)10、(AAG)10和(GATA)8对其微卫星位点进行了筛选,并对其序列特征进行了分析。共获得490个微卫星序列,筛选的总效率为78.09%。筛选出725个微卫星位点,其中完美型592个,占81.66%;混合型82个,占11.31%;非完美型51个,占7.03%。探针(AC)12富集到的微卫星重复次数大多集中在14~26次,最高44次;探针(AAC)10和探针(AAG)10富集得到的微卫星重复次数主要集中在8~20次,最高42次;探针(GATA)8富集得到的微卫星重复次数一般在6~15次,最高32次。探针(AC)12、(AAC)10、(AAG)10和(GATA)8的杂交效率分别为85.19%、60.19%、5.16%和10.64%。筛选得到的725个微卫星位点中,二碱基重复位点390个(53.79%),三碱基重复位点284个(39.17%),四碱基重复位点47个(6.48%),五碱基重复位点 1个(0.14%)和六碱基重复位点3 个(0.42%)。根据二碱基重复核心序列进行引物设计,对抚仙湖24尾太湖新银鱼样本进行 PCR 扩增,电泳结果显示部分微卫星位点有较高的多态性,同时本研究获得的三碱基、四碱基、五碱基和六碱基重复位点也可为长重复单元微卫星引物的开发提供基础。  相似文献   

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