大弹涂鱼TLR基因分子进化研究及其在鳗弧菌胁迫后的表达分析

大弹涂鱼(Boleophthalmuspectinirostris)是一种生活在潮间带的淤泥滩和红树林等两栖环境中的鱼类,其免疫系统面临比水生生活更大的选择压力。Toll样受体基因(简称TLR)是重要的先天免疫成员,一直是鱼类分子免疫学的研究热点之一。为了探究大弹涂鱼TLR基因是否因为其独特的生活环境而产生适应性进化以及其TLR基因在受到细菌攻击后的免疫应答模式,本研究从大弹涂鱼皮肤转录组中获得了TLR5, TLR8和TLR9完整序列以及TLR3和TLR7部分序列,采用分子生物信息学对大弹涂鱼TLR5, TLR8和TLR9基因序列以及氨基酸序列进行了分析,并根据所构建的系统发育树对5个TLR基因进行了分子进化分析,采用荧光定量PCR方法对大弹涂鱼5个TLR基因的组织表达分布和鳗弧菌攻击后5个TLR基因的免疫应答模式开展了研究。结果显示, TLR5基因全长3071 bp,包括长度为2646 bp的编码区,共编码882个氨基酸; TLR8基因全长3175 bp,包括长度为3033 bp的编码区,共编码1011个氨基酸; TLR9基因全长3398 bp,编码区长度为3093 bp,共编码1031个氨基酸。大弹涂鱼3个TLR基因与其他物种的TLR基因结构相似,具有高度保守性。位点模型结果表明,鱼类TLR3, TLR5和TLR8是高度保守的,而TLR7和TLR9在长期进化过程中产生了适应性进化;而进化枝–位点模型结果表明,为了适应更加复杂多变的两栖环境,大弹涂鱼TLR9基因可能产生了适应性进化。大弹涂鱼5个TLR基因在8个健康组织(肠,眼,肾,肝,脑,肌肉,脾和皮肤)中均有表达,在肝脏和脾脏中的表达量较高。在受到鳗弧菌(Vibrio anguillarum)攻击后的免疫表达模式表明了大弹涂鱼5个TLR基因在应对细菌入侵时起到了重要作用。     

高盐胁迫下大弹涂鱼MHC Iα基因对病毒拟似物poly(I:C)的免疫反应

主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)是一类编码细胞表面糖蛋白的基因,在所有硬骨鱼的适应性免疫系统中起着至关重要的作用,而关于MHC基因的研究一直是鱼类分子免疫学和鱼类抗病辅助育种的研究热点之一。本研究首次分析了大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)MHCIα基因的cDNA序列特征,构建了系统发生树,评估了大弹涂鱼MHC Iα基因mRNA在健康个体不同组织中的表达差异,研究了注射病毒拟似物poly(I:C)后MHC Iα基因在机体主要免疫器官肝和脾的表达情况。结果显示,大弹涂鱼MHC Iα基因具有由1101个碱基组成的开放阅读框(ORF),共编码366个氨基酸残基,具有3个蛋白激酶C-磷酸化位点、1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和1个N-糖基化位点。系统发育分析显示与大弹涂鱼MHCIα基因亲缘关系最密切的是河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)。RT-PCR分析显示,MHCIα基因mRNA在不同组织中均有表达,其中肾和脾组织中表达量最高,鳃和肠组织中表达次之。大弹涂鱼在腹腔注射poly(I:C)后,肝和脾组织中mRNA表达量明显上升,在12 h时, MHC Iα基因mRNA表达量在肝和脾中均达到峰值。本研究结果表明, MHC Iα基因参与了大弹涂鱼在高盐胁迫下的免疫应答。     

淇河鲫IL-8 cDNA克隆及组织表达分析

IL-8是最早发现的趋化因子,属于CXC亚家族,与鱼类非特异性免疫水平关系密切。实验采用同源克隆和cDNA末端快速扩增(RACE)方法,从淇河鲫总RNA反转录产物中获得了641 bp IL-8cDNA序列,其中包含102 bp的5’非编码区,242 bp的3’非编码区和297 bp的开放阅读框。该基因编码由98个氨基酸残基组成的前体蛋白,前22个氨基酸残基为信号肽。肽链中含有4个保守半胱氨酸,前2个半胱氨酸被1个精氨酸分隔,形成CXC结构。第一个半胱氨酸前缺乏ELR基序,其组成是DPR。由氨基酸同源性分析和进化分析可知,淇河鲫IL-8与鲤、鳙、草鱼、鲢等鲤科鱼类的进化关系较近,与鲤IL-8的同源性最高(94%)。通过实时荧光定量PCR检测,淇河鲫IL-8在被检测的8个组织中都有表达,其中在肌肉中的表达量最高,其次为脾脏、头肾和脑等。研究结果对调控淇河鲫非特异性免疫能力,提高淇河鲫健康养殖水平具有一定参考价值。     

香鱼白细胞介素17C基因克隆及鳗利斯顿氏菌侵染后的时空表达

为了解香鱼白细胞介素17(interleukin 17,IL-17)的序列特征、系统发育及其与鳗利斯顿氏菌侵染的相关性,实验采用RACE-PCR方法扩增出香鱼IL-17C基因c DNA序列,并通过实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术检测了鳗利斯顿氏菌侵染后香鱼各组织中IL-17C基因的表达变化。结果显示,香鱼IL-17C基因c DNA序列全长1 087 bp,含534 bp的开放阅读框,在3′端非编码区存在7个m RNA不稳定信号(ATTTA)。预测该基因编码177个氨基酸,N端19个氨基酸为信号肽序列,成熟蛋白中含有8个半胱氨酸残基。系统进化树分析显示不同物种的相同IL-17亚型聚为一支,香鱼IL-17C与其他脊椎动物IL-17C聚为一支;同源比对结果显示香鱼IL-17C与虹鳟的IL-17C1和IL-17C2亲缘关系最近,相似性分别为40.72%和33.51%。q RT-PCR检测显示IL-17C基因在健康香鱼的心、肝、脾、头肾、鳃、脑、肌肉和肠等组织中均有表达,鳃和头肾中表达量较高。经鳗利斯顿氏菌侵染后,香鱼肝脏中IL-17C基因表达变化最大,菌侵染8 h时的表达量为对照组的9.17倍;其次为脾,菌侵染4 h时的表达量为对照组的6.69倍。研究表明,香鱼IL-17C基因的表达与病原菌侵染密切相关,可能在免疫功能中具有重要作用。     

棘腹蛙皮肤抗菌肽Cathelicidin-Pb的克隆及表达分析

基于棘腹蛙(Paa boulengeri)皮肤转录组数据库,釆用RT-PCR方法从棘腹蛙皮肤组织中克隆到了编码Cathelicidin-Pb前体的核苷酸序列,其完整ORF长度为441 bp,编码146个氨基酸残基。通过信号肽预测和结构域查找比对,发现Cathelicidin-Pb前体包含N端20个氨基酸残基的信号肽、101个氨基酸残基的中间间隔区(cathelin结构域)和25个氨基酸残基的成熟抗菌肽。进一步研究发现,在适度高温范围内,皮肤组织中Cathelicidin-Pb的表达随着生长环境温度的升高而逐渐增加,但是当环境温度超过27℃后,其表达量急剧降低;Cathelicidin-Pb主要在皮肤组织中表达,在肌肉组织和血液组织的表达量较低。这些结果为棘腹蛙养殖过程中疾病控制及Cathelicidin-Pb抗菌肽的后续开发提供了重要的线索。     

尼罗罗非鱼MHC ⅡA基因的克隆、表达及多态性分析

为进一步了解鱼类MHC ⅡA基因的特点及其在免疫反应中的功能,采用同源克隆、RACE-PCR、巢式PCR等技术,从健康的尼罗罗非鱼体获得1 205 bp的MHC ⅡA基因cDNA全序列(Orni-DBA-0101,Genebank登录号:JF719813)及1 388 bp的基因组序列。序列分析发现,尼罗罗非鱼MHC ⅡA基因含4个外显子和3个内含子,开放阅读框长720 bp,编码239个氨基酸。从4尾尼罗罗非鱼中共得到8条不同的cDNA序列,分别编码不同的氨基酸序列。氨基酸序列比对后发现,序列间存在丰富的多态性,且主要集中在α-1区,多态性位点数远远高于半滑舌鳎MHC ⅡA基因。生物信息学分析表明,尼罗罗非鱼MHC ⅡA编码的蛋白质分子包含1个信号肽、2个胞外结构域、1个跨膜区和1个胞质区,存在4个保守的半胱氨酸残基以及丰富的磷酸化位点,与其他物种的相似性为23%～65%。RT-PCR结果表明,MHC ⅡA基因在脾、肾、肠、鳃、性腺、肝、心脏表达量很高,在鳔和肌肉中表达量最低。人工感染嗜水气单胞菌后,肝、脾、肾、鳃、肠5个组织中MHC ⅡA基因的mRNA水平均发生了不同程度的变化,提示MHC ⅡA分子作为一种重要的免疫因子,在清除病原的免疫反应中起着重要作用。     

中华鳖MHCⅡα基因cDNA的克隆及组织表达分析

为了探究中华鳖(Pelodiscus sinensis)的主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex, MHC)的结构和功能，本研究利用RACE技术成功克隆获得中华鳖MHCⅡα基因的cDNA全长序列，其长度为1296 bp，开放阅读框(ORF)为807 bp，共编码268个氨基酸，分为信号肽序列、Ⅱ类组织相容性抗原α结构域、IGc1结构域及跨膜结构域4个功能结构域。通过NJ法构建的系统进化树分析显示，中华鳖与西部锦龟(Chrysemys picta bellii)亲缘较近，而与哺乳类、鸟类及鱼类亲缘关系较远。荧光定量PCR结果显示，MHCⅡα mRNA在中华鳖8个组织中均有表达，在脾、心、肝及肠组织中表达水平较高，在肌肉组织中表达量最低。感染嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila) 12 h后，中华鳖MHCⅡα mRNA在肝和肠组织中的表达显著上调；感染1 d时，在脾组织中的表达显著上调；感染1 d及5 d时，在肾组织中的表达显著上调。研究表明，中华鳖MHCⅡα基因参与了中华鳖免疫反应。     

鳜T细胞表面受体CD4分子的克隆与表达分析

克隆了鳜T细胞表面受体CD4分子的cDNA序列并对其在组织/器官的表达进行了分析。鳜CD4分子的cDNA序列全长为2 356 bp,编码469个氨基酸。该CD4分子由4个免疫球蛋白样结构域(V1C1V2C2)构成的胞外区、一个跨膜区和一个包含保守的CXC基序的胞内区组成。系统进化分析表明,鳜CD4分子与同属于鲈形目的鲈CD4分子聚为一支,与鲈的相似性最高(57%),与鲤的相似性较低(34%)。序列比对分析显示,CD4分子胞外区存在多个保守性位点,如:C1结构域中的WTC基序、V2和C2结构域中的N糖基化位点等。同鸟类和哺乳类不同的是,鳜CD4分子在V1结构域中缺少由半胱氨酸(Cys)残基对形成的二硫键,而在V2结构域中存在一个额外的二硫键,这可能会改变CD4分子的空间构象,进而影响到CD4与MHC Ⅱ的结合以及后续的抗原诱导的T细胞活化等。荧光定量PCR分析表明,CD4 mRNA在鳜的胸腺中表达量最高,在脾脏中表达量最低。脂多糖腹腔注射8 h后,CD4 mRNA在鳜的胸腺、脾脏和头肾中都呈显著的上调表达(P<0.05)。     

俄罗斯鲟β-防御素基因的克隆及表达分析

β-防御素是一类富含半胱氨酸的阳离子抗菌肽,在脊椎动物免疫系统中发挥重要作用。本研究基于转录组Solexa测序结果,利用PCR和荧光定量PCR技术对俄罗斯鲟(Acipenser gueldenstaedti)β-防御素基因进行了克隆和表达模式分析。结果显示,俄罗斯鲟β-防御素c DNA片段长度为333 bp,包含开放阅读框(Open reading frame,ORF)213 bp,推测编码71个氨基酸;SMART分析显示,该基因包含23个氨基酸的信号肽、1个防御素-β-2结构域和6个保守的半胱氨酸残基,此结构与其他物种极为相似,在进化中比较保守。同源比对发现,俄罗斯鲟β-防御素与鱼类的相似度最高,为54%~60%。β-防御素基因在健康俄罗斯鲟11种组织(肝、肠、脾、头肾、胃、鳃、血液、脑、皮肤、肌肉和性腺)中均有表达,其中,在性腺和皮肤中表达量最高;病原菌嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染后可强烈影响β-防御素基因在6种免疫组织(肝、肠、脾、头肾、血液和鳃)中的时空表达。其中,在头肾中的上调表达最明显,在感染后72 h为表达峰值,达到0 h表达量的700倍。在脾、血液和肠中均有几倍至十几倍的上调,而在肝中整体呈现下调表达趋势。研究表明,β-防御素基因参与了俄罗斯鲟的免疫应答过程,本结果为俄罗斯鲟的免疫调控和病害防治研究奠定了基础。     

拟穴青蟹卵泡抑素相关蛋白基因的克隆和表达分析

卵泡抑素相关蛋白(follistatin related protein,FRP)是一种细胞外基质糖蛋白,该蛋白参与细胞增殖、迁移、组织重塑、胚胎发育、细胞间相互作用等多种生理过程。迄今甲壳动物FRP的研究尚未见诸报道。实验采用RACE技术首次克隆了拟穴青蟹FRP基因部分cDNA序列。该序列长度1 948 bp,FRP肽段含有484个氨基酸残基,包括KAZAL-FS结构域、EFh结构域和两个Ig结构域。系统进化树显示拟穴青蟹FRP基因的分子进化地位与其生物学分类地位一致。半定量PCR及荧光定量PCR结果表明,FRP基因在拟穴青蟹的胸神经团、脑和卵巢中表达。FRP基因在卵巢发育各期的表达量各不相同,卵巢未发育期最高,据此我们推测FRP具有抑制卵巢发育的作用。     

斑点叉尾鮰源嗜麦芽寡养单胞菌的全基因组测序及比较基因组学

嗜麦芽寡养单胞菌是近年来引起斑点叉尾鮰暴发高致死性传染病的主要病原之一。为了对防治该病提供技术储备,本研究对嗜麦芽寡养单胞菌XH.SM.1菌株进行全基因组测序与比较基因组学分析,同时用扫描电镜观察其超微形态特征。电镜观察显示,XH.SM.1为两端钝圆的短杆状细菌,菌体平均长度(1.73±0.35)μm,平均直径(0.43±0.04)μm。全基因组测序得到XH.SM.1基因组大小为4.56 Mb,GC含量为66.60%,编码4087个基因。将基因组序列上传NCBI,得到登录号:PYBO01000001.1。通过与VFDB数据库比对,预测得到3个可信度较高的毒力基因。共线性分析结果显示XH.SM.1与10株完成图水平的嗜麦芽寡养单胞菌有较好的共线性。ARDB数据库预测和基因组岛分析,共同发现XH.SM.1基因组中含有许多耐药基因。泛基因组分析显示XH.SM.1呈现开放性(open)结果,这与嗜麦芽寡养单胞菌为环境常在的条件致病菌的表型相吻合,说明其适应环境和与外界进行遗传物质交流的能力较好。     

不同月龄缢蛏新品种数量性状的相关与通径分析

为了检测缢蛏新品种"申浙1号"不同月龄数量性状间的相关性。随机选取4、9、11月龄缢蛏个体60个以上,测量其壳长(SL)、壳高(SH)、壳宽(SW)、活体质量(W),采用相关与通径分析方法分析壳形态性状对活体质量的作用效果。结果显示,各数量性状之间的相关关系均达到极显著水平,其中与4、11月龄质量相关系数最大的是壳长,分别为0.911、0.631,与9月龄活体质量相关系数最大的是壳高,为0.653。通径分析结果显示,对4、9、11月龄活体质量的直接影响最大的分别是壳长(0.562)、壳宽(0.433)、壳高(0.394),决定系数与以上通径分析结果的变化趋势一致。利用逐步回归的方法分别建立4、9、11月龄缢蛏活体质量(W)的最优回归方程:W4=–0.756+0.039SL+0.112SW,R2=0.849;W9=–10.622+0.095SL+0.404SH+0.644SW,R2=0.631;W11=–23.772+0.207SL+0.805SH+0.587SW,R2=0.909。研究结果为缢蛏人工选育过程中的亲贝选择和产量预测等提供了基础数据。     

黄海、东海近海七个棘头梅童鱼地理群体的形态差异分析

对2013年采自连云港、大丰、崇明、舟山、宁德、厦门和温州的7个棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)群体共238个个体进行形态学比较研究,运用单因素方差分析、主成分分析、聚类分析和判别分析等多元统计分析方法对13项可量性状以及20项框架参数进行形态差异分析。单因素方差分析结果显示,7个地理群体之间确实存在显著性差异;主成分分析得到的4个主成分对不同群体间总差异的贡献率分别为53.131%、9.328%、4.249%和3.406%,累积贡献率为70.113%,躯干部最能用以区分不同的地理种群;主成分分析和聚类分析结果基本一致,认为7个棘头梅童鱼地理群体在形态上不存在明显的南北分化现象;通过判别分析得到14个比例变量并构建判别函数,将7个群体的数据代入函数,得到群体的综合判别率为85.3%,判别准确率P1为62.5%~96.7%(群体判别正确的尾数/群体的实际尾数),P2为78.1%~90.6%(判别正确的尾数/判入该群体的尾数),舟山群体由于其特殊的地理因素,判别准确率较低(P1=62.5%,P2=78.1%)。本研究为棘头梅童鱼地理种群判别、种质资源保护以及良种选育等提供了基础的形态学数据。     

解放眉足蟹形态性状对重量性状影响的效果分析

为研究解放眉足蟹(Blepharipoda liberate Shen)形态性状与重量性状的关系,测量了解放眉足蟹甲高(C)、体长(L)、甲长(L_1)、甲棘长(L_2)、棘间长(L_3)、棘间宽(W_1)、甲宽(W_2)、甲基宽(W_3)、第一腹节长(F_1)、第一腹节宽(F_2)、螯长(A_1)、螯棘长(A_2)、湿重(W_W)、干重(W_D)等14个生物学指标,通过相关分析、通径分析和回归分析等方法进行了研究。结果表明解放眉足蟹雌性个体在14个数量指标上显著高于雄性(P0.01),重量指标的变异系数大于形态指标,形态指标和重量指标呈极显著的相关关系(P0.01)。对于雄性个体而言,体长(L)、甲棘长(L_2)、棘间宽(W_1)对湿重、干重的直接作用和直接决定系数较大;对于雌性性个体而言,体长(L)、甲宽(W_2)对湿重、干重的直接作用和直接决定系数较大。雄性和雌性个体形态性状对湿重的回归方程分别为Y=-4.992+0.238L和Y=-9.903+0.285L+0.167W_2。雄性和雌性个体形态性状对干重的回归方程分别为Y=-1.523+0.082L-0.04W_1和Y=-2.65+0.098L。本研究可为解放眉足蟹选育评价提供相关参考。     

日本沼虾五群体形态性状对体质量的通径分析

为筛选出影响日本沼虾体质量的主要形态性状,以便确定人工选育的理想测定指标,以太湖、鄱阳湖、白洋淀、微山湖及淀山湖的野生日本沼虾为研究对象,随机选取各群体90尾虾测定19个形态指标,采用简单相关分析和通径分析等多元回归分析方法分析各群体对体质量作用较为突出的形态性状,并进行聚类分析。通径分析结果显示,太湖群体体长、头胸甲宽、第二步足长、头胸甲高、尾扇长对体质量的通径系数达到极显著,逐步回归建立其对体质量的回归方程、回归截距及相应的回归系数分别为–9.878、0.075、0.314、0.011、0.320、0.222;鄱阳湖群体头胸甲长、尾扇长、尾节宽、头胸甲宽、头胸甲高、尾节高、体长性状对体质量的通径系数达到极显著,回归截距和相应的回归系数分别为–1.618、0.392、–0.280、0.703、0.524、–0.359、0.688、–0.061;白洋淀群体体长、头胸甲宽、第二步足长和尾扇长对体质量的通径系数达到极显著,其回归截距和相应的回归系数分别为–4.796、0.082、0.222、0.007、0.136;微山湖群体头胸甲长、腹节高、第二步足长、腹节宽对体质量的通径系数达到极显著,其回归截距和相应的回归系数分别为–7.644、0.248、0.329、0.025、0.301;淀山湖群体体长、第二步足长、头胸甲宽、尾节宽、腹节宽对体质量的通径系数达到极显著,其回归截距和相应的回归系数为–6.257、0.019、0.018、0.164、0.264、0.162。体长与头胸甲性状在不同群体中都对体质量的作用十分明显。聚类结果显示,地理位置越接近,形态上越相似。研究表明,各个地区被保留的性状与体质量的复相关系数为0.965、0.904、0.902、0.971、0.955,为影响各自群体体质量的主要自变量。     

褐点石斑鱼不同月龄形态性状的主成分及通径分析

为研究褐点石斑鱼不同月龄形态性状的生长规律特征及形态性状对体质量的影响,采用主成分分析和通径分析方法对3月龄、8月龄和13月龄褐点石斑鱼个体全长(X_1)、体长(X_2)、头长(X_3)、体宽(X_4)、体高(X_5)、尾柄高(X_6)、眼径(X_7)、眼后头长(X_8)和体质量(Y)9个性状进行分析。结果显示,(1)不同月龄褐点石斑鱼各形态性状对体质量的相关系数均达到极显著水平,不同月龄相同形态性状与体质量的相关性存在差异。(2)各月龄第一主成分均指向褐点石斑鱼的生长发育情况;第二主成分均指向眼睛发育情况;但3月龄、8月龄和13月龄第三主成分分别指向尾部发育、体宽发育及体高发育。(3)3月龄阶段,全长、体高、体宽及尾柄高对体质量的直接通径系数达到显著水平;8月龄阶段,全长、体宽、尾柄高及眼后头长对体质量的直接通径系数达到显著水平;13月龄阶段,全长、体高、体宽及体长对体质量的直接通径系数达到极显著水平,并建立了3个月龄组的不同形态性状对体质量最优回归方程。(4)褐点石斑鱼3~13月龄阶段的体长(L)与体质量(W)的关系为W=0.0378L2.873(R~2=0.9596),说明该阶段生长属于等速生长。研究表明,在褐点石斑鱼的不同生长阶段,各形态性状对体质量的影响有所不同,建议以全长(3~13月龄)作为育种工作的目标性状,为褐点石斑鱼早期生长发育阶段的选择育种工作和测量指标提供科学依据。     

合浦珠母贝不同壳色选育系F6数量性状的相关性和通径分析

为深入了解不同壳色合浦珠母贝(Pinctada fucata)形态性状与体重间的关系,为亲贝的选择提供策略,本研究使用合浦珠母贝传统壳色、金壳色、白壳色、红壳色和黑壳色5种壳色选育系F6各1000只个体的性状数据进行通径分析和聚类分析。测量的性状包括壳长(SL,mm)、壳高(SH,mm)、壳宽(SW,mm)、绞合线长(HL,mm)和体重(BW,g)。结果显示,5种壳色合浦珠母贝所有形态性状与体重间的相关系数均达到极显著(P0.01)。通径分析表明,壳长对传统壳色和白壳色贝体重的直接影响最大,壳高对金壳色和红壳色贝体重的直接影响最大,壳宽对黑壳色贝体重的直接影响最大。利用多元回归方法构建不同壳色合浦珠母贝形态性状与体重(BW,g)间的回归方程,其中传统壳色:BW=-24.999+0.467SL+0.387SH-0.259SW+0.244HL;金壳色:BW=-38.661+0.305SL+0.477SH+0.242SW+0.375HL;白壳色:BW=-4.130+0.332SL+0.300SH-0.307SW+0.088HL;红壳色:BW=-27.307+0.327SL+0.321SH+0.252SW+0.305HL;黑壳色:BW=-40.921+0.278SL+0.335SH+1.076SW+0.269HL。聚类分析显示,传统壳色与金壳色形态特征相近,而白壳色、红壳色和黑壳色形态特征相近。     

草鱼体脂性状的变异特征及相关性

为探究草鱼体脂性状的变异特征及相关性,采用数理统计方法对296尾17月龄草鱼的15个数量性状指标进行综合分析评价。结果显示,草鱼体脂性状(腹脂指数IPF、肝胰脏粗脂肪含量HLC、肌肉粗脂肪含量MLC)具有丰富的变异特征,变异系数范围为21.30%～47.04%。相关分析发现,草鱼3个体脂性状之间呈现显著正相关,表明草鱼脂质沉积在不同组织中具有一定的同步性。进一步的因子与聚类分析显示,观测的15个草鱼数量性状大致分为4类,包括体型因子、体尺因子、脏器指数因子和体脂含量因子,其中IPF归属于脏器指数因子,HLC和MLC二者组成体脂含量因子。多元统计分析发现,草鱼形态性状对3个体脂性状变异的解释量范围为7.45%～24.83%,相较而言,矢状面体型SS可在一定程度上预测体脂性状。研究表明,草鱼体脂性状具备较大的选育潜力,其中IPF整体显示出较好的关联性,可作为代表性目标性状用于育种实践。本研究为草鱼体脂性状选择育种提供了重要参考依据。     

中国明对虾Dscam基因的克隆及其在免疫致敏(类免疫)诱导反应中的表达分析

为了研究对虾免疫致敏过程中Dscam基因的表达规律,实验采用同源克隆和RACE技术获得了中国明对虾Dscam基因c DNA全长序列,并对该序列进行生物信息学分析。结果显示,中国明对虾Dscam基因的c DNA全长为6 624 bp,其中包括171 bp的5′端非编码区,459 bp的3′端非编码区,开放阅读框的长度为5 994 bp,编码1 996个氨基酸。推测该基因编码的蛋白含有一个信号肽、10个Ig结构域、6个FNIII功能区、1个胞质尾区和1个跨膜结构域。同源性分析及系统进化分析表明,Dscam基因与节肢动物的Dscam基因首先聚为一类,且与凡纳滨对虾的同源性最高,为92.4%。连续投喂6 d热灭活白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)饵料来诱导免疫致敏反应,在0、6和12 d及二次感染后的12、24、48、72和168 h分别取样,用RT-PCR的方法检测中国明对虾Dscam的相对表达量。结果显示,诱导感染组Dscam基因在第12天开始上调,且与阴性对照组和未诱导感染组差异显著;二次感染后24 h,Dscam基因的相对表达量达到最大值,与阴性对照组和未诱导感染组差异显著;48 h后基因表达量开始下降,但表达量仍高于阴性对照组和未诱导感染组。实验表明,中国明对虾存在Dscam基因,并在免疫致敏过程中发挥重要作用。     

中国沿海龙头鱼群体多变量形态特征的比较

为查明我国沿海不同地理群体龙头鱼（Harpadon nehereus）外部形态差异，采用传统形态学测定和几何框架度量法对8个龙头鱼群体共计199尾个体的29个可量性状进行了多元统计分析。主成分分析提取了排序前7位的主成分，获得累计贡献率达71.481%。主成分散点图显示舟山和潮州群体与其他群体差异较大，其中第1主成分反映了臀鳍大小及腹鳍至臀鳍间的躯体斜向大小差异；主成分2受到双眼间距离和口裂大小的影响。单因素方差分析显示仅特征值口裂/头长（MCL/HL）、腹鳍起点至脂鳍起点/体长（D₃-D₈/BL）、臀鳍起点至背鳍起点/体长（D₅-D₆/BL）和臀鳍基部末端至脂鳍基部末端/体长（D₇-D₁₀/BL）在各群体间未检测到显著性差异（P<0.05）。聚类树显示舟山群体聚在最外层，与其余群体差异较大，其次为海口和青岛群体。用逐步回归分析法选取9个作用最大的特征值建立判别公式，样本被判入青岛群体的判别准确率为100%，综合辨别率为66.9%。研究结果表明，不同群体龙头鱼在形态上存在一定差异，躯体长度、臀鳍位置和头部形态是区分它们的主要特征，但这些差异与地理分布没有形成对应关系。推测不同群体间频繁的交流使得形态差异受地理距离的影响较小，环境因子可能是导致特征差异的主要原因。