津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。     

基于线粒体COI序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性和遗传结构分析

本研究采用线粒体COI序列为分子标记，探究了长江、淮河下游8个湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)群体的遗传多样性和遗传结构。通过PCR和测序技术，获得鲢COI基因序列片段。分析结果显示：COI序列片段长度为630 bp, 243条COI序列共检出23个变异位点，定义14种单倍型，平均单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为0.692和0.005 12。8个群体的单倍型多样性为0.508～0.803,核苷酸多样性为0.002 41～0.006 94,表明鲢群体的遗传多样性有较大差异。分子方差分析结果显示，遗传变异主要来自于群体内，遗传分化指数(F_ST)为0.008 3,表明群体间没有显著遗传分化。系统发育树和网络结构图显示，单倍型分化为2个分支，但群体没有形成特定的地理遗传结构。中性检验结果和歧点分布曲线表明，鲢群体没有显著偏离中性选择，群体大小保持相对稳定。     

长江中上游4个鲢群体遗传多样性分析

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是我国重要的淡水经济鱼类,长江是其重要的种质资源库。为了研究长江中上游鲢群体遗传多样性现状,比较中上游群体的遗传分化,本研究采用线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)序列分析了长江中上游鲢群体遗传多样性及遗传分化状况,为鲢资源的保护和开发提供科学依据。采集了长江中上游江津(JJ)、宜昌(YC)、嘉鱼(JY)、黄冈(HG)等4个鲢群体共151尾样本。结果表明:135条Cyt b序列共检测出53个多态位点和19种单倍型,150条D-loop序列共检测出94个多态位点和48种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.693、0.00748和0.902、0.01557,2个标记数据均显示上游群体遗传多样性较中游群体高;群体间的分化指数(FST)和基因流(Nm)均表明长江上游(JJ)和中游(YC、JY、HG)地理群体间存在显著遗传分化。基于单倍型构建的NJ系统发育树及单倍型中值连接网络分析图显示,长江中上游鲢群体可划分为两个谱系,其中一个谱系主要源自上游群体。     

人工雌核发育鲢近交F_2微卫星DNA变异分析

采用17对鲢微卫星引物,以野生鲢、养殖鲢、雄鲤作对照对人工雌核发育鲢近交F2及其亲本进行了微卫星分析。结果表明:人工雌核发育鲢近交F2、养殖鲢和野生鲢群体的平均等位基因数范围为2.1～4.0;平均观测杂合度范围为0.2762～0.9588;期望杂合度范围为0.2774～0.7360;遗传多样性指数范围为0.4500～1.2258,人工雌核鲢近交F2为0.4500,显著低于养殖鲢(1.0273)和野生鲢(1.2258),揭示人工雌核发育鲢近交F2遗传多样性水平较低,纯合度较高。从遗传距离来看,人工雌核发育鲢近交F2与对照群体之间的遗传距离都要大于野生鲢与养殖鲢群体之间遗传距离,表明人工雌核发育鲢近交F2发生了一定程度的遗传分化。     

长丰鲢生长性状相关微卫星标记的初步筛选

为了筛选出与长丰鲢生长性状相关的分子标记,以指导其种质鉴定和选择育种工作,实验利用15个多态微卫星标记,对6、17和36月龄长丰鲢进行了遗传多样性和生长性状关联分析。结果显示,各月龄长丰鲢的观测杂合度（H_o）和期望杂合度（H_e）均高于0.5,PIC均值分别为0.555、0.445和0.490,表明各月龄长丰鲢群体均具有较高的遗传多样性。其中,染色体LG15上的位点BL55在3个月龄组均含有231 bp片段的等位基因,该位点上的基因型225/231、231/245分别对长丰鲢起负面影响和正面影响;为了研究该位点在其他鲢群体中的适用性,分别选取长江、湘江2个野生的鲢群体进行验证。研究表明,231 bp片段的等位基因在长江鲢群体和湘江鲢群体中均存在,据此初步确定标记BL55为与鲢生长性状相关的候选标记,对鲢的遗传改良和选择育种均有一定的参考价值。     

长江中下游鲢、鳙、草鱼、青鱼种群分化的同工酶分析

为查明长江中下游鲢、鳙、草鱼、青鱼有无不同种群，用聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了长江中游天鹅洲故道、汉阳、瑞昌江段和下游安庆江段鲢、鳙、草鱼、青鱼各４个群体间的生化遗传变异。同种鱼各群体间的遗传变异未见有显著差异。遗传距离Ｄ值均小于０．００１。由此，初步认为长江中下游的鲢、鳙、草鱼、青鱼应各属一个没有显著遗传分化的种群，我们称之为“长江种群”。因而，在长江中下游选择一处优良保护场所就有可能达到就地保护长     

漠斑牙鲆微卫星标记筛选及美国群体遗传结构分析

采用磁珠富集法筛选适合漠斑牙鲆遗传多样性分析的微卫星分子标记。筛选共获得43条序列,其中完美型26个,占60.5%;非完美型14个,占32.6%;复合型3个,占6.9%。选取其中14对特异性好且扩增效率高的微卫星引物,对采自美国北卡罗来纳州沿海的漠斑牙鲆野生群体和养殖群体进行遗传多样性及遗传结构比较分析。研究结果表明,12对引物的扩增产物具有多态性,其中7个位点为高度多态(PIC>0.5)。两个群体中共检测到90个等位基因。12个多态性微卫星位点在两个群体中的平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.36和0.57。9个位点在整个群体中呈现出不同程度的偏离遗传平衡(P<0.05),且偏离平衡的位点均表现为杂合子缺失(Fis>0)。野生群体和养殖群体间的遗传距离为0.1115,群体间的遗传分化微弱(Fst=0.0438)。     

基于COI序列的长江中上游鲢6个地理群体遗传多样性分析

为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。     

磁珠富集法分离草鱼微卫星分子标记

磁珠富集法是一种快速、高效的分离微卫星分子标记的方法。本研究通过该方法分离草鱼的微卫星分子标记。将草鱼（Ctenopharyngodon idella）基因组DNA经Sau3AI酶切，同收纯化400～900bp片段，连上接头，构建“基因组PCR文库”。用生物素标记的简单重复序列（CA）15作探针与其杂交，杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上，经一系列的洗涤过程，去除磁珠表面不含有微卫星的片段。将吸附在磁珠上的片段洗脱，PCR扩增放大，再进行克隆和测序，根据微卫星两端的保守序列设计引物，即可得到微卫星分子标记。本研究义通过同位素标记的探针（CA）15进行二次杂交筛选，获得阳性克隆132个，所得到的阳性克隆经测序，86．36％含有微卫星序列，共获得130个微卫星DNA序列。用引物设计软件Primer Premier5．0没计引物83对。     

长江野生鳡鱼子一代养殖群体的遗传多样性分析

利用ISSR分子标记技术检测了长江野生鳡子一代养殖群体的遗传多样性。在77个引物中, 对筛选出条带清晰、稳定的5个引物扩增结果进行统计, 其中二碱基重复序列2个, 三碱基重复序列1个, 四碱基重复序列2个。共得到24个条带, 其中呈多态性的条带15个, 多态性位点比例达62. 5%。遗传多样性指数为0. 2552, Shannon系数为0. 3707。结果表明, 长江野生鳡子一代养殖群体的多态性位点比例和遗传多样性指数都处于中间水平, 而Shannon系数相对偏低, 个体间遗传差异较大。     

鲢鳙放养对水体微生物碳源利用影响的围隔试验

利用Biolog技术就滆湖原位围隔内鲢鳙放养密度和比例对水体微生物碳源利用的影响进行了研究。结果显示,在试验阶段后期不同围隔内水体微生物对碳源总量的利用相对于试验中期有较明显的变化。未放养鲢鳙的对照组(A0)在试验后期对于碳源总量的利用低于各实验组(A_1:鱼密度40 g/m~3、鲢鳙比7∶3;A_2∶40 g/m~3、3∶7、A_3∶80 g/m~3、7∶3和A_4∶80 g/m~3、3∶7)。试验中期和后期,利用比例较高的碳源类型均为聚合物。主成分分析表明,试验后期不同围隔水体微生物群落碳代谢方式具有显著差异。其中,与主成分1显著相关的碳源主要有16种,分别属于聚合物、糖类、羧酸、氨基酸。实验中期和后期围隔水体微生物碳代谢多样性指数Shannon物种多样性指数、丰富度指数和Pielou均匀度指数均存在显著差异,代谢多样性指数最高的是实验组A1,实验组A4碳代谢多样性指数相对较低。根据鳙的绝对生物量、多样性指标以及对碳源的总量利用,可以得出以鲢鳙主导的微型生态系统中,鳙的绝对生物量对于水体微生物影响更加显著。     

鲢鳙在长寿湖水生态系统氮磷循环中的作用

为探究长寿湖鲢、鳙在水体生态系统氮(N)磷(P)循环中的作用,研究测定了季节性水体总氮(TN)、总磷(TP)的变化,进行了原位鲢、鳙排泄率的测定。通过N、P排泄对比分析了鲢、鳙对水体N、P的贡献率。通过长寿湖鲢、鳙鱼体N、P含量测定,估算水体中N、P去除量。结果显示:鲢、鳙N、P排泄率夏季最高,冬季最低,季节性温度变化对其排泄率有一定影响;2016—2017在长寿湖平均水温为19.88℃条件下,鲢的N、P排泄率分别为0.973 1μg L-1d-1和0.242 2μg L-1d-1;鳙的N、P排泄率分别为0.642 5μg L-1d-1和0.174 9μg L-1d-1,鲢、鳙N、P排泄量分别占长寿湖藻类初级生产所需N含量的1.19%和0.79%,P含量的9.57%和6.91%;2016—2017长寿湖通过捕捞鲢、鳙产品带走的N、P含量分别为60.61 t和23.31 t。结果表明,长寿湖开展生态养殖对水体N、P贡献较小,不会引起水体富营养化。     

Food habits and growth of silver and bighead carp in cages and ponds

Analysis of intestinal contents of silver carp (Hypophthalmichthys molitrix) and bighead carp (Aristichthys nobilis) showed that silver carp consumed primarily phytoplankton while bighead carp consumed large quantities of zooplankton and detritus in addition to phytoplankton. The size of particles filtered by the bighead carp was larger (17–3,000 μm) than that filtered by silver carp (8–100 μm). Artificial feed was readily consumed by bighead carp but not by silver carp. No growth difference was indicated for silver carp in fertilized ponds and ponds receiving artificial feed. Growth of bighead carp increased substantially with the addition of artificial feed. Silver carp grew more rapidly in cages than bighead carp.     

鲢InDel-RFLP标记开发及其在连锁图谱构建中的应用

基于随机测序的鲢(Hypophthbalmichthys molitrix)基因组片段,尝试开发基于InDel的限制性片段长度多态性标记(InDel-RFLP).结果显示:共133个片段中,65个在一个野生鲢群体(该野生鲢群体采自长江流域荆州段,31个个体)中表现多态性.共检测到163个等位基因,每位点等位基因数从2到...     

长江草鱼多态微卫星位点的分离及后备亲鱼的遗传多样性分析

本研究采用磁珠富集法分离了10对具有多态性的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)微卫星位点,并对140条长江野生草鱼组成的后备亲鱼群体的遗传结构进行了分析。结果显示:本试验得到的草鱼微卫星序列主要是以2个碱基为重复单位、重复次数在5～22之间的多重复单元,重复次数在10次以上的微卫星序列较易得到多态性;77个微卫星座位中,完美型、非完美型和混合型微卫星标记所占的比例分别为87.01%、2.60%和10.39%;群体遗传分析显示,10个多态性微卫星座位中,除了GC39座位外,其它座位都符合哈迪-温伯格平衡,适用于草鱼群体的遗传结构分析;每个座位检测到3～8个等位基因,平均有效等位基因数为3.9302,多态信息含量在0.4129～0.8107之间变动,平均为0.6678,除了GC78座位为中度多态外,其他9个座位均为高度多态。基因分化系数、Shannon指数、平均观测杂合度和平均期望杂合度的平均值分别为0.3457、1.4262、0.9511和0.7193,表明该群体的遗传多样性比较丰富。     

雌核发育草鱼的遗传结构分析和微卫星鉴别方法的建立

采用微卫星标记检测草鱼群体的遗传多样性,并根据纯合度的变化建立了雌核发育草鱼的鉴别技术。结果显示,8个位点共扩增出33个等位基因;在普通草鱼中,平均纯合度和PIC分别为0.203 1和0.552 8;在雌核发育群体中,则为0.716 1和0.357 2;2个群体间遗传相似度为0.873 3。其中,5个位点在雌核发育草鱼中纯合度明显提高,雌核发育草鱼在这5个位点的扩增总条带数为5~7个,普通草鱼则为8~10个,由此可100%区分2个草鱼群体。通过概率计算,理论鉴别概率达到99.92%。研究表明,雌核发育技术对草鱼的群体遗传结构改变较大,是快速建立纯系、固定优良性状的有效手段;根据群体遗传纯合度的改变、扩增条带数目差异,应用多态性微卫星分子标记可以简单、有效地区分雌核发育群体(或与之相似的高度近交群体)与普通群体。     

Microsatellite–centromere mapping in bighead carp ( Aristichthys nobilis) using gynogenetic diploid families

Gene–centromere mapping using half‐tetrad analysis is a powerful tool for understanding chromosomal behaviour and determining the position of centromeres in relation to genes or markers in fish. In this study, eight gynogenetic diploid families induced by inhibiting of the second meiotic division were genotyped at 66 microsatellite loci for microsatellite–centromere (M‐C) mapping in bighead carp ( Aristichthys nobilis). The absence of paternal alleles verified the success of gynogenetic development in all gynogenetic families. All loci were consistent with Mendelian segregation in control families. The estimated recombination frequency (y) ranged from 0.057 to 0.875 with an average of 0.477 ± 0.222. Seventeen loci (25.76%) showed high M‐C recombination frequencies of over 0.667. M‐C distances ranged from 2.85 to 43.75 cM under the assumption of complete interference. Thus, these loci are distributed from the centromeres to the telomeres of their respective chromosomes, while mainly in the intermediate region. Information on centromere mapping could serve as a starting point to consolidate the genetic linkage groups in bighead carp.     

Relative growth,survival and harvestability of bighead carp,silver carp,and their reciprocal hybrids

Growth and survival in the primary rearing phase (42 days) for bighead carp, silver carp, bighead × silver carp (BHC × SC), and silver × bighead carp (SC × BHC) in ponds and concrete tanks stocked at 370 500 fry/ha were studied. Mean survival for fishes in ponds was 93%, that in tanks was 73%. Yields among all fishes averaged 338 kg/ha. The growth rates of fishes in ponds were similar; in tanks, silver carp grew faster than the bighead carp.Growth, survival, and harvestability by seine during the secondary rearing phase (60-day duration) for the same groups of fish were studied. Fingerlings (0.9 g mean weight) were stocked in earthen ponds at 49 400 fish/ha and 98 800 fish/ha. Mean survival of fishes at low stocking rate was 77%, similar to that (71%) for the high stocking rate. Fish yields were similar at the low stocking rate. At the high rate, the BHC × SC yield (846 kg/ha) was greater than the SC × BHC yield (582 kg/ha). The BHC × SC and SC × BHC had greater mean weights at low stocking rate than at high stocking rate. The mean weights for bighead carp were similar at both rates. Bighead carp and the reciprocal hybrids were more easily harvested by seine than silver carp.