松江鲈群体遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对辽宁丹东和河北秦皇岛2个地区松江鲈(Trachidermus fasciatus)群体的遗传多样性进行了分析。结果显示:77个ISSR引物中有4个引物能扩增出清晰条带,4个引物对两个群体各24个样品扩增出27个位点。松江鲈丹东和秦皇岛两群体的多态位点比率均为44.44%,Shannon′s指数分别为0.2728、0.2836。Shannon′s指数和AMOVA分析均显示松江鲈的遗传变异主要来自于群体内个体间。松江鲈UPGMA系统树没有依据群体分别聚类,无明显遗传趋异。两个松江鲈野生群体的平均杂合度和多态位点与处于濒危状态的江豚类似,多态性位点比例低于濒危状态的平胸龟和长江刀鲚。结果表明:两个地区松江鲈群体的遗传多样性处于较低水平,遗传变异相对贫乏;松江鲈丹东和秦皇岛两个群体间无明显的遗传分化,亲缘关系较近。     

鳡遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对长江下游苏州段野生和野生F1代人工养殖的2个鳡群体遗传多样性进行分析研究.从77个ISSR引物中筛选出4个引物对鳡2个群体48个样品进行扩增,得到41个清晰的扩增位点.鳡野生和野生F1代人工养殖2个群体的多态位点比率和群体内遗传多样性指数分别为21.95%、17.07%,0.0724、0.0426;前者遗传多样性较后者略高.基因分化系数Gst和群体内遗传多样性指数估算分析均显示2个鳡群体之间出现一定遗传分化.鳡UPGMA系统树有较明显的歧化,表现出一定的遗传趋异.结果分析表明,鳡群体的遗传多样性相对贫乏;野生F1代人工养殖群体尚未形成自己独立的遗传结构,但2个群体间已经产生了一定的遗传分化,经过较多世代的人工繁育有可能形成自己独立而稳定的遗传结构.     

淇河鲫与两野生鲫鱼群体遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR技术对淇河鲫、金堤河鲫、沁河鲫3个群体进行遗传多样性研究。结果表明:(1)筛选8个引物共得到94个扩增位点,其中多态位点82个,多态位点百分率为87.23%。(2)Popgene分析结果,淇河鲫群体的遗传多样性水平相对较低,PPB=61.70%,H=0.2036,I=0.3085。(3)3个群体间的遗传分化系数GST=0.1303,基因流Nm=3.3359。表明3个群体的遗传分化尚未达到种群的分化水平。(4)金堤河鲫和沁河鲫群体间遗传距离较近,淇河鲫有一定的遗传分化,形成了较稳定的、独立的遗传结构。     

大连海域养殖裙带菜遗传多样性的ISSR分析

采用简单序列重复区间(ISSR)分子标记技术对辽宁大连海域的河口(HK)、旅顺(LS)、金石滩(JST)、凌水(LSH)4个裙带菜养殖基地和1个实验室人工单一配子体杂交(ZJ)共5个种群45个裙带菜个体进行遗传多样性分析。14个ISSR引物共扩增出清晰可辨的位点176个,其中多态性位点170个,多态位点百分数为96.59%。结果分析表明,在群体水平上基因多样性指数为0.1280~0.2328,Shannon′s信息指数为0.194 4~0.345 8,Ne i的分析结果显示种群间的遗传分化系数(Gst)为0.456 6,分子方差分析(AMOVA)显示种群间的遗传变异占总变异的47.57%,种群内变异占总变异的52.43%。UPGMA聚类结果为河口(HK)、金石滩(JST)和凌水(LSH)种群相聚为一支,旅顺(LS)和杂交(ZJ)种群聚为另一支。ISSR分析结果表明,这5个裙带菜种群内?种群间的遗传多样性水平均较低,不宜用作育种和育苗的种源。     

野生坛紫菜种群遗传多样性的ISSR分析

采用简单序列重复区间(ISSR)分子标记技术对福建省的3个野生坛紫菜(Porphyrahaitanensis)种群共60个个体进行了遗传多样性分析.15条引物共扩增出222个位点,其中186个位点具有多态性,多态位点百分率为83.78%,在种群水平上,多态位点百分率为80.18%～81.53%,平均为80.93%.期望杂合度、Shannon信息指数在物种水平上分别为0.3304和0.4834;在种群水平上分别为0.3089和0.4551,表明坛紫菜种群内存在着较高的遗传多样性水平,且在三个种群间没有明显差异.依据Gst值,坛紫菜的遗传变异主要发生在种群内的个体间(占93.5%),只有6.5%的遗传变异发生在种群间,由此说明坛紫菜种群间的遗传分化水平很低,这与坛紫菜种群间充分的基因交流(Nm=7.1930)是相关的.基于遗传距离的UPGMA聚类结果表明坛紫菜60个个体并不按照其地理分布进行分群,而是随机分群的.文章最后还对坛紫菜种质资源保护的必要性进行了讨论.     

毛蚶三个地理群体生化遗传特征分析

利用同工酶技术结合聚丙烯酰胺电泳对江苏海州湾、浙江象山港、辽宁辽东湾三个海区毛蚶群体的同工酶遗传多样性进行了研究。在三个群体的9种同工酶中,共检测到了18个基因位点,海州湾、象山港和辽东湾三个群体的多态位点比率(P.95)分别为61.11%、55.56%、64.71%,平均杂合度观测值(Ho)变化范围在0.1689~0.1770间,位点有效等位基因数分别为1.4417、1.3917、1.4219,遗传多样性较丰富。各群体普遍存在着杂合子缺失现象,近交系数(Fis)分别为0.2140、0.1232、0.1797。比较了三个群体间的遗传分化指数(Fst)和群体每代迁移数(Nm),结果表明,海州湾群体和象山港群体间遗传分化较小,Fst=0.0448;而辽东湾群体与其它两个群体间的遗传分化较大,分别为Fst=0.0755,Fst=0.0812。聚类分析结果同样表明,海州湾群体首先与象山港群体相聚,后与辽东湾群体聚类。讨论了毛蚶群体分化机制,近交系数与繁殖生物学的相关性。     

暗纹东方鲀养殖群体和野生群体遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对暗纹东方鲀3个养殖群体(SH、GD和ZJG)和1个野生群体(YS)的遗传变异和遗传结构进行了分析。结果显示:(1)14条ISSR引物总共获得109条扩增条带,平均多态位点率为88.76%,4个群体的平均有效等位基因数(Ne)在1.5085~1.5838,平均Nei's基因多样性(H)在0.297 0~0.337 1,平均Shannon信息指数(I)在0.446 3~0.499 2;(2)4个群体的总遗传分化指数(GST)为0.077 6,表明4个群体已经产生了中等程度的遗传分化;AMOVA结果显示,8.80%的遗传变异来自于群体间,91.20%的遗传变异来自于群体内个体间;(3)UPGMA聚类分析的结果显示,GD和ZJG群体先聚为一支,然后与SH群体聚为一支,最后与YS群体聚为一支。结果表明,我国暗纹东方鲀的人工养殖群体仍具有较丰富的遗传变异水平和较好的遗传改良潜力。     

中国沿海6个花鲈群体的遗传多样性分析

利用8对微卫星或简单重复序列[microsatellite or simple sequence repeats(SSR)]标记对辽宁东港(DG)、绥中(SZ),河北秦皇岛(QHD),山东青岛(QD),浙江舟山(ZS)以及广东珠海(ZH)海域的6个花鲈(Lateolabrax maculatus)群体进行遗传多样性分析。结果表明,共检测到等位基因90个,每个位点的等位基因数(NA)为3~20;有效等位基因数(Ae)为1.7~11.4;观测杂合度(Ho)为0.355~0.971;期望杂合度(He)为0.398~0.912;多态信息含量(PIC)为0.365~0.906;6个群体的遗传多样性处于中等水平且群体间差异不显著(P0.05),其中舟山群体的遗传多样性最高(NA=11;He=0.762;PIC=0.734),绥中群体的遗传多样性最低(NA=9.8;He=0.721;PIC=0.692);哈代?温伯格平衡检验显示,除秦皇岛群体外,标记Lama18、Lama21和Lama29在其他5个群体中偏离HWE(P0.01)。位点Lama18与Lama42间存在极显著性的连锁不平衡(P0.01);分子方差(AMOVA)分析结果显示群体间、群体内个体间以及所有个体间的方差均达显著性水平(P0.01);群体间配对Fst(pair-wise Fst)和遗传距离分析结果显示,舟山群体与其他5个群体遗传分化最远,遗传距离最大,而北方的绥中、东港、青岛以及秦皇岛4个群体间分化不显著;聚类分析显示,珠海与秦皇岛群体先聚合,再与舟山群体聚为一支。绥中、东港、青岛群体聚为一支;遗传组分分析结果显示,6个花鲈群体中共包含3个主要遗传组分,其中舟山群体遗传混杂少,遗传信息保留完整,而绥中、东港和青岛3个群体遗传组分类似,遗传混杂严重。另外,秦皇岛与珠海群体约40%的遗传组分相同;研究结果表明,中国沿海的花鲈群体中除舟山群体外,绥中、东港、青岛、秦皇岛和珠海5个群体的遗传多样性已受到现有养殖模式与养殖逃逸的影响。     

红尾仙女虾养殖群体ISSR反应体系建立及遗传多样性分析

针对24尾养殖红尾仙女虾Branchinella thailandensis样本的25 μL PCR体系,进行了 Mg2+、引物浓度、Taq DNA聚合酶3因素3水平L9(34)正交实验;退火温度范围设置为48～59℃(间隔1℃),优化了 ISSR反应体系及筛选的6个多态性和重复性较好的引物,分析了红尾仙女虾养殖群体的...     

长江上游5个草鱼群体的遗传多样性

为了了解三峡大坝、向家坝等水电工程建设后长江上游草鱼的遗传多样性和群体结构,利用线粒体Cyt b基因分析了长江上游邵女坪、巴南、万州、太平溪、合川等5个草鱼群体的遗传多样性、种群历史动态及群体之间的遗传分化。结果显示,长江上游草鱼群体的遗传多样性较低,5个群体的单倍型多样性为0.618～0.800,核苷酸多样性为0.088%～0.112%。5个群体的错配分析图呈单峰分布,表明长江上游草鱼在历史上发生过瓶颈效应和种群扩张。分子方差变异分析(AMOVA)显示草鱼群体的遗传变异主要来自群体内部(96.96%),仅有3.04%的变异来自群体之间。群体之间的遗传分化指数FST显示邵女坪群体和合川群体之间存在显著的遗传分化,其余群体之间遗传分化不显著。     

钝吻黄盖鲽野生群体遗传多样性分析

钝吻黄盖鲽(Pleuronectes yokohamae)隶属于鲽形目、鲽科、黄盖鲽属,为冷温性底层鱼类,是黄渤海常见的比目鱼,产量在黄渤海鲆鲽类中仅次于高眼鲽,是我国海洋渔业重要的经济鱼类.     

中间球海胆野生和养殖群体遗传结构的微卫星分析

利用28对微卫星DNA分子标记对中间球海胆的1个野生和1个养殖群体进行了遗传多样性分析。结果表明：在28个基因座中,共检测到91个等位基因,每个基因座位检测到的等位基因数为2～6个,2个群体的平均等位基因数均为3.071 4,平均有效等位基因数分别为2.231 9、2.227 1,平均观察杂合度分别为0.523 4、0.536 5,平均期望杂合度为0.486 8、0.499 3,平均多态信息含量为0.447 7、0.439 6,群体间的多态性差异不显著。2个群体间的遗传相似系数为0.758 7,遗传距离为0.276 2。经HardyWeinberg平衡的卡方检验,有50％的位点显著偏离HardyWeinberg平衡。通过F检验发现,两个群体均处于不同程度的杂合子过剩状态。群体间发生分化程度很弱,遗传变异主要来自群体内个体之间。     

我国引进条斑星鲽群体遗传多样性的AFLP分析

应用AFLP技术对我国条斑星鲽引进群体(烟台、大连和莱州)共63尾个体的遗传多样性及遗传变异进行分析,计算了3个群体间的遗传相似性指数和遗传距离,并构建了UPGMA系统发生树.10个引物组合在3个群体中共扩增到827个位点,大小位于50～700bp.每个引物组合扩增到的多态性条带在8到37条之间不等,平均为17.9个.3个群体的多态性位点比例分别为29.14%、15.60%和20.31%;Shannon多样性指数分别为0.1799、0.0949和0.1231;Nei基因多样性指数分别为0.1225、0.0658和0.0848.3个条斑星鲽引进群体的遗传多样性水平,烟台引进群体最高,莱州引进群体次之,大连引进群体最低,但总体水平均较低.烟台引进群体与大连引进群体间的遗传距离最大为0.0230,莱州引进群体与大连引进群体间的遗传距离最小为0.0129.3个引进群体间的遗传分化系数(Gst)为0.219,表明3个引进群体之间发生了一定程度的分化.     

基于线粒体COⅠ和Cytb基因探讨北鲍南养对皱纹盘鲍群体遗传结构的影响

为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响,利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基 (COⅠ)基因和细胞色素b (Cytb)基因分析了定殖漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛 (砣矶岛、大钦岛、南隍城岛)皱纹盘鲍群体的遗传多样性与群体遗传结构。结果显示,在259个个体730 bp的COⅠ序列片段中检测到48个变异位点和30个单倍型,6个群体的单倍型多样性为0.586~0.897,核苷酸多样性为0.0056~0.0081。259个个体730 bp的Cytb序列片段中检测到59个变异位点和32个单倍型,6个群体的单倍型多样性为0.605~0.909,核苷酸多样性为0.0077~0.0120。基于COⅠ和Cytb基因的群体间F_st值以及AMOVA结果表明,绝大部分群体之间存在显著的遗传分化,并且遗传变异主要来源于群体内。现行的皱纹盘鲍北鲍南养模式加强了不同群体之间的基因交流,使不同遗传背景的种群二次接触,导致皱纹盘鲍6个群体均具有较高的单倍型多样性和核苷酸多样性;而各养殖群体中的不同选育条件则可能是造成显著遗传分化的重要原因。本研究对分属南北沿海的6个皱纹盘鲍群体的遗传评估将为我国皱纹盘鲍资源的合理利用以及养殖模式对遗传结构的影响提供科学依据。     

安徽地区克氏原螯虾群体的遗传多样性和遗传结构

为了解安徽地区克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性,实验以安徽芜湖(WH)、宣城(XC)、合肥(HF)3 个地区克氏原螯虾人工养殖群体为研究对象,分别以安徽铜陵(TL)、马鞍山(MAS)2 个野生群体和监利(JL)、建湖(JH)、滆湖(GH)、兴化(XH)4 个人工养殖群体作为对照,选用 10 对克氏原螯虾微卫星引物对其进行微卫星遗传多样性和遗传结构研究.结果显示,安徽地区人工养殖克氏原螯虾群体的平均遗传多样性均高于 2 个野生群体和江苏、湖北 4 个地区的人工养殖群体,其中XC群体的遗传多样性最高.9 个群体全部10 个位点经Bonferroni法校正后均显著偏离Hardy-Weinberg平衡且绝大多数位点显示杂合不足.AMOVA分析表明遗传变异是由群体内部决定的;大多数组的Fst表现出中度分化(0.05相似文献   

基于COI序列的长江中上游鲢6个地理群体遗传多样性分析

为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。     

基于线粒体Cyt b分析入侵云南四大水系的麦穗鱼群体遗传结构

为揭示麦穗鱼入侵云南后群体的遗传多样性和遗传分化差异现状,实验采集了云南澜沧江、怒江、红河、伊洛瓦底江水系13个样点,及黄河、长江、珠江原产地水系6个样点的麦穗鱼群体共计220尾样本,利用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)全序列作为分子标记,初步分析了麦穗鱼群体的遗传多样性、遗传结构和遗传分化情况。结果显示,共检测到72个变异位点,定义25个Cyt b单倍型。云南四大水系麦穗鱼单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.828±0.014和0.005 44±0.001 18。云南四大水系和黄河、长江、珠江水系相比,具有较高的遗传多样性。单倍型系统发育树与单倍型网络图显示,黄河群体单倍型独立,云南各水系单倍型与珠江、长江单倍型混杂,推测云南麦穗鱼主要来源于珠江和长江,这与云南省引种经济鱼类历史一致。分子变异分析(AMOVA)显示,云南四大水系麦穗鱼群体间具有程度较高的遗传分化,其中大多数遗传变异存在于群体内(72.60%),群体间的遗传变异为28.62%,水系间为1.22%。结果发现麦穗鱼遗传分化与当前水系的分布格局不吻合。Fu’s Fs中性检验结果和核苷酸不配对分析结果均表明,云南四大水系麦穗...     

魁蚶各组织溶菌酶活性对鳗弧菌侵染的响应

为了有效防治细菌及其他病原微生物对魁蚶等贝类的危害,本实验研究了魁蚶各组织中溶菌酶活性对鳗弧菌侵染的响应过程,以期探讨魁蚶体内溶菌酶的免疫功能。本实验采用注射活菌的方法侵染20月龄魁蚶个体,随机选取16只个体,在每只个体的斧足处注射1 mL(约1×10～9个)鳗弧菌菌悬液作为感染组;随机选取16只个体不注射鳗弧菌作为对照组。两组魁蚶分别于洁净海水中暂养4、12、24和48 h后,每组随机取4只魁蚶个体的血液、外套膜、鳃、斧足、肝胰腺和闭壳肌等组织,采用ELISA试剂盒测定其溶菌酶含量变化。结果显示,对于鳗弧菌的侵入,魁蚶血液中溶菌酶含量由正常低值迅速增高并一直维持较高的含量,说明血液是魁蚶机体防御病原菌的主要免疫组织之一;魁蚶外套膜在无感染的情况下,对外界水环境的干扰始终保持较高的溶菌酶含量;鳃、斧足的溶菌酶含量均在注射细菌24 h之后明显高于正常值,说明外套膜、鳃、斧足作为魁蚶机体与外界接触的第一道屏障也能应对病原菌入侵,但反应较血液延迟;肝胰腺和闭壳肌的溶菌酶含量变化不明显,推测肝胰腺和闭壳肌不是魁蚶的重要免疫组织或器官。本实验结果可为魁蚶抗病选育及免疫机理方面的研究提供相关的参数。     

中国达氏鳇野生群体和两个养殖群体的线粒体遗传多样性分析

达氏鳇(Huso dauricus)是黑龙江流域土著鲟,近几十年来野生资源急剧下降,被确定为濒危物种之一。本研究采用线粒体DNA的Cyt b基因和D-loop区域的多态性信息评估了黑龙江抚远段野生群体、北京房山国家级鲟鱼原种场的保种群体及浙江衢州国家级鲟鱼良种场的繁殖群体等3个达氏鳇群体的遗传多样性水平。所有测试个体在Cyt b基因位点的核苷酸水平上没有检测到多样性,均具有相同的Cyt b单倍型,而在D-loop区域中发现了9种单倍型,对于D-loop区,单倍型多样性(H_d)达到0.593,但核苷酸多样性(π)仅为0.00213。在8尾野生个体中检测到6种D-loop单倍型,2个养殖群体共计58尾个体共计检出5种D-loop单倍型个体。分析结果显示:野生达氏鳇群体遗传多样性极低,历史上可能经历过严重的遗传瓶颈,同时达氏鳇人工繁殖过程中每批次可能只有极少个体参与了繁殖。此外,基于Cyt b基因部分序列的分析结果提示,达氏鳇与其他太平洋鲟类的亲缘关系较近,而与欧鳇(Huso huso)关系较远,传统上鳇属(Huso)的分类地位得不到有效的分子生物学数据支持。     

基于线粒体Cyt b基因序列的绿鳍马面鲀6个野生群体的遗传结构分析

利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因分析了我国沿海绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)6个野生群体(大连、秦皇岛、蓬莱、日照、舟山和汕头)的遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在176个个体915 bp的Cyt b部分序列中共检测到32个变异位点和30个单倍型;6个群体的单倍型多样性为0.883~0.953,核苷酸多样性0.0032~0.0039;群体间固定指数较小,呈中低度分化;AMOVA分析表明,遗传变异主要来源于群体内,群体间遗传分化未达到显著水平。群体历史动态分析表明,绿鳍马面鲀在16.9万~42.2万年前经历种群扩张。总体上,各群体间的遗传分化较小,并未形成相应的地理支系,推测黑潮的输送作用以及绿鳍马面鲀的洄游习性维持了各群体间高强度的基因交流;中更新世中晚期的气候波动对绿鳍马面鲀的种群扩张以及地理分布格局可能具有重要影响。本研究结果加深了人们对于绿鳍马面鲀资源情况的认识,为绿鳍马面鲀资源的保护和合理利用提供了理论依据。