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相似文献
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1.
应用AFLP分子标记技术对福建东山和广东阳江褐毛鲿养殖群体进行了遗传多样性分析。采用6对选择性引物组合对2个群体60个个体进行扩增,共扩增出313个位点,多态位点85个。东山和阳江褐毛鲿养殖群体的多态位点比例、Nei’s基因多样性指数、Shannon遗传多样性指数分别为24.60%和25.56%、0.0795和0.0768、0.1210和0.1176,2个群体的遗传多样性均处于较低水平。遗传分化系数Gst及AMO-VA分析表明,2个群体的遗传变异主要来源于群体内个体间。UPGMA聚类图及PCA分析显示,群体间具有典型的地理特征,且出现了一定程度的遗传分化。  相似文献   

2.
中国沿海鳓不同地理群体 16S rRNA基因的遗传变异分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
为阐述过度捕捞后中国现存鳓(Ilisha elongata)资源的种质状况,采用16SrRNA基因测序技术对青岛、舟山、厦门和广州4个鳓地理群体的种群结构及遗传变异进行研究。通过对4个鳓群体共45个个体的线粒体16SrRNA基因进行测序,获得1个长度为657bp的同源序列。45个个体中共检测到32个多态位点,多态位点比例达4.88%,其中插入或缺失位点10个;45个个体中检测出20个单倍型,单倍型多样性指数(H)达0.812,核苷酸多样性指数(Pi)达0.0031,平均核苷酸差异数(K)达2.016。结果表明,中国现存鳓种群仍具较高的遗传多样性水平。对4个群体的遗传结构进行检测表明,青岛群体与其他3个群体间存在显著的遗传分化,两个类群间存在1个固定位点的核苷酸差异,分化系数(Fst)达0.3852(P0.01),基因流(Nm)为0.7980;而舟山、厦门和广州这3群体内部则无显著遗传分化(P0.01);AMOVA检测显示,69.48%的遗传差异存在于群体内部,而30.52%的遗传差异存在于群体间;聚类分析结果和单倍型网络关系图也证实上述鳓群体的地理分化。推测青岛群体的分化可能与晚更新世以来频繁的海平面变化有关。  相似文献   

3.
采用34个微卫星分子标记,对长江(湘江、监利、枞阳)、珠江、黑龙江(抚远)鲢共5个群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He )、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡,以近交系数(FST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化。同时,基于Nei氏标准遗传距离获得NJ聚类图。共检测出154个等位基因,其中有80个共有基因。位点等位基因1~9个不等,平均等位基因4.666 7,平均有效等位基因2.948 9。5群体平均观测杂合度为0.329 5~0.461 9,平均期望杂合度为0.500 2~0.552 9,平均多态信息含量为0.443 5~0.493 0。表明5群体为中度多态,遗传多样性较低,且长江不同地理群体的遗传多样性也有差异,但差异不显著。通过群体间遗传相似性和遗传距离比较显示:长江3个群体间遗传相似系数最大,遗传距离最小;黑龙江与长江鲢群体间相似系数较大(平均0.871 8),遗传距离较小(平均0.137 4)表明二者遗传分化亦最小;珠江鲢与长江鲢间的相似系数最小(平均0.831 0),遗传距离最大(平均0.185 2),其遗传分化差异较大,结果未显现出群体间遗传差异的大小与其地理距离远近呈正相关。  相似文献   

4.
应用AFLP分子标记技术对福建东山和广东阳江褐毛鳞养殖群体进行了遗传多样性分析。采用6对选择性引物组合对2个群体60个个体进行扩增,共扩增出313个位点,多态位点85个。东山和阳江褐毛鳞养殖群体的多态位点比例、Nei’s基因多样性指数、Shannon遗传多样性指数分别为24.60%和25.56%、0.0795和0.0768、0.1210和0.1176,2个群体的遗传多样性均处于较低水平。遗传分化系数Gst及AMO.VA分析表明,2个群体的遗传变异主要来源于群体内个体间。UPGMA聚类图及PCA分析显示,群体间具有典型的地理特征,且出现了一定程度的遗传分化。  相似文献   

5.
两种壳色虾夷扇贝的RAPD分析   总被引:3,自引:0,他引:3       下载免费PDF全文
采用RAPD技术对两种壳色虾夷扇贝Patinopecten yessoensis的遗传多样性和遗传结构及其分化进行研究。用筛选出的22个随机引物对白色贝和褐色贝各40个个体进行RAPD扩增,进行群体内及群体间的遗传学分析。白色贝共检测出128个多态位点,多态位点的比例为79.5%,Shannon遗传多样性指数为0.424;褐色贝共检测出127个多态位点,多态位点的比例为78.9%,Shannon遗传多样性指数为0.423。白色贝和褐色贝之间的遗传相似性指数和遗传距离为0.961和0.039,二者之间的遗传分化指数Gst为0.052,遗传分化的程度较低。结果表明,白色贝和褐色贝之间的等位基因频率、多态位点的比例和遗传多样性等的差别不明显,遗传变异主要来自于群体内。S285—1在褐色贝大部分个体中都能获得扩增片段,但在白色贝所有个体中均未见这个位点的扩增片段,推断S285—1为白色贝的特异阴性片段。  相似文献   

6.
赵岩  李思发  唐首杰 《水产学报》2009,33(6):893-900
以团头鲂“浦江1号” 选育后期3个世代群体(F7、F8、F9)为试验对象、其选育奠基群体(1985年淤泥湖野生群体)后代、淤泥湖野生群体(2007年)、梁子湖野生群体(2007年)为对照材料,通过ISSR标记技术分析,并通过部分样本的细胞色素b基因测序的补充验证,了解选育所产生的遗传变异及野生群体遗传结构现状。主要结果:(1)从100个ISSR引物中筛选出26个引物,扩增出清晰、可重复的条带共164条,多态性条带比例49.39%。细胞色素b基因在选育良种3个世代中只发现一种单倍型。(2)选育群体同选育奠基群体后代、野生群体间的遗传差异显著,如群体多态位点百分数,F9(28.05%)比选育奠基群体后代(40.24%)减少了30.29%,比淤泥湖野生群体(41.46%)减少了32.34%。选育群体同淤泥湖野生群体间的遗传相似系数最小(0.935 0),距离最大(0.067 2),两两配对FST值最大(FST=0.305 72);UPGMA法构建系统进化树表明,选育群体同野生群体处于两个大分支,而在野生群体大支中,选育奠基群体后代与淤泥湖原种野生群体间配对FST值最小(FST=0.050 45)。(3)选育群体F7、F8、F9各世代间遗传分化虽弱(低GST 0.141 7值,高Nm 3.027 9值),但多态位点百分数、位点基因平均多样性、Nei氏基因多样性、群体内Shannon多样性指数等遗传参数仍然都呈现随选育世代数的累进而降低的趋势。(4)ISSR比细胞色素b基因更适合近缘种的相关关系研究。(5)经过二十多年9代的选育,相对于野生群体,团头鲂“浦江1号”良种已产生了明显的遗传分化,性状已相当稳定,但离选育极限尚有一定距离,今后应在继续监测其遗传结构变化的基础上,进一步挖掘选育潜力,同时要避免种质混杂、近交衰退及瓶颈效应等的发生。  相似文献   

7.
采用水平淀粉凝胶电泳技术对黄姑鱼青岛、舟山和厦门3个群体的遗传结构和遗传分化进行了研究。在G3PDH、IDHP、LDH、MDH、PGDH、PGM、SDH和SOD等8种酶中,共检测到11个基因位点。3个黄姑鱼群体在G3PDH^*和PGM^*位点上均呈多态,其多态位点比例均为0.2。3个群体的平均杂合度观测值和预期值分别在0.0101~0.0379和0.0234~0.0399之间,平均每个位点的有效等位基因数在1.0290~1.0528之间。3个群体间遗传距离和遗传一致度分别为0.0004~0.0008和0.9992~0.9996。研究结果表明,3个黄姑鱼群体之间无明显的遗传分化。  相似文献   

8.
应用AFLP技术对光棘球海胆的大连长海县群体、大连旅顺群体及日本青森县群体进行遗传多样性分析。试验结果表明,4对引物组合扩增得到231个扩增位点,其中168个多态位点,多态位点总比例为72.73%;3个群体的遗传多样性指数分别为0.3020±0.1925、0.2995±0.1977和0.2945±0.1935;Shannon多样性指数分别为0.4390±0.2767、0.4344±0.2820和0.4298±0.2766;群体内遗传变异系数为0.2987±0.0366,群体间遗传分化系数为0.0230,说明群体内的遗传多样性比较丰富。3个群体之间的遗传距离无显著差异,遗传相似度基本一致,用UPGMA方法对3个群体的143个个体的聚类分析显示,3个群体的个体交互混杂在一起,3个群体间没有因为地理隔离而产生明显的遗传分化。  相似文献   

9.
泥蚶4个快速生长家系的遗传变异分析   总被引:3,自引:2,他引:1  
利用AFLP分子标记技术对泥蚶4个快速生长家系(J5×Z19♀、Z7×J26♀、S1×Z3♀、S6×Z22♀)的遗传结构及遗传差异进行了分析。用筛选出的9对引物组合在4个家系共124个个体中扩增出506个位点,多态位点比例72.53%。遗传结构分析表明,4个家系的多态位点比例为51.14%~60.75%。从Nei基因多样性指数和Shannon’s信息指数反映的遗传多样性来看,4个家系的遗传多样性由大到小依次为J5×Z19♀>S6×Z22♀>S1×Z3♀>Z7×J26♀。基因分化系数GST和AMOVA分子方差分析表明,遗传变异主要来源于家系内个体间。4家系间总遗传分化指数FST=0.383 7,说明家系间已发生了一定程度的遗传分化。遗传距离和聚类分析表明,J5×Z19♀与其它3个家系间的遗传距离均较大(0.120 1~0.125 4),单独分出一支,而S1×Z3♀与S6×Z22♀间的遗传距离最小(0.089 6),首先聚在一起。另外,在4个家系的指纹图谱中找到了40个特征性标记,可作为家系鉴别的分子标记。依据家系的遗传多样性和遗传差异分析,可有效预测快速生长家系选育的最佳亲本配组,为分子标记辅助泥蚶家系选育提供科学理论依据。  相似文献   

10.
为探明分布于中国四大海区的天然三疣梭子蟹群体遗传多样性与遗传分化状况,实验以大连(DL)、东营(DY)、连云港(LYG)、舟山(ZS)、湛江(ZJ)和漳州(ZZ)6个三疣梭子蟹地理群体为研究对象,采用线粒体控制区D-loop全基因序列为分子标记,对中国海三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性及群体遗传结构进行了分析。结果发现,在用于分析的1 141 bp的D-loop全基因序列中共有185个变异位点,129个简约信息位点。60个个体中共计48个单倍型,单倍性多样性指数和核苷酸多样性指数显示中国沿海三疣梭子蟹群体具有较高的遗传多样性,而且三疣梭子蟹在过去没有出现很强的选择效应,群体大小稳定。6群体三疣梭子蟹遗传分化指数(FST)为0.189 7,将中国沿海三疣梭子蟹作为一个大群体来讲已产生了中度分化,群体分化时间推断为(19.68~26.05)万年。LYG分别和DY、ZJ、ZZ,以及ZJ和ZZ这4组之间无明显分化,基因流较大(Nem>5),而其他11个群组间已存在一定程度的分化。特别是ZS与其它5群体产生了高度的遗传分化,DL与其他4群体发生了中度分化。遗传距离与地理距离不存在显著的相关性,群体发生与扩散可能有更复杂的原因。  相似文献   

11.
罗非鱼3个养殖群体的遗传多样性及特异性AFLP标记研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
对不同来源的养殖群体进行种质鉴定,探索在种苗阶段即区分新吉富罗非鱼(New GIFT strain Oreochromis niloticus)、吉诺玛罗非鱼(GenoMar strain O.niloticus)和奥杂罗非鱼(0.niloticus♀×O.aureus♂)3个养殖群体具有重要的意义。笔者选取了5对AFLP(amplified fragment length polymorphism)引物组合对3个罗非鱼养殖群体共60尾个体进行比较分析,引物组合E—ACA/M—CAT表现出较好的区分能力,有7条标记的分布在群体间表现出“有和无”的差别,引物组合E—ACA/M—CAG的扩增图谱中有2条带表现出“有和无”的差别。遗传多样性方面,平均基因多样性在新吉富罗非鱼和吉诺玛罗非鱼分别为0.1605和0.1595,而在奥尼罗非鱼为0.2214,多态位点百分数和Shannnon多样性指数也表现出相近的变化趋势。分析表明新吉富罗非鱼群体在遗传上已较为稳定,吉诺玛罗非鱼遗传多样性偏低。  相似文献   

12.
采用AFLP技术对喀拉喀什河、塔什库尔干河、阿克苏河多浪渠首、木扎提河4个群体共80尾塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi Günther)个体进行了遗传多样性分析。6对选择性扩增引物共扩增得到212个位点,其中多态性位点141个,多态位点比例为66.51%。4个群体的Shannon多样性指数(I)为0.316 9-0.544 3,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.213 9-0.376 2,群体间的遗传距离为0.078 1-0.250 2。塔什库尔干河群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和Nei’s遗传多样性指数均高于其它三个群体。AMOVA分析结果显示,群体总遗传变异85.17%来自群体内差异,而14.83%来自群体间差异,表明塔里木裂腹鱼遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已存在一定程度的遗传分化。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,多浪渠首群体和木扎提河群体首先聚类,然后依次与塔什库尔干河群体、喀拉喀什河群体聚类,这一方面与地理位置有关,另一方面与河流的自然环境有关。  相似文献   

13.
ABSTRACT:   The population genetic structure and level of gene flow of Nibea albiflora from the Yellow Sea and the East China Sea were examined with a 479-bp segment of a mtDNA control region. In total, 65 samples were collected from three locations and 37 haplotypes were obtained. Mean haplotype diversity and nucleotide diversity for the three populations ranged from 0.9130 ± 0.0308 (Zhoushan) to 0.9926 ± 0.0230 (Xiamen), and from 0.0073 ± 0.0043 (Qingdao) to 0.0099 ± 0.0057 (Xiamen). Analysis of molecular variance and pairwise F ST revealed little genetic structure between the Yellow Sea and the East China Sea in N. albiflora . But based on the exact test of differentiation, the null hypothesis that N. albiflora within the Yellow Sea and the East China Sea constitutes a panmictic mtDNA gene pool was rejected. This might be caused by the broad spawning areas but not by the Yangtze River outflow. Mismatch distribution revealed that N. albiflora has undergone population expansion, possibly before the last 85 000–170 000 years. The existence of high gene flow between stocks in the studied area was supported by our results. Annual migrations, larval drift in the ocean currents, and recent range expansion could be the reasons for little genetic structure in the studied area.  相似文献   

14.
应用AFLP标记分析了西北太平洋沿岸大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)的遗传多样性和群体结构.利用6对选择性引物对采自日本、韩国、越南及中国广西、广东、福建、台湾和浙江8个群体的126尾大弹涂鱼进行扩增.在15~500 bp之间得到186条条带,其中多态性片段160条,多态性比例为86.02%,每对引物组合扩增片段为25~36条,每对引物组合多态位点检出率为52.0%~96.42%.各群体的多态性位点比例在27.96%~57.53%之间,其中韩国群体的多态性位点比例最高,广东群体的多态性位点比例最低.各群体间Nei's遗传距离为0.038~0.151,遗传距离较大.各群体间遗传分化指数Fst值为0.175~0.459,均检测到显著的遗传分化(P=o.ooo).基于遗传距离矩阵构建的NJ系统树显示,大弹涂鱼的8个群体被分为了两支,其中日本、韩国及台湾群体聚为岛屿支系,浙江、福建、广东、广西和越南群体聚为大陆支系.AMOVA分析显示,大部分的变异组分来自于各群体内个体间,且组群间、群体间及群体内均存在明显的遗传分化.群体间遗传分化系数Gst为0.385 7,群体间的基因流Nm为0.796 4,群体间基因交流弱于其他多数鱼类.  相似文献   

15.
黄、东海3个黄姑鱼群体和1个鮸鱼群体的形态学比较研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
对采自黄海中部(青岛)、东海北部(舟山)和东海南部(厦门)海域的3个黄姑鱼自然群体(共121尾)和浙江舟山沿海的1个鮸鱼群体(24尾)的6组分节特征和7组量度特征进行了聚类分析、单因子方差分析和主成分分析。结果表明,鮸鱼群体与3个黄姑鱼群体之间在侧线鳞数、第1背鳍数、第2背鳍数、下鳃耙数和脊椎骨数等分节特征(上鳃耙数除外)和体高/体长、头长/体长、尾柄长/体长、吻至背鳍起点/体长、吻至胸鳍起点/体长、吻至臀鳍起点/体长和背鳍起点至臀鳍起点/体长等量度特征上存在着显著差异,而3个黄姑鱼群体之间在这13组形态特征上也存在着一定差异,但与种间差异相比则很小。另外,对于3个黄姑鱼群体来说,与青岛群体相比较,舟山群体与厦门群体之间更加相近。  相似文献   

16.
OSAMU  IITSUKA  KAYO  NAKAMURA  AKIYUKI  OZAKI  NOBUAKI  OKAMOTO  NAOTSUNE  SAGA 《Fisheries Science》2002,68(5):1113-1117
Porphyra (Bangiales, Rhodophyta), which includes several valuable marine crops, has recently received great interest as a model plant for fundamental and applied studies in marine sciences. Amplified fragment length polymorphisms (AFLPs) are a robust and efficient means for genetic mapping, linkage analysis of genetic characters for breeding and population studies in land plant genomes. To examine whether AFLPs are applicable as genetic markers in the present study, we detected AFLP markers with three pure lines in order to promote genetic analysis in Porphyra yezoensis . The following five sets of AFLP primer pairs (E-AA, M-CAA) (E-AA, M-CAC) (E-AA, M-CAG) (E-AA, M-CAT) (E-AA, M-CTA) were tested with template DNAs from three pure lines and they showed a total of 227 bands. This suggests that AFLP markers are promising tools for genetic analysis in Porphyra .  相似文献   

17.
半滑舌鳎DNA的群体遗传变异   总被引:11,自引:1,他引:10  
采用AFLP、RAPD和线粒体细胞色素b基因(Cytb)片段序列分析技术对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)群体遗传变异进行研究。分别采用5对选择性引物和18条随机引物对半滑舌鳎3个群体(黄海野生群体、渤海野生群体、养殖群体)进行分析。AFLP和RAPD分析结果表明,黄海群体的遗传多样性高于渤海群体,养殖群体的遗传多样性最低。利用Shannon多样性指数和基因分化系数进行遗传变异来源估算,结果表明,遗传变异主要来自于群体内。同其他鱼类相比,半滑舌鳎群体遗传多样性水平较低。对黄海、渤海野生群体共37个个体的线粒体Cytb基因片段序列进行分析,共检测出5种单倍型,渤海群体内个体序列完全相同,共享单倍型H1;在黄海群体中除检测到单倍型H1外,还检测到其余4种单倍型。Cytb序列分析结果表明,黄海群体遗传多样性较渤海群体丰富,个体间序列变异很小,个体间核苷酸差异数在0~1之间,两群体间无显著遗传差异。通过比较3种分子标记对半滑舌鳎群体间遗传差异的检测和群体间遗传距离的计算,显示AFLP标记对群体间遗传差异的检测最为灵敏,是一种理想的分子标记。  相似文献   

18.
王志勇 《水产学报》2001,25(4):289-293,T001
用AFLP指纹技术在中国沿海真鲷群体进行遗传学变异和趋异分析,使用了6对引物:E-ACC/M-CAT、E-AGG/M-CTG、E-AGG/M-CTT、E-AAC/M-CTA、E-ACA/M-CTG、E-AAC/M-CAA,在威海、厦门和北部海湾海区三个野生群体区42个体中检出646个扩增位点(片段大小50-400bp),其中70%位点在群体内或群体间呈现多态。三个群体的多态位点比例变化在58.4%-64.0%,遗传相似系数变化在0.8425-08200,以威海群体的遗传变异量最大,北部湾群体的最小。三群体空遗传距离和UPGMA谱系图显示,厦门海区与北部湾的真鲷差异较小,可以认为是同一个亚种群的不同群体,黄海真鲷与前二个群体差异比较大,属于另一个不同的亚种群。  相似文献   

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