中国对虾微卫星DNA引物的设计及筛选

根据建立的中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)部分基因组文库,对筛选的含微卫星DNA序列的克隆设计了28对引物,筛选出5对微卫星多态性引物,并用这5对引物对中国对虾的养殖群体20个个体进行了遗传多样性分析。在这5个微卫星位点中,虽然．RS0871位点是多态位点,但其等位基因数、杂合度和多态信息含量都比较低。其余4个微卫星位点可产生6～8个等位基因,等位基因的大小分布在142～364bp,基本上符合引物设计时理论产物长度。这些微卫星位点的期望杂合度的范围为0．7577～0．8064,表明它们都有较高的杂合度。仅有位点RS0956的观察杂合度与期望值有较大的出入,其他微卫星位点的这两值基本相符。有4个微卫星位点的PIC值较高,在0．7180～0．7709。因此,除RS0871位点以外的4个微卫星位点均可用于中国对虾种群遗传结构分析,这将为中国对虾品种选育、种系评估提供更多的微卫星DNA信息。     

半滑舌鳎生长相关基因的微卫星及其在种群遗传结构分析中的应用

利用在生长激素(GH)、生长激素释放激素(GHRH)和垂体腺苷酸环化酶激活多肽(PACAP)基因中发现的7个微卫星位点,分析了半滑舌鳎两个野生群体(渤海群体和黄海群体)和1个养殖群体间以及各群体内雌雄个体间的遗传多态性差异。结果表明,7个位点中有4个位点表现出多态性,在3个群体中的等位基因数的分布范围为2～37,平均为9.5;有效等位基因数分布范围为2～28.9,平均为8.4。各位点的平均观测杂合度、平均期望杂合度和平均多态信息含量分布范围分别为0.5145～0.7738、0.5690～0.8671和0.4829～0.8314。群体间的成对FST值及个体分配分析的结果表明,半滑舌鳎野生群体和养殖群体之间存在显著性遗传差异,而在两个野生群体之间差异不显著。此外,等位基因分布和双倍体基因型分布的差异性检测结果表明,这4个多态性位点在3个群体的雌、雄性别间均不存在显著性差异。     

河鲈微卫星引物筛选

利用GenBank中获得的近缘物种微卫星序列设计的20对引物,对河鲈养殖群体20个个体基因组DNA进行扩增,发现8对引物能扩增出特异性谱带,获得32个等位基因,5个位点的等位基因数大于或等于4个,多态信息含量0.3680～0.7395,5个位点多态信息含量为高度多态(PIC＞0.5).期望杂合度范围在0.4154～0.7936,观测杂合度普遍高于期望杂合度.个体识别率范围在0.180～0.620,累积个体识别率为0.9899,单一微卫星位点的个体识别率普遍低于0.8,未出现高度多态性遗传标记.非父排除率范围在0.2537～0.6185,累积非父排除率0.9937,4个位点的非父排除率高于0.5,属于高度多态性遗传标记.     

凡纳滨对虾遗传多样性的SSR分析

通过对5个SSR位点的聚合酶链式反应(PCR)扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色检测,探究凡纳滨对虾群体的遗传多样性.结果表明,供试的凡纳滨对虾群体在5个SSR位点上有2～4个等位基因,平均等位基因数3个,平均杂合度0.5755,平均多态信息量0.4864,平均有效等位基因数2.5053.全群基因纯合度0～0.8,平均0.3917.显示该凡纳滨对虾群体的遗传多样性水平处于中度多态.     

紫贻贝EST-SNP的筛选及多态性检测

利用EST 数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用EST数据库开发紫贻贝的SNP标记,利用QualitySNP软件对紫贻贝已有的19 709条EST序列中含有4条以上同源序列的重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的963个重叠群中,筛选得到候选SNP位点4 833个,SNP的平均频率为129.1 bp,其中C/T和 A/G突变较多,分别占总数的28.8%和27.4%。 根据候选SNP位点设计30组引物,通过等位基因特异性PCR结合溶解曲线分析,在30个野生个体中进行基因分型验证,6组引物(20%)没有扩增产物,10组引物(33%)没有多态性,〖JP2〗14组(47%)引物具有二等位基因多态性,稀有等位基因的频率为0.083~〖JP〗0.446,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.166 7~0.615 4和0.155 4~0.503 2。序列比对结果显示,14组引物中的12个SNP位点位于基因编码区,并且全部为同义突变。研究结果表明,EST数据库中存在大量的SNP位点,差异熔解曲线法是一种高效便捷的SNP分型方法,所筛选的SNP标记可用于紫贻贝遗传学分析。     

栉孔扇贝转录组来源单核苷酸多态性位点的多态性分析

应用高分辨率熔解曲线技术对栉孔扇贝转录组来源的单核苷酸多态性位点进行验证分型和多态性分析.根据栉孔扇贝转录组单核苷酸多态性位点序列信息,对其中150个位点设计引物和探针,在4个栉孔扇贝野生群体中进行验证分型.其中,103对引物扩增出目的产物,76个位点成功分型,58个多态位点中51个是二等位多态性单核苷酸多态性(34.0％).进一步在荣成野生群体中对51个二态单核苷酸多态性位点进行多态性验证和群体遗传学分析,其中49个位点呈现多态性,且均为二态,最小等位基因频率为0.0610～0.5000,观测杂合度和期望杂合度分别为0.0833～0.8889和0.0833～0.5833.经Boferroni校正,有2个位点(C1630S115_AG和C19848S286_CA)在该群体中偏离Hardy-Weinberg平衡.各位点之间未检测到连锁不平衡.这些多态单核苷酸多态性位点可用于栉孔扇贝连锁图谱构建、分子标记辅助育种以及数量性状的基因定位等遗传学研究.     

长江草鱼多态微卫星位点的分离及后备亲鱼的遗传多样性分析

本研究采用磁珠富集法分离了10对具有多态性的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)微卫星位点,并对140条长江野生草鱼组成的后备亲鱼群体的遗传结构进行了分析。结果显示:本试验得到的草鱼微卫星序列主要是以2个碱基为重复单位、重复次数在5～22之间的多重复单元,重复次数在10次以上的微卫星序列较易得到多态性;77个微卫星座位中,完美型、非完美型和混合型微卫星标记所占的比例分别为87.01%、2.60%和10.39%;群体遗传分析显示,10个多态性微卫星座位中,除了GC39座位外,其它座位都符合哈迪-温伯格平衡,适用于草鱼群体的遗传结构分析;每个座位检测到3～8个等位基因,平均有效等位基因数为3.9302,多态信息含量在0.4129～0.8107之间变动,平均为0.6678,除了GC78座位为中度多态外,其他9个座位均为高度多态。基因分化系数、Shannon指数、平均观测杂合度和平均期望杂合度的平均值分别为0.3457、1.4262、0.9511和0.7193,表明该群体的遗传多样性比较丰富。     

河鲈微卫星引物筛选

利用GenBank中获得的近缘物种微卫星序列设计的20对引物, 对河鲈养殖群体20个个体基因组DNA 进行扩增, 发现8对引物能扩增出特异性谱带, 获得32个等位基因, 5个位点的等位基因数大于或等于4个, 多态信息含量0. 3680~ 0. 7395, 5个位点多态信息含量为高度多态( PIC>0.5)。期望杂合度范围在0. 4154~ 0. 7936,观测杂合度普遍高于期望杂合度。个体识别率范围0.180~ 0. 620, 累积个体识别率为0. 9899, 单一微卫星位点的个体识别率普遍低于0. 8, 未出现高度多态性遗传标记。非父排除率范围在0. 2537~ 0. 6185, 累积非父排除率0. 9937, 4个位点的非父排除率高于0. 5, 属于高度多态性遗传标记。     

泥蚶34个EST-SSR标记的开发及在格粗饰蚶中的通用性检测

利用泥蚶转录组高通量测序、拼接获得的大量EST序列开发SSR标记,在1123条EST序列里筛查到73条含有SSR位点的EST序列,其中54个位点适合设计引物,在位点两侧设计引物并进行PCR扩增.结果显示,46对引物获得稳定扩增的位点,引物在泥蚶奉化群体的多态性检测中发现,有34对引物表现出多态性,共扩增出122个等位基因,各位点的等位基因数Na为2～7个,平均每个位点产生3.59个等位基因,观测杂合度Ho、期望杂合度He、多态信息含量PIC范围分别为0.000 ～ 0.600、0.078 ～0.771、0.106～0.718；Hardy-Weinberg平衡检测显示,13个位点偏离了平衡状态；用Nr和Swiss-Prot蛋白质数据库对含有多态性SSR的EST进行了基因注释,25个SSR位点来自注释基因序列.将34对泥蚶多态性SSR引物在格粗饰蚶中进行了通用性检测,结果有1 1对成功扩增,8对表现为多态,通用率为23.53％,这些通用引物可用于两种蚶的遗传多样性评价、系统进化分析、比较作图和基因发掘等研究.     

利用GoldenGate分析的高通量SNP芯片对鲤基因进行分型

单核苷酸多态性(SNPs)标记在大多数物种基因组中数量巨大且分布均匀,是许多水产物种遗传研究的理想标记,因此快速发展了几种高通量、快速的SNP标记分型平台。本研究利用Golden Gate分析技术对鲤Cyprinus carpio转录组测序的1 536个SNP标记合成了一张中等密度SNP芯片,对5个鲤群体的480份样本进行基因分型。结果表明:1 235个SNP标记成功分型,约占80%;915个标记至少在一个家系中呈现多态性,占74.1%;标记最小等位基因频率(MAF)介于0.05~0.5之间,平均为0.334,其中48.9%的标记最小等位基因频率(MAF)大于平均值;5个群体中SNP标记平均多态性信息含量(PIC)在0.3左右,为中度多态,杂合度为0.010~0.990,平均为0.5左右,暗示群体具有丰富的遗传多态性,育种价值及性状改良潜力很大。本研究分型的多态性SNP标记可广泛应用于遗传多样性研究、标记-性状关联分析以及分子标记辅助育种。     

秦皇岛城市河流浮游植物初步调查

首次对秦皇岛市中心的护城河和马坊河分别进行了水样采集,对河水中的浮游植物作了初步调查研究。结果表明:护城河两个采样点的浮游植物分别属于硅藻、绿藻、蓝藻、裸藻和隐藻等5门中的12属,优势种群为隐藻;马坊河两个采样点的浮游植物分别属于上述5门中的15属,优势种群为硅藻和绿藻。初步判定两河受到了一定程度的有机物和氮磷等营养物的污染。     

青岛地区贝类产品中诺如病毒的感染和流行初探

从2006年1月至2007年1月，在青岛市内3区5个主要水产品批发市场连续采集贝类样品，其中太平洋牡蛎Crassostreagi gas 208个、毛蚶Scapharca subcrenata 169个、杂色蛤Venerupis variegata 169个，采用RT—PCR方法检测诺如病毒（Novoviruses，NV）的感染，旨在为贝类食品的安全监控提供基础数据资料。研究结果表明，太平洋牡蛎和毛蚶样品中NV检出率分别为10．1％和5．3％，而杂色蛤未检出，NV流行的季节主要是11月至次年3月，感染部位主要分布于贝类的消化道。     

弧菌属细菌及其所致海水养殖动物疾病

弧菌病 (Ｖｉｂｒｉｏｓｉｓ)是由弧菌属细菌 (Ｖｉｂｒｉｏｓｐｐ .)引起的一类细菌性疾病 ,该病在全球范围内广泛发生 ,其暴发性流行不仅给海水养殖鱼类、贝类及甲壳类等经济动物的养殖业造成巨大的经济损失 ,还导致野生的海水鱼类、贝类及甲壳类大量死亡 ,因此 ,对该类疾病的研究一直备受国内外研究工作者的关注 ,是海水养殖动物病害的主要研究领域之一。本文主要介绍病原弧菌所致养殖动物疾病及其流行情况。收稿日期 :2 0 0 0 -0 6-0 5基金项目 :中国科学院九五重点项目资助 (ＫＺ95 2 Ｓ1 415号 )作者简介 :吴后波 ( 1967-) ,男 ,中国…     

鱼类肠道菌群的研究概况

鱼类肠道存在着正常的细菌群落,这些微生物群为宿主创造生存的微环境,同时宿主也为它们提供生长繁衍的条件,两者相互依赖、相互制约,形成了统一的整体。综述了鱼类肠道菌群的研究意义、肠道菌群的形成、肠道菌群的数量和组成、肠道菌群的作用。肠道菌群的作用主要包括辅助消化作用、肠道菌群的变化和免疫机能的相关性、对外来菌群和寄生虫的作用、提供营养物质等。     

宁夏地区不同模式养殖池塘夏季浮游微藻群落特征

为研究宁夏地区夏季不同模式养殖池塘的浮游微藻群落结构特征，采集了当地棚塘接力养殖(PT)、稻渔种养(DY)、土池养殖(TC) 3种模式的池塘水体样品，分析了其浮游微藻群落组成及其与水质因子的相关性。结果显示，共检出浮游微藻5门27属，总数量为1.52×104~2.39×108 ind./L，生物量为0.16~97.78 mg/L，数量多样性为0.03~3.31，生物量多样性为0.29~3.58。不同模式池塘的浮游微藻群落结构差异显著。PT模式池塘的微藻群落无明显共性特征，蓝藻(Cyanophyta)、绿藻(Chlorophyta)和硅藻(Bacillariophyta)占优势情况均有出现，如拟鱼腥藻(Anabaenopsis sp.)、鱼腥藻(Anabaena sp.)、颤藻(Oscillatoria sp.)、盘星藻(Pediastrum sp.)、卵囊藻(Oocystis sp.)、小环藻(Cyclotella sp.)等；TC模式池塘的微藻优势属单一，分别以盘星藻、小球藻(Chlorella sp.)和微囊藻(Microcystis sp.)占优势；DY模式池塘的微藻多样性丰富，以小球藻、栅藻(Scenedesmus sp.)、盘星藻、卵囊藻、刚毛藻(Cladophora sp.)等绿藻和小环藻、菱形藻(Nitzschia sp.)等硅藻为优势藻。蓝藻生物量与水体中硝酸盐氮(NO3–-N)、亚硝酸盐氮(NO2–-N)、化学需氧量(COD)浓度呈显著正相关(P<0.05)。研究表明，宁夏地区夏季温度高、光照时间长，池塘水体中C、N营养高，易形成以微囊藻、拟鱼腥藻等有害蓝藻优势种群；调控池塘水质时应将其作为关键控制点之一，防控有害藻华暴发而导致减产降效的不良状况发生。     

微藻多糖生物合成的研究进展

微藻多糖是一种天然活性物质,具有广泛的应用价值。就遗传育种、温度、光照、培养时间和营养物等对微藻多糖合成的影响进行了阐述,并对其研究方向提出了展望。     

The Role of Somatostatins in the Regulation of Growth in Fish

Somatostatins (SS) are a structurally diverse family of peptide hormones that affect various aspects of growth, development and metabolism in vertebrates. Fish have proved to be useful models for understanding the role(s) of SS in the regulation of growth. Organismal growth is inhibited by SS and fish with impaired growth (caused by fasting or premature transfer to seawater of anadromous species) display enhanced SS production and elevated plasma levels of the hormone. Somatostatins modulate growth at the level of the pituitary through the inhibition of growth hormone (GH) synthesis and secretion. There are, however, significant structure-function relationships with regard to GH inhibition. For example, while SS-14 is a potent inhibitor of GH secretion, catfish SS-22 and salmonid SS-25 appear not to have GH secretotropic effects. Somatostatins also have extra-pituitary effects on growth. For example, SS reduce GH binding capacity and inhibit IGF-I mRNA expression in the liver. In addition, SS inhibit insulin, another factor essential to organismal growth. Finally, SS interact with a variety of reproductive and metabolic processes - actions which suggest that SS help modulate energy partitioning among biological processes.     

泾河宁夏段夏季浮游生物群落结构特征

2010年7-8月对泾河宁夏段浮游生物群落组成进行了调查.结果表明,该河段浮游植物种类有6门、81种(属),密度为1.1万～11.6万个/L,平均密度为4.37万个/L.生物量为0.024 ～0.210 mg/L,平均生物量为0.083 mg/L.浮游动物有4门、54种(属),密度为60 ～ 185个/L,平均密度为107.73个/L.生物量为0.02～0.66 mg/L,平均生物量为0.24 mg/L.浮游植物多样性指数表明,该河段水质良好,浮游生物群落结构不稳定,易受外界的干扰.     

中华绒螯蟹血细胞体外吞噬能力的研究

通过体外制备血细胞单层的方法,研究了中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)血细胞对蜡状芽孢杆菌(Bacil-luscereus)及鼠红细胞的吞噬能力,并探讨了血清孵育对血细胞吞噬能力的影响。结果表明,以vanHARREV-ALD氏液配制的浓度为100.0mg·mL-1的L-cysteine溶液可以作为中华绒螯蟹血淋巴的抗凝剂,中华绒螯蟹血细胞在20℃下培养1h的存活率可维持在(92.5±0.9)%。中华绒螯蟹血细胞贴壁后呈扁平状,胞质可沿玻片表面迅速伸展并伸出类似于伪足的原生质突起,具有吞噬能力,对蜡状芽胞杆菌吞噬率为(5.1±1.4)%,不能吞噬鼠红细胞,血清孵育不能增强中华绒螯蟹血细胞的吞噬能力。     

池塘网箱养殖黄鳝技术探讨

黄鳝作为名、优水产品,是深受消费者欢迎的养殖品种.随着野生黄鳝资源的不断减少,特别是春节前后,供需矛盾较为突出,价格一再攀升.为适应市场的需要,探讨黄鳝人工养殖途径,2002年我们进行了池塘网箱养殖黄鳝试验,取得了较好的养殖效果.现将试验结果及有关技术要求总结如下.