3种对虾种间RAPD遗传标记

用RAPD技术对虾属中凡纳对虾、日本对虾和中国对虾基因组DNA的特异性遗传标记进行分析，筛选了OPK和OPE两个系列40个引物，有37个引物获得了片段长度在250-2200bp之间且重复性良好的谱带，其中34个引物均可以将1种、2种甚至3种对虾分别区别开来，共获得了264个扩增片段，其中3种对虾特异性片段95个，每个引物分别获得了1-7个大小不等的片段，凡纳对虾获得了28个特异性片段，日本对虾获得了32个特异性片段，中国对虾获得了35个特异性片段。通过Popgnen1.32种群遗传分析软件包计算结果表明：日本与对虾与中国对虾的遗传距离最大，高达0.9096；日本对虾与凡纳对虾的遗传距离次之，为0.8608；凡纳对虾与中国对虾的遗传距离最小，其值为0.6219。根据遗传距离指数，用UPGMA方法进行聚类分析，构建系统树。     

中国对虾抗病性状遗传标记筛选及遗传多样性分析

对人工选育的29个中国对虾半同胞家系进行人工感染WSSV后,选取存活时间最长和存活时间最短各29个个体,组成抗病群体和感病群体。用400个随机引物进行RAPD分析,得到与抗病正相关的特异性遗传标记5个,与抗病负相关的特异性遗传标记两个。15个随机引物在两个群体的扩增位点进行统计,共得到82个位点,其中多态位点34个,占41.46%,两个群体的多态位点比例分别为40.24%和37.8%。Shannon′s多样性指数估算两个群体的平均遗传多态度为0.2177,SLT群体的遗传多态度为0.2190略高于SST群体0.2163;群体内的遗传变异（HPOP/HSP）0.9645,可见96.45%的遗传变异来自于群体内,3.55%的变异来源于群体间。统计各座位的基因频率计算出两个群体的遗传分化指数为0.0294,表明两个群体并没有发生明显的遗传分化。     

中国明对虾抗白斑综合症病毒分子标记的筛选

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对经过连续4代选育的抗白斑综合症病毒(WSSV)中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)(174)及未经选育的与174来源相同的中国明对虾野生群体(HB)进行分析,以期筛选出与抗病性状相关的分子遗传标记,为进一步的基因定位以及中国对虾的种质资源保护和分子标记辅助育种提供有力的技术支撑和理论依据。共进行220个RAPI)单引物和114对双引物的检测,产生标记数目共计2439个。依据标记在群体中出现的频率和变化规律,共筛选出5个可能与抗病相关的特异性标记,对这些特异性标记进行测序并将测序结果进行BLAST分析,发现测得片段的序列与数据库中序列的相似性较低,未能找到与所测序列同源性较高的功能基因。这与利用AFIP技术分析的结果一致。由于选育过程施加人工选择,推论这些特异性标记虽不是抗WSSV分子标记,但可能与抗病性状密切相关。     

中国对虾“黄海2号”新品种的培育

选取中国对虾“黄海1号”、“即抗98”2个养殖群体,朝鲜半岛南海群体、乳山湾群体、青岛沿岸群体及海州湾群体等4个自然群体,采用不平衡巢式交配方案设计,于2005年建立了中国对虾育种的基础群体。设计并建立了中国对虾的多性状复合育种技术,选育的目标性状为生长速度、白斑综合症病毒感染后的存活时间及养殖存活率。为最大限度消除环境差异对遗传方差的影响,在中国对虾家系构建过程中采用标准化程序培育苗种,经过对体长为3cm左右的幼虾进行荧光标记,每个家系标记后混合养殖测试。随机从每个家系中抽取同等数目的标记对虾分成2组,一组共同养殖在养殖池中,测试生长速度和养殖存活率,另一组在封闭的水泥池中进行WSSV感染实验,测试病毒感染后的存活时间长短。中国对虾遗传参数的估计结果表明,养殖170天收获体重的遗传力为0.22,抗WSSV存活时间的遗传力为0.14,存活率的遗传力为0.03。采用BLUP法估算个体育种值,通过百分比加权的形式,分别赋予生长速度、抗WSSV存活时间和存活率的加权值为：80%、15%和5%,并对性状育种值进行标准化,获得综合选择指数；按照每个家系及个体的综合选择指数大小进行家系间及家系内留种,并根据系谱信息,设计交配方案,将每代的近交系数控制在1%以内。选育4代后的统计结果表明,平均每代的遗传进展为：生长速度,13.56%；抗病力,6.76%；存活率,5.05%。三个性状中,收获体重的遗传力最高、加权最大,每代获得的遗传进展稳定在12%以上；抗WSSV存活时间与存活率遗传力较低,每代获得的遗传进展相对小且不稳定。实验培育的新品种“黄海2号”于2009年通过全国水产原良种委员会审定,可在适合中国对虾的养殖区进行推广养殖。为更快地培育抗病新品种,解决对虾养殖病害问题,进一步的研究需查明对虾抗病的遗传机制,提高抗病性状的选择强度,快速培育对虾抗病新品种。     

双重PCR同时检测对虾白斑综合征病毒(WSSV)和传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)

根据Genbank中对虾白斑病由白斑综合征病毒（WSSV）和传染性皮下及造血器官坏死病毒（IHHNV）的基因序列，设计了两对能分别检测WSSV和IHHNV保守片段基因的特异性引物，而且这两对引物在同一反应体系中可以同时对WSSV和IHHNV的DNA模板进行多重PCR扩增，得到大小分别为110bp（WSSV）和356bp（IHHNV）的扩增条带。对影响PCR反应的主要因素Mg“浓度和退火温度进行了优化，证明当Mg^2＋浓度为2．0～4．0mmd，退火温度为57～59℃时可获得最佳的扩增和检测效果。特异性试验结果表明，这两对引物检测WSSV和IHHNV具有很好的特异性，对其它对虾常见病原的PCR扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明，该反应体系最低能检测100pg的WSSV和IHHNV的DNA模板。临床检测表明，所建立的双重PCR方法可以适用于WSSV和IHHNV的同时检测和鉴别。     

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)抗WSSV选育家系的建立及其抗病特性

2002-2007年在人工感染白斑综合症病毒(white spot syndrome virus, WSSV)的基础上进行一代个体选育（G1）后，对凡纳滨对虾连续进行了4代家系选育，共建立120个抗WSSV家系，感染实验结果表明：G2~G5选育家系对虾平均成活率分别为5.57%±9.83%, 8.66%±11.52%, 9.52%±8.84% 和 13.79%±12.86%；G2~ G5选育家系对虾平均成活率的变异系数分别为1.77、1.40、0.97和0.87。根据每个家系对虾的成活情况可分为敏感、中等抗性和高抗性家系，G2至G5敏感家系在各代选育家系中的比例逐年下降，分别占76.5%、55.2%、51.4%和33.3%，抗病成活率分别为0.44%±1.09%、0.78%±1.70%、2.27%±2.76%和2.44%±3.09%，感染WSSV后2~3 d出现1个急性死亡高峰；中等抗病家系在各代选育家系中的比例逐年上升，分别占0、20.7%、31.1%和38.5%，抗病成活率分别为0、9.08%±1.46%、10.7%±1.41%和11.36%±3.30%，感染WSSV后出现2个死亡高峰，第1死亡高峰值大于第2高峰；高抗家系在各代选育家系中的比例逐年上升（G4除外），分别占23.5%、24.1%、17.1%和28.2%，抗病成活率分别为22.23%±5.21%、22.7%±12.30%、24.45%±6.56%和28.98%±8.09%，感染WSSV后出现2个死亡高峰，第1死亡高峰至小于第2高峰。经连续的定向选育，选育对虾抗病性状一代比一代强，表现出明显的抗病性能，特别是高抗对虾不仅死亡率低且其死亡高峰推迟2～3d，延缓了对虾WSSV暴发的时间，但是每代每尾对虾平均产卵量逐年下降（P<0.05）。     

中国对虾与生长性状相关微卫星DNA分子标记的初步研究

利用分群分离分析法对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)人工选育生长快的第6代群体生长性状发生分离的群体进行了微卫星DNA的遗传分析。7个多态性微卫星位点对分离群的大个体组和小个体组扩增时产生7个片段表现差异,扩增片段大小为0.1～1.0kb之间。同时对中国对虾人工选育的生长快群体4个连续世代进行了验证,扩增的结果显示,7个微卫星位点在4个连续世代中大部分的扩增带出现的频率相近,但是有一些扩增片段的基因频率出现差异,这些等位基因频率或增或减,这是否可作为具有良好生长特性的人工定向选育群体的遗传标记尚有待进一步研究。     

凡纳滨对虾抗WSSV选育家系的建立及其抗病特性

2002-2007年在人工感染白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的基础上进行一代个体选育(G1)后,对凡纳滨对虾连续进行4代家系选育,共建立120个抗WSSV家系,感染实验结果显示,G2～G5选育家系对虾平均成活率分别为5.57％ ±9.83％,8.66％±11.52％,9.52％ ±8.84％和13.79％±12.86％；G2～G5选育家系对虾平均成活率的变异系数分别为1.77、1.40、0.97和0.87.根据每个家系对虾的成活情况每个世代可分为敏感、中等抗性和高抗性家系,G2～G5敏感家系在各代选育家系中的比例逐年下降,分别占76.5％、55.2％、51.4％和33.3％,抗病成活率分别为0.44％±1.09％、0.78％±1.70％、2.27％±2.76％和2.44％±3.09％,感染WSSV后2～3d出现1个急性死亡高峰；中等抗病家系在各代选育家系中的比例逐年上升,分别占0、20.7％、31.1％和38.5％,抗病成活率分别为0、9.08％±1.46％、10.7％±1.41％和11.36％ ±3.30％,感染WSSV后出现2个死亡高峰,第1死亡高峰值大于第2高峰；高抗家系在各代选育家系中的比例逐年上升(G4除外),分别占23.5％、24.1％、17.1％和28.2％,抗病成活率分别为22.23％±5.21％、22.70％±12.30％、24.45％ ±6.56％和28.98％ ±8.09％,感染WSSV后出现2个死亡高峰,第1死亡高峰值小于第2高峰.经连续的定向选育,对虾抗病性状一代比一代强,表现出明显的抗病性能,特别是高抗对虾不仅死亡率低且其死亡高峰推迟2～3d,延缓了对虾WSSV暴发的时间,但是每代每尾对虾平均产卵量逐年下降.     

中国明对虾第一代和第六代人工选育群体的遗传结构分析

采用RAPD技术对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)第一代和第六代人工选育群体的遗传结构及其分化进行了分析。在20个10bp随机引物中筛选出16个引物,共扩增出89条DNA片段,其中多态性片段分别为34和30条,多态位点比例分别为38．2％5和33．71％。对2群体的遗传学参数计算结果表明：2群体间遗传分化指数为0．1408,属中等程度分化;群体间的遗传变异平均为0．197,由此可见,80％的遗传变异来自于群体内,而近20％的变异则是来自于群体间;第六代群体的多态位点比例和遗传多态度均低于第一代群体,这可能与人工定向选育过程中注重经济性状有关。     

人工选育中国对虾两个群体WSSV感染相关免疫与生化因子的变化

通过分析中国对虾人工选育两个群体WSSV感染相关免疫与生化因子的变化，研究选育的两个中国对虾群体对WSSV的敏感性和抵抗力。结果表明，两个群体感染WSSV后，总细胞数（THC）在24h达到最大，随后呈下降趋势；两个群体血淋巴蛋白在感染初期和中期变化不同，但在后期均呈下降趋势；相比而言2＇对虾群体比6＇对虾群体血蛋白含量和THC下降幅度稍慢；2＇对虾群体和6＇对虾群体感染24h后酸性磷酸酶（ACP）稍有下降，随后保持较高的活性，而碱性磷酸酶（AKP）的变化除2＇对虾群体在感染48h有显著增大外，6＇对虾群体变化不明显；过氧化氢酶（CAT）、活性氧（ROS）、超氧化物歧化酶（SOD）与WSSV感染有密切的联系，两个群体抗氧化酶活性随WSSV增殖的变化略有不同；细胞内酚氧化酶（proPO）原变化趋势也表现出差异，斑点杂交结果显示6＇对虾群体比2＇对虾群体阳性反应较早，揭示不同群体间对WSSV感染的敏感性存在一些差异。     

中国对虾5个地理群体的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自辽东湾、渤海湾、海州湾、乳山湾及海洋岛5个群体的中国对虾共95个个体的遗传多样性进行分析。14个随机引物共检测出103个位点(200～2500bp),各群体的多态位点比例在31．07％～34．95％之间。遗传距离显示中国对虾群体间有一定遗传分化,其中辽东湾和乳山湾群体问的遗传距离最大(0．0742),而辽东湾和渤海湾群体间的遗传距离最小(为0．0243),群体间的遗传分化系数为0．2083。整体来看,中国对虾的遗传变异水平较低,遗传多态度为0．1621。用UPGMA对5个群体进行聚类分析,构建谱系关系图。     

中国对虾线粒体16S rRNA基因序列分析

中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)是我国海洋渔业重要的经济虾种之一。本研究以相应引物对野生群体和人工培育第1代、第4代、第5代、第6代群体(CP1、CP4、CP5、CP6)的各2个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定分析。分析结果表明，测得的16SrRNA基因片段长为520bp，10个中国对虾个体间无碱基差异，其A、T、G、C含量分别为171bp(32．88％)、176bp(33．85％)、104bp(20．00％)、69bp(13．27％)，AT含量明显高于GC含量。利用其中长度为413bp的同源序列，以环斑鼓虾(Alpheus armillatus)为外群探讨了对虾科(Penaeidae)中的对虾属、美对虾属、明对虾属、囊对虾属和滨对虾属5个属(Penaeus，Farfantepenaeus,Fenneropenaeus,Marsupenaeus,Litopenaeus)12种对虾间的系统关系。以NJ法构建的分子系统树显示可将以上12种虾类分为两个大群：中国对虾和斑节对虾先聚到一起后与日本对虾聚成一大群；美对虾属、滨对虾属个体各聚成1支后聚成一大群，最后与中国对虾等聚到一起。同时可见，小褐美对虾(F．subtilis)与保罗美对虾(F.paulensis)、南方滨对虾(L.schmitti)与白滨对虾(L.setiferus)种间的亲缘关系较近。     

施氏鲟、西伯利亚鲟、达氏鳇及其杂交种种质鉴定方法的建立及其应用

以施氏鲟（Huso dauricus）为研究材料，分别从线粒体基因组及核基因组两个层面进行物种分子鉴定方法研究。在线粒体基因组层面，对3种鲟及未知鲟种类共计119个样品的D-Loop区进行测序，通过同源序列比对，构建NJ进化树、计算群体间遗传距离，以鉴定其中30尾未知种类。在核基因组层面，利用15对微卫星标记扩增3种鲟DNA，筛选出特异性标记Ls19和SX226。Ls19在施氏鲟中扩增出特异条带126 bp、130 bp，在西伯利亚鲟中扩增出特异条带139 bp、143 bp，在达氏鳇中扩增出特异条带124 bp、127 bp；SX226在施氏鲟中扩增出特异条带185 bp，在西伯利亚鲟中扩增出特异条带260 bp、273 bp、283 bp，在达氏鳇中扩增出特异条带180 bp、182 bp。通过特异条带对未知鲟进行鉴定，结果显示：30尾未知鲟种类中，有西伯利亚鲟17尾，施氏鲟1尾，达氏鳇1尾，达氏鳇×施氏鲟2尾，施氏鲟×达氏鳇1尾，施氏鲟×西伯利亚鲟8尾。结果表明，特异性微卫星引物Ls19和SX226可以应用于施氏鲟、西伯利亚鲟、达氏鳇的纯种及杂交种分子水平种质鉴定。     

Identification of RAPD‐SCAR marker linked to white spot syndrome virus resistance in populations of giant black tiger shrimp,Penaeus monodon Fabricius

White spot disease (WSD) caused by white spot syndrome virus (WSSV) creates severe epizootics in shrimp aquaculture industry worldwide. Despite several efforts, no such permanent remedy was yet developed. Selective breeding using DNA markers would be a cost‐effective strategy for long‐term solution of this problem. In the present investigation, out of 30 random primers, only one primer produced a statistically significant (P < 0.01) randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) marker of 502 bp, which provided a good discrimination between disease resistant and disease susceptible populations of Penaeus monodon from three geographical locations along the East coast of India. Because RAPD markers are dominant, a sequence characterized amplified region (SCAR) marker was developed by cloning and sequencing of 502 bp RAPD fragment, which generates a single 457 bp DNA fragment after PCR amplification only in the disease resistant shrimps. Challenge experiment was also conducted to validate this 457 bp SCAR marker, and the results suggested that the WSSV loads were 2.25 × 10³ fold higher in disease susceptible than that in disease resistant shrimps using real‐time PCR. Therefore, this 457 bp DNA SCAR marker will be very valuable towards the development of disease‐free shrimp aquaculture industry.     

中国对虾Rab7全长cDNA的克隆及原核表达

本研究采用RACE方法克隆了中国对虾Fenneropenaeus chinensis Rab 7基因(crab7)全长cDNA (GenBank∶JF742050).生物信息学分析显示,fcrab7的开放阅读框615bp,编码205个氨基酸,分子量23.2kD.FcRab7的氨基酸序列具有Rab蛋白家族的共同特征,与凡纳滨对虾和斑节对虾同源蛋白的同源性为100％.构建重组表达载体pBAD/ gⅢA-crab7转化到大肠杆菌E.coli进行诱导表达,诱导产物经SDS-PAGE检测和Western blot验证.本研究结果为进一步研究WSSV与FcRab7的相互作用提供了基础.     

用逆转录多聚酶链式反应从凡纳对虾中检出传染性皮下组织和造血器官坏死病毒

传染性皮下组织和造血器官坏死病毒 (ＩＨＨＮＶ) ,是一种细小病毒 ,它能感染所有起源于中胚层和外胚层的对虾组织细胞[1] 。在许多养殖对虾的国家都有ＩＨＨＮＶ ,特别是中美洲国家和地区[2 ] 的对虾养殖业深受其害。随着各国间对虾贸易的急剧增长 ,ＩＨＨＮＶ地理分布范围日益广泛 ,迄今为止 ,已扩散到中国台湾、新加坡、马来西亚、泰国、印度尼西亚、澳大利亚、菲律宾、厄瓜多尔、秘鲁等国家和地区[2 -4] 。红额角对虾 (Ｐｅｎａｅｕｓｓｔｙｌｉｒｏｓｔｒｉｓ)、斑节对虾 (Ｐ .ｍｏｎｏｄｏｎ)、短沟对虾 (Ｐ .ｓｅｍｉｓｕｌｃａｔｕ…     

7种珍珠贝RAPD鉴别标记的初步研究

采用RAPD分子标记技术对珠母贝属的大珠母贝、珠母贝、黑珠母贝、白珠母贝、合浦珠母贝、长耳珠母贝和珍珠贝属的企鹅珍珠贝的基因组DNA的特异性遗传标记进行分析。从21个OPM和S系列中筛选出4个引物,共扩增出57个位点,每条引物平均产生14·3个位点。扩增片段大小在250~2000bp间,平均每种贝每条引物产生4·9条带。其中引物S10对7种珍珠贝的RAPD产物呈现出物种的特异性,可同时将7种珍珠贝分开,其余引物可以将2种或2种以上的珍珠贝区别开来。引物S10可以作为种间鉴定的标记。     

“黄海1号”中国明对虾抗逆性状SRAP标记

采用序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)分子标记技术,结合分群分析法(bulk segregate analysis,BSA)对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)高氨氮和高pH胁迫敏感组和耐受组进行分析研究,筛选出与高氨氮或高pH耐受性相关的遗传标记.应用110对SRAP引物进行筛选研究,根据在BSA基因池产生的差异,筛选出与高氨氮耐受相关引物77对,与高pH耐受相关引物102对,以用于验证分析.根据片段在群体中出现频率和变化规律,筛选出6个可能与高氨氮耐受性相关的分子遗传标记,其中耐受高氨氮负相关标记1个,正相关标记5个；7个可能与高pH耐受性相关的分子遗传标记,其中耐受高pH负相关标记2个,正相关标记5个.对获得的13个序列片段进行回收,连接于pMD-18T载体后转化于大肠杆菌TOP10感受态细胞,进行了克隆和测序.将测序结果进行了BLAST分析比对,发现测得片段序列与数据库中序列同源性较低(一般都低于15％),未找到与之同源性较高的功能基因,推论这些特异性序列片段标记可能与高氨氮或高pH耐受性性状密切相关,后续群体验证工作正在进行,以期筛选出与中国明对虾抗逆性状密切相关的序列特征性片段扩增区域(sequence characterized amplified region,SCAR)分子标记,为分子标记辅助育种提供技术支持.     

南美白对虾病原性豚鼠气单胞菌的分离与药敏特性

为查明引起上海青浦地区养殖南美白对虾黄腿病的病原菌,提供养殖户防控该病的有效药物,采用传统方法从患黄腿病的南美白对虾肝胰腺组织中进行了病原菌的分离,通过人工回归感染试验确定了病原菌株,采用API ID32GN生理生化鉴定和16S rRNA序列分析对病原菌株进行鉴定,通过纸片扩散法分析病原菌株的药敏特性。结果表明,从病虾的肝胰腺中分离到一株病原菌(QPX1),经生理生化特性与16S rRNA序列分析确定其为豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae)。此外,菌株QPX1对阿莫西林、多粘菌素B、磺胺异噁唑、复方新诺明、卡那霉素、吡哌酸、新霉素、庆大霉素、氟苯尼考、链霉素、恩诺沙星、诺氟沙星、奈替米星等抗生素高度敏感。本研究证实豚鼠气单胞菌是南美白对虾黄腿病的病原菌,生产上可选用新霉素、氟苯尼考、恩诺沙星等常规水产用抗生素作为该病的防控用药。