牙鲆养殖群体遗传变异的微卫星标记研究

应用10对微卫星引物对中国牙鲆一个养殖群体的30个个体进行了群体遗传结构分析。结果显示，微卫星标记比其他标记具有更高的多态性，10个微卫星座位的等位基因数在4～10之间，有效等位基因数在2．23～5．82之间，平均等位基因数为7．6，群体平均杂合度为0．6960，Hardy-weinberg遗传偏离指数的平均值为0．1774。     

牙鲆5个养殖群体的遗传多样性分析

利用16对微卫星分子标记对牙鲆（Paralichthys olivaceus）的5个养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明，等位基因数为2-9个，平均等位基因数为6．0625；有效等位基因数1．2596-5．5161，平均有效等位基因数3．692；各位点的杂合度观测值（Ho）0．2200-0．8000；杂合度期望值（He）0．2061-0．8187。各群体之间无偏倚杂合度期望值从小到大依次为丹东、北戴河、威海、青岛、荣成。Kruskal-Wallis检验结果（H=0．672，df=4，P=0．955）则说明，5个群体遗传多样性差异不显著。群体间基因分化系数（Gs，）为0．0991，各群体之间存在中度遗传分化。采用UPGMA法对5个群体进行聚类，可分3类：丹东和北戴河各为一类，威海、荣成、青岛为一类，其中威海与荣成群体的分化最小。结合Hardy-Weinberg平衡，拟合度检验和遗传偏离指数（动的分析结果表明，各群体的遗传平衡状况存在很大差别。遗传变异的分析结果说明5群体遗传多样性比较丰富。     

凉山半细毛羊徽卫星标记多态性的研究

利用微卫星技术对凉山半细毛羊核心育种群206个个体第1、2、3、9号染色体上的18个微卫星位点进行研究，检测微卫星在凉山半细毛羊中的等位基因数，计算等位基因频率（Pi）、遗传杂合度（H）和多态信息含量（PIC），分析了凉山半细毛羊微卫星DNA的多态性。实验采用的18个微卫星标记位点在凉山半细毛羊群体中，平均等位基因数为8.2778个（3～19个），平均多态信息含量为0．591（O.253～0.833），遗传杂合度均值为0．500（0.026～0.888）。表明该品种绵羊遗传多态性丰富，群体遗传变异较大，并且所选18个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究。     

湘西盲高原鳅遗传多样性的微卫星分析

利用筛选的16对微卫星标记对来自于湖南湘西龙山县乌龙山3个不同洞穴的盲高原鳅群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各盲高原鳅群体遗传多样性和各群体间遗传分化.16个微卫星标记在3个群体中共检测出83个等位基因.每个座位检测到3～8个等位基因不等.3个群体各个多态位点的平均观测杂合度分别为0.362 5～0.946 5,平均期望杂合度为0.538 6～0.906 5.3个群体多态微卫星位点的PIC分别为0.263 2、0.231 3、0.303 5,选取的16个微卫星位点中2个为高度多态,2个为低度多态,其余为中度多态.分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异大部分(92.84％)来自群体内,仅有7.16％的变异来自于群体间,数据表明3个群体处于未分化状态,遗传一致性较大.     

魁蚶4个地理群体遗传多样性微卫星分析

利用多态性好的20对微卫星引物，对中国日照、黄岛、蓬莱和韩国的4个魁蚶地理群体进行了遗传多样性分析。结果显示，20个位点在4个群体中的等位基因数为3～17，平均等位基因数为8．35，平均有效等位基因数为6．2306；观测杂合度（He）为0．4667～0．9667；期望杂合度（H。）为0．6198～0．9318；多态信息含量（PIC）为0．5301～0．9093，表现出高的遗传多样性水平。4个群体间的遗传分化指数（Fst）在0．0132～0．0314之间，呈现出较低的遗传分化。群体间的遗传距离在0．1255～0．2458之间；通过构建UPGMA聚类树，显示日照群体和黄岛群体最先聚类，再与蓬莱群体聚类，最后与韩国群体聚类，说明中国群体与韩国群体亲缘关系较远。     

AFLP分析3个不同体色花尾胡椒鲷养殖群体的遗传变异

通过AFLP技术对中国东南沿海的3个不同体色花尾胡椒鲷（Plectorhinchus cinctus）养殖群体进行了遗传分析。6对引物组合从3个群体中扩增出370个位点，其中多态位点比例为49．5％，每对引物组合扩增的片段为51～71条，平均6113条，每对引物组合多态位点检出率为39．4%-56．5％。正常群体、白色和灰色变异群体的多态位点比例分别为41．4％、36．3％、34．3％，平均杂合度分别为0．1145、0．0887和0．0837。遗传多样性衡量指标表明，正常花尾胡椒鲷养殖群体的遗传变异量相对最大，遗传多样性相对较高，白色变异群体次之，而灰色变异群体最低，白色变异群体和灰色变异群体两者间遗传多样性差异并不显著（P〉0．05），显示变异群体的遗传多样性降低。正常群体与白色群体之间的遗传距离（0．0354）最大，遗传相似系数最小（0．9652）。同时，遗传分化系数只（0．1362）和AMOVA方差分量百分比（10．68％）也表明群体间存在着一定程度的遗传结构分化，说明对体色这一特定表型性状的人为定向选育对花尾胡椒鲷养殖群体的遗传变异产生一定的影响。     

牙鲆4个选择性繁育后代群体遗传结构的微卫星分析

为了检测由3个牙鲆基础群体组合交配建立的4个选择性繁育后代群体的遗传多样性水平，本研究利用10对微卫星引物分析了其遗传结构信息。计算结果表明，等位基因数3～10个，平均等位基因数5．7个，有效等位基因数1．3571～4．5979，平均有效等位基因数2．9832，各个位点的平均观测杂合度0．2083～1．0000，平均期望杂合度0．2081～0．7956，多态信息含量0．1671～0．7501，其中中度多态位点两个，高度多态位点7个，各群体的多态信息含量从大到小依次为日本亲鱼与抗病亲鱼杂交后代群体、抗病亲鱼自繁后代群体、抗病亲鱼与黄海野生亲鱼繁殖后代群体、日本亲鱼自繁后代群体。分析结果表明，4个群体的遗传多态水平均较高，对4个选择性繁育后代群体的平均观测杂合度值进行X。检验表明，群体间遗传多样性差异不显著。日本亲鱼自繁后代群体与中国海域亲鱼繁育后代群体（抗病亲鱼自繁后代群体和抗病亲鱼与黄海野生亲鱼繁殖后代群体）的遗传距离较远，分别为0．2724和0．3310。根据群体间的遗传距离利用NJ法构建系统树，抗病亲鱼自繁后代群体和抗病亲鱼与黄海野生亲鱼繁殖后代群体聚为一支，日本亲鱼自繁后代群体和日本亲鱼与抗病亲鱼杂交后代群体聚为一支，对遗传偏离指数的分析表明群体间的遗传平衡差异很大。     

长江流域铜鱼和圆口铜鱼的遗传多样性

利用线粒体DNA控制区序列多态性分析了长江流域铜鱼（Coreius heterodon）和圆口铜鱼（Coreius guichenoti）各4个群体的遗传结构；同时利用9对自行开发的多态性微卫星标记分析圆口铜鱼4个群体的遗传结构。结果显示，铜鱼线粒体DNA（mtDNA）D-loop序列共检出22个多态位点，28种单倍型，平均单倍型多样性指数（h）和核苷酸多样性指数（7r）分别为0．849和0．00257。圆口铜鱼线粒体DNA（mtDNA）D-loop序列共检出18个多态位点，28种单倍型，平均单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0．902和0．00424。分子变异分析（AMOVA）结果提示，铜鱼和圆口铜鱼分别有98．80％和99．17％的遗传变异发生于群体内部，表明铜鱼和圆口铜鱼未出现种群分化。选用的9个微卫星标记在圆口铜鱼群体中共检测到48个等位基因；群体平均观测杂合度在0．631～0．753之间；平均期望杂合度为0．598-0．728：平均多态信息含量为0．548～0．670。结果表明，长江流域铜鱼遗传多样性较低，长江上游圆口铜鱼遗传多样性较高，且均未出现种群遗传分化。圆口铜鱼SSR固定指数为0．12l58，高于D．1oop固定指数，显示SSR标记对圆口铜鱼群体间遗传差异的检测更为灵敏。[中国水产科学，2008，15（3）：377-385]     

斑节对虾养殖群体遗传多样性的同工酶和RAPD分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）和RAPD方法对厦门养殖斑节对虾（Penaeus monodon Fabricius）群体的遗传多样性进行分析。9种同工酶共检测到21个座位，其中多态座位13个，多态座位比例为61．90％，预期杂合度0．151，观察杂合度0．120，Hardy—Weinberg遗传偏离指数（d）为-0．208，存在杂合子缺失。经x^2拟合度检验，多数座位偏离Hardy—Weinberg平衡，表明群体未达到随机交配。14个10bp引物共获得了83个标记，单个引物获得的标记数为2～11个，平均每个引物扩增出5．93个座位，其中多态标记数68个，多态位点比例为81．93％，杂合度为0．246，基因多样性为0．260，Shannon’S信息指数为0．397。两种方法均表明该斑节对虾养殖群体的遗传多样性水平较高，但可能已有近交衰退发生。     

五个斑点叉尾群体的微卫星遗传多样性分析

用8对微卫星引物对1997-2004年引进的5个斑点叉尾群体进行遗传多样性分析,计算并统计等位基因数、多态信息含量（PIC）、杂合度、遗传相似性系数、遗传距离等参数。实验显示8个微卫星位点在5个斑点叉尾群体中共检测到42个等位基因,平均期望杂合度为0.6338～0.7320,表明其遗传多样性程度处于中等偏上水平。平均多态信息含量为0.5756～0.6869,说明基因座为高度多态基因座（PIC〉0.5）。群体间遗传相似系数为0.7504～0.9203。聚类分析显示,04群体与其他4个群体的亲缘关系较远。结果表明：引进的5个斑点叉尾群体均具有较高的遗传多样性,遗传信息丰富,遗传变异大,为良好的育种材料。     

津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。     

黄姑鱼群体遗传结构的同工酶分析

采用水平淀粉凝胶电泳技术对黄姑鱼青岛、舟山和厦门3个群体的遗传结构和遗传分化进行了研究。在G3PDH、IDHP、LDH、MDH、PGDH、PGM、SDH和SOD等8种酶中，共检测到11个基因位点。3个黄姑鱼群体在G3PDH^＊和PGM^＊位点上均呈多态，其多态位点比例均为0.2。3个群体的平均杂合度观测值和预期值分别在0.0101～0.0379和0.0234～0.0399之间，平均每个位点的有效等位基因数在1.0290～1.0528之间。3个群体间遗传距离和遗传一致度分别为0.0004～0.0008和0.9992～0.9996。研究结果表明，3个黄姑鱼群体之间无明显的遗传分化。     

呼玛河3种茴鱼遗传分化及属内地位的微卫星分析

茴鱼属（Thymallus）是黑龙江水系特有的珍稀濒危冷水性鱼类,本研究利用6对微卫星引物,对采自黑龙江上游呼玛河同域分布的黑龙江茴鱼（T.grubii）、下游黑龙江茴鱼（T.tugarinae）及待定名种（T.sp.）3种茴鱼的遗传多样性进行了比较研究,以探讨其种群遗传结构、分化水平及分类学地位,为制定保护管理策略提供遗传学理论依据。结果显示,黑龙江茴鱼、下游黑龙江茴鱼和待定名种的平均等位基因数（Na）分别为17.3、18.2和15.3,平均杂合度（H）分别为0.9112、0.9190、0.8492,多态信息含量（PIC）为分别为0.8900、0.8980和0.8250,种群中的特有等位基因数分别为34、37和43。黑龙江茴鱼与下游黑龙江茴鱼的遗传距离（Ds）最小（0.9617）,下游黑龙江茴鱼与待定名种最大（1.8427）,3种茴鱼的Fst为0.1575（P〈0.01）,远大于黑龙江茴鱼、下游黑龙江茴鱼的不同地理种群间的遗传分化水平。研究表明,黑龙江上游3种茴鱼具有很高的遗传多样性水平,3个种间产生显著的遗传分化,结合3种茴鱼种间稳定而显著的形态学特征差异及其地理分布现状,支持黑龙江上游呼玛河同域分布的3种茴鱼在属内各为独立种的分类学地位。     

人工雌核发育鲢近交F_2微卫星DNA变异分析

采用17对鲢微卫星引物,以野生鲢、养殖鲢、雄鲤作对照对人工雌核发育鲢近交F2及其亲本进行了微卫星分析。结果表明:人工雌核发育鲢近交F2、养殖鲢和野生鲢群体的平均等位基因数范围为2.1～4.0;平均观测杂合度范围为0.2762～0.9588;期望杂合度范围为0.2774～0.7360;遗传多样性指数范围为0.4500～1.2258,人工雌核鲢近交F2为0.4500,显著低于养殖鲢(1.0273)和野生鲢(1.2258),揭示人工雌核发育鲢近交F2遗传多样性水平较低,纯合度较高。从遗传距离来看,人工雌核发育鲢近交F2与对照群体之间的遗传距离都要大于野生鲢与养殖鲢群体之间遗传距离,表明人工雌核发育鲢近交F2发生了一定程度的遗传分化。     

两种壳色虾夷扇贝的同工酶分析

采用不连续聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳技术对两种壳色虾夷扇贝的闭壳肌进行了同工酶检测分析与比较。8种同工酶（MDH、ADH、ME、SOD、EST、GDH、SDH和α-AMY）共检测出17个位点，其中白色贝有7个多态位点，褐色贝有6个多态位点，多态位点（P0.99）的比例分别为41．18％和35．29％，白色贝和褐色贝平均每个位点的等位基因有效数目（Ac）分别为1．1421和1．1040，预期杂合度分别（Hc）为0．0919和0．0674，实际杂合度（Ho）分别为0．1275和0．0907，多态位点的遗传偏离指数表明，白色贝具有更高的遗传变异水平和多样性水平。住点Est-3可以作为鉴定白色贝和褐色贝的特异性蛋白质分子标记。     

用微卫星DNA技术对中国对虾人工选育群体遗传多样性的研究

利用微卫星技术对中国对虾人工选育群体第1代和第6代群体的遗传多样性进行了分析。对10个微卫星位点进行了扩增,共产生74个等位基因,每个位点产生的等位基因数从3到13不等。在两个群体中,所观察到的等位基因数都比有效等位基因数多。多态信息含量PIC值0．5567～0．8877,说明这10个微卫星位点在中国对虾中具有较高的信息含量。两个群体的平均杂合度分别为0．6400(CP1)、0．6300(CP6),并通过计算基因型的P值,确定了对Hardy-Weinberg平衡的偏离情况。对Fis值的计算表明两个群体内共有5个微卫星位点存在杂合度观察值过剩的现象。两个群体的Shannon多样性指数分别为1．6830、1．7382,整个选育群体(两个群体作为一个群体)的遗传多样性指数为1．7742。从遗传多样性所占的比例来看,96．415％的遗传变异是来自群体内,只有3．585％的遗传变异是来自群体间。两个群体间的相似性系数高达0．9187,彼此间的遗传距离仅为0．0848,体现出人工选育群体的遗传分化程度较低。结果均说明第6代群体还有较大的选育潜力,可以继续保持遗传效应,最终保证选种育种工作的成功。     

3个仿刺参地理种群遗传变异的微卫星DNA分析

运用微卫星DNA技术对仿刺参烟台群体、威海群体、大连群体的3个野生群各20个个体进行了遗传分析。对9个基因位点进行了扩增,共获得了59个等位基因。评估了9对微卫星引物的多态信息含量(PIC),范围在0.5129~0.8794之间。结果表明:3个野生群体的平均杂合度观测值分别为0.6416、0.6595、0.5824,平均杂合度期望值分别为0.7641、0.7161、0.7364;在Hardy-Weinberg平衡条件下,进行了P检验,发现3个群体均有位点发生了显著偏离;对3个群体进行了配对Fst值计算,发现3个群体之间遗传分化较弱。从变异贡献率来看,95.68%的变异来自个体之间,4.32%的变异来自群体之间。经过聚类分析,发现威海群体和大连群体之间亲缘关系较近,烟台群体与前两群体亲缘关系较远。     

大菱鲆引进群体与国内累代繁养群体线粒体D-loop区部分序列的遗传多态性分析

采用PCR扩增和DNA测序技术，测定分析了引自冰岛和法国的大菱鲆两个引进群体以及1个国内累代繁养群体共60尾个体的mtDNAD-loop区部分序列的遗传多样性。结果表明，60尾个体中，扩增获得的mtDNAD-Loop区部分序列长度为739～759bp；共检测到46个变异位点，其中单一变异位点17个，简约信息位点29个；共检测出56个单倍型，各群体的单倍型多样度分别为冰岛1．000、法国0．950、累代繁养0．850。3个群体的核苷酸多态性分别为冰岛0．00797、法国0．01134和累代繁养0．00616。各群体间的遗传分化系数分别为冰岛＂US法国0．53441、冰岛＂OS累代繁养0．27723、法国VS累代繁养0．60725。虽然3个群体的遗传多样性都不高，但是各种群之间存在一定的遗传分化，可以分别作为单独的种群进行种质保存和利用，特别是法国种群与其他两个种群间的遗传距离更远，更具引种价值。