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相似文献
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1.
为了分子鉴定6株鱼源嗜水气单胞菌,并从分子层面验证通过检测毒力基因以推测嗜水气单胞菌潜在致病性的可行性。实验采用PCR扩增16 S rDNA和gyrB基因并结合系统发育树的构建和分析进行菌种的分子鉴定,检测气溶素( aerolysin, aer)、溶血素( haemoly-sin, hly)、丝氨酸蛋白酶( serine protease, ahp)、热稳定细胞肠毒素( heat-stable cytotonic enterotoxin, ast)和热敏感细胞肠毒素( heat-labile cytotonic enterotoxin, alt)5种毒力基因,且使用Mega 5.2对核苷酸和氨基酸序列进行分析。结果显示6株菌均为嗜水气单胞菌Aero-monas hydrophila,检测出5种毒力基因中的至少4种,其中均检测出溶血素和2种肠毒素,序列分析表明气溶素、溶血素和丝氨酸蛋白酶的氨基酸序列高度保守。本研究基于16 S rD-NA和gyrB基因可以准确地对嗜水气单胞菌进行分子鉴定,6株菌的毒力基因丰富预示着一定的致病性, aer、 hly和ahp基因相对保守,编码的毒力因子高度同源,在临床分子诊断中建议使用aer、 ahp和hly基因对嗜水气单胞菌的潜在致病性进行检测。  相似文献   

2.
根据GenBank中报道的NDV融合蛋白基因(F)序列,设计了一对特异性引物,用谜引物对所分离的LN—SN株进行了RT-PCR扩增;将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM—T连接得到重组质粒pGEM-F,用于核苷酸序列测定。结果谊基因ORF长1662bp,编码553个氨基酸;将LN—SN毒株与GenBank中已报道的NDV毒株进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在83.1%-98.9%之间。推导的F蛋白氨基酸序列的同源性在88.1%-99.5%之间。  相似文献   

3.
方兵 《水产学报》2005,29(4):473-477
粘附素(aha1)、气溶素(aerA)和细胞兴奋性肠毒素(alt)是气单胞菌的主要毒力因子。根据aha1、aerA和alt基因序列设计三对引物建立了可同时检测三种毒力基因的多重PCR方法(MPCR)。该方法扩增出气单胞菌的aha1大小为1087bp,aerA为721bp,alt为480bp,其敏感度为102CFU·mL-1。而对金黄色葡萄球菌、恶臭假单胞菌、拟态弧菌以及非致病性气单胞菌均未扩增出任何条带。用限制性内切酶EcoRⅤ、BamHⅠ和FbaⅠ分别酶切PCR扩增产物,均获得与预期一致的酶切图谱。用建立的MPCR对15株水生动物源气单胞菌安徽分离株进行毒力基因检测,结果显示在13株致病性气单胞菌中10株细菌的毒力基因型为alt aha1 aerA ,2株为alt aha1-aerA-,1株为alt aha1 aerA-;alt、aha1和aerA基因在气单胞菌中的携带率分别为100%、84.62%和76.92%。表明气单胞菌安徽分离株的主要毒力基因型是alt aha1 aerA 的高毒力表型,alt毒力基因普遍存在于不同表型种气单胞菌中。  相似文献   

4.
杀鲑气单胞菌一新亚种的生物学特性及系统发育学分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
从石鲽(Kareius bicoloratus L.)细菌性败血感染症的病鱼(濒死及死亡不久)中分离到相应病原菌,进行形态特征、理化特性等较系统的表观分类学指征鉴定及代表菌株DNA中G+Ct001%的测定。同时,选择代表菌株进行16S rRNA基因的分子鉴定,测定16S rRNA基因序列、分析相关细菌相应序列的同源性,构建系统发生树。结果表明,分离鉴定的60株菌为杀鲑气单胞菌的一个新亚种(subsp.nov.),定名为杀鲑气单胞菌杀鲽亚种(Aeromonas salmonicida subsp.flounderacia subsp.nov.)。代表菌株HQ010320-1及HQ010320-5的16S rRNA基因序列与GenBank数据库中的杀鲑气单胞菌的同源性在99%和100%。  相似文献   

5.
嗜水气单胞菌J-1株丝氨酸蛋白酶基因克隆与序列分析   总被引:5,自引:3,他引:2  
储卫华 《水产学报》2004,28(1):84-88
根据已发表的气单胞菌胞外蛋白酶基因核苷酸序列,设计和合成了一对引物,以嗜水气单胞菌AhJ—1的基因组DNA为模板,通过PCR技术,扩增到约900bp的丝氨酸蛋白酶基因片段,并克隆到质粒载体pGEM—T中进行测序和分析,结果表明扩增的丝氨酸蛋白酶基因片段与已发表的嗜水气单胞菌丝氨酸蛋白酶Ahe2的同源性有87%,扩增片段编码343个氨基酸,推测的分子量为35700,计算机软件分析表明编码的氨基酸有较高的抗原性,可作为核酸疫苗的侯选基因片段。  相似文献   

6.
罗非鱼嗜水气单胞菌气溶素毒素基因的克隆及功能分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
根据已发表的嗜水气单胞菌气溶素(Aer)毒素基因的序列,设计1对特异性引物,应用PCR技术,扩增GXL3、GXL5、GXL9共3株罗非鱼嗜水气单胞菌的气溶素成熟蛋白基因,克隆到pMD18-T载体上进行序列测定.测序结果表明,3个菌株Aer毒素成熟蛋白的核苷酸序列为1 335bp,编码445个氨基酸,其与分离株No.BAA83088的成熟蛋白基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别为90.9%、91.4%、91.4%和96.2%、96.6%、96.6%,具有很高的同源性.应用分子生物软件分析广西分离株GXL9 Aer成熟蛋白,该蛋白无跨膜区,拥有较多的疏水区和抗原位点,等电点为5.5.  相似文献   

7.
针对我国东北地区获得高免新城疫(Newcastle Disease,ND)抗体鸡群仍然发生新城疲(ND)的情况,应用分子流行病学技术。对所分离的18株鸡菲新城疲病毒(Newcastle Disease Virus,NDV)和1株鸽源NDV进行系统发育进化分析。将NDV分离株通过差速离心纯化.以SDS-蛋白酶K(或Trizol法)提取病毒RNA,RT—PCR扩增其融合蛋白(F)基因532bp或280bp关键片断,经回收克隆到pMD 18-T载体上进行核苷酸序列测定(GenBank序列号:AY208680-AY208698)。核苷酸和氧基酸序列进行同源性比较,结果表明各毒株之间核苷酸同源性为83.1%-100%,氨基酸同源性为85.5%-100%;系统发育进化时分析显示.其中JL-12、HLJ-3为弱毒株.与疫苗株V4同属于基因Ⅰ型;其余17株均为强毒袜.其中HLJ-4、JL-14为Ⅵ型,其余15株均为基因Ⅶ型,由此可见东北地区目前新城疲的流行是由3种不同基因型的NDV毒珠(Ⅰ型、Ⅵ型、Ⅶ型)所发.但以基因Ⅶ型为主.速与我国其他地区和世界上其他国家ND的流行情况趋于一致。  相似文献   

8.
猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)病毒属动脉炎病毒科动脉炎病毒属,是引起母猪繁殖障碍的重要病原之一。本研究以出现繁殖障碍的母猪并通过ELISA检测为抗体阳性者的血清为材料,于2000年首次从重庆地区分离出PRRS病毒。母猪血清接种Marc-145单层细胞,经盲传至第四代时出现典型的细胞痛变效应(CPE);细胞培养物经电镜观察,发现其中有球形的病毒粒子,粒子大小为40~80nm,核心直径为20-40nm;病毒TCID50为10—4.46/0.05mL;用抗PRRSV特异性抗体能特异地中和病毒,中和指数为100,并将该地方分离株命名为PRRSV—SCQ株。根据Genbank中PRRSV北美洲株ATCC VR-2332的序列设计一对特异性引物,以PRRS V—SCQ RNA为模板,通过RT—PCR扩增其GP5基因片段.并将该片段插入克隆载体pMD18一T的EcoRV住点;测序结果表明该GP5基因序列与PRRSV—VR2332、LV株的GP5基因核苷酸序列同源性分别为99.34%和62.14%,GP5蛋白氨基酸推导序列的同源性分别为97.51%和54.37%,揭示SCQ地方分离株与VR2332株在基因型上更为接近,应属于美洲型。  相似文献   

9.
为探讨广西南宁市、浦北县和玉林市暴发性死亡胡子鲶的病原菌及其所携带6种毒力基因对其致病力的影响,用常规方法从病鱼的心脏、肝脏等部位分离细菌,人工感染实验确定病原菌的致病性,以API 20NE生化鉴定和16S r RNA分子鉴定相结合的方法对病原菌进行鉴定,采用PCR扩增法检测病原菌的6种毒力基因携带情况。结果显示,从患病鱼中共分离到5株病原菌,其中嗜水气单胞菌3株,温和气单胞菌2株。3株嗜水气单胞菌与标准菌株Aeromonas hydrophila ATCC 7966(CP000462)的亲缘关系最近,相似性均为99.8%,2株温和气单胞菌与标准菌株Aeromonas sobria NO.106(AB472903.1)的亲缘关系最近,相似性均达99.9%。6种毒力基因在5株病原菌中的阳性检出率分别为Act和Aer基因100%,ahal、hly和Alt基因均为80%,ahp基因仅20%;毒力基因型共3种,在5株气单胞菌中分布情况为Act+ahal+hly+Alt+ahp-Aer+3株,占实验菌株的60%,为主要的毒力基因,Act+ahal+hly+Alt+ahp+Aer+和Act+ahal-hly-Alt-ahp-Aer+各1株,各占20%。携带全部所检6种毒力基因的菌株致病力最强,只携带Act和Aer 2种毒力基因的菌株致病力最弱。ahp基因在菌株的致病力中起重要作用,病原菌的致病力是多种毒力基因协同作用的结果。  相似文献   

10.
嗜水气单胞菌外膜蛋白基因ompTS的克隆与序列分析   总被引:12,自引:1,他引:11  
黄晓 《水产学报》2001,25(6):552-558
根据已发表的外膜蛋白基因ompⅡ的核苷酸序列设计引物,从分离 自患红底板病的中华鳖的嗜水气单胞菌中扩增得到了ompTS基因,对ompTS 基因进行序列分析,发现其与ompⅡ基因的核苷酸序列有83.5%的同源性。ompTS基因最长的开放阅读框(ORF)为1068nt,编码由355个氨基酸组成,分子量为38.9kDa的蛋白质OmpTS,其氨基酸序列的前20个氨基酸残基可能组成信号肽。由ompTS基因的编码氨基酸序列与其它细菌外膜蛋白的氨基酸序列的比较结果,进一步证实细菌外膜蛋白氨基酸序列的N端存在高度保守区。根据序列分析结果推测,ompTS基因很可能是一个新的基因,编码38.9kDa的嗜水气单胞菌外膜蛋白OmpTS,该蛋白质在膜中极有可能形成孔道,具备与孔蛋白相似的性质。  相似文献   

11.
Abstract. Two haemolysin genes (AHH4 and AHH-2) of Aeromonas hydrophila ATCC7966 were cloned into a plasmid vector in Escherichia coli K-12. An open reading frame (ORF) of the AHH-1 haemolysin gene was 1734 base pairs (bp). and corresponded to a protein of 577 amino acid residues. Analysis of the deduced amino sequence indicated a highly hydrophobic N-terminal region which had the characteristics of a leader peptide. The sequence also included the -10 region and the -35 region of a promoter, and a ribosome- binding site upstream from the ORF. The termination site was located downstream from the ORF. The haemolysin was a thermolabile protein with the predicted molecular mass of 60 kDa. The AHH-1 gene is distributed in various A. hydrophila and A. salmonicida strains. The nucleotide sequence of a 981 bp ORF of the AHH-2 gene was encoded with the predicted molecular mass of 377 kDa polypeptides. The homology of the nucleotide sequence was very low between the AHH-1 and AHH-2 genes, and also with the aerolysin gene cloned by Howard & Buckley (19S6). No leader peptide was found in the N-terminal region of the ORF of the AHH2 gene. The AHH-2 gene was detected in the original strain ATCC7966, but was not detected in other tested strains of A. hydrophila and A. salmonicida.  相似文献   

12.
致病性哈维氏弧菌溶血素基因克隆及其检测   总被引:2,自引:1,他引:1       下载免费PDF全文
从山东沿海的发病鲈鱼(Lateolabrax japonicus)分离到1株致病性哈维氏弧菌(Vibrio harveyi),从该菌的染色体DNA扩增出一条长约1.4kb的特异性片段。DNA序列分析表明,该克隆片段含有完整的1254bp溶血素基因,该溶血素基因与哈维氏弧菌VIB645的溶血素基因VhhA和VhhB的相似性分别为99.0%和98.5%;与副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)热稳定性溶血素基因(TDH)的相似性为74.5%;与拟态弧菌(V.mimicus)、创伤弧菌(V.vulnificus)、霍乱弧菌(V.chderae)磷脂酶基因的序列相似性分别为57.4%、59.2%、53.0%;与最小弧菌、创伤弧菌、霍乱弧菌、霍氏弧菌(V.hollisae)、河流弧菌(V.tguvialis)、鳗弧菌(V.anguillarum)的溶血素基因的相似性仅为19.9%~24.8%。根据溶血素基因的保守区段,设计了1对特异引物。分析表明,该引物能特异检测哈维氏弧菌。其可检测的DNA最小量为0.001ng。用该方法对55株不同来源的患病鱼分离的疑似病原菌进行检测,结果检出8株哈维氏弧菌,检出率为14.55%,从健康动物中检出数占所检弧菌数的6.25%,海洋环境为10.53%,海水养殖环境为26.53%,表明哈维氏弧菌在不同的海水环境及健康海洋动物中普遍存在,在养殖水体中的数量高于其他海水环境。  相似文献   

13.
19株海水鱼致病性弧菌OmpK基因序列及其抗原性分析   总被引:6,自引:0,他引:6       下载免费PDF全文
从哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)、溶藻弧菌(V.alginolyticus)、副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)克隆、测定了共19株海水鱼类致病性弧菌外膜蛋白OmpK基因序列,探讨其作为海水鱼类致病性弧菌共同抗原的分子基础.根据已知的弧菌外膜蛋白OmpK序列设计1对简并引物,利用聚合酶链式反应(PCR)方法从19株弧菌总DNA中分别扩增得到约800bp外膜蛋白OmpK的基因片段,将其克隆到pDM18-Tvector载体筛选阳性重组子进行序列测定.结果显示,OmpK基因分别含有786bp~849 bp的开放读码框,编码261~282个氨基酸,其核苷酸序列之间的相似性在72%~100%,推测氨基酸序列的相似性为71%~100%,且种内OmpK氨基酸序列的相似性比种间高.序列分析还表明,每一种弧菌OmpK基因都有一段特异性序列,可用于设计核酸探针或特异性引物来诊断、检测哈维氏弧菌等海水鱼致病性弧菌.本研究不仅从基因水平上证实了外膜蛋白OmpK广泛存在于海水鱼致病性弧菌中,而且证明了它们之间具有较高的相似性.由结果推测外膜蛋白OmpK是哈维氏弧菌、溶藻弧菌、副溶血弧菌等致病性弧菌的一种共同抗原,是较好的亚单位疫苗候选成分,为进一步研制广谱的海水鱼类致病性弧菌外膜蛋白基因工程亚单位疫苗提供了理论基础.  相似文献   

14.
根据GenBank中报道的NDV融合蛋白基因(F)序列,设计了一对特异性引物,用该引物对所分离的LN-SN株进行了RT-PCR扩增;将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM-T连接得到重组质粒pGEM-F,用于核苷酸序列测定。结果该基因ORF长1662bp,编码553个氨基酸;将LN-SN毒株与GenBank中已报道的NDV毒株进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在83.1%~98.9%之间,推导的F蛋白氨基酸序列的同源性在88.1%~99.5%之间。  相似文献   

15.
A 750-bp internal fragment of the alkaline serine protease gene (asp) from the Vibrio alginolyticus strain HY9901 was amplified by polymerase chain reaction (PCR). The flanking sequences of the 5'- and 3'- ends of the asp gene were characterized by reverse and nested PCR. Sequence analysis showed that the asp gene contained an 1893-bp ORF encoding 630 amino acids. The deduced amino acid sequence of the ASP (alkaline serine protease) precursor showed significant homology with several bacterial alkaline serine proteases. Expression of the asp gene in Escherichia coli and activity tests of the ASP indicated that the N-signal peptide of the ASP precursor was essential to autocatalyse and fold correctly the enzyme to obtain activity. The purified ASP was lethal for Lutjanus erythopterus with an LD(50) of 0.25 microg protein g(-1) body weight.  相似文献   

16.
The nucleotide sequence of the gene encoding GCAT (glycerophospholipid: cholesterol acetyltransferase) in Aeromonas salmonicida ssp. salmonicida has been determined. The sequence revealed an open reading frame of 1005 bp encoding 335 amino acids, an 18-amino-acid signal peptide and a 317-amino-acid mature polypeptide with a deduced molecular mass of 35 380 Da and an estimated pI of 6.25. Within the encoding region, the homology with the corresponding gene fromAeromonas hydrophila was 92.9% for the nucleotide sequence and 93.7% for the deduced amino acid sequence.  相似文献   

17.
利用RACE-PCR技术,从牙鲆(Paralichthys olivaceus)的肝脏组织总RNA中克隆得到胰岛素样生长因子结合蛋白-1(insulin-like growth factor binding protein 1, IGFBP-1)基因的全长cDNA序列,该cDNA全长为1070 bp,开放阅读框为729 bp,编码242个氨基酸。通过系统进化树分析,牙鲆IGFBP-1与鱼类IGFBP-1基因聚为一支;通过同源性比对,牙鲆IGFBP-1基因的核苷酸序列与大菱鲆同源性最高,为95%,而其推导的氨基酸序列与其它鱼类如大菱鲆、五条鰤、黄金鲈、红点鲑、鲤鱼和斑马鱼的同源性分别为89%、89%、84%、79%、67%和67%。半定量RT-PCR分析表明,牙鲆IGFBP-1基因存在母源转录本,合子基因在孵化前的胚胎阶段及早期仔鱼中仅有较低水平的表达,在后期仔鱼中表达逐渐增高;牙鲆IGFBP-1基因在肝脏中表达量最高,在胃、脾、肠、性腺、肾、鳃、脑、心脏和肌肉中也有不同程度的表达。  相似文献   

18.
A phylogenetic tree of aquabirnaviruses, including marine birnaviruses (MABV) and infectious pancreatic necrosis virus (IPNV), was developed based on the nucleotide sequences and deduced amino acid sequences of the polyprotein and VP5 genes of genomic segment A. In the polyprotein of MABV strains, the amino acid sequences were very similar, with identities of 98.3-99.7%. Twenty-one unique amino acid residues were found in the deduced amino acid sequences of the polyprotein gene of MABV strains. The phylogenetic tree based on the nucleotide sequence of genomic segment A and polyprotein sequences showed that 31 aquabirnavirus strains were clustered into seven genogroups. All MABV strains isolated in Japan and Korea were clustered into one genogroup which was distinct from other aquabirnaviruses. The seventh genogroup containing all MABV strains showed amino acid sequence similarities of 80.7-90.6% with other genogroups. In VP5, four unique residues were found in MABV strains when compared with IPNV strains. The MABV strains exhibited amino acid sequence similarities of 63.9-86.4% with IPNV strains. The amino acid sequences of VP5 were conserved among MABV strains, but differed from those of IPNV strains. The MABV strains isolated from different host species and different geographical areas were very similar to each other, suggesting that the MABV are distinct from the other genogroups.  相似文献   

19.
采用RT-PCR方法,对来自重庆合川、长寿、綦江、大足、开县等5个区县的5个猪场的PRRS病料进行了ORF7基因的扩增,并克隆、测序和序列比对。结果发现,这5株与美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列同源性为98.5%,其推导的氨基酸序列同源性为92.6%;与已发表的ORF7序列CQ0703、JX0602、HB0602比对,核苷酸同源性为99.6%,其推导的氨基酸同源性为98.0%;与疫苗株RespPRRSMLV核苷酸同源性为98.6%,氨基酸同源性为94.3%,与欧洲型代表株LV株ORF7基因序列差异较大,核苷酸同源性仅有56.6%,而且推导的氨基酸数比LV株少5个,二者同源性仅为58.1%。结果表明5个区县流行的PRRSV与VR-2332和RespPRRSMLV亲缘关系很近,均为美洲型毒株。  相似文献   

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