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相似文献
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1.
凡纳滨对虾α-淀粉酶基因的SNPs检测   总被引:2,自引:0,他引:2  
利用PCR产物直接测序法,对凡纳滨对虾SPR和SPF 2个品种共40个样本的α-淀粉酶基因(GenBank序列号:AJ133526)的单核苷酸多态性(SNP)进行了研究。找到9个SNPs,分别为:C127T、A138G、T951C、T1083C、C1457T、A2147C、A2226G、A2297G和T2306C。其中1个SNP是第4外显子中的错义突变,2个SNPs分别是第5和第7外显子中的同义突变,6个SNPs是内含子中的突变。这些结果可为凡纳滨对虾的研究提供遗传学依据。  相似文献   

2.
利用PCR产物直接测序法,对凡纳滨对虾SPR和SPF2个品种共40个样本的仅一淀粉酶基因(GenBank序列号:AJ133526)的单核苷酸多态性(SNP)进行了研究。找到9个SNPs,分别为:C127T、A138G、1951C、T1083C、C1457T、A2147C、A2226G、A2297G和T2306C。其中1个SNP是第4外显子中的错义突变,2个SNPs分别是第5和第7外显子中的同义突变,6个SNPs是内含子中的突变。这些结果可为凡纳滨对虾的研究提供遗传学依据。  相似文献   

3.
大黄鱼肌肉生长抑制素基因外显子I遗传多态性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
肌肉生长抑制素是控制骨骼肌生长发育的重要细胞因子,采用PCR-SSCP和测序方法分析了大黄鱼肌肉生长抑制素基因外显子I的单核苷酸多态性,结果发现,外显子I有7个多态性位点,分别是270(G→A)、196(C→T)、349(A→T)、51(T→C)、352(G→A)、348(C→T)和264(G→T),但只有349位点和352位点的碱基突变造成错义突变,氨基酸变化分别为T→S和E→K,其他位点均属同义突变.存在7种基因型,它们的频率分别为0.2708、0.0833、0.3333、0.0208、0.1667、0.1047和0.0208,该基因位点的杂合度为0.709.统计分析表明,外显子I无论是基因型水平上的多态性还是氨基酸水平上的突变均与体长和体质量呈显著性相关(P<0.05),但与肌肉脂肪含量无显著相关(P>0.05).  相似文献   

4.
以雌核发育牙鲆(Paralichthys olivaceus)为对象,根据Gen Bank收录的牙鲆生长激素基因序列(Gen Bank登录号:D29737)设计9对引物,采用直接测序的方法对50尾雌核发育牙鲆生长激素基因编码区和启动子进行了单核苷酸多态位点(SNPs)筛选,共获得有效序列1 838 bp,启动子区117 bp,内含子区1 050 bp,外显子区671 bp,覆盖牙鲆生长激素基因78.3%的序列。共检测到7个SNPs,平均发生频率为0.38/100个碱基,其中颠换型3个,插入型2个,缺失型2个;内含子区4个(Intron I:C477T、1 091~1 092/insert T、1 129~1 130/insert A;Intron IV:1 906A/-del),外显子区3个(Exon V:2067T/-del、A2006C、A1974G);SNPs与生长性状相关分析结果显示:C477T和2 067T/-del两个位点对牙鲆的体重、体长、体高等生长性状均有显著影响(P0.05),其他5个SNPs对牙鲆生长性状均无显著影响(P0.05)。研究结果可为牙鲆生长性状的SNPs标记辅助选育提供基础数据。  相似文献   

5.
大黄鱼肌肉生长抑制素基因外显子Ⅰ遗传多态性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
肌肉生长抑制素是控制骨骼肌生长发育的重要细胞因子,采用PCR-SSCP和测序方法分析了大黄鱼肌肉生长抑制素基因外显子I的单核苷酸多态性,结果发现,外显子I有7个多态性位点,分别是270(G→A)、196(C→T)、349(A→T)、51(T→C)、352(G→A)、348(C→T)和264(G→T),但只有349位点和352位点的碱基突变造成错义突变,氨基酸变化分别为T→S和E→K,其他位点均属同义突变。存在7种基因型,它们的频率分别为0.2708、0.0833、0.3333、0.0208、0.1667、0.1047和0.0208,该基因位点的杂合度为0.709。统计分析表明,外显子I无论是基因型水平上的多态性还是氨基酸水平上的突变均与体长和体质量呈显著性相关(P<0.05),但与肌肉脂肪含量无显著相关(P>0.05)。  相似文献   

6.
α-淀粉酶是广泛存在于生物体内的消化酶,主要参与生物体内碳水化合物的代谢,为生物体提供维持生命、生长发育和繁殖所需的能量。为研究α-淀粉酶基因外显子与缢蛏(Sinonovacula constricta)生长性状的相关性,实验采用PCR产物直接测序法对其进行筛选比对,共获得18个候选SNPs位点,分别为:Rs-1:48G/C、Rs-2:247 C/A、Rs-3:420 A/G、Rs-4:441C/T、Rs-5:537 G/T、Rs-6:837 G/T、Rs-7:936 A/G、Rs-8:952A/C、Rs-9:1047 T/G、Rs-10:1062 C/T、Rs-11:1287C/T、Rs-12:1350 A/C、Rs-13:1362 C/T、Rs-14:1371 C/T、Rs-15:1503T/C、Rs-16:1536 T/C、Rs-17:1737T/C、Rs-18:1788 C/T。随机选取同批繁殖、同塘养殖的缢蛏快长新品种"申浙1号"群体,运用MassARRAY质谱检测方法进行SNPs位点的分型,结果显示:除Rs-13位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡(P> 0.05),Hardy-Weinberg平均值为0.581;多态信息含量平均值为0.237。基因型与生长性状的关联性分析结果表明:Rs-5:537 G/T与Rs-10:1062 C/T位点基因型个体之间部分性状存在显著性差异(P <0.05)。13个位点组成的双倍型与生长性状的关联性分析显示:双倍型S6的壳高高于S3、S5、S7(P <0.05),S6的总重大于S7(P <0.05);另外,S6各个生长性状值在所有双倍型中最高。获得的缢蛏α-淀粉酶编码区外显子与生长性状相关的SNPs标记,可为缢蛏遗传改良特征标记筛选及定制培育提供有益参考。  相似文献   

7.
通过佛山市白金水产良种选育场提供的草鱼EST库的醛缩酶B基因重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到C+687G、C+1042A和A117C等3个颠换SNPs位点。C+687G位于醛缩酶B基因外显子6的63 bp处,为同义突变;C+1042A位于外显子8的43 bp处,为错义突变;A117C位于内含子7的117 bp处。采用Snapshot方法对同一群体的296尾草鱼的这3个SNPs位点进行检测和分型,并统计基因型频率。3个SNPs位点中AA的频率分别为42.9%、32.8%、32.8%;AB的频率分别为42.9%、45.9%、45.6%;BB的频率分别为14.2%、21.3%、21.6%。利用一般线性模型分析3个SNPs位点与草鱼体质量、体长等重要生长性状的关系,关联分析结果显示,C+687G位点不同基因型只在体长/尾柄长比值上存在显著差异(P0.05),和体质量等重要生长性状不相关。A117C和C+1042A两个位点都在体质量等4个生长性状上存在显著差异(P0.05)。将3个SNPs位点不同基因型两两位点组成3个组合的双倍型(都去掉了频率小于3%的组合),结果显示,C+687G和A117C以及C+687G和C+1042A的2个组合分别组成的7种双倍型在体质量等5个生长性状上都存在显著差异(P0.05);A117C和C+1042A组成的3种双倍型在体质量、眼间距等2个生长性状上都存在显著差异(P0.05)。研究认为,可以考虑将草鱼醛缩酶B基因作为生长相关的候选基因,用于草鱼的分子辅助育种。  相似文献   

8.
三疣梭子蟹线粒体基因组单核苷酸多态性   总被引:1,自引:1,他引:0  
为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点,本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs。统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%;C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比率为8.3%、A/T突变与G/C突变的比率均各占4.16%。本研究中所获得的SNP位点分布于三疣梭子蟹线粒体基因组的11个区域,且分布不均。其中COX1基因区域的SNP数目最多,其次在D-LOOP、ND1基因区域分别为3和4个SNP位点;而t RNA、12S r RNA等其他区域尚未发现突变位点。本研究所建立的三疣梭子蟹线粒体全基因组SNP的快速筛查方法及发现的SNPs,为进一步开展三疣梭子蟹种质遗传资源多样性、增殖放流标记等方面的研究提供了分析工具。  相似文献   

9.
罗非鱼 MC4R 基因克隆及与其生长相关的 SNPs 位点   总被引:4,自引:2,他引:2       下载免费PDF全文
黑素皮质素受体-4(Melanocortin receptor-4,MC4R)是5种已发现的黑素皮质素受体家族成员之一,属于跨膜G-蛋白耦联受体超级家族,对于调节动物的采食量、体质量及能最稳态有着重要的作用.本研究采用基因组步移技术获得了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)MC4R基因组DNA序列.该基因全长2547 hp,其中5'侧翼序列长为1481 bp,3'侧翼序列长为82 bp,编码区序列长为984 bp,只有1个外显子.采用PCR产物直接测序法、PCR-RFL和CRS-PCR技术对尼罗罗非鱼MC4R基因启动子和外显子区域进行了SNPs位点的检测和分犁,结果共检测到5个SNPs位点(-G1000C、-T974A、C276T、C561T和C708T),其中外显子上的3个SNPs位点均为同义突变.利用一般线性模型分析5个SNPs位点与尼罗罗非鱼生长性状的关系,结果表明,5个SNPs位点不同基因型之间体质量均值差异最大值分别为9.5%、23.2%、14.4%、18.6%和13.5%,没有达到显著水平(P>0.05).将5个SNPs位点不同基因型组合成7种双倍型(去掉频率小于3%的组合),关联分析表明,在体质量和体长这2个主要生长性状方面,双倍型D4与D1、D3、D6存在显著性差异(P<0.05),双倍型D2与D3、D6也存在显著性差异(P<0.05).因而可以考虑将MC4R基因作为影响罗非鱼体质量等生长性状的候选基因,应用于罗非鱼分子标记辅助育种.  相似文献   

10.
生长激素( GH)基因能够影响动物的生长,是一个与生长性状有关的基因。以315尾甘肃金鳟( Oncorhyn-chus mykiss)为研究材料,分析了GH基因外显子区域多态性,并对基因型与生长性状进行了关联性分析。 PCR-SSCP分析结果显示B等位基因在外显子2区域第903 bp处发生G/C突变,存在3种基因型AA、 AB和BB。 D等位基因在外显子5区域第3049 bp处发生T/G的突变,在3094 bp处发生C/A的突变,其中第3049 bp处发生的T/G的突变导致第157位氨基酸由组氨酸变为谷氨酰胺,为有义突变,共检测到3种基因型CC、 CD和DD个体。最小二乘法分析表明, BB基因型的全长值和体长值都显著高于AA和AB基因型( P<0.05)。 T3049 G和C3094 A突变点对全长、体长和体重均有显著性影响( P<0.05),其中CC基因型的全长值、体长值和体重值都高于DD和CD基因型。在标记辅助育种中,这些分子标记可以为甘肃金鳟遗传改良提供基础的数据和参考。  相似文献   

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