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1.
利用微卫星分子标记技术,对暗纹东方鲀的上海群体(SH)、广东群体(GD)、张家港群体(ZJG)和野生群体(YS)的遗传变异和遗传结构进行了分析。结果显示:(1)12个微卫星位点总共获得140个等位基因,4个群体的平均有效等位基因数(Ne)为5.317 8~5.999 4,平均期望杂合度(He)在0.787 3~0.812 8,平均多态信息含量(PIC)为0.760 0~0.790 3;(2)两两群体间的遗传分化FST值为0.025 3~0.053 7,表明4个群体间并没有产生显著的遗传分化;(3)UPGMA聚类分析的结果显示,GD和ZJG群体先聚为一支,然后与SH群体聚为一支,最后与YS群体聚为一支。研究表明,我国暗纹东方鲀的养殖群体仍具有较丰富的遗传变异水平和较好的遗传改良潜力。  相似文献   

2.
用微卫星和扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分子标记对海南、广州和青岛吉富品系尼罗罗非鱼的遗传多样性和遗传分化进行了研究。9对微卫星引物和4对AFLP引物的分析结果一致。微卫星分析表明,青岛吉富鱼的平均等位基因数(4.8)、平均观测杂合度(0.528)、平均多态信息含量(0.605)最高,海南吉富鱼的平均等位基因数(4.4)、平均观测杂合度(0.479)、平均多态信息含量(0.549)最低。AFLP分析显示,青岛吉富鱼的多态位点比例(48.4%)和基因多样性(0.245)最高,海南吉富鱼的多态位点比例(36.3%)和基因多样性(0.147)最低。这些表明,青岛吉富鱼的遗传多样性最高,海南吉富鱼最低。遗传分化分析表明,两两群体间遗传分化显著(微卫星FST为0.07~0.11,P<0.01;AFLPFST为0.24~0.29,P<0.01)。AMOVA分析显示,大部分遗传变异(微卫星的分析结果为91.26%;AFLP的为67.6%)来源于群体内个体间,表明吉富鱼选育品系尚具有进一步选育的潜力。  相似文献   

3.
凉山半细毛羊微卫星标记多态性的研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用微卫星技术对凉山半细毛羊核心育种群206个个体第1、2、3、9号染色体上的18个微卫星位点进行研究,检测微卫星在凉山半细毛羊中的等位基因数,计算等位基因频率(Pi)、遗传杂合度(H)和多态信息含量(PIC),分析了凉山半细毛羊微卫星DNA的多态性。实验采用的18个微卫星标记位点在凉山半细毛羊群体中,平均等位基因数为8.2778个(3~19个),平均多态信息含量为0.591(0.253~0.833),遗传杂合度均值为0.500(0.026~0.888)。表明该品种绵羊遗传多态性丰富,群体遗传变异较大,并且所选18个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究。  相似文献   

4.
2个锦鲤人工养殖群体遗传多样性的微卫星标记分析   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
采用13对微卫星引物,对2个锦鲤(Ornamental carp)人工养殖群体的遗传多样性进行了研究.结果表明,锦鲤群体的遗传多样性水平较高;其平均等位基因数(A)为7.86和8.37;2个群体的平均观测杂合度(Ho)为0.7911和0.7928,平均期望杂合度(He)为0.6735和0.6792,平均多态信息含量为0.7145和0.7192.群体间的遗传距离为0.1057,遗传相似度为0.9011.13个微卫星位点可用于锦鲤群体的遗传学研究.  相似文献   

5.
为了解中国不同地理群体花鲈(Lateolabrax maculatus)的遗传结构,从花鲈基因组序列中筛选出11个具有多态性的微卫星位点,对中国沿海地区(天津、长岛、青岛、上海、厦门和北海) 6个花鲈野生群体的遗传多样性进行分析。11个微卫星位点共检测到57个等位基因,7个微卫星位点具有高度多态性。6个群体的等位基因数(N;)为3.909 1~4.636 4,有效等位基因数(N;)为2.293 4~2.773 5,观测杂合度(H;)为0.391 3~0.456 8,期望杂合度(H;)为0.505 1~0.566 2,多态信息含量(PIC)为0.388 8~0.518 9。青岛、上海和北海群体具有高度多态性,其余群体为中度多态性。上海群体的遗传多样性最高,长岛群体和厦门群体的遗传多样性低。6个群体间的遗传分化指数(F;)为0.022 6~0.055 2,其中天津群体和北海群体间的遗传分化最大,群体间的遗传分化程度低。基因流(N;)为4.276 6~11.220 8,6个群体间的基因交流频繁;分子方差分析(AMOVA)显示群体内变异占总变异的91%,群体间变异占9%。基于个体归类的聚类分析显示6个群体的花鲈个体均被划分到2个基因型类群中,无独立的基因型类群。UPMGA聚类树显示6个群体分为两支。  相似文献   

6.
利用微卫星标记技术分析了中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体(Wild Population,WP)和"黄海2号"第10代选育群体(Breeding Population,BP)的遗传多样性,以检测累代人工选育对中国明对虾群体遗传结构的影响。结果显示,15个微卫星位点共检测到462个等位基因,微卫星位点等位基因数(N_a)和有效等位基因数(N_e)分别为3~44个和2~29个,多态信息含量(PIC)为0.518~0.964。野生群体和选育群体的平均观测杂合度分别为0.852和0.810,15个微卫星位点的等位基因频率在2个群体发生了显著的变化。通过计算P值确定位点Hardy-Weinberg平衡偏离情况,Fis结果显示,共有11个群体位点表现为杂合子过剩,Shannon指数(H)分别为2.786和2.399。2个群体的N_ei′s无偏遗传距离(u D)和无偏遗传相似度(u I)分别为0.177和0.838,遗传分化指数为0.017(P=0.001),表明群体发生了弱遗传分化。遗传变异来源分析显示,只有7.50%的变异来自于群体间,其余遗传变异均来自于个体间。结果表明,人工选育的中国明对虾"黄海2号"第10代群体具有较高的遗传多样性,仍具有很大的选育潜力,可以继续作为选育材料。  相似文献   

7.
基于AFLP的海萝野生群体遗传多样性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
应用AFLP分子标记技术对广东深圳、汕头和山东长岛的海萝(Gloiopeltis furcata)群体进行遗传多样性分析。应用筛选出的10对多态性丰富的AFLP引物,对这3个地理群体的90个个体进行扩增,共得到427个位点,多态性位点数为392(91.75%),各引物扩增位点数为30~59。长岛群体扩增位点最多,多态性也最高。群体内的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、遗传多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)变化趋势一致,均由高到低依次为长岛群体、汕头群体、深圳群体,表明长岛群体遗传多样性最高。3个海萝群体遗传变异主要来自群体间。群体间的基因流为0.368 9,群体分化系数(Gst)为0.575 4,表明群体间有高度分化。深圳群体和汕头群体的遗传距离最小(0.110 2),与长岛群体的遗传距离最大(0.357 7)。UPGMA聚类分析显示广东深圳和汕头群体聚为一支,山东长岛群体为另一支,表明群体间的遗传差异与地理距离有关。本研究结果为海萝资源的保护与利用提供了基础数据。  相似文献   

8.
为了深入了解引进溪红点鲑种质遗传结构状况,本研究利用溪红点鲑转录组数据设计四核苷酸重复微卫星引物1 081对,选择其中200对进行引物合成,经过筛选鉴定共获得111个特异性好且扩增效率高的微卫星标记,用其中27个多态性标记比较分析了溪红点鲑引进群体和养殖群体的遗传多样性。结果显示,27个微卫星位点在2个群体中共检测到171个等位基因,多态性信息含量(PIC)为0.426 0~0.877 4,平均为0.673 1,其中23个位点高度多态(PIC≥0.5)。引进群体和养殖群体的平均等位基因数(Na)分别为5.555 6和4.444 4;平均有效等位基因数(Ne)分别为3.914 5和3.108 2;平均观测杂合度(Ho)分别为0.356 2和0.265 0;平均期望杂合度(He)分别为0.700 2和0.621 0;平均PIC分别为0.640 9和0.555 5。引进群体和养殖群体的遗传参数t检验结果显示,养殖群体的5项遗传多样性参数均显著或极显著低于引进群体,表明尽管溪红点鲑养殖群体的PIC仍处于高度多态水平(PIC≥0.5),但是经过多代群体自繁,已经出现等位基因严重富集的现象。经Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验显示,在引进群体和养殖群体中分别有8个和4个位点尚未偏离平衡,且多数位点表现为杂合子缺失。2个群体间具有高度遗传分化(Fst=0.164 2),遗传相似系数为0.582 2,遗传距离为0.540 9,表明引进和养殖溪红点鲑群体间存在显著遗传分化。  相似文献   

9.
利用微卫星分子标记技术,对中华鳖(Trionyx sinensis)黄河群体选育F3世代与其基础群体—黄河野生群体以及淮河、鄱阳湖、洞庭湖、太湖野生群体的遗传变异进行了测定和比较分析。结果表明:①从所筛选的14个微卫星位点中,6个群体共检测出334个等位基因;平均等位基因数(N a)为3.64.2,平均有效等位基因数(N e)为2.534.2,平均有效等位基因数(N e)为2.532.99,平均观察杂合度(H o)为0.47142.99,平均观察杂合度(H o)为0.47140.5821,平均期望杂合度(H e)为0.551 50.5821,平均期望杂合度(H e)为0.551 50.599 7,平均多态信息含量(PIC)为0.487 20.599 7,平均多态信息含量(PIC)为0.487 20.540 6,平均Shannon多样性指数(H')为1.0010.540 6,平均Shannon多样性指数(H')为1.0011.106,表明这6个中华鳖群体均具有较为丰富的遗传多样性。②基于D遗传距离构建的UPGMA聚类树显示,黄河群体选育F3世代与黄河群体聚为一支,鄱阳湖群体与洞庭湖群体聚为一支,淮河群体与太湖群体聚为一支。③群体间F统计量及AMOVA分析表明,黄河群体选育F3世代与黄河群体遗传分化不显著(P>0.05),但与淮河、鄱阳湖、洞庭湖及太湖群体遗传与差异极显著(P<0.01)。④三代选育已使黄河鳖选育群体渐趋纯化,其遗传多样性略低于其它群体,但其F3世代仍保持较高的遗传多样性,显示具有较大的选育潜力。  相似文献   

10.
为了解安徽省内长江和淮河水系黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性和遗传结构,选用10个微卫星标记对9个自然群体共254尾黄颡鱼进行了遗传分析。共检测到等位基因数(N_a) 245个,平均有效等位基因数(N_e) 9.75个。各群体的平均N_a为5.20~14.80,平均N_e为2.64~8.93;平均观测杂合度(H_o)为0.496~0.671,平均期望杂合度(H_e)为0.557~0.818;平均多态信息含量(PIC)为0.500~0.790。AMOVA分析显示仅8.15%的遗传变异来自群体间,各群体间的遗传分化指数(F_(ST))为0.006~0.236。基于Nei's遗传距离的UPGMA系统树和利用Structure软件的群体遗传结构分析均显示,9个群体可被划分4或5个谱系,其中石台(秋浦河水系)、麻川河(青弋江支流)、阜南(淮河水系) 3个群体的个体遗传结构均比较独立,与其他群体亲缘关系较远;其他6个群体(长江水系的望江、无为、龙窝湖、泾县群体和淮河水系的凤台、瓦埠湖)的较为复杂,可能存在谱系间的混杂。结果表明,研究区域内黄颡鱼野生资源遗传多样性较高,地理群体间存在遗传分化且部分群体可能经历了瓶颈效应。  相似文献   

11.
利用磁珠富集法构建的基因组文库和EST文库开发了30个文蛤多态性微卫星标记。8个G-SSR和22个EST-SSR多态性位点共获得140个等位基因,平均等位基因数为4.67,多态性信息含量、观测杂合度、期望杂合度分别介于0.172~0.744、0.040~0.720、0.187~0.793之间;G-SSRs的平均等位基因数、平均多态性信息含量、平均观测杂合度和平均期望杂合度都较EST-SSRs高;Hardy-Weinberg平衡检测发现,24个位点偏离了平衡状态;利用BLASTx对含多态性SSR位点的EST进行功能注释,11个位点来自注释基因序列。 将30对文蛤多态性SSR引物分别在斧文蛤和帘文蛤中进行了通用性检测,通用率分别为30%和40%。这些微卫星多态性位点的获得,为进一步开展文蛤遗传多样性分析、种质资源评价、分子标记辅助选育等奠定基础,并且可用于文蛤、斧文蛤和帘文蛤的比较作图、基因发掘和QTL定位等研究。  相似文献   

12.
To determine the potential for productive efficiency and genetic improvement in the clam (Meretrix meretrix), four populations were produced from a diallel mating of two different geographical stocks (SD and JS). The genetic parameters at nine novel microsatellite loci indicated that the numbers of alleles, observed heterozygosity and polymorphic information content of the reciprocal cross populations (SDJS and JSSD) were larger than those of the pure populations (JSJS and SDSD). The values of Nei's unbiased genetic distance and FST revealed that the largest genetic divergence was between the two pure populations (DC=0.2993, FST=0.1438) and the smallest was between the two reciprocal cross populations (DC=0.1093, FST=0.0583). In addition, the mean shell lengths of the reciprocal cross populations were significantly larger than that of the pure populations by 1.577 mm (P<0.05), and the same trend was observed in the other traits. A significant maternal effect was revealed after analysis of the effects of egg origin and mating strategy on the four traits. Heteroses for all the traits were detected in the reciprocal cross populations. Our research implies an extensive development potential in productive efficiency and genetic improvement for M. meretrix.  相似文献   

13.
棘头梅童鱼七个野生群体遗传多样性的微卫星分析   总被引:5,自引:1,他引:4       下载免费PDF全文
为研究中国沿海地区棘头梅童鱼群体的遗传多样性,利用微卫星标记技术,采用9对微卫星引物对中国连云港(LYG)、大丰(DF)、崇明(CM)、舟山(ZS)、温州(WZ)、宁德(ND)、厦门(XM)棘头梅童鱼7个野生群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示,实验检测到63个等位基因,各位点等位基因数为3~13个,有效等位基因数为1.7510~8.0317;各位点的观测杂合度(Ho)为0.3596~0.7854,期望杂合度(He)为0.4300~0.8780;多态信息含量(PIC)为0.3604~0.8631,其中有2个位点表现为中度多态(0.25PIC0.5),7个位点表现为高度多态(PIC0.5),具有较丰富的遗传多样性水平。Hardy-Weinber平衡分析显示,7个群体的大部分位点未偏离平衡。基于群体间Nei氏标准遗传距离构建的7个野生群体UPGMA系统进化树结果显示,ND和WZ群体遗传关系最近,ZS和WZ群体遗传关系最远,WZ和ND聚为一支,但总体上没有显著的遗传分化。  相似文献   

14.
浙闽沿海葡萄牙牡蛎群体遗传结构及种群历史分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
李双  李琪  于红  孔令锋 《中国水产科学》2015,22(6):1260-1269
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基因(mt COI)对浙闽沿岸5个葡萄牙牡蛎(Crassostrea angulata)自然群体的遗传结构及其种群历史进行分析。结果表明,葡萄牙牡蛎群体的遗传多样性处于较高水平,在183条序列中检测到44个多态性位点,共定义了39个单倍型;平均单倍型多样度和平均核苷酸多样度分别为0.8524和0.00406,平均核苷酸差异数在不同群体内差异较小。AMOVA分析显示,绝大多数的遗传变异都来自于群体内个体间(91.94%),组间和组内群体间均不存在明显的遗传分化。两两群体间的ΦST值较低(–0.01193~0.11486),但宁德群体与其他群体间出现了显著的低程度遗传差异。单倍型网络关系图整体上呈星状拓扑结构,不同地理来源的单倍型无明显分支。贝叶斯系统发生树上,各单倍型交错分布,没有表现出明显的地理分化。中性检验和错配分析均表明葡萄牙牡蛎群体经历了历史扩张,扩张时间在更新世末期的25万到21万年前。  相似文献   

15.
我国沿海不同群体文蛤遗传差异RAPD分析   总被引:6,自引:3,他引:3  
本文运用RAPD对辽宁、山东、江苏、福建、广东、广西等7个地理群体的文蛤进行了分析。从40条随机引物中,筛选出11个扩增效果好、条带清晰的随机引物进行扩增。结果显示,7群体内遗传多样性丰富,遗传相似度在0.7251~0.8972之间,依次排列为:辽宁营口(0.8972)>广东湛江(0.8756)>山东日照(0.8729)>山东潍坊(0.8643)>福建云霄(0.8245)>江苏启东(0.7653)>广西合浦(0.7251)。群体间遗传距离指数及用UPGMA和NJ法构建的分子系统树结果表明,山东日照与山东潍坊两群体的亲缘关系较近,广东湛江群体与其它群体亲缘关系相对较远。  相似文献   

16.
选用来源于鲤基因组中的鳞被相关基因(ant、eda、edar、fgfr)及其上下游序列中的155个微卫星标记,对德国镜鲤(Cyprinus carpio L.)与黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)杂交的F2 116尾个体的遗传多样性进行检测,以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡.结果表明,36个微卫星标记表现为多态,各标记的等位基因数在2~4个浮动,共检测到86个等位基因,平均每个标记2.388 9个;平均有效等位基因数为2.209 4;平均观测杂合度为0.624 5;平均期望杂合度为0.529 2;平均多态信息含量为0.432 1,其中23个微卫星标记表现为中度多态(0.25≤PIC<0.5),13个微卫星标记表现为高度多态(PIC≥0.5),说明这个群体属于中度多态性水平.Hardy-Weinberg平衡检验结果显示,61%标记显著偏离平衡,人工选择压力和自交对家系造成了严重的影响.SPSS 17.0分析发现分别有10(28%)、7(19%)、7(19%)和11个(31%)标记与体质量、体长、体高和体厚存在显著相关性,并发现11个优势基因型.源于鳞被相关基因的微卫星标记与生长性状连锁的比例较高,以上结果从分子水平上提示鳞被基因与所研究4种生长性状存在一定的相关性.  相似文献   

17.
利用微卫星标记对文蛤4个壳色花纹品系的遗传分析   总被引:3,自引:1,他引:2  
利用9个微卫星位点对文蛤红壳(RS)、黑斑(BS)、细纹(TC)、暗纹(DF)4个壳色花纹品系共120个个体进行遗传差异分析。结果共检测到105个等位基因,每个位点平均观察等位基因数为11.7个,其中WG07位点等位基因数最多(21个),WG11位点最少(7个)。每个品系均具有特异等位基因类型,不同品系中相同微卫星位点的等位基因分布规律不同。4个文蛤品系的观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别为0.110~1.000、0.486~0.867、0.433~0.834,均属高度多态性位点。Hardy-Weinberg平衡的卡方检测发现,大多数位点偏离平衡状态;聚类分析表明,4个品系间存在较明显的遗传差异,TC品系与其它品系的遗传距离最大,DF品系和RS品系的遗传距离相对较小。  相似文献   

18.
不同地理群体裸体方格星虫遗传结构及种群分化研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
本研究对福建长乐、古雷、晋江海区裸体方格星虫自然群体91个个体的线粒体COI基因进行序列测定,并与厦门、北海、三亚3个地理群体15个个体的线粒体COI基因序列进行了比较分析。在106个个体中共发现193个核苷酸多态位点和52个单倍型,长乐、古雷、晋江海区3个地理群体中单倍型多样性指数(h)在0.626到0.972之间,核苷酸多样性(π)在0.00155到0.01325之间,表现出较高的遗传多样性。分子方差分析(AMOVA)显示1.97%的变异存在于群体内,而群体间的遗传变异为98.03%,群体间变异是总变异的主要来源。构建的单倍型系统关系树显示单倍型聚合为A、B、C、D 4个不同的具有高支持率的分支,表明我国沿海至少存在4个线粒体具显著差异的类群,并可能存在隐蔽种。单倍型最小拓展网络图揭示裸体方格星虫类群A存在福建沿海和北部湾两个明显的分支,是否可提升为亚种有待进一步考证。研究结果为中国沿海裸体方格星虫种质资源保护、人工苗种放养及遗传育种工作的开展提供了依据。  相似文献   

19.
采用生物信息学方法分析了文蛤(Meretrix meretrix)转录组中微卫星序列(简单重复序列,simple sequence repeat)的分布规律。结果表明:在文蛤转录组SSR中,单碱基重复序列的数量最多,有3001个;其次为三碱基和四碱基重复序列,分别为2254和2200个;二碱基重复序列1052个;五碱基重复序列332个;六碱基重复序列最少,仅13个。文蛤转录组SSR共包含26种重复基元,其中优势基元为单碱基重复A/T有2809个,其次为三碱基重复AAC/TTG有907个,四碱基和二碱基重复中的AAAC/TTTG和AT/TA分别有588和561个,说明文蛤转录组微卫星位点的分布对A/T具有偏好性。文蛤完整SSR的平均长度为18.34 bp,长度分布在12~20 bp,约占41%。研究结果将为研究文蛤SSR标记开发、群体遗传多样性、遗传连锁图谱、种质资源鉴定和分子遗传育种等后续研究提供基础数据。  相似文献   

20.
西南大西洋阿根廷滑柔鱼遗传多样性的微卫星分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
西南大西洋阿根廷滑柔鱼(Illex argentinus)是重要的经济大洋性头足类,其种群结构较为复杂。本研究采用8个微卫星标记,对西南大西洋阿根廷滑柔鱼群体的遗传多样性进行了检测。8个基因座位上,共检测出172个等位基因,每个基因座位检测到10~30个等位基因不等。8个位点的平均观测等位基因数为21.500 0,平均有效等位基因数为12.074 1。各位点的观测杂合度(Ho)变化范围为0.300 0~0.775 0,期望杂合度(He)为0.484 2~0.977 0,平均观测杂合度为0.504 6,平均期望杂合度为0.873 4。8个微卫星位点的多态信息含量(PIC)平均值为0.853 6。以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡,发现8个基因座位均不符合Hardy-Weinberg平衡。Fst分析显示该群体无明显的遗传分化。研究结果揭示:西南大西洋阿根廷滑柔鱼种群显示了高水平的微卫星多态性,该海域阿根廷滑柔鱼群体的遗传多态性水平在经历了近十年的密集捕捞压力后没有明显的变化,同时证明微卫星分子标记是研究该物种自然种群的有利工具。  相似文献   

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