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相似文献
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1.
仿刺参的微卫星标记   总被引:17,自引:5,他引:12  
为了评价种质资源及基础生物学研究的需要,本文开发了仿刺参的微卫星标记。NCBI数据库中共有20个含有仿刺参微卫星的序列,从中选取8个设计引物,发现6个微卫星位点有多态性。不同的引物获得的等位基因数为3~9个不等,6个位点共获得了31个等位基因,每个位点平均获得5.2个等位基因。6个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.3611,平均期望杂合度(He)为0.6402。位点AJMS004提供的多态性信息含量值较低,为0.4862;其他5个位点均在0.5以上。另外,还尝试了红海参(Parastichopus californicus)微卫星标记在仿刺参的通用性。实验结果表明,在较高的退火温度下,5对引物均能扩增仿刺参的基因组DNA并具多态性。5个位点共获得了22个等位基因,每个位点平均获得4.4个等位基因。5个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.1733,平均期望杂合度(He)为0.4201。其中位点Psc2的多态性信息含量值最高,为0.8500。  相似文献   

2.
中国对虾微卫星DNA引物的设计及筛选   总被引:3,自引:0,他引:3  
根据建立的中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)部分基因组文库,对筛选的含微卫星DNA序列的克隆设计了28对引物,筛选出5对微卫星多态性引物,并用这5对引物对中国对虾的养殖群体20个个体进行了遗传多样性分析。在这5个微卫星位点中,虽然.RS0871位点是多态位点,但其等位基因数、杂合度和多态信息含量都比较低。其余4个微卫星位点可产生6~8个等位基因,等位基因的大小分布在142~364bp,基本上符合引物设计时理论产物长度。这些微卫星位点的期望杂合度的范围为0.7577~0.8064,表明它们都有较高的杂合度。仅有位点RS0956的观察杂合度与期望值有较大的出入,其他微卫星位点的这两值基本相符。有4个微卫星位点的PIC值较高,在0.7180~0.7709。因此,除RS0871位点以外的4个微卫星位点均可用于中国对虾种群遗传结构分析,这将为中国对虾品种选育、种系评估提供更多的微卫星DNA信息。  相似文献   

3.
通过构建大黄鱼性腺线性化cDNA文库,并经测序后获得3535条EST,对其二碱基至六碱基重复序列进行筛选,共发现微卫星位点150个,占EST序列的4.24%;其中包括二碱基重复序列64条,三碱基重复序列80条,四碱基重复序列5条,五碱基重复序列1条;三碱基重复序列是最丰富的重复单元,占53.3%。在这些微卫星序列中,(TG/GT/AC/CA)n形式在二碱基重复中最为常见,(GAG/AGG/GGA/CCT)n形式在三碱基重复序列中最为常见,分别占微卫星序列总数的26%和14%。选取其中的62条微卫星序列进行引物设计、合成与多态性检测,经过PCR扩增,2.0%的琼脂糖凝胶电泳检测,获得呈多态性微卫星引物8对,多态率为12.9%。本研究为开发大黄鱼EST微卫星分子标记和大黄鱼基因编码区微卫星的功能研究提供有价值的信息。  相似文献   

4.
为了开发太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)的微卫星分子标记,采用生物素标记探针(AC)12、(AAC)10、(AAG)10和(GATA)8对其微卫星位点进行了筛选,并对其序列特征进行了分析。共获得490个微卫星序列,筛选的总效率为78.09%。筛选出725个微卫星位点,其中完美型592个,占81.66%;混合型82个,占11.31%;非完美型51个,占7.03%。探针(AC)12富集到的微卫星重复次数大多集中在14~26次,最高44次;探针(AAC)10和探针(AAG)10富集得到的微卫星重复次数主要集中在8~20次,最高42次;探针(GATA)8富集得到的微卫星重复次数一般在6~15次,最高32次。探针(AC)12、(AAC)10、(AAG)10和(GATA)8的杂交效率分别为85.19%、60.19%、5.16%和10.64%。筛选得到的725个微卫星位点中,二碱基重复位点390个(53.79%),三碱基重复位点284个(39.17%),四碱基重复位点47个(6.48%),五碱基重复位点 1个(0.14%)和六碱基重复位点3 个(0.42%)。根据二碱基重复核心序列进行引物设计,对抚仙湖24尾太湖新银鱼样本进行 PCR 扩增,电泳结果显示部分微卫星位点有较高的多态性,同时本研究获得的三碱基、四碱基、五碱基和六碱基重复位点也可为长重复单元微卫星引物的开发提供基础。  相似文献   

5.
利用SSRHunter软件对现已公布的鲇形目(Siluriformes)中胡鲇科(Clariidae)和鲇科(Siluridea)共2002条EST(Expressed Sequence Tag)序列筛选兰州鲇(Silurus lanzhouensis)微卫星标记,并分析其序列丰度和分布特征。结果共发现209个微卫星序列,占整个ESTs数据库的10.44%;其中三碱基重复序列数量最多,占ESTs数据库中发现微卫星序列总数的35.62%;二、四、五、六碱基重复序列分别占微卫星序列总数的28.31%、25.57%、7.76%、2.74%。根据侧翼序列,设计125对引物,随机选取58对进行扩增鉴定及多态性筛选。结果显示29对引物能稳定扩增,16对引物具有多态性,每个位点等位基因数2~7个(平均3.75),观测杂合度(Ho)0.133 2~0.732 2(平均0.405 1),期望杂合度(He)0.198 2~0.848 3(平均0.560 2),多态信息含量(PIC)0.124 1~0.794 5(平均0.506 5)。研究表明,借用已有鲇形目鱼类ESTs数据库筛选到的兰州鲇微卫星标记质量较好,可为兰州鲇种质资源保护、微卫星连锁图谱构建、经济性状的QTL定位及分子标记辅助育种奠定基础。  相似文献   

6.
利用GenBank中获得的近缘物种微卫星序列设计的20对引物, 对河鲈养殖群体20个个体基因组DNA 进行扩增, 发现8对引物能扩增出特异性谱带, 获得32个等位基因, 5个位点的等位基因数大于或等于4个, 多态信息含量0. 3680~ 0. 7395, 5个位点多态信息含量为高度多态( PIC>0.5)。期望杂合度范围在0. 4154~ 0. 7936,观测杂合度普遍高于期望杂合度。个体识别率范围0.180~ 0. 620, 累积个体识别率为0. 9899, 单一微卫星位点的个体识别率普遍低于0. 8, 未出现高度多态性遗传标记。非父排除率范围在0. 2537~ 0. 6185, 累积非父排除率0. 9937, 4个位点的非父排除率高于0. 5, 属于高度多态性遗传标记。  相似文献   

7.
为分析草鱼全基因组微卫星特征并开发高多态性微卫星标记亲子鉴定平台,实验利用已发布的草鱼全基因组序列,开发高度多态、准确度高、重复单元在4~6碱基范围的微卫星标记。结果显示,在草鱼900.51 Mb基因组序列中共筛选到微卫星序列677 363个,总长度12 835 407 bp,占全基因组长度的1.425 4%,平均跨度为1 329.43 bp。其中单碱基重复序列出现最多,占比52.85%;二碱基重复序列其次,占比31.44%;再次是四碱基重复序列,占比8.05%,三碱基重复序列占比6.47%,五碱基重复序列占比1.12%;六碱基重复序列出现最少,仅占比0.07%。1~6碱基重复类型中优势重复单位分别是A/T、AC/GT、AAT/ATT、AGAT/ATCT、AATAT/ATATT、AACCCT/AGGGTT。随机挑选重复序列为4~6个碱基的110个位点设计引物,在草鱼繁殖亲本群体中扩增,筛选出15对多态性引物,经CERVUS 3.0软件分析15个位点平均期望杂合度0.802~0.959,模拟分析结果鉴定准确率为100%,置信度为95%。通过对20个家系子代192个个体进行亲本来源鉴定,所...  相似文献   

8.
牙鲆养殖群体遗传变异的微卫星标记研究   总被引:9,自引:0,他引:9  
应用10对微卫星引物对中国牙鲆一个养殖群体的30个个体进行了群体遗传结构分析。结果显示,微卫星标记比其他标记具有更高的多态性,10个微卫星座位的等位基因数在4~10之间,有效等位基因数在2.23~5.82之间,平均等位基因数为7.6,群体平均杂合度为0.6960,Hardy-weinberg遗传偏离指数的平均值为0.1774。  相似文献   

9.
采用磁珠富集法,以生物素标记的(CA)10寡核苷酸为探针,构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)基因组微卫星富集文库。根据微卫星位点的侧翼序列设计引物,随机挑选扩增出与预期大小相符的32对引物,引物荧光标记后对24个三角帆蚌个体分别进行PCR扩增,共筛选出20对多态性较好的引物。结果表明,20个微卫星位点的等位基因数为5~20,有效等位基因数2.321 3~13.260 3。观察杂合度和期望杂合度分别为0.318 2~1.000 0和0.582 5~0.946 1;PIC值0.547 2~0.919 9;其中14个位点符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。本研究筛选的20个微卫星标记可作为三角帆蚌遗传多样性、种群遗传结构等研究的理想分子标记。  相似文献   

10.
三角帆蚌微卫星富集文库的构建、鉴定及多态性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
通过磁珠富集法构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)微卫星富集文库。共获得800个阳性克隆,其中的100个阳性克隆经测序分析,共获得微卫星序列54个。利用这些微卫星序列可设计33对引物,经过PCR扩增筛选获得了25对可用引物。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳,对洞庭湖1个种群的30只三角帆蚌进行扩增,发现13对引物呈现多态性,等位基因数在4~9。观测杂合度在0.2543~0.9827,期望杂合度在0.3629~0.8217,信息多态含量平均为0.5198。由于存在无效等位基因,两个微卫星基因座(GenBank登录号为GQ302651和GQ302658)明显地偏离哈代-温伯格平衡,但没有发现连锁不平衡现象。这说明利用磁珠富集法构建的三角帆蚌微卫星文库质量较好,13对多态性微卫星引物可为三角帆蚌微卫星连锁图谱构建、分子进化和系统发育研究、分子标记辅助育种以及经济性状的QTL定位提供帮助。  相似文献   

11.
对前期测序得到的脊尾白虾血细胞2853条EST序列进行了生物信息学和微卫星序列特征分析。EST序列拼接得到1053条Unigenes,包括329条Contigs和724条Singlets。BLAST分析表明,593(56.3%)条Uingenes与数据库中已知基因具有相似性。KEGG代谢途径分析表明,181条Unigenes映射到120条代谢途径。通过EST-SSR分析,共得到416条微卫星序列,检出率为14.58%。其中,两碱基重复序列374条,占89.90%,AG重复类型最多;三碱基35条,占8.41%,AAT重复类型最多;四碱基7条,占1.68%,AAGT重复类型最多。本研究可为脊尾白虾功能基因资源挖掘及分子标记筛选提供有效数据。  相似文献   

12.
ABSTRACT:   The search for dinucleotide repeat microsatellites within scaffolds 1–25 of genome database JGI Fugu v3.0 for the pufferfish Takifugu rubripes revealed that 80% of microsatellite loci consisted of five to 13-fold repeats with locus-specific differences in density. Eleven out of 15 microsatellite loci isolated from the database with which genotyping using wild pufferfish was successfully performed showed polymorphism; that is, the means of the number of alleles and expected and observed heterozygosities at these 11 loci were 21.8, 0.915 and 0.829, respectively. It was confirmed that eight out of the 11 polymorphic loci were inherited through the Mendelian law and one pair of microsatellite loci derived from the same scaffold was linked. These results demonstrated that these loci are useful for constructing a linkage map in the pufferfish as DNA markers.  相似文献   

13.
为了解虾虎鱼科(Gobiidae)鱼类基因组遗传结构特征,本研究自主开发矛尾复虾虎鱼(Synechogobius hasta)微卫星序列153条,结合从 GenBank 中筛选出的虾虎鱼科微卫星序列535条,合计686条微卫星序列,隶属于19种虾虎鱼,序列总长度为295062 bp,包含473个微卫星位点,微卫星位点累计长度为33370 bp。统计微卫星重复类型,发现在所有微卫星重复类型中以二碱基重复出现次数最多,位点数为361个,占总微卫星的76.32%,其中,重复拷贝类别最多的是 AC (340个),占全部微卫星的71.88%,占二碱基重复微卫星的94.18%,在二碱基重复类型中没有发现 AT 和 GC 两种重复类型。三碱基重复位点数为35个,占总微卫星的7.4%,其中以 ACT 重复拷贝类别最多(12个),占三碱基重复微卫星的34.29%。四碱基重复位点数为68个,其中以 CTAT 重复最多(31个),占总微卫星的14.38%。五碱基重复类型中只有 TCTGG和 ATCTA 两种类型,只占全部微卫星的0.42%。六碱基重复7个,占总微卫星的1.48%,六碱基重复中各重复类型出现次数相当。在所有微卫星重复类型中没有发现单核苷酸重复类型。  相似文献   

14.
采用Illumina高通量测序技术,对兴国红鲤(Cyprinus carpio var.singuonensis)垂体和性腺等组织进行转录组测序分析,筛选微卫星标记并分析其组成及特征。结果显示:共获得13 652个微卫星标记,对所得位点进行分类,单核苷酸重复类型占47.86%,二、三、四、五、六核苷酸重复类型所占比例分别为34.43%、16.32%、1.25%、0.12%以及0.02%。随机选取30个SSR位点进行PCR验证,有20对可以扩增出清晰稳定的条带。在24个兴国红鲤个体中对上述位点进行多态性分析,结果表明,具有多态性的微卫星引物为9对。不同位点得到的等位基因范围为2~4,平均等位基因数为3.111 1±0.993 8,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)以及多态信息含量(PIC)平均值分别为0.597 2±0.233 2、0.539 7±0.178 0和0.467 2±0.172 1。9个微卫星位点中,有4个显著偏离哈代-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)(P0.05)。Illumina高通量测序提供了一种直观、高效开发微卫星标记的方法,所选兴国红鲤群体遗传多样性维持较好。  相似文献   

15.
为全面了解虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星分布频率和数量,深化对虾夷扇贝基因组的认识,本研究运用第二代高通量测序技术,进行虾夷扇贝简化基因组测序(RAD-seq),从基因组水平阐明虾夷扇贝基因组微卫星特征。结果显示,简化基因组测序共获得序列总长为92,551,435 bp,经过滤筛选,获得259,535个contig,其中,包含微卫星序列3618条,经引物设计共获得3460对微卫星引物。统计微卫星序列的重复类型,其中,三核苷酸重复单元数量最多(1587个,45.87%),其次是二核苷酸重复(1282个,37.05%),六核苷酸重复单元数量最少(20个,0.58%)。在三核苷酸重复中,以ATA重复类型所占比例最高(11.41%),共计181个。此外,虾夷扇贝同一重复类型的微卫星随着重复数增加其数量相对减少,而相同重复数的微卫星随着重复单元长度的增加其数量也呈下降趋势,可见微卫星长度与其数量呈负相关,表明长度较短的微卫星变异速率较快。本研究结果为认识虾夷扇贝基因组特征和在基因组水平开展种群遗传学研究提供了基础数据。  相似文献   

16.
本研究采用磁珠富集法分离了10对具有多态性的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)微卫星位点,并对140条长江野生草鱼组成的后备亲鱼群体的遗传结构进行了分析。结果显示:本试验得到的草鱼微卫星序列主要是以2个碱基为重复单位、重复次数在5~22之间的多重复单元,重复次数在10次以上的微卫星序列较易得到多态性;77个微卫星座位中,完美型、非完美型和混合型微卫星标记所占的比例分别为87.01%、2.60%和10.39%;群体遗传分析显示,10个多态性微卫星座位中,除了GC39座位外,其它座位都符合哈迪-温伯格平衡,适用于草鱼群体的遗传结构分析;每个座位检测到3~8个等位基因,平均有效等位基因数为3.9302,多态信息含量在0.4129~0.8107之间变动,平均为0.6678,除了GC78座位为中度多态外,其他9个座位均为高度多态。基因分化系数、Shannon指数、平均观测杂合度和平均期望杂合度的平均值分别为0.3457、1.4262、0.9511和0.7193,表明该群体的遗传多样性比较丰富。  相似文献   

17.
ABSTRACT:   When data mining was performed on the National Center for Biotechnology Information database, a total of 2038 sequences from five different expressed sequence tag libraries were registered. Eighty sequences (3.9%) were found to contain 91 microsatellites. Clustering analysis indicated that 23 sequences of these expressed sequence tags fell into five clusters and that the remaining 57 sequences were independent. The di- and tri-nucleotide repeat motifs accounted for approximately 62.1% of the total microsatellites. The most abundant dinucleotide microsatellite was TA, followed by GA and CA, and the trinucleotide microsatellites GAT and GGT showed a high abundance. Nineteen sequences representing di-, tri-, tetra- and penta-nucleotides motifs were chosen for the design of polymerase chain reaction (PCR) primers. Of primer pairs, 16 successfully amplified scorable PCR products and 11 revealed polymorphism, with the average polymorphic information content value of 0.5082 and 3.1 alleles per locus. A transferability analysis on three other related scallop species, Chlamys farreri, Chlamys nobilis and Patinopecten yessoenssis , showed that only 1 of 16 primer pairs could amplify PCR products with the expected size in Chlamys nobilis .  相似文献   

18.
用微卫星标记分析湘华鲮野生群体遗传多样性   总被引:1,自引:0,他引:1  
为了解湘华鲮天然种质资源现状,用38对鲤科鱼类微卫星引物对其群体进行全基因组扫描,结果筛选出15对能够获得稳定扩增条带的引物。以鲮鱼养殖群体为对照群体。在15个微卫星位点中,湘华鲮多态性位点9个,对照群体6个。通过分析湘华鲮微卫星位点PCR产物的电泳图谱,共检测到40个等位基因,每个位点的等位基因数目介于1~5之间,其平均等位基因数为2.67个,平均有效等位基因数为1.47个,平均观察杂合度为0.2289,平均期望杂合度为0.2730,平均多态信息含量(PIC)为0.2440,多数Hardy-Weinberg平衡偏离指数值偏离平衡值,与对照组无显著性差异。本研究表明湘华鲮野生种群结构不合理,遗传多样性低,种质资源处于危险状态。  相似文献   

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