漠斑牙鲆引进群体子一代遗传多样性的RAPD分析

运用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对引进群体漠斑牙鲆Paralichthys lethostigma 子一代48个个体的遗传多样性进行了分析，筛选的40个10bp的随机引物中，25个引物产生了稳定性好，可重复性强的谱带。共检测到154个位点，其中多态位点有122个，多态位点的比例为79．22％，有效等位基因数为1．5629±0．3631，Nei＇s基因多样性指数为0．3184±0．1843，Shannon信息指数是0．4651±0．2574。结果表明，漠斑牙鲆处于较高的遗传多样性水平。     

草鱼野生群体和人工繁殖群体遗传结构的比较研究

采用新型分子标记SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)对草鱼(Ctenopharyngodon idella)1个野生群体(来自邗江草鱼国家级原种场)和2个人工繁殖群体(分别来自淡水中心良种场和无锡前洲水产良种场)进行遗传多样性分析,从不同引物组合中筛选出8组条带清晰、多态性丰富的引物组合,每个引物组检测到的位点数为12～21个,在3个草鱼群体中共检测到120个位点,其中多态性位点有92个,多态位点比例为76.67%,显示了较高的多态性。野生群体与2个人工繁殖群体多态位点比例分别为67.62%、59.81%、53.33%,平均杂合度分别为0.214 3、0.211 0、0.172 2;邗江野生群体与2个人工繁殖群体间的遗传距离分别为0.098 0、0.115 9,两个人工繁殖群体间遗传距离为0.095 9。结果表明,草鱼人工繁殖群体遗传多样性有所下降。比较各扩增位点显性基因型频率在不同区间的分布发现,人工繁殖群体低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。     

青海湖裸鲤繁殖群体遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对青海湖裸鲤的3个洄游繁殖群体-黑马河(HM)、布哈河(BH)及沙柳河(SL)群体各30个个体的DNA多态性进行了分析。用13个引物在三个群体中共检测出85个位点，其中多态性位点68个。青海湖裸鲤群体总的DNA多态位点百分率为80．0％。数据分析结果显示：青海湖裸鲤3个群体总的Nei基因多样性为0．3395，Shannon遗传多样性信息指数为0．4861，存在着较为丰富的遗传多样性。青海湖裸鲤3个群体间平均遗传距离为0．0788，基因分化系数Gst为0．1070，表明3个繁殖群体间产生了一定程度的遗传分化，通过UPGMA方法进行聚类分析显示，HM群体和BH群体优先聚类，表示它们之间的基因交流程度要高于它们分别与SL群体之间的交流。     

文蛤养殖群体和野生群体遗传多样性的AFLP 分析

应用AFLP标记技术对辽宁和山东沿海文蛤（Meretrix meretrix）养殖群体和野生群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对5个群体（3个野生群体，2个养殖群体）150个个体进行扩增，共得到364个的位点。5个群体内的多态位点比例为84．3945％～87．6465％，总多态位点比例为99．6300％。群体的Nei’s基因多样性指数（H）为0．2301～0．2634；群体的Shannon多样性指数为0．3617～0．4248，群体间的遗传距离为0．0394～0．1609，群体内个体间的遗传距离为0．2592～0．5360。辽宁大洼野生群体和山东河口野生群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体内遗传距离均高于辽宁盘山和辽宁庄河养殖群体，辽宁庄河野生群体的遗传多样性处于中等水平。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示，辽宁庄河野生群体单独成为一支，辽宁大洼野生群体与庄河养殖群体聚到一起，辽宁盘山养殖群体与山东野生群体聚到一起，但是用这5个群体的150个个体进行的聚类结果显示，所有个体基本是随机交叉聚类，不能形成明显的类群分支。分子变异分析（AMOVA）表明，文蛤群体94．04%的变异来源于群体内，群体间的变异仅占5．96％。以上结果表明，文蛤群体内遗传多样性非常丰富，群体间相似性较大，且存在较强的基因交流。[中国水产科学，2008，15（2）：215-221]     

三疣梭子蟹莱州湾、舟山野生个体定向交配产生F2代家系的AFLP分析

以三疣梭子蟹莱州湾、舟山野生群体杂交（莱州湾♀×舟山♂）产生F2代家系63个个体及F1代亲本为实验群体，采用AFLP分子标记对其进行遗传分析。35对选择性引物共扩增出1742个位点，其中分离位点为417个，不分离位点为1325个，多态位点比例为23．9％。在分离位点中，符合1：1孟德尔分离比例的位点为226个，占总分离位点数的54．2％；偏离1：1孟德尔分离比例的位点为31个，占总分离位点数7．4％。符合3：1孟德尔分离比例的位点为128个，占总分离位点数的30．7％；偏离3：1孟德尔分离比例的位点为32个，占总分离位点数的7．7％。家系内基因多样性指数为0．130，Shannon指数为0．193。遗传距离分析显示，子代个体与母本Nei’s遗传距离介于0．064～0．111之间，与父本Nei’s遗传距离介于0．065～0．107之间。其中，63号个体与48号个体分别与父、母本亲缘关系最远。本实验中，偏分离位点比例属正常范围，杂交F2代家系遗传多样性偏低。本研究结果为三疣梭子蟹野生群体及家系遗传多样性分析，遗传连锁图谱构建等方面提供一定的技术支持。     

长江、珠江、黑龙江三水系的鲢、鳙、草鱼原种种群的生化遗传结构与变异

用LKB平板电泳仪聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了长江、珠江及黑龙江的鲢、鳙及草鱼的原种8个种群16个酶位点的遗传变异。同种鱼不同水系种群之间存在着明显的生化遗传差异．长江、珠江、黑龙江鲢鱼种群的多态位点的比例分别是13．3％、26．7％、13．3％，平均杂合度分别是0．0493、0．0484、0．0511；长江、珠江鳙鱼种群的多态位点的比例都是31．3％，平均杂合度分别是0．1375，0．0977；长江、珠江、黑龙江草鱼种群的多态位点比例分别是30％，38％，23．1％，平均杂合度分别是0．1241，0．0961，0．0525。南方种群的多态位点比例有比北方的高的趋向。长江鲢-珠江鲢，长江鲢-黑龙江鲢，珠江鲢-黑龙江鲢的遗传相似度依次是0．9957，0．9955及0．9696；长江鳙-珠江鳙的遗传相似度是0．9955；长江草鱼-珠江草鱼，珠江草鱼-黑龙江草鱼，长江草鱼-黑龙江草鱼的遗传相似度依次是0．9679、0．9483及0．9324。长江种群与珠江种群这两个中央群体间的遗传差异较小，边缘群体黑龙江种群与中央群体长江、珠江种群间的遗传差异较大。黑龙江草鱼种群很小，其资源的保护工作应引起注意。     

牙鲆4个选择性繁育后代群体遗传结构的微卫星分析

为了检测由3个牙鲆基础群体组合交配建立的4个选择性繁育后代群体的遗传多样性水平，本研究利用10对微卫星引物分析了其遗传结构信息。计算结果表明，等位基因数3～10个，平均等位基因数5．7个，有效等位基因数1．3571～4．5979，平均有效等位基因数2．9832，各个位点的平均观测杂合度0．2083～1．0000，平均期望杂合度0．2081～0．7956，多态信息含量0．1671～0．7501，其中中度多态位点两个，高度多态位点7个，各群体的多态信息含量从大到小依次为日本亲鱼与抗病亲鱼杂交后代群体、抗病亲鱼自繁后代群体、抗病亲鱼与黄海野生亲鱼繁殖后代群体、日本亲鱼自繁后代群体。分析结果表明，4个群体的遗传多态水平均较高，对4个选择性繁育后代群体的平均观测杂合度值进行X。检验表明，群体间遗传多样性差异不显著。日本亲鱼自繁后代群体与中国海域亲鱼繁育后代群体（抗病亲鱼自繁后代群体和抗病亲鱼与黄海野生亲鱼繁殖后代群体）的遗传距离较远，分别为0．2724和0．3310。根据群体间的遗传距离利用NJ法构建系统树，抗病亲鱼自繁后代群体和抗病亲鱼与黄海野生亲鱼繁殖后代群体聚为一支，日本亲鱼自繁后代群体和日本亲鱼与抗病亲鱼杂交后代群体聚为一支，对遗传偏离指数的分析表明群体间的遗传平衡差异很大。     

长江野生鳡鱼子一代养殖群体的遗传多样性分析

利用ISSR分子标记技术检测了长江野生鳡子一代养殖群体的遗传多样性。在77个引物中, 对筛选出条带清晰、稳定的5个引物扩增结果进行统计, 其中二碱基重复序列2个, 三碱基重复序列1个, 四碱基重复序列2个。共得到24个条带, 其中呈多态性的条带15个, 多态性位点比例达62. 5%。遗传多样性指数为0. 2552, Shannon系数为0. 3707。结果表明, 长江野生鳡子一代养殖群体的多态性位点比例和遗传多样性指数都处于中间水平, 而Shannon系数相对偏低, 个体间遗传差异较大。     

野生和养殖黄颡鱼遗传结构的TRAP分析

本文采用40对靶位区域扩增多态性(TRAP)标记分析了野生和养殖黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco群体的遗传多样性。从40对引物中共扩增出512个位点,其中多态位点278个,多态位点比例为54.3%。筛选出的40对引物的扩增产物都具有多态性,带型稳定,重复性好,可用于统计分析。Pop Gene分析表明:野生黄颡鱼群体的遗传多样性高于养殖群体。群体间的Nei遗传分化系数和基因流指数Nm分别为0.6832和0.2318,表明两个群体间发生了明显的分化。群体间Nm值小于1,说明两群体发生的基因交流较少。     

文蛤山东种群与江苏种群杂交及自繁子代的遗传差异分析

利用fAFLP技术研究了文蛤山东种群与江苏种群的杂交子代（SJ，JS）和自繁子代（SS，JJ）群体的遗传差异。3对荧光引物组合在4个F1群体96个个体中共扩增出255个位点，多态位点比例高达97.65%。Nei’s基因多样性和Shannon信息指数显示，4个群体的遗传多样性大小依次为SJ＞SS＞JS＞JJ，而且两杂交组的变异度都大于自繁组，说明杂交增加了文蛤种群的遗传多样性和变异程度。fAFLP扩增位点分析表明，SJ和JS的显性基因频率有所增加，并且正、反杂交群体在遗传结构上均表现出明显的偏母性特征。从群体间遗传相似性指数来看，JS与JJ间的遗传相似性系数最大（0.976 1），而与SS间的遗传相似性为0.945 0；SJ与SS间的遗传相似性系数为0.950 2，与JJ群体间为0.925 4；SJ群体与JS群体间的遗传相似性系数最小（0.907 5）。在依据群体间相对遗传距离构建的系统树上，JS与JJ间的亲缘关系最近，首先聚在一起，SJ与SS间亲缘关系较近，也能聚为一支，但明显可以看出正交组合SJ与其它3个群体间的亲缘关系较远。综合分析表明，文蛤地理种群杂交增加了遗传多样性和变异度，正、反交群体在遗传结构上都明显地偏向母本，正交组合SJ群体的遗传多样性最高、变异度最大，这与其在生长速度上表现出的杂种优势可能有直接关系。     

银鲳4个地理种群遗传多样性的初步研究

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自海南(HN)、浙江(ZJ)、江苏(JS)、河北(HB)等近海海域的4个地理群体银鲳进行遗传多样性分析。从20个随机引物中筛选出10个,利用POPGEN Version 1.31软件对多态位点比例和遗传距离进行统计分析。共检测出总位点数56个,其中多态位点有39个,多态位点比例为69.64%。4个海域银鲳群体的Shannon多样性指数分别为0.123 2~0.158 7,Ne i基因多样性指数分别为0.077 6~0.100 4。JS群体与HN群体的遗传距离最远,为0.321 6;JS群体与HB群体的遗传距离最近,为0.231 6。结果表明,RAPD技术具有较高的灵敏性和多态性,是分析评估银鲳遗传多样性较为适宜的分子标记之一;JS群体保持着最高的遗传多样性,而HN群体多态性比例最低、ZJ群体Shannon多样性指数最低,应采取一些有效的保护措施,以避免HN群体遗传多样性的进一步丧失。     

皱纹盘鲍遗传多样性的RAPD分析

对采自山东长岛和辽宁大连海域的两个自然群体皱纹盘鲍的遗传多样性进行了RAPD分析。16个随机引物在两群体中共检测到了179个位点,其中,长岛和大连群体中的多态位点数分别为88和91个,两群体的多态位点百分率分别为49·16%和50·84%;Shannon′s多样性指数(H0)分别为0·2496和0·2668。有70%以上的遗传变异来自群体内,显示两群体内均有较高程度的遗传变异。研究结果表明,长岛和大连的皱纹盘鲍群体已出现了明显的遗传分化。     

基于SSR和ISSR标记对江苏大竹蛏野生群体和人工增殖群体的联合分析

为探索人工增殖活动对本地大竹蛏(Solen grandis)种质资源带来的影响,采用SSR及ISSR分子标记手段对江苏大竹蛏野生群体与人工增殖群体的遗传多样性及遗传结构进行了联合分析。筛选的14对SSR引物扩增获得多态性位点150个(PPB=93.16%),Nei's基因多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.134 2和0.253 5;筛选的10条ISSR引物获得多态性位点85个(PPB=91.93%),Nei's基因多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.131 0和0.230 2。两种方法分析得到野生群体的遗传多样性参数均显著高于人工增殖群体,但两群体间并未产生明显的遗传分化。实验结果表明,江苏沿海大竹蛏群体的遗传多样性水平较高,人工增殖群体的遗传多样性虽有所下降,但并未导致该地区大竹蛏种质资源遗传结构的显著改变。因此人工增养殖活动仍然能够作为补充大竹蛏资源的主要手段,但应探索采用高效生态的增养殖模式,对大竹蛏的种质资源进行合理的开发与利用。     

长江中上游南方鲇遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对取自长江中上游合川、木洞、涪陵、彭水、巫山、宜昌及岳阳7个江段的南方鲇(Silurus meridionalisChen)野生群体的遗传多样性进行了分析,24个随机引物共检测出327个位点(200~2500 bp)。各群体的多态位点比例在28.75%~48.62%之间,基因多样性指数为0.2047~0.3074。遗传距离显示长江中上游南方鲇各群体间有一定遗传分化,其中,木洞和合川群体间遗传距离最小为0.0537),而合川和岳阳群体间的遗传距离最大(0.1205),群体间遗传分化系数为0.1866。聚类分析(UPGMA)显示,7个群体聚为两大类群,合川和木洞亲缘关系最近,首先聚在一起,之后与彭水、涪陵、巫山群体相继聚类形成类群Ⅰ,岳阳和宜昌群体则聚类形成类群Ⅱ。Shannon指数分析表明,长江中上游南方鲇野生群体间种质资源状况良好,遗传多样性水平较高。     

白梭吻鲈3个群体的遗传结构比较

为了加强良种选育工作,切实做好亲本遗传管理,防止近交衰退的发生,利用20个微卫星分子标记对白梭吻鲈(Sander lucioperca)新疆野生群体及山东和苏州2个养殖群体的遗传结构进行检测。结果表明,20个微卫星标记中18个有扩增产物,14个呈现多态性;每个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数为3.6个,3个群体的平均等位基因数为2.57~3.36,平均观测杂合度为0.5085~0.5621,平均多态性信息含量为0.3931~0.4764,表明3个白梭吻鲈群体的遗传多样性处于中等偏低水平,遗传多样性大小为:新疆群体苏州群体山东群体。群体的Fst为0.1798,表明群体间有一定的遗传分化。在白梭吻鲈人工繁殖与养殖过程中,必须加强亲本遗传结构监测并维持一定数量的亲本规模,以利于其产业的持续发展。     

团头鲂“浦江1号” 选育后期世代群体同野生群体间遗传变异的ISSR分析

以团头鲂“浦江1号” 选育后期3个世代群体（F₇、F₈、F₉）为试验对象、其选育奠基群体（1985年淤泥湖野生群体）后代、淤泥湖野生群体（2007年）、梁子湖野生群体（2007年）为对照材料，通过ISSR标记技术分析，并通过部分样本的细胞色素b基因测序的补充验证，了解选育所产生的遗传变异及野生群体遗传结构现状。主要结果：（1）从100个ISSR引物中筛选出26个引物，扩增出清晰、可重复的条带共164条，多态性条带比例49.39%。细胞色素b基因在选育良种3个世代中只发现一种单倍型。（2）选育群体同选育奠基群体后代、野生群体间的遗传差异显著，如群体多态位点百分数，F₉（28.05%）比选育奠基群体后代（40.24%）减少了30.29%，比淤泥湖野生群体（41.46%）减少了32.34%。选育群体同淤泥湖野生群体间的遗传相似系数最小（0.935 0），距离最大（0.067 2），两两配对F_ST值最大（F_ST=0.305 72）；UPGMA法构建系统进化树表明，选育群体同野生群体处于两个大分支，而在野生群体大支中，选育奠基群体后代与淤泥湖原种野生群体间配对F_ST值最小（F_ST=0.050 45）。（3）选育群体F₇、F₈、F₉各世代间遗传分化虽弱（低G_ST 0.141 7值，高N_m 3.027 9值），但多态位点百分数、位点基因平均多样性、Nei氏基因多样性、群体内Shannon多样性指数等遗传参数仍然都呈现随选育世代数的累进而降低的趋势。（4）ISSR比细胞色素b基因更适合近缘种的相关关系研究。（5）经过二十多年9代的选育，相对于野生群体，团头鲂“浦江1号”良种已产生了明显的遗传分化，性状已相当稳定，但离选育极限尚有一定距离，今后应在继续监测其遗传结构变化的基础上，进一步挖掘选育潜力，同时要避免种质混杂、近交衰退及瓶颈效应等的发生。     

斑节对虾养殖群体遗传多样性的同工酶和RAPD分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）和RAPD方法对厦门养殖斑节对虾（Penaeus monodon Fabricius）群体的遗传多样性进行分析。9种同工酶共检测到21个座位，其中多态座位13个，多态座位比例为61．90％，预期杂合度0．151，观察杂合度0．120，Hardy—Weinberg遗传偏离指数（d）为-0．208，存在杂合子缺失。经x^2拟合度检验，多数座位偏离Hardy—Weinberg平衡，表明群体未达到随机交配。14个10bp引物共获得了83个标记，单个引物获得的标记数为2～11个，平均每个引物扩增出5．93个座位，其中多态标记数68个，多态位点比例为81．93％，杂合度为0．246，基因多样性为0．260，Shannon’S信息指数为0．397。两种方法均表明该斑节对虾养殖群体的遗传多样性水平较高，但可能已有近交衰退发生。     

塔里木裂腹鱼群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对喀拉喀什河、塔什库尔干河、阿克苏河多浪渠首、木扎提河4个群体共80尾塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi Günther)个体进行了遗传多样性分析。6对选择性扩增引物共扩增得到212个位点,其中多态性位点141个,多态位点比例为66.51%。4个群体的Shannon多样性指数(I)为0.316 9-0.544 3,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.213 9-0.376 2,群体间的遗传距离为0.078 1-0.250 2。塔什库尔干河群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和Nei’s遗传多样性指数均高于其它三个群体。AMOVA分析结果显示,群体总遗传变异85.17%来自群体内差异,而14.83%来自群体间差异,表明塔里木裂腹鱼遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已存在一定程度的遗传分化。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,多浪渠首群体和木扎提河群体首先聚类,然后依次与塔什库尔干河群体、喀拉喀什河群体聚类,这一方面与地理位置有关,另一方面与河流的自然环境有关。     

6个野生鼠尾藻种群遗传多样性的AFLP分析

运用AFLP分子标记技术对大连庄河石城岛(SCD)、瓦房店将军石(JJS)、长海县大长山(DCS)、旅顺董砣子(DTZ)和旅顺盐场(YC)5个野生鼠尾藻(Sargassum thunbergii)种群与山东蓬莱(PL)1个野生群体的共60个个体进行遗传多样性分析。采用10对引物组合共扩增出条带530条,其中多态性带417条,平均多态性检出比例为78.68%。AMOVA分析显示,大部分的遗传变异(76.58%)存在于种群内,少部分(23.42%)存在于种群之间。遗传分化系数(Gst)为0.2418,与遗传固定化系数(Fst)的值(0.2342)接近,表明鼠尾藻种群内部具有较高的遗传分化,同时种群间的基因流Nm=0.8175,表明基因流动较低。UPGMA聚类分析表明,大连5个野生鼠尾藻种群与山东蓬莱鼠尾藻种群遗传距离较远,明显聚为2支;大连种群中将军石和大长山2个种群聚为1支,遗传相似系数为0.7698,再与董砣子种群聚类到一起;盐场种群单独聚为1支,且与其他种群的遗传相似系数均在0.5830以下。分析结果表明,各鼠尾藻种群内部存在着较高的遗传多样性,而种群间的遗传多样性水平较低,其遗传距离的远近不仅与地理隔离因素有关,高盐等外界环境胁迫也可能起到了一定的作用。鼠尾藻的生殖方式、种群间基因流动的大小以及生长环境的差别可能是其种群分化的主要原因。