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相似文献
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1.
泥鳅线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
采用PCR和DNA测序技术对4个泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)群体的线粒体DNA控制区序列进行比较,研究其遗传多样性和控制区的结构。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区片段序列为918~920bp。32个序列中共发现了56个多态位点,其中32个转换位点,19个颠换位点,5个转换与颠换同时存在的位点,定义了32种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列。4个地理群体的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)分别为0.992、0.012和10.698。群体间的平均Kimura双参数遗传距离(Kimura 2-parameter distance,K2-P)、遗传分化指数(Fst)、基因交流值(Nm)和分子方差分析(AMOVA)均表明4个泥鳅群体具有较高的遗传分化,基因交流贫乏。利用核苷酸序列构建的NJ分子系统树揭示4个群体分为2个谱系,除范县群体外,其余各群体间相互交叉聚集。  相似文献   

2.
福建近海竹荚鱼线粒体DNA控制区和细胞色素b遗传多态性   总被引:3,自引:0,他引:3  
测定了捕自福建近海闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼(Trachurus japonicus)的线粒体DNA(mtDNA)控制区和细胞色素b基因(cyt 6)序列.获得了长度为861~866 bp的控制区全序列.60个样本中共检测到66个变异位点和53个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.993,核苷酸多样性(π)为1.093.930 bp的cyt 6部分序列共有37个变异位点,从41个样本中得到25个单倍型,平均单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(h)分别为0.937和0.3360 cyt b片段编码330个氨基酸,氨基酸序列无变异位点,仅有1个氨基酸单倍型.竹荚鱼闽南群体mtDNA序列的遗传多样性高于闽东群体.构建的单倍型系统树未出现明显的以地方群体为单位的家系式分支或者聚簇,群体间的遗传距离(0.01)也较小.分子方差分析(AMOVA)显示,2个群体的遗传变异绝大部分来自群体内部,群体间无显著遗传分化.中性检验和核苷酸不配对分析显示,福建近海竹荚鱼近期经历过种群扩张.种群扩张、扩散能力和东海环流可能促进闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼群体间频繁的基因交流,并导致群体间较高的遗传同质性.  相似文献   

3.
分析长鳍吻鮈群体遗传结构和遗传多样性,为研究过度捕捞、水电开发等人类活动对长鳍吻鮈的长期生态学效应及其物种适应机制提供基础数据,同时也为该物种保护策略的制定和调整提供科学数据支持。2014和2015年,于长江上游干流江津、宜宾、皎平渡和格里坪采集长鳍吻鮈,利用线粒体控制区序列的特异性引物,通过PCR扩增以及序列测定,获得125份长鳍吻鮈线粒体控制区序列。结果表明:125尾长鳍吻鮈样品共检测到多态位点25个,单倍型30种,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.785和0.00140;中性检验(Tajima's D为-1.97524,P0.05;Fu's Fs为-31.374,P=0.000)和序列错配分布结果表明,长江上游长鳍吻鮈历史上经历过"遗传瓶颈"和种群扩张;分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间的遗传变异绝大部分来源于群体内部(99.07%),群体间无显著遗传分化(Fst=0.00933,P0.05);单倍型网络、Kinura 2-Parameter遗传距离和平均基因流均显示,4个长鳍吻鮈群体间存在广泛的基因交流,群体间无遗传分化。各群体间没有显著遗传分化,基因交流频繁,可将长江上游长鳍吻鮈作为单一的进化显著单元(ESU)进行管理。  相似文献   

4.
采用特异性引物对中华刺鳅基因组DNA进行扩增和测序,获得了江苏5个湖泊的中华刺鳅线粒体16SrRNA基因1006bp的序列。分析表明,142尾中华刺鳅共获得16SrRNA基因单倍型28个,变异位点31个,其中单倍型Hap1分布广泛,可能为祖先型单倍型。平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性指数分别为0.411和0.00071,遗传多样性较低。群体间遗传分化系数为0.0247,绝大多数的遗传变异均来自群体内部,而群体间的遗传分化极小。构建的系统进化树未出现明显的以单个湖泊群体的聚簇,5个湖泊的种群间基因交流极其强烈。研究结果表明,当前中华刺鳅遗传多样性水平比较低,亟待加强保护。  相似文献   

5.
为了解内蒙古地区大鳍鼓鳔鳅(Herzenstein)群体的遗传背景和分化情况,对该地区52个大鳍鼓鳔鳅样本的线粒体控制区D-loop序列进行了遗传多样性和遗传分化分析。结果显示,在947 bp的D-loop区序列中,碱基A、T、C、G的平均含量分别为34.5%、28.0%、21.3%、16.2%,表现出较强的AT偏好性;有27个样本在645位点均缺失C碱基,突变总数为21;D-loop区序列存在多态性位点/突变位点20个,单倍型数(h)、单倍型多样性(H d)、核苷酸多样性(π)分别为17、0.912和0.0045;系统进化树分析显示,样本D-loop区序列分布在2个大的分支上,表明该群体结构形成了一定的遗传分化;样本的D-loop序列间的遗传距离均在0.010以下,说明样本的D-loop区序列亲缘关系较近。  相似文献   

6.
郭婷  宋娜  刘淑德  涂忠  胡发文  高天翔  陈健 《水产学报》2020,44(12):1976-1986
基于线粒体DNA控制区高变区部分序列和4对微卫星标记,对大泷六线鱼放流群体及自然海域群体的遗传多样性与遗传差异进行了比较分析。线粒体DNA控制区序列分析的结果显示,413尾个体共检测到单倍型117种,其中仅Hap_3、Hap_7和Hap_17为共享单倍型,占总单倍型数目的2.5%;放流、野生群体特有单倍型分别为20种和66种,分别占总单倍型数的17.09%和56.41%,放流群体特有单倍型数明显低于野生群体;放流群体和野生群体核苷酸多样性分别为0.005 1~0.006 7和0.005 8~0.007 5,单倍型多样性分别为0.856 7~0.949 9和0.883 1~0.954 9,遗传多样性均较高。微卫星标记分析结果显示,放流、野生群体平均等位基因数(Na)分别为13~44和13~27,平均多态信息含量为0.885 6和0.874 0,均具较高的遗传多态性;群体遗传结构分析结果表明,放流、野生群体间遗传分化水平较低。研究表明,山东近海大泷六线鱼放流群体与野生群体均具有较丰富的遗传多样性,且遗传结构未存在显著的群体分化。  相似文献   

7.
陈薇  马凌波  马春燕 《水产科技情报》2016,43(3):119-121, 125
对凡纳滨对虾亲本和子一代进行线粒体控制区扩增,经测序共获得53个样本(亲虾15个,子一代38个)的线粒体D-loop区序列,长为530 bp,序列有24个变异位点,总变异为4.53%,1个插入和(或)缺失位点,共13种单倍型,13个单倍型T、C、A、G的平均含量分别为48.8%、10.6%、33.6%和7.0%,(A+T)%为82.4%,远大于(G+C)%的17.6%。亲本群体与子一代群体碱基含量相同,没有差异。凡纳滨对虾亲本15个个体有5个单倍型,单倍型多样性为0.695,核苷酸多样性为0.010 26,子一代单倍型多样性为0.772,核苷酸多样性为0.01038。凡纳滨对虾亲本群体与子一代群体的遗传距离为0.001,其中亲本群体内个体间的平均遗传距离为0.0145,子一代群体内平均遗传距离为0.0120。亲本和子一代间的遗传分化系数为-0.036 44,AMOVA分析显示,变异主要来自于群体内,亲本与子一代间无分化。  相似文献   

8.
丁奎  张辉  张秀梅  宋娜  高天翔 《水产学报》2014,38(6):769-777
为研究许氏平鲉养殖群体与野生群体遗传结构及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得许氏平鲉线粒体DNA控制区高变区片段,并对其进行比对分析。结果显示,在长度为451 bp的线粒体控制区片段中,养殖群体单倍型多样度(0.540±0.067~0.815±0.021)明显低于野生群体(0.883±0.053~0.944±0.028),而核苷酸多样度(0.001±0.001~0.007±0.004)与野生群体(0.004±0.003~0.007±0.004)相差不大,遗传多样性水平均较低。在52个单倍型中,养殖群体仅占12个,且有6个单倍型与野生群体共享。群体间遗传分化指数和AMOVA分析结果显示,养殖群体和野生群体之间以及养殖群体之间的遗传分化较大,而野生群体间遗传变异较小,组群间的遗传分化较小且不显著(ΦCT=-0.013;P0.05)。单倍型最小跨度树和NJ系统发育树均未检测到明显的谱系结构。  相似文献   

9.
长江中上游4个鲢群体遗传多样性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是我国重要的淡水经济鱼类,长江是其重要的种质资源库。为了研究长江中上游鲢群体遗传多样性现状,比较中上游群体的遗传分化,本研究采用线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)序列分析了长江中上游鲢群体遗传多样性及遗传分化状况,为鲢资源的保护和开发提供科学依据。采集了长江中上游江津(JJ)、宜昌(YC)、嘉鱼(JY)、黄冈(HG)等4个鲢群体共151尾样本。结果表明:135条Cyt b序列共检测出53个多态位点和19种单倍型,150条D-loop序列共检测出94个多态位点和48种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.693、0.00748和0.902、0.01557,2个标记数据均显示上游群体遗传多样性较中游群体高;群体间的分化指数(FST)和基因流(Nm)均表明长江上游(JJ)和中游(YC、JY、HG)地理群体间存在显著遗传分化。基于单倍型构建的NJ系统发育树及单倍型中值连接网络分析图显示,长江中上游鲢群体可划分为两个谱系,其中一个谱系主要源自上游群体。  相似文献   

10.
基于线粒体控制区序列的南海圆舵鲣种群遗传结构分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
利用线粒体控制区(D-loop)高变区序列作为遗传标记,分析了中国南海5°N~21°N之间7个圆舵鲣(Auxis rochei)地理群体的遗传结构特征。201尾样本的D-loop区序列共检测到185种单倍型。各个采样点均呈现出很高的单倍型多样性(0.958 2~1.000 0)和较高的核苷酸多样性(0.034 327~0.041 235)的特征。单倍型邻接关系树未呈现与地理群体对应的谱系结构。分子方差分析和成对遗传分化系数(FST)显示南海海域圆舵鲣的遗传变异主要来自群体内(98.33%),群体间基因交流频繁,是一个随机交配群。核苷酸不配对分布和中性检验表明南海圆舵鲣在更新世晚期曾经历过种群的快速扩张。结果表明,南海圆舵鲣具有丰富的遗传多样性水平,遗传分化不显著,在渔业上可以作为一个单元来管理。  相似文献   

11.
为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 13~0.028 05,遗传分化极不明显,AMOVA分析显示光裸方格星虫的遗传差异主要来自群体内(99.74%)。中性检验Tajima’s D和Fu’s Fs值均为负值,核苷酸不配对分布图呈明显的单峰形,提示光裸方格星虫群体在历史上曾出现群体扩张,推算出扩张时间为距今171万年前。目前光裸方格星虫仍具有较高的遗传多样性,6个地理群体间无明显遗传分化,存在频繁的基因交流,推测种群在早更新世曾出现群体扩张。  相似文献   

12.
To examine the present population genetic diversity and variability of Japanese flounder, a 394‐bp hypervariable fragment of mtDNA control region was sequenced. A total of 215 individuals from two wild and eight cultured populations were analyzed. The 91 variable sites defined 61 haplotypes and 12 of them were shared. Six single base pair insertion/deletions were detected. The haplotype diversity (h), the nucleotide diversity (π), and mean number of pairwise differences (k) in cultured populations (h = 0.443–0.844; π = 0.010–0.030; k = 3.745–11.838) were obviously lower than those in the wild populations (h = 0.987–0.988; π = 0.032; k = 12.443–12.718). Fixation index (Fst) and analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that significant genetic differentiation mainly existed among cultured populations. The results of the exact test of population differentiation (nondifferentiation exact P values) rejected a panmictic mtDNA gene pool in all cultured populations. The results of this study indicated that genetic diversity of cultured Japanese flounder populations in China had significantly declined due to farm propagation and an increase in broodstock number should increase genetic diversity in cultured Japanese flounder base on the genetic theory.  相似文献   

13.
采用线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因片段为遗传标记,分析了南海北部陆架和南沙西南部陆架海域5个黄鳍马面鲀群体的遗传结构,以判定南海北部不同海域之间及南海北部与南沙西南部陆架海域黄鳍马面鲀的种群归属。结果表明,在156个个体的779 bp Cyt b同源序列中共检测到56个变异位点和58种单倍型,5个群体间遗传距离为0.002 95~0.004 15,遗传分化性呈现出高单倍型多样性(0.820 1~0.980 4)和低核苷酸多样性(0.002 62~0.004 69)的特点;分子方差分析和遗传分化指数显示,黄鳍马面鲀的遗传变异来自群体内个体间,群体间无显著遗传分化;单倍型网络结构图和群体系统发育树结构均未出现明显的以地方群体为单位的家系式分支或者聚簇。比较5个不同地理群体间的遗传发育关系并结合种属界定标准判定,南海北部和南沙西南部陆架5个黄鳍马面鲀群体属于同一个种群。  相似文献   

14.
任永丽  代金彩  赵年桦  赵贺  魏杰  聂竹兰 《水产学报》2022,46(12):2274-2285
为探究塔里木裂腹鱼群体的遗传多样性和遗传分化现状,选用车尔臣河、克孜勒河和阿克苏河3个不同地理种群的塔里木裂腹鱼共计126尾样本,进行线粒体DNA COII和ND4基因序列的对比分析,探讨了2种标记对塔里木裂腹鱼遗传多样性分析结果的差异和关系。结果显示,塔里木裂腹鱼线粒体DNA COII和ND4基因序列的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。基于线粒体DNA COII和ND4基因序列分析,126个样本中分别确定了6个和23个单倍型,其中线粒体DNA COII基因序列中3个群体存在共享单倍型现象,线粒体DNA ND4基因序列中未发现3个群体间存在共享单倍型。2种标记下群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.738±0.019/0.904±0.014和0.02129±0.00298/0.04876±0.00149,呈现出高单倍型多态性和高核苷酸多态性的特征。2种标记的分子方差分析(AMOVA)均表明,在所有群体中遗传变异主要来源于群体间,且车尔臣河群体的塔里木裂腹鱼与其他2个群体的遗传分化均达到显著水平(P<0.05)。贝叶斯法(BI)构建的BI树与单倍型网络图结构一致,塔里木裂腹鱼形成了2个分支。COII和ND4基因序列的岐点分布图均呈现双峰型,表明塔里木裂腹鱼现在的分布是先前分化种群发生二次交流的结果。种群结构分析结果亦表明塔里木裂腹鱼已分化出2个明显的地理种群,故建议将车尔臣河群体作为塔里木裂腹鱼的亚种。  相似文献   

15.
为对不同鳊鲂鱼类进行群体鉴定和遗传多样性分析,从60对微卫星标记中筛选出18对多态性高的引物,构建了6个鳊鲂鱼类群体的微卫星DNA指纹图谱。结果显示,东江三角鲂、钱塘江三角鲂、厚颌鲂、广东鲂、团头鲂和长春鳊6群体的平均等位基因数(N a)分别为5.17、6.11、3.50、6.56、5.22、5.22,平均期望杂合度(H e)分别为0.634 2、0.720 4、0.546 2、0.681 2、0.675 2、0.559 7,平均多态信息含量(PIC)分别为0.575 6、0.666 9、0.472 0、0.630 6、0.606 4、0.517 0,表明钱塘江三角鲂的遗传多样性最高,厚颌鲂的遗传多样性最低;聚类分析表明,钱塘江三角鲂和团头鲂首先聚为一支,遗传距离较近,为0.560 6;厚颌鲂与长春鳊的遗传距离最远,为1.759 2。引物Mam03和EST37产生的特异条带可将鲂属和鳊属鱼类区分,鉴定出鳊属鱼类长春鳊;引物TTF3、EST37、TTF2/TTF10、EST66依次组合可区分出鲂属东江三角鲂、厚颌鲂和广东鲂这3个群体。研究结果为我国鳊鲂鱼类种质资源保存、种群鉴定和良种选育奠定了基础。  相似文献   

16.
Pacu (Piaractus mesopotamicus) is an important fish species for professional and sport fisheries in the Alto-Paraguay Basin, located in the central western Brazil. In this study the D-loop control region of mtDNA sequence data was used to investigate genetic variability within and among populations of pacu. A total of 99 individuals were collected in the Paraguay River and in four other main tributaries. From these, 27 different haplotypes were observed. The overall nucleotide diversity and haplotype diversity were high in all sampling sites with 0.013 ± 0.001 and 0.840 ± 0.035, respectively. Hierarchical AMOVA analysis showed that pacu populations form a single panmictic population with low ΦST = ?0.0012 (p = 0.486) and high gene flow among rivers. Despite high genetic variability, the total capture officially landed in the Upper-Paraguay River Basin has been decreasing steadily during the last years with indications of overexploitation. Taking into account the heterogeneity of habitats, continuous anthropogenic disturbances and lack of genetic structure, it appears that fish from these sampling sites function as a metapopulation, a framework that may be applied to long term fishery management of pacu in the Panatanal.  相似文献   

17.
ABSTRACT:   Although the bronze featherback Notopterus notopterus is an important fish in South-East Asia, the population structure has not been investigated. In this study, genetic diversity and population structure of the bronze featherback were examined using nucleotide sequence analysis of the mitochondrial DNA control region for 332 fish collected from Tonle Sap Lake and the Mekong River in Cambodia. The average nucleotide diversity (π) of all samples was 0.033, and the Mekong River samples had higher nucleotide diversity (0.034) than Tonle Sap Lake samples (0.028). The nucleotide diversity between the lake and river samples varied from 0.029 to 0.037. The genetic differentiation between the river and lake populations was also supported by the pairwise F -statistic values and hierarchical analysis of molecular variance, indicating that the Tonle Sap Lake population is genetically isolated from the population in main stream of the Mekong River.  相似文献   

18.
Sequence analysis based on the anterior part of the mitochondrial DNA control region was carried out to reveal the genetic diversity, stock structure, and historical demography of the red tilefish. Nucleotide sequences of 388 bp in length were determined for 280 individuals taken from eight localities. The molecular diversity, haplotype diversity, and nucleotide diversity were relatively high (average h = 0.929 ± 0.011; average π = 0.008 ± 0.005). The mismatch distribution was not significantly different from the expected distribution for a rapidly expanding population (P = 0.453). The minimum spanning network connecting with full-sequence haplotypes contained star-like topologies derived from multiple ancient lineages, supporting the mismatch distribution analysis. No significant genetic differentiation was observed among eight localities (maximum pairwise F ST = 0.023, reduced-sequence data set). Our results suggest a large panmictic population of the red tilefish along the coast of Honshu to the East China Sea.  相似文献   

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