巨魾野生群体遗传多样性的RAPD分析

巨魾(Bagarius yarrelli)为云南特有的经济鱼类,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对元江下游的河口巨野生群体进行了遗传多样性分析,在50条随机引物中筛选出19条多态性较好的引物,通过PCR扩增,19条引物在巨群体中共检测到67个位点,其中多态性位点66个,平均多态性位点比率为98.51%,个体间平均遗传相似系数为0.890 9,个体间平均遗传距离为0.117 6;群体Nei's基因多样性指数为0.291 6,Shannon信息指数为0.426 9,结果表明巨野生群体具有较高的遗传多样性。     

我国沿海不同群体文蛤遗传差异RAPD分析

本文运用RAPD对辽宁、山东、江苏、福建、广东、广西等7个地理群体的文蛤进行了分析。从40条随机引物中,筛选出11个扩增效果好、条带清晰的随机引物进行扩增。结果显示,7群体内遗传多样性丰富,遗传相似度在0.7251~0.8972之间,依次排列为:辽宁营口(0.8972)>广东湛江(0.8756)>山东日照(0.8729)>山东潍坊(0.8643)>福建云霄(0.8245)>江苏启东(0.7653)>广西合浦(0.7251)。群体间遗传距离指数及用UPGMA和NJ法构建的分子系统树结果表明,山东日照与山东潍坊两群体的亲缘关系较近,广东湛江群体与其它群体亲缘关系相对较远。     

长江口刀鲚遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长江口刀鲚(Coilia ectenes)30个个体的遗传多样性进行了检测，从40个随机引物中筛选出17个对每个刀鲚的DNA进行扩增，结果表明，17个引物共检测到148条清晰且重复性好的条带，分子量在200～2000bp之间，其中多态位点为86个，占58．11％；群体的Shannon多样性指数为0．1905，Nei基因多样性指数为0．2280；个体间最大遗传距离为0.212，最小遗传距离为0．092。通过与其他鱼类的遗传多样性的研究结果比较可初步判断，刀鲚群体的遗传多样性比较丰富。     

巨野生群体遗传多样性的 RAPD 分析

巨（Bagarius yarrelli）为云南特有的经济鱼类，利用随机扩增多态性 DNA（RAPD）技术对元江下游的河口巨野生群体进行了遗传多样性分析，在50条随机引物中筛选出19条多态性较好的引物，通过 PCR 扩增，19条引物在巨群体中共检测到67个位点，其中多态性位点66个，平均多态性位点比率为98．51％，个体间平均遗传相似系数为0．8909，个体间平均遗传距离为0．1176；群体 Nei′s 基因多样性指数为0．2916， Shannon 信息指数为0．4269，结果表明巨野生群体具有较高的遗传多样性。     

罗氏沼虾浙江养殖群体与缅甸自然群体遗传差异的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术，对浙江省罗氏沼虾养殖群体和新引进的缅甸自然群体的遗传差异进行了比较分析，以期从分子水平了解罗氏沼虾的种群遗传多样性背景及与引种的关系。采用经筛选的22个10bp的随机引物对罗氏沼虾两群体各20尾进行群体RAPD分析。22个引物共检测到139个位点。养殖群体的多态位点比例为30．22％，群体平均杂合度为0．2646，Shannon多样性指数为0．0780，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9353，遗传距离为0．0647；自然群体的多态位点比例为33．81％，群体的平均杂合度和Shannon多样性指数分别为0．2888和0．0940，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9201，遗传距离为0．0799；两群体之间的遗传距离为0．1845。自然群体的遗传多样性水平比养殖群体要高。利用随机引物S9和S52，在罗氏沼虾两群体间扩增出2条稳定、明显的群体间特异性标记带。     

5种石斑鱼遗传差异的RAPD分析

运用随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）技术对鞍带石斑鱼（Epinephelus lanceolatus）、驼背鲈（Cromileptes altivelis）、棕点石斑鱼（E.fuscoguttatus）、斜带石斑鱼（E.coioides）和鲑点石斑鱼（E.fario）的遗传多样性及系统发生进行了研究。从120个RAPD随机引物中筛选出扩增效果好的引物19个,分别用于5种石斑鱼基因组DNA的扩增。结果显示,5种石斑鱼平均多态性位点比率（P）分别为64.23%,72.61%,60.34%,69.97%,73.94%;个体间平均遗传相似系数（S）分别为0.8238,0.8110,0.8345,0.8277,0.8064;平均遗传距离（D）分别为0.1762,0.1890,0.1655,0.1723,0.1936;平均Nei基因多样性指数（H）分别为0.1189,0.1364,0.1028,0.1439,0.1648;平均Shannon信息指数（Hi）分别为0.1801,0.1992,0.1530,0.2100,0.2434。5个种间的遗传距离（Dxy）在0.3964～0.6085之间。     

方斑东风螺2个养殖群体遗传变异的RAPD分析

运用RAPD技术对方斑东风螺(Babylonia areolata Lamarck)泰国养殖群体和海南养殖群体的遗传多样性进行研究。选取21个10 bp随机引物对方斑东风螺2个群体各20个个体进行RAPD分析,21个引物共检测出222条带。泰国养殖群体的多态位点比例为70.27%,Shannon多样性信息指数为0.1858,Nei’s基因多样性指数为0.249 1,群体内个体间平均遗传相似率为0.7920,平均遗传距离为0.2080;海南养殖群体的多态位点比例为73.87%,Shannon信息指数为0.2044,Nei’s基因多样性指数为0.2615,群体内个体间平均遗传相似率为0.7620,平均遗传距离为0.2380。群体内遗传变异占种内遗传变异的76.81%,群体间遗传变异占23.19%。以上分析表明,方斑东风螺泰国养殖群体和海南养殖群体的遗传多样性水平仍较高,但海南群体的遗传多样性水平比泰国群体要高。     

长石爬鮡3个地理群体遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对李仙江流域景东、国庆和大寨长石爬鮡(Euchiloglanis longus)种群的遗传多样性进行了分析.从100条RAPD随机引物中筛选出20条引物,对长石爬鮡3个地理种群进行了分析；共检测到58个有效位点,其中多态位点36个,多态位点达62.07％,Nei基因多样性指数为0.2378,Shannon信息指数为0.3501.3个群体未检测到各自特有的扩增带.AMOVA分析结果显示,大多数(73.06％)的遗传变异由群体内不同个体间的遗传差异造成,26.94％的遗传变异来自于群体间.种群间的遗传分化系数(Gst)为0.2104,基因流Nm为1.8762.根据个体间遗传距离进行的PCoA分析显示,3个群体基本分开.     

广东1个鲮原种群体的种质特征及遗传多样性分析

收集西江流域肇庆段的野生鲮鱼苗进行跟踪观察,记录其生长情况,测量形态参数,结果表明,该批鲮原种存在体色及生长性能等方面的分化一种体色淡黄,命名为子群体h,一种体色青,命名为子群体q;子群体h的生长性能优于子群体q。从2个子群体中各取24个个体进行RAPD分析。20条随机引物扩增共获得了179条清晰稳定的条带,其中多态性条带为82条。用popgen软件进行RAPD数据处理,结果是总群体的平均杂和度为0.1281,遗传距离为0.1232;子群体h的平均杂和度为0.1248,遗传距离为0.1151;子群体q的平均杂和度为0.1164,遗传距离为0.1010;2个子群体间的遗传距离值为0.1383。这个结果表明,该原种群体遗传多样性较高。     

长吻遗传多样性的RAPD分析

以洞庭湖和原种场长吻（Leiocassis longirostris）为研究对象,采用20个随机引物对10个野生个体进行了随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）群体遗传多样性分析。共检测到103条带,每个引物产生的条带数在2～9之间,片段大小在0.2～3.0kb之间,多态座位比例为41.75%,2群体内个体间遗传相似系数和遗传距离分别是,洞庭湖个体间遗传相似性系数（S）0.8795～0.9833,遗传距离（D）0.0167～0.1205;原种场个体间S为0.8794～0.9892,D为0.0319～0.1108;比较2群体S为0.7983～0.9994,D为0.0167～0.3017;Nei遗传多样性指数（He）0.3269。结果表明,长吻群体内遗传多样性较为丰富。     

合浦珠母贝3个养殖群体的RAPD分析

利用RAPD标记技术检测了广西省北海市、海南省三亚市、广东省深圳市等 3个地理种群养殖合浦珠母贝(Pinctadamartensii)基因组DNA的多态性 ,并对其遗传结构进行了初步分析。从 4 0个随机引物中筛选出 13个10bp引物 ,它们在 3种群中共扩增出了 14 0条DNA片段 ,3种群共有片段 16条 ,DNA片段数分别为 5 8、91和 71条 ,多态性位点比例分别为 4 1 4 % ,6 5 0 %和 5 8 4 %。遗传距离分析表明 ,广西种群与广东种群的亲缘关系较近 ,而与海南种群亲缘关系较远。 13个引物中 ,引物S11和S3 58扩增出的 3种群指纹图谱差异显著 ,可作为 3种群鉴定的分子标记。     

广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹群体遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）技术检测广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹（Scylla paramamosain）6个地理群体的遗传变异和遗传结构,8条10 bp寡核苷酸随机引物扩增99个个体,分析其中的44个位点,31个位点表现出多态性,在种水平的多态位点百分率为70.45%。POPGENE分析结果显示,6个群体的多态位点百分率为29.55%～54.55%,平均为36.97%;群体的遗传多样性自高至低排列为钦州湾群体〉党江群体〉珍珠湾群体〉闸口群体〉清化群体〉流沙湾群体;群体内的遗传变异大于群体间的遗传变异,群体间的遗传分化程度较大。AMOVA分析显示,群体内遗传变异占87.03%,群体间遗传变异占12.97%,群体间发生中等程度遗传分化。Mantel检测结果表明,拟穴青蟹6个群体间的遗传距离与地理距离之间的相关性不显著。聚类分析表明,群体间聚类无明显的地域性分布格局。     

Genetic variability of Channa punctatus populations using randomly amplified polymorphic DNA

Genetic variations between Channa punctatus populations collected from three rivers of south India were examined using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). Sixty samples from each population were collected. Genomic DNA was isolated from the blood samples. Out of the 20 primers tested, six primers were used for genetic variation studies. A total of 42 RAPD bands were amplified in C. punctatus by the six primers. The total number of bands observed ranged from 34 in the Quilon population to 37 in the Thirunelveli population. Among the three populations, the highest genetic identity (0.9231) was found between Thirunelveli and Quilon populations. The results of the present study demonstrated that Thirunelveli and Quilon populations are more related to each other than to the Coimbatore population.     

鲫鱼种群的随机扩增多态DNA与遗传多样性分析

利用ＲＡＰＤ技术检测了两个不同水域（天津于桥水库和独流碱河）鲫鱼种群的基因组ＤＮＡ的多态性。用４５个１０ｂｐ的引物对实验鱼的基因组ＤＮＡ进行扩增。实验结果经统计分析得出：种群间ＲＡＰＤ标记的相似率为８４．２％，遗传距离为０．１５８，而上述两个种群内的相似率分别为９４．３％和９３．５％，遗传距离为０．０５７和０．０６５。表明这两个鲫鱼种群内的遗传多态性贫乏，而种群间具有一定的遗传多样性。     

中华鳖群体DNA指纹分析中的RAPD技术优化

以中华鳖(Pelodiscus Sinensis)4种不同区域代表性群体黄河鳖、太湖鳖、台湾鳖和日本鳖为研究材料,采用不同反应条件(如退火温度和循环次数等)对RAPD扩增技术进行了优化研究,结果表明,在条件优化后(退火温度为38℃,循环次数为40次)有20个RAPD引物在4个群体中均有扩增条带,其中随机引物S105能将黄河鳖群体和太湖鳖、台湾鳖、日本鳖群体区分开;随机引物S327能将日本鳖群体鉴别出来;而随机引物S474可将台湾鳖群体与其他群体分开.由此表明,退火温度和循环次数的优化有利于中华鳖RAPD鉴定技术的建立.本研究旨在为中华鳖的种质鉴定与保护提供技术支撑.     

黄鳝微卫星引物筛选及其在保护遗传学上的应用

研究了远缘种鲤的微卫星引物对黄鳝的适用性。结果显示，31对鲤微卫星引物中有11对引物能对黄鳝DNA模饭扩增出特异性带谱。每对引物扩增的等位基因数在3～13个，平均每个位点有5．6个等位基因，显示了较高的多态性。其中引物P1最理想，其PCR扩增产物能区分来自湖南、广东和孟加拉3个不同地域的黄鳝种群。应用微卫星技术对3个不同地域的黄鳝基因组DNA多态性分析结果显示，湖南、广东和孟加拉黄鳝群体内平均相似率依次为95．5％，95.8％和93．5％，平均变异度依次为0．045，0．042，0．063。群体间的相似率及变异度分析显示：湖南黄鳝和广东黄鳝群体间平均相似率为91．0％，变异度为0．045；湖南黄鳝和孟加拉黄鳝群体间平均相似率和变异度分别为55．7％和0．443；广东黄鳝和孟加拉黄鳝群体间平均相似率和变异度分别为58．6％和0．414。综合微卫星分析结果、黄鳝的外形特征及地理位置，可以推测，广东黄鳝与湖南黄鳝为同一个生物种的不同地理种群，而孟加拉黄鳝为同属中另一个种。     

RAPD分析野生和养殖三角帆蚌的遗传多样性

用150个随机引物对野生三角帆蚌和养殖三角帆蚌进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析，最终筛选出2．0个引物，分别能扩增出1-10条大小不等的片段，片段长度在500—2000bp之间。野生三角帆蚌和养殖三角粤蚌的种内相似系数分别为0．787和0．833，显示野生种群基因组发生的变异较养殖种群大。野生三角帆蚌和养殖三角帆蚌种群间遗传距离为0．054，表明三角帆蚌野生和养殖种群亲缘关系比较接近。     

Application of the random amplified polymorphic DNA technique in a study of heterosis in common carp, Cyprinus carpio L.

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis was applied to three varieties of common carp, Cyprinus carpio L.: Xingguo red carp, German mirror carp and Russian mirror carp. Twenty-seven decamer primers pre-screened from 40 random primers were used to assay polymorphisms within and between the populations. One hundred and ninety-nine fragments were generated in the three populations; 155 of these fragments were polymorphic. The similarity indices and genetic distances within and between the three populations of carp were calculated. The results indicated that the highest value of similarity within populations was obtained for German mirror carp, and the genetic distance between Xingguo red carp and Russian mirror carp was the farthest. It can be presumed that the heterosis between Xingguo red carp and Russian mirror carp is the highest within these three populations.