山东近海习见鱼类DNA条形码及其电子芯片分析

从GenBank下载到13目50科73属77种山东近海鱼类的线粒体细胞色素c氧化酶I(CO I)序列,通过分析其遗传距离及系统进化,并基于CO I序列筛选物种特异性探针来分析DNA芯片技术在进行物种鉴定时的可行性。结果表明,在CO I基因DNA条形码的分析中,77种鱼类的种间遗传距离(平均0.117)明显大于种内遗传距离(平均0.0034),且每个物种的不同个体在进化树上都能聚在一起,提示DNA条形码能全部区分77个物种;根据CO I基因设计的用于芯片的特异性探针中,77个物种最终有64个可以筛选出物种特异性探针,占总物种数的83.1%,本研究旨在为山东近海鱼类物种鉴定提供了技术支持。     

鳀科(Engraulidae)鱼类DNA条形码电子芯片研究

本研究将基于线粒体COⅠ部分序列的DNA条形码和DNA芯片技术相结合,以鳀科11属30种鱼类为研究对象,在比对分析其DNA条形码序列的基础上,利用软件Oligo Array 2.1筛选探针,经OligoCalc优化探针,去除易形成发夹(Hairpin)、茎环(Stem-loop)及自身二聚体结构(Homodimers)的探针,再利用Oligo heat map对探针与靶标序列进行虚拟杂交,共有14个物种的24条探针能与靶标序列特异性结合.利用DNA条形码芯片技术能将14个物种鉴定到种,虽然物种识别能力仅占总物种数的46.7％,但鉴定准确率可达100％.因此,基于COⅠ基因的DNA芯片技术对鳀科鱼类物种鉴定有一定的实用价值,但该技术对物种的识别能力尚有较大提升空间,通过筛选和优化得到高质量的分子探针则是突破该项技术的关键.     

DNA条形码在篮子鱼科鱼类种类鉴定和系统进化分析中的应用

为建立篮子鱼科鱼类物种快速鉴定方法,该研究扩增获得了篮子鱼科10种鱼类的46条线粒体COⅠ基因序列,结合从BOLD和GenBank上筛选出的12种27条篮子鱼科COⅠ基因序列,分析篮子鱼科鱼类的COⅠ基因片段序列特征、种间和种内遗传距离及分子系统进化关系。结果表明,19种73条篮子鱼科COⅠ基因序列的平均碱基组成为T:28.9%、C:28.7%、A:24.6%、G:17.8%。G+C的含量(46.5%)低于A+T的含量(53.5%),碱基组成表现出明显的偏倚性;篮子鱼科鱼类的种间平均遗传距离为0.098,是种内平均遗传距离(0.002)的49倍;基于19种篮子鱼科鱼类的COⅠ序列的系统进化分析结果显示,19种篮子鱼中仅单斑篮子鱼(Siganus unimaculatus)和狐篮子鱼(S. vulpinus)聚类在一起,形成1个分支,剩余17种(89.5%)篮子鱼相同种内个体各自聚为一支,形成17个独立的分支。结果表明基于COⅠ基因的DNA条形码技术可应用于篮子鱼科物种鉴定。     

鳅科鱼类DNA条形码分析及泥鳅和大鳞副泥鳅的分子鉴定

采集了23种鳅科鱼类89尾个体的线粒体COI基因5端序列,分析了碱基组成以及不同鳅科鱼类之间的种间遗传距离和种内遗传距离。结果显示,鳅科鱼类的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,表明以COI作为鳅科鱼类DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性。在建立鳅科鱼类DNA条形码的基础上,设计了主要物种泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)和大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)特异性引物,结果显示,该引物具有较高的特异性和灵敏度,能够实现对泥鳅、大鳞副泥鳅及其混合样品的物种鉴定。     

鲹科鱼类DNA条形码分类系统

为了验证 DNA 条形码在鲹科(Carangidae)鱼类物种鉴定和系统分类中的适用性, 本研究自测 6 属 7 种 17 条序列, 同时筛选了 BOLD 数据库中的有效序列, 共获得 25 属 95 种 273 条鲹科鱼类 DNA 条形码序列, 通过 BLAST 比对、遗传距离和系统关系树, 构建了鲹科鱼类的 DNA 条形码分类系统。结果表明: (1)鲹科鱼类属间、种间、属内种间和种内三级分类单元遗传距离的平均水平分别为 0.186、0.169、0.090 和 0.008, 种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 21 倍, 可见 DNA 条形码适用于鲹科鱼类分类鉴定; (2)运用 DNA 条形码技术可以识别出形态鉴定有误的物种, 表明 DNA 条形码可以弥补传统形态学鉴定的局限性, 可对鲹科鱼类形态学分类结果进行精准修正; (3)鲹科鱼类 DNA 条形码分析表明, BOLD 数据库中仍存在一定的“同种异名”和“异种同名”现象, 建议使用该数据库信息时应严格评估信息的准确性; (4)鲹科鱼类系统发生关系研究对物种的分类地位提出了新的见解, 即拟鲳鲹 (Parona signata)和镰鳍波线鲹(Lichia amia)亲缘关系较近, 支持将二者均归为鲳鲹亚科(Trachinotinae)。本研究旨在为丰富鲹科鱼类 DNA 条形码数据, 完善鲹科 DNA 条形码分类系统, 并为鲹科鱼类物种鉴定和系统分类提供分子证据。     

鲉形目鱼类DNA条形码分析及鲉科DNA条形码电子芯片建立

为建立鲉形目内各物种的快速鉴别方法,本研究扩增了我国47个鲉形目物种并下载了Gen Bank上收录的鲉形目共计23科85属233种873条细胞色素C氧化酶I基因(COI)序列,分析该基因结构特性。结果表明,鲉形目DNA条形码基因的碱基变异中,不变位点508个,占总位点数的82.1%;转换位点70个,颠换位点41个,分别占总位点数的11.3%和6.6%;种内遗传距离为0~0.019,平均遗传距离为0.003?0.0034;属内种间遗传距离为0.003~0.258,平均值为0.086?0.038;基于233个物种的COI序列构建的系统进化树显示,227个物种(97.4%)能聚为独立分支,且具有较高支持度。在此基础上以鲉科11属39种鱼类的DNA条形码为例,筛选出25个种的37个特异性探针,以此探针对鲉科鱼类进行物种快速鉴定成功率为64.1%,研究结果表明DNA条形码芯片用于鲉科的鉴定具有一定的可行性。     

海参DNA条形码的构建及应用

为研究线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ (Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit Ⅰ,COⅠ)基因作为DNA条形码鉴定海参品种的可行性,本实验采集了7种海参(Holothuroidea)43个个体并获得其线粒体COⅠ基因序列,利用DNAsar、DNAMAN和MEGA 4.1软件分析计算了7种海参的碱基组成以及不同海参之间的种间遗传距离和种内遗传距离,利用邻接法和最大简约法分别构建了分子系统树.结果表明,海参的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,不同海参在系统树中分别形成各自独立的分支,表明以CO Ⅰ作为海参DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性.在建立海参DNA条形码的基础上,设计了针对仿刺参(Apostichopus japonicas)的特异性探针.对4种海参(仿刺参Apostichopus japonicas、冰岛参Cucumaria frondosa、加州拟刺参Parastichopus californicus及梅花参Thelenota ananas)进行斑点杂交实验,结果显示,该探针具有较好的特性和较高的灵敏度,能够实现对仿刺参的鉴定.本研究为后续开展斑点杂交及基因芯片法鉴定海参种类的研究奠定了理论基础.     

鲿科鱼类DNA条形码鉴定及系统进化研究

鲿科鱼类是一类高度多样化的类群,一些具有高度相似特征的物种难以通过形态进行识别,系统分类关系混乱,因此,选择一种更为有效、便捷的鱼类鉴定和分类方法十分必要。对5属36种共214条鲿科鱼类线粒体COⅠ基因序列进行分析,结果表明:36种鲿科鱼类的种内和种间平均遗传距离分别为0.016和0.158,种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的9.875倍;大多数鲿科鱼类的种内遗传距离小于种间遗传距离,在种内、种间重叠较少,能形成的一定的DNA条形码间隙。ABGD结果将36个物种定义为25个运算分类单元,运算分类单元的划分与距离法结果大体一致,种间遗传距离较小的物种被划分为同一个运算分类单元,种内遗传距离较大的物种分化为多个运算分类单元。聚类树结果显示:黄颡鱼属、拟鲿属和■属的鱼类聚成一大支;鳠属和半鲿属中各有1个物种聚类到对方的分支中,这两属之间存在不完全的谱系分选。在本研究中,DNA条形码在大部分鲿科鱼类中能进行有效的鉴定,但对一些近缘种,条形码鉴定存在局限性,同时,COⅠ条形码也阐明了鲿科鱼类的系统进化关系,可为鲿科物种的系统分类提供科学依据。     

基于线粒体COⅠ基因序列的DNA条形码在中国南海绯鲤属鱼类鉴定中的应用

为探讨COⅠ基因作为DNA条形码对绯鲤属(Upeneus)鱼类鉴定的有效性,明确物种的分类地位,通过COⅠ基因5'端652 bp序列研究中国南海绯鲤属的黑斑绯鲤(Upeneus tragula)、马六甲绯鲤(Upeneus moluccensis)、纵带绯鲤(Upeneus subvittatus)、黄带绯鲤(Upeneus sulphureus)、吕宋绯鲤(Upeneus luzonius)以及条尾绯鲤(Upeneus bensasi)6个种56 ind标本的标准DNA条形码序列的种内种间遗传距离,并构建分子系统树。研究表明:所测样品的碱基组成为T:29.2%,C:29.6%,A:21.4%,G:19.8%,A+T含量(50.6%)略高于G+C含量(49.4%),转换/颠换率为3.08。6种绯鲤属鱼类组成5个自展支持率为100%的分支,其中黑斑绯鲤和马六甲绯鲤混杂分布于同一分支上,其余4种绯鲤独自成支;分支间平均遗传距离10.10%(8.60%~12.40%),是分支内平均遗传距离0.18%(0.00%~0.30%)的56倍。纵带绯鲤、黄带绯鲤、吕宋绯鲤、条尾绯鲤种间平均遗传距离为10.70%(8.80%~12.40%),约为这4个种种内平均遗传距离0.125%(0.00%~0.20%)的85倍,种间遗传距离大于种内遗传距离的10倍以上,确定了它们的物种有效性。黑斑绯鲤和马六甲绯鲤种内遗传距离分别为0.40%和0.20%,与其它4种绯鲤为同一水平;但种间遗传距离仅为0.30%,属于一般物种的种内遗传距离范围,因此推测二者或为同一物种,但还需从形态学和基因组序列分析等方面加以进一步确证,其是否受到种间杂交和近期辐射进化的影响也需要今后更多的研究。标准的DNA条形码虽然能够有效地区分中国南海绯鲤属鱼类中的纵带绯鲤、黄带绯鲤、吕宋绯鲤和条尾绯鲤,但DNA条形码对黑斑绯鲤和马六甲绯鲤的鉴定与形态学的鉴定结果不一致,表明在物种鉴定时,母系遗传的线粒体COⅠ基因有时需要结合其它核基因分子标记或生态调查资料加以辅助。     

DNA 条形码在鲱形目鱼类物种鉴定和系统进化分析中的应用

采用PCR特异性扩增获得中国近海鲱形目(Clupeiformes)2科6属7种的48条线粒体COI基因序列,结合从Gen Bank筛选出的4科40属83种的COI基因序列225条,对鲱形目鱼类的COI条形码基因特征、种内与种间遗传距离及其分子系统进化关系进行了分析,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性。结果表明,4科41属90种273条COI基因序列的平均碱基组成为T:28.3%、C:28.3%、A:24.2%、G:19.2%,碱基组成表现出明显偏倚性。鲱形目鱼类种间的平均遗传距离为0.131,种内平均遗传距离为0.003,种间距离为种内距离的41倍;系统学分析结果显示,97.8%的鱼类在系统进化树上均为单系。可见,鲱形目鱼类DNA条形码符合物种鉴定的要求,且基于COI基因所建的NJ树对物种分类具有较为准确的辨识力。系统进化分析结果表明,COI基因不仅能够解决低阶分类单元的系统进化关系,对于高阶分类单元的系统分析研究结果也有一定参考价值。     

我国海洋渔业资源管理中适用预警原则的探讨

海洋生物资源的可持续开发和利用已成为全球海洋生物资源管理的重心。预警原则作为一种新颖的环境资源管理手段，其对海洋生物资源养护的有效性已为一些国际协定和一些国家的国内立法所确认。目前我国海洋生物资源管理实践和相关法规并没有明确采用预警原则。因而，针对我国近海生物资源养护不利的现状，我国有必要增订相关立法，将预警原则规定为我国海洋生物资源管理的基本原则，并根据我国各海域的具体情况，有针对性的适用预警原则，以顺应全球海洋生物资源养护的大趋势。     

中肋骨条藻的室内筛选室外培养技术

骨条藻生长繁殖速度快、不容易污染。在室内水泥池中,从自然海水里筛选生产性纯种骨条藻藻液,在室外土池里通过对骨条藻生长繁殖所需要的各项理化因子、生物因子的控制,快速培养骨条藻。该技术简单、生产操作容易,适应于大规模的生产使用。     

养虾池底播魁蚶技术研究

对养虾池混养魁蚶的底质选择、播苗密度、苗种规格、池水调近和魁蚶在虾池中越冬等进行了试验研究，２７０亩混养试验池，平均亩产对虾１０６．３ｋｇ，魁蚶１２４．１ｋｇ，混养比单养平均亩增效益１４３８．４元，总增效益３８．８４万元。技术鉴定认为：本研究成果属国内领先水平。     

强化渔业安全保护渔民利益--学习《辽宁省海洋渔业安全管理条例》

辽宁是重要渔业省份之一，海岸线较长，渔船渔港众多，全省沿海25个县(市、区)拥有渔民20余万人，各类渔船3万多艘。长期以来，因海上生产条件差，环境极其恶劣，渔船比较分散，管理难度越来越大，渔业安全生产形势十分严峻，各类渔船海损事故频繁发生，给渔民造成极大损失，     

牛蛙爱德华氏菌病病原菌的鉴定和致病因素的研究

从患爱德华氏菌病的牛蛙肌肉、肝、肾、血液和腹水中分离到8株细菌，根据其形态和生理生化特性鉴定为野生型迟钝爱德华氏菌。人工感染实验均为该病的病原菌，毒素检测试验表明，致病因素主要是内毒素而不是外毒素。分离菌株的主要特性为杆状、革兰氏阴性、周生鞭毛、兼性厌氧。接触酶、甲基红试验和硝酸盐还原均为阳性。在三糖铁琼脂上产H2S。氧化酶、丙二酸盐利用、V．P试验、明胶液化、尿素酶。苯丙氨酸脱氨酶为阴性。分解葡萄糖、甘露糖、麦芽糖，产酸产气，不利用甘露醇、蔗糖和阿拉伯糖。     

温度对三疣梭子蟹行为的影响

描述了三疣梭子蟹的摄食、领域、防御、攻击及清洁行为。三疣梭子蟹在水温12℃以上摄食行为加强,领域与攻防行为也很明显,攻防主要其螯肢。三疣梭子蟹的清洁行为比较复杂,在光强度变化较大时较为明显,一般要持续15~20min。随着温度的降低,三疣梭子蟹的摄食、攻防、领域行为都明显减弱。     

Influence of the gametogenic cycle on the biochemical composition of the ovary of the great scallop

The oogenic cycle and biochemical composition of the ovary of raft-cultured great scallop (Pecten maximus) were studied during the period April 1990–July 1991. The ovary condition index (FGI) and stereological studies showed the existence of two principal spawning periods, winter and late spring-early summer. No sexual resting period was found. Oocyte lysis was high throughout the year. Ovarian lipid levels displayed a clear seasonal pattern linked to the gametogenic cycle. Total lipid (TL, 16–21% dry weight), acylglycerol (AG, 20–65% TL) and free sterol (FS, 2.8–6.4% TL) levels were, generally, higher in the ripe ovary and a decrease coincided with spawning. Protein (59–63% dry weight), glycogen (<3% dry weight) and phospholipid (PL, 26–35% TL) levels showed no clear seasonal trend. The TL and AG were a good index of ovarian sexual maturity. The TL % of dry weight) correlated well with the female gonad condition index (r _s = 0.779, p < 0.001), and AG (% f TL) correlated well with the mean oocyte diameter (r _s = 0.630, p < 0.01) and the female gonad condition index (r _s = 0.443, p < 0.05).     

美国杂交条纹鲈苗种培育水体理化因子调控和生态条件初探

进行了美国杂交条纹鲈的苗种培育试验，科学调节池塘水体理化因子，初步探讨了美国杂交条纹鲈生长的适宜生态条件。认为美国杂交条纹鲈适温范围广，苗种培育过程中溶解氧应在4mg/L以上，碱度、硬度保持3me/L左右，pH8．0以上，COD应在10mg／L以下，对氮、磷营养元素和苗种培育饵料生物也进行了分析。     

沸石在河蟹育苗中的应用

在河蟹育苗中，利用沸石作水质净化剂．从幼体蚤状Ⅲ期始，每天在3个幼体培育池共90m3水体中投放200×10-6沸石。结果试验组每m3水体大眼幼体出苗量增加54g，效果明显。试验证实，投放沸石能吸附水中有机污染物，降解氨氮，净化水质，促进幼体正常变态发育。     

大宁河龙溪段鱼类早期资源研究

为了解十年禁渔背景下大宁河鱼类早期资源变化状况，2020和2021年5-7月在大宁河龙溪断面开展了鱼类早期资源现状的调查。结果表明，龙溪江段产浮性卵鱼类1种、漂流性卵鱼类4种、粘沉性卵鱼类19种；中华纹胸鮡（Glyptothorax sinensis）和大眼鳜（Siniperca kneri）的产卵规模相对较大,其卵占比分别达48%和30%以上；2020年的鱼类卵苗资源量和种类都少于2021年。RDA分析结果显示，中华纹胸鮡（Glyptothorax sinensis）、张氏?(Hemiculter tchangi)鱼卵漂流密度与水温变化呈现一定相关性，适宜水温促使中华纹胸鮡（Glyptothorax sinensis）、张氏?(Hemiculter tchangi)产卵；随着流速和流量增加，多鳞白甲鱼(Scaphesthes macrolepis)和云南盘鮈(Discogobio yunnanensis)卵漂流密度均相应增加；大眼鳜（Siniperca kneri）和峨眉后平鳅(Metahomaloptera omeiensis)产卵期间江水酸碱度相对较低。十年禁渔的实施对大宁河鱼类资源的恢复可能产生积极影响。