马氏珠母贝大亚湾和三亚野生种群内自繁及种群间杂交一代的RAPD分析

运用RAPD技术分析了广东大亚湾野生种群内繁殖一代DDl群体和海南三亚野生种群内繁殖一代SSl、两野生种群间杂交一代DS1群体各18个个体的遗传多样性。筛选的28个含10碱基的随机引物中，其中11个随机引物可产生稳定和可重复的多态扩增结果，共检测出86个位点，其中DDl群体有74个基因位点，其中56个表现多态，多态比例为75．68％；SSl群体79个基因位点，其中57个表现多态，多态比例是72．15％；DSl群体有72个基因位点，其中64个表现多态，多态比例为88．89％。用修正的Shannon表型多态性指数量化3个群体的遗传多态性，DDl、SSl和DS13个群体的遗传多态性分别为0．2280，0．2ll5和0．2456。不同地理种群间杂交能够增加子代的遗传多态性。     

长江、珠江、黑龙江三水系的鲢、鳙、草鱼原种种群的生化遗传结构与变异

用LKB平板电泳仪聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了长江、珠江及黑龙江的鲢、鳙及草鱼的原种8个种群16个酶位点的遗传变异。同种鱼不同水系种群之间存在着明显的生化遗传差异．长江、珠江、黑龙江鲢鱼种群的多态位点的比例分别是13．3％、26．7％、13．3％，平均杂合度分别是0．0493、0．0484、0．0511；长江、珠江鳙鱼种群的多态位点的比例都是31．3％，平均杂合度分别是0．1375，0．0977；长江、珠江、黑龙江草鱼种群的多态位点比例分别是30％，38％，23．1％，平均杂合度分别是0．1241，0．0961，0．0525。南方种群的多态位点比例有比北方的高的趋向。长江鲢-珠江鲢，长江鲢-黑龙江鲢，珠江鲢-黑龙江鲢的遗传相似度依次是0．9957，0．9955及0．9696；长江鳙-珠江鳙的遗传相似度是0．9955；长江草鱼-珠江草鱼，珠江草鱼-黑龙江草鱼，长江草鱼-黑龙江草鱼的遗传相似度依次是0．9679、0．9483及0．9324。长江种群与珠江种群这两个中央群体间的遗传差异较小，边缘群体黑龙江种群与中央群体长江、珠江种群间的遗传差异较大。黑龙江草鱼种群很小，其资源的保护工作应引起注意。     

罗氏沼虾浙江养殖群体与缅甸自然群体遗传差异的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术，对浙江省罗氏沼虾养殖群体和新引进的缅甸自然群体的遗传差异进行了比较分析，以期从分子水平了解罗氏沼虾的种群遗传多样性背景及与引种的关系。采用经筛选的22个10bp的随机引物对罗氏沼虾两群体各20尾进行群体RAPD分析。22个引物共检测到139个位点。养殖群体的多态位点比例为30．22％，群体平均杂合度为0．2646，Shannon多样性指数为0．0780，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9353，遗传距离为0．0647；自然群体的多态位点比例为33．81％，群体的平均杂合度和Shannon多样性指数分别为0．2888和0．0940，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9201，遗传距离为0．0799；两群体之间的遗传距离为0．1845。自然群体的遗传多样性水平比养殖群体要高。利用随机引物S9和S52，在罗氏沼虾两群体间扩增出2条稳定、明显的群体间特异性标记带。     

两种壳色虾夷扇贝的RAPD分析

采用RAPD技术对两种壳色虾夷扇贝Patinopecten yessoensis的遗传多样性和遗传结构及其分化进行研究。用筛选出的22个随机引物对白色贝和褐色贝各40个个体进行RAPD扩增，进行群体内及群体间的遗传学分析。白色贝共检测出128个多态位点，多态位点的比例为79．5％，Shannon遗传多样性指数为0．424；褐色贝共检测出127个多态位点，多态位点的比例为78．9％，Shannon遗传多样性指数为0．423。白色贝和褐色贝之间的遗传相似性指数和遗传距离为0．961和0．039，二者之间的遗传分化指数Gst为0．052，遗传分化的程度较低。结果表明，白色贝和褐色贝之间的等位基因频率、多态位点的比例和遗传多样性等的差别不明显，遗传变异主要来自于群体内。S285—1在褐色贝大部分个体中都能获得扩增片段，但在白色贝所有个体中均未见这个位点的扩增片段，推断S285—1为白色贝的特异阴性片段。     

三个不同地理群体真鲷遗传变异的RAPD分析

提要用RAPD技术对取自胶州湾、台湾海峡和北部湾3个野生群体的24尾真鲷进行群体间的遗传变异分析。在事先优化的反应条件下，在使用的60个随机引物中，有31个引物扩增出清晰稳定的片段，共计216条，大小在200—2500bp之间，其中多态性片段176条(多态性片段的比例为81．48％)。群体间的遗传距离分别是0．1645、0．1413、0．1073，台湾海峡与北部湾真鲷的遗传距离最近，胶州湾与台湾海峡其次，胶州湾与北部湾最远。     

福建东山和广东阳江褐毛鳞养殖群体遗传多样性的AFLP分析

应用AFLP分子标记技术对福建东山和广东阳江褐毛鳞养殖群体进行了遗传多样性分析。采用6对选择性引物组合对2个群体60个个体进行扩增，共扩增出313个位点，多态位点85个。东山和阳江褐毛鳞养殖群体的多态位点比例、Nei’s基因多样性指数、Shannon遗传多样性指数分别为24．60％和25．56％、0．0795和0．0768、0．1210和0．1176，2个群体的遗传多样性均处于较低水平。遗传分化系数Gst及AMO．VA分析表明，2个群体的遗传变异主要来源于群体内个体间。UPGMA聚类图及PCA分析显示，群体间具有典型的地理特征，且出现了一定程度的遗传分化。     

合浦珠母贝2个野生种群的遗传多样性

用形态特征比较与同工酶电泳分析相结合的方法，对产于我国部湾和大亚湾的野生合浦珠母贝（pinctada martensii)的遗传多样性进行研究，结果表明，在贝壳形态方面，北部湾种群的平均壳长与壳高都略大于大亚湾种群，壳高与壳长呈乘幂相关，壳宽与壳长呈对数相关，大亚湾种群的壳宽指数，壳重指数和肥满度指标都大于北部湾种群，用聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳检测由26个位点编码的12种同工酶，2种群都显示出较高的多态性，北部湾种群多态位点的比率为38．46％，大亚湾种群则为46．15％，都表现出明显的杂合子缺失现象，北部湾种群的平均杂合度（0．0999）小于大亚湾种群（0．1243），2种群之间的遗传距离为0．0159,本文还讨论了引种2种群杂合子缺失现象的原因，并认为生化遗传分析的结果与2个种群的形态特征是相关联的。     

长江、珠江、黑龙江三水系的鲢、镛、草鱼原种种群的生化遗传结构与变异

用LKB平板电泳仪聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了长江、珠江及黑龙江的鲢、鳙及草鱼的原种8个种群16个酶位点的遗传变异。同种鱼不同水系种群之间存在着明显的生化遗传差异。长江、珠江、黑龙江鲢鱼种群的多态位点的比例分别是13.3％、26.7％、13.3％,平均杂合度分别是0.0493、0.0484、0.0511;长江、珠江鳙鱼种群的多态位点的比例都是31.3％,平均杂合度分别是0.1375,0.0977;长江、珠江、黑龙江草鱼种群的多态位点比例分别是30％,38％,23.1％,平均杂合度分别是0.1241,0.0961,0.0525。南方种群的多态位点比例有比北方的高的趋向。长江鲢—珠江鲢,长江鲢—黑龙江鲢,珠江鲢—黑龙江鲢的遗传相似度依次是0.9957,0.9955及0.9696;长江鳙—珠江鳙的遗传相似度是0.9955;长江草鱼—珠江草鱼,珠江草鱼—黑龙江草鱼,长江草鱼—黑龙江草鱼的遗传相似度依次是0.9679、0.9483及0.9324。长江种群与珠江种群这两个中央群体间的遗传差异较小,边缘群体黑龙江种群与中央群体长江、珠江种群间的遗传差异较大。黑龙江草鱼种群很小,其资源的保护工作应引起注意。     

长石爬鮡3个地理群体遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对李仙江流域景东、国庆和大寨长石爬鮡(Euchiloglanis longus)种群的遗传多样性进行了分析.从100条RAPD随机引物中筛选出20条引物,对长石爬鮡3个地理种群进行了分析；共检测到58个有效位点,其中多态位点36个,多态位点达62.07％,Nei基因多样性指数为0.2378,Shannon信息指数为0.3501.3个群体未检测到各自特有的扩增带.AMOVA分析结果显示,大多数(73.06％)的遗传变异由群体内不同个体间的遗传差异造成,26.94％的遗传变异来自于群体间.种群间的遗传分化系数(Gst)为0.2104,基因流Nm为1.8762.根据个体间遗传距离进行的PCoA分析显示,3个群体基本分开.     

长江流域铜鱼和圆口铜鱼的遗传多样性

利用线粒体DNA控制区序列多态性分析了长江流域铜鱼（Coreius heterodon）和圆口铜鱼（Coreius guichenoti）各4个群体的遗传结构；同时利用9对自行开发的多态性微卫星标记分析圆口铜鱼4个群体的遗传结构。结果显示，铜鱼线粒体DNA（mtDNA）D-loop序列共检出22个多态位点，28种单倍型，平均单倍型多样性指数（h）和核苷酸多样性指数（7r）分别为0．849和0．00257。圆口铜鱼线粒体DNA（mtDNA）D-loop序列共检出18个多态位点，28种单倍型，平均单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0．902和0．00424。分子变异分析（AMOVA）结果提示，铜鱼和圆口铜鱼分别有98．80％和99．17％的遗传变异发生于群体内部，表明铜鱼和圆口铜鱼未出现种群分化。选用的9个微卫星标记在圆口铜鱼群体中共检测到48个等位基因；群体平均观测杂合度在0．631～0．753之间；平均期望杂合度为0．598-0．728：平均多态信息含量为0．548～0．670。结果表明，长江流域铜鱼遗传多样性较低，长江上游圆口铜鱼遗传多样性较高，且均未出现种群遗传分化。圆口铜鱼SSR固定指数为0．12l58，高于D．1oop固定指数，显示SSR标记对圆口铜鱼群体间遗传差异的检测更为灵敏。[中国水产科学，2008，15（3）：377-385]     

东、黄海日本鲭种群鉴定和划分的研究进展

分布于东、黄海的日本鲭(Scomber japoncus)在我国海洋渔业中具有重要的地位,随着中韩、中日渔业协定的生效,开展日本鲭等重要经济鱼类的种群归属研究显得尤为重要。关于东、黄海日本鲭种群划分,20世纪中日两国学者利用标志放流和渔业调查数据分别进行了研判,但中日间以及国内对其种群划分存在不同见解。21世纪以来,中国一些研究者利用形态框架法和分子遗传学方法对前辈的种群划分进行了验证并提供了一些证据,但分析结果值得商榷。总结相关研究结果,多数中国学者将分布于东、黄海的日本鲭划分为东海西部种群、五岛西部种群和闽南—粤东地方种群,也有中国学者将其划分为东海群系和闽南—粤东地方种群;日本学者将分布于东海不同越冬场日本鲭归属为对马暖流群系,也有日本学者将分布于东、黄海和日本海西部的日本鲭划分为九州西部群系和东海西部群系。针对东、黄海日本鲭种群划分存在的不同观点,今后研究者应同时利用目前较为先进的、相对可操作的鱼类框架形态和分子遗传等判别技术,增加产卵场样本采集覆盖面,以获得判别东、黄海日本鲭种群相对最为科学的证据。     

Mitochondrial DNA variation in the East China Sea and Yellow Sea populations of Japanese Spanish mackerel <Emphasis Type="Italic">Scomberomorus niphonius</Emphasis>

Japanese Spanish mackerel Scomberomorus niphonius is a commercially important species in the East China Sea and Yellow Sea, but there is limited knowledge of its genetic population structure. In order to detect its genetic structure, sequence variation of the first hypervariable segment of the control region was analyzed among eight populations of S. niphonius from the East China Sea and Yellow Sea. A total of 119 polymorphic sites were detected in the 505-bp segment of the control region among 134 individuals of S. niphonius, defining 112 haplotypes. Mean haplotype diversity and nucleotide diversity for the eight populations were 0.9963 ± 0.0017 and 0.0236 ± 0.0119, respectively. As expected, analysis of molecular variance detected no significant differences at all hierarchical levels, and most of the conventional population Φ_ST statistics were negative, indicating that no significant population genetic structure exists in the East China Sea and Yellow Sea. Moreover, the exact test of differentiation supported the null hypothesis that S. niphonius within the East China Sea and Yellow Sea constitutes a panmictic mtDNA gene pool. Neutrality tests and mismatch distribution revealed that S. niphonius underwent population expansion in the late Pleistocene. Strong dispersal capacity of larvae and adults, long-distance migrations, and ocean currents in the studied area could be the reasons for genetic homogeneity in this species in the East China Sea and Yellow Sea. Insufficient time to accumulate genetic variation might be another explanation for the lack of genetic structure in the East China Sea and Yellow Sea.     

东黄海沙海蜇群体线粒体COI基因序列多态性

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对东黄海野生沙海蜇20个个体的mtDNA COI基因进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,结果经比对校正后,获得该群体COI基因片段序列,长度为473 bp;该序列中多态位点共6个,含简约信息位点1个,总变异为1.27%,碱基之间只存在转换,没有颠换、插入或缺失的位点;在测得的473 bp目的DNA片段中,碱基T、C、A、G平均组成分别为35.9%、19.0%、26.8%和18.2%,其A+T含量(62.8%)远高于G+C含量(37.2%)。在20个个体中共检测到6个单倍型,单倍型多样性为0.516,核苷酸多样性Pi为0.001 46。根据Kimura遗传距离的计算结果,各单倍型之间的遗传距离为0.002~0.006。利用COI基因序列构建的NJ系统发育树表明,东黄海野生沙海蜇与越前水母的亲缘关系较近,与海蜇的亲缘关系较远,进一步证明东黄海沙海蛰与越前水母应为同一物种;但在东黄海野生沙海蜇中检测到的6个单倍型中均为东黄海野生沙海蜇所特有,与日本越前水母单倍型不同,因此,两者可能仍属同一种的不同地理群体。     

Genetic population structure of <Emphasis Type="Italic">Nibea albiflora</Emphasis> in Yellow Sea and East China Sea

ABSTRACT:   The population genetic structure and level of gene flow of Nibea albiflora from the Yellow Sea and the East China Sea were examined with a 479-bp segment of a mtDNA control region. In total, 65 samples were collected from three locations and 37 haplotypes were obtained. Mean haplotype diversity and nucleotide diversity for the three populations ranged from 0.9130 ± 0.0308 (Zhoushan) to 0.9926 ± 0.0230 (Xiamen), and from 0.0073 ± 0.0043 (Qingdao) to 0.0099 ± 0.0057 (Xiamen). Analysis of molecular variance and pairwise F _ST revealed little genetic structure between the Yellow Sea and the East China Sea in N. albiflora . But based on the exact test of differentiation, the null hypothesis that N. albiflora within the Yellow Sea and the East China Sea constitutes a panmictic mtDNA gene pool was rejected. This might be caused by the broad spawning areas but not by the Yangtze River outflow. Mismatch distribution revealed that N. albiflora has undergone population expansion, possibly before the last 85 000–170 000 years. The existence of high gene flow between stocks in the studied area was supported by our results. Annual migrations, larval drift in the ocean currents, and recent range expansion could be the reasons for little genetic structure in the studied area.     

中国大陆沿海六水系绒螯蟹(中华绒螯蟹和日本绒螯蟹)群体亲缘关系:RAPD指纹标记

用 4 8个具有丰富多态性的 10碱基随机引物对辽河、黄河、长江、瓯江、珠江和南流江的中华绒螯蟹和日本绒螯蟹的 6个群体进行RAPD分析。结果发现 :(1)两个引物具有群体特异性带 ,其中Z2扩增的 880bp片段为珠江蟹和南流江蟹群体中所特有 ,而 70 0bp片段为长江蟹、辽河蟹、黄河蟹和瓯江蟹所特有 ,可作为区别日本绒螯蟹和中华绒螯蟹的分子遗传标记 ;(2 )Opp17扩增的 94 7bp片段的出现频率 ,在长江、黄河和辽河群体显著地从南到北递减 ,长江蟹 87.50 %、黄河蟹4 1.66%、辽河蟹 10 .83%。这一遗传渐变的度量可作为区别这三个水系的中华绒螯蟹种群的判据 ;(3) 6水系群体内的平均遗传相似度依次为 :辽河蟹 0 .90 8>南流江蟹 0 .897>瓯江蟹和珠江蟹 0 .895>黄河蟹 0 .890 >长江蟹 0 .850 ;6群体间遗传距离及其UPGMA、NJ聚类分析进一步表明 ,南流江蟹、珠江蟹同长江蟹、辽河蟹及黄河蟹在基因组之间存在明显的歧化。     

黄姑鱼群体遗传多样性的AFLP分析

对青岛和厦门黄姑鱼群体的遗传多样性进行了AFLP分析，5对选择性引物在两个群体47个个体中，共扩增出461个位点，多态位点265个。青岛和厦门群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为51.70%、51.99%，0.1022、0.0996，0.1643、0.1622；两个群体遗传多样性在同一水平上。基因分化系数G_st、Shannon遗传多样性指数和AMOVA分析均显示黄姑鱼的遗传变异主要来源于群体内个体间，而群体间无明显的遗传分化。群体的显性基因型频率分布和位点差异数分布显示两个群体有基本相同的群体遗传结构。结果表明，黄姑鱼青岛和厦门群体间无明显的遗传差异，群体间有明显的基因交流。     

秋季我国近海不同海域短蛸角质颚形态学研究

根据2015年10—11月在黄海、东海和南海北部渔业生产期间采集的393尾短蛸样本,通过标准化方法对不同海域短蛸的10项角质颚形态值进行了差异性分析,同时建立判别函数以区分不同群体。结果显示,东海和黄海样本短蛸个体大小较为类似,南海个体明显较小;经角质颚形态值标准化处理,南海海域个体的角质颚形态比其他2个海域更小;方差分析显示,3个海域短蛸角质颚形态存在显著差异,其中除了下翼长外,东海与黄海个体的角质颚形态值均不存在差异,而南海与其他2个海域的角质颚形态值均存在显著差异;主成分分析结果发现,第一主成分因子均为下颚形态值,第二、第三主成分均为上颚形态值;通过逐步判别分析,选取了6项角质颚形态值建立判别函数,判别正确率在80%以上;回归树分析结果发现,短蛸的下颚形态值(下头盖长和下翼长)能够更快速地辨别不同海域的短蛸。研究表明,因摄食和栖息环境的不同,不同海域短蛸角质颚形态存在较大差异,因此可通过角质颚的形态来判别短蛸的种群。     

Genetic diversity and population structure of Sepiella japonica (Mollusca: Cephalopoda: Decapoda) inferred by 16S rDNA variations

In order to describe the genetic diversity and phylogenetic relationship of five populations of cuttlefish (Sepiella japonica) along with China's coasts, partial 16S rDNA (510 bp in length) was amplified from 110 individuals. The five populations of cuttlefish inhabit Yellow Sea, East China Sea and South China Sea. In total, six haplotypes were identified and formed only one clade. Among the six haplotypes, one was shared by all populations, three appeared only in a single population, two appeared in two or three populations. Pair‐wise FST were not proportional to the geographical distances. Haplotype diversity and nucleotide diversity were low, 0.3866 ± 0.067 and 0.00120 ± 0.00081 respectively. Among the five populations, Zhoushan population exhibited the highest genetic diversity which was suggested as the better select of germplasm resources for the reproduction and releasing of S. japonica.     

中国大陆沿海六水系绒螯蟹_中华绒_省略__群体亲缘关系_RAPD指纹标记

用 4 8个具有丰富多态性的 10碱基随机引物对辽河、黄河、长江、瓯江、珠江和南流江的中华绒螯蟹和日本绒螯蟹的 6个群体进行RAPD分析。结果发现 :(1)两个引物具有群体特异性带 ,其中Z2扩增的 880bp片段为珠江蟹和南流江蟹群体中所特有 ,而 70 0bp片段为长江蟹、辽河蟹、黄河蟹和瓯江蟹所特有 ,可作为区别日本绒螯蟹和中华绒螯蟹的分子遗传标记 ;(2 )Opp17扩增的 94 7bp片段的出现频率 ,在长江、黄河和辽河群体显著地从南到北递减 ,长江蟹 87.50 %、黄河蟹4 1.66%、辽河蟹 10 .83%。这一遗传渐变的度量可作为区别这三个水系的中华绒螯蟹种群的判据 ;(3) 6水系群体内的平均遗传相似度依次为 :辽河蟹 0 .90 8>南流江蟹 0 .897>瓯江蟹和珠江蟹 0 .895>黄河蟹 0 .890 >长江蟹 0 .850 ;6群体间遗传距离及其UPGMA、NJ聚类分析进一步表明 ,南流江蟹、珠江蟹同长江蟹、辽河蟹及黄河蟹在基因组之间存在明显的歧化。 更多还原     

基于COⅠ基因序列的东、黄海区野生与养殖大黄鱼遗传多样性分析

为研究野生与养殖大黄鱼(Larimichthys crocea)群体的遗传多样性,对大黄鱼8个野生群体及6个养殖群体共336个样本的线粒体COⅠ基因部分序列进行了扩增和测序分析。实验最终获得序列片段长621 bp,总变异位点38个,简约信息位点23个,单变异位点15个,其中野生群体包含38个变异位点,占总变异的100%,养殖群体包含8个变异位点,占总变异的21.05%。在所有样本中共检测出单倍型34个,单倍型多样性为0.587,核苷酸多样性为0.00194,野生及养殖群体单倍型多样性指数分别为0.714~0.952、0.000~0.581。大黄鱼养殖与野生两个组群间的遗传分化指数为0.04982,占总变异的4.98%,差异极显著(P0.01),组群间群体间的变异占1.46%(P0.05),群体内的变异占93.56%(P0.01)。以上结果表明,大黄鱼的遗传变异主要来自于群体内,养殖群体的遗传多样性显著低于野生群体,两者的遗传多样性程度均处于较低水平,养殖群体间或野生群体间不存在显著的遗传分化,而养殖与野生两大组群间存在着显著的遗传分化。此外,通过对群体遗传结构及进化树的分析表明,东、黄海大黄鱼应属于同一地理种群,但两者间存在较低程度的遗传分化现象,黄海的大黄鱼群体遗传多样性高于东海群体。本研究可为大黄鱼种质资源的保护和恢复提供理论依据。