不同养殖模式黄鳝胃肠道微生物群落结构分析

为探究不同养殖模式下黄鳝(Monopterus albus)胃肠道微生物的群落结构，本实验采用16S rRNA高通量测序技术研究虾塘散养、蟹塘散养、网箱投喂鱼浆和网箱投喂水蚯蚓4种养殖模式下黄鳝胃肠道微生物的组成和群落结构。Alpha多样性分析和Venn图结果显示，网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，而蟹塘散养组最低。除蟹塘散养组黄鳝肠道的优势菌为变形菌门，其余3种养殖模式黄鳝胃肠道优势菌群均为厚壁菌门，推测黄鳝胃肠道微生物的核心菌群为厚壁菌门。在属水平上，网箱投喂水蚯蚓养殖模式中黄鳝胃的优势菌群为粪杆菌属(Faecalibacterium)与嗜黏蛋白阿克曼菌属(Akkermansia),其余3种养殖模式中黄鳝胃的优势菌群都为韦荣球菌属(Veillonella);而虾塘散养组黄鳝肠道的优势菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus),其余3种养殖模式的优势菌群中都有双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结果表明：网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，且益生菌群占比高，潜在致病菌较少，是比较健康的养殖模式。     

摄食不同饵料的大口黑鲈肠道菌群分析

为了探究投喂冰鲜杂鱼和人工配合饲料对大口黑鲈肠道菌群的影响,本研究采用变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)对摄食不同饵料的2组鲈鱼肠道内容物的细菌群落结构进行了比较分析.结果显示,冰鲜组与饲料组的大口黑鲈肠道菌群组成相似性较低(相似性24％),且冰鲜组肠道菌群多样性高于饲料组.对2组大口黑鲈中共有条带和特异性条带进一步测序分析显示,2组大口黑鲈肠道共有菌有红螺菌、梭菌、保科爱德华菌、嗜麦芽窄食单胞菌和蓝细菌.冰鲜组大口黑鲈肠道中的特异性菌归属为拟杆菌、肉食杆菌、魏斯氏菌和邻单胞菌;饲料组大口黑鲈肠道中的特异性菌归属为黄杆菌、鲸杆菌、柠檬明串珠菌、缺陷短波单胞菌.研究表明,与投喂冰鲜杂鱼的大口黑鲈相比,人工配合饲料降低了大口黑鲈肠道菌群多样性,也抑制了拟杆菌等有益菌在大口黑鲈肠道内的分布.推测饲料组大口黑鲈生长较慢可能与其肠道菌群中拟杆菌与厚壁菌的比值下降有关.研究结果提示,在今后大口黑鲈养殖或者人工配合饲料研制过程中,添加拟杆菌等益生菌也许可促进大口黑鲈的生长和营养吸收.     

基于16S rRNA基因分析异育银鲫肠道微生物多样性

异育银鲫是我国主要淡水养殖鱼类之一.结合Illumina高通量测序技术和传统分离培养技术探究异育银鲫肠道菌群组成特点,以期为异育银鲫人工养殖环境的微生态调控技术开发提供指导.高通量测序分析结果表明,不投喂任何饵料的野生组和投喂商品化饲料的养殖组异育银鲫肠道微生物丰度及多样性水平差异不显著,但两组肠道菌群结构差异显著.在...     

不同脂肪源对卵形鲳鲹肠道微生物菌群的影响

为确定脂肪源种类对卵形鲳鲹肠道微生物结构和组成的影响,本研究通过高通量测序技术分析不同脂肪源对卵形鲳鲹肠道微生物菌群结构、多样性和差异性的影响。以鱼油、磷虾油、豆油、玉米油,1∶1鱼油-豆油、1∶1鱼油-玉米油、1∶1磷虾油-豆油和1∶1磷虾油-玉米油为主要脂肪源,配制了8种等氮等能的饲料投喂640尾卵形鲳鲹。测序结果显示,在卵形鲳鲹肠道内共获得1087662个序列,运算分类单元稀释曲线趋于平缓表明测序深度已经基本覆盖到样品中所有的物种。在门水平上,主要注释到拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和软壁菌门4个门,且变形菌门为优势菌群。不同脂肪源对ACE指数、Chao1指数、香农-威纳指数和辛普森多样性指数具有显著影响,磷虾油组和1∶1鱼油-豆油组具有较高的肠道微生物丰富度和多样性。主坐标分析和主成分分析表明,不同脂肪源对肠道菌群结构影响显著,这可能与脂肪酸种类和含量有关。本试验结果显示,不同脂肪源对卵形鲳鲹肠道微生物菌群具有显著影响。     

一种中草药复方和11种单方的体外抑菌效果及对大菱鲆肠道菌群的影响

用平板打孔法测定了一种中草药复方制剂YCJ及11种中草药单方水提液对11种鱼类致病菌和肠道菌的体外抑菌效果。试验结果显示,石榴皮、五倍子抑菌效果明显,其次为半枝莲,但败酱草、金银花等效果不明显;中草药复方制剂水提液对不同菌株表现出差异抑菌效果,其中对副溶血弧菌、哈维氏弧菌、金黄色葡萄球菌的抑制效果较好,其次为嗜水气单胞菌与爱德华氏菌,而对产气肠杆菌、奇异变形杆菌、鲁菲不动杆菌3种肠道细菌的抑菌效果不明显。利用中草药复方粉剂拌饲投喂患肠炎的大菱鲆,连续投喂30d,与普通饲料投喂组相比中草药投喂组鱼体的死亡率显著降低,计算其相对保护率为47%。同时,运用高通量测序方法研究了中草药投喂组大菱鲆在投喂前后肠道与肠道内容物中的微生物菌群结构变化情况,结果显示,中草药投喂后肠道及肠道内容物中的菌落丰富度略高于投喂前,且其菌落组成的均匀度也高于投喂前,不同样品中的细菌门类及相对丰度的统计结果显示,变形菌门与厚壁菌门是最主要的优势门类,占总菌群的90%以上。通过对各样品中目的优势细菌统计结果对比分析显示,在肠道内容物样品中乳杆菌目与芽孢杆菌目细菌比例在中草药投喂后的比例较投喂前有明显地提升,而弧菌目、假单胞菌目及支原体目细菌的比例有明显地下降,而在肠道样品中除了支原体目与假单胞菌目细菌比例有明显降低外,其他目的细菌比例无明显差异。研究结果表明,中草药复方制剂对大菱鲆肠炎的治疗效果良好,且可对大菱鲆肠道微生态菌群结构造成一定影响。     

5种海水养殖石首鱼类肠道菌群多样性的比较

为探究海水养殖石首鱼类肠道菌群的结构特征及种间差异,本研究采用基于Illumina Hiseq2500测序平台的高通量测序技术,对福建宁德三都澳养殖的5种石首鱼类(大黄鱼(Larimichthys crocea)、黄姑鱼(Nibea albiflora)、鮸状黄姑鱼(Nibea miichthyoides)、鮸鱼(Miichthys miiuy)、眼斑拟石首鱼(Sciaenops ocellatus))的肠道菌群进行了16S rDNA V3-V4区测序。各样本得到unique tags的数目在20351到43347之间,上述5种鱼类分别得到479、626、603、518和556个OTUs(operational taxonomic units),分类注释结果显示,这些OUT隶属33个门273个属。5种石首鱼类肠道内容物和肠道壁的样品均以变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)细菌为主要优势菌群,约占总菌量的70%,在大黄鱼肠道菌群中,螺旋菌门细菌占比达26.19%,也是其主要优势菌群;在属水平上,Bacillus、Photobacterium、Vibrio、Chryseobacterium、Sphingomonas、Pseudomonas等属细菌是5种养殖石首鱼类的主要类别。对养殖石首鱼类的肠道菌群多样性的分析表明,Shannon’s 群落多样性指数：黄姑鱼>鮸状黄姑鱼>眼斑拟石首鱼>鮸鱼>大黄鱼;各种鱼类的肠道内容物菌群的多样性均高于肠道壁;对不同鱼类间的肠道菌群差异性分析显示,大黄鱼与眼斑拟石首鱼之间肠道菌群的相似度要高于黄姑鱼、鮸状黄姑鱼和鮸鱼,而黄姑鱼、鮸状黄姑鱼和鮸鱼之间的相似度较高。综上所述,5种海水养殖石首鱼类肠道菌群中存在有自身特色的核心菌群,肠道菌群结构的差异与种类间的系统进化关系相似,证明肠道菌群结构与宿主遗传因素密切相关。     

饥饿胁迫对鳙肌肉品质及肠道健康的影响

为了解饥饿胁迫对鳙肌肉质构特性、常规营养成分、氨基酸组成及肠道微生物群落结构的影响，设置正常投喂组和饥饿组，对处于越冬前期的鳙（Aristichthys nobilis）开展78 d饥饿试验。结果表明，与正常投喂组相比，饥饿组鳙肌肉的硬度、黏性、咀嚼性、恢复性及水分含量显著提高，肌肉粗蛋白、粗脂肪及氨基酸含量显著降低（P<0.05）;2组间鳙肌肉弹性、灰分、蛋氨酸含量以及必需氨基酸、非必需氨基酸、鲜味氨基酸总量占氨基酸总量的百分比差异不显著（P>0.05）。此外，2组间肠道微生物群落结构差异显著，正常投喂组鳙肠道内容物菌群的Alpha多样性显著高于饥饿组（P<0.05）；在门水平上，正常投喂组优势菌群为变形菌门、放线菌门、蓝细菌门和拟杆菌门，饥饿组优势菌群为梭杆菌门、厚壁菌门、蓝细菌门、变形菌门和放线菌门；正常投喂组鱼变形菌门、放线菌门的比例显著高于饥饿组，梭杆菌门、厚壁菌门显著低于饥饿组（P<0.05）；饥饿组肠道鲸杆菌属、迪尔玛菌属、蓝细菌属的丰度显著增加（P<0.05）。指出，越冬前长期饥饿，会导致肌肉营养成分含量较少，肠道菌群多样性降低，菌群结构发...     

周期性缺氧应激对花鲈肠道菌群结构的影响

该研究基于Illumina MiSeq高通量测序技术,对周期性缺氧应激下花鲈(Lateolabrax maculatus)肠道菌群结构的变化进行分析,为研究其幼鱼肠道菌群对环境缺氧的适应机制提供参考依据。结果显示,周期性缺氧导致花鲈肠道菌群多样性和丰富度显著增加(P0.05),群落结构复杂化,缺氧组和常氧组群落组成存在较大差异。缺氧组肠道菌群分类操作单元相比常氧组显著增加(P0.05),其特有操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)数达1 003个。门分类水平上,变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门为2组肠道菌群的主要组成菌门。与常氧组相比,缺氧组变形菌门相对丰度显著降低(P0.05),而拟杆菌门相对丰度显著升高(P0.05);纲水平上,缺氧组α变形菌纲和芽孢杆菌纲相对丰度显著降低(P0.05),梭菌纲、γ变形菌纲和拟杆菌纲相对丰度显著升高(P0.05)。此外,周期性缺氧应激还引起花鲈肠道内厌氧绳菌科、毛螺菌科、瘤胃菌科等厌氧或兼性厌氧菌和绿硫菌科等光合产氧菌类相对丰度升高。     

不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群的结构差异

为了研究不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群结构的差异及其与养殖环境中菌群结构的相关性,采用Illumina Hi Seq PE250高通量测序的方法对健康、亚健康、典型黑身病和口服氟苯尼考条件下的斑石鲷肠道、养殖水体和颗粒饵料中的细菌多样性及群落结构进行了分析比较。结果显示,养殖水体中细菌多样性高于肠道和颗粒饵料。不同健康程度及氟苯尼考干预下斑石鲷肠道中细菌均以变形菌门、厚壁菌门和软壁菌门为主,且对应的操作分类单元(OTU)占样品全部OTU的比例均达到85%以上。黑身病的发生可影响斑石鲷肠道中丰度最高的前20种优势细菌种类的排名次序,其中变形菌门中的弧菌属的相对丰度显著增加,且随着弧菌属丰度的增加,斑石鲷的黑身病症状也逐渐加重。饵料中添加氟苯尼考投喂斑石鲷能使患病鱼肠道弧菌属的丰度从60.33%下降到1.29%,较大程度改变了肠道的菌群结构,并证实氟苯尼考有效防治黑身病。其次,养殖水体和颗粒饵料对斑石鲷肠道菌群也有一定影响,且养殖水体的影响高于颗粒饵料。本研究首次报道了斑石鲷肠道菌群结构,其研究结果为今后斑石鲷的健康养殖、疾病防控及其微生态学研究提供了参考依据和技术支撑。     

牙鲆(Paralichthys olivaceus)仔稚幼鱼肠道菌群结构比较分析

采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16SrRNA基因测序文库,共获得7462个OTU (Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属.对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群.在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80-115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道.本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律.