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相似文献
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1.
牙鲆基因组 (CAG)n微卫星 DNA 特征分析   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
通过磁珠富集法筛选牙鲆(Paralichthys olivaceus)的微卫星分子标记,采用限制性内切酶Sau 3A Ⅰ对牙鲆完整基因组DNA进行酶切;通过蔗糖溶液梯度离心,收集400~900 bp大小的片段,连接Brown接头,构建牙鲆基因组文库.用生物素标记的微卫星探针(CAG)15,对基因组文库进行杂交,利用磁珠富集含有微卫星的DNA单链序列,并对其进行PCR扩增;将扩增产物连接到pMD18-T载体后转入感受态大肠杆菌DH5α中,得到微卫星序列文库.利用大量质粒检测法进行二次筛选,成功地从牙鲆基因组中分离出含有CAG重复的微卫星序列,测序其中的3000个单菌落,获得2805个(占93.5%)含有微卫星序列的克隆,其中含有微卫星座位3120个,完美型1808个,占57.97%;非完美型226个,占7.25%;混合型1085个,占34.78%.从中选出186个微卫星序列设计120对引物并合成,经过筛选,74对引物可扩增清晰条带,其中68对呈多态性.  相似文献   

2.
剑尾鱼微卫星DNA的筛选   总被引:23,自引:4,他引:19       下载免费PDF全文
以剑尾鱼(Xiphophorus helleri)为材料,经MboⅠ限制性内切酶消化基因组DNA后,选取500~2 000 bp的片段连接到经BamHⅠ酶切的pUC18载体上,转化大肠杆菌DH5α构建部分基因组文库.采用设计合成的(AC)7、(GT)7重复序列为引物,PCR筛选部分基因组文库,对其中9个重组阳性克隆进行测序,结果共获得24个微卫星序列,其中Perfect(完美型)13个,占54.2%;Imperfect(非完美型)3个,占12.5%;Compound(混合型)8个,占33.3%.表明(AC/GT)n在剑尾鱼的基因组DNA中含量非常丰富.同时,根据其中3个克隆微卫星的侧翼序列设计引物,PCR扩增剑尾鱼基因组DNA,结果均扩增到目的片段.而且,这3对引物扩增出来的微卫星片段在非选育的剑尾鱼中显示出多态性,而在近交系19代则表现为单态,为剑尾鱼的实验动物化遗传研究提供了理论依据.  相似文献   

3.
FIASCO法筛选鳜鱼微卫星标记   总被引:7,自引:0,他引:7       下载免费PDF全文
通过FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)法构建鳜鱼(Siniperca chuatsi)基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA序列并对其特征进行分析。鳜鱼基因组DNA经MseⅠ限制性内切酶消化后,选取200~800 bp的片段与MseⅠ接头连接,用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)8、(CT)8、(AT)7、(GATA)8、(GATT)7与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEM-T载体上,转化至DH5α中,首次成功构建鳜鱼基因组微卫星富集文库。对其中100个阳性克隆进行测序,60个(60%)含有微卫星序列(GenBank Accession Number:DQ789247~DQ789306)。成功设计了47对鳜鱼微卫星引物,并合成21对引物进行PCR扩增,结果筛选出18个多态性微卫星标记。结果表明:FIASCO法能有效提高筛选微卫星标记的效率。本研究筛选的微卫星标记可以用于鳜鱼遗传背景分析和遗传连锁图谱构建,并将为鳜鱼基因组结构分析、标记辅助育种以及数量性状位点(QTL)基因的定位等研究提供候选微卫星标记。  相似文献   

4.
磁珠富集法分离草鱼微卫星分子标记   总被引:26,自引:0,他引:26  
孙效文 《水产学报》2005,29(4):482-486
磁珠富集法是一种快速、高效的分离微卫星分子标记的方法。本研究通过该方法分离草鱼的微卫星分子标记。将草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组DNA经Sau3AI酶切,同收纯化400~900bp片段,连上接头,构建“基因组PCR文库”。用生物素标记的简单重复序列(CA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,经一系列的洗涤过程,去除磁珠表面不含有微卫星的片段。将吸附在磁珠上的片段洗脱,PCR扩增放大,再进行克隆和测序,根据微卫星两端的保守序列设计引物,即可得到微卫星分子标记。本研究义通过同位素标记的探针(CA)15进行二次杂交筛选,获得阳性克隆132个,所得到的阳性克隆经测序,86.36%含有微卫星序列,共获得130个微卫星DNA序列。用引物设计软件Primer Premier5.0没计引物83对。  相似文献   

5.
青蟹微卫星DNA的筛选及特征分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用磁珠富集法,结合生物素标记的(CA)16寡核苷酸探针从青蟹基因组MboI酶切片段中筛选微卫星DNA序列.将得到的片段与pGEM-T Easy载体连接后转化克隆构建微卫星富集文库.经PCR筛选检测,对89个阳性克隆进行测序,其中52个克隆中含有64个微卫星,完全型占87.50%,重复次数超过11次的占78.12%.根据所获微卫星的侧翼序列设计并合成了30对引物,通过优化PCR反应条件,并在35只青蟹个体中进行PCR扩增检测,最终获得了10对具有多态性的引物,为进一步开展青蟹遗传多样性分析、遗传图谱构建等研究提供了基础资料.  相似文献   

6.
日本蟳微卫星富集文库的建立与多态性标记的筛选   总被引:2,自引:1,他引:1  
采用磁珠富集法筛选日本蟳微卫星分子标记。日本蟳基因组DNA经Sau3 AⅠ酶切后,收集400~1 200 bp大小的片段并纯化,利用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)15从中筛选出含有微卫星序列的DNA片段,连接到pMD18-T载体中,构建富集微卫星序列的基因组文库,经PCR检测筛选出阳性克隆进行测序。从随机挑选的970个菌落中筛选出369个阳性克隆进行测序,结果86.99%(321个)含有微卫星序列,其中完美型占80.54%,非完美型占15.95%,混合型占4.28%。除使用的探针AC重复外,还得到GA、CT等重复序列。共设计出102对微卫星引物,其中65对能扩增出清晰条带,27对具有多态性。同时筛选出的微卫星标记可为今后研究日本蟳的分子遗传育种提供有效的遗传标记。  相似文献   

7.
以湖北武汉和四川宜宾人工增殖放流的胭脂鱼子一代酒精浸泡鳍条样本为材料,提取完整基因组DNA,选用人工合成的生物素标记(AAAG)7探针,采用FJASCO(fast isolation by AFLP of sequences containing repeats)磁珠富集法构建胭脂鱼(Myxocyprirnus asiaticus)微卫星富集文库.以Msel-N引物组和设计合成的微卫星核心序列引物(AAAG)5,用双引物PCR法筛选含有微卫星的阳性克隆,从54个阳性克隆中共获得22个微卫星序列,其中完美型(perfect)共15个(占68.2%),非完美型(imperfect)6个(占27.3%),混合型(compound)1个(占4.5%);(AAAG/ITYC)n序列在胭脂鱼的基因组DNA中含量非常丰富.根据微卫星侧翼序列最终设计并合成了18对胭脂鱼微卫星引物,经其有效性检验后,可应用于胭脂鱼遗传多样性、种群遗传结构等进一步研究及人工增殖放流效果评估.  相似文献   

8.
应用磁珠富集法构建兰州鲇( Silurus lanzhouensis) CAG重复和GATA重复的微卫星文库,并分析其序列特征。兰州鲇基因组DNA经MseI酶切,选取200~800 bp的片段与生物素标记的探针(CAG)8和(GATA)6杂交,捕获到含有微卫星序列的目的DNA片段连接到pMD19-T载体,转化到大肠杆菌DH5α菌株中构建微卫星富集文库,经PCR检测筛选出阳性克隆进行测序。从126个阳性克隆中随机选取96个进行测序,获得59个微卫星序列( GenBank登录号: KJ545973~KJ545998, KJ598088~KJ598120)。其中完美型31个(52.54%)、非完美型20个(33.9%)、混合型为8个(13.56%)。根据侧翼序列,成功设计48对引物,选取25对微卫星引物在10个个体进行扩增与多态性筛选,共获得10对多态性引物。结果表明,经优化的磁珠富集法能够高效地获得兰州鲇微卫星标记,这些标记将为兰州鲇种质资源保护、微卫星连锁图谱构建、经济性状的QTL定位及分子标记辅助选育奠定基础。  相似文献   

9.
将牙鲆基因组DNA经限制性内切酶RsaⅠ和BstUI双酶切后采用FIASCO法构建酶切片段基因组文库。共挑取269个克隆,177个为阳性克隆,阳性克隆率为65.79%。经测序后获得191条微卫星序列,其中完美型占74.35%;非完美型占14.66%;混合型占10.99%。用引物设计软件Primer Premier 5.0设计引物153对,挑选其中的50对合成并在32个野生牙鲆个体中进行扩增,共31个位点具有多态性,统计结果后使用POPGENE软件进行分析,平均等位基因个数为3.939 4,平均有效等位基因数为3.052 2,平均观测杂合度为0.650 1,平均期望杂合度为0.586 6,各引物的Hardy-Weinberg平衡指数在0.012 587~0.984 917变动。这些筛选出的多态性微卫星标记可应用于进一步的牙鲆遗传多样性分析、家系分析及遗传图谱的构建等工作中。  相似文献   

10.
用PCR法快速筛选中国对虾含微卫星的重组阳性克隆   总被引:10,自引:3,他引:7       下载免费PDF全文
徐鹏 《水产学报》2001,25(2):127-130
运用PCR在中国对虾的小片段基因组文库中快速筛选含有微卫星序列的重组阳性克隆。PCR中使用的引物为载体pGEM-3(zf( )上多克隆位点两侧的T7/Sp6启动子引物和根据微卫星核心重复序列设计的STR引物:STR1:5‘-ATATATATATAT-3‘:STR2:5’-TCTCTCTCTCTC-3’,直接使用含有重组克隆的菌液,在PCR反应前增加一段裂解细菌的高温。筛选出来的含有微卫星序列的重组阳性克隆经DNA测序验证。结果证明,采用PCR方法用菌液快速筛选含有微卫星序列的重组阳性克隆完全可行,而且具有简便、快速、高效、不涉及同位素操作等优点。  相似文献   

11.
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)和鳙(Aristichys nobilis)是中国特有的四大家鱼中2个重要成员,主要分布于黑龙江、长江和珠江水系.传统人工养殖依靠天然鱼苗.但是,人口增长和人类经济活动加剧使其天然产卵和孵化场消失或遭到破坏.人工育苗技术虽然解决了鱼苗供应问题,但由于遗传资源管理和使用方法的不完善,使两种鱼的生长表现、抗病抗逆性和遗传多样性等都有明显的降低.另外,因洪水导致的养殖个体逃逸也使天然群体的遗传多样性受到干扰.近年来,比较大规模的人工鱼苗放流实践也加剧了对天然群体遗传多样性的扰动.对这些问题的深入研究迫切需要一套适用的分子标记.为评价鲢和鳙的遗传多样性、确定它们的遗传分化和地理分化、科学合理地管理和开发利用遗传资源,本研究构建了富集GT微卫星序列的基因组短片段文库.随机选择并测序的97个克隆中有87个含有微卫星序列.根据其中的21条序列,设计了22对微卫星标记引物并用来分析了在长江荆州段捕获的32尾野生鲢和7尾野生鳙的遗传多样性.所有标记引物在两种鱼中通用.在全部样品中共发现129个等位基因.每位点等位基因数在3~10个,平均5.9个.不同标记揭示的遗传多样性指数在0.33~2.00,平均1.22.由于使用的鱼个体数少,如鳙,只有7个个体,样品也只来源于长江荆州江段.本研究无法基于两种鱼的天然分布,对两种鱼的遗传分化、地理种群多样性比较、养殖群体和天然群体差异等问题进行深入分析.但是,这组标记的研制将有助于这2个中国特有经济鱼种的遗传多样性分析、遗传资源的管理及开发利用等相关研究.本研究中,微卫星DNA标记的研制使用了固定有微卫星核心序列的磁珠.这样的磁珠与两端接有已知序列的DNA片段杂交能富集出含有微卫星核心序列的片段.通过扩增和连接转化,可方便地获得大量含微卫星核心序列的片段.与已有的方法不同的是,本研究用AFLP方法的某些步骤使片段两端加上已知引物序列,方便易行.迄今,这两种鱼还没有微卫星标记连锁图谱.构建这样的图谱是本项目研究的长远目标.  相似文献   

12.
为评估长江江苏段鳙(Aristichthysnobilis)增殖放流效果,本研究基于微卫星标记的亲子鉴定技术,选用10对扩增效果稳定的微卫星荧光标记引物,结合毛细管电泳对江苏省内良种场563尾鳙亲鱼和长江江苏段687尾回捕鳙进行基因分型,并对位点多态性及亲子鉴定结果进行了分析。结果表明,各位点等位基因介于19~55之间,其观测杂合度为0.530~0.909(平均值为0.748),期望杂合度为0.818~0.929(平均值为0.882),多态性信息含量为0.797~0.924 (平均值为0.871); Cervus3.0模拟结果显示,当双亲未知且置信度为95%时, 10个微卫星位点的累积非亲权排除率为99.996%。亲子鉴定结果发现,所有回捕鳙中有42尾与亲本之间存在亲子关系,被确认来源于鳙增殖放流群体,并由此推算此次评估亲本的放流子代对长江江苏段野生群体的贡献率为6.11%。结果显示该研究进行的鳙亲子鉴定技术可为长江鳙增殖放流效果评估工作提供可靠的数据支撑,为长江渔业资源管理提供参考资料。  相似文献   

13.
磁珠富集法筛选方正银鲫的三、四核苷酸重复微卫星DNA   总被引:1,自引:0,他引:1  
通过生物素磁珠富集法开发方正银鲫(Carassius auratus gibelio (Bloch))三、四核苷酸重复的微卫星,并与传统的放射性同位素杂交法相结合,进行二次筛选微卫星分子标记.结果显示:对652个阳性克隆进行测序分析,获得微卫星序列800个,其中完美型542个(67.75%),非完美型140个(17.5...  相似文献   

14.
Microsatellites have become the preferred molecular markers for strain selection and genetic breeding in fish. In this study a total of 105 microsatellites were isolated and identified in gibel carp (Carassius auratus gibelio) by microsatellite sequence searches in GenBank and other databases and by screening and sequencing of positive clones from the genomic library enriched for AG and GATA repeats. Moreover, nineteen microsatellites were randomly selected to design locus-specific primer pairs, and these were successfully used to identify and discriminate different cultured strains of gibel carp including strains A, D, L, and F. Three different types of microsatellite pattern were distinguished by the number and length of fragments amplified from the 19 primer pairs, and some microsatellite primer pairs were found to produce different microsatellite patterns among strains and strain-specific fragments. In addition, some duplicated alleles were also detected in two microsatellite patterns. Therefore, the current study provides direct molecular markers to discriminate among different cultured strains for selective breeding and aquaculture practice of gibel carp.  相似文献   

15.
富营养化湖泊围栏养殖鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)控制蓝藻水华在生物操纵示范中得到了广泛应用。在2004和2005年,研究了太湖梅梁湾生态修复区内大型生物控藻围栏中鲢鳙的季节生长特征,分析了影响其生长的因素。结果表明,鲢鳙生长受养殖密度的影响...  相似文献   

16.
太湖梅梁湾大型生态控藻围栏内鲢鳙的生长特征   总被引:1,自引:0,他引:1  
富营养化湖泊围栏养殖鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)控制蓝藻水华在生物操纵示范中得到了广泛应用。在2004和2005年,研究了太湖梅梁湾生态修复区内大型生物控藻围栏中鲢鳙的季节生长特征,分析了影响其生长的因素。结果表明,鲢鳙生长受养殖密度的影响很大,鲢在养殖密度低的2004年和养殖密度高的2005年的日均增重分别为6.07 g和4.30 g,鳙则分别为11.29 g和5.09 g。鳙的生长速度比鲢快,但受密度影响的程度比鲢大。从季节变化来看,鲢属于单峰型生长,生长速度和水温显著正相关;而鳙一年中呈现出2个生长高峰期,分别在5~6月和9~10月,夏季爆发的蓝藻水华对鳙的生长速度有所抑制。为使当年投放的鱼苗在年底能达到出售的商品规格,太湖梅梁湾水域围栏养殖鲢鳙的初始鱼苗投放密度应低于12 g/m3。  相似文献   

17.
Several outbreaks of Streptococcus agalactiae infection of bighead carp (Aristichthys nobilis) were observed in China. The molecular epidemiology and pathogenicity of S. agalactiae in bighead carp and tilapia (Oreochromis sp.) is poorly understood. In the present study, we identified S. agalactiae strains isolated from diseased bighead carp using the API 20 Strep kit and 16S rDNA sequencing and determined whether these strains came from tilapia. Of the 46 identified S. agalactiae strains, 24 strains were successfully isolated from diseased bighead carps, 20 S. agalactiae strains were isolated from tilapia, and two S. agalactiae strains were isolated from tiger frog (Hoplobatrachus chinensis). The results of molecular typing, including multilocus sequence typing, molecular serotyping, surface protein gene detection, and virulence-related gene detection showed that the 44 strains from bighead carp and tilapia were highly similar, whereas different from tiger frog GBS strains. Remarkably, the bighead carp strain Hn1404 showed high virulence in bighead carp and zebrafish. Moreover, this strain was pathogenic to Nile tilapia (Oreochromis niloticus). In addition, comparative genomic analysis showed that isolate Hn1404 had a close relationship with the bighead carp and tilapia S. agalactiae strains. All the analyses of the genetic characteristics of bighead carp and tilapia strains showed that tilapia S. agalactiae strains could be transmitted to other fish species such as bighead carp.  相似文献   

18.
为了解滤食性鱼类的消化生理指标及其生态适应性,2005年1-10月,调查了太湖梅梁湾生物控藻围栏中鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)在不同生长阶段的比肠长和比肝重指数的动态变化,分析了比肠长和比肝重与温度、体长、体重以及饵料组成的关系。结果表明,鲢、鳙比肠长和比肝重的季节变化都非常明显,比肠长均值分别为9.66和5.73,夏季的比肠长均明显增大。总的来看,鲢的比肠长和季节变化幅度均大于鳙,表明在滤食和消化浮游植物上,鲢具有更强的环境适应能力;鲢、鳙的比肠长与水温显著正相关(鲢P<0.01;鳙P<0.05),而与体长、体重以及饵料组成的相关性不显著;温度导致的摄食强度变化应是鲢、鳙比肠长季节变化的主要原因。鲢、鳙的比肝重均值分别为1.57%和1.91%,鳙的比肝重明显大于鲢,这可能与鳙摄食更多的浮游动物有关;鲢、鳙的比肝重与温度、体长、体重以及饵料组成均有显著的相关性(P<0.05),表明生物个体的形态特征与其所利用的资源环境有非常紧密的联系。  相似文献   

19.
Abstract— Alternative fish species that can be cultured together with catfish Ictalurus punctatus provide an opportunity to diversify caffish farms. A 2-yr study was conducted in 0.10-ha earthen ponds to evaluate the effect of bighead carp (BHC) stocking density on growth, yield, dressout yield, and net returns. Initially, bighead carp (average weight of 22 g) were stocked at rates of 380, 750, or 1,130 fishha in ponds with catfish. Caffish were cultured under commercial conditions by stocking caffish at a density of 12,500/ha, aerating nightly and feeding at an average rate of 82 kgha per d. Stocking rates for 2-yr-old fish were reduced to 77, 260, and 435/ha in the second growing season. There were no significant differences among treatments ( P > 0.05) in summer growth of bighead carp in either year. Bighead carp stocked at 1,130 fishha had significantly higher yields than those stocked at 380/ha, but did not reach minimum market size of 2.2 kg during the first year ( P > 0.05). There were no significant differences ( P > 0.05) in caffish growth, yield, survival, or feed conversion ratios due to the bighead carp stocking densities. Partial budget analysis indicated that net benefits were positive for all three treatments over a range of prevailing prices of bighead carp. Bighead carp production in catfish ponds is economically feasible over a wide range of prices. Given the market risk of producing smaller fish at the higher density, the medium density is the preferred stocking density of fingerling bighead carp in catfish ponds.  相似文献   

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