RAPD分析野生和养殖三角帆蚌的遗传多样性

用150个随机引物对野生三角帆蚌和养殖三角帆蚌进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析，最终筛选出2．0个引物，分别能扩增出1-10条大小不等的片段，片段长度在500—2000bp之间。野生三角帆蚌和养殖三角粤蚌的种内相似系数分别为0．787和0．833，显示野生种群基因组发生的变异较养殖种群大。野生三角帆蚌和养殖三角帆蚌种群间遗传距离为0．054，表明三角帆蚌野生和养殖种群亲缘关系比较接近。     

北盘江光唇裂腹鱼种群基因组DNA遗传多样性的AFLP分析

为了解珠江水系北盘江光唇裂腹鱼(Schizothorax lissolabiatus)种群遗传多样性的现状,采用8个引物组合对其30尾个体进行了全基因组DNA扩增片段长度多态性AFLP分析。每个引物组合扩增片段数在8～73之间,扩增片段长度为69～500 bp,基因型数为28～30。8个引物组合共计检测出扩增位点975个,平均每个引物组合扩增出121.88个位点;其中多态性位点897个,多态位点比例为92.00%。观测等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、Nei遗传多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)平均值分别为1.912 3、1.369 0、0.227 1和0.357 5。个体间遗传距离为0.214 7～0.410 9,平均为0.304 0。基于个体间遗传距离构建的UPGMA和NJ系统树具有相似的拓扑结构,均显示30尾光唇裂腹鱼聚为两支,可能分别来源于两个亚群体。北盘江光唇裂腹鱼种群遗传多样性丰富,但由于受水电站建坝、水质污染、过度捕捞等因素的影响,该种群的分布区已缩小,种群数量减少,种群遗传变异离散程度较低并存在着等位基因丢失的现象,应采取措施恢复北盘江光唇裂腹鱼的种群数量,保护其遗传多样性。     

用RAPD技术研究3种鳗鱼的种质鉴定

利用RAPD技术从32个随机引物中筛选出20个引物,对日本鳗(Anguillajaponicus)、欧洲鳗(Anguillaanguilla)和美洲鳗(Anguillarostrata)的DNA进行扩增,均得到1～13条大小不等的DNA片段,长度大部分在500～2300bp,其中14个引物共扩增出37个特异性标记,可用来区分这3种鳗鱼。日本鳗和欧洲鳗和美洲鳗种群内相似系数分别为0.885,0.717,0.686;种间遗传距离分别为:日本鳗和欧洲鳗0.747,日本鳗和美洲鳗0.668,欧洲鳗和美洲鳗0.211。这与形态学分析的结果相一致。     

中华虎头蟹线粒体16S rRNA和 COⅠ基因的序列比较及其系统进化分析

为研究中华虎头蟹野生群体的种质资源及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得中华虎头蟹线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。16S rRNA和COⅠ基因片段的A+T平均含量分别为67.7%和61.4%,A+T含量显著高于G+C含量。长度为515 bp的16S rRNA基因片段共检测出单倍型4种,多态性位点4个,均为单一变异位点;长度为653 bp的COⅠ基因片段共检测出单倍型11种,多态性位点23个,其中简约信息位点5个和单一变异位点18个。COⅠ基因片段比16S rRNA基因片段具有较大的变异,更适于中华虎头蟹种群的遗传多样性分析。基于16S rRNA和COⅠ基因片段的遗传距离与系统进化分析结果一致,表明中华虎头蟹与梭子蟹科的蟹类亲缘关系最近,方蟹科与沙蟹科的蟹类聚为一支,与传统分类结果基本一致;而脊椎动物2个基因片段的系统进化分析结果不一致。根据16S rRNA基因片段的遗传距离推测出4科7种蟹的大致分化时间发生在古新世至始新世。     

5种石斑鱼遗传差异的RAPD分析

运用随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）技术对鞍带石斑鱼（Epinephelus lanceolatus）、驼背鲈（Cromileptes altivelis）、棕点石斑鱼（E.fuscoguttatus）、斜带石斑鱼（E.coioides）和鲑点石斑鱼（E.fario）的遗传多样性及系统发生进行了研究。从120个RAPD随机引物中筛选出扩增效果好的引物19个,分别用于5种石斑鱼基因组DNA的扩增。结果显示,5种石斑鱼平均多态性位点比率（P）分别为64.23%,72.61%,60.34%,69.97%,73.94%;个体间平均遗传相似系数（S）分别为0.8238,0.8110,0.8345,0.8277,0.8064;平均遗传距离（D）分别为0.1762,0.1890,0.1655,0.1723,0.1936;平均Nei基因多样性指数（H）分别为0.1189,0.1364,0.1028,0.1439,0.1648;平均Shannon信息指数（Hi）分别为0.1801,0.1992,0.1530,0.2100,0.2434。5个种间的遗传距离（Dxy）在0.3964～0.6085之间。     

草鱼、赤眼鳟及其杂交F1遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD-PCR分子标记技术分析了草鱼、赤眼鳟及其正、反交子一代的遗传多样性。从100条引物中筛选出13条扩增效率高、多态性高的有效引物,对4个群体共120尾个体样本进行扩增,获得115个基因位点,扩增产物大小集中在300~3 000 bp,草鱼、正交F_1、赤眼鳟和反交F_1多态位点率分别为85.22%、77.39%、80.87%和70.43%,Shannon信息指数分别为0.392 4、0.396 9、0.443 3和0.358 3。结果表明,赤眼鳟的遗传多样性最丰富,正交F_1的遗传多样性优于草鱼,反交F_1的多样性最差。遗传同源性和遗传距离聚类分析表明,正交F_1和反交F_1与赤眼鳟的遗传关系更近。种群平均遗传分化指数为0.302 6,表明4个群体之间的遗传分化程度较高,30.26%的变异来源于群体间。     

三种体色黄鳝的RAPD分析

采用20个随机引物对洞庭湖区三种不同体色的黄鳝群体(分别以A、B、C区分)进行随机扩增多态性DNA分析。结果12个引物的扩增效果良好,统计学分析表明,黄鳝A与黄鳝B的遗传距离较小(0 054107)且与A、B两个群体内的遗传距离(分别为0 045000、0 038217)相近,说明黄鳝A、B两个群体的遗传差异不明显;而黄鳝C与黄鳝A的遗传距离(0 123654)以及黄鳝C与黄鳝B的遗传距离(0 134074)均明显大于黄鳝A与黄鳝B的遗传距离,且由引物S326和S462扩增出的5条特异性谱带可以作为区分黄鳝C与黄鳝A、B两个群体的遗传标记,说明黄鳝C与黄鳝A、B两个群体之间遗传差异性十分明显。     

平胸龟遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD技术对平胸龟(Platysternon megacephalum Gay)的遗传多样性进行了分析,用27个随机引物对福建寿宁平胸龟21个个体的基因组DNA进行了PCR扩增,共扩增出5187条DNA片段,平均每个个体扩增出247条带。在检测到的247条带中,多态性条带为141条,多态性条带百分比为55.97%(25.0%~88.89%),条带大小在100bp~2000bp之间,21个个体间遗传距离为0.0972~0.3198,平均遗传距离为0.1750±0.0387,表明平胸龟具有较高的遗传多样性水平。采用类平均聚类法(NJTREE)构建了21个个体相互关系的分子聚类图,表明该地区平胸龟并没有形成种群的分化。     

福建官井洋大黄鱼AFLP指纹多态性的研究

对福建官井洋大黄鱼(Pseudosciaenacrocea)野生种群和2个养殖群体进行5对选择性引物(共37个标本)的AFLP分析。结果表明,共检出503个不同的扩增片段(50～450bp),每对引物扩增出的片段数目为76～155个;在5对引物检出的扩增片段中,101个(20.1%)为全部37个受试个体共有,312个(62.0%)为部分野生与养殖个体共有,53个(10.5%)仅见于野生个体,37个(7.4%)仅见于养殖个体,养殖群体中出现野生种群所没有的扩增片段;野生种群、养殖1、养殖2多态片段比例分别为76.6%、70.6%、69.2%,遗传差异度分别为0.2464、0.2322、0.2299,养殖群体多态片段比例与个体间的遗传差异度均低于野生种群。养殖群体的遗传多样性水平较低,遗传变异相对贫乏。     

花鲈养殖群体随机扩增DNA多态性分析

利用RAPD技术检测了象山港养殖花鲈种群内的基因组DNA的多态性。从100个10bp随机引物中筛选出25个随机引物,共扩增了165个位点,平均每条随机引物能够扩增出6.6个位点。165个位点中有80个位点表现出多态性,多态位点比率为48.48%。遗传相似度为0.8815,遗传距离为0.1185。表明目前象山港养殖花鲈种群内具有较高遗传多样性,花鲈的人工养殖具有很大的发展前景。     

马氏珠母贝大亚湾和三亚野生种群内自繁及种群间杂交一代的RAPD分析

运用RAPD技术分析了广东大亚湾野生种群内繁殖一代DDl群体和海南三亚野生种群内繁殖一代SSl、两野生种群间杂交一代DS1群体各18个个体的遗传多样性。筛选的28个含10碱基的随机引物中，其中11个随机引物可产生稳定和可重复的多态扩增结果，共检测出86个位点，其中DDl群体有74个基因位点，其中56个表现多态，多态比例为75．68％；SSl群体79个基因位点，其中57个表现多态，多态比例是72．15％；DSl群体有72个基因位点，其中64个表现多态，多态比例为88．89％。用修正的Shannon表型多态性指数量化3个群体的遗传多态性，DDl、SSl和DS13个群体的遗传多态性分别为0．2280，0．2ll5和0．2456。不同地理种群间杂交能够增加子代的遗传多态性。     

不同海区养殖的马氏珠母贝珍珠质颜色比较

为探讨不同环境对珍珠质颜色的影响,本研究将遗传背景相同的马氏珠母贝分布于海南黎安、广东流沙、广西北海和广西防城4个不同的海区养殖.一年后,用CSE-1型成像色度仪测量4个区域贝壳珍珠质的颜色,记录相应的颜色参数Lab值.结果显示,不同海域养殖的贝壳珍珠质颜色显示了不同的特征,其中广西北海、广西防城和海南黎安这3组贝壳珍珠质颜色较为接近,均表现为明度高、偏黄绿;而广东流沙与这3个地区的色差较大,表现为明度低、黄绿杂色浅、偏白色的特征.     

合浦珠母贝双列杂交家系的建立与遗传分析

以采自广西北海(B)、广东徐闻(X)、海南三亚(S)的3个不同养殖群体的合浦珠母贝为亲贝,按照完全双列杂交的方式,建立了9个交配组合,每个组合10个家系,共90个家系。出苗经60d养殖后,比较各家系的育种值,并对家系进行综合评价。结果表明:壳长的Kung育种值大于20的家系有8个,分别为BX2(表示北海♂×徐闻♀的2号家系,余依此类推)、BX9、BB4、BB5、BB8、BS9、XS3、SB8,其中XS3的壳长及壳宽的Kung育种值和综合评定值均最大,XX3最小。BB4和XS3的综合评定值大于1。壳长的一般配合力为三亚群体17.40,徐闻17.45,北海18.27;壳高为三亚14.74,徐闻14.79,北海15.54。壳长的特殊配合力为三亚—徐闻17.75,三亚—北海18.27,徐闻—北海18.12;壳高为三亚—徐闻14.98,三亚—北海15.51,徐闻—北海15.46。壳长的平均杂种优势为三亚—徐闻1.41,三亚—北海0.96,徐闻—北海0.67;壳高为三亚—徐闻1.13,三亚—北海1.60,徐闻—北海1.19。表明北海的亲本较好。     

马氏珠母贝不同地理种群内自繁和种群间杂交子一代主要性状的比较

为了培育马氏珠母贝新品种，开展了不同地理种群内自繁和种群间杂交的工作，获得了3个自繁群体和3个杂交群体，BB1、DD1和SS1分别来自北海野生种群(BW)、大亚湾野生种群(DW)和三亚野生种群(SW)自繁一代；BDl、BS1和DSl分别来自BW与DW、BW与SW以及DW与SW杂交一代。运用方差分析对6个子一代群体的5个主要性状(壳长、壳宽、壳厚、总体重和壳重)进行了比较，3个杂交群体未表现出杂种优势。但获得的6个群体将成为进一步选育的基本群体。子一代的变异性增加为进一步选育奠定了基础。     

大珠母贝两个野生群体遗传多样性的微卫星分析

利用6对微卫星DNA分子标记对三亚和北海的大珠母贝群体进行遗传多样性分析。结果表明，两个群体的平均等位基因数A分别为10．5和9．7，平均有效等位基因数N。为7．0和6．3，平均观察杂合度Ho为0．588和0．445，平均期望杂合度Hc为0．859和0．828，平均多态信息含量PIC为0．853和0．796；卡方检验发现只有位点Pmx＋022、Pmx16—41和Pmxl6—23在三亚种群中Har—dy—Weinberg平衡偏离不显著（P〉O．05），其他位点在两个种群都有不同程度的偏离。     

合浦珠母贝微卫星DNA标记分离与分析

采用生物素标记的（CA）15、（AG）12、（ACA）15、（GATA）8、（GATT）75个探针和磁珠富集法构建马氏珠母贝（Pinctada martensii Dunker）基因组微卫星富集文库。随机挑选500个进行PCR筛选，得到138（27．6％）个候选克隆，测序分析发现130个克隆含有微卫星基重复单元。进一步通过序列比对，最终获得109个具有特异微卫星序列的阳性克隆，其中包含179个微卫星DNA结构域。获得的微卫星序列中，属于完全型序列的有154条，不完全型重复型序列有19条，复合型重复序列有6条。序列长度为70～490bp，平均295bp。微卫星核心序列两碱基重复3到39次，绝大多数序列重复次数大于10。基于微卫星两端的侧翼序列设计并获得了13对能够在马氏珠母贝基因组有效扩增的微卫星引物。本研究旨为进一步开展马氏珠母贝分子育种及资源评价分析提供基础资料。     

7种珍珠贝RAPD鉴别标记的初步研究

采用RAPD分子标记技术对珠母贝属的大珠母贝、珠母贝、黑珠母贝、白珠母贝、合浦珠母贝、长耳珠母贝和珍珠贝属的企鹅珍珠贝的基因组DNA的特异性遗传标记进行分析。从21个OPM和S系列中筛选出4个引物,共扩增出57个位点,每条引物平均产生14·3个位点。扩增片段大小在250~2000bp间,平均每种贝每条引物产生4·9条带。其中引物S10对7种珍珠贝的RAPD产物呈现出物种的特异性,可同时将7种珍珠贝分开,其余引物可以将2种或2种以上的珍珠贝区别开来。引物S10可以作为种间鉴定的标记。     

马氏珠母贝正常贝肉与黑壳病贝肉成分对比

为了研究黑壳病造成马氏珠母贝肉成份的变化,首先采用水蒸气蒸馏法分别提取正常马氏珠母贝和黑壳病马氏珠母贝肉的挥发性成份进行分析,正常马氏珠母贝肉检测出58种,黑壳病贝肉检测出59种。但黑壳病贝肉中仅有7种化合物与正常贝肉的挥发性成分相同。在黑壳病贝中,含量较高的成分有二十一烷和十八醛,分别为18.52%和17.95%,但在正常贝肉未检出。其次,采用茚三酮作柱后衍生试剂测定氨基酸的方法检测正常马氏珠母贝和患黑壳病的马氏珠母贝肉中牛磺酸的含量,结果分别为72.47mg/g、72.75mg/g,牛磺酸含量基本一致。通过分析黑壳病引起马氏珠母贝体内挥发性成分和牛黄酸成分变化,为研究马氏珠母贝患黑壳病的病变机理提供一定的科学依据。     

广东和广西地区野生文蛤的遗传多样性

以产于广东和广西两省海区的7个野生文蛤(Meretrixmeretrix)群体为实验对象,结合形态特征、生长性能分析与核基因DNA的RAPD标记,对其遗传多样性进行系统研究,结果表明,在贝壳形态方面,广西各群体的平均壳长、平均壳高、平均壳宽、壳重和总重都明显大于广东群体(P<0.01);在生长性能方面,广西群体的壳宽系数、壳重指数、肥满度指数也高于广东群体(P<0.01)。RAPD分析共筛选了120个随机引物,其中,61种引物呈阳性反应,至少10种引物的扩增带表现出丰富、稳定的多态性。本实验用10个随机引物扩增出78个位点;平均每个引物在每个个体扩增出3.32条带。其中,引物8747对汕尾群体无扩增带。各群体的多样性指数为0.2088～0.2594,多态位点比例为85.71%～94.74%。群体间的遗传距离为0.0271～0.2195,相对而言,地理位置相隔越远,遗传距离越大。     

罗氏沼虾浙江养殖群体与缅甸自然群体遗传差异的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术，对浙江省罗氏沼虾养殖群体和新引进的缅甸自然群体的遗传差异进行了比较分析，以期从分子水平了解罗氏沼虾的种群遗传多样性背景及与引种的关系。采用经筛选的22个10bp的随机引物对罗氏沼虾两群体各20尾进行群体RAPD分析。22个引物共检测到139个位点。养殖群体的多态位点比例为30．22％，群体平均杂合度为0．2646，Shannon多样性指数为0．0780，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9353，遗传距离为0．0647；自然群体的多态位点比例为33．81％，群体的平均杂合度和Shannon多样性指数分别为0．2888和0．0940，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9201，遗传距离为0．0799；两群体之间的遗传距离为0．1845。自然群体的遗传多样性水平比养殖群体要高。利用随机引物S9和S52，在罗氏沼虾两群体间扩增出2条稳定、明显的群体间特异性标记带。