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相似文献
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1.
为了在遗传分析研究中提高效率并节约成本,本研究从已报道的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)微卫星位点中选取多态性较高的位点,基于各位点的扩增片段大小及退火温度等因素进行微卫星位点的组合.通过不断优化位点组合、反应体系及反应程序,成功建立了1个五重、2个四重和1个三重PCR反应体系,并将其应用于11个凡纳滨对虾家系的亲权鉴定.结果显示,四组多重PCR体系中的16个微卫星位点在11个凡纳滨对虾家系中的平均等位基因数(Na)为6,平均多态信息含量(PIC)为0.5813,平均观测杂合度(Ho)为0.513,平均期望杂合度(He)为0.636.利用Cervus3.0软件,对已知系谱关系的11个凡纳滨对虾家系进行亲权分析,其第一亲本累积排除率(CE-1P)、第二亲本累积排除率(CE-2P)和双亲累积排除率(CE-PP)分别为0.99525487、0.99990862和0.99999986.进一步分析表明,当同时使用四组多重PCR体系进行亲权分析时,其模拟配对率和亲权鉴定准确率均为100%,全同胞和半同胞家系鉴别效果良好,表现出准确的鉴别能力.本研究所建立的四组凡纳滨对虾微卫星多重PCR体系均可为后续的凡纳滨对虾遗传多样性分析和亲权鉴定提供高效、准确的检测手段.  相似文献   

2.
为了在遗传分析研究中提高效率并节约成本,本研究从已报道的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)微卫星位点中选取多态性较高的位点,基于各位点的扩增片段大小及退火温度等因素进行微卫星位点的组合。通过不断优化位点组合、反应体系及反应程序,成功建立了1个五重、2个四重和1个三重PCR反应体系,并将其应用于11个凡纳滨对虾家系的亲权鉴定。结果显示,四组多重PCR体系中的16个微卫星位点在11个凡纳滨对虾家系中的平均等位基因数(Na)为6,平均多态信息含量(PIC)为0.5813,平均观测杂合度(Ho)为0.513,平均期望杂合度(He)为0.636。利用Cervus3.0软件,对已知系谱关系的11个凡纳滨对虾家系进行亲权分析,其第一亲本累积排除率(CE-1P)、第二亲本累积排除率(CE-2P)和双亲累积排除率(CE-PP)分别为0.99525487、0.99990862和0.99999986。进一步分析表明,当同时使用四组多重PCR体系进行亲权分析时,其模拟配对率和亲权鉴定准确率均为100%,全同胞和半同胞家系鉴别效果良好,表现出准确的鉴别能力。本研究所建立的四组凡纳滨对虾微卫星多重PCR体系均可为后续的凡纳滨对虾遗传多样性分析和亲权鉴定提供高效、准确的检测手段。  相似文献   

3.
凡纳滨对虾SNP标记开发与家系亲缘关系验证分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
本研究基于转录组序列开发了37个SNP标记,并对22个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)家系进行了遗传多样性、家系聚类和亲子鉴定分析,探讨SNP标记在对虾家系选择育种中的应用途径。结果显示,37个SNP位点在凡纳滨对虾22个家系中的平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为0.38和0.34;平均多态信息含量(PIC)为0.30,属于中度多态性(0.25相似文献   

4.
王佳佳  王琼  秦桢  陈耀辉  李健  李吉涛 《水产学报》2023,47(6):069606-069606
为了探究SSR标记对凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体遗传结构的影响,为凡纳滨对虾种质资源的遗传改良提供基础信息。实验利用MISA软件对凡纳滨对虾全基因组SSR位点进行搜索,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳获得多态性高的SSR标记,基于POPGENE 1.32、PIC-CALC和Mega 6.0软件分析6个不同来源的凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体结构特征。在凡纳滨对虾全基因组数据中共鉴定出10 453 975个微卫星,约占基因组序列总长度的18.56%,其中,二碱基微卫星最丰富,占总数的82.15%。利用具有多态性的14个SSR标记分析3个国内群体[桂海1号(CG)、海兴农2号(CH)和山东养殖群体(CT)],及3个国外群体[厄瓜多尔1号(FO)、厄瓜多尔2号(FT)和墨西哥群体(FM)]的遗传特征。结果显示,14个SSR标记在6个群体中共检测到208个等位基因变异,等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态性信息含量的范围分别为6~25、0.112~0.994、0.234~0.925和0.226~0.918;遗传多样性丰富程度为CH>FO>FM>CT>FT>...  相似文献   

5.
微卫星DNA标记用于三疣梭子蟹家系亲子关系的鉴定   总被引:4,自引:0,他引:4  
以定向交尾技术构建的4个谱系清晰的家系为材料,检测两对微卫星标记Pot17和Pot42在三疣梭子蟹家系鉴别中的应用效果。结果表明,两个位点在4个家系的5个已知父母本和98个后代中共检测出11个等位基因,其中Pot17位点6个,Pot42位点5个。分析显示,上述检出的等位基因频率在0.0291和0.3592之间,Pot17和Pot42位点的期望杂合度分别为0.7740和0.7577,观测杂合度分别为0.6214和0.6796,多态信息含量分别为0.7373和0.7129。根据已知亲本和子代基因型,推断出了4个家系全部亲本的基因型。Pot17和Pot42微卫星标记具有达0.995的较高累积个体识别率,可以用于三疣梭子蟹的亲子关系鉴定。  相似文献   

6.
凡纳滨对虾遗传多样性的SSR分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
通过对5个SSR位点的聚合酶链式反应(PCR)扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色检测,探究凡纳滨对虾群体的遗传多样性.结果表明,供试的凡纳滨对虾群体在5个SSR位点上有2~4个等位基因,平均等位基因数3个,平均杂合度0.5755,平均多态信息量0.4864,平均有效等位基因数2.5053.全群基因纯合度0~0.8,平均0.3917.显示该凡纳滨对虾群体的遗传多样性水平处于中度多态.  相似文献   

7.
利用微卫星标记高效鉴定松浦镜鲤的亲缘关系   总被引:1,自引:0,他引:1  
用37尾雌和14尾雄松浦镜鲤Cyprinus carpio Songpu构建37个血统明确的全同胞家系,同池、同条件养殖。用筛选出的9个多态性微卫星标记和建立的多重PCR检测方法进行子代群体(1 318尾)的亲权鉴定。9个位点共检测到53个等位基因,各位点均为高度多态(PIC0.5),平均期望杂合度为0.742,观测杂合度为0.755。亲本基因型信息的模拟分析显示,利用9个标记将子代分配到亲本对的成功率可达100%。实际鉴定结果:1 287尾个体准确鉴定到配组的亲本对,鉴定成功率为97.6%。以上结果表明:本研究提供的标记和检测方法可用于松浦镜鲤的亲本遗传距离分析和家系亲缘追溯,也适用于群体遗传多样性监测。  相似文献   

8.
微卫星DNA技术用于中国对虾家系构建中的系谱认证   总被引:7,自引:0,他引:7       下载免费PDF全文
用6个微卫星标记对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)的5个家系进行系谱鉴别和遗传多样性研究。6个微卫星位点中有5个位点是多态的,并在所有家系中都显示了高度的遗传差异。5个家系中,5个多态微卫星位点共发现了30个等位基因,每个位点的等位基因数在5~8之间。实验中共发现了4个家系特异性等位基因:2^#家系及4^#家系各1个,5^#家系2个。根据已知亲本及子代基因型,可推断出5个家系中全部亲本的基因型,据此鉴别各家系。在EN0033位点,可将5#家系与其他4个家系相区别;在RS0859位点,可将3^#和4^#家系与其他3个家系相区分。因此,EN0033和RS0859标记可用于鉴别5^#、3^#和4^#家系的家系特异性标记。研究表明,用5个微卫星标记,且最少用2对微卫星标记即可鉴别5个中国对虾家系。  相似文献   

9.
牙鲆家系亲权鉴定的微卫星DNA标记分析   总被引:3,自引:1,他引:2  
刘永新  孙朝徽  王玉芬  刘奕  刘英杰 《水产学报》2015,39(11):1593-1603
为准确进行不同家系的亲权鉴定,筛选具有高亲本排除概率的微卫星DNA标记,从牙鲆选育基础群体中挑选性腺发育良好的雌雄亲本各10尾建立全同胞家系10个,从独立饲养的每个家系中随机选取30尾个体组成系谱结构已知的家系群体,从混合培育的子代群体中随机选取200尾个体组成系谱结构未知的混合群体。48个微卫星DNA标记选自牙鲆第二代遗传连锁图谱,且均匀分布于24个连锁群上,每个连锁群2个标记。家系群体的遗传分析结果发现,10个拥有丰富遗传多态性的微卫星DNA标记表现出高的亲本排除概率,其Excl1和Excl2的范围分别为0.655~0.719和0.792~0.837。随鉴定所用微卫星DNA标记数目的增加,累计排除概率逐步升高。当使用8个微卫星DNA标记鉴定时,累计排除概率达到100%。利用这些标记开展混合群体的亲权鉴定,显示共有13个雌雄个体参与繁殖过程,不同亲本配组产生的后代数量存在差异,亲本与后代群体之间的各项遗传学统计指标不存在明显差异。研究表明,筛选出具有高亲本排除概率的微卫星DNA标记能够有效进行牙鲆家系的亲权鉴定,可以作为今后开展家系选育与DNA分子标记联合育种的候选标记。  相似文献   

10.
为了建立黄鳍棘鲷微卫星亲子鉴定技术,利用荧光引物和自动测序技术检测了自主开发的12对微卫星分子标记在505尾黄鳍棘鲷个体中的遗传多态性,并构建了亲子鉴定技术。结果显示,该研究中筛选的12个微卫星标记共检测到119个等位基因,平均等位基因数(N_a)为9.91,平均观测杂合度(H_o)为0.651,平均期望杂合度(H_e)为0.661,平均多态性信息含量(PIC)为0.621,具有丰富的多态性。此外,运用Cervus 3.0软件对已知系谱信息的112尾黄鳍棘鲷亲本和393尾子代个体进行模拟分析,结果显示,当双亲未知且置信度为95%时,12个标记的累积排除概率达99.58%;当微卫星标记数量为8时,累积排除概率达到99.1%。因此确定AL49、AL37、AL01、AL20、AL14、AL18、AL15和AL51共8个多态性较高的微卫星标记为黄鳍棘鲷微卫星亲子鉴定的核心体系。在双亲性别未知的情况下,其双亲的累积排除率为99.1%。根据黄鳍棘鲷子代的实际基因分型数据,实际鉴定率为89.31%。该研究构建的微卫星标记组合能为黄鳍棘鲷不同家系混养后的亲子鉴定、种群选育和分子辅助家系管理提供科学的技术手段。  相似文献   

11.
为更加准确地评估凡纳滨对虾体长、体质量以及抗WSSV性状的遗传参数,实验利用8个微卫星位点对凡纳滨对虾69个家系母本和子代进行基因分型,并利用分型信息进行系谱重构和分子亲缘关系相关度的计算,以重构系谱、分子亲缘关系度以及物理系谱分别构建加性遗传相关矩阵,进而对体长、体质量和抗WSSV性状的遗传参数进行评估。最终通过交叉验证的方法,比较三者对遗传参数评估的预测能力以及准确性。分型结果显示,8个微卫星位点,共检测到166个等位基因,各位点等位基因数为12~45个,亲本和子代群体每个位点平均等位基因数分别为9.50个和18.13个,平均观测杂合度分别为0.618和0.709,平均期望杂合度分别为0.749和0.775,平均多态性信息含量分别为0.711和0.750,所有位点均表现高度多态性。遗传力分析结果显示,利用物理系谱、重构系谱以及分子亲缘相关度对体长的遗传力估计值分别为0.119±0.031、0.120±0.032、0.132±0.030,对体质量的遗传力估计值分别为0.176±0.039、0.182±0.040、0.172±0.034,对抗WSSV性状的遗传力估计值分别为0.135±...  相似文献   

12.
利用7个微卫星标记分析了6个凡纳滨对虾家系的亲本(G0)及其后代(G1)的基因型分离情况,同时对G0和G1的所有座位期望杂合度进行配对比较分析,并且通过对G1群体每个位点的F-statistics分析检验群体的遗传分化,以期对凡纳滨对虾育种进行遗传监测。结果表明:共检测到44个等位基因。G0和G1的平均每个座位的等位基因数目分别为6.14和6.27,平均期望杂合度为0.786和0.733,平均多态性信息含量为0.709和0.695。7个微卫星座位的累计排除概率为0.99,并且在有亲本存在的情况下,能够将6个家系分开。G0与G1的所有座位期望杂合度的配对比较分析结果表明G0平均期望杂合度要显著高于G1(P<0.01)。G1各座位的遗传分化指数FST在0.270 3~0.465 4,平均分化系数为0.358 4。说明亚群间属于高度遗传分化。最后,根据6个家系的遗传距离,利用UPGMA法对G1个体聚类分析,结果表明亲缘关系较近的家系A和B以及C和D的相似系数很高分别各聚为一类,E和F分别聚为一类。  相似文献   

13.
本试验选用8个高质量多态性的微卫星标记对团头鲂(Megalobrama amblycephala)选育世代F1、F2、F3、F4和团头鲂"浦江1号"的357个子代进行了亲子鉴定,主要方法是通过Cervus 3.0.7计算机模拟软件依次进行等位基因频率分析、模拟分析和亲子分析,根据LOD值大小判定亲子关系。结果表明在团头鲂混养家系中,微卫星位点的平均等位基因数为35,平均观测杂合度为0.867,平均期望杂合度为0.94,平均多态信息含量为0.935,最终所有子代准确地找出对应的父母本,亲子鉴定准确率为100%,证实微卫星标记在团头鲂亲子鉴定中的应用价值。  相似文献   

14.
为研究我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)商业苗种的遗传多样性特征,于河北、山东、广东、海南等地采集了6个有代表性的凡纳滨对虾品牌苗种,分别命名为黄骅R、东营M、广州P、广州Z、海南S和海南Z,以8个微卫星标记检测其遗传多样性。结果显示,6个品牌的凡纳滨对虾在8个位点呈现不同程度的多态性,其平均等位基因数(Na)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)分别为4.5~9.5、0.516~0.733、0.346~0.550和0.472~0.700,各品牌遗传多样性丰富程度从高到低分别为黄骅R>广州Z>广州P>海南Z>东营M>海南S。哈迪–温伯格平衡(HWE)检验显示,4.17% (2/48)的检测结果表现为显著的偏离(0.01相似文献   

15.
两种杂交石斑鱼子一代杂种优势的微卫星标记分析   总被引:5,自引:3,他引:2  
使用6对微卫星引物对两种杂交子一代(青龙斑和虎龙斑)及其亲本(斜带石斑鱼、棕点石斑鱼和鞍带石斑鱼)共5个群体进行微卫星分析,计算等位基因频率、有效等位基因数、基因杂合度、多态信息含量、相似指数和Nei氏遗传距离。结果显示,在5种石斑鱼中,棕点石斑鱼的平均有效等位基因数最大(6.849 3),最小的是鞍带石斑鱼(2.608 6)。6对微卫星引物在这5个群体中具有丰富的多态性,平均多态信息含量(PIC)分别为0.666 7、0.751 3、0.441 9、0.664 0、0.542 6。在平均观测杂合度(Ho)中,虎龙斑和青龙斑的最高均为0.940 0,鞍带石斑鱼的最低为0.508 3。遗传距离和遗传相似率结果显示,青龙斑和虎龙斑均与父本鞍带石斑鱼的亲缘关系较近。杂交子一代群体的等位基因基本来自父母本群体双方,可推断杂交子一代的遗传物质来自父母双方,属两性融合生殖,是真正意义上的杂交种。杂交后代的遗传变异水平明显增强,这是杂种优势得以形成的重要遗传物质基础。  相似文献   

16.
应用10对微卫星引物对2007年建立的抗病家系之一(将其定义为亲本家系)及其回交家系和全同胞近交家系进行分析,结果发现10个位点的等位基因数为1.7~3.0,平均等位基因数为2.3,有效等位基因数为1.553 2~2.887 8,平均有效等位基因数为2.054 1,杂合度观测值为0.307 0~0.664 8,平均杂合度观测值为0.487 0,无偏期望杂合度值为0.200 0~0.606 8,平均无偏期望杂合度值为0.606 8,多态信息含量为0.233 4~0.579 4,平均多态信息含量为0.399 5,3个家系均为中度多态,多态信息含量从大到小依次为:亲本家系、回交家系、全同胞近交家系,其中Poli194TUF位点在全同胞近交家系中发生纯合.家系间的遗传分化系数为0.067 1,表明遗传变异有6.71%来自于家系间,家系间分化较低.根据家系间的遗传距离,利用UPGMA法进行聚类,亲本家系和全同胞近交家系聚为一类.全同胞近交家系纯化基因速率较快,适合牙鲆品系的快速建立.  相似文献   

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