三角鲂形态特征和胰岛素样生长因子-Ⅰ基因的序列分析(英文)

对三角鲂(Megalobramaterminalis)形态学特征进行研究,用RT-PCR的方法从三角鲂肝脏克隆了三角鲂胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因的cDNA序列。三角鲂传统的形态学数据与团头鲂相似。序列分析表明,三角鲂IGF-ⅠcDNA由486个核苷酸构成,编码161个氨基酸,包含整个信号肽、B、C、A、D和E区,与鲂属团头鲂比较,三角鲂与团头鲂IGF-ⅠcDNA序列同源性为99.8%,氨基酸序列同源性为99.4%。由此可见三角鲂的遗传学特征与团头鲂非常相似。     

钱塘江粗唇鱼危细胞色素b基因片段序列分析及系统发生研究

为研究钱塘江粗唇(鮠)与其他鲿科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了粗唇(鮠)的细胞色素b基因片段序列.用Blastn分析所获序列与其他鲿科鱼类细胞色素b基因的同源性,用Mega4软件构建系统发生树.     

三角鲂形态特征和胰岛素样生长因子-Ⅰ基因的序列分析

对三角鲂(mEGALOBRAMA TERMINALIS)形态学特征进行研究，用RT—PCR的方法从三角鲂肝脏克隆了三角鲂胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因的cDNA序列。三角鲂传统的形态学数据与团头鲂相似。序列分析表明，三角鲂ICE-Ⅰ cDNA由486个核苷酸构成，编码161个氨基酸，包含整个信号肽、B、C、A、D和E区，与鲂属团头鲂比较，三角鲂与团头鲂IGF-Ⅰ cDNA序列同源性为99．8％，氨基酸序列同源性为99．4％。由此可见三角鲂的遗传学特征与团头鲂非常相似。     

运用线粒体COⅠ基因分析8种石珊瑚系统发育关系

通过COⅠ基因特异扩增测序,对徐闻地区的8种石珊瑚COⅠ基因片段序列进行了比较分析。结果表明,该片段的平均G+C含量为41.60%。其中,第1密码子位点的含量最高(42.26%～44.05%,平均为43.45%);转换和颠换多发生在第3密码子位点,比例高达70.30%和72.70%。采用临位连接(NJ)、最小进化(ME)和最大似然(ML)法对本研究中徐闻的8种及引自GenBank的20种石珊瑚COⅠ基因片段构建了系统发育树。结果显示,分子系统分类与传统分类略有差异,暗示珊瑚表型可塑性可能对传统分类存在影响。     

淇河鲫与不同品系锦鲤杂交F1代遗传多样性研究

以淇河鲫为母本,红色、白色、黄色和黑色4品系锦鲤为父本,杂交生产F1代,淇河鲫自交作为对照。运用PCR技术扩增了父母本及F1子代的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段。用ClustalX软件对序列结果进行统计和分析,采用邻接法构建分子系统树。结果表明,10种鱼COⅠ片段的平均GC含量为44.5%,AT含量为55.5%。依据Kimura-2-parameter模型,亲本间遗传距离最大的是淇河鲫与红色锦鲤(0.1374),其次是淇河鲫与黄色锦鲤(0.1367),与白色和黑色锦鲤的遗传距离相当;杂交子代中,以淇河鲫与红色锦鲤杂交所得子代与淇河鲫的遗传距离最小,最大的是白色锦鲤和淇河鲫杂交子代。     

6个不同海域文蛤地理群体的亲缘关系分析

为探究中国辽东半岛海域(辽宁群体)、长江口及其两翼海域(江苏群体)、台湾海峡西部海域(福建群体)、珠江口及其两翼海域(广东群体)、北部湾海域(广西群体)以及日本伊势湾海域(三重群体)6个不同海域文蛤(Meretrix meretrix)地理群体的亲缘关系,采用18S rRNA基因、线粒体细胞色素氧化酶c亚基Ⅰ(COⅠ)及16S rRNA基因3种分子标记进行序列测定与分析。测序结果显示,3种基因序列长度分别在1 854、658、596 bp左右;18S rRNA基因碱基组成无偏异,序列较为保守;COⅠ与16S rRNA基因A+T平均含量明显大于G+C含量,符合线粒体基因组成特征。通过Meg Align软件比对6个地理群体文蛤,序列相似百分比分别为99.7%~100.0%(18S)、91.7%~99.8%(COⅠ)、90.2%~99.8%(16S),其中三重文蛤序列差异最大;以文蛤属的帘文蛤(Meretrix lyrata)作外群,采用MEGA 5.03软件中相邻连接法(NJ)构建系统发育树显示,我国沿海5个文蛤群体聚为一枝且与日本三重文蛤分开,自展值分别为67%(18S)、99%(COⅠ)、98%(16S);我国沿海5个文蛤群体中,辽宁、江苏、福建文蛤群体首先聚在一起,其次是广西文蛤群体,最后是广东文蛤群体。研究结果表明,辽宁、江苏、福建文蛤群体同源性较高,亲缘关系最近;广西文蛤群体、广东文蛤群体与我国其它文蛤群体间遗传差异较大,地理遗传分化明显;而日本三重文蛤与我国沿海文蛤可定为文蛤的2个地理亚种。     

淇河鲫与不同品系锦鲤杂交F1代遗传多样性研究

以淇河鲫为母本,红色、白色、黄色和黑色4品系锦鲤为父本,杂交生产F1代,淇河鲫自交作为对照。运用PCR技术扩增了父母本及F1子代的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段。用ClustalX软件对序列结果进行统计和分析,采用邻接法构建分子系统树。结果表明,10种鱼COⅠ片段的平均GC含量为44.5%,AT含量为55.5%。依据Kimura-2-parameter模型,亲本间遗传距离最大的是淇河鲫与红色锦鲤(0.1374),其次是淇河鲫与黄色锦鲤(0.1367),与白色和黑色锦鲤的遗传距离相当;杂交子代中,以淇河鲫与红色锦鲤杂交所得子代与淇河鲫的遗传距离最小,最大的是白色锦鲤和淇河鲫杂交子代。     

基于线粒体COⅠ基因序列的东南太平洋茎柔鱼群体遗传结构分析

茎柔鱼广泛分布在东太平洋海域,分布水域广,种群结构复杂。采用线粒体COⅠ序列为遗传标记分析了东南太平洋茎柔鱼(Dosidicus gigas)遗传结构特征。在秘鲁外海8个群体239个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到46种单倍型,42个变异位点。8个群体的单倍型多样性为(0.469±0.114)～(0.759±0.086),核苷酸多样性为(0.001 04±0.001 07)～(0.003 63±0.001 21),均具有较高的单倍型多样性水平和较低的核苷酸多样性水平。基于单倍型构建的NJ树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树分析显示,8个群体间没有明显的地理谱系结构特征。AMOVA及F_(st)分析结果表明,群体间变异百分比为0.26%,群体内变异百分比为99.74%,说明遗传变异主要来自群体内部,群体间不存在显著的遗传结构分化。群体间的基因流数据分析表明,各群体间具有显著的基因交流。研究结果可为茎柔鱼资源的合理利用、开发及科学管理提供必要参考。     

半滑舌鳎生长激素及其受体基因的原核表达

根据已克隆的半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)生长激素(GH)基因和生长激素受体Ⅰ(GHR-Ⅰ)基因的cDNA序列信息设计引物,用于扩增半滑舌鳎GH、GHR-Ⅰ基因序列。随后,分别利用表达载体pET-32a和pGEX-6P-1成功构建了包含半滑舌鳎GH、GHR-Ⅰ基因ORF全序列及不同ORF片段的6个重组质粒,并将获得的重组质粒在表达宿主菌大肠杆菌(Escherichia coli)BL21(DE3)中,用IPTG诱导表达。SDS-PAGE电泳结果显示:重组GH的pET-32a-CSGH质粒在40 kD处有特异性的蛋白条带,重组GHR-Ⅰ胞内区的pGEX-6P-1-CSGHR1-2质粒在70 kD处发现诱导的蛋白条带,其表达量分别占细胞蛋白总量的37.6%和20.2%;而构建的pGEX-6P-1-CSGH重组质粒和含有GHR-Ⅰ基因跨膜区的重组质粒(pET-32a-CSGHR1-1、pET-32a-CSGHR1-2和pGEX-6P-1-CSGHR1-1)均未获得表达产物。由此可见,半滑舌鳎GHR-Ⅰ基因的跨膜区可能影响其在大肠杆菌中的表达。研究结果为实现半滑舌鳎GH、GHR-Ⅰ制剂的开发及应用于养殖生产实践奠定基础。     

北部湾3种金线鱼属鱼类CO I基因序列的比较分析

运用直接测序法对产自北部湾的日本金线鱼(Nemipterus,japonicus)、红棘金线鱼(N.nemurus)和苏门答腊金线鱼(N.mesoprion)3种金线鱼属鱼类的线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ(C0Ⅰ)基因序列进行了测序分析,并探讨了3种金线鱼之间的亲缘关系.在所分析的48条COⅠ同源序列片段(696 bp)中共检测到29个单倍型和104个核苷酸多态位点.单倍型分析结果显示,日本金线鱼和红棘金线鱼之间有明显的基因交流.序列差异分析和遗传距离比较结果显示,日本金线鱼与红棘金线鱼之间亲缘关系较近,无明显遗传分化.利用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建的系统发育树显示,日本金线鱼和红棘金线鱼混杂聚为一支,而苏门答腊金线鱼单独聚为一支.研究结果表明,日本金线鱼与红棘金线鱼的亲缘关系较近,二者可能为同种,而苏门答腊金线鱼则与日本金线鱼、红棘金线鱼亲缘关系较远.本研究为证实红棘金线鱼和苏门答腊金线鱼是2个不同的种提供了分子生物学的证据.     

基于线粒体COⅠ序列的泥螺群体遗传多样性研究

为初步研究泥螺的遗传多样性和群体结构,探讨其遗传多样性的产生背景和维持机制,便于今后更好地保护泥螺种质资源,本研究对辽宁、山东、江苏、浙江四省7个泥螺群体的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)部分序列进行了测定与分析,经过处理得到145条631bp长度的核苷酸片段,分析显示A、G、T、C、A+T的平均含量分别为23.83%、18.93%、41.60%、15.64%、65.43%,AT含量高于GC含量。单倍型总数47,共享单倍型数目12。用Arlequin 3.5软件进行AMOVA分析,表明7个群体间COⅠ总遗传分化系数为0.7893(P0.001),群体间遗传分化大于群体内遗传分化。用邻接法构建的系统发育进化树显示,7个地理群体的泥螺互相聚在一起,同一群体之间没有明显独立聚在一起的情况。分子方差分析表明群体间出现明显的遗传分化。     

利用CO Ⅰ和Cytb序列探讨东海区3种鲳属鱼类的种群遗传结构

通过对CO Ⅰ和Cytb序列的分析,研究了银鲳(Pampus argenteus)、灰鲳(P.cinereus)和翎鲳(P.punctatissimus)3种东海区重要鲳属鱼类群体的种群遗传结构.在62个鲳属鱼类样本中分别检出CO Ⅰ和Cytb单倍型21个和27个,发现变异位点125个和176个.东海区的3种鲳属鱼类种...     

基于线粒体COⅠ基因序列的中国沿海缘边银鲈遗传多样性分析#br#

为了解中国沿海缘边银鲈(Gerres limbatus)的遗传背景,分析了9个地理群体140条样本线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(cytochrome oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因5′端652 bp序列。结果发现14个变异位点,13个单倍型,其中有9个独有单倍型和4个共享单倍型,整体单倍型和核苷酸多样性都较低(H_d=0.276±0.050,π=0.0005±0.0001)。琼州海峡以东海域的遗传多样性(H_d=0.338~0.456,π=0.0006~0.0011)高于琼州海峡以西北部湾海区(H_d=0~0.295,π=0~0.0005)。单倍型网络图未出现明显谱系结构和地理结构。群体遗传分化系数F_st显示,硇洲群体与其他群体间出现不显著的中低度遗传分化(F_st=0.0773~0.1696,P>0.05),其他群体间分化不明显(F_st=-0.0415~0.0612,P>0.05),总体上群体间分化程度都不高。AMOVA分析显示,遗传变异绝大部分(95%以上)来源于群体内。中性检验结果显示,群体总体的Tajima’s D(-2.2549)和Fu’s F_s(-16.4725)结果均为显著性负值(P<0.01),核苷酸错配图呈现较为明显单峰,单倍型网络图呈典型星状结构,表明缘边银鲈历史上存在过种群扩张,扩张时期约为距今0.1304~0.0435百万年。由于总体单倍型多样性小于0.5,核苷酸多样性小于0.005,推测中国缘边银鲈种群曾经历过较为严重的瓶颈效应。宁德、硇洲群体的核苷酸多样性相对较高,应优先保护。北部湾各群体遗传多样性极低,需要采取措施避免遗传多样性下降。     

不同地理群体日本囊对虾遗传多样性微卫星DNA分析

应用微卫星DNA(SSR)标记技术对福建(FJ)、湛江(ZJ)、北海(BH)地理群体的150尾日本囊对虾个体进行遗传多样性分析.10对微卫星引物在3个群体中共检测到27个等位基因,每个位点的等位基因数为2～4个.平均多态信息含量为0.3074～0.3645,平均观测杂合度为0.2960～0.4212,平均期望杂合度为0...     

南海金线鱼属Nemipterus鱼类COⅠ和Cyt b基因片段的比较分析

基于线粒体细胞色素b(Cyt b)和细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COⅠ)片段,运用PCR直接测序法,对采自南海的金线鱼(Nemipterus virgatus)、日本金线鱼(N.japonicus)、深水金线鱼(N.bathybius)、红棘金线鱼(N.nemurus)和苏门答腊金线鱼(N.mesoprion)及GenBank中的六齿金线鱼(N.hexodon)、裴氏金线鱼(N.peronii)及红金线鱼(N.furcosus)的序列进行了分析,并比较分析了它们间的序列差异。Cyt b基因序列片段(425 bp)和COⅠ基因序列片段(507 bp)的分析均显示日本金线鱼和红棘金线鱼之间序列差异和遗传距离均最小,COⅠ基因片段中为分别0.25%和0.003,Cyt b基因片段中为0和0,两者亲缘关系非常近;几种金线鱼之间尚未达到属的水平,裴氏金线鱼仍属于金线鱼属;两目的片段的NJ系统树均显示,日本金线鱼和红棘金线鱼混杂在一起聚为一支,而日本金线鱼和苏门答腊金线鱼属于不同的发育分支;红棘金线鱼和日本金线鱼是最新分化种,金线鱼则是最早分化种;几种金线鱼类的分化时间大约在中更新世时期。比较属间的系统发育关系,旨在为金线鱼属鱼类分类提供依据,进而对鱼类资源的评估与保护措施提供基础参考。     

基于COⅠ基因分析辽东湾海蜇群体遗传多样性

为研究海蜇群体的遗传多样性状况,采用PCR扩增获得20个海蜇野生群体样品的线粒体COⅠ基因部分序列,并结合GenBank上其他15个海蜇样品的同源序列,对其序列变异和遗传分化进行分析。结果显示,35条序列的A、T、C、G碱基含量分别为26.7%、36.4%、18.8%、18.1%;在长度624bp的线粒体COⅠ基因片段中共发现21个多态位点,定义了17种单倍型,单倍型多态性为0.91±0.03,核苷酸多态性为0.0056±0.0032。同其他几种大型水母相比,海蜇种群的遗传多样性处于较高或中等水平。研究结果表明,不同海蜇种群尤其是相距较远的群体在其分布范围内可能存在遗传分化现象。     

基于线粒体Cyt b基因的虾夷扇贝群体遗传结构分析

本研究利用线粒体细胞色素b(Cyt b)基因标记对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)6个群体(长岛底播增殖群、海洋岛底播增殖群、獐子岛底播增殖群、旅顺自然群、"獐子红"人工选育群以及日本青森陆奥湾群)进行种质状况评估,研究结果表明,6个群体120个个体的Cyt b基因序列共检测到20种单倍型,其中"獐子红"人工选育群单倍型最少,日本群体单倍型最为丰富,两者单倍型多样性指数分别为0.10000和0.88400。分子方差分析(AMOVA)发现,日本群体与中国群体间变异百分比为15.34%,明显高于作为一个基因池时群体间遗传变异水平;就中国组群而言,其83.41%的遗传变异来自于群体内部,组内群体间的变异只占1.52%,说明中国群体个体间的遗传变异远大于群体间的遗传变异。F_(st)分析显示,中国群体与日本群体之间发生了中等水平的遗传分化(0.07455~0.17895,Fst0.05)。以遗传距离矩阵构建群体间分子系统树(UPGMA树),拓扑结构图显示中国5个群体先聚为一支,再与日本群体聚为一支。由此可见,中国养殖区的虾夷扇贝与日本原产地群体间已出现明显的遗传分化,且虾夷扇贝中国群体的遗传多样性处于较低水平。本研究结果可为虾夷扇贝的种质资源保护与可持续开发利用提供理论依据。     

3个地理群体仿刺参D-loop序列的变异及系统发生分析

为研究中国大连(CD)、朝鲜罗津(KN)和俄罗斯海参崴(RV)3个仿刺参群体的遗传结构,实验采用PCR扩增和测序技术,对3个群体共计71头仿刺参的线粒体D-loop序列进行了分析。结果显示,D-loop序列长度为447~465 bp,平均A+T含量(59.2%)显著高于G+C含量;共检测到119个变异位点,多态位点比例为24.24%,其中简约信息位点为53个,共有40种基因型,群体共享基因型7个。遗传多样性参数分析显示,3个群体均显示出较丰富的遗传多样性;分子方差(AMOVA)分析表明,3个群体间遗传分化较弱或只有中度分化,且93.04%的变异来自群体内。CD群体与RV群体之间遗传距离最远,为0.042,KN群体与RV群体之间遗传距离最近,为0.037 4。将本研究所得序列结合GenBank中青岛(QD)和威海(WH)仿刺参的D-loop序列构建系统发育树,QD与WH仿刺参首先聚为一小支,然后与CD群体聚为一大支,KN群体与RV群体聚为独立一支,这一聚类方式符合地理隔离模式。     

基于线粒体D-loop基因的中国海三疣梭子蟹遗传多样性与遗传分化研究

为探明分布于中国四大海区的天然三疣梭子蟹群体遗传多样性与遗传分化状况,实验以大连(DL)、东营(DY)、连云港(LYG)、舟山(ZS)、湛江(ZJ)和漳州(ZZ)6个三疣梭子蟹地理群体为研究对象,采用线粒体控制区D-loop全基因序列为分子标记,对中国海三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性及群体遗传结构进行了分析。结果发现,在用于分析的1 141 bp的D-loop全基因序列中共有185个变异位点,129个简约信息位点。60个个体中共计48个单倍型,单倍性多样性指数和核苷酸多样性指数显示中国沿海三疣梭子蟹群体具有较高的遗传多样性,而且三疣梭子蟹在过去没有出现很强的选择效应,群体大小稳定。6群体三疣梭子蟹遗传分化指数(F_ST)为0.189 7,将中国沿海三疣梭子蟹作为一个大群体来讲已产生了中度分化,群体分化时间推断为(19.68～26.05)万年。LYG分别和DY、ZJ、ZZ,以及ZJ和ZZ这4组之间无明显分化,基因流较大(N_em>5),而其他11个群组间已存在一定程度的分化。特别是ZS与其它5群体产生了高度的遗传分化,DL与其他4群体发生了中度分化。遗传距离与地理距离不存在显著的相关性,群体发生与扩散可能有更复杂的原因。     

高邮湖大银鱼、太湖新银鱼Cytb和COⅠ 基因序列多态性分析

为探明高邮湖大银鱼、太湖新银鱼野生资源状况,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列,对高邮湖大银鱼、太湖新银鱼的遗传多样性水平及遗传结构进行分析。试验结果显示,大银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点14个,共定义12个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.871±0.031和0.00172±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点5个,共定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.747±0.041和0.00202±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征;太湖新银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点13个,共定义9个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.609±0.078和0.00094±0.00027,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点2个,共定义3个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.232±0.085和0.00038±0.00014,呈现低单倍型多样性和低核苷酸多样性。大银鱼和太湖新银鱼Tajima′s D和Fu′Fs中性检验值为负值,且歧点分布曲线呈单峰型,表明历史上经历过种群扩张。研究结果表明,应通过多种措施加强高邮湖银鱼种质资源保护。