六个鲫鱼品系线粒体Cytb基因PCR-RFLP分析

从6个鲫鱼品系肝组织中提取总DNA,采用特异引物扩增细胞色素b基因。利用5种限制性内切酶(HinfI,HaeIII,MspI,TaqI,HindIII)对细胞色素b基因进行单酶切,结果显示HinfI和MspI2种酶在品系间存在限制性片段长度多态性,同时在红鲫、金鲫这2个品系内也存在限制性片段长度多态性,在6个品系的120个个体中,共检测到4种组合单倍型。经数据统计分析,这6个鲫鱼品系的细胞色素b基因大小基本在1260bp左右,根据限制性片段长度共享度,分别计算出4种单倍型和6个品系的群体遗传距离,并进行聚类分析,结果表明野鲫和黑龙睛的遗传距离为0,高背鲫与彭泽鲫的为0,野鲫与红鲫为0 00039,其次是金鲫,然后是高背鲫、彭泽鲫。     

黑龙江四个地区鲤鱼种群的线粒体DNA的多态性

对黑龙江四个地区的野鲤用BamHI、PstI、SalI、XhoI、EcoRI、XbaI、BglI、PvuⅡ、DraI、HindⅢ十种限制性内切酶进行线粒体DNA的限制性片段长度多态 (RFLP)分析 ,结果有二种限制性内切酶SalI、XhoI。在兴凯湖和塔河野鲤中检测到多态性结果表明 4个野鲤种群中抚远与绥滨群体关系最近 ,它们归属为一个群体 ,而兴凯湖与塔河群体相对独立 ,牡丹江与抚远绥滨的遗传关系较近 ,塔河群体与各群体间的亲缘关系较远     

贵州两地理群体鲫的系统发育及遗传分化

分布于贵州省普安县青山镇和威宁县草海的鲫,系喀斯特山区彼此隔离的2个地理群体,为探明其遗传结构,探讨彼此间系统关系及遗传分化情况,本研究对其mt DNA D-loop区进行测序分析。结果显示:普安鲫有919和921~927bp 8种序列长度类型,分属27种基因型和14种单倍型;草海鲫有923~925bp 3种序列类型,分属11种基因型和6种单倍型;序列差异因碱基替换和缺失/插入不同所致。普安鲫是银鲫和鲫指名亚种及其所含3个亚类群的混生群体;草海鲫为鲫指名亚种2个亚类群的混合群体。普安鲫及其指名亚种群体遗传多样性水平中等,草海鲫及其指名亚种群体遗传多样性偏低,普安的银鲫群体遗传多样性水平极低。研究表明,喀斯特山区2地理群体鲫具有群体组成复杂和母系来源多样的发育特点,因长期的地理隔离、生殖隔离和基因交流缺乏所造成的遗传漂变和进化速率差异,其基因型和单倍型呈明显地理分布格局,各群体间遗传分化严重。普安的银鲫系东北银鲫起源,遗传变异低,急需改善亲本质量。草海鲫因奠基者效应、瓶颈效应和遗传漂变导致其遗传多样性偏低。本研究丰富了喀斯特山区鱼类群体遗传学资料,为地方鲫种质资源鉴定与评价提供基础资料。     

3个不同群体罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因序列分析及遗传差异

利用PCR技术扩增获得罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因的部分片段,通过序列测定和用限制性内切酶MboI、AluI和TaqI分别对上述PCR产物进行限制性片段长度多态分析(RFLP),分析了取自缅甸引进种子代、广西养殖群体及江苏养殖群体3个不同群体罗氏沼虾的遗传差异。结果表明:在3个群体间序列同源性对比无变异,PCR-RFLP未发现有片段多态性,3个群体间不存在遗传结构差异。可能表明这3个群体的罗氏沼虾起源同一个种群,且分化较低。     

银鲫与普通鲫群体遗传结构的比较分析

利用15个微卫星多态性分子标记,对黑龙江省方正县双龙水库和双凤水库两个水体的雌核发育银鲫(Car-assius auratus gibelio)和二倍体普通鲫(Carassius auratus(L))的群体遗传多样性进行比较分析。结果显示:平均每个多态性位点获得银鲫10.39个有效等位基因,普通鲫11.82个有效等位基因;双龙水库三倍体银鲫和二倍体普通鲫的平均观测杂合度分别为0.6035和0.6300,双凤水库中的三倍体银鲫和二倍体普通鲫的平均观测杂合度为0.5311和0.5885;相似性与遗传距离分析结果显示:相似性最大的是双凤水体内的银鲫和普通鲫(0.8127),远大于两个水体间的银鲫群体间的相似性。结果表明,银鲫与普通鲫存在着明显的遗传物质交流,较高的遗传相似性不仅与传统的银鲫起源于普通鲫的观点一致,也暗示银鲫与普通鲫存在经常性地遗传物质交流。     

洞庭湖区两个鲫鱼群体的遗传多样性分析

采用随机扩增多态DNA技术,对洞庭湖区两个不同的鲫鱼群体(彭泽鲫养殖群体和野鲫群体)进行比较分析。在使用的30个随机引物中有26个引物的扩增效果良好,实验结果可见:彭泽鲫与野鲫群体间的遗传相似率为0.7505,彭泽鲫群体内的遗传相似率为0.9822,野鲫群体内的遗传相似率为0.7910。统计结果表明:彭泽鲫养殖群体与野鲫群体间的遗传差异较大,彭泽鲫养殖群体内的遗传多样性贫乏,而野鲫群体内的遗传多样性明显高于彭泽鲫的养殖群体,说明野鲫种群内的遗传变异度较大,遗传多态性丰富,存在较大的育种潜力。     

不同鲤鱼种间DNA遗传标记多态性

用８４个随机引物对黑龙江野鲤（Ｃｙｐｒｉｎｕｓ ｃａｒｐｉｏ ｈａｅｍａｔｏｐｔｅｒｕｓ Ｔｅｍｍｉｎｃｋ ｅｔ Ｓｃｈｌｅｇｅｌ）和柏氏鲤（Ｃｙｐｒｉｎｕｓ ｐｅｌｌｅｇｒｉｎｉ ｐｅｌｌｅｇｒｉｎｉ Ｔｃｈａｎｇ）进行种间ＲＡＰＤ分析，结果共扩增出４８４个片段，二者共有扩增片段为１３个，黑龙江野鲤特有的为２３３个，柏氏鲤特有的为２２５个，这些特异片段可做为黑龙江野鲁和柏氏鲤的分子遗传标记。并对     

三倍体湘云鲫及其亲本线粒体DNA的比较研究

用人工选育的异源四倍体鲫鲤（♂）与白鲫（♀）杂交获得具有明显生长优势的三倍体湘云鲫。采用差速离心和核酸酶处理等方法，从三倍体、白鲫和异源四倍体鲫鲤肝组织中提取线粒体DNA，并用9种限制性内切酶进行单酶酶切分析。经琼脂糖凝胶电泳后计算出各酶切片段的大小，测得三倍体、白鲫和异源四倍体鲫鲤mtDNA的分子大小分别为16．24kb、16．60kb和16．20kb。根据各单倍型间的酶切片段共享度，估算出3个群体间的遗传距离，说明了mtDNA母系遗传的特性。     

同水体银鲫与普通鲫遗传多样性比较研究

通过2003年、2004年连续两年采样,用20对具有稳定扩增的银鲫微卫星引物对样品进行扩增,结果如下：2003年样品三倍体银鲫与二倍体鲫的平均杂合度分别为0．5885、0．6066；2004年样品两者的平均杂合度为0．5946、0．6091。2003年样品三倍体银鲫与二倍体鲫的遗传相似性系数为0．6331,两者的遗传距离为0．3669；2004年样品两者的遗传相似性系数为0．6173,遗传距离为0．3827。两年测定的结果显示三倍体银鲫的杂合度略低于二倍体鲫,两者的遗传距离较近,在所扩增的大部分微卫星位点上基因型相同或相似,其差异为种内差异,三倍体银鲫是鲫的一个特殊种群,在进化上,三倍体银鲫可能是从鲫分化而来的,是其在特殊的环境下的一种适应。     

淇河鲫与两野生鲫鱼群体遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR技术对淇河鲫、金堤河鲫、沁河鲫3个群体进行遗传多样性研究。结果表明:(1)筛选8个引物共得到94个扩增位点,其中多态位点82个,多态位点百分率为87.23%。(2)Popgene分析结果,淇河鲫群体的遗传多样性水平相对较低,PPB=61.70%,H=0.2036,I=0.3085。(3)3个群体间的遗传分化系数GST=0.1303,基因流Nm=3.3359。表明3个群体的遗传分化尚未达到种群的分化水平。(4)金堤河鲫和沁河鲫群体间遗传距离较近,淇河鲫有一定的遗传分化,形成了较稳定的、独立的遗传结构。     

于线粒体COI基因的6个黄鳝群体遗传多样性

为研究我国主要养殖区域黄鳝（Monopterus albus）的遗传多样性，利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基I（cytochrome C oxidase subunit I，COI）基因对来源于湖北、江西、安徽、湖南、重庆和山东的6个黄鳝群体共187个样本进行遗传多样性分析。结果表明长度为646 bp的COI基因序列在6个群体的碱基含量基本相同，碱基T、C、A和G的平均含量分别为27.7%，30.7%，24.5%和17.1%，包括61个变异位点，其中单位点突变16个，简约信息位点45个，变异位点以C/T间的转换为主。6个群体中共检测到38种单倍型，单倍型多样性（H_d）为0.886，核苷酸多样性（π）为0.01094，群体整体遗传多样性高，湖北和山东群体遗传多样性都较高（H_d>0.8），湖南群体和江西群体的遗传多样性次之（H_d>0.5），而安徽和重庆两个群体的遗传多样性都较低（H_d<0.5）。6个群体间有显著的遗传分化，基因交流贫乏（N_m<1）。群体分子变异分析（AMOVA）显示，6个黄鳝地理种群群体内的遗传变异高于群体间的遗传变异，其遗传变异主要发生在群体内部。遗传结构和系统发育树显示湖南群体与其他5个群体的遗传关系较远。重庆群体可能由单一或很少几个群体进化而来的，起源比较单一。就目前而言，黄鳝野生种质资源遗传多样性丰富，苗种频繁流动和人工养殖尚未对其种群结构造成较大影响，仍有较强的环境适应能力和良好的育种潜力。     

我国泥鳅微卫星遗传多样性初步分析

用6个微卫星标记分析了安徽(AH)、甘肃(GS)、广东(GD)、广西(GX)、黑龙江(HLJ)、江苏(JS)和重庆(CQ)7个泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)群体的遗传多样性。这6个微卫星摘自泥鳅微卫星连锁图谱,不存在连锁不平衡,在HLJ群体中处于哈代-温伯格平衡,适用遗传多样性分析。六个微卫星共检测到69个等位基因,每位点7到16个不等,有效等位基因数(Ne)3.0-5.5个,观察杂合度在0.202和0.408之间,而期望杂合度在0.673和0.820之间,揭示的多样性信息含量(PIC)在0.643和0.796之间。这些数据显示7个泥鳅群体遗传多样性丰富。群体间遗传分化系数(Fst)达到0.499,49.9%的变异可归于群体间差异,而Fis在0.167和0.421之间,表明泥鳅群体存在较明显的近交或斑块化分布。聚类分析显示AH、GD、HLJ和JS聚成一个分支,而CQ、GS 和GX聚为另一个分支。这表明我国泥鳅呈现东西向梯度分布并在南北向可能存在扰动。这些发现将有助于我国泥鳅资源的有效管理和合理利用。     

草鱼和银鲫肠道产消化酶细菌的研究

检测了分别从草鱼(Ctenopharyngodon idellus)和银鲫(Carassius auratus gibelio)肠道中分离的180株细菌的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶和纤维素酶的产酶能力。结果显示,两种鱼肠道内可分泌胞外消化酶的细菌包括Aero-monas(气单胞菌属,Aer.)、Vibrio(弧菌属,Vib.)、Bacillus(芽孢杆菌属,Bac.)、Pseudomonas(假单胞菌属,Pse.)四个种属的细菌,Aer.在其中占主要优势,45.71%的Aer.可分泌胞外消化酶。草鱼可分泌上述四种胞外消化酶的菌株共有33株,占肠道菌总数的36.67%;银鲫43株,占47.78%。产酶菌的分布上,草鱼中肠内产消化酶细菌数量显著多于前肠和后肠(P<0.05),前、中、后肠分别是6株、20株和7株;银鲫中肠和后肠数量差异不显著,前肠分布最少。草鱼分泌蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶和纤维素酶的菌株分别有21株(23.33%)、10株(11.11%)、30株(33.33%)和16株(17.78%)。银鲫肠道内未检测到可分泌纤维素酶的细菌,蛋白酶、脂肪酶和淀粉酶菌株的数量分别是21株、37株和17株。可见鱼类肠道细菌对食饵消化有重要作用。     

基于COI序列的长江中上游鲢6个地理群体遗传多样性分析

为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。     

Fish fauna in a Protected Greek lake: biodiversity, introduced fish species over a 80-year period and their impacts on the ecosystem

Abstract –  Lake Pamvotis is a tertiary natural shallow lake located in the NW of Greece. For biogeographical reasons, it historically contained only four fish species: two endemics ( Phoxinellus epiroticus , Squalius pamvoticus ), one native to the West Greece ( Barbus albanicus ) and the ubiquitous Anguilla anguilla . These species were almost exclusively present in the lake before 1920, forming remarkable commercially exploited populations. From the 1930s through the 1990s, 20 species were introduced into the lake for purposes of eutrophication control or to enhance the fishery. These introductions, some of them accidental have led to the apparent decline, even loss, of the native species. During the last three decades the fish fauna of the lake has shifted from the native, clear-water species to a predominance of introduced species, mainly those adapted for turbid eutrophic water ( Rutilus panosi , Cyprinus carpio and Carassius gibelio , and several Asian cyprinids). The current fish assemblage in the lake is dominated by introduced species particularly the Mosquitofish ( Gambusia affinis ) and the Lourogobios ( Economidichthys pygmaeus ) in the littoral zone, the benthopelagic allogynogenetic Prussian carp ( C. gibelio) , and the opportunistic Trichonis roach ( R. panosi ), in the pelagic zone.     

国内虹鳟代表性养殖群体的高通量SNP芯片检测及遗传分析

本研究旨在对国内虹鳟(Oncorhynchus mykiss)代表性养殖群体开展全基因组水平的遗传评估。利用57K单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,检测了来自不同地域的6个虹鳟养殖群体样本共计48尾,包括黑龙江虹鳟、黑龙江金鳟、四川虹鳟、四川金鳟、北京虹鳟和北京金鳟,共获得有效SNP位点50201个,在中国虹鳟中的多态比例达到97.7%,表明该芯片虽然基于美国和挪威虹鳟群体设计,但对中国群体同样具有良好的适用性。各群体最小等位基因频率均值为0.240~0.267,与国外主流养殖群体相近,黑龙江虹鳟、四川虹鳟和北京虹鳟群体内遗传多样性丰富,多态位点比例为83.6%~84.9%,与国外主流养殖群体相近,而黑龙江金鳟、四川金鳟和北京金鳟,多态位点比例相对较低,在60.2%~76.9%范围内。应用6个中国虹鳟群体和2个美国虹鳟群体数据开展系统发育分析、主成分分析和群体遗传结构STRUCTURE分析,结果显示8个群体可分为3个祖源类群,其中3个金鳟群体为遗传联系较紧密的一个类群,黑龙江虹鳟和北京虹鳟为一个类群,而四川虹鳟与2个美国虹鳟群体为一个类群,部分中国养殖群体中有显著离群个体存在,表明群体遗传背景不均一。本研究表明,高密度SNP芯片在我国虹鳟养殖群体遗传分析中具有广泛的应用前景,能够为种质资源评估、本土化良种培育、制种和引种工作提供基因组水平的参考信息。     

基于26个微卫星标记的三江水系草鱼遗传多样性分析

选取26个微卫星标记对来自长江(监利、邗江)、黑龙江、珠江3个水系的4个野生草鱼(Ctenopharyngodon idellus)群体的遗传多样性进行了检测。结果表明,26个微卫星位点均为高度多态位点,草鱼4个地理群体的多态信息含量(PIC)平均值为0.581 3~0.638 6;共检测出141个等位基因,其中有102个为共有等位基因;每个位点有等位基因2~11个,平均等位基因5.46,平均有效等位基因3.455 6。4个地理群体野生草鱼的平均杂合度在0.711 4~0.804 5之间。群体间遗传固定指数(FST)及AMOVA分析表明,群体间遗传分化并不显著(FST=0.031 73)。基于DA遗传距离构建的UPGMA聚类树表明,监利群体与邗江群体这两个长江水系野生地理群体聚为一支,然后与珠江群体聚为一支,黑龙江群体单独聚为一支。长江群体是原始群体。综上所述,三江水系野生草鱼具有较高的遗传多样性,4个群体之间遗传分化并不明显。     

山西沁河乌苏里拟鲿形态、分子鉴定及与黑龙江群体比较

研究山西沁河水系野生乌苏里拟鲿群体、黑龙江水系野生和养殖乌苏里拟鲿群体的形态学区分,为沁河水系本土拟鲿的增殖放流提供形态学判别依据,以利于优良经济鱼类种质资源保护与合理利用。沁河拟鲿采集于山西沁河安泽段(35.91°N,112.33°E),黑龙江野生拟鲿采集于黑龙江抚远江段(48.37°N,134.25°E)、养殖拟鲿采集于抚远当地水库(48.30°N,134.27°E)养殖网箱,从形态学和分子生物学途径对山西沁河野生种群进行种属鉴定,运用方差分析和聚类分析以及判别分析研究其形态学差异。(1)15个形态学指标和其他分类性状的形态学分析、线粒体DNA的CO I、Cyt b基因以及D-Loop区的序列比对结果均表明,沁河捕获的样本鱼为乌苏里拟鲿;(2)形态学差异分析表明山西沁河野生乌苏里拟鲿与黑龙江野生及养殖乌苏里拟鲿的形态差异均较大,尤其是眼径/头长达到亚种分化水平;(3)聚类分析表明,山西沁河野生群体单独成为1支,黑龙江野生群体和黑龙江养殖群体聚为另1支;(4)筛选出4个判别贡献率较大的形态学指标,建立了3个群体的判别函数,对山西乌苏里拟鲿群体综合判别率为84.6%,逐步判别分析显示沁河野生群体与黑龙江2个群体组中心相距较远,测量值分布独立于2群之外的区域。为避免人工放流过程中的基因污染,需要放流本水域的群体子代,以保护当地特色的种质资源;建立准确率高的判别函数将有助于简便地分析放流种类是否为该水系种群繁育的后代。     

从野生群体的基因型图案追踪银鲫雌核发育生殖特征

银鲫(Carassius auratus gibelio)是行雌核发育的三倍体物种,但在自然水域与二倍体普通鲫(Carassius auratus L.)生活在一起,外形上无法区分,在群体遗传学的各种参数上两者也没有明显区别。本研究利用17个二碱基微卫星标记和51个三碱基微卫星标记对2次采样共6个样本组进行了基因型分析。通过对电泳图案及电泳结果的简单描述和比较来分析银鲫和普通鲫在群体遗传学上的差别。在2次采样所得群体的等位基因数和基因型数这2个参数上,普通鲫都明显高于银鲫(第1次所采样本普通鲫与银鲫的基因型数之比217∶175;等位基因数之比188∶163;第2次样本基因型数之比537∶349,等位基因数之比353∶282)。结果也表明在纯合子占优势的基因座,纯合子比例银鲫高于普通鲫,杂合子比例则是普通鲫远远高于银鲫;与此完全相反,在杂合子占优势的基因座,纯合子比例银鲫低于普通鲫,杂合子比例则是银鲫远远高于普通鲫。研究还通过比较普通鲫的基因座遗传平衡数据,讨论了银鲫群体基因座不平衡现象的特征和产生的原因。     

3个群体泥鳅mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析

采用PCR-RFLP方法,对采自安徽怀远、河南范县及安徽舒城的3个群体共112尾泥鳅（Misgurnus anguilli-caudatus）线粒体DNA（mtDNA）的D-loop区段进行PCR扩增,使用11种核酸限制性内切酶进行酶切。结果显示,在11种内切酶中,8种有酶切位点,4种存在个体间变异,共产生7种单倍型。怀远、范县和舒城群体的核苷酸多样性指数为0.0033、0.0083、0.0011,单倍型多样性指数分别为0.6048、0.8370、0.2344。范县与怀远、舒城群体间的Rogers遗传距离分别为0.3456和0.6847,怀远和舒城群体间的Rogers遗传距离为0.6326。SspⅠ的酶切类型C组成的单倍型在舒城群体中占87.5%,而在范县群体中为0;同时发现,SspⅠ的酶切类型C、D和XspⅠ的酶切类型B分别组成的单倍型仅在范县群体中存在。