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相似文献
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1.
《淡水渔业》2021,51(4)
本研究利用10个微卫星标记对广东和台湾红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)养殖群体进行遗传多样性分析,并对2个红螯螯虾群体的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)等进行计算。结果显示:在2个红螯螯虾群体中共检测到83个等位基因,广东群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.619、0.438、0.505,台湾群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.829、0.492、0.592。广东群体和台湾群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.465和0.538。红螯螯虾2群体的Shannon指数(H)均大于1,群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.0969。研究结果表明:红螯螯虾广东和台湾养殖群体的遗传多样性较丰富,且2个群体的遗传分化较大,通过群体间的杂交可有效避免近亲繁殖。  相似文献   

2.
为了深入了解引进溪红点鲑种质遗传结构状况,本研究利用溪红点鲑转录组数据设计四核苷酸重复微卫星引物1 081对,选择其中200对进行引物合成,经过筛选鉴定共获得111个特异性好且扩增效率高的微卫星标记,用其中27个多态性标记比较分析了溪红点鲑引进群体和养殖群体的遗传多样性。结果显示,27个微卫星位点在2个群体中共检测到171个等位基因,多态性信息含量(PIC)为0.426 0~0.877 4,平均为0.673 1,其中23个位点高度多态(PIC≥0.5)。引进群体和养殖群体的平均等位基因数(Na)分别为5.555 6和4.444 4;平均有效等位基因数(Ne)分别为3.914 5和3.108 2;平均观测杂合度(Ho)分别为0.356 2和0.265 0;平均期望杂合度(He)分别为0.700 2和0.621 0;平均PIC分别为0.640 9和0.555 5。引进群体和养殖群体的遗传参数t检验结果显示,养殖群体的5项遗传多样性参数均显著或极显著低于引进群体,表明尽管溪红点鲑养殖群体的PIC仍处于高度多态水平(PIC≥0.5),但是经过多代群体自繁,已经出现等位基因严重富集的现象。经Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验显示,在引进群体和养殖群体中分别有8个和4个位点尚未偏离平衡,且多数位点表现为杂合子缺失。2个群体间具有高度遗传分化(Fst=0.164 2),遗传相似系数为0.582 2,遗传距离为0.540 9,表明引进和养殖溪红点鲑群体间存在显著遗传分化。  相似文献   

3.
凉山半细毛羊微卫星标记多态性的研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用微卫星技术对凉山半细毛羊核心育种群206个个体第1、2、3、9号染色体上的18个微卫星位点进行研究,检测微卫星在凉山半细毛羊中的等位基因数,计算等位基因频率(Pi)、遗传杂合度(H)和多态信息含量(PIC),分析了凉山半细毛羊微卫星DNA的多态性。实验采用的18个微卫星标记位点在凉山半细毛羊群体中,平均等位基因数为8.2778个(3~19个),平均多态信息含量为0.591(0.253~0.833),遗传杂合度均值为0.500(0.026~0.888)。表明该品种绵羊遗传多态性丰富,群体遗传变异较大,并且所选18个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究。  相似文献   

4.
本实验筛选出30个虹鳟Oncorhynchus mykiss微卫星标记在白斑红点鲑Salvelinus leucomaenis养殖群体中表现出多态性,并利用这30个标记来评价白斑红点鲑养殖群体的遗传结构。在随机采样的32个个体中共检测到143个等位基因,片段大小为106~454bp,标记的等位基因数(No)为2~11个,有效等位基因数(Ne)为1.135~7.161个,观测杂合度(Ho)为0.094~1.000,期望杂合度(He)为0.121~0.874,多态信息含量(PIC)为0.116~0.846。群体的5项遗传多样性参数平均值分别为4.767、3.006、0.423、0.568,及0.524。统计结果显示:白斑红点鲑养殖群体处于高度多态水平(PIC=0.524≥0.5)。经χ~2检验估计Hardy-Weinberg平衡,结果表明白斑红点鲑群体处于平衡状态,仅11个微卫星标记显著偏离了遗传平衡,其中OMM1112、OMM1130和OMM1231等6个标记表现为杂合子显著缺失(P0.05),而OMM3006、OMM3044和OMM3144等5个标记表现为杂合子显著过剩(P0.05)。本实验从近缘种中鉴定可用于白斑红点鲑遗传分析的共显性标记,评估白斑红点鲑种质的遗传多样性,为该引进种种质的保护和持续利用提供参考。  相似文献   

5.
本试验在一个镜鲤家系中,随机选取68尾作为实验鱼,在测量体重、体长、全长等数量性状的同时,利用15个微卫星分子标记对其进行遗传检测,共检测到40个等位基因,每个基因座的等位基因数为1~4个不等,平均等位基因2.66个,片段长度在132-551之间,有效等位基因数(Ne)为1.3721~3.8278,平均观察杂合度(Ho...  相似文献   

6.
戴习林  刘洁  李晶晶  江宗冰  明磊  蒋飞 《水产学报》2017,41(7):1083-1095
利用60对微卫星分子标记分别对罗氏沼虾3个养殖群体进行遗传多样性分析,通过比较样本量及标记量对遗传多样性指标的影响,探讨最适宜的样本量及标记量。结果显示,样本量和标记量的大小均对遗传多样性指数有较大的影响,其中样本量与平均等位基因数和平均有效等位基因数呈高度正相关,与杂合度和Nei氏遗传多样性指数分别呈中度、高度相关,样本量为10~30时,遗传参数变化差异显著,样本量大于30,变化差异不显著;标记量与遗传参数也存在不同程度的相关性,标记量为5~25时,各遗传多样性指数变化有明显差异,标记量大于25时,各遗传参数变化较小,多态信息含量不同的标记直接影响到群体遗传参数。性别对群体遗传多样性指标无显著性影响。研究表明,应尽可能选择多态信息含量高的微卫星分子标记开展罗氏沼虾群体遗传多样性分析,可不考虑样本性别,样本量不宜小于30,标记量不宜少于25。  相似文献   

7.
鲁翠云  耿龙武  李超  孙效文  徐伟 《水产学报》2013,37(8):1121-1128
大鳞鲃作为水产引进种,受建群数量较小的影响其遗传资源相对有限,因此在育种实践中有效地保护和利用现有的基因资源显得尤为重要。实验用24个微卫星标记分析了大鳞鲃养殖群体的遗传结构,在随机采样的96个个体中共检测到74个等位基因,各标记等位基因数为2~5个,片段大小为109~367 bp,有效等位基因数(Ne)为1.144 5~4.626 4,观测杂合度(Ho)为0.135 4~1.000 0,期望杂合度(He)为0.126 9~0.788 1,标记的多态信息含量(PIC)为0.118 3~0.749 0,平均为0.428 1。统计结果显示,大鳞鲃养殖群体处于中度多态水平;经χ2检验估计Hardy-Weinberg平衡,结果表明,大鳞鲃养殖群体处于平衡状态,但有8个微卫星标记显著偏离了平衡。利用SPSS 19.0的GLM模型分析24个微卫星标记与体质量、体长、体高和体厚的相关性,结果表明,B1、B20、B45、B51、B59、BC38与4项生长性状均具有显著相关性,B26与体质量、体高和体厚具有显著相关性,BC3与体质量和体长具有显著相关性,进而使用Duncan氏多重比较找到了每个微卫星标记具有生长性状优势的基因型。  相似文献   

8.
我国缢蛏养殖规模不断扩大,而缢蛏主产区苗种的遗传结构却缺乏系统的分析研究.利用微卫星标记和线粒体CO Ⅰ序列分析了我国浙闽沿海8个缢蛏群体的遗传多样性和遗传分化水平.基于微卫星标记的遗传多样性分析结果显示,群体的平均有效等位基因数(Ne)为6.2 ~9.0,期望杂合度(He)为0.806 ~0.875;基于线粒体CO Ⅰ标记的遗传多样性结果显示,单倍型多态性(Hd)为0.942 ~ 1.000,核苷酸多样性指数(P)为0.005 6~0.011 5.基于微卫星标记的群体间遗传分化值(FST)为0.001 4~0.063 8,除NH和SM群体外,其他群体间均具有显著性差异;基于线粒体CO Ⅰ标记的群体间遗传分化值(FST)为0.000 9~0.368 0,部分群体间具有显著性差异.基于微卫星标记和线粒体CO Ⅰ标记的聚类结果表明,位于同一海湾内的群体首先聚类在一起,但是浙江和福建沿海8群体并不符合地理距离隔离模式的聚类方式,而呈现出浙江群体和福建群体的交叉聚类.由此可见,我国缢蛏主产区浙闽沿海群体仍具有较高的遗传多样性水平,但是异地群体间产生了基因交流,并形成了新的地方性种群.  相似文献   

9.
微卫星分析四个大黄鱼群体的遗传多样性   总被引:3,自引:1,他引:2  
为保护人工养殖大黄鱼的种质资源,用15对微卫星标记对来自浙江沿海地区的四个大黄鱼养殖群体共171个个体进行了遗传多样性分析.结果显示,这些标记在四个群体中均表现出丰富的多态性;共检测到206个等位基因;各基因座观测等位基因数7~23个,平均等位基因数13.73,大小在88~318bp之间.四个群体的平均观测杂和度(Ho)为0.5981~0.6893,期望杂和度(He)为0.7319~0.7944,多态信息含量(PIC)0.7138~0.7836,表明四个养殖群体在所检测位点均具有较好的多态性.对遗传距离的计算结果表明闵粤东群体与反交群体较近,聚类结果中首先聚到一起.本研究首次选择微卫星标记评估人共选育大黄鱼群体的遗传多样性,并采用高精度的377 DNA测序仪进行检测,将对大黄鱼的种质资源保护提供科学依据.  相似文献   

10.
利用高通量测序的方法,从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记,通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中,所有位点共扩增出330个等位基因,等位基因数(N_a)范围为6~39,平均等位基因数为16.500 0;有效等位基因数(N_e)范围为1.352 9~33.361 7,平均值9.517 2;观测杂合度(H_o)范围为0.200 0~1.000 0,平均值0.671 5;期望杂合度(H_e)范围为0.265 6~0.987 7,平均值0.832 1;ShannonWeiner指数(Ⅰ)范围为0.648 3~3.585 8,平均值2.276 9;多态信息含量(PIC)范围为0.254 5~0.969 2,平均值0.803 5,共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中,N_a平均值为10.250 0,N_e平均值为5.843 4,H_o平均值为0.639 1,H_e平均值为0.763 6,I平均值为1.791 4,PIC平均值为0.720 7。结果显示,熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体,但仍然维持在高度多态水平。研究表明,在熊本牡蛎人工繁育过程中,使用大数量的亲本进行繁育,可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外,分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况,发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带,XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。  相似文献   

11.
牙鲆养殖群体遗传变异的微卫星标记研究   总被引:9,自引:0,他引:9  
应用10对微卫星引物对中国牙鲆一个养殖群体的30个个体进行了群体遗传结构分析。结果显示,微卫星标记比其他标记具有更高的多态性,10个微卫星座位的等位基因数在4~10之间,有效等位基因数在2.23~5.82之间,平均等位基因数为7.6,群体平均杂合度为0.6960,Hardy-weinberg遗传偏离指数的平均值为0.1774。  相似文献   

12.
The microsatellite DNA technique was used to detect the genetic variations between wild and cultured populations of Kuruma prawn Marsupenaeus japonicus Bate 1888. All the six microsatellite loci screened in this study showed high polymorphism for their PIC (0.6701–0.8989), which was much more than the standard value of 0.5. A total of 73 alleles were observed over six loci from 93 shrimps. The mean number of allele locus ranged from 9.83 (cultured) to 11.83 (wild). The number of effective alleles varied from 6.86 (cultured) to 8.58 (wild). The average of observed heterozygosity (Ho) of populations varied from 0.6935 (cultured) to 0.7370 (wild), and that of expected heterozygosity (He) was 0.8169 (wild) and 0.8209 (cultured). Tests of Hardy–Weinberg showed that these loci deviated significantly or highly significantly in one or both populations. Compared with the wild population, the cultured population showed little reduction in genetic variation. The total number of alleles (71, 59) was not significantly (P=0.296) different between wild and cultured populations. The paired‐samples t test of observed heterozygosity and expected heterozygosity implied that there was no significant difference (P=0.572 and 0.891 respectively) between wild and cultured populations. However, some rare allele loss might have occurred in the cultured population. A total of 14 unique alleles were found in the wild population, but only two unique alleles were observed in the cultured population. Therefore, there is a need to monitor genetic variability of cultured population, and to improve the hatchery program for the conservation of wild Kuruma prawn resources.  相似文献   

13.
选用来源于鲤基因组中的鳞被相关基因(ant、eda、edar、fgfr)及其上下游序列中的155个微卫星标记,对德国镜鲤(Cyprinus carpio L.)与黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)杂交的F2 116尾个体的遗传多样性进行检测,以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡.结果表明,36个微卫星标记表现为多态,各标记的等位基因数在2~4个浮动,共检测到86个等位基因,平均每个标记2.388 9个;平均有效等位基因数为2.209 4;平均观测杂合度为0.624 5;平均期望杂合度为0.529 2;平均多态信息含量为0.432 1,其中23个微卫星标记表现为中度多态(0.25≤PIC<0.5),13个微卫星标记表现为高度多态(PIC≥0.5),说明这个群体属于中度多态性水平.Hardy-Weinberg平衡检验结果显示,61%标记显著偏离平衡,人工选择压力和自交对家系造成了严重的影响.SPSS 17.0分析发现分别有10(28%)、7(19%)、7(19%)和11个(31%)标记与体质量、体长、体高和体厚存在显著相关性,并发现11个优势基因型.源于鳞被相关基因的微卫星标记与生长性状连锁的比例较高,以上结果从分子水平上提示鳞被基因与所研究4种生长性状存在一定的相关性.  相似文献   

14.
The level of genetic diversity in a cultured Atlantic salmon (Salmo salar) population from Tasmania, Australia was examined at 11 microsatellite loci and compared with that in its progenitor population from the River Philip in Nova Scotia, Canada. The reference progenitor population consisted of archived scales collected from wild River Philip salmon in 1971 and 1972, not long after salmon from this river were imported into Australia in the mid‐1960s. The Tasmanian hatchery stock had a significant reduction in the mean number of alleles (31–43%) and mean allelic richness (28–39%) across all microsatellite loci compared with the wild Canadian population. Mean heterozygosity levels remained unchanged. Estimates of per‐generation effective population sizes for the Tasmanian population, based on allele frequency temporal variance with the wild progenitor population, ranged from 102–207 individuals and reflected hatchery records.  相似文献   

15.
采用微卫星标记技术分析不同世代三疣梭子蟹选育家系的遗传结构。利用16个多态性微卫星位点分析了三疣梭子蟹家系F1到F4 4个选育家系的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代家系遗传多样性指标值逐渐下降,F1到F4 16个微卫星位点的平均多态信息含量从0.675 3下降到0.406 1,平均等位基因数从3.500 0下降到2.133 3,平均观测杂合度从0.643 5下降到0.4774,平均等位基因纯合率从0.566 9下降到0.402 4。对各个位点进行H-W检验,每个世代出现不同程度的平衡偏离。对各家系进行F-检验,结果表明,各家系存在不同程度的遗传分化,19.07%的遗传分化来自群体间,80.93%的遗传分化来自群体内。另外,对FIS值的计算显示,4个家系在整体上均表现为一定程度的杂合子缺失,其中F4有12个位点、F3有6个位点、F2有3个位点、F1有8个位点处于杂合子缺失状态。遗传距离逐渐增加,相邻世代间的遗传相似性逐步升高。经过连续4代的选育,选育群体的遗传基础逐步得到纯化,基因型逐渐趋向纯合、稳定,经进一步的选育可望获得较稳定的品系。  相似文献   

16.
王佳佳  王琼  秦桢  陈耀辉  李健  李吉涛 《水产学报》2023,47(6):069606-069606
为了探究SSR标记对凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体遗传结构的影响,为凡纳滨对虾种质资源的遗传改良提供基础信息。实验利用MISA软件对凡纳滨对虾全基因组SSR位点进行搜索,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳获得多态性高的SSR标记,基于POPGENE 1.32、PIC-CALC和Mega 6.0软件分析6个不同来源的凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体结构特征。在凡纳滨对虾全基因组数据中共鉴定出10 453 975个微卫星,约占基因组序列总长度的18.56%,其中,二碱基微卫星最丰富,占总数的82.15%。利用具有多态性的14个SSR标记分析3个国内群体[桂海1号(CG)、海兴农2号(CH)和山东养殖群体(CT)],及3个国外群体[厄瓜多尔1号(FO)、厄瓜多尔2号(FT)和墨西哥群体(FM)]的遗传特征。结果显示,14个SSR标记在6个群体中共检测到208个等位基因变异,等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态性信息含量的范围分别为6~25、0.112~0.994、0.234~0.925和0.226~0.918;遗传多样性丰富程度为CH>FO>FM>CT>FT>...  相似文献   

17.
为深入了解罗氏沼虾抗病选育群体的抗病力和遗传信息,通过人工注射溶藻弧菌感染16个罗氏沼虾选育群体,并利用微卫星分子标记对选育群体进行遗传结构分析。结果显示,16个选育群体抗溶藻弧菌感染能力存在明显差别,并从中鉴定出抗病力强的群体3个(SCR11-6、SCR11-11和SCR11-16),其在感染溶藻弧菌感染后的成活率达80%;抗病力比较强的群体7个;抗病力一般的群体4个,成活率为65%~70%;抗病力差的群体2个,成活率为35%~50%。8对微卫星引物共检测到53个等位基因,每对引物的等位基因数为5~9个,平均为6.625个,多态信息含量(PIC)为0.629 4~0.829 4,平均为0.732 3。16个群体的平均PIC为0.493 2~0.695 6,平均观测杂合度为0.506 2~0.651 3,平均期望杂合度为0.551 9~0.733 2,遗传相似系数平均为0.655 2,遗传距离平均为0.434 4。并对DP和SP两群体罗氏沼虾个体扩增出的差异条带进行统计,分析其与罗氏沼虾抗病性状的相关性。结果表明,5个微卫星位点SUGbp8-103b、SUGbp8-101c、MRMB11、SUGbp8-137和MRMC2分别在203、263、185、335和96 bp等位基因与罗氏沼虾抗病性状存在一定的相关性,其中,位点MRMB11在185 bp等位基因跟抗病性有极显著的正相关性,相关系数为0.282。研究表明,16个选育群体中有4个群体的抗病力较强,同时与其它12个选育群体相比,这4个群体遗传多样性也比较丰富,这些罗氏沼虾群体的筛选为罗氏沼虾抗病新品种的培育奠定了重要基础。  相似文献   

18.
In this study, multiplex PCR panels were developed to amplify 20 microsatellite markers for red sea bream, Pagrus major, with the aim of reducing labor and material costs associated with genetic analysis of this species. The usefulness of these panels was validated in 200 fish collected at five sampling locations. The occurrence of null alleles was suggested at five markers, which were dropped from further analysis. The remaining 15 microsatellite loci showed high levels of heterozygosity (H E range 0.34–0.97, H O range 0.32–1) and a wide range in the number of alleles per locus (A; range 5–46). Increasing the number of microsatellite loci from three to ten and 15 improved the performance of the panels for population differentiation (F ST) and estimation of Nei’s (D S) genetic distance. The results of this study confirm the usefulness of genotyping a large number of microsatellite DNA markers to expand our knowledge of red sea bream population genetics.  相似文献   

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