鲤鱼基因组同源框Hoxa3a序列同源性分析与分子进化研究

本文利用生物信息学软件分析了鲤（Cyprinus carpio）基因组中同源框基因Hoxa3a与多种鱼类及其它生物的同源性,构建了分子进化树。结果表明：鲤与斑马鱼（Danio rerio）的序列同源性最高为95%,与大西洋鲑（Salmo salar）等四种鱼类的同源性次之为84%,与米氏叶吻银鲛（Callorhinchus milii）和鳐（Leucoraja erinacea）的同源性最低为74.5%,与三种鸟类的同源性为75%左右。这结果也说明,Hox同源框基因序列在进化上高度保守。在序列比较的同时发现了2个鲤的SNP位点,T101C和A213G。上述研究结果,对于保护生物多样性（尤其是遗传多样性）的研究,揭示生物进化历程及机理具有十分重要的意义。     

鲤脂肪酸合成酶基因的克隆与表达分析

脂肪酸合成酶(FASN)是动物体内脂肪酸合成的关键酶。本研究利用逆转录PCR和RACE技术获得鲤Cyprinus carpio FASN全长cDNA序列为8 927bp,开放阅读框7 533bp,编码2 511个氨基酸。FASN蛋白质相对分子量274 145.67D,理论等电点(PI)为6.10。氨基酸同源性分析结果显示:鲤FASN基因与其他鱼类同源性为75.13%~95.34%,与人同源性为61.81%。系统进化树结果显示:鲤FASN氨基酸序列与金线鲃Sinocyclocheilus grahamia聚为一支,同源性最高。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测结果表明:FASN基因鲤脑组织中表达量最高,肝脏次之,血液中最低。鲤FASN基因的获得为进一步深入研究鲤脂肪酸的合成途径及脂肪发育分子调控机制奠定了基础。     

厚颌鲂(Megalobrama pellegrini)神经肽Y cDNA克隆和序列分析

利用RT-PCR的方法获得了厚颌鲂(Megalobrama pellegrini)NPY基因的编码序列。结果显示:厚颌鲂NPY基因长度为302 bp,包含了NPY基因291 bp的整个开放阅读框,共编码96个氨基酸,其分子量预测值为10987.4,理论等电点为5.72。通过ClustalX软件,将厚颌鲂与21个物种NPY的氨基酸序列进行比对,再结合Blastp分析的结果发现,厚颌鲂NPY氨基酸序列与鲤、中华倒刺鲃、鲫、斑马鱼、岩原鲤等鲤科鱼类的同源性最高,其同源性分别为100%、97%、95%、93%、93%。根据包括厚颌鲂在内的22个物种的NPY氨基酸序列的同源性构建进化树,其同源性与各鱼种分类地位一致。     

镜鲤脂肪酸延长酶5基因的克隆和表达分析

脂肪酸延长酶5(ELOVL5)是高不饱和脂肪酸(HUFA)合成的关键酶之一。为了研究鲤HUFA合成的能力和机制,本研究采用RT-PCR和RACE技术获得镜鲤ELOVL5全长c DNA序列。ELOVL5基因c DNA全长1 121 bp,开放阅读框为876 bp,编码291个氨基酸。序列分析显示,镜鲤ELOVL5氨基酸序列包含1个组氨酸簇(HXXHH),1个典型的内质网驻留信号,多个跨膜区域和多个保守区域(KXXEXXDT、QXXFLHXYHH、NXXXHXXMYXYY、TXXQXXQ),具有典型的脂肪酸延长酶的结构特征。氨基酸同源性分析结果显示,镜鲤ELOVL5基因与其他鱼类同源性为79.0%~93.1%,与人同源性为69.0%。通过实时荧光定量PCR(RT-q PCR)检测该基因在镜鲤不同组织中的表达量,发现脂肪酸延长酶基因在镜鲤肝中表达量最高,其次为脑,在背部肌肉中表达量最低。镜鲤ELOVL5基因的获得为进一步研究镜鲤HUFA的合成途径及调控机理奠定了基础。     

用RAPD方法研究草鱼、柏氏鲤和3个地理种群鲤的亲缘关系

用２４种随机引物对雅罗鱼亚科（Ｌｅｕｃｉｓｃｉｎａｅ）的草鱼，鲤亚科（Ｃｙｐｒｉｎｉｎａｅ）的柏氏鲤和３个地理种群鲤（荷包红鲤、黑龙江野鲤和德国镜鲤）进行ＲＡＰＤ分析，构建了这５种鱼类的基因组指纹图谱。通过对获得的基因组指纹图谱的量化分析，利用ＵＰＧＭＡ重建了它们之间的亲缘关系。结果鲤种内３个地理种群之间的相似性高于鲤和柏氏鲤种间的相似性，而草鱼与另４种鲤亚科鱼类亚科之间的差异明显高于柏氏鲤、黑龙     

利用EST-SSR分子标记研究鲤的饲料转化率性状

饲料转化率是重要的经济性状，通过QTL定位获得的紧密连锁标记以及相关基因，是遗传育种的重要工具。本文利用70个鲤的EST-SSR，对鲤全同胞家系92个体的基因组DNA进行扫描，得到符合1∶1孟德尔分离类型的位点48个，3∶1孟德尔分离类型的位点22个。采用拟回交策略对符合1∶1分离的标记与鲤饲料转化率性状进行单标记回归分析。结果表明：HLJE335、HLJE253、HLE547、HLJE92、HLJE203、HLJE231等6个标记与饲料转化率性状相关（P<0.05）。其中，HLJE547和HLJE203两个标记与饲料转化率相关性达极显著水平（P<0.001），分别解释了表型变异的11.00%、11.00%。应用NCBI数据库，分别对与性状极显著相关的2个ESTSSR标记进行同源性比对，发现标记HLJE547与斑马鱼基因组中编码ATPase, H⁺ transporting, lysosomal的核酸序列同源（同源性为74%），与斑马鱼编码的ATPase, H⁺ transporting, lysosomal的蛋白序列同源（同源性为92%）。推测ATPase可能通过影响鲤消化与吸收等生物学机制，从而影响鲤的饲料转化效率。     

以色列研究鱼类混养最佳比例

以色列在鲤遗传改良和池塘混养方面的研究比较先进。为研究鱼类混养最佳比例,道尔鱼类研究站在半精养混养系统中,比较了鲤和罗非鱼的三种不同混养比例（1:1、1:2、1:5）对产量和效益的影响。试验在9个100m2的土地中进行,放养密度为1尾／m2。每池混养鲤和杂交罗非鱼（尼罗罗非鱼×奥利亚罗非鱼）900尾,并混养50尾草鱼和鲢。结果表明：鲤与罗非鱼混养比例为1：2和1：5的池塘效益分别比混养比例为1：1的池塘提高35％和41％。可见鲤与罗非鱼混养比率为1：5效益最高。以色列研究鱼类混养最佳比例@任维美     

三种鲤鱼肌肉营养成分分析与品质评价

对三种类型鲤鱼肌肉营养成分进行了比较分析,并对其营养品质进行了评价.结果表明:州河鲤、乌克兰鳞鲤和杂交鲤的肌肉蛋白质含量分别为22.4%、16.8%和19.5%,其中州河鲤蛋白质含量最高,杂交鲤次之,但高于其他经济鱼类.州河鲤脂肪含量最高,为6.62%,稍低于青鱼,但高于其他经济鱼类.乌克兰鳞鲤脂肪含量最低,为0.53...     

鲤鱼（建鲤）营养与配合饲料（一）

鲤鱼（建鲤）营养与配合饲料（一）鲤鱼是我国主要养殖鱼类，迄今已有二千四百多年的饲养历史。建鲤是淡水渔业研究中心张建森、孙小异教授等人以特定的荷包红鲤和元江鲤为亲本，采用家系选育、系间杂交及雌核发育等技术综合育种新方法而培育成的，经杂交定向选育成遗传性...     

东莞淡水和河口鱼类资源状况调查

2005年11月至2009年8月,通过实地调查和采集标本的方法,调查记录了东莞鱼类共计98种,分别隶属于14目34科。其中鲤形目最多,共3科43种,占总数的43.88%;其次为鲈形目和鲇形目,分别占27.55%和9.18%。调查发现,东莞鱼类分布的特点主要为鲌亚科、雅罗鱼亚科、鲿科和鲇科等河道性鱼类主要分布于东江干流;平鳍鳅科、鳅科、野鲮亚科和亚科鱼类等喜流水性鱼类则主要分布于东莞东部及东南部的溪流中;而花鲈（Lateolabrax japonicus）、七丝鲚（Coilia grayi）、凤鲚（C.mystus）、花（C lupanodon thrissa）等咸淡水鱼类主要分布于珠江口至石龙一带。调查还显示,东莞的鱼类资源出现了衰退,主要表现为名贵、特色鱼类的减少及鱼类小型化的出现。文章还对东莞鱼类资源衰退的原因及保护对策进行了论述。     

金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析

对金鱼(Carassius auratus)核糖体转录间隔区(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示,克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为17.0%、14.6%、33.0%、35.4%;与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示,其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低,在26.0%~61.6%之间;根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。     

驼背鲈线粒体细胞色素b基因的序列分析

采用PCR—DNA测序技术，对驼背鲈线粒体DNA细胞色素b（Cytb）基因全序列进行分析。获得长度为1141bp的Cytb基因片段，序列碱基组成平均是T为29．1％，C为32．3％，A为23．2％，G为14．0％，A＋T的碱基百分比总体上略大于C＋G，平均值分别是52．3％和46．3％。与其它鱼类相同基因片段碱基序列含量相似。在由核苷酸推导的氨基酸中，亮氨酸（Leu）所占的比例最高，为16．03％。     

鱼类Hox基因簇结构、表达和进化方面研究进展

Hox基因（horneobox genes,同源异型盒基因）是一类含有同源框、参与动物早期胚胎发育的关键基因。其在胚胎发育中的表达水平对组织和器官的形成有重要的调控作用。脊索动物如文昌鱼（Branchiostoma floridae）有1个Hox基因簇,包括15个基因;哺乳动物有4个基因簇,各含有约13个Hox基因,位于4条染色体上;硬骨鱼类的连锁群更多,如斑马鱼（拉丁名）基因组中有7个Hox基因连锁群。分析不同鱼类的同源框基因家族（Homobox gene familv,Hox）的结构组成,揭示Hox基因家族在不同进化时间的进化动态和规律,以更好地阐释在新基因形成、物种分化以及维持遗传系统稳定性等作用,探讨DNA序列的同源性和不同物种间的亲缘关系,这对于保护生物多样性,尤其是遗传多样性、揭示生物进化历程及其机理具有参考意义。     

鲤、鲢、鳙、草鱼消化道消化酶种类和活性的比较研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳方法研究了鲤、鲢、鳙、草鱼亲鱼消化道消化酶的种类；用比色法及滴定法分别测其消化酶相对活性。结果表明：鲤、鲢、鳙、草鱼4种鱼消化道的蛋白酶、淀粉酶活性与食性有明显的相关性。其中，蛋白酶活性依次为鲤〉鲢〉鳙〉草鱼；淀粉酶活性依次为草鱼〉鲤〉鳙〉鲢。脂肪酶活性与食性的关系不明显。四种鱼消化酶的表达与消化道的组织结构特征相一致，消化道前2／5部位（G1、G2）的消化酶活性最高，是无胃鱼消化道的主要消化场所。消化道中央部位（G3）的消化酶活性次之，能将未消化完全的食糜进一步消化，而消化道后段（G4、G5）消化酶活性最低。可见，消化酶活性及消化功能呈递减形式，食物在消化道中随着消化、吸收，逐渐排出体外。本研究为鲤、鲢、草鱼、鳙4种鱼的营养生理学、高效饲料配比的研制及种质资源的科学管理提供理论依据。     

鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析

运用CodonW程序计算和统计分析了鲤和斑马鱼HOX基因家族密码子组成、同义密码子使用频率。结果表明,鲤和斑马鱼HOX基因家族的最优密码子分别为6和9种。鲤和斑马鱼以A或u结尾的密码子发生强烈偏向;最优密码子的使用频率（Fop）与密码子适应指数（CAI）、密码子偏爱指数（CBI）、基因的G＋C含量（GC）,尤其是第三位密码子的G＋C百分含量（GC3S）之间呈极显著的正相关（鲤和斑马鱼的相关系数分别为r=-O．5946和0．7884、0．9772和0．9616、0．3356和0．5380、0．5424和0．8144）,而与有效等位基因数ENc存在显著负相关（相关系数r=-0．1241和0．3987）。实验表明：同义密码子第三位密码子碱基含量和组成直接影响着最优密码子使用偏性,基因的表达水平越高,对密码子的使用偏性越强。     

硬骨鱼类免疫球蛋白分类及多样性产生机制研究进展

鱼类是最先出现免疫球蛋白的低等脊椎动物,对研究免疫球蛋白的起源、进化具有重要的意义。IgM和IgD是最先被人类发现和认识的鱼类免疫球蛋白,随着科技进步和研究深入,陆续在斑马鱼（Danio rerio）、虹鳟（Oncorhynchus mykiss）及鲤鱼（Cyprinus carpio）中发现了IgZ、IgT、IgM-Z等。与哺乳动物的免疫球蛋白一样,不同种鱼,甚至同种鱼不同个体间,免疫球蛋白的形态结构、基因类型、生物学功能等均有差异。为了进一步认识鱼类免疫球蛋白及其免疫应答的机制,本文综述了鱼类免疫球蛋白的分类和多样性机制等。     

新疆两种裂腹鱼形态学和COI基因的比较分析

运用多变量形态度量学方法结合线粒体COI基因序列,比较分析了新疆和田河两支流（喀拉喀什河、玉龙喀什河）塔里木裂腹鱼（Schizothorax biddulphi）和厚唇裂腹鱼（S.irregularis）的遗传差异。对这两种鱼67尾的31个测量指标进行分析,其中5个性状表现出极显著差异（P〈0.01）,6个性状表现出显著差异（P〈0.05）。在主成分散点图中,这两种裂腹鱼个体间存在交叉现象,没有明显界限,二者外部形态差异较小,难以有效区分。分析了627bp的COI基因序列碱基组成,均表现为G碱基含量最低而C碱基含量最高,A＋T含量大于C＋G含量。26尾塔里木裂腹鱼和厚唇裂腹鱼共检测到6种单倍型和5个核苷酸多态位点,其单倍型多样度分别为0.733和0.556,核苷酸多样度分别为0.00158和0.00089,其中417bp处的C/T转换为二者特有。     

山西省主要河流鱼类分布及物种多样性分析

在2008-2011年山西省鱼类本地调查基础上,研究了山西省主要河流鱼类种群、区系分布、渔获物组成、河流断面优势种、主要经济鱼类生长及鱼类资源状况等。结果显示：山西省主要河流中共有95种鱼类,分属8目14科。本次调查采集到鱼类68种,其中黄河干流最多,计42种。从渔获物组成看,各河段的第一优势种为麦穗鱼Pseudorasbora parva或 Hemiculter leucisculus;经济鱼类中,丰满度系数最大的为滹沱河的鲫鱼Carassius auratus、最小的为黄河干流的乌苏里拟鲿Pseudobagrus ussuriensis;多样性指数最高的为黄河干流,该河段物种丰富,多样性水平相对较高;鱼类资源变化表明,山西省主要河流鱼类资源量呈锐减趋势。     

鲫血清转铁蛋白cDNA克隆及系统发育进化序列分析

鱼类血清转铁蛋白是鱼类血清中一种非血红素结合铁的β—球蛋白。从GenBank数据库查询发表的鱼类转铁蛋白cDNA或基因序列,根据铁离子结合及转运功能位点,设计并合成了两对引物P1、P4以及P2、P3,克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA中的核心片段,长度为866bp。再根据克隆出的核心片段分别设计上游及下游两对引物P5、P6以及P7、P8,随后用RACE方法分别克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA的5’端(787bp)和3’端(1081bp)以及全长cDNA,最后在计算机上排列出鲫血清转铁蛋白全长cDNA,长度为2444bp。比较了14种鱼血清转铁蛋白cDNA序列的同源性,其同源性在30％～80％之间,结果显示鲤科鱼类(鲫、银鲫、鲤及斑马鱼等)具有很近的亲缘关系;同时进行了系统发育进化分析,证实了鱼类血清转铁蛋白进化的保守性和氨基酸序列的高度同源性。