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相似文献
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1.
用微卫星标记分析湘华鲮野生群体遗传多样性   总被引:1,自引:0,他引:1  
为了解湘华鲮天然种质资源现状,用38对鲤科鱼类微卫星引物对其群体进行全基因组扫描,结果筛选出15对能够获得稳定扩增条带的引物。以鲮鱼养殖群体为对照群体。在15个微卫星位点中,湘华鲮多态性位点9个,对照群体6个。通过分析湘华鲮微卫星位点PCR产物的电泳图谱,共检测到40个等位基因,每个位点的等位基因数目介于1~5之间,其平均等位基因数为2.67个,平均有效等位基因数为1.47个,平均观察杂合度为0.2289,平均期望杂合度为0.2730,平均多态信息含量(PIC)为0.2440,多数Hardy-Weinberg平衡偏离指数值偏离平衡值,与对照组无显著性差异。本研究表明湘华鲮野生种群结构不合理,遗传多样性低,种质资源处于危险状态。  相似文献   

2.
黑龙江和乌苏里江唇的微卫星引物筛选及群体遗传结构   总被引:1,自引:1,他引:0  
利用鲤(Cyprinus carpio L.)(20对引物)和Hemibarbus mylodon(21对引物)共41对微卫星引物对黑龙江(逊克,XK)和乌苏里江(虎头,HT;海青,HQ)的3个野生唇[鱼骨](Hemibarbus labeo)群体进行引物适合性研究,并将获得的多态性微卫星位点用于唇[鱼骨]群体遗传结构分析。引物筛选结果表明,5对鲤引物可对唇[鱼骨]扩增出条带,但产物均无多态性;11对H.mylodon引物能在唇鱼骨中成功扩增,10对引物(10个位点)的扩增产物具有多态性,其中7个位点为高度多态(PIC〉0.5)。对3个唇[鱼骨]群体进行遗传多样性分析,结果显示10个位点的平均杂合度为0.4834,共检测到96个等位基因(40个有效等位基因),以HT群体的遗传变异水平最高。卡方检验结果表明,8个位点在3个群体中不同程度地偏离遗传平衡(P〈0.05),且偏离平衡的位点均表现为杂合体缺失(Fis〉0)。3个群体两两间具有较多的基因交流(Nm〉11),以XK和HQ间最高(17.27),二者的遗传距离也最近(0.0497),群体间的遗传分化微弱(Fst=0.0236)。以上结果表明,H.mylodon的微卫星引物适合于唇[鱼骨]的群体遗传变异研究。黑龙江和乌苏里江的野生唇[鱼骨]资源受人为及环境因素的影响较大;3个群体间的遗传分化不明显,乌苏里江的HT群体更适合在人工繁殖计划中利用。[中国水产科学,2008,15(2):230-236]  相似文献   

3.
用33对在尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)中能有效扩增的微卫星引物,对橙色莫桑比克罗非鱼(Oreochromis mossambicus)进行PCR扩增,结果有32对引物能获得稳定的特异性条带,占总数的97.0%,其中15个微卫星位点具多态性,表明大部分尼罗罗非鱼的微卫星位点存在于橙色莫桑比克罗非鱼中。用具多态性的15个微卫星位点,对橙色莫桑比克罗非鱼30尾个体进行扩增分析,结果共检测到44个等位基因,大小在113~232bp之间,平均多态信息含量(PIC)为0.4308,平均观测杂合度(鼠)为0.5489,平均期望杂合度(垃)为0.5248,个体间平均遗传距离为0.3132,表明所选橙色莫桑比克罗非鱼群体遗传多样性较丰富,种群结构比较合理。本研究还对尼罗罗非鱼和橙色莫桑比克罗非鱼间特异位点进行了分析,发现有7个位点(UNH899、UNH208、UNH853、UNH876、UNH222、UNH933、UNH773)可有效区分莫桑比克罗非鱼和尼罗罗非鱼,可作为罗非鱼种质鉴定的分子标记。[中国水产科学,2008,15(3):400-406]  相似文献   

4.
剑尾鱼RW-H近交系的遗传结构分析   总被引:6,自引:1,他引:5  
李霞 《水产学报》2004,28(4):365-370
筛选31条随机引物对剑尾鱼的第8代近交RW-H系A、B、C3窝共11尾剑尾鱼个体基因组DNA进行RAPD扩增,计算近交系个体间及不同窝间的相似系数及遗传距离。结果筛选的31条引物共扩增出383条带,扩增片段的大小在0.2~3kb。其中多态性带30条,多态性带频率在0~58.33%,平均为7.83%。近交系剑尾鱼不同个体拥有相同条带的比率较高。计算得到近交系的平均相似系数(S)为0.9829(0.9716~0.9960),平均等位基因频率(q)为0.8692,最低平均杂合率(H)为0.1308。同时,用5个微卫星标记对非选育剑尾鱼和近交系RW-H系的基因组进行分析,检测等位基因的个数和大小,结果5个微卫星座位在非选育剑尾鱼中显示为多态,而在近交系RW-H系除1个位点出现等位基因外,其余均为纯合子,计算得到近交系的平均遗传相似系数为0.9345,两种方法均证明近交RW-H系第8代剑尾鱼有较高的遗传纯合度。  相似文献   

5.
牙鲆养殖群体遗传变异的微卫星标记研究   总被引:9,自引:0,他引:9  
应用10对微卫星引物对中国牙鲆一个养殖群体的30个个体进行了群体遗传结构分析。结果显示,微卫星标记比其他标记具有更高的多态性,10个微卫星座位的等位基因数在4~10之间,有效等位基因数在2.23~5.82之间,平均等位基因数为7.6,群体平均杂合度为0.6960,Hardy-weinberg遗传偏离指数的平均值为0.1774。  相似文献   

6.
仿刺参的微卫星标记   总被引:17,自引:5,他引:12  
为了评价种质资源及基础生物学研究的需要,本文开发了仿刺参的微卫星标记。NCBI数据库中共有20个含有仿刺参微卫星的序列,从中选取8个设计引物,发现6个微卫星位点有多态性。不同的引物获得的等位基因数为3~9个不等,6个位点共获得了31个等位基因,每个位点平均获得5.2个等位基因。6个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.3611,平均期望杂合度(He)为0.6402。位点AJMS004提供的多态性信息含量值较低,为0.4862;其他5个位点均在0.5以上。另外,还尝试了红海参(Parastichopus californicus)微卫星标记在仿刺参的通用性。实验结果表明,在较高的退火温度下,5对引物均能扩增仿刺参的基因组DNA并具多态性。5个位点共获得了22个等位基因,每个位点平均获得4.4个等位基因。5个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.1733,平均期望杂合度(He)为0.4201。其中位点Psc2的多态性信息含量值最高,为0.8500。  相似文献   

7.
本文采用磁珠富集法筛选新疆扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps Day)的微卫星分子标记,获得13个位点,同时随机抽取1000对鲤引物检测扁吻鱼同源位点的多态性,获得具多态性位点18对。应用31对引物对扁吻鱼与塔里木裂腹鱼(Schizthorax biddulphi)进行遗传多样性分析,共检测到110个等位基因,每个位点的等位基因数为2~6个,扁吻鱼群体平均多态信息含量为0.5353,平均观测杂合度为0.5306,平均期望杂合度为0.6057。表明扁吻鱼群体多态性较高,遗传多样性处于中等偏上水平。群体间遗传距离为0.4763,遗传相似系数为0.6211,表明两个群体为同科不同属的群体。  相似文献   

8.
巨(Bagarius yarrelli)为云南特有的经济鱼类,利用随机扩增多态性 DNA(RAPD)技术对元江下游的河口巨野生群体进行了遗传多样性分析,在50条随机引物中筛选出19条多态性较好的引物,通过 PCR 扩增,19条引物在巨群体中共检测到67个位点,其中多态性位点66个,平均多态性位点比率为98.51%,个体间平均遗传相似系数为0.8909,个体间平均遗传距离为0.1176;群体 Nei′s 基因多样性指数为0.2916, Shannon 信息指数为0.4269,结果表明巨野生群体具有较高的遗传多样性。  相似文献   

9.
为探明湘黔山区稻田养殖呆鲤群体的遗传多样性现状,采用14对微卫星引物对湘西永顺、怀化藕团、黔东南锦屏县的呆鲤养殖群体与湘江野鲤自然群体、兴国红鲤养殖群体的遗传多样性及群体间的遗传分化水平进行研究。结果显示:14个微卫星位点平均等位基因数为16.571~19.214,平均有效等位基因数为9.420~11.143,各群体的平均遗传观测杂合度为0.705~0.778,平均期望杂合度为0.884~0.893,平均多态信息含量为0.883~0.891;各位点群体间的遗传分化系数平均值为0.017,基因流为3.088~27.730,5%的遗传变异来自于群体间,而95%的变异来源于群体内个体间和个体内。试验结果表明,本次采集的5个群体均具有较高的遗传多样性,群体间存在一定的基因流动且遗传分化较弱,在长期的稻田养殖条件下,呆鲤群体遗传多样性未下降,未与湘江野鲤产生明显分化,但藕团呆鲤与湘江野鲤产生了一定的遗传分化。  相似文献   

10.
从中国对虾ESTs中筛选微卫星标记的研究   总被引:27,自引:2,他引:25       下载免费PDF全文
徐鹏 《水产学报》2003,27(3):213-218
利用生物信息学方法在含有10446个中国对虾ESTs的数据库中进行微卫星序列的筛选,共发现微卫星序列229个,占整个ESTs数据库的2.19%,其中含双碱基重复序列146个和3碱基重复序列58个,分别占在ESTs数据库中发现微卫星序列总数的63.76%,和25.33%,大部分发现的微卫星序列均为Perfect形式的重复序列。根据筛选得到的微卫星序列设计并合成引物19对进行多态性检测,在有扩增产物的16对引物中,首次筛选得到8个中国对虾微卫星标记,并对这些微卫星标记进行了等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度、PIC值等统计学指标的评价。结果表明,在8个微卫星位点上,等位基因的数目从5到15不等,等位基因长度从:165~305bp,期望杂合度和多态性信息含量分别为0.59到0.89和0.56到0.88,表明这8个中国对虾微卫星标记完全适合于遗传分析。  相似文献   

11.
斑马鱼微卫星分子标记检测鲤鱼种间多态性   总被引:11,自引:0,他引:11       下载免费PDF全文
用6072对斑马鱼(Danio rerio)微卫星引物对黑龙江鲤(Cyprinus carpio haematopterus Temminck et Schlegel)、荷包红鲤(Cyprinus carpio var.wuyuanensis)和柏氏鲤(Cyprinus pellegrini Tchang)进行种间遗传差异分析,共发现563个斑马鱼微卫星标记在鲤鱼种间表现出多态性。从中随机抽选25个标记,对斑马伍和3种鲤鱼的遗传多样性进行分析,使用Phylip3.63软件按照Nei氏标准遗传距离计算种间遗传距离,再用MEGA3.0软件绘制NJ系统发生树,并进行1000次bootstrap检验系统树。结果显示,黑龙江鲤与荷包红鲤首先聚类,然后是柏氏鲤、斑马鱼。这些具有多态性的斑马鱼微卫星标记可用于鲤鱼种间种质鉴定,同时,借用模式生物斑马鱼的丰富遗传标记资源,增加同科的鲤鱼遗传连锁图谱上遗传标记的密度,必将对鲤鱼遗传育种进入分子育种时代起到促进作用。  相似文献   

12.
利用10个微卫星标记,对2代群体选育的建鲤(Cyprinus carpio var.Jian)和封闭水体的广西野生鲤鱼进行遗传多样性分析,共检测到53个等位基因,等位基因位点数在4~7个之间,平均等位基因数5.3个,片段长度在118~284 bp之间,有效等位基因在1.167 5~1.520 3,平均为1.360 2,广西野生鲤群体的有效等位基因数1.562,大于建鲤的1.388;位点观测杂合度在0.397~0.762之间,平均为0.562 6,期望杂合度0.301~0.629之间,平均0.463 3,广西野生鲤群体的期望杂合度0.581,大于建鲤的0.473;微卫星位点多态性信息含量(PIC)在0.289 7~0.685 0之间,平均多态信息含量0.438 8,为中度多态性,广西野生鲤群体多态信息含量0.685,大于建鲤的0.424,两个群体平均基因分化系数为0.106 9,广西本地野生鲤与建鲤的遗传距离为0.1463,相似性系数为0.828 4,表明广西野生鲤与建鲤之间存在明显的遗传异质性。  相似文献   

13.
试验用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对黄鳝属中产自缅甸的山黄鳝、印度尼西亚的穴黄鳝及中国的黄鳝的混合DNA进行引物筛选。40条引物有35条引物扩增出多态性片段。35条引物共获得334个扩增片段,长度为250~5417bp。  相似文献   

14.
利用4种鲤科鱼类的14对微卫星引物对西江流域一批野生鲮进行PCR扩增。将各扩增条带进行克隆测序,发现引物MFW1、MFW2、MFW15、MFW17、Cc7、Cc11、Bgon22扩增出的产物含有微卫星重复序列。进一步对鲮的微卫星位点MFW1、MFW2、Cc7重新设计引物,并将其分别命名为Cm1、Cm2、Cm3,新引物对鲮的扩增特异性增强。采用引物Cm1、Cm2、Cm3、Cc11、MFW15、MFW17、Bgon22对西江流域一批野生鲮进行引物适用性检验。结果表明,除引物MFW15、Cc11无多态性外,其余5对引物(Cm1、Cm2、Cm3、MFW17、Bgon22)在取样群体中扩增图谱带型丰富,随引物不同,各标记在群体中检测到的等位基因数为2到16个。各微卫星座位的期望杂合度(He)及观察杂合度(Ho)范围分别为0~0.9038和0~1,平均分别为0.6881(0.1819SD)和0.7772(0.1931SD)。座位连锁分析显示Cm1与Bgon22之间存在显著性水平连锁关系(P<0.05),其余各座位之间未检测到明显的连锁关系(P>0.05)。研究群体的遗传多样性指数平均为0.6823,多态性水平相对较高。以上结果表明,筛选获得的7个微卫星座位适于对鲮进行遗传多样性分析。  相似文献   

15.
选用来源于鲤基因组中的鳞被相关基因(ant、eda、edar、fgfr)及其上下游序列中的155个微卫星标记,对德国镜鲤(Cyprinus carpio L.)与黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)杂交的F2 116尾个体的遗传多样性进行检测,以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡.结果表明,36个微卫星标记表现为多态,各标记的等位基因数在2~4个浮动,共检测到86个等位基因,平均每个标记2.388 9个;平均有效等位基因数为2.209 4;平均观测杂合度为0.624 5;平均期望杂合度为0.529 2;平均多态信息含量为0.432 1,其中23个微卫星标记表现为中度多态(0.25≤PIC<0.5),13个微卫星标记表现为高度多态(PIC≥0.5),说明这个群体属于中度多态性水平.Hardy-Weinberg平衡检验结果显示,61%标记显著偏离平衡,人工选择压力和自交对家系造成了严重的影响.SPSS 17.0分析发现分别有10(28%)、7(19%)、7(19%)和11个(31%)标记与体质量、体长、体高和体厚存在显著相关性,并发现11个优势基因型.源于鳞被相关基因的微卫星标记与生长性状连锁的比例较高,以上结果从分子水平上提示鳞被基因与所研究4种生长性状存在一定的相关性.  相似文献   

16.
利用55对微卫星引物对珠江和海南长臀基因组DNA进行了扩增,有23对能扩增出清晰条带,其中有11对在珠江长臀中表现多态性,9对在海南长臀中表现多态。这些多态性位点的等位基因数在2~4之间,平均等位基因数2.91个。结果显示:珠江长臀的平均观测杂合度(Ho)是0.45,平均期望杂合度(He)是0.46,平均多态信息含量(PIC)为0.377;海南长臀的平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)分别是0.58、0.53,平均多态信息含量(PIC)为0.426。两群体间的遗传相似度为0.875、遗传距离为0.133。  相似文献   

17.
利用11个微卫星位点,对海南三亚和广东大亚湾2个卵形鲳够(Trachinotusovatus)育种群体进行了遗传多样性评价和聚类分析。结果显示,海南三亚和广东大亚湾2个卵形鲳够育种群体的平均等位基因(Na)分别为5.0和3.6,平均有效等位基因(Ne)为2.965和2.244,观测杂合度(Ho)分别为0.292—0.814和0.207—0.840,期望杂合度(He)分别为0.307~0.813和0.189~0.761,海南三亚群体中多态信息含量(PIC)为0.014~0.719,平均为0.509,而广东大亚湾群体的PIC为0.168—0.711,平均为0.436。海南三亚群体有5个位点偏离哈迪-温伯格平衡(P〈0.05),广东大亚湾群体有2个位点偏离哈温-伯格平衡;2个群体间的遗传相似系数为0.561,遗传距离为0.578,遗传分化指数(Fst)为0.152。Structure软件分析显示海南三亚和广东大亚湾2个卯形鲳鳞群体各为一支,2个群体间具有较大的遗传分化,可作为2个育种群体管理,2个群体问进行杂交选育预期可获得较好的遗传进展。  相似文献   

18.
黄鳝的营养素需要量及饲料最适能量蛋白比   总被引:32,自引:1,他引:31  
杨代勤 《水产学报》2000,24(3):259-262
用正交设计法L9(3^4)配制九种试验饲料,对黄鳝配合饲料中蛋白质、脂肪、总能、无机盐需要量及最适能量蛋白比进行了研究,结果表明,影响黄鳝生长的主要因素是蛋白质和总能,黄鳝最佳生长所需饲料中蛋白质含量为35.7%,总能为11.50 ̄12.50kJ.g^-1饲料,脂肪含量3% ̄4%,无机盐含量3%,总糖24% ̄33%。黄鳝饲料的最适能量蛋白比(E/P=kJ.g^-1)为31.6 ̄38.9。  相似文献   

19.
本试验在一个镜鲤家系中,随机选取68尾作为实验鱼,在测量体重、体长、全长等数量性状的同时,利用15个微卫星分子标记对其进行遗传检测,共检测到40个等位基因,每个基因座的等位基因数为1~4个不等,平均等位基因2.66个,片段长度在132-551之间,有效等位基因数(Ne)为1.3721~3.8278,平均观察杂合度(Ho...  相似文献   

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