基于细胞色素b基因河鲈养殖群体与野生群体遗传多样性分析

利用线粒体DNA细胞色素b基因的421 bp部分序列对北屯、乌伦古湖、博斯腾湖3个野生河鲈(Perca fluviatilis)群体和北湖、五家渠2个养殖河鲈群体序列多样性与种群遗传结构进行分析。结果表明:100个个体中检测到7个单倍型,变异位点10个,其中野生群体60个个体检测到9个变异位点和6个单倍型,养殖群体40个个体共检测到8个变异位点和4种单倍型;野生群体平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性(Hd=0.496±0.121,Pi=0.002 53±0.001 54)高于养殖群体(Hd=0.416±0.127,Pi=0.001 23±0.001 13),分子方差分析揭示,98.74%的遗传变异性出现在种群内个体间。群体间的FST分析揭示野生群体和养殖群体分化程度较低(0.05FST0.15)。分子系统树和单倍型网络图分析也表明,河鲈单倍型间关系较近,野生群体和养殖群体不存在显著分化。     

基于mtDNACytb基因序列的我国不同水系野生鲇种群遗传多样性与种群历史分析

为进一步了解鲇这一广布种的遗传多样性与种群遗传结构,阐明该经济鱼类的种群历史动态,本研究对我国长江(上游、中游)、珠江、福建、海南、辽河地区的野生鲇样本进行mtDNA Cytb基因序列测定与种群遗传多样性和遗传结构分析。结果显示,在所分析的216个序列样本中,共检测出78个单倍型,其中Hap_45在鲇不同群体中分布最为广泛;鲇总群体具有较高的单倍型多样性(Hd=0.948±0.009)和核酸多样性(Pi=0.017 99±0.000 55),暗示了其自然种群数量的相对稳定;单倍型系统发育与网络关系图分析显示,78种单倍型被分为4个分支,且不同单倍型分布相对集中,划分为4个谱系。中性检验与错配分析表明,不同水系野生鲇种群(4个谱系)在约晚更新世时期(0.04~0.05百万年)经历过近期种群扩张事件。     

长江上游特有鱼类红唇薄鳅线粒体控制区遗传多样性研究

红唇薄鳅(Leptobotia rubrilabris)是长江上游特有鱼类,近年来资源量不断下降。本研究利用线粒体控制区序列片段(896 bp)分析了长江上游红唇薄鳅的遗传多样性及遗传结构,为其资源保护提供科学依据。共采集了119尾样本,来自长江上游江津、四川南溪、岷江下游蕨溪等。结果显示,共检测到58个单倍型,平均单倍型多样性为0.967,平均核苷酸多样性0.006 7,表明红唇薄鳅种群具有较高的遗传多样性。单倍型NETWORK网络关系图和分析系统树结果显示红唇薄鳅单倍型不按地理分布聚类,但是明显分成了2个谱系,表明红唇薄鳅群体发生了同域遗传分化。AMOVA分析结果显示,采样点和采样时间的群体间没有发生遗传分化。中性检验、错配分析及BSP(Bayesian skyline plot)分析表明红唇薄鳅Lineage 1种群在距今0.007 5~0.055 Ma(百万年)期间发生过种群选择或扩张事件。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析

本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034和0.006 27±0.000 99。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.014之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为1支;21个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.019之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为2支。中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定,近期没有发生种群扩张。整体来看,高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。     

基于线粒体COⅠ基因序列的中国沿海缘边银鲈遗传多样性分析#br#

为了解中国沿海缘边银鲈(Gerres limbatus)的遗传背景,分析了9个地理群体140条样本线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(cytochrome oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因5′端652 bp序列。结果发现14个变异位点,13个单倍型,其中有9个独有单倍型和4个共享单倍型,整体单倍型和核苷酸多样性都较低(H_d=0.276±0.050,π=0.0005±0.0001)。琼州海峡以东海域的遗传多样性(H_d=0.338~0.456,π=0.0006~0.0011)高于琼州海峡以西北部湾海区(H_d=0~0.295,π=0~0.0005)。单倍型网络图未出现明显谱系结构和地理结构。群体遗传分化系数F_st显示,硇洲群体与其他群体间出现不显著的中低度遗传分化(F_st=0.0773~0.1696,P>0.05),其他群体间分化不明显(F_st=-0.0415~0.0612,P>0.05),总体上群体间分化程度都不高。AMOVA分析显示,遗传变异绝大部分(95%以上)来源于群体内。中性检验结果显示,群体总体的Tajima’s D(-2.2549)和Fu’s F_s(-16.4725)结果均为显著性负值(P<0.01),核苷酸错配图呈现较为明显单峰,单倍型网络图呈典型星状结构,表明缘边银鲈历史上存在过种群扩张,扩张时期约为距今0.1304~0.0435百万年。由于总体单倍型多样性小于0.5,核苷酸多样性小于0.005,推测中国缘边银鲈种群曾经历过较为严重的瓶颈效应。宁德、硇洲群体的核苷酸多样性相对较高,应优先保护。北部湾各群体遗传多样性极低,需要采取措施避免遗传多样性下降。     

长江上游长薄鳅Cytb基因的序列变异与遗传结构分析

采用线粒体DNA序列对长江上游长薄鳅(Leptobotia elongata Bleeker)长江干流、岷江、赤水河和嘉陵江的8个群体176尾样本的遗传结构进行了分析,长薄鳅cyt b基因序列分别检出了25个变异位点和25个单倍型,单倍型多样性(H d)和核苷酸多样性(π)分别为0.608 52和0.000 89。单倍型网络结构图和N J树均未显示与地理种群相关的信息。分子变异方差分析结果表明长薄鳅种群内的变异大于种群间的变异,变异主要来自种群内部,群体遗传分化不显著(F st<0.05),种群基因交流十分频繁(N m>1)。中性检验值(Tajima’s D=-2.279 09,P<0.01;Fu and Li’s D*=-4.670 47,P<0.02;Fu and Li’s F*=-4.470 16,P<0.02)和单倍型错配分布结果显示长薄鳅经历了最近的种群扩张事件。     

基于线粒体COⅠ的南海北部长棘银鲈遗传多样性分析

为了解中国长棘银鲈(Gerres filamentosus)的遗传背景以更好地保护与开发利用种质资源,测定了南海北部7个群体线粒体COⅠ基因5′端序列,以分析其遗传多样性和遗传结构。结果发现,176尾长棘银鲈652 bp序列中有25个单倍型,155个变异位点。7个群体整体呈现较高的单倍型多样性(H_d=0.767±0.018)与较低的核苷酸多样性(π=0.055 0±0.003 7)。就遗传多样性指数而言,碣石群体(H_d=0.606±0.092,π=0.059 2±0.006 6)最高,次高为阳江群体(H_d=0.323±0.102,π=0.027 0±0.010 7);琼海群体(H_d=0.560±0.125,π=0.001 0±0.000 3)最低,次低为陵水群体(H_d=0.685±0.077,π=0.001 5±0.000 3)。群体遗传分化系数F_(st)显示,碣石、阳江群体与其他群体间存在高度(极显著)的遗传分化(F_(st)=0.517 1～0.851 4,P<0.001),这2个群体间有低等程度(显著)的遗传分化(F_(st)=0.111 1<0.15,P<0.05),而其他群体间无明显分化(F_(st)=-0.025 5～0.008 8,P>0.05)。AMOVA分析显示,群体变异主要来源于群体内个体间(61.69%～74.13%),但群组间仍有较多变异(19.06%～37.92%);原因可能与历史上琼州海峡的阻碍、当代复杂的海流以及长棘银鲈只进行短距离洄游等生态特性有关。中性检验显示,海南陵水、东方和新盈群体在晚更新世时期发生过种群扩张,但南海长棘银鲈总体未呈现种群扩张现象,可能是不同谱系的叠加造成整体核苷酸不配对分析图呈现多峰。碣石和阳江群体与其他群体间有高度的遗传分化,可将它们作为一个独立的管理保护单位,其中碣石群体遗传多样性最高,应重点保护;其他群体可作为另一管理保护单位,其中琼海和陵水群体遗传多样性较低,建议及时采取保护措施,避免遗传多样性过度下降而导致资源枯竭。     

基于线粒体COI和D-loop序列的黑龙江流域蛇(鱼句)种群遗传结构分析

以线粒体COI和D-loop序列为分子标记，基于88个样本研究了黑龙江流域3个蛇(鱼句)(Saurogobio dabryi)种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明，比对剪切后的COI和D-loop序列长度分别为582～583 b、834～583 b,基于COI序列总体的单倍型多样性(0.377 3)略低于基于D-loop序列的单倍型多样性(0.577 0),但基于两个序列总体的核苷酸多样性指数相等，且仅有0.000 9。群体间遗传距离分别为0.000 9(COI)和0.000 9～0.001 0(D-loop),群体间遗传分化指数分别为-0.004 9～0.007 6(COI)和-0.002 8～0.011 4(D-loop),遗传分化均不显著(P>0.05)。分子方差分析(AMOVA)显示，群体内遗传变异占总变异的100.02%(COI)和99.49%(D-loop),总的遗传变异主要源自群体内。单倍型系统发育树和TCS网络图表明，所有的单倍型随机地聚集在一起，没有形成明显的地理格局。中性检验和核苷酸错配分析显示，3个蛇(鱼句)群体历史上发生过种群扩张事件。综上，3个蛇(鱼句)...     

结合线粒体D-loop序列和SSR标记对宝石鲈养殖群体遗传多样性的分析

采用线粒体D-loop序列及SSR标记分析广东4个宝石鲈(Scortum barcoo)养殖群体的遗传多样性。D-loop序列分析显示,长度为598 bp的D-loop片段上有14个多态性位点,共定义8个单倍型。4个群体单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.000 0～0.543 5、0.000 00～0.001 76,表明4个群体遗传多样性水平均较低。利用11个SSR位点分析显示,4个群体期望杂合度(H_e)=0.396～0.516、PIC=0.320～0.420,说明各群体遗传多样性处于中低水平。虽然二种方法获得的遗传分化指数F_(ST)上存在差异,分别为0.403 5(D-loop)和0.044 5(SSR),但二种分析结果均显示4个广东群体的遗传多样性较低、亲缘关系较近,因此有必要引进原种以丰富国内养殖群体的遗传多样性。     

千岛湖细鳞鲴和黄尾鲴COI种群遗传结构比较的初步研究

利用线粒体COI基因序列,比较了千岛湖水库共栖的细鳞鲴(Xenocypris microlepis)和黄尾鲴(X.davidi)的遗传资源状况。结果显示,在532 bp的一致序列中,黄尾鲴碱基T、C、A、G平均含量分别为27.3%、18.0%、28.7%、26.0%;细鳞鲴分别为25.2%、19.6%、29.3%、25.9%。黄尾鲴种群的变异位点为5个,细鳞鲴种群变异位点为3个。多样性分析显示,黄尾鲴的遗传多样性高于细鳞鲴。在两个物种中各发现4个单倍型,黄尾鲴4个单倍型中,有3个是共享单倍型,而细鳞鲴中仅1个共享单倍型,黄尾鲴富文和临岐群体之间存在显著的分化(Fst=0.048 09),细鳞鲴汾口群体和富文(Fst=0.238 10)、临岐群体(Fst=0.260 72)之间存在显著的遗传分化。单倍型的NJ树将四个单倍型分为两个支,推测可能是由于二次迁入或者多样性丧失导致。     

黄河源区典型弯曲河流底栖动物的生态格局

通过探究黄河源区典型弯曲河流河岸带不同水体(干流、支流和牛轭湖)的底栖动物生态格局,可为黄河生态保护提供基础数据。于2012年7月和2013年6月对兰木错曲12个样点的底栖动物进行采样,同时对样点环境参数进行调查监测,对河流水质、底栖动物组成、多样性及其格局进行分析。结果表明,研究河段基本处于自然状态,水质为I-III类。调查期间共采集底栖动物23科、36属、39种;以水生昆虫为主,占物种总数的76.9%;其次为寡毛纲、腹足纲、甲壳纲,分别占5.1%;线虫纲、双壳纲和蛛形纲最少,仅各占2.6%。除趋势对应分析(DCA)表明,干流、支流和牛轭湖的底栖动物群落存在差异,水文连通性是引起这种差异的主要原因,对群落变化的解释率为37.0%。干流、支流和牛轭湖的底栖动物多样性也存在差异,干流的底栖动物多样性最高,其次是支流和牛轭湖。昆虫纲是干流和牛轭湖中的主要类群,密度组成分别大于53%和85%,甲壳纲是支流中的主要类群,密度组成大于70%;干流的底栖动物功能摄食类群组成最均匀,其中撕食者、直接收集者和刮食者占优势,其密度之和超过90%,支流和牛轭湖的均匀性相对较差,支流中直接收集者的密度比例最大,超过78%,牛轭湖中撕食者的密度比例最大,超过82%。     

长江蟹和辽河蟹性腺及肝脏指数的比较研究

统计分析了长江和辽河水系的河蟹在性成熟期其肝脏和性腺指数的变化规律。探讨了河蟹性腺指数和肝脏指数变化的相关关系。结果表明两水系河蟹在8～11月,肝脏指数越来越小。性腺指数越来越大。性腺指数的变化与肝脏脂数的变化密切相关,进一步证实了河蟹性腺发育的能量主要来源于肝脏。但两水系河蟹性腺和肝脏发育也有明显差异。辽河蟹性腺发育时间比长江蟹早1个月左右。     

海河流域大清河水系的鱼类多样性

为了解大清河水系的鱼类种群多样性组成特点,于2018—2019年间对大清河水系进行多次鱼类调查,结合历史文献资料,梳理了大清河水系的鱼类种类共85种,其中自然分布的淡水鱼类共计8目17科59属78种。这些鱼类多为常见种,珍稀濒危物种占比低,可以充分代表海河流域鱼类区系,是大清河鱼类群落组成的重要特点。然而现状调查只能调查到42种,其中尚自然分布于流域的种类则降低到33种,且以小型鱼类、小个体鱼类为主。Margalef丰富度指数、Shannon-Wiener多样性指数、Pielou均匀性指数分别为1.98、1.14、0.81,同海河流域其他水系相比,表明大清河水系鱼类物种多样性一般 较低,且各区域分布较均匀。多角度考察显示,目前流域鱼类区系的完整性已被高度破坏,鱼类多样性呈现出显著的下降趋势。经济发展驱动的用水需求和大清河流域水资源量不足是导致鱼类多样性减少的主要原因,生境变化、水域污染、水工建设、过度捕捞等也是不可忽视的因素。因此保证一定生态流量和一定程度恢复河流连通性、加强水污染治理、开展人工增殖放流、加大禁捕力度等,都可改善流域鱼类多样性现状。     

黄河下游河流健康评估指标体系研究

黄河下游是一条高度人工化的河流,是黄河"水少沙多"等诸多问题影响最为剧烈的区域。维持黄河下游健康,不能盲目追求河流自然功能的恢复和扩大。黄河下游河流健康评估指标体系的构建应充分考虑水沙、河道、生态等实际特点,紧密结合黄河下游的经济社会背景,针对黄河下游所承担的功能定位,强调评估指标体系的可操作性、指导性、动态性与适应性,协调黄河下游河流自然生态功能与社会服务功能的均衡发挥。黄河下游河流健康评估指标体系在遵循全国河湖健康评估指标体系的基础上,进行了调整优化。在水文水资源准则层中,取消了"流量变异程度"指标;在物理结构准则层中,增加了"主槽过流能力"指标;在水质状况准则层中,将"DO水质状况"和"耗氧有机物状况"综合为"水质状况"指标;在生物及栖息地准则层中,取消了"底栖动物完整性指数"指标,将"鱼类损失指数"调整为"珍稀濒危及特有土著鱼类生物损失指数",增加了"天然湿地保留率"指标和"珍稀濒危及特有土著鱼类栖息地状况"指标;在社会服务功能准则层中增加了"饮用水源地安全状况"、"景观舒适度"和"公众满意度"等指标。河流生态状况准则层和社会服务功能准则层不进行加权计算,河流健康状况由河流生态状况准则层和社会服务功能准则层分别进行表征。     

长江野生鲤鱼与萨瓦河鲤鱼群体结构比较

以分布于萨瓦河克罗地亚流域的野生鲤鱼(C.c.carpio)和中国长江野鲤(C.c.haematopterus)为研究对象,以线粒体DNA细胞色素b基因为分子标记,比较两个群体的遗传变异,并进行了聚类分析。从多态位点比例、转换和颠换比例、以及单倍型多样性等多个多样性指数来看,克罗地亚西鲤群体较长江野生鲤鱼的遗传多样性要高。长江野生鲤鱼和克罗地亚鲤鱼群体并没有完全歧化为两个单系;但仍可以识别两大类群:类群一由长江鲤鱼群体组成,类群二除了2号单倍型外,都由克罗地亚鲤鱼群体组成。     

珠江水系北江鱼类群落多样性及其演替

摘要：2014-2016年对珠江水系北江5个采样点进行逐月鱼类多样性调查,共采集鱼类86种,隶属于11目25科64属。其中鲤形目49种,鲈形目14种,鲇形目10种,鲱形目4种。其余脂鲤目、颌针鱼目、鳉形目、合鳃鱼目、鲑形目、鲻形目以及鳗鲡目种数均少于5种。北江鱼类群落以定居性、杂食性种类为主。与历史资料相比,鱼类种类减少,洄游性、半洄游性鱼类所占比例下降,定居性、杂食性鱼类所占百分比上升,鱼类群落组成偏向小型化、低龄化。群落多样性分析表明,相同生境类型河段的鱼类物种相似性较高,上游鱼类多样性高于下游。河道水利、过度捕捞和生境退化是北江鱼类群落演替的主要原因。     

赤水河与金沙江下游河段鱼类生境条件的相似性分析

为探讨长江上游特有鱼类在赤水河栖息繁殖的可能性,评估赤水河作为金沙江下游干流替代生境的可行性与适宜性,将河流生境进行适当概化,建立赤水河与金沙江下游河段的生境相似性指标体系,应用模糊相似理论,提出基于恒定型相似元、时间型相似元和系统相似度的河流生境相似性计算方法。以赤水河与金沙江下游河段为研究对象,实例计算了两个河流生境的相似程度,结果表明赤水河与金沙江下游河段在水环境方面的相似度高达0.811,处于高度相似等级,河流地形地貌与水文方面的相似度分别为0.743和0.640,均处于基本相似等级。总体来说,赤水河与金沙江下游河段的河流生境相似程度较高,相似度达0.694,处于基本相似等级。     

沅江与西江水系大眼华鳊的形态差异

为了探讨沅江和西江水系大眼华鳊（）的形态差异及分化程度，对两个水系5个种群的147个样本进行了测量，共获得9个可量性状和21个框架性状，通过多元分析方法进行了比较。Friedman非参数检验的结果显示，5个种群间的体侧各部分面积存在显著性差异（<0.01）。聚类分析将5个种群分为三支，其中西江两个种群为一支，沅江干流和沅江锦江种群为一支，沅江清水江种群单独为一支。主成分分析共提取出6个主成分，对总方差的累计贡献率为81.93%，贡献率大的性状集中在尾柄部、头部和躯干前部。判别分析筛选出头部和尾柄部的10个性状，分别建立了5个种群的判别函数，判别成功率在92%~100%。3种多元分析方法从框架形态差异上将沅江和西江水系大眼华鳊的种群有效区分开来，为5个种群的形态差异及资源评价提供了基础资料。     

长江和澜沧江源区夏季浮游植物分布特征研究

在全球气候变化和人类活动的影响下,长江和澜沧江源区水生态环境问题日益突出,而浮游植物是水生态系统的物质循环和能量流动的重要环节,为了解长江和澜沧江源区浮游植物资源现状,本研究对比了2012 ~ 2016年长江和澜沧江源区干支流浮游植物特征,并采用冗余分析（RDA）揭示了浮游植物群落结构与9种环境因子间的关系。结果表明长江源区共鉴定出浮游植物4门44种（属）,其中蓝藻门5种（属）,绿藻门9种（属）,硅藻门29种（属）,隐藻门1种（属）,当曲和直门达2014年的浮游植物种类数最多,为18种,五道梁2012年种类数最少,为6种。长江源区浮游植物密度变化范围为2.53×104 ~ 94.00×104 ind/L,最小值出现在2015年的当曲样点,最大值为2016年的唐古拉山样点。长江源区Shannon多样性指数、Margalef丰富度指数和Pielou均匀度指数变化范围分别为0.86 ~ 3.34、0.34 ~ 0.96、0.33 ~ 0.83,最小值为2012年的五道梁样点。澜沧江源区共鉴定出浮游植物4门32种（属）,其中蓝藻门5种（属）,绿藻门6种（属）,硅藻门20种（属）,隐藻门1种（属）,扎曲2014年鉴定出种类数最多,为14种。澜沧江源区浮游植物密度变化范围为2.23×104 ~ 38.64×104 ind/L,最小值为扎那曲（2015年）,最大值为囊谦（2012年）。澜沧江源区Shannon、Margalef、Pielou三种多样性指数变化范围分别为0.86 ~ 3.21、0.36 ~ 0.78、0.25 ~ 0.91。长江和澜沧江源区总体上浮游植物密度较低,水体处于贫营养状态,浮游植物均匀度指数较高,种类分布较为均匀,群落结构较稳定。温度、浊度、流速和含沙量是影响长江和澜沧江源区浮游植物群落结构的主要环境因子。     

泰州长江大桥建设对周围水域鱼类资源的影响

2010年6月至2011年11月对长江泰州段的鱼类资源进行了调查,分析了鱼类群落组成、优势种和物种多样性指数.共监测到鱼类48种,隶属于11目、18科,其中鲤形目占总种数的62.5％,优势种有鲢(Hypophthalmichthys mollitrix)、鲫(Carassius auratus)、(餐)(Hemiculter leucisculus)等.鱼类群落多样性特征平均值,Margalef指数R为3.999,Shannon-Wiener指数H′和H″分别为1.965和1.980,Pielou均匀度指数.J′和″分别为0.680和0.663.与同期江阴段、南京段相比,泰州段的Shannon-Wiener指数H′和H″显著高于南京段(P＜0.05),丰富度指数R、均匀度指数J′和H″均与南京段无显著差异(P＞0.05),但显著低于江阴段(P＜0.05).泰州段夏季鱼类种类最多,春、夏季的鱼类种类组成较接近.