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相似文献
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1.
三疣梭子蟹基因组小卫星特征分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
宋来鹏  刘萍  李健  刘振辉 《水产学报》2008,32(6):838-846
通过构建三疣梭子蟹部分基因组文库,对获得的4 164个克隆测序,共获得总长度为622 409bp的DNA序列。在序列拼接后长度500~1500bp的709个克隆中,筛选到130个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的2.55%。小卫星序列中,以12bp重复单位的序列数量最多(10.77%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少(R=-0.663,p<0.01)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8bp重复单位最广为3.9~66.5;其次是13bp重复范围在2.0~40.6;再次是26bp重复,范围在2.3~21.0。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8bp重复(19.96),25bp重复(16.00)和22bp重复(15.85)。小卫星序列中各重复单位的拷贝数分布范围2~66.5,集中分布在2~25,且表现为拷贝数目越大,其相应的重复序列数目越低的趋势。130个重复序列分别由123种重复单位所组成, 因而小卫星重复序列的类型很多。 我们初步分成三类:两种碱基组成类别、三种碱基组成类别和四种碱基组成类别, 并进一步根据各个重复序列中所含有的碱基种类的数量从大到小排列这些碱基而分成若干小类。从这些分类中可以看出,三疣梭子蟹基因组中的小卫星整体上是富含A/T的重复序列, 并揭示了其与微卫星重复序列之间的关系, 即一部分小卫星重复序列可能起源于微卫星序列。  相似文献   

2.
为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记,构建了日本囊对虾随机基因组文库,对其中片段长度为400~1 000 bp的3 395个克隆测序,共获得总长度为1 606 711 bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中,筛选到487个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的3.97%。小卫星序列中,以12 bp重复单位的序列数量最多(8.62%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少(R=-0.826, P<0.01)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8 bp重复单位最广(3.1~47.6),其次是10 bp(2.5~44),再次是12 bp(2.2~28)。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8 bp重复单位(13.45),32 bp(9.32)和7 bp(9.28)。小卫星序列重复单位的拷贝数分布范围2~48,集中分布在2~30,且表现为拷贝数目越大,其相应的重复序列数目越低的趋势。小卫星序列中,AT含量大于50%的序列占66%小卫星AT含量与相应的序列数目不相关(R=0.063,P<0.05)。小卫星侧翼序列分析表明,随着小卫星GC含量的升高,其两端侧翼序列GC含量表现为不断增大的趋势(R=0.731, P<0.01),小卫星序列的产生与其两端侧翼序列的碱基组成可能存在一定的关系  相似文献   

3.
为了解中国不同地区白斑综合征病毒的流行变异情况,本研究取用2013年3—12月从7个省市发病地区采集到的64份WSSV阳性样本,以特异的引物扩增目的片段,通过测序分析不同样本的缺失及变异差异。结果显示,在开放阅读框ORF14/15的扩增中,分别有6530 bp、6533 bp和5138 bp的片段缺失,而在ORF23/24扩增中有12070bp大片段的缺失,不同地区样本中未能成功扩增ORF75,而ORF94的重复单元数目分别为0、3、4、12不等,ORF125的重复单元数目为0、7。SNP分析表明,含有3个重复单元的ORF94在48位的碱基为T、T、T,重复单元数为4的在48位的碱基为T、T、T、T,重复单元数为12的在48位的碱基分别为T及11个A。而ORF125所有重复单元数为7的情况在8、18、25、66、69位置的碱基均为G、G、G、G、A,在9、50、53、61位的碱基也普遍出现了变异。结果表明,WSSV在中国不同地区存在一定程度的变异,其在序列中的缺失、重复单元数目以及SNP的差异较为明显。  相似文献   

4.
魁蚶核糖体DNA基因转录间隔区的序列特征   总被引:19,自引:0,他引:19  
以相应引物PCR扩增魁蚶(Scapharca broughtonii)的核糖体转录间隔子ITS-1和ITS-2片段,测序后得到长度分别为461bp和533bp的核苷酸序列(含引物)。其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为21.91%、24.73%、28.20%和25.16%(ITS-1),27.02%、25.52%、25.52%和21.95%(ITS-2)。将这2个片段与其他双壳贝类的相应片段进行比较,发现11S1和11S2引物在贝类中具有良好的通用性。比较几种贝类的11S1片段发现有1~100bp长度不等、弥散状态的插入/缺失;对5种蚶科贝类的ITS-2相应片段进行比较,发现中间有75bp的保守区域,与本研究在魁蚶ITS-2群体序列研究中观察到的情况相同。  相似文献   

5.
花鲈白细胞介素8基因的克隆与序列分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)的方法,从经LPS刺激的花鲈(Lateolabrax japonicus)总RNA反转录产物中获得了803 bp的IL-8 cDNA序列。该序列包含159 bp的5′非编码区(UTR)和359 bp的3′非编码区(UTR)以及297 bp的开放阅读框(ORF),可编码99个氨基酸。序列的3′UTR含2个mRNA不稳定基序,在Poly A尾上游17 bp处有1个明确的Poly A加尾信号(AATAA)。预测的氨基酸结构含27个氨基酸组成的信号肽,将信号肽切除可产生72个氨基酸组成的成熟肽,预测成熟肽的分子量约为8.3 kD,等电点为7.85。花鲈IL-8序列中用于形成二硫键的4个半胱氨酸保守,前2个半胱氨酸被1个精氨酸分开,形成CXC结构。与其他鱼类的IL-8相似,花鲈IL-8序列中也缺乏哺乳类中存在的ELR基序,而含有ELH结构。进化分析显示,花鲈IL-8与从鱼类和哺乳类分离的IL-8有不同程度的同源性,与硬骨鱼黑鲷(Acanthopagrus schlegeli)和牙鲆(Paralichthys olivaceus)的进化关系最近,其次为软骨鱼类,与无颌类和哺乳类的分化较大;而哺乳类的ELR结构可能为IL-8在进化过程中特化而成的结构,以加强IL-8特异性的趋化能力。  相似文献   

6.
黄鳍鲷基因组微卫星的分离   总被引:3,自引:0,他引:3  
采用磁珠富集法构建黄鳍鲷(Acanthopagrus latus Houttuyn)基因组微卫星富集文库。共挑选60个克隆进行测序,分析发现58个克隆分别含(GA)n或(CA)n两碱基重复单元。进一步通过序列比对,最终获得41个具有特异微卫星序列的阳性克隆。其中,23个克隆含有(GA)n或(CT)n两碱基重复序列,17个克隆含有(GT)n或(CA)n重复序列,另1个含有以上两种重复类型。获得的微卫星序列中,单一型及间断型序列各有20条,另有1条属于复合型序列。序列长度为117~512 bp,平均259 bp。微卫星核心序列两碱基重复5到38次,绝大多数序列重复次数大于10。基于微卫星两端的侧翼序列设计并获得了3对能够在黄鳍鲷基因组有效扩增的微卫星引物。本研究旨为进一步开展黄鳍鲷分子育种及资源评价分析提供基础资料。  相似文献   

7.
野生抗病牙鲆MHCⅡB内含子1和外显子2序列多态性   总被引:4,自引:1,他引:3       下载免费PDF全文
通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)MHC Ⅱ B基因内含子1和外显子2直接测序的方法,从83个抗病牙鲆个体中共得到了85个等位基因,其中76个为新发现的等位基因.在扩增得到的263 bp的外显子2中,共发现了60个多态性位点,其中33个是新发现的.不同的等位基因均以较低的频率出现,基因频率范围从0.006到0.069,基因型频率范围从0.012到0.169.通过序列分析,共发现了6种内含子1,其中4种是新发现的.内含子1中均包含了一个12 bp的重复单元,其3'端含有一个富含CT/GT的区域.牙鲆MHCⅡB基因的高多态型和低频率揭示了牙鲆群体MHC基因资源的丰富性,为选择育种提供了可能.  相似文献   

8.
采用生物信息学方法分析了文蛤(Meretrix meretrix)转录组中微卫星序列(简单重复序列,simple sequence repeat)的分布规律。结果表明:在文蛤转录组SSR中,单碱基重复序列的数量最多,有3001个;其次为三碱基和四碱基重复序列,分别为2254和2200个;二碱基重复序列1052个;五碱基重复序列332个;六碱基重复序列最少,仅13个。文蛤转录组SSR共包含26种重复基元,其中优势基元为单碱基重复A/T有2809个,其次为三碱基重复AAC/TTG有907个,四碱基和二碱基重复中的AAAC/TTTG和AT/TA分别有588和561个,说明文蛤转录组微卫星位点的分布对A/T具有偏好性。文蛤完整SSR的平均长度为18.34 bp,长度分布在12~20 bp,约占41%。研究结果将为研究文蛤SSR标记开发、群体遗传多样性、遗传连锁图谱、种质资源鉴定和分子遗传育种等后续研究提供基础数据。  相似文献   

9.
紫贻贝EST-SNP的筛选及多态性检测   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用EST 数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用EST数据库开发紫贻贝的SNP标记,利用QualitySNP软件对紫贻贝已有的19 709条EST序列中含有4条以上同源序列的重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的963个重叠群中,筛选得到候选SNP位点4 833个,SNP的平均频率为129.1 bp,其中C/T和 A/G突变较多,分别占总数的28.8%和27.4%。 根据候选SNP位点设计30组引物,通过等位基因特异性PCR结合溶解曲线分析,在30个野生个体中进行基因分型验证,6组引物(20%)没有扩增产物,10组引物(33%)没有多态性,〖JP2〗14组(47%)引物具有二等位基因多态性,稀有等位基因的频率为0.083~〖JP〗0.446,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.166 7~0.615 4和0.155 4~0.503 2。序列比对结果显示,14组引物中的12个SNP位点位于基因编码区,并且全部为同义突变。研究结果表明,EST数据库中存在大量的SNP位点,差异熔解曲线法是一种高效便捷的SNP分型方法,所筛选的SNP标记可用于紫贻贝遗传学分析。  相似文献   

10.
小沙丁鱼属鱼类Cytb序列的比较分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
对小沙丁鱼属中的青鳞小沙丁鱼、裘氏小沙丁鱼、金色小沙丁鱼、天立体小沙丁鱼线粒体细胞色素b基因部分序列(402 bp)进行测定,并比较分析了种间的序列差异.10尾样品中共检测到9种单倍型.同源基因序列分析显示T、C、A、G碱基的平均含量分别为:28.9%、28.2%、23.9%、19.0%,其中A+T含量高于G+C含量,与其他鱼类同源序列碱基特点相似.利用Kimura-2模型分析得到种间遗传距离为0.1616~0.2653,基于Cytb基因片段序列,构建的NJ树显示青鳞小沙丁鱼与裘氏小沙丁鱼亲缘关系较近,短体小沙丁鱼与金色小沙丁鱼亲缘关系较近.依据分子进化速率推测4种小沙丁鱼发生分歧的时间约为800万年到1300万年前的中新世中、晚期,略早于其他鱼类.  相似文献   

11.
柳广东 《水产学报》2005,29(5):711-714
动物线粒体DNA(mtDNA)具有比核DNA的进化速率快等特点,而被广泛地应用于生物的起源、演化和种群遗传学研究。完整的线粒体基因组包括37个基因:13个编码疏水性蛋白质亚基基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因。各基因排列紧密,不含内含子,且有些基因区域出现重叠。  相似文献   

12.
中华绒螯蟹与日本绒螯蟹线粒体DNA12SrRNA序列的比较   总被引:20,自引:2,他引:18  
高天翔 《水产学报》2000,24(5):412-416
参考果蝇和蚤状Zao的线粒体DNA 12S rRNA序列进行了中华绒螯蟹与日本绒螯蟹的线粒体DNA12SrRNA基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定。两种的碱基序列长度相同,为457bp,其A、T、G、C含量相似,分别为159bp(34.79%)、177bp(38.73%)、51bp(11.16%)、70bp(15.32%)和159bp(34.79%)、178bp(38.95%)50bp(10.94%)、70bp(15.32%)。中华绒螯蟹与日本绒螯蟹间有5处碱基序列差异,在98bp、151bp、317bp和417bp碱基处为碱基转移,在294bp碱基处为碱基颠换。  相似文献   

13.
辽东湾斑海豹线粒体ND4、tRNAArg、ND4L和ND3基因序列分析   总被引:2,自引:2,他引:0  
用PCR产物直接测序法,测定渤海辽东湾斑海豹15个个体线粒体的一段从ND3到ND4基因长度为625 bp的DNA序列。其中的1~118 bp是ND3基因的后部分,120~188 bp是tRNAArg基因完整序列,189~485 bp是ND4L基因完整序列,479~625 bp是ND4基因的前部分。在ND4L和ND4之间,有7个碱基是重叠编码的。15个序列间,只有ND4L基因中有一个位点发生C/T碱基转换。与GenBank中的斑海豹序列比较,tRNAArg基因序列完全一致,而ND4L基因序列则有两处发生转换。利用从GenBank中下载的22个海豹科动物的ND4L基因序列的系统发生分析表明,海豹科动物分为南半球和北半球两大类群,斑海豹与港海豹为北半球种类,亲缘关系最近。  相似文献   

14.
张凤英  马凌波 《海洋渔业》2004,26(2):147-151
本实验根据马蹄铁鲎mtDNA 12SrRNA基因序列进行了中华绒螯蟹mtDNA 12SrRNA基因的引物设计,并对长江、辽河、瓯江三水系各5个个体共15个个体进行了PCR扩增及其序列测定。结果表明,12SrRNA基因序列在长江种群、辽河种群、瓯江种群间几乎没有差异,仅在3号瓯江蟹415bp处发现有一碱基颠换,去掉两端引物共测定得到415bp的碱基序列,其中A、T、G、C含量分别为145bp(34.9%),165bp(39.8%),45bp(10.8%)和60bp(14.5%)。  相似文献   

15.
首次进行了中华绒螯蟹( Eriocheir sinensis)线粒体 DNA 12SrRNA的序列分析。参考果蝇、蚤状溞序列对中华绒螯蟹线粒体DNA 12SrRNA基因片段做了引物设计、PCR扩增及序列测定,结果得到 457 bp的碱基序列,其A、T、G、C含量分别为 159bp(34.79%)、177bp(38.73%)、51bp(11.16%)、70bp( 15. 32%),与果蝇、蚤状溞的相同基因片段的序列含量基本相似。  相似文献   

16.
为探讨DNA序列标记技术在坛紫菜种质鉴定中的应用,对10个野生坛紫菜种质材料的5.8S rDNA-ITS区进行PCR扩增和序列分析,结果发现扩增的片段长度在1 208~1 219 bp之间,可以分为ITS1区,5.8S区和ITS2区3个部分,其中5.8S区片段的长度完全一致,均为160 bp;ITS1区和ITS2区片段的长度也非常接近,只有几个碱基的差异。多重序列比对发现10个种质材料的ITS区(包括ITS1和ITS2)序列都存在一定差异,序列同源性在95.82%~99.73%之间,而5.8S区序列则完全一致,但与其它种紫菜的5.8S区序列有很大差异,序列同源性在79.7%~95.0%之间。由此认为5.8S rDNA-ITS区这种高度保守区和高变区交替排列的形式可以成为坛紫菜种质鉴定及系统进化分析的强有力工具。  相似文献   

17.
采用RT-PCR和RACE末端扩增技术,从日本沼虾(Macrobrachium nipponense)卵巢组织中获得了5种不同构型的RXR基因cDNA序列。结果显示:RXR基因中MnRXRL2含有最长的开放阅读框(open reading frame,ORF),其全长1698 bp,编码337个氨基酸。对比5个不同构型的核苷酸序列,有四个不同的剪接位点,一个发生在5′端A/B区域,产生了3种不同形式的5′端序列;一个在RXR受体结构的D区即铰链区域,使T-盒区长度也有3种形式(VQEERQR/VQVGGIEEERQR/VQVGGIE);两个发生在LBD区,其中一个是在H2-H3螺旋区域,产生了2种不同形式(MnRXRL/MnRXRS),另外一个是在D区产生了中断,缺失了E/F区域(MnRXRM)。将各个序列编码的氨基酸序列与其他物种相比,与甲壳类的同源性较高,表明RXR在进化中较为保守。  相似文献   

18.
二倍体泥鳅线粒体细胞色素b基因的序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
杨承泰  王卫民  曹玲  姬伟 《水产科学》2007,26(12):652-655
对二倍体泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,在5个个体中均得到序列一致的细胞色素b基因片断,长度为1140bp,A、T、G、C含量分别为313(28%)、358(31%)、170(15%)、300(26%),A+T〉C+G,与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似,该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡;第2位核苷酸中T的使用率较高,为33.4%,G的使用率较低,为17.1%;密码子第3位A的使用率高,为34.2%,而G的使用率较低,仅为7.9%;由泥鳅细胞色素b基因片断推导出对应的氨基酸序列,在氨基酸序列中Leu占11.%,远高于其他氨基酸。  相似文献   

19.
根据气单胞菌主要黏附素基因(ahal)、溶血素基因(hly)和细胞兴奋性肠毒素基因(alt)完整开放阅读框(0RF)设计3对特异性引物,对6株气单胞菌安徽分离株进行ahal、hly和alt基因的PCR扩增、克隆和测序。测序结果显示,安徽分离株aim、hly和alt基因的ORF大小分别为1056--1068bp、1482bp和1104N1107bp,各编码351-355、493和367-368个氨基酸。序列分析显示:(1)属于alt^+aim^+hly^+毒力基因型的3个安徽分离株间aha1核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性均很高,分别为98.8%-99.3%和97%-97.6%,且与国内参考株mh/Trionyx sinensis/Guangzhou(Guangdong)/AF276639的同源性高达98.5%-99%和96.8%-97.6%。而alt^+ahal^+hly^-HA6安徽分离株与国外参考株Ah/Fish/Barcelona(Spain)/AF183931间的核苷酸序列和氨基酸序列同源性较高,分别为95.8%和97.2%。(2)不同表型种气单胞菌安徽分离株之间及其与国内外其他分离株之间的hly核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性均较高,分别介于88.4%-100%之间和90.8%-98.7%之间。(3)5个安徽分离株(RA16、CA1、HA6、HA7和GA1)之间及其与惟一参考株之间的alt核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性分别高达93.5%-99.9%和80.2%-98.3%,但与BA17分离株间的核苷酸序列同源性(81.6%-81.7%)和推测的氨基酸序列同源性(77.5%-84.9%)均较低。这些结果表明,气单胞菌ahal和alt基因在不同毒力基因型间存在一定差异性,hly基因在不同表型种间存在较高保守性,该基因可作为研制气单胞菌基因工程亚单位疫苗的候选成分。  相似文献   

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