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相似文献
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1.
以采自都柳江40尾粗唇(Leiocassis crassilabris)个体为样品,采用PCR和DNA测序技术对粗唇都柳江种群Cyt b基因和D-loop序列进行了分析。获得了长度分别为1 118 bp、776~778 bp的粗唇Cyt b基因、Dloop序列。2段序列的碱基组成均为A+T的含量高于G+C的含量,但Cyt b基因碱基变异率(0.27%)显著低于D-loop的碱基变异率(3.34%~3.35%)。对粗唇D-loop序列结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇40个个体Cyt b基因、D-loop序列中分别有3、20个多态位点,分别定义了4、10种单倍型。都柳江粗唇种群Cyt b基因和D-loop序列的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.146、0.000 13、0.150和0.404、0.003 17、2.444。都柳江粗唇种群遗传多样性较低,开展该种鱼类种群遗传多样性的研究和保护十分必要。  相似文献   

2.
鲂属鱼类线粒体基因组的比较及其系统发育分析   总被引:3,自引:1,他引:2  
基于GenBank中团头鲂线粒体基因组全序列和三角鲂、厚颌鲂、广东鲂的部分线粒体基因组序列,设计引物扩增出三角鲂、厚颌鲂和广东鲂3种鱼线粒体基因组全序列,同时对4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列进行了比较分析。结果表明,4种鲂属鱼类线粒体基因组基因排列顺序完全相同,排列紧密,均包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区)。除ND6和8个tRNA在L链上编码外,其余的基因均在H链上编码。4种鲂属线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,均呈现出较强的A+T偏向性和C碱基偏好。全序列比对结果显示,共有758个变异位点,其中非简约性信息位点有691个,占总变异位点的91.16%,简约性信息位点有67个,仅占总变异位点的8.84%。22个tRNA基因中只有11个存在种间变异,共23个变异位点,主要发生在tRNA三叶草结构的TΨC和DHU臂环上。13个蛋白质编码基因中共检测出626个变异位点,这些变异主要发生在密码子第三位,占总变异位点的82.59%,其中变异位点数最多的是Cyt b基因,达84个,其次是ND 4基因(83个)。因此,Cyt b和ND4基因可作为备选的分子标记,用于鲂属群体间的遗传学研究。基于4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列构建的ML树和BI树均显示,三角鲂与厚颌鲂的亲缘关系最近,团头鲂与它们的亲缘关系相对较近,而广东鲂与前述3种鲂属鱼类的亲缘关系均较远。  相似文献   

3.
<正>石爬(鱼兆)俗称“石爬子”,隶属鲇形目、石爬(鱼兆)属,有青石爬(鱼兆)和黄石爬(鱼兆)两种,主要分布在金沙江、雅砻江、大渡河、岷江等干支流,其中青石爬(鱼兆)为国家二级保护鱼类、黄石爬(鱼兆)为四川省重点保护鱼类。其体表无鳞、无肌间小刺、肉质鲜美,为重要的经济鱼,每千克可高达2 000余元。由于石爬(鱼兆)独特的生物学特征,以及对环境要求高、人工驯养难度大。长期以来,野生资源被严重非法滥捕,石爬(鱼兆)野外生存状况堪忧。  相似文献   

4.
青石爬(鱼兆)血浆生化指标、血细胞分类与发生   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
对40尾野生青石爬(鱼兆)进行了血液生化指标、血细胞分类与发生研究.测得血浆的总蛋白为(48.35±3.60)g/L,白蛋白为(8.73±0.54)g/L,球蛋白为(39.63±3.10)g/L,血浆白蛋白与球蛋白比为(0.22±0.01),甘油三酯为(5.05±2.14)mmol/L,总胆固醇为(16.66±3.64)mmol/L,极低密度脂蛋白为(1.01±0.43)mmol/L,葡萄糖为(5.27±2.43)mmol/L.血液生化指标检测结果表明,青石爬(鱼兆)血浆中总蛋白与球蛋白、甘油三酯与胆固醇较高,葡萄糖较低,具有活动量较大和冷水性鱼类的特点,主要利用脂肪和蛋白质作为能量.细胞学显示出其外周血液包含红细胞,核影,淋巴细胞,血栓细胞,嗜中性粒细胞和单核细胞.血涂片计数为红细胞96.58%,其中成熟红细胞占65.92%,幼稚红细胞占30.66%.白细胞为3.42%,其中嗜中性粒细胞0.14%、单核细胞0.07%、淋巴细胞2.37%、血栓细胞0.85%.白细胞中淋巴细胞和血栓细胞数量较多.原始血细胞主要在中肾和头肾中,在脾脏中也有部分原始白细胞,而肝脏和外周血液中未见原始血细胞.中肾和头肾是青石爬(鱼兆)的主要造血器官,其中红细胞主要由头肾产生,白细胞主要由中肾产生.脾脏亦产生少量白细胞.  相似文献   

5.
为建立我国鰤属(Seriola)鱼类快速有效的分子鉴别技术,从DNA条形码角度出发,分析了线粒体细胞色素b (Cyt b)、NADH脱氢酶(ND1和ND2)基因在黄条鰤(Seriola lalandi)、高体鰤(Seriola dumerili)和五条鰤(Seriola quinqueradiata)等鰤属鱼类物种鉴定和系统进化以及地理区域鉴别中的适用性。结果显示,Cyt b基因表现出明显的A+T偏倚性,ND2基因序列突变速率较高,变异率为20.52%,ND2基因(Hd=0.900, Pi=0.082)的遗传多样性高于ND1 (Hd=0.874, Pi=0.077)和Cyt b (Hd=0.814,Pi=0.061)。比较了鰤属鱼类3种基因序列的结构特征,基于ND1和ND2基因计算的鰤属鱼类种间遗传距离都为种内遗传距离的10倍以上,但Cyt b基因对高体鰤和几内亚鰤(Seriola carpenteri)辨识力不足。系统进化分析显示,每个物种都形成单系分支,3个基因均能对我国3种鰤属鱼类进行鉴别,且都可有效区别来自全球3个不同水域的黄条鰤种群。因此,Cyt b、ND1和ND2基因不仅可作为鰤属鱼类物种鉴定的有效DNA条形码,还可作为不同地理种群划分和种质资源科学保护的依据,为我国鰤鱼养殖产业的持续健康发展和种质资源的可持续利用提供技术依据。  相似文献   

6.
三峡库区3种银鱼线粒体DNA细胞色素b基因序列多态性分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
对三峡库区大银鱼(Protosalanx chinensis)、太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)和短吻间银鱼(Hem isalanxbrachyrostralis)共78尾个体的Cyt b基因全序列(1141bp)进行了分析。结果显示,序列有16个变异位点,总变异率为1.4%,其中13个为简约位点。大银鱼的32尾样本有6个单倍型,太湖新银鱼32尾样本有5个单倍型,短吻间银鱼14尾样本中有3个单倍型。大银鱼、太湖新银鱼和短吻间银鱼的单倍型多样性指数(h)分别为0.804±0.032,0.671±0.061,0.385±0.149;核苷酸多样性指数(π)分别为0.00146±0.00009,0.00228±0.00024,0.00067±0.00026。3种银鱼群体的遗传距离在0.12461~0.23796之间,净遗传距离在0.12274~0.24418之间。基于Cyt b基因序列,利用K imura-2模型构建的NJ树表明:大银鱼与太湖新银鱼种群的亲缘关系最近,两者与短吻间银鱼种群的亲缘关系较远。研究结果表明,三峡库区3种银鱼的遗传多样性低。  相似文献   

7.
本研究采用乙酰基亚硝基脲(ENU)浸泡的方法诱变银鲫(Carassius autatus gibeblio Bloch)持续2周,后经清水反复漂洗,再进行人工催产得到诱变银鲫同源自交F1,利用AFLP技术对诱变银鲫F1(30尾)和对照银鲫(25尾)进行DNA指纹图谱分析,发现了Ⅰ型(缺失型)特异位点和Ⅱ型(插入型)特异位点;同时对6尾诱变银鲫F1和2尾对照银鲫mtDNA进行全序列测序分析,发现诱变组突变位点几乎覆盖整个线粒体DNA,主要集中在13个蛋白质编码基因、12SrRNA基因、16SrRNA基因和D-Loop控制区;通过对诱变组(55尾)和对照组(17尾)mtDNA的NADH1与NADH2部分序列比对发现,诱变银鲫F1诱变率约为38%。以上实验结果表明,诱变银鲫F1核质遗传物质同时发生变异,且变异位点基本相同,银鲫雄性子代的突变率大于雌性子代。这为探索提高ENU诱导银鲫突变的效率和开发养殖鱼类新的育种技术提供了新的理论依据。  相似文献   

8.
洞庭湖水系鳜遗传结构   总被引:1,自引:0,他引:1  
测定了采自洞庭湖水系6个地理位置(湘江常宁、沅江洪江、沅江桃源、澧水石门、洞庭湖万子湖和南岳坡)共100尾鳜(Siniperca chuatsi)的线粒体Cyt b基因DNA序列。结果显示:1 140 bp的Cyt b基因共检测到55个变异位点,100个样本得到9个单倍型。单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.777±0.033和0.019 70±0.000 74。洞庭湖的万子湖和南岳坡2个群体遗传多样性指数最高,湘江常宁群体遗传多样性指数最低。分子变异分析(AMOVA)结果显示:FST=0.098 03(P>0.05),9.8%的变异来自群体间,91.2%的变异来自群体内。除常宁群体分化显著外,其它群体没有出现明显遗传分化(两两之间FST在-0.065~0.024之间)。  相似文献   

9.
用线粒体DNA的D-loop和Cyt b基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏Phoxinus lagowskii Dybowsky的遗传多样性。经PCR扩增和测序,获得了783~785bp D-loop和818bp Cyt b的同源序列。两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cyt b)个变异位点,分别检测出15(D-loop)和11(Cyt b)个单倍型,总群体单倍型(H_d)分别为0.8966(D-loop)和0.8990(Cyt b),核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.0246(D-loop)和0.0498(Cyt b),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cyt b)。分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02%(D-loop)和81.69%(Cyt b)变异来自群体间,20.98%(D-loop)和18.31%(Cyt b)来自群体内。单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主。拉氏的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显。该结果可为拉氏的种质资源保护提供参考。  相似文献   

10.
为探讨中国南海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统发育关系,采用PCR扩增产物克隆到T载体后进行序列测定,获得黄边裸胸鳝(Gymnothorax flavimarginatus)、斑点裸胸鳝(G.meleagris)、波纹裸胸鳝(G.undulatus)、云纹裸胸鳝(G.chilospilus)、匀斑裸胸鳝(G reevesi)5种裸胸鳝的线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt 6)基因全序列1140 bp.结合GenBank中的蠕纹裸胸鳝(G kidako)Cyt b同源序列进行比较分析.结果表明:(1)1140个位点中共有367个核苷酸位点存在变异(32.2%);(2)序列变异的转换/颠换比值平均为3.223;云纹裸胸鳝和斑点裸胸鳝遗传距离差异最大,为0.226;(3)以花鳗鲡(Anguilla marmortlta)为外群,采用NJ法和MP法构建系统发育树,在所分析的6种裸胸鳝属鱼类中,斑点裸胸鳝和波纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置,其余4种聚为另外一支.蠕纹裸胸鳝样本来源于日本海,其余5种裸胸鳝来源于中国南海,从系统树上来看,它们之间并没有明显的地域差异.[中国水产科学,2009,16(1):23-30]  相似文献   

11.
为研究滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区主要保护对象的种质遗传状况,通过PCR和测序技术,获得保护区翘嘴鲌(Culter alburnus)、达氏鲌(Culter dabryi)、蒙古鲌(Culter mongolicus)等3种鲌属鱼类的细胞色素b(Cytb)基因序列,并分析了其遗传多样性和群体结构。结果显示,3种鲌鱼的Cytb基因全长为1 141 bp,碱基组成相似,均表现为A+T的含量(56.4%)高于G+C的含量(43.6%)。翘嘴鲌的Cytb基因有16个变异位点,定义14种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.907和0.002 4;蒙古鲌的Cytb基因有8个变异位点,定义6种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.863和0.002 4;达氏鲌的Cytb基因有10个变异位点,定义7种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.573和0.001 2。整体来看,3种鲌鱼均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的遗传多样性模式,暗示3种鲌鱼群体在历史上经历过种群扩张,与中性检验结果和歧点分布图分析结果相一致。翘嘴鲌和蒙古鲌的种内遗传距离为0~0.006,达氏鲌的种内遗传距离为0~0.004,...  相似文献   

12.
基于12SrRNA序列研究龟鳖类的系统进化特征   总被引:2,自引:0,他引:2  
为研究龟鳖类的系统进化关系,以期为龟鳖类的保护和合理开发利用提供基础资料,测定了15种龟类线粒体12SrRNA基因片段的序列。比对后获得一致序列长为433 bp,有191个变异位点,总变异率为43.2%,其中简约信息位点108个。A、T、G、C的平均含量分别为21.46%、34.42%、25.85%和18.27%。A+T含量(55.9%)高于G+C含量(44.2%)。在433个核苷酸位点中,有插入/缺失35个,转换为34,颠换为21,转换/颠换比率为1.67。与NCBI上其它一些龟鳖的序列进行比对后,得到414 bp的一致序列,其中236个为变异位点,总变异率为57.00%;简约信息位点181个。A、T、G、C的平均含量分别为35.7%、22.2%、18.1%、24.0%。A+T含量(57.9%)高于G+C含量(42.1%)。在414个核苷酸位点中,转换为30,颠换为14,转换/颠换比率为2.12。基于Kimura双参数模型分析龟鳖类种间、属间、科间遗传距离,并用邻接法构建分子系统树。结果显示:7种闭壳龟种间差异在0~0.043,平均为0.022;淡水龟科属间遗传距离为0.007~0.140,平均为0.074;曲颈龟亚目9个科间(不包括平胸龟)遗传距离为0.055~0.197,平均为0.139。由此认为,淡水龟科与陆龟科亲缘关系比龟科更近;不支持将闭壳龟属拆分为闭壳龟属和盒龟属;支持将平胸龟属归为鳄龟科的一个属。  相似文献   

13.
利用1对特异性引物DABF和DABR,分别从30尾感病和13尾抗病"粉玉"体色瓯江彩鲤(Cyprinus carpiovar.color)的cDNA中扩增出长度为624 bp的MHC classⅡB基因片段。对210个有效克隆进行测序,获得84个不同的编码序列,分属13个不同的等位基因,其中Cyca-DAB3*17和Cyca-DAB3*18为新发现的2个等位基因。核苷酸、氨基酸变异位点总数为267、130,变异率较高(42.79%、62.50%)。MHCⅡB基因片段包括第1 4个外显子,分别编码信号肽、β1和β2结构域及跨膜区。β1结构域的变异明显大于β2结构域,表现为在长度为276 bp的β1结构域中,核苷酸、氨基酸变异位点分别为150个(54.35%)和72个(78.26%);而长度为282 bp的β2结构域的核苷酸、氨基酸变异位点较少,分别为105个(37.23%)和54个(57.45%)。在β1结构域的24个抗原结合位点(PBR)上,有22个发生了变异。β1结构域的PBR、非抗原结合位点(non-PBR)及β2结构域的非同义碱基替换率(dN)与同义碱基替换率(dS)的比值ω分别为1.366、0.992、0.792,表明"粉玉"体色瓯江彩鲤MHC classⅡB基因的β1结构域在进化过程中受到正向选择作用。基因Cyca-DAB3*09在抗病群体中出现的频率(7.81%)显著高于感病群体(1.37%,P<0.05),新等位基因Cyca-DAB3*18(频率为3.13%)只出现在抗病群体中,基因Cyca-DAB1*08、Cyca-DAB3*08和Cyca-DAB3*17为感病群体所特有。研究结果为抗病"粉玉"体色瓯江彩鲤的选育奠定了基础。  相似文献   

14.
为探明高邮湖大银鱼、太湖新银鱼野生资源状况,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列,对高邮湖大银鱼、太湖新银鱼的遗传多样性水平及遗传结构进行分析。试验结果显示,大银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点14个,共定义12个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.871±0.031和0.00172±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点5个,共定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.747±0.041和0.00202±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征;太湖新银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点13个,共定义9个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.609±0.078和0.00094±0.00027,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点2个,共定义3个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.232±0.085和0.00038±0.00014,呈现低单倍型多样性和低核苷酸多样性。大银鱼和太湖新银鱼Tajima′s D和Fu′Fs中性检验值为负值,且歧点分布曲线呈单峰型,表明历史上经历过种群扩张。研究结果表明,应通过多种措施加强高邮湖银鱼种质资源保护。  相似文献   

15.
为阐明凤鲚不同地理群体的遗传结构和进化关系,采用凤鲚长江(21尾)、闽江(22尾)和珠江(22尾)群体的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)的细胞色素b (cyt b)基因片段序列进行分析.共获得3群体cyt b基因片断607 bp的一致序列.序列有102个变异位点,总变异率为16.8%,其中68个为简约位点.各单倍型的变异全部是转换或颠换,无插入和缺失.(A T)含量为57.6%,大于(G C)的含量42.4%.核苷酸多态性以闽江群体最高,其它两群体较低.自然选择检验显示3群体内部在分子水平上存在自然选择作用.在所获得的65个序列中,共检测到34种单倍型.群体内的遗传距离为0.3%~1.2%之间,群体间遗传距离在0.8%~10.8%之间.长江群体与珠江群体之间的遗传距离较大为10.8%,长江群体与闽江群体间的遗传距离为10.6%,而珠江和闽江群体之间的遗传距离最小为0.8%.AMOVA分析显示,群体间遗传变异占总变异的90.25%,群体内的遗传变异占总变异的9.75%,提示群体间变异是总变异的主要来源.研究结果提示长江群体和闽江以及珠江群体间的分化可能已达亚种水平.  相似文献   

16.
对15尾大鳞副泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,获得长度为1140 bp的细胞色素b基因同源片断。所有序列中共检测到15种单倍型,序列中共出现81个变异位点,总变异率为7.1%。各单倍型的变异全部是转换或颠换,无插入和缺失,转换/颠换比为6.36。变异位点在3位密码子中的分布呈现偏倚,密码子第3位的变异占总变异的85.18%,而第1和第2位均只占7.41%。A、T、C、G碱基的平均含量分别为27.4%、30.8%、26.5%、15.3%,A+T>C+G。在所得序列中,密码子第1位上4种碱基使用较为均衡;第2位上碱基T的使用率高达41%,碱基G的使用率低至13.2%;第3位上碱基A的使用率为37.9%,而碱基G的使用率仅为7.0%。以红尾副鳅为外群用邻接法构建分子系统进化树。结果显示,在系统地位上大鳞副泥鳅与黑龙江泥鳅有较近的亲缘关系。  相似文献   

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