两种大眼蟹线粒体12S rRNA基因序列的比较研究

测定了宽身大眼蟹和日本大眼蟹线粒体12S rRNA基因部分片段的序列,前者为577 bp, 后者为572 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为39.0%、35.7%、16.5%、8.8%;39.3%、 36.2%、 15.8%、8.7%;不包括11处插入/缺失位点,两序列间有75个变异位点,核苷酸差异率为13.18%,其中转换42个、颠换33个, 转换与颠换比约为1.3.对国内外4种大眼蟹长度为331 bp的12S rRNA基因同源序列进行分析,A+T的平均含量为76.6%,明显高于G+C的平均含量,且存有变异位点52个,简约信息位点25个.系统发生树的拓扑结构显示,所有的大眼蟹聚为一支,支持大眼蟹类为一单系.     

2种近方蟹线粒体12S rRNA基因序列的比较研究

测定了绒螯近方蟹和肉球近方蟹12S rRNA基因部分片段的序列,前者为569 bp,后者为570 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为40.4%、35.7%、14.8%、9.1%;40.9%、34.8%、14.7%、9.6%.不包括1处插入/缺失位点,2种蟹类序列间有45个变异位点,核苷酸差异率为7.91%,其中转换32个、颠换13个,碱基转换与颠换比约为2.5.基于已知的弓蟹科13种蟹类的12S rRNA基因324 bp同源序列构建的系统发生树的拓扑结构显示,弓蟹科的厚蟹属、仿厚蟹属、近方蟹属、绒螯蟹属的蟹类分别聚为一支,支持其分别为一单系.     

2种相手蟹线粒体12S rRNA基因序列分析

测定了红螯相手蟹和褶痕相手蟹线粒体12s rRNA基因部分片段的序列,前者为572 bp,后者为576 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为42.5%、37.6%、11.9%、8.0%;42.0%、37.0%、12.5%、8.5%;不包括8处插入/缺失位点,两序列间有48个变异位点,核苷酸差异率为8.42%,其中转换30个、颠换18个,转换与颠换比约1.67.对国内外相手蟹长度为383 bp的12SrRNA基因同源序列进行分析,A T含量为76.6%～81.4%,明显高于G C的含量,且存有84个多态位点.系统发生树的拓扑结构显示,所有的相手蟹分别聚为3大支,代表着3个不同的属即相手蟹属、栉齿蟹属和仿相手蟹属;这与形态学分类结果相一致.     

白纹方蟹、字纹弓蟹与角眼沙蟹rDNA序列变异及结构分析

用特异性引物分别扩增、测得白纹方蟹、字纹弓蟹和角眼沙蟹18S rDNA序列片段长度为826bp、825 bp和833 bp;分析得出3种蟹18S rDNA序列的A+T碱基百分含量基本相同,其平均含量为49.3%,略低于G+C的百分含量(50.7%);3条18S rDNA序列对位排列后共836位点,其中存在20个变异位点,包括插入/缺失位点13个,转换4个,颠换3个;并通过RNA structure软件对变异较大的第601～836位点序列进行了二级结构预测.     

江豚线粒体Cyt b和D-loop片段序列分析及其分子系统学研究

对江豚（Neophocaena phocaenoides）mtDNA的Cyt b（377bp）和D—loop（343bp）片段进行了测序和分析，并与GenBank中鼠豚类及一角鲸类同源序列进行了比较。研究结果表明，Cytb基因片段的碱基组成平均为T：29．0％，C：28．8％，A：27．2％，G：15．0％；D—loop片段的碱基组成平均为T：35．9％，C：21．8％，A：32．4％，G：9．9％。Cytb基因片段共出现109个变异位点，简约信息位点107个，序列变异度为28．9％，碱基替代主要发生在密码子第3位点上，转换／颠换为13．3；D—loop片段共有109个变异位点，简约信息位点100个，序列变异度为31．8％，转换／颠换为2．4。构建的系统发育树显示，江豚是鼠豚科中较早分化出来的一个类群，与一角鲸科的亲缘关系最近。2个片段序列的分析结果一致，棘鳍鼠海豚Phocoena spinipinnis、太平洋鼠海豚P．sinus和黑眶鼠海豚Australophocaena dioptria聚为一支。     

大鳞副泥鳅mtDNA Cytb基因序列分析及分子系统发育研究

对15尾大鳞副泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,获得长度为1140 bp的细胞色素b基因同源片断。所有序列中共检测到15种单倍型,序列中共出现81个变异位点,总变异率为7.1%。各单倍型的变异全部是转换或颠换,无插入和缺失,转换/颠换比为6.36。变异位点在3位密码子中的分布呈现偏倚,密码子第3位的变异占总变异的85.18%,而第1和第2位均只占7.41%。A、T、C、G碱基的平均含量分别为27.4%、30.8%、26.5%、15.3%,A+T>C+G。在所得序列中,密码子第1位上4种碱基使用较为均衡;第2位上碱基T的使用率高达41%,碱基G的使用率低至13.2%;第3位上碱基A的使用率为37.9%,而碱基G的使用率仅为7.0%。以红尾副鳅为外群用邻接法构建分子系统进化树。结果显示,在系统地位上大鳞副泥鳅与黑龙江泥鳅有较近的亲缘关系。     

基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化

对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和（或）缺失,序列中转换（Transition）明显多于颠换（Transversion）。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。（A＋T）%为56.5%,大于（G＋C）43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树。结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚。系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致。     

中华鳖3个地理群体线粒体基因D-loop区遗传多样性分析

采用PCR结合DNA测序技术和SSCP技术,分析了中华鳖3个地理群体线粒体DNA(mtDNA)D-loop区部分序列的变异及遗传多样性。在25个个体中,其碱基组成为A+T的平均含量(65.4%)高于G+C(34.6%),共检测到变异位点7个(约占总位点数的5.7%),转换/颠换值为2.76。核苷酸多样性(π)为0.019 95,平均核苷酸差异数(K)为2.453。25个个体分属6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.707,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.027。6个单倍型构建的UPGMA系统树聚为3个分支。结果表明,中华鳖群体mtDNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,日本鳖的遗传多样性比黄河鳖和黄沙鳖丰富,黄沙鳖与日本鳖、黄河鳖的遗传距离较远。而且PCR-SSCP可以检测到两种类型的电泳图谱,其中Ⅱ型均为日本鳖,该技术可用于78位TT←→AA颠换变异位点的检测。     

基于16S rRNA基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类

为了确定线粒体16S rRNA基因在长江口虾虎鱼科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用,采用16S rRNA基因特异扩增测序及Gen Bank已有序列联合配对分析的方法,对长江口虾虎鱼科9属11种鱼类34个16S rRNA基因片段的序列进行比较和系统分类研究。统计分析显示,虾虎鱼科鱼类该片段的A含量明显高于其它3个碱基含量,A+T的平均含量高于G+C的平均含量,第3密码子位点G+C含量最高,其平均值为51.1%,变化范围为49.8%~53.2%。全部转换位点多于颠换位点,转换/颠换比值为1.45。依据Maximum Composite Likelihood模型,得出11种虾虎鱼科鱼类种间遗传距离平均值为0.151,种内为0.002,种间遗传距离是种内遗传距离的76倍。通过邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育树,显示长江口虾虎鱼科鱼类为明显的单系群,并进一步佐证把传统形态分类中弹涂鱼科的青弹涂鱼(Scartelaos histiophorus)和大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)及鳗虾虎鱼科的拉氏狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus lacepedii)和红狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus rubicundus)归属于虾虎鱼科的合理性。聚类结果显示红狼牙虾虎鱼和拉氏狼牙虾虎鱼聚在一起,其节点支持率达100%,两者可能为同种异名。本研究表明,线粒体16S rRNA基因序列作为分子标记对虾虎鱼科鱼类进行物种鉴定和系统分类是可行的,可为虾虎鱼类的亲缘关系分析提供基础资料。     

八种主要经济龟类简介及其养殖前景（二）

5平胸龟 平胸龟（Platysternon megacephalum），别名鹰嘴龟、大头龟、鹰嘴龙尾龟、三不像、鹦鹉龟等，分类上属爬行纲、龟鳖目、平胸龟科、平胸龟属。其分布较广，在我国南方各省及香港特别行政区均有出产。     

长江、辽河、瓯江三水系中华绒螯蟹mt12SrDNA片断序列的比较

本实验根据马蹄铁鲎mtDNA 12SrRNA基因序列进行了中华绒螯蟹mtDNA 12SrRNA基因的引物设计，并对长江、辽河、瓯江三水系各5个个体共15个个体进行了PCR扩增及其序列测定。结果表明，12SrRNA基因序列在长江种群、辽河种群、瓯江种群间几乎没有差异，仅在3号瓯江蟹415bp处发现有一碱基颠换，去掉两端引物共测定得到415bp的碱基序列，其中A、T、G、C含量分别为145bp(34．9％)，165bp(39．8％)，45bp(10．8％)和60bp(14．5％)。     

条石鲷养殖群体线粒体控制区序列遗传变异分析

利用线粒体控制区序列研究了条石鲷养殖群体的遗传多样性水平和遗传结构.通过PCR扩增与序列测定获得了长度为469 bp的线粒体控制区基因片段,在30个个体中共发现27处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为36.5%、30.2%、12.5%和20.8%,A+T含量明显高于G+C含量.30条线粒体控制区序列共定义了1...     

浙江三门湾日本蟳群体线粒体16Sr RNA基因序列多态性

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对浙江三门野生日本蟳20个个体的mtDNA 16SrRNA基因进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到495 bp的核苷酸序列片段。测序结果经比对校正后,获得三群体16SrRNA基因一致序列,片断长为495 bp,其中变异位点15个,简约位点11个,总变异为3.03%。在测得的495 bp目的DNA片段中,碱基T、C、A、G平均组成分别为35.2%、17.9%、35.3%和11.6%,其A+T含量(70.5%)远高于G+C含量(29.5%)。在20个个体中共检测到7个单倍型,单倍型多样性为0.642,核苷酸多样性为0.448%。根据Kimura遗传距离的计算结果,各单倍型之间的遗传距离为0.2%~2.68%。16SrRNA构建的NJ系统发育树表明,梭子蟹属的远洋梭子蟹和青蟹属的拟穴青蟹亲缘关系较近,与蟳属的日本蟳亲缘关系较远,与形态和RAPD研究结果一致。     

中华绒螯蟹与日本绒螯蟹线粒体DNA12SrRNA序列的比较

参考果蝇和蚤状Ｚａｏ的线粒体ＤＮＡ １２Ｓ ｒＲＮＡ序列进行了中华绒螯蟹与日本绒螯蟹的线粒体ＤＮＡ１２ＳｒＲＮＡ基因片段的引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定。两种的碱基序列长度相同，为４５７ｂｐ，其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量相似，分别为１５９ｂｐ（３４．７９％）、１７７ｂｐ（３８．７３％）、５１ｂｐ（１１．１６％）、７０ｂｐ（１５．３２％）和１５９ｂｐ（３４．７９％）、１７８ｂｐ（３８．９５％）５０ｂｐ（１０．９４％）、７０ｂｐ（１５．３２％）。中华绒螯蟹与日本绒螯蟹间有５处碱基序列差异，在９８ｂｐ、１５１ｂｐ、３１７ｂｐ和４１７ｂｐ碱基处为碱基转移，在２９４ｂｐ碱基处为碱基颠换。     

基于12SrRNA和ND3基因序列分析巨[鱼丕]遗传多样性及系统进化

为从分子水平研究巨[鱼丕](Bagarius yarrelli Sykes)的遗传多样性和系统进化关系,本实验对采集于怒江、澜沧江、元江3河流5种群中的60个个体进行12S rRNA和ND3基因序列的PCR扩增,同时与红河河口群体12个个体的12S rRNA和ND3基因序列进行比对分析,采用Mega5.02软件对碱基组成、Kimura-2 parameter遗传距离、可变位点等进行分析。应用DnaSP软件进行遗传多样性相关参数的计算。结果显示:12S rRNA和ND3基因序列长度分别为954 bp和346 bp(349 bp),分别定义了51个单倍型和42个单倍型,12S rRNA和ND3序列中的碱基平均含量分别为:T为20.8%、C为25.7%、A为32.1%、G为21.4%和T为29.5%、C为28.2%、A为28.1%、G为14.1%,表现出明显的A+T偏倚性;6个群体的群体内和群体间的遗传距离分别为0.003~0.284(12S rRNA),0.009~0.059(ND3)和0.004~1.062(12S rRNA),0.008~0.143(ND3);12S rRNA基因的51个单倍型和ND3基因的42个单倍型序列总的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)及核苷酸平均差异数(K)分别为0.972和0.937、0.035和0.079、31.414和27.176,均显示出丰富的遗传多样性。结合从GenBank中下载的12S rRNA和ND3基因同源序列的[鱼丕]科9属10种鱼类进行系统发育树的构建,结果表明巨[鱼丕]独自汇聚成一大单系群,怒江潞江坝群体、怒江三江口群体及澜沧江临沧群体间关系较近,澜沧江景洪群体可单独构成一个单系种群,红河河口群体、红河曼耗群体与其它巨[鱼丕]构成一单系种群后再同澜沧江景洪群体汇聚成一支。     

基于线粒体cyt b基因标记探讨凤鲚3群体遗传结构和进化特征

为阐明凤鲚不同地理群体的遗传结构和进化关系,采用凤鲚长江(21尾)、闽江(22尾)和珠江(22尾)群体的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)的细胞色素b (cyt b)基因片段序列进行分析.共获得3群体cyt b基因片断607 bp的一致序列.序列有102个变异位点,总变异率为16.8%,其中68个为简约位点.各单倍型的变异全部是转换或颠换,无插入和缺失.(A T)含量为57.6%,大于(G C)的含量42.4%.核苷酸多态性以闽江群体最高,其它两群体较低.自然选择检验显示3群体内部在分子水平上存在自然选择作用.在所获得的65个序列中,共检测到34种单倍型.群体内的遗传距离为0.3%～1.2%之间,群体间遗传距离在0.8%～10.8%之间.长江群体与珠江群体之间的遗传距离较大为10.8%,长江群体与闽江群体间的遗传距离为10.6%,而珠江和闽江群体之间的遗传距离最小为0.8%.AMOVA分析显示,群体间遗传变异占总变异的90.25%,群体内的遗传变异占总变异的9.75%,提示群体间变异是总变异的主要来源.研究结果提示长江群体和闽江以及珠江群体间的分化可能已达亚种水平.     

3个水域黄鳍鲷线粒体DNA D-loop基因序列多态性研究

利用PCR技术扩增海南海口市、福建厦门市和广东珠海市3个地理群体海捕黄鳍鲷线粒体D-loop基因片段，测定了该基因片段580bp序列。结果发现，3个地理群体内和群体间都存在丰富的DNA序列多态性，共检测到33个多态性核苷酸位点(5．7％)，24个个体具有22种单倍型(haplotype)。UPGMA法构建的分子系统树中，海南群体内所有的单倍型聚成一支，福建与广东的单倍型混杂在一起，聚成一支。从序列差异的分析中得出，海南群体与福建和广东群体的亲缘关系较远；福建群体和广东群体亲缘关系较近。