河蚬微卫星引物筛选及洪泽湖野生群体遗传结构分析

利用磁珠富集法筛选了河蚬10对中高度多态性的微卫星引物,并分析了洪泽湖河蚬4个野生群体的遗传结构.结果表明,每个群体至少有4个位点经Bonferroni校正后显示杂合不足,显著偏离了Hardy -Weinberg平衡(P＜0.013)；4个群体平均期望杂合度均大于0.752,显示出较高的遗传多样性水平,蒋坝、临淮群体遗传多样性高于高良涧和老子山群体；突变-漂移平衡分析结果显示,4个群体在IAM模型下偏离了突变-漂移平衡,高良涧群体在TPM模型下偏离了突变-漂移平衡,且表现杂合过剩,说明少数群体即将或曾经经历瓶颈效应,群体数量已出现波动；群体间AMOVA分析表明,洪泽湖河蚬群体间遗传分化程度较低(FST=0.017 7＜0.05),仅有1.77％的变异来自群体间,并没有形成显著的遗传结构,在种质资源保护和管理上可视作一个单元,这为河蚬种质资源保护和合理开发利用提供了理论指导.     

长江、高邮湖、太湖日本沼虾遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA (RAPD)技术对取自长江、高邮湖、太湖3个野生群体的日本沼虾共51个个体的遗传多样性进行分析.10个随机引物共检测出54个位点(200-2500bp),长江、高邮湖、太湖各群体的多态位点比例分别为72.22%、53.70%、62.96%,基因多样性指数分别为0.2878、0.2380、0.2635.群体遗传多样性的Shannon信息指数分析表明,日本沼虾3个野生群体种质资源状况良好,遗传多样性水平较高.     

用微卫星标记分析湘华鲮野生群体遗传多样性

为了解湘华鲮天然种质资源现状，用38对鲤科鱼类微卫星引物对其群体进行全基因组扫描，结果筛选出15对能够获得稳定扩增条带的引物。以鲮鱼养殖群体为对照群体。在15个微卫星位点中，湘华鲮多态性位点9个，对照群体6个。通过分析湘华鲮微卫星位点PCR产物的电泳图谱，共检测到40个等位基因，每个位点的等位基因数目介于1～5之间，其平均等位基因数为2．67个，平均有效等位基因数为1．47个，平均观察杂合度为0．2289，平均期望杂合度为0．2730，平均多态信息含量（PIC）为0．2440，多数Hardy-Weinberg平衡偏离指数值偏离平衡值，与对照组无显著性差异。本研究表明湘华鲮野生种群结构不合理，遗传多样性低，种质资源处于危险状态。     

14个克氏原螯虾养殖群体遗传多样性分析

克氏原螯虾种苗自繁自育使其种质严重退化。遗传多样性是反映种质退化与否的重要指标之一。为评估我国克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性，采集我国江西、浙江、广东和湖北省14个地域的464尾克氏原螯虾养殖群体，利用35个微卫星分子标记分别对其等位基因数、期望杂合度、观测杂合度、多态性信息含量、哈迪-温伯格平衡、遗传距离及群体结构等进行分析。结果显示：14个养殖群体的不同标记位点的等位基因数为2～3个；多态信息含量、平均观测杂合度与期望杂合度分别为0.33～0.43、0.32～0.41与0.36～0.44;各标记位点均存在杂合子缺失而未达到哈迪-温伯格平衡；14个群体可聚类为4个遗传群体，其中香树坝、温州、衢州群体与吉安、天荒坪、递铺群体分别聚为2个遗传群体，龙南群体及其余的群体属于另外2个遗传群体。以上结果表明，我国克氏原螯虾养殖群体仅具有中等遗传多样性，收集和保护遗传多样性较高的克氏原螯虾野生种质资源对其遗传育种具有重要意义。     

基于线粒体COI基因的河南境内四水系日本沼虾种群遗传多样性

日本沼虾(Macrobrachium nipponense)是一种经济价值较高的淡水虾类, 广泛分布于我国各淡水水体, 其在河南境内各水系均有分布。随着水产养殖业的发展、水域生态环境的变化及人为因素的影响, 日本沼虾的种质资源也逐渐受到影响。为评估河南境内水系日本沼虾的种质资源现状及其遗传多样性, 本研究利用线粒体 COI 基因对河南境内 18 个地理群体 135 尾日本沼虾开展种群遗传学研究, 样品覆盖河南境内的长江、黄河、淮河和海河 4 个水系。结果显示, 河南境内日本沼虾 18 个地理群体共包含 27 个单倍型, 群体平均单倍型多样性(H_d)为 0.78574, 平均核苷酸多样性(π)为 0.01059, 其中淮河水系日本沼虾群体平均遗传多样性最低, 长江水系日本沼虾群体平均遗传多样性最高, 且各水系群体均显示出高 H_d 低 π 的特点。AMOVA 分析显示, 日本沼虾遗传变异主要来源于日本沼虾群体内(66.03%), 群体间遗传变异为 40.22%。系统发育树和单倍型网络均未显示出明显的水系分化。中性检验、错配分布及贝叶斯天际线分析表明, 日本沼虾群体近期没有发生种群扩张, 群体相对稳定。本研究可为河南境内日本沼虾种质资源的保护和合理开发利用提供参考。     

凡纳滨对虾引进群体和2个养殖群体遗传变异的微卫星分析

利用8个微卫星标记对引进的SPF凡纳滨对虾G0和两个养殖群体(G1,G2)进行遗传多样性分析。8个座位共获得64个等位基因,位点的等位基因数在5~l3之间。多态信息含量PIC在0.405 2~0.869 3之间,其中有6个位点为高度多态位点,适合于多态性分析。8个座位丢失的和新产生的等位基因共30个,占总数的47%。3个群体的平均观测杂合度分别为0.193 8、0.196 1、0.232 5,说明3个群体的遗传多样性较低。对近交系数Fis分析显示3个群体中存在近交,通过对哈迪温伯格平衡检验,显示所有座位均显著偏离平衡,存在杂合子缺失。通过配对Fst和Ne i遗传距离分析,显示3个群体之间有明显的遗传分化,说明种群结构发生了明显的遗传变异,变异可能来自于突变、随机漂变和选择的共同作用。实验结果能够很好地解释经过若干群体选育后,子代群体发生种质退化的现状,由此建议综合采用遗传育种的方法从引进的亲虾中筛选出性状优良稳定的仔虾作为虾苗。     

安徽地区克氏原螯虾群体的遗传多样性和遗传结构

为了解安徽地区克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性，实验以安徽芜湖 (WH)、宣城 (XC)、合肥 (HF) 3个地区克氏原螯虾人工养殖群体为研究对象，分别以安徽铜陵 (TL)、马鞍山 (MAS) 2个野生群体和监利 (JL)、建湖 (JH)、滆湖 (GH)、兴化 (XH) 4个人工养殖群体作为对照，选用10对克氏原螯虾微卫星引物对其进行微卫星遗传多样性和遗传结构研究。结果显示，安徽地区人工养殖克氏原螯虾群体的平均遗传多样性均高于2个野生群体和江苏、湖北4个地区的人工养殖群体，其中XC群体的遗传多样性最高。9个群体全部10个位点经Bonferroni法校正后均显著偏离Hardy-Weinberg平衡且绝大多数位点显示杂合不足。AMOVA分析表明遗传变异是由群体内部决定的；大多数组的F_st表现出中度分化 (0.05 < F_st < 0.15)。基因流表明不同群体之间存在着广泛的基因交换，尤其是GH和JH群体之间。基于群体间Nei氏遗传距离及UPGMA聚类树结果显示，WU、GH、MAS和JH群体聚为一组，XC和HF群体同属于一组，而JL、TL和XH群体分别自成一组。STRUCTUR结果显示，XC和HF群体的大多数个体被分配到相同的遗传群中，说明上述群体起源相同。研究表明，安徽地区克氏原螯虾人工养殖群体具有较高的遗传多样性。实验结果可为安徽地区克氏原螯虾种质资源的保护和改良提供参考资料。     

北部湾光裸星虫3个地理群体遗传多样性

利用微卫星DNA分子标记对广东湛江乌石(ZJ)、广西北海山口(BH)与越南锦普(JP)3个光裸星虫(Sipunculus nudus)野生群体的遗传多样性进行分析。结果表明,20个微卫星座位中有3个位点(Snu08、Snu10、Snu14)呈现单态,17个多态微卫星座位中的等位基因数介于2～9之间,多态信息含量(PIC)介于0.097～0.797之间。每个群体中有5个位点显著偏离了Hardy-Weinberg平衡,在位点Snu18上3个群体均偏离Hardy-Weinberg平衡。3个光裸星虫野生群体均表现出中等程度的遗传多样性水平,锦普群体遗传多样性水平高于北海和湛江群体。群体间F-统计量分析表明,群体遗传分化处于低等分化水平,差异不显著(Fst=0.019～0.049,P>0.05);基于DA遗传距离构建的NJ和UPGMA聚类树均显示,地理位置相邻的群体聚在一起。研究表明,3个光裸星虫地理群体均具有中等的遗传多样性,杂合度均偏低,群体间存在较大的基因流,杂合子明显缺失;群体间已产生遗传分化,但分化水平还较低。     

漠斑牙鲆微卫星标记筛选及美国群体遗传结构分析

采用磁珠富集法筛选适合漠斑牙鲆遗传多样性分析的微卫星分子标记。筛选共获得43条序列,其中完美型26个,占60.5%;非完美型14个,占32.6%;复合型3个,占6.9%。选取其中14对特异性好且扩增效率高的微卫星引物,对采自美国北卡罗来纳州沿海的漠斑牙鲆野生群体和养殖群体进行遗传多样性及遗传结构比较分析。研究结果表明,12对引物的扩增产物具有多态性,其中7个位点为高度多态(PIC>0.5)。两个群体中共检测到90个等位基因。12个多态性微卫星位点在两个群体中的平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.36和0.57。9个位点在整个群体中呈现出不同程度的偏离遗传平衡(P<0.05),且偏离平衡的位点均表现为杂合子缺失(Fis>0)。野生群体和养殖群体间的遗传距离为0.1115,群体间的遗传分化微弱(Fst=0.0438)。     

凡纳滨对虾养殖亲本群体遗传多样性分析

运用微卫星标记技术,选用8对微卫星引物对厦门市5个凡纳滨对虾亲虾群体(ZA1、HN、ZA2、ZP、DS)进行遗传多样性分析。结果显示,8对微卫星引物在5个凡纳滨对虾亲虾群体中共检测到75个等位基因,各群体的平均等位基因数(Na)为3. 875～7. 000、平均有效等位基因数(Ne)为2. 632～3. 719、平均PIC值范围在0. 498～0. 624。平均观测杂合度(Ho)为0. 410～0. 562、平均期望杂合度(He)为0. 589～0. 687。各群体的平均近交系数(Fis)为0. 147～0. 305,说明各群体内近交程度较高,存在杂合子缺失现象。除ZP与DS群体外,其他群体在多个微卫星位点上均显著偏离平衡(P 0. 05),说明大部分群体存在杂合子缺失现象。遗传变异分析结果显示,各群体间的遗传分化指数(Fst)为0. 028～0. 199;根据Fst计算得到各群体间的Slatkin’s遗传距离在0. 029～0. 249之间。本研究结果表明,采自厦门市的5个凡纳滨对虾亲虾群体均存在不同程度的近交现象。本文通过对厦门市5个凡纳滨对虾亲虾群体进行遗传多样性分析,旨在明确厦门市凡纳滨对虾亲虾群体的遗传结构、种质资源状况及近交程度,为该地区凡纳滨对虾种质资源的提纯、保优、复壮及遗传选育提供背景资料和建议。     

牙鲆4个选择性繁育后代群体遗传结构的微卫星分析

为了检测由3个牙鲆基础群体组合交配建立的4个选择性繁育后代群体的遗传多样性水平，本研究利用10对微卫星引物分析了其遗传结构信息。计算结果表明，等位基因数3～10个，平均等位基因数5．7个，有效等位基因数1．3571～4．5979，平均有效等位基因数2．9832，各个位点的平均观测杂合度0．2083～1．0000，平均期望杂合度0．2081～0．7956，多态信息含量0．1671～0．7501，其中中度多态位点两个，高度多态位点7个，各群体的多态信息含量从大到小依次为日本亲鱼与抗病亲鱼杂交后代群体、抗病亲鱼自繁后代群体、抗病亲鱼与黄海野生亲鱼繁殖后代群体、日本亲鱼自繁后代群体。分析结果表明，4个群体的遗传多态水平均较高，对4个选择性繁育后代群体的平均观测杂合度值进行X。检验表明，群体间遗传多样性差异不显著。日本亲鱼自繁后代群体与中国海域亲鱼繁育后代群体（抗病亲鱼自繁后代群体和抗病亲鱼与黄海野生亲鱼繁殖后代群体）的遗传距离较远，分别为0．2724和0．3310。根据群体间的遗传距离利用NJ法构建系统树，抗病亲鱼自繁后代群体和抗病亲鱼与黄海野生亲鱼繁殖后代群体聚为一支，日本亲鱼自繁后代群体和日本亲鱼与抗病亲鱼杂交后代群体聚为一支，对遗传偏离指数的分析表明群体间的遗传平衡差异很大。     

北部湾光裸星虫3个地理群体遗传多样性

利用微卫星DNA分子标记对广东湛江乌石(ZJ)、广西北海山口(BH)与越南锦普(JP)3个光裸星虫(Sipunculus nudus)野生群体的遗传多样性进行分析。结果表明, 20个微卫星座位中有3个位点(Snu08、Snu10、Snu14)呈现单态, 17个多态微卫星座位中的等位基因数介于2～9之间, 多态信息含量(PIC)介于0.097～0.797之间。每个群体中有5个位点显著偏离了Hardy-Weinberg平衡, 在位点Snu18上3个群体均偏离Hardy-Weinberg平衡。3个光裸星虫野生群体均表现出中等程度的遗传多样性水平, 锦普群体遗传多样性水平高于北海和湛江群体。群体间F-统计量分析表明, 群体遗传分化处于低等分化水平, 差异不显著(F_st=0.019～0.049, P>0.05); 基于D_A遗传距离构建的NJ和UPGMA聚类树均显示, 地理位置相邻的群体聚在一起。研究表明, 3个光裸星虫地理群体均具有中等的遗传多样性, 杂合度均偏低, 群体间存在较大的基因流, 杂合子明显缺失; 群体间已产生遗传分化, 但分化水平还较低。     

凉山半细毛羊微卫星标记多态性的研究

利用微卫星技术对凉山半细毛羊核心育种群206个个体第1、2、3、9号染色体上的18个微卫星位点进行研究,检测微卫星在凉山半细毛羊中的等位基因数,计算等位基因频率(Pi)、遗传杂合度(H)和多态信息含量(PIC),分析了凉山半细毛羊微卫星DNA的多态性。实验采用的18个微卫星标记位点在凉山半细毛羊群体中,平均等位基因数为8.2778个(3～19个),平均多态信息含量为0.591(0.253～0.833),遗传杂合度均值为0.500(0.026～0.888)。表明该品种绵羊遗传多态性丰富,群体遗传变异较大,并且所选18个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究。     

三倍体牙鲆(Paralichthys olivaceus)群体遗传多样性的微卫星分析

采用微卫星遗传标记技术对三倍体牙鲆群体及二倍体对照群体进行比较分析。取2012年冷休克诱导和培育至11月龄的三倍体及同期二倍体对照牙鲆个体各32尾，通过高盐法提取肌肉组织总DNA；利用筛选得到的21对微卫星引物进行PCR扩增，并经14%聚丙烯酰胺凝胶电泳分型后，进行人工判读和分析。结果显示，21个微卫星位点均为多态，二倍体和三倍体群体的平均等位基因数(A)、基因型总数、平均有效等位基因数(ae)、平均观测杂合度(HO)和平均期望杂合度(HE)分别为5.6和5.0、190和142、3.7和2.8、0.613和0.868、0.681和0.629。二倍体和三倍体群体的多态信息含量(PIC)分别为0.642和0.589，个体识别率(DP)为0.660和0.609，非父排除率(PPE)为0.482和0.399，其累积个体识别率和非父排除率均达到0.999，表明所选座位均属中高识别力的遗传标记，可以将它们应用于今后牙鲆雌核发育群体的遗传变异分析以及进一步的遗传育种的研究中。二倍体和三倍体群体间的遗传距离(D)为0.312，遗传相似系数(I)为0.732，基因分化系数(GST)为0.971。以上结果说明，三倍体诱导对牙鲆的遗传结构造成了一定影响，导致三倍体遗传多样性水平相对二倍体有所下降，二倍体和三倍体牙鲆的基因型也存在一定差异。     

样本容量对养殖群体内主要遗传结构分析参数的影响

用微卫星标记评估养殖群体的遗传结构,设置8个取样量梯度,5个标记量梯度,统计分析了各遗传参数的变化.结果:群体等位基因数(A)随样本量的增加而呈现上升趋势,但上升幅度由0.6667～0.9615(10相似文献   

3个仿刺参地理种群遗传变异的微卫星DNA分析

运用微卫星DNA技术对仿刺参烟台群体、威海群体、大连群体的3个野生群各20个个体进行了遗传分析。对9个基因位点进行了扩增,共获得了59个等位基因。评估了9对微卫星引物的多态信息含量(PIC),范围在0.5129~0.8794之间。结果表明:3个野生群体的平均杂合度观测值分别为0.6416、0.6595、0.5824,平均杂合度期望值分别为0.7641、0.7161、0.7364;在Hardy-Weinberg平衡条件下,进行了P检验,发现3个群体均有位点发生了显著偏离;对3个群体进行了配对Fst值计算,发现3个群体之间遗传分化较弱。从变异贡献率来看,95.68%的变异来自个体之间,4.32%的变异来自群体之间。经过聚类分析,发现威海群体和大连群体之间亲缘关系较近,烟台群体与前两群体亲缘关系较远。     

Distribution of genetic variation in brown trout, Salmo trutta L., in Scotland

Abstract. A total of 1680 brown trout, Salmo trutta L., from 63 different localities in Scotland were sampled and examined for 34 loci. Thirteen loci were polymorphic in one or more populations. The mean observed heterozygosity for wild populations ranged from 0.0 to 8-9% (x=4.5%) in the same range as previous studies on this species. Within drainage studies and gene diversity analysis confirms that a large proportion (33%) of total gene diversity was distributed between populations. The Ldh-5(100) allele was common in Scottish populations and its distribution would fit the hypothesis that this allele was indicative of an ancestral trout population in Scotland before the invasion of trout characterized by the Ldh-5(90) allele. The results have important implications for the management of the brown trout genetic resource.     

Genetic diversity and structure of Northern Sheatfish (Silurus soldatovi) assessed by newly developed and cross‐species microsatellites

Twenty‐five polymorphic microsatellite markers, including 13 newly isolated markers and 12 existing cross‐species markers, were used to assess the genetic variation of 141 individuals from three cultured stocks of northern sheatfish, Silurus soldatovi, in China. Samples were collected from Heilongjiang (H), Tongerpu (T) and Liaoning (L). Allelic richness, expected and observed heterozygosity among 25 loci were calculated, and the mean A_e, H_o and H_e were estimated in three stocks. In low polymorphic locus HLJcf19 and HLJcf38, most individuals in all three stocks were homozygous and had only one same allele, while only few heterozygous individuals had the other allele in one certain stock. And all the three stocks showed excess of heterozygotes, because of significant negative F_IS values. Genetic distance, UPGMA dendrogram, as well as structure analysis, all indicated that Stock H and L were closer among three stocks. The results revealed that though all stocks had no reduction in recent time, their effective population size were significantly lower to the ideal value.     

微卫星分析四个大黄鱼群体的遗传多样性

为保护人工养殖大黄鱼的种质资源,用15对微卫星标记对来自浙江沿海地区的四个大黄鱼养殖群体共171个个体进行了遗传多样性分析.结果显示,这些标记在四个群体中均表现出丰富的多态性;共检测到206个等位基因;各基因座观测等位基因数7～23个,平均等位基因数13.73,大小在88～318bp之间.四个群体的平均观测杂和度(Ho)为0.5981～0.6893,期望杂和度(He)为0.7319～0.7944,多态信息含量(PIC)0.7138～0.7836,表明四个养殖群体在所检测位点均具有较好的多态性.对遗传距离的计算结果表明闵粤东群体与反交群体较近,聚类结果中首先聚到一起.本研究首次选择微卫星标记评估人共选育大黄鱼群体的遗传多样性,并采用高精度的377 DNA测序仪进行检测,将对大黄鱼的种质资源保护提供科学依据.