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1.
性腺型芳香化酶基因是一种调节雌雄激素平衡的基因。为初步探究暗纹东方鲀性腺型芳香化酶基因在性腺发育和性别分化过程中的作用,通过RACE及荧光定量PCR技术,成功克隆出暗纹东方鲀性腺型芳香化酶基因的cDNA全长序列,共1786 bp,编码514个氨基酸,与红鳍东方鲀及星点东方鲀同源性最高。氨基酸序列分析显示,该基因编码的蛋白是一种稳定的亲水性蛋白,但不存在信号肽序列;性腺型芳香化酶含有38个磷酸化位点、4个N-糖基化位点、2个跨膜保守结构域;其氨基酸序列在哺乳动物和鱼类中均十分保守,且含有跨膜区、Ⅰ-螺旋区、Ozol′s肽区、芳香化酶特异性保守区和亚铁血红素结合区等功能保守区。表达分析显示,暗纹东方鲀性腺型芳香化酶基因主要在肌肉和卵巢中表达,其次在其他组织中也有少量表达,而且在幼鱼不同发育期卵巢中的表达量呈现出逐渐升高再降低的表达趋势,在精巢中则基本不表达。研究结果表明,性腺型芳香化酶基因很可能参与了暗纹东方鲀雌鱼性腺分化后卵巢的发育、雌性特征的维持和其他组织的发育等过程。  相似文献   

2.
为获得Y-box蛋白在中间球海胆的生物学功能,实验克隆了中间球海胆Y-box基因的全长cDNA,并进行了定量表达模式分析.Y-box基因全长cDNA为2 425 bp,该序列具有一个81 bp的5’非编码区,1 348 bp 3’非编码区,ORF为996 bp,cDNA编码331个氨基酸的前体蛋白,预测蛋白分子质量为37.4 ku,理论等电点是8.55,属于亲水性蛋白.中间球海胆Y-box前体蛋白的氨基酸序列包含3个结构域:氨基酸N末端,亲水结构域C末端和冷休克结构域(cold shock domain CSD),其中CSD区为Y-box蛋白家族中保守结构域.海胆Y-box蛋白质二级结构中无规则卷曲占88.22%,延伸链占9.97%,α-螺旋1.98%,无β-折叠.氨基酸序列与其他物种氨基酸序列的同源性为22.37%~41.26%,在保守结构域CSD区同源性达到75%以上.实时定量PCR检测,Y-box基因在中间球海胆体腔液、管足、围口膜、雄性性腺、雌性性腺、肌肉和肠7个不同组织中均有表达,但差异不显著.温度胁迫下,中间球海胆Y-box基因的表达均表现为下调,并且随着温度的升高,Y-box基因的表达量呈现逐渐下降的趋势.  相似文献   

3.
锦鲤疱疹病毒ORF72基因克隆及结构功能分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
于辽宁丹东采集感染锦鲤疱疹病毒的活鲤Cyprinus carpio样品,经DNA提取、PCR扩增、重组质粒构建步骤成功克隆锦鲤疱疹病毒ORF72基因,并利用生物信息学软件分析ORF72蛋白结构与功能,构建系统进化树。结果显示:ORF72基因开放阅读框共1113bp,编码蛋白由370个氨基酸组成,理论相对分子质量为40.5KD;ORF72蛋白主要由α螺旋、β折叠、无规则卷曲3种二级结构组成;N端35个氨基酸序列为信号肽序列。跨膜结构分析表明:ORF72蛋白无跨膜区,保守结构域预测表明ORF72含有一个保守结构域,抗原表位分析表明,抗原性较好。结构预测显示:ORF72氨基酸序列存在2个潜在的N-糖基化位点、1个潜在的O-糖基化位点、19个潜在的磷酸化位点。系统进化树分析发现,其与锦鲤疱疹病毒美国株、以色列株属同一分支。  相似文献   

4.
为研究锦鲤疱疹病毒3型(KHV-3)ORF126基因编码蛋白的功能,我们对该蛋白的结构特征进行研究分析。本实验采用PCR扩增技术获得KHV ORF126基因的完整序列,构建pMD19-T-ORF 126重组质粒,应用生物信息学方法分析ORF126基因编码蛋白的理化特征。结果显示:KHV ORF126基因翻译合成273个氨基酸;ExPasy预测该蛋白的理论分子量为29.9kDa,等电点为5.11;信号肽的切割部位最可能位于第19~20位氨基酸之间;跨膜区位于第145~168位氨基酸;抗原表位预测显示抗原性良好;编码蛋白不含N-糖基化位点,含有4个O-糖基化位点和17个磷酸化位点。  相似文献   

5.
李秋璇  费荣梅 《水产学报》2015,39(3):439-446
为探究本实验室分离的传染性皮下及造血组织坏死病毒NJ株(IHHNV-NJ)ORF3基因编码蛋白的结构特征,本实验根据ORF3基因序列设计引物,利用PCR方法克隆ORF3基因序列,并构建至原核表达载体p ET-32a(+)中。对成功构建的p ET32a-ORF3重组表达载体进行原核表达,获得49 ku的融合蛋白,符合预期大小。通过生物信息学软件对ORF3基因编码蛋白序列进行分析,结果显示,ORF3基因序列长度为990 bp,编码329个氨基酸;ORF3基因编码蛋白理论分子质量为37 385.2 u,等电点为7.22,为亲水性蛋白;该编码蛋白序列不存在跨膜区、信号肽切割位点;二级结构含有55.9%的α-螺旋、52.0%的β-折叠以及13.4%的β-转角;抗原表位分布较广泛,抗原性强;该编码蛋白序列不存在潜在的N-糖基化位点,存在13个潜在的O-糖基化位点和17个潜在的磷酸化位点。进化树结果表明,NJ株的ORF3基因编码蛋白序列与6株IHHNV序列同源性均高于96%,与厄瓜多尔株同源性最高,为99.7%。研究表明,ORF3基因编码IHHNV衣壳蛋白;O-糖基化位点可参与衣壳蛋白的组装过程及细胞侵染过程,磷酸化位点可参与病毒在对虾细胞内的增殖过程;ORF3编码蛋白序列保守性强,不影响病毒毒力和个体间感染能力。  相似文献   

6.
通过简并引物扩增及RACE技术,首次克隆了半滑舌鳎促滤泡激素受体(FSHR)基因cDNA全长序列。该基因全长3105bp,编码704个氨基酸,含有典型的跨膜螺旋结构区域(TMhelix),属于糖蛋白激素受体(GHR)家族。该基因编码区共有19个Ser,4个Thr和5个Tyr磷酸化位点;3个潜在的N基端糖基化位点,分别是62NISS,226NGIK和356NSTS;441T为潜在的PKC位点。基酸序列比对结果表明,半滑舌鳎FSHR含有GpHR家族的特殊信号序列,如82CCAF,481ERW,594FTD和667NPFLY,含有10个LRRs(LRR1-10)。组织表达分析表明,FSHR表达广泛,除在性腺中大量表达外,其他非性腺组织也有表达,尤其以脾、肾、头肾表达最较高。采用125Ⅰ标记放射免疫分析法(RIA)测定雌鱼血清中E2含量的季节变化,发现4月时E2含量最低,10月时含量最高。卵巢中FSHR mRNA在10月表达量最高,1月最低。  相似文献   

7.
草鱼APN基因的克隆及表达特征   总被引:1,自引:0,他引:1  
氨肽酶N(APN)是肽酶M1家族的成员之一,在蛋白质的消化中发挥重要作用。采用同源克隆和RACE技术首次克隆草鱼APN基因的全长cDNA序列。该cDNA全长为3258bp,包含27bp的5UTR序列,552bp的3UTR序列,2679bp开放阅读框,编码892个氨基酸;草鱼与斑马鱼基因同源性和编码氨基酸同源性分别为81.5%和75.4%,与其他动物同源性分别为58.8%~61.2%和54.3%~60.2%。经预测,其编码蛋白的分子量为100.61ku,等电点为5.14,该蛋白具有与哺乳动物十分相似的1个螺旋跨膜结构,但跨膜区氨基酸同源性较低;系统进化分析表明,草鱼APN基因与斑马鱼的亲缘关系最近;利用Real-timePCR技术检测了该基因的发育表达,结果显示草鱼出膜4d后APNmRNA表达量相对稳定;APN在草鱼前肠、中肠和后肠均有较高的表达量,以前肠组织表达量最高;昼夜节律研究发现,肠道APN基因06:00-18:00的表达量较18:00-06:00高。  相似文献   

8.
天然抗性相关巨噬蛋白(Nramp)家族是一类抑制胞内寄生菌侵染的天然免疫相关蛋白.本研究克隆了草鱼(Ctenopharyngodon idellus)Nramp基因并进行了表达分析.该基因cDNA序列全长为3158 bp,编码1个含544个氨基酸的蛋白.该蛋白含有Nramp家族的特征序列:包含12个跨膜区(TM)、1个由20个氨基酸残基组成的胞质内转运结构域(CTM).草鱼Nramp同其他16个物种的Nramp氨基酸序列同源性在62.5%~90.2%之间.草鱼Nramp基因cDNA的独特结构是其3味端非翻译区(UTR)和5'UTR各有1个脊椎动物Nramp2中的铁反应控制蛋白结合位点(IRE).系统进化分析表明,草鱼Nramp和所有鱼类Nramp聚为一簇,与哺乳类Nramp2的亲缘关系较近.Nramp基因在单鱼头肾和脾脏中的表达量最高,在肌肉和皮肤中的表达量最低,在草鱼呼肠孤病毒(GCRV)感染的草鱼肾脏细胞系(CIK)中的表达量明显升高.  相似文献   

9.
通过简并引物扩增及SmartTM Race技术,首次克隆了黄颡鱼促黄体激素受体(LHR)基因cDNA全长序列.该基因全长2 524 bp,编码701aa,含有属于糖蛋白激素受体(GpHR)家族的典型跨膜螺旋结构区域(TM helix).9个富含亮氨酸的重复性序列(LRRs);4个潜在的N-端糖基化位点:29NFTC,82 NVSR,203 NGSR,548NLTV;24个Ser,6个Thr和5个Tyr磷酸化位点.同时400S为潜在的PKC位点.通过RT-PCR分析组织表达,卵巢繁殖周期中卵巢和脑的表达水平并结合血浆中E2含量的变化,发现LHR在卵巢中大量表达,其次是脑、肾脏、心脏、肝脏和肠存在少量或微量的表达;在卵巢繁殖周期中,卵巢LHR表达从Ⅲ期-V期处于较高水平,V期达到最高峰,随后下降到最低值;而脑的表达高峰出现在Ⅳ期,与血浆中E2变化相一致.推测卵巢和脑中LHR基因参与卵黄的生成,调控卵母细胞的成熟和排卵.  相似文献   

10.
钙调磷酸酶B同源蛋白2(CHP2)为参与细胞内pH及细胞增殖调控的关键因子。用RACE末端PCR方法得到黑鲷CHP2(AsCHP2)基因全长cDNA,并利用生物信息学方法分析该基因的序列特征与同源性;同时利用实时荧光定量PCR方法检测AsCHP2的mRNA在黑鲷整体仔鱼,90 d、180 d黑鲷,杂交F_2(真鲷♂×黑鲷♀)及回交F_1(黑鲷♂×杂交F_1♀)的脑、心脏、肌肉、肝脏和性腺等组织中的表达。研究结果表明:(1)AsCHP2 cDNA序列全长1722 bp, 5′-非编码区(UTR)长度69 bp, 3′-UTR长度1069 bp,开放阅读框长度为585 bp,编码194个氨基酸;其结构域包含2个EF-hand结构及1个核输出信号;其蛋白分子质量为21.87 ku,理论等电点为4.89;同源建模获得了CHP2的二级与三维结构。AsCHP2基因的核苷酸序列与其他鱼类的相似性为86%~81%,编码的氨基酸序列与其他鱼类的相似性为80%~72%。邻接系统树显示了黑鲷CHP2氨基酸序列与其他鱼类的进化关系。序列比对与结构分析表明,AsCHP2基因具有典型的CHP2基因结构。(2)AsCHP2的mRNA在黑鲷的仔鱼期(5~35 d)及大规格个体的脑、肝脏及肌肉组织中均有表达,在90 d个体各组织中的表达量均高于在180 d个体各组织中的表达量;在180 d黑鲷、杂交F_2及回交F_1的个体中,基因在脑、肝脏、肌肉及性腺等不同组织中均有表达,且均在心脏中高表达、在性腺中低表达。这些结果显示,CHP2基因在海水鱼类的生长、发育过程中发挥功能。  相似文献   

11.
This paper presents the genetic linkage map of the Chinese shrimp Penaeus (Fenneropenaeus) chinensis constructed with 472 AFLP markers. A hundred F1 progeny from an intercross between a female from the new variety “Yellow Sea No. 1” and wild caught male used for the mapping study. Two separate maps were constructed for each parent. The female linkage map consisted of 197 marker loci forming 35 linkage groups and spanned a total length of 2191.1 cM, with an average marker space of 13.5 cM. The male map consisted of 194 marker loci mapped to 36 linkage groups and spanned a total length of 1737.3 cM, with an average marker spacing of 11.0 cM. The level of segregation distortion observed in this study was 12.2%. The estimated genome length of P. chinensis was 3150.3 cM for the female and 2549.3 cM for the male, respectively. The observed genome coverage was 69.6% for the female and 68.1% for the male map. The linkage maps constructed in this study provide basic information for further linkage studies on Chinese shrimp, and more importantly, the construction of the maps are part of the work of the genetic breeding programs which will be used for growth discovered in the QTL analysis of P. chinensis.  相似文献   

12.
细胞色素P450(CYP)302a1是昆虫蜕皮激素合成通路中的关键酶,为了研究其在三疣梭子蟹蜕皮过程中的调控作用,实验采用反转录PCR(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术,克隆得到了三疣梭子蟹CYP302a1全长cDNA序列(GenBank登录号:KM596851).该序列全长为3 171 bp,包含一个长度为1 626 bp的开放阅读框,编码541个氨基酸;序列分析显示该氨基酸含helix-C、helix-K、helix-I、PERF及heme-binding共5个P450特征保守区域;系统进化树分析发现三疣梭子蟹CYP302a1与日本剑水蚤CYP302a1聚为一小支,再与其他物种CYP302a1聚为一支.采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析了CYP302a1在不同组织和蜕皮过程中的表达水平变化.结果显示,CYP302a1的表达量在Y器中最高,而在其他组织中均极低(P<0.05);蜕皮过程中,CYP302a1在蜕皮后期(A、B期)表达量最低,从蜕皮间期(C期)开始上升,至蜕皮前期的D1亚期达到最大值,随后下降.结果表明CYP302a1在三疣梭子蟹蜕皮调控中可能起着重要作用.  相似文献   

13.
为研究太平洋鳕发育早期特异免疫系统形成的机制,通过RAG1和IgM基因的转录水平衡量特异免疫系统的发育特点.根据GenBank中RAG1和IgM的序列信息,分别设计1对特异引物,从太平洋鳕头肾中扩增得到RAG1和IgM的基因片段.将所获基因片段分别插入到克隆载体pMD18-T中,从而构建太平洋鳕RAG1和IgM基因的质粒标准品.建立并优化太平洋鳕RAG1和IgM基因绝对荧光定量PCR方法.为进一步验证该方法的可靠性,分别利用绝对定量和相对定量检验目的基因在太平洋鳕早期发育过程不同组织内的表达差异.以优化后的绝对荧光定量PCR方法检测不同发育时期太平洋鳕RAG1和IgM的表达情况.结果显示,RAG1的回归方程为y=-3.266x+33.77,回归系数R2=0.996;IgM的回归方程为y=-3.119x +27.61,回归系数R2 =0.998.绝对定量和相对定量结果在基因转录趋势上显现出一致性,即RAG1基因在胸腺和头肾中表达,且在胸腺中的表达量显著高于头肾中的表达量,在肝脏和脾脏中无表达;IgM基因在胸腺、头肾、肝脏和脾脏中均有表达,其中脾脏中表达量最高,其次是头肾.RAG1基因在太平洋鳕发育早期的表达水平很低,到61日龄(days posthatching,dph)至95 dph表达量显著提高;IgM基因在早期表达水平同样很低,到33 dph至61 dph才有明显表达,在95 dph时表达量显著提高.研究表明,本实验方法可靠,特异性较强,可成功对目标基因转录水平进行检测.  相似文献   

14.
The aim of this study was to evaluate the inclusion of three seaweeds Gracilaria bursa-pastoris (GP), Ulva rigida (UR) and Gracilaria cornea (GC) as dietary ingredients on the performance, nutrient utilisation and body composition of European sea bass juveniles. Six experimental diets were formulated to replace 5% (GP-5, UR-5, and GC-5 Diets) and 10% (GP-10, UR-10 and GC-10 Diets) fish protein hydrolysate (CPSP) by each of the three seaweeds. A control diet was used, without inclusion of any seaweed. Diets were fed to duplicate groups of 25 European sea bass (Dicentrarchus labrax) juveniles (IBW = 4.7 g) for 10 weeks. Growth performance was only significantly reduced (P < 0.05) in fish fed the GC-10 diet, whereas the feed conversion ratio increased significantly in those fish. The apparent digestibility coefficients of dry matter and lipid were significantly lower in fish fed diet GC-10 relative to those fed the control diet. Carcass composition was similar among treatments, although fish fed GC-10 exhibited significantly higher ash content.The results obtained in this study suggest that the inclusion of G. bursa-pastoris (GP) and U. rigida (UR), up to 10%, can be considered as very interesting ingredients in diets for sea bass juveniles, as no negative consequences on growth performance, nutrient utilization or body composition were observed. On the other hand, the inclusion of G. cornea (GC) should be limited to 5% of the diet.  相似文献   

15.
Sex-specific DNA markers are useful for hatchery management. Sex identification at early ages can reduce broodstock rearing costs. This study employed the Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) approach for the identification of sex-linked markers in Pangasianodon gigas and P. hypophthalmus. Eight DNA pools (4 females, 4 males) each from P. gigas and P. hypophthalmus were screened using a total of 570 and 102 different primer combinations, respectively. None of the 570 primer combinations gave sex-associated amplification for P. gigas while 31 of the 102 primer combinations gave apparent sex-associated amplification across the pooled DNA samples of P. hypophthalmus. However, none of the 45 SCAR markers derived from the presumed sex-specific fragments showed sex specificity when tested using DNA of individual P. hypophthalmus males and females.  相似文献   

16.
In the present study, the Indonesian reef-dwelling sponge Callyspongia (Euplacella) biru de Voogd [de Voogd, N.J., 2004. Callyspongia (Euplacella) biru spec. nov. (Porifera: Demospongiae: Haplosclerida) from Indonesia. Zool. Meded. 78, 477-483.] (Demospongiae, Callyspongiidae) was cultured for a period of 6 months at three sites in the Spermonde Archipelago, Indonesia. A total of 250 sponge cuttings of two size classes (30 and 40 mm in length) were threaded on either polyethylene or very fine nylon rope and attached to horizontal mooring systems. All sponge cuttings were photographed at regular time intervals. Survival rates were high (82%-100%) among all treatments used. Growth rates differed significantly among treatments, but did not differ significantly per location, farming method, explant size and explant position obtained from the parent sponge. The concentration of the bioactive compound amphitoxin in the cultured explants was not significantly lower than in the natural population, but the concentration did vary significantly between explants used in the different treatments, and also between the different fragments of the natural population. The high growth potential and high survival rate suggest that this sponge species is a promising candidate for further mariculture development.  相似文献   

17.
This study investigated: 1) susceptibility differences to infection by Neobenedenia girellae (Capsalidae) between amberjack Seriola dumerili (Carangidae), yellowtail S. quinqueradiata and Japanese flounder Paralichthys olivaceus (Paralichthyidae); 2) growth and egg production of N. girellae on each fish species; 3) acquired protection of each fish species against this parasite. The number of N. girellae on S. dumerili was significantly higher than on S. quinqueradiata and P. olivaceus when these fishes were exposed to oncomiracidia in the same aquarium. Neobenedenia girellae growth on S. dumerili was fastest and, thus the number of eggs laid by parasites on S. dumerili was greater than on the other two species. Seriola dumerili and P. olivaceus, which were previously infected with N. girellae and treated by freshwater bath, acquired partial protection against re-infection by N. girellae. The relative re-infection of three S. dumerili individuals out of eleven individuals was markedly low compared with the initial infection, and the relative initial infection and re-infection on two P. olivaceus out of eleven individuals was markedly low. The results of this study could be useful to control N. girellae infections when cultivating S. dumerili, S. quinqueradiata and P. olivaceus.  相似文献   

18.
罗非鱼海豚链球菌病的病理学观察   总被引:1,自引:1,他引:0  
采用光学显微镜和透射电子显微镜技术分别对患海豚链球菌病的罗非鱼的病理学变化进行了研究。分离的病原菌革兰氏染色呈阳性,透射电镜负染观察菌体球形或卵圆形,直径0.6~1.0μm,多数呈链状排列。组织学病变主要表现为全身多组织、器官水肿,出血、变性、坏死以及炎症反应,特别是肝、脾、肾和脑分别表现为肝炎,脾炎,间质性肾炎和脑膜炎。超微结构观察发现病鱼肝、脾、肾、脑、心肌和骨骼肌等器官的细胞超微结构都有较为严重的破坏,细胞核畸形,染色质浓缩或边集,粗面内质网囊泡化及脱粒,线粒体肿胀,嵴断裂或溶解消失。研究表明,海豚链球菌能造成罗非鱼全身性组织器官病变,致使器官功能障碍,正常生理代谢调节紊乱,最后导致死亡。  相似文献   

19.
副溶血弧菌对斑节对虾非特异性免疫酶活性的影响   总被引:2,自引:1,他引:1  
为了研究副溶血弧菌对斑节对虾非特异性免疫酶活性的影响,分别对斑节对虾注射生理盐水和副溶血弧菌,于不同时间点测定肝胰腺和鳃中的总抗氧化能力(T-AOC)、酸性磷酸酶(ACP)、碱性磷酸酶(ALP)和溶菌酶(LSZ)的活性变化。结果显示,与对照组相比,感染副溶血弧菌后,肝胰腺和鳃中T-AOC活性分别于12和6 h达到最大值(P0.05),随后逐渐降低;肝胰腺中ACP活性于3 h显著升高,随后逐渐降低,并于24 h达到最小值(P0.05),而鳃中ACP活性于12 h达到最大值,随后逐渐降低,并于48 h显著低于对照组(P0.05);肝胰腺和鳃中ALP活性整体均呈现出先升高后下降的趋势,但未出现显著低于对照组的现象;肝胰腺和鳃中LSZ活性均于3 h显著升高至最大值(P0.05),随后逐渐恢复至初始水平。研究表明,副溶血弧菌感染对斑节对虾非特异性免疫酶活有显著影响,对其机体免疫防御系统有明显的破坏作用。  相似文献   

20.
采用RACE方法,克隆了背角无齿蚌抗菌肽theromacin基因的cDNA全序列。结果显示,该cDNA序列全长为870 bp,5'端非翻译区104 bp,3'端非翻译区460 bp,开放阅读框长为306 bp,共编码101个氨基酸,相对分子量为11 166.9 u。同源性分析显示,该基因编码的蛋白与三角帆蚌theromacin基因氨基酸序列的相似度最高,为73%;与贻贝中发现的抗菌肽defensins、mytilins、myticins和mytimycins等4种类型相似度较低,属于Macin家族(登录号:KJ598604)。实时荧光定量PCR分析结果显示,该基因在血液、肝脏、外套膜、鳃、斧足和肠等组织中均有表达,在外套膜中的表达量最高,在其他组织中的表达量较低;经嗜水气单胞菌诱导后,各个组织的表达量出现明显上调的趋势且与对照组显著差异,推测theromacin基因可能在背角无齿蚌的免疫反应中起重要作用。  相似文献   

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