团头鲂3个选育群体的选择压力分析

团头鲂选育群体基因组选择信号的检测有助于研究人工选育条件下基因组的进化机制,为团头鲂的进一步遗传改良提供依据。以团头鲂"浦江1号"选育奠基群体(F0)为对照组,以3个团头鲂选育群体为试验组,采用经典的Ewens-Watterson中性检验和基于3种算法(岛屿模型、分级岛屿模型、贝叶斯似然法)的FST-离群值点检验,在14个转录组微卫星位点上进行选择信号检测。结果显示,F0群体中所有位点均为中性位点,选育群体A在Mac927位点和Mac158位点受到了正向选择压力,选育群体B在Mac158位点受到了正向选择压力,选育群体C在Mac927位点和Mac158位点受到了正向选择压力。由此可见,自1985年起的连续世代人工选育已在团头鲂基因组中留下了可检测到的选择信号。3个选育群体均在Mac158位点检测到选择信号,表明3个选育群体受到的人工选择方向比较接近。     

尼罗罗非鱼人工驯养、选育群体遗传多样性及瓶颈效应

人工驯养和选育是家养动物适应性进化的主要动力之一,中国大陆尼罗罗非鱼引进群体经历了长期的人工驯养和选育,是研究鱼类在驯养、选育条件下适应性进化的良好材料。本实验以尼罗罗非鱼1个埃及土著群体为对照组,以中国大陆具有代表性的尼罗罗非鱼5个驯养群体和4个选育群体为实验组,采用12个多态性微卫星位点分析了驯养群体和选育群体的遗传多样性和瓶颈效应。结果显示,土著群体、驯养群体和选育群体平均每个位点的有效等位基因数(AE)分别为5.433、5.113~6.515和3.239~6.734,期望杂合度(HE)分别为0.812、0.796~0.859和0.657~0.858,多态信息含量(PIC)分别为0.768、0.753~0.819和0.601~0.818,近交系数(FIS)分别为0.323、0.166~0.342和0.249~0.314。LSDt检验结果显示,受人工选择的群体(驯养群体、选育群体)与土著群体间遗传多样性水平(AE和HE)无差异,3个驯养群体(EGY群体、WY群体和GD群体)的遗传多样性水平(HE)显著高于1个选育群体(XJF群体)。瓶颈效应分析显示,尼罗罗非鱼土著群体、驯养群体和选育群体在历史上都曾发生过群体缩小的现象。其中,土著群体、2个驯养群体(WY、EGY)、2个选育群体(JNM、XJF)在近期可能经历过遗传瓶颈,其他群体在新的突变和基因流的作用下,群体规模可能已恢复。有效群体大小分析显示,土著群体、驯养群体和选育群体的有效群体数量分别为177、29~117(平均值为57.4)和84~123(平均值为102.8)。本研究结果不仅为尼罗罗非鱼驯养群体的持续利用和选育群体的进一步遗传改良提供了有价值的信息,而且为鱼类在驯养和选育条件下群体遗传结构和种群动态研究提供了新的参考依据。     

吉富品系尼罗罗非鱼抗病性状分子标记筛选及遗传多样性分析

文章采用微卫星标记技术,对吉富品系尼罗罗非鱼(GIFT strain Oreochromis niloticus)抗病群体和易感病群体进行了遗传差异分析。结果显示:在30个微卫星位点中20个能扩增出多态性高、重复性好和扩增条带清晰;抗病群体和易感病群体的平均等位基因数分别为2.5和2.4个;观测杂合度和期望杂合度分别为0.476和0.453,0.44和0.457;多态信息含量PIC分别为0.359和0.379;UNH845和UNH189位点在抗病群体中偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),GM180位点在易感病群体偏离Hardy-Weinberg平衡,两个群体间的遗传距离和遗传分化指数0.055和0.054。此外GM251和GM462位点的差异等位基因片段(135bp和198bp)与抗病性状存在一定的连锁关系。以上结果表明,吉富品系尼罗罗非鱼抗病群体与易感病群体之间的遗传多样性差异不明显,筛选出2个与抗病性状相关的微卫星标记,为开展吉富品系尼罗罗非鱼抗病品种分子标记辅助选育奠定了基础。     

"新吉富"罗非鱼选育后期连续12个世代的选育效果分析

为了解"新吉富"罗非鱼(Oreochromis niloticus)选育后期世代在长期选择下获得的遗传进展,对"新吉富"罗非鱼选育后期连续12个世代(F_9～F_(20))的生长性能进行了连续12年(2005-2016年)的跟踪评估。结果显示:随着选育世代的累进,"新吉富"罗非鱼选育后期世代F_9～F_(20)的生长速度、体重变异系数并没有呈现持续升高或持续降低的趋势,而是在世代间出现了一定程度的波动。经过12个世代的连续选育,选育系F_(20)的生长速度比F_8提高了25.23%～69.34%,平均每代获得的相对遗传进展为2.00%～5.29%,不同世代的选育效果存在一定程度的变动。研究结果表明,在选育后期连续12代的混合选育过程中,"新吉富"罗非鱼选育系获得了持续的遗传进展,由此推测,对"新吉富"罗非鱼的选育工作尚未达到选育极限,选育系F_(20)仍具有进一步选育的潜力。     

尼罗罗非鱼微卫星标记与主要生长性状的相关性分析

为了筛选到与尼罗罗非鱼生长相关的分子标记,并对这些标记进行准确性鉴定,运用65个微卫星标记对鹭业和番禺2个尼罗罗非鱼群体进行了PCR扩增,再利用SPSS软件一般线性模型(GLM)对这些微卫星位点与尼罗罗非鱼体重等主要生长性状进行了标记性状连锁关联分析。结果表明,鹭业群体中有8个微卫星标记(UNH130,UNH183,UNH911,GM558,UNH211,UNH176,UNH914和UNH974)与主要生长性状显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01),其中有2个微卫星标记(UNH914和UNH974)与番禺群体的主要生长性状显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01),1个微卫星标记(UNH176)只与体重显著相关(P<0.05)。通过对与生长性状相关标记的基因型和表型值进行多重比较,得到了对体重、体长和体高3种性状有利的基因型或等位基因。发现了对罗非鱼生长性状有显著效应的微卫星位点,为开展罗非鱼的分子标记辅助育种提供了有价值的遗传标记。     

罗非鱼优良品系———吉富罗非鱼的育成始末

20世纪80年代末期,亚洲地区养殖罗非鱼种群的经济性状严重退化。1988年,世界鱼类中心发起养殖罗非鱼遗传改良(GIFT)计划,与挪威、菲律宾等国家研究机构合作,在收集亚洲和非洲八个国家和地区的尼罗罗非鱼种质资源的基础上,合成基础群并进行选育,经过六代选育,使其生长速度提高85%。选育形成的品系称GIFT鱼,国内称为吉富罗非鱼,目前已推广到以亚太地区为主的十多个国家。吉富罗非鱼的育成为其它水产动物的育种提供了成功的典范。     

尼罗罗非鱼(♀)×萨罗罗非鱼(♂)杂交F_2与F_3群体遗传特征的微卫星分析

利用罗非鱼第二代遗传连锁图谱中微卫星标记对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)(♀)×萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)(♂)杂交后代F_2、F_3群体遗传特征进行了初步比较分析。结果显示,28对引物中有22对引物能有效扩增,未观察到杂交后代F_2、F_3中有多倍体个体现象。筛选出7个在尼萨罗非鱼杂交后代F_2、F_3群体中存在差异的位点。杂交F_2群体平均等位基因(Na)为2.71,平均多态信息含量(PIC)为0.466,平均观测杂合度(Ho)为0.632;杂交F_3群体平均Na为2.14,平均PIC为0.370,平均Ho为0.432,杂交F_3遗传杂合性较杂交F_2降低。F_2自繁F_3过程中,F_3群体4个位点的等位基因与F_2完全相同,3个位点的等位基因少于F_2,且F_3群体在2个位点出现完全纯合,杂交F_3群体位点等位基因呈现纯合趋势。研究结果为尼萨罗非鱼杂交世代遗传变异与杂交利用积累基础资料。     

吉富罗非鱼几种常见疾病及防治方法

<正>吉富罗非鱼是通过从4个非洲原产地国家引进的尼罗罗非鱼品系与4个亚洲国家和地区(以色列、新加坡、泰国、中国台湾)养殖比较广泛的尼罗罗非鱼品系进行杂交并经综合逐代选育获得的优良品系。据世界各国的养殖试验显示,吉富罗非鱼每向下选育一代,其生     

海南省6个养殖罗非鱼群体遗传差异的微卫星分析

利用筛选的20对微卫星引物对海南省6个养殖罗非鱼群体进行遗传多样性研究,分析各群体内的遗传变异和各群体间的遗传关系,比较不同群体的等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、Shannon’s多态性指数、平均多态性信息含量等遗传参数,并利用遗传距离构建6个罗非鱼群体的系统聚类图。结果表明:1)6个罗非鱼群体等位基因数为68个,平均等位基因数为1.992 2~2.255 8,平均观测杂合度为0.572 5~0.745 0,平均期望杂合度为0.469 2~0.532 3,Shannon’s多样性指数为0.719 3~0.848 6,多态信息含量为0.25PIC0.50,其中莫桑比克罗非鱼的遗传多样性指数最高,奥尼罗非鱼最低。2)采用邻接法(NJ)对6个罗非鱼群体进行聚类分析,表明6个罗非鱼群体分为2大支,吉富罗非鱼、尼罗罗非鱼、红罗非鱼、莫桑比克罗非鱼聚为一大支,其中吉富罗非鱼和尼罗罗非鱼聚为一小支,红罗非鱼与莫桑比克罗非鱼聚为一小支;奥尼罗非鱼和泰奥罗非鱼聚为一支。综上所述,海南省6个养殖罗非鱼群体的遗传多样性较高,但不同群体之间存在差异;尼罗罗非鱼与泰奥罗非鱼亲缘关系最远,吉富罗非鱼与尼罗罗非鱼亲缘关系最近。     

吉富罗非鱼微卫星标记与体质量、体形性状相关性分析

根据罗非鱼微卫星遗传图谱,在不同的连锁群上随机选择30个微卫星位点,研究它们在192尾不同家系吉富罗非鱼(Genetically Improved Fanned Tilapia,GIFT)中的遗传多样性及这些位点与体质量、体形性状的相关性.结果表明,30个位点共检测出126个等位基因,片段长度124～310 bp.各位点等位基因数为1～7个,平均等位基因数4.2个;多态信息含量(P1C)为0.259 4～0.716 7,平均0.580 8;杂合度(H)为0.306 4～0.753 1,平均0.632 2,表明该吉富罗非鱼群体遗传多样性比较丰富.最小二乘方差分析结果显示,位点GM041、GM542和GM304与吉富罗非鱼雌鱼体质量相关;位点GM041、UNH860、GM519和GM304与雄鱼体质量相关,位点UNH952与雄鱼体形相关.位点GM041、UNH860、GM304的AA基因型和位点GM519的DE基因型都有可能作为以体质量为选育目标的辅助标记,其中UNH860和GM304的AA基因型有望成为作为以体质量为选育目标的首选辅助标记.实验结果说明,吉富罗非鱼具有与体质量相关的标记越多,体质量也越大.     

尼罗罗非鱼8个养殖群体线粒体控制区遗传多样性和遗传关系分析

 利用线粒体DNA控制区部分序列对中国8个尼罗罗非鱼 (Oreochromis niloticus) 养殖群体(埃及、吉拉达、美国、鹭业、吉诺玛、宝路、广东、新吉富)的遗传多样性和相互间遗传关系进行了分析。在所分析的237个样本中, 可归结为15种单倍型, 其中单倍型BL1为宝路(BL)、埃及(EGY)、吉拉达(GLD)、吉诺玛(GNM)和鹭业(LY) 5个群体所共享, 但没有一个单倍型为所有群体共享。8个群体内的核苷酸多态位点数(S)在4~83, 平均核苷酸差异数(K)的范围为0.50~37.26, 单倍型多样性(h)为0.190 8~0.802 3, 核苷酸多样性(π)为0.000 8~0.056 9。AMOVA分析与群体间两两比较的遗传分化指数(F_ST)表明, 这些罗非鱼群体存在显著的遗传分化与差异(P<0.01)。利用Kimura two-parameter模型分析的系统发育关系表明: 宝路、广东和新吉富3个群体亲缘关系较近, 它们聚为一大支; 埃及、美国、吉拉达、鹭业、吉诺玛这5个群体聚为另一大支。单倍型网络(NETWORK)结果显示, 8个群体并没有明显的谱系分化。本研究结果旨为尼罗罗非鱼种质资源的聚合利用奠定基础。

     

团头鲂3个选育群体遗传潜力的微卫星分析

为从遗传多样性的角度了解团头鲂(Megalobrama amblycephala)3个选育群体的遗传潜力,该研究以团头鲂"浦江1号"选育奠基群体(F_0)为对照组,采用14个多态性转录组微卫星标记评估了团头鲂3个选育群体的遗传多样性,分析其遗传潜力。结果显示,3个选育群体平均每个位点的等位基因数(A)为7.928 6~8.785 7,有效等位基因数(A_E)为4.409 4~4.878 4,观察杂合度(H_O)为0.491 1~0.574 4,期望杂合度(HE)为0.741 3~0.751 8,多态信息含量(PIC)为0.691 2~0.705 2,近交系数(FIS)为0.229~0.352。3个选育群体的遗传多样性水平(AE、HE)均高于F0群体,但不存在显著差异(P0.05)。3个选育群体的有效群体大小(N_e)为11.0~29.3,在近期可能经历过遗传瓶颈。3个选育群体间D_A、D_(SW)遗传距离分别为0.175 4~0.358 8、0.804 7~1.054 4。该结果表明,3个选育群体的遗传多样性较高,遗传潜力较大,但因有效群体数量较少和瓶颈效应的影响,存在杂合度下降和近交衰退的风险,今后需采取科学措施来保护选育群体的遗传潜力。     

微卫星分子标记指导镜鲤群体选育

本文用26个扩增效果好的微卫星分子标记分析了镜鲤（Cyprinus carpio L.）养殖亲本群体的遗传结构,指导其群体选育。本研究共检测到153个等位基因,片段大小为108~400 bp,平均等位基因数（A）5.8846个,平均有效等位基因数（Ne）2.8625个,平均观察杂合度（Ho）0.5063,平均期望杂合度（He）0.5602,平均多态信息含量（PIC）0.5292,表明该繁育群体处于较高的遗传多样性水平。用χ2检验和遗传偏离指数估计Hardy-Weinberg平衡,表明群体处于平衡状态,但在多个位点表现出杂合子缺失严重,显示出人工选择的痕迹。用PHYLIP3.6软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA聚类图,依据亲本个体间的遗传差异,以避免近亲交配为原则,建立最佳亲本配组体系,繁育获得2个选育群体,以常规群体繁育子代群体作为对照组,对子代群体的遗传结构及数量性状分析显示,选育群体保持了较高的遗传多样性水平,群体平均期望杂合度在0.5414~0.5449之间,其生长速度较对照群体快14.81%~63.71%。连续2年的生长实验证实,微卫星标记指导群体选育技术在保持群体的遗传多样性水平,避免近交衰退,快速建立优良种群方面具有一定的优势。     

微卫星分子标记指导镜鲤群体选育

本文用26个扩增效果好的微卫星分子标记分析了镜鲤（Cyprinus carpio L.）养殖亲本群体的遗传结构,指导其群体选育。本研究共检测到153个等位基因,片段大小为108~400 bp,平均等位基因数（A）5.8846个,平均有效等位基因数（Ne）2.8625个,平均观察杂合度（Ho）0.5063,平均期望杂合度...     

橙色莫桑比克罗非鱼（Oreochromis mossambicus）和荷那龙罗非鱼（O．hornorum）的选育效果评价

以橙色莫桑比克罗非鱼（Oreochromis mossambicus）和荷那龙罗非鱼（O．hornorum）为基础群体，分别对其进行选育，并对产生的选育系F4代的选育效果进行了评价。经过4代的选育，橙色莫桑比克罗非鱼和荷那龙罗非鱼的日增重率分别比对照系提高了27．96％和36．73％，差异显著（P〈0．05），平均每代选育效应分别为6．99％和9．18％。F4代的体重变异系数分别为23．74％和22．17％，比对照组分别降低了24．83％和36．33％。而且第一次性成熟时这2种罗非鱼的平均体重都比对照系增加2倍以上，其杂交子代的雄性率达到了99．4％。试验结果表明，橙色莫桑比克罗非鱼和荷那龙罗非鱼的选育效果明显，F4代的生长性能有了显著提高，个体之间的生长速度趋于一致；也说明这2种罗非鱼F4代仍具有一定的选育潜力，对其继续进行选育是切实可行的。     

罗非鱼雌、雄群体遗传差异的RAPD分析

从40个随机引物中分别筛选出15和18个,对奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼雌、雄群体进行RAPD分析,结果显示:奥利亚罗非鱼雌性群体的多态位点比例为56.25%,基因多样性指数为0.2358,Shannon氏指数为0.3417,群体内的遗传相似指数为0.8625;雄性群体的多态位点比例为57.50%,基因多样性指数为0.2356,Shannon氏指数为0.3418,群体内的遗传相似指数为0.8375。尼罗罗非鱼雌性群体的多态位点比例为47.44%,基因多样性指数为0.1788,Shannon氏指数为0.2637,群体内的遗传相似指数为0.7667;雄性群体的多态位点比例为64.10%,基因多样性指数为0.2347,Shannon氏指数为0.3486,群体内的遗传相似指数为0.6769。试验结果表明,奥利亚罗非鱼雌、雄性群体的遗传多样性程度接近,而尼罗罗非鱼雄性群体的遗传多样性要比雌性群体丰富,遗传变异比雌性群体大。     

尼罗罗非鱼γ-干扰素基因的克隆、结构分析及组织表达

γ-干扰素(interferon,IFN)是调控天然免疫与细胞免疫的一种重要细胞因子,在抵抗病毒入侵和细菌感染中发挥重要作用。该研究从尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)脾脏组织中扩增到γ-干扰素基因的c DNA,大小为621 bp,编码206个氨基酸。生物信息学分析表明,尼罗罗非鱼γ-干扰素分子(On IFNγ)具有信号肽、IFN特征序列及核定位信号。预测的三级结构与人类IFNγ晶体结构最相似。q PCR检测显示,IFNγ在正常鱼体内的脾脏中表达量最高,其次是肠、鳃和肾脏。感染无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)后,On IFNγ在脾脏、肾和鳃中的表达均显著上调(P0.05)。On IFNγ在相关免疫器官中的高表达、受感染后的表达上调,说明其在罗非鱼免疫防御中可能具有重要作用。该研究为进一步开展On IFNγ基因的功能研究、探讨其在抗病转基因及抗病选育中的开发应用奠定了基础。