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相似文献
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1.
为建立长江中游常见鱼类的快速鉴别方法,文献调研了7目11科50属64种鱼类名录,GenBank共获取168条线粒体细胞色素c氧化酶I (COⅠ)序列,分析了序列特征、不同阶元Kimura-2-paramater(K2P)遗传距离及系统进化关系。结果显示,64种鱼类的种间遗传距离(平均值为0.084)明显大于种内(平均值为0.0079),NJ树上不同物种均能以较高支持度聚类成独立分支,以线粒体COⅠ序列作为DNA条形码可准确鉴定所研究鱼类;综合利用分子生物学软件筛选物种特异性探针,最终43种鱼类可筛选出112条物种特异性探针,物种识别率为67.2%。本研究验证了DNA条形码芯片技术在长江中游鱼类物种鉴定的可行性,可为该地区鱼类物种多样性保护提供技术支持。  相似文献   

2.
鳀科(Engraulidae)鱼类DNA条形码电子芯片研究   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
本研究将基于线粒体COⅠ部分序列的DNA条形码和DNA芯片技术相结合,以鳀科11属30种鱼类为研究对象,在比对分析其DNA条形码序列的基础上,利用软件Oligo Array 2.1筛选探针,经OligoCalc优化探针,去除易形成发夹(Hairpin)、茎环(Stem-loop)及自身二聚体结构(Homodimers)的探针,再利用Oligo heat map对探针与靶标序列进行虚拟杂交,共有14个物种的24条探针能与靶标序列特异性结合.利用DNA条形码芯片技术能将14个物种鉴定到种,虽然物种识别能力仅占总物种数的46.7%,但鉴定准确率可达100%.因此,基于COⅠ基因的DNA芯片技术对鳀科鱼类物种鉴定有一定的实用价值,但该技术对物种的识别能力尚有较大提升空间,通过筛选和优化得到高质量的分子探针则是突破该项技术的关键.  相似文献   

3.
鲉形目鱼类DNA条形码分析及鲉科DNA条形码电子芯片建立   总被引:1,自引:1,他引:0  
为建立鲉形目内各物种的快速鉴别方法,本研究扩增了我国47个鲉形目物种并下载了Gen Bank上收录的鲉形目共计23科85属233种873条细胞色素C氧化酶I基因(COI)序列,分析该基因结构特性。结果表明,鲉形目DNA条形码基因的碱基变异中,不变位点508个,占总位点数的82.1%;转换位点70个,颠换位点41个,分别占总位点数的11.3%和6.6%;种内遗传距离为0~0.019,平均遗传距离为0.003?0.0034;属内种间遗传距离为0.003~0.258,平均值为0.086?0.038;基于233个物种的COI序列构建的系统进化树显示,227个物种(97.4%)能聚为独立分支,且具有较高支持度。在此基础上以鲉科11属39种鱼类的DNA条形码为例,筛选出25个种的37个特异性探针,以此探针对鲉科鱼类进行物种快速鉴定成功率为64.1%,研究结果表明DNA条形码芯片用于鲉科的鉴定具有一定的可行性。  相似文献   

4.
为研究DNA条形码技术在遭遇瓶颈的仔稚鱼种类鉴定中的适用性,2015年7月17-20日采集福建近海仔稚鱼样品,并挑选80尾进行DNA条形码分析.获得仔稚鱼的CO I基因序列73条,鉴定仔稚鱼26种,隶属于7目22科25属,另有5个物种仅鉴定到属,2个物种仅鉴定到科.种内平均遗传距离为0.0023,属内种间遗传距离为0.1797,约为种内遗传距离的78倍,说明利用CO I基因可以进行有效的仔稚鱼物种鉴定.科内属间、目内科间的遗传距离分别为0.1937、0.2420,遗传距离随着分类阶元的提高而增大.在系统进化树的分析中,同一种类的不同个体都聚在一支,所有物种都分别聚为独立的一支,这些物种都能有效区分开来.以上结果表明,线粒体CO I基因作为DNA条形码可以实现仔稚鱼的物种鉴定,且较多能鉴定到种的水平.  相似文献   

5.
为了探讨线粒体细胞色素 C 氧化酶亚基 I,II (CO I,CO II)和 1 6.S rRNA 基因在鰤属鱼类物种鉴定和群体划分中的适用性,在黄条鰤(Seriola lalandi),髙体鰤(Seriola dumerili),五条鰤(Seriola quinqueradiata)等鰤属鱼类中克隆了 3.种基因,并进行序列比对与系统进化分析。结果显示,CO I,CO II 和 1 6.S rRNA 的基因序列均表现出明显的 A+T 偏倚性 ; 1 6.S rRNA 序列最为保守,变异率仅为 5.06% ; CO I 序列的平均核苷酸差异数(k)和核酸多样性指数(Pi)高于 CO II 和 1 6.S rRNA,CO II 的单倍型多样性指数最高,CO I 序列分化程度更高。比较了鰤属鱼类 3.种基因的扩增序列,发现 CO I,CO II 和 1 6.S rRNA 均能对我国分布的 3.种鰤属鱼类进行有效鉴别。另外,CO I,CO II 还可作为不同地理群体黄条鰤的鉴别 DNA 条形码,而 1 6.S rRNA 对于不同地理群体的黄条鰤辨识能力不足。在鰤属鱼类中,基于 CO I,CO II1 6.S rRNA 基因计算的种间遗传距离都大于种内遗传距离的 1 0.倍以上,系统进化分析显示每个物种都形成单系,表明 CO I,CO II1 6.S rRNA 基因不仅可作为鰤属鱼类物种鉴定和多样性保护的有效 DNA条形码,CO I,CO II 还可作为黄条鰤不同地理种群划分和国际资源判别的依据。  相似文献   

6.
采用PCR特异性扩增获得中国近海鲱形目(Clupeiformes)2科6属7种的48条线粒体COI基因序列,结合从Gen Bank筛选出的4科40属83种的COI基因序列225条,对鲱形目鱼类的COI条形码基因特征、种内与种间遗传距离及其分子系统进化关系进行了分析,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性。结果表明,4科41属90种273条COI基因序列的平均碱基组成为T:28.3%、C:28.3%、A:24.2%、G:19.2%,碱基组成表现出明显偏倚性。鲱形目鱼类种间的平均遗传距离为0.131,种内平均遗传距离为0.003,种间距离为种内距离的41倍;系统学分析结果显示,97.8%的鱼类在系统进化树上均为单系。可见,鲱形目鱼类DNA条形码符合物种鉴定的要求,且基于COI基因所建的NJ树对物种分类具有较为准确的辨识力。系统进化分析结果表明,COI基因不仅能够解决低阶分类单元的系统进化关系,对于高阶分类单元的系统分析研究结果也有一定参考价值。  相似文献   

7.
为研究DNA条形码技术在遭遇瓶颈的仔稚鱼种类鉴定中的适用性,2015年7月17―20日采集福建近海仔稚鱼样品,并挑选80尾进行DNA条形码分析。获得仔稚鱼的CO I基因序列73条,鉴定仔稚鱼26种,隶属于7目22科25属,另有5个物种仅鉴定到属,2个物种仅鉴定到科。种内平均遗传距离为0.0023,属内种间遗传距离为0.1797,约为种内遗传距离的78倍,说明利用CO I基因可以进行有效的仔稚鱼物种鉴定。科内属间、目内科间的遗传距离分别为0.1937、0.2420,遗传距离随着分类阶元的提高而增大。在系统进化树的分析中,同一种类的不同个体都聚在一支,所有物种都分别聚为独立的一支,这些物种都能有效区分开来。以上结果表明,线粒体CO I基因作为DNA条形码可以实现仔稚鱼的物种鉴定,且较多能鉴定到种的水平。  相似文献   

8.
为了验证 DNA 条形码在鲹科(Carangidae)鱼类物种鉴定和系统分类中的适用性, 本研究自测 6 属 7 种 17 条序列, 同时筛选了 BOLD 数据库中的有效序列, 共获得 25 属 95 种 273 条鲹科鱼类 DNA 条形码序列, 通过 BLAST 比对、遗传距离和系统关系树, 构建了鲹科鱼类的 DNA 条形码分类系统。结果表明: (1)鲹科鱼类属间、种间、属内种间和种内三级分类单元遗传距离的平均水平分别为 0.186、0.169、0.090 和 0.008, 种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 21 倍, 可见 DNA 条形码适用于鲹科鱼类分类鉴定; (2)运用 DNA 条形码技术可以识别出形态鉴定有误的物种, 表明 DNA 条形码可以弥补传统形态学鉴定的局限性, 可对鲹科鱼类形态学分类结果进行精准修正; (3)鲹科鱼类 DNA 条形码分析表明, BOLD 数据库中仍存在一定的“同种异名”和“异种同名”现象, 建议使用该数据库信息时应严格评估信息的准确性; (4)鲹科鱼类系统发生关系研究对物种的分类地位提出了新的见解, 即拟鲳鲹 (Parona signata)和镰鳍波线鲹(Lichia amia)亲缘关系较近, 支持将二者均归为鲳鲹亚科(Trachinotinae)。本研究旨在为丰富鲹科鱼类 DNA 条形码数据, 完善鲹科 DNA 条形码分类系统, 并为鲹科鱼类物种鉴定和系统分类提供分子证据。  相似文献   

9.
中国近海习见头足类DNA条形码及其分子系统进化   总被引:3,自引:1,他引:2  
应用DNA条形码通用引物扩增了11种中国近海习见头足类(Cephalopoda)共计97个个体的线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome Coxidase I,COI)基因片段,与GenBank收录的19种95条头足类同源序列进行比对.结果表明,头足类COI基因存在碱基插人缺失现象,杜氏枪乌贼(Uroteuthis duvauceli)插人缺失位点数多达33个;碱基组成偏倚明显,A+T含量(66.70%)显著高子G+C(33.30%)含量.基于Kimura双参数模型计算,29个物种的种内平均遗传距离为0.0072,种间平均遗传距离(0.20-2 4)是种内遗传距离的28.11倍.针对剑尖枪乌贼(Loligo edulis,Uroteuthis edulis,Photololigo edulis)分类和命名的分歧,DNA条形码分类结果显示,该物种与枪乌贼属(Loligo)和尾枪乌贼属(Uroteuthis)的COI基因同源性较低,不支持将其划归到Lolig.或Uroteuthis.近爱尔斗蛸属(Pareledone)6个代表物种的种间遗传距离较小(0.0120-0.0385),对于此类变异程度较低的物种,DNA条形码仍可准确区分,但其种间遗传距离的阈值尚待深人探讨.系统发育树的聚类分析结果表明,COI基因在种、属水平的分类鉴定及其系统进化关系与传统方法所得结果一致性较高,分别为100%,91.67%;科、目水平的一致性略低,分别为80%和66.67%.可见,线粒体COI基因作为头足类DNA条形码在物种鉴定中适用性较高,亦适用于种属水平的系统进化分析,是形态学分类系统的必要补充和佐证.  相似文献   

10.
鳅科鱼类DNA条形码分析及泥鳅和大鳞副泥鳅的分子鉴定   总被引:2,自引:0,他引:2  
采集了23种鳅科鱼类89尾个体的线粒体COI基因5端序列,分析了碱基组成以及不同鳅科鱼类之间的种间遗传距离和种内遗传距离。结果显示,鳅科鱼类的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,表明以COI作为鳅科鱼类DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性。在建立鳅科鱼类DNA条形码的基础上,设计了主要物种泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)和大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)特异性引物,结果显示,该引物具有较高的特异性和灵敏度,能够实现对泥鳅、大鳞副泥鳅及其混合样品的物种鉴定。  相似文献   

11.
上岸渔获调查是调查渔业资源的主要方法之一。通过2010年9月至2011年8月监测海南岛主要渔港渔情,统计分析渔获上岸量、渔获组成和作业类型,评估南海渔业资源开发现状并提出建议。结果表明,1)低值幼鱼渔获比例超过40%,经济渔获蓝圆鲹(Decapterusmaruadsi)、带鱼(Trichiurushaumela)、马鲛(Scomber-morus)、眼镜鱼(Menemaculata)、金线鱼(Nemipterus)和头足类(Cephalopoda)的总和不足25%;2)蓝圆骖和带鱼是海南岛上岸渔获的优势种;3)拖网是海南岛近海渔获量最高的作业类型;4)海南岛近海底层渔业资源已严重衰退,远海中上层渔业资源具有巨大开发潜力。建议禁止海南岛近海拖网生产,允许南海休渔期间灯光围网和灯光罩网生产,通过增加远海作业船只的柴油补贴等途径扶持灯光围网和灯光罩网生产,构建“养护近海渔业、开发远海渔业”的新捕捞格局。  相似文献   

12.
针对部分养殖石首鱼种质资源存在命名混乱、物种鉴定不准确的问题, 本研究在形态学观察与测量的基础上, 利用 DNA 条形码技术对 3 种养殖石首鱼类进行了物种鉴定。测序获取待测样品 DNA 条形码序列 15 条, 在 GenBank 中对序列进行相似性比对分析, 同时在中国重要渔业生物 DNA 条形码信息平台验证了比对结果的准确性; 结合已报道的 18 条石首鱼类 DNA 条形码序列对全部样品进行分析, 运用 Kimura 2-paramater (K2P)模型构建其系统进化关系, 进一步确定待测样品的种类及分类地位。研究结果将 3 种养殖石首鱼分别定种为黄唇鱼[Bahaba taipingensis (Herre, 1932)]、元鼎黄姑鱼(Nibea chui Trewavas, 1971)和双棘原黄姑鱼[Protonibea diacanthus (Lacepède, 1802)], 厘清了 3 个物种的有效种名及分类特征, 证实了石首鱼外部形态、鳔、耳石的典型特征可作为其物种鉴定的重要证据, 对 DNA 条形码物种鉴定具有辅助作用, 表明 DNA 条形码技术可解决石首鱼类幼鱼由于形态特征尚不明显等问题造成的定种困难。研究结果为国家一级保护野生动物黄唇鱼的繁殖驯养报备和登记提供了科学证据, 也为石首鱼类种质资源鉴定、评价及其开发和保护提供了技术支撑。  相似文献   

13.
为了进一步研究南设得兰群岛附近海域南极磷虾集群时空分布特征,基于2019年秋冬季(4—7月)中国南极磷虾生产渔船声学调查及商业捕捞数据,从时空两个维度对南极磷虾集群中心深度、集群所处水深水温和集群形态进行了分析。结果显示,南设得兰群岛附近海域南极磷虾集群中心深度、集群所处水深水温和集群形态存在明显的时空差异。平均集群中心深度在4—7月总体呈递增趋势(变化范围为34.39~86.12 m),昼夜差异较小(P=0.325),峰值时段为日升阶段(sun rising, SRS)(64.06 m)和夜间(night, NIT)(65.32 m);平均集群中心深度低值区间为62.75°~63.75°S和58.25°~59.75°W,高值区间为61.75°~62.25°S和60.25°~61.75°W。平均集群所处水深水温在4—7月总体呈递减趋势(变化范围为-1.71~-1.50℃),昼夜集群水温差异明显,峰值时段为NIT(夜间)(-1.46℃)和暮光(evening twilight, ETW)(-1.4℃);平均集群所处水深水温低值区间为62.75°~63.75°S和61.25°~61.75°...  相似文献   

14.
为了对沙带鱼(Lepturacanthus savala)进行有效的分类鉴定, 明确目前黄海海域是否存在沙带鱼的自然分布, 本研究在形态学描述与测量的基础上, 利用 DNA 条形码技术对沙带鱼及其近缘种进行了分析。共采集了来自黄海、东海(台湾海峡)及南海(北部湾)的疑似沙带鱼样品 16 尾及其近缘种样品 1 尾, 测定并获取 DNA 条形码序列 17 条。结合已报道的带鱼科 8 种鱼类的 18 条 DNA 条形码序列对全部样品进行了物种鉴定, 运用 Kimura 2-parameter (K2P)模型构建了其系统进化关系。研究结果显示: 全部疑似沙带鱼样品的 DNA 条形码序列均与 GenBank 中沙带鱼(L. savala)的对应序列具有最高的相似性; 沙带鱼的种内遗传距离远小于其与同属罗氏沙带鱼(Lepturacanthus roelandti)的种间遗传距离; 在系统发育树中, 全部的疑似沙带鱼均与已发表的沙带鱼 DNA 条形码序列聚为一支。 研究结果表明, DNA 条形码技术可弥补形态学方法在沙带鱼及其近缘种鉴定中的不足, 实现沙带鱼的有效鉴定; 与此同时, 本研究进一步证实了沙带鱼在黄海的存在, 结果可为黄海沙带鱼资源的保护和可持续利用提供科学依据。  相似文献   

15.
根据使用单船底拖网进行2014年8月和10月、2015年2月和5月4个航次的调查数据,对山东半岛南部近岸海域蟹类种类组成、时空分布、优势种、物种多样性等群落结构特征进行了研究。结果显示,4次调查共捕获蟹类15种,隶属于7科12属,其中三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)、日本蟳(Charybdis japonica)是主要经济种类,其余多为小型饵料型蟹类;双斑蟳(C.bimaculata)在4个季节中皆为优势种,三疣梭子蟹在8月和10月航次为优势种,优势种季节更替明显;生物量季节变化明显,春季时较低,在夏季达到峰值,夏季到冬季呈降低趋势;蟹类群落物种多样性指数(H′)变化范围为0.32~0.53,均匀度指数(J′)变化范围为0.23~0.37,丰富度指数(D)变化范围为0.32~0.55,其中物种多样性指数与丰富度指数季节变化明显,均匀度指数季节变化不明显;多元统计分析结果表明,山东半岛南部近岸海域4季节蟹类群落结构均可以划分为西南部海域组、东北部远岸海域组和西北部近岸海域组3个组群,季节间组群站位组成变化明显,群落结构不稳定。研究表明:1)山东半岛南部近岸海域蟹类以小型饵料型蟹类为主,蟹类多样性水平较低,优势种更替明显,蟹类群落不稳定;2)山东半岛南部近岸海域蟹类群落划分较为明显,特征种主要为双斑蟳、泥脚隆背蟹(Carcinoplax vestita)等小型饵料型蟹类。  相似文献   

16.
当前山东近海的渔业资源与生态环境面临较大压力,对海洋中的生物多样性水平有着较大影响。为探究山东近海生物多样性的空间分布特征及影响多样性水平的环境因子,实验基于2017年冬季在山东近海进行的渔业资源和环境调查数据,分析了整体与山东近海3个不同海域的物种数、辛普森多样性(Simpson’s index of diversity)、香农多样性指数(Shannon-Wiener index of diversity)、皮尔洛均匀度(Pielou evenness index)等物种多样性指数的空间分布,利用随机森林算法评估了多样性指数与环境因子所构建模型的拟合优度并且探究两者间的依存关系,研究将山东近海分成3个区域并将分区作为空间因子加入到算法模型中。结果显示,山东近海的多样性水平空间分布上呈现半岛南部海域高于北方的烟威渔场及其临近海域、莱州湾渔场的趋势。物种数和香农多样性指数模型拟合效果较好,方差解释率达到77.46%和45.66%,而对Pielou均匀度指数的拟合效果较差。研究表明,无论整体海域模型还是分区模型,海底温度、海底盐度及海水深度等3种环境因子都是对多样性指数最为显著的影响因子,...  相似文献   

17.
The effects of freshwater regulation and diversion on the adult and larval stages of fish and invertebrates in coastal marine waters are reviewed. Potential impacts of river modification are highlighted based on our present understanding of the role of fresh water on the physical, chemical and biological processes on the marine environment. These include effects on migration patterns, spawning habitat, species diversity, water quality and distribution and production of lower trophic levels. The effect of dams on anadromous and catadromous fish are also presented. We discuss in detail the marine response to specific river regulation projects on the Nile, Indus and rivers flowing into the Black Sea, San Francisco Bay and James Bay in Canada. A decline in some coastal fisheries with an overall negative impact on the biota is generally associated with reductions in freshwater flow. Extensive ecological considerations are needed during the planning stage of large-scale freshwater modification projects to minimize potential impacts.  相似文献   

18.
Visualisation of standardized life-history patterns   总被引:1,自引:0,他引:1  
The life‐history patterns of fish and invertebrate species are complex. But much of this complexity can be captured in simple diagrams of coastal transects, where juveniles usually occur in larger numbers in shallow waters, while adults generally inhabit deeper, offshore waters. Iconographic representations of generalized life‐history patterns and depth profiles, with specific key life‐history parameters can capture much of these standardized patterns, including spawning areas, nursery/juvenile distributions, adult distributions and spawning migrations. Several examples presented here from a wide range of habitats and ecosystems (temperate and tropical waters, demersal, deep water, pelagic and coral reefs), including an example of different stocks of the same species, illustrate some general patterns with regard to water depth and distance from shore. The present approach should be viewed as a first step towards obtaining standardized patterns about key life‐history parameters, and will hopefully lead to incorporation into management of life‐history interconnectivity between different fishery sectors or gears. This may contribute to sustainable, ecosystem‐based approaches to management by informing policy options when faced with decisions to rationalize overcapitalized fisheries.  相似文献   

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