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相似文献
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1.
根据线粒体D-loop序列研究了南四湖大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)群体(n=30)的遗传多样性。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约1000 bp的扩增产物。PCR产物经纯化和测序后,得到了963 bp的核苷酸片段。用CLUSTALX软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到33个变异位点,包括12个转换位点、21个颠换位点。运用MEGA5.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA与NJ系统树。用DNASP软件计算出的单倍型个数(H)为15,单倍型多样性(h)为0.899,核苷酸多样性(pi)为0.008,平均核苷酸差异数(k)为7.79。结果表明,南四湖大鳞副泥鳅的mtDNA D-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富。  相似文献   

2.
3个水域黄鳍鲷线粒体DNA D-loop基因序列多态性研究   总被引:11,自引:3,他引:8  
刘红艳 《水产学报》2004,28(4):371-374
利用PCR技术扩增海南海口市、福建厦门市和广东珠海市3个地理群体海捕黄鳍鲷线粒体D-loop基因片段,测定了该基因片段580bp序列。结果发现,3个地理群体内和群体间都存在丰富的DNA序列多态性,共检测到33个多态性核苷酸位点(5.7%),24个个体具有22种单倍型(haplotype)。UPGMA法构建的分子系统树中,海南群体内所有的单倍型聚成一支,福建与广东的单倍型混杂在一起,聚成一支。从序列差异的分析中得出,海南群体与福建和广东群体的亲缘关系较远;福建群体和广东群体亲缘关系较近。  相似文献   

3.
浅色黄姑鱼线粒体16S rRNA基因片段序列特征分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位点、55个单突变子和16个插入/缺失位点。聚类分析显示,浅色黄姑鱼与黄姑鱼亲缘关系较近,与形态分类相符。  相似文献   

4.
根据线粒体COI基因序列分析了虫纹鳕鲈(MaccuUochellapeelii)引进群体的遗传多样性。用PCR技术扩增了线粒体C01的序列,PCR产物经纯化、克隆和测序后得到了652bp的核苷酸片段。运用CLUSTALX(1.83)软件比对了25个个体的序列,共检测到5个多态位点,其中4个为转换位点,1个为颠换位点;运用MEGA5.0软件构建了NJ系统树;用DNASP软件计算出的单倍型个数(H)为5,单倍型多样性(Hd)为0.300,核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)为分别为0.00073和0.473。结果表明,引进群体的虫纹鳕鲈mtDNAC01基因序列的变异程度较小,群体内遗传多样性较低。  相似文献   

5.
根据线粒体COI基因序列分析了虫纹鳕鲈(Maccullochella peelii)引进群体的遗传多样性。用PCR技术扩增了线粒体COI的序列,PCR产物经纯化、克隆和测序后得到了652bp的核苷酸片段。运用CLUSTAL X(1.83)软件比对了25个个体的序列,共检测到5个多态位点,其中4个为转换位点,1个为颠换位点;运用MEGA5.0软件构建了NJ系统树;用DNASP软件计算出的单倍型个数(H)为5,单倍型多样性(Hd)为0.300,核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)为分别为0.00073和0.473。结果表明,引进群体的虫纹鳕鲈mtDNA COI基因序列的变异程度较小,群体内遗传多样性较低。  相似文献   

6.
黄海蓝点马鲛mtDNA D-loop序列变异分析   总被引:11,自引:0,他引:11       下载免费PDF全文
采用聚合酶链式反应(PCR)技术对山东半岛南岸水域的蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)群体(n=20)的mtDNA D—1oop序列进行扩增,获得了大小约为500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了410bp的核苷酸片段(除去引物及部分端部序列)。用Genedoc软件进行排序比较,在这20个个体中,共检测到54个变异位点,包括2个碱基缺失、1个碱基插入、43个转换位点、7个颠换位点及2个转换与颠换同时存在的位点。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA和NJ系统树。用DNASP软件计算出的多态位点数(S)为54、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)分别为0.0271和11.047。研究结果表明,蓝点马鲛的mtDNA D—1oop基因个体变异程度较大,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。  相似文献   

7.
养殖褐牙鲆细胞色素b基因序列的初步研究   总被引:7,自引:0,他引:7       下载免费PDF全文
对养殖褐牙鲆(Paralichthys olivacews)的线粒体DNACytb基因的部分序列进行测定,测得的目的DNA片段的长度为410bp,其A(104bp)、T(119bp)、C(117bp)、G(70bp)4种碱基平均含量分别为25.4%、29.0%、28.5%、17.1%。在28个褐牙鲆个体中共出现了3种单倍型。白化褐牙鲆出现的第1种和第3种单倍型个体数分别为10尾(占白化褐牙鲆样本数的如90.91%)和1尾(9.09%);6尾黑化褐牙鲆均出现第1种单倍型(100%);正常褐牙鲆出现的3种单倍型尾数分别为7尾(占正常褐牙鲆样本数的55.56%)、2尾(22.22%)和2尾(22.22%);测得的序列与既知序列间在第6bp、第19bp和第402bp碱基处出现差异。由于褐牙鲆Cytb基因的高度同源性,研究其白化、黑化和正常状态时出现的序列差异,对于寻找褐牙鲆白化机理研究的分子标记意义重大。  相似文献   

8.
采用PCR扩增技术对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾的3个野生群体共计62个个体的线粒体COI基因片段进行扩增和测序,获得长度为658 bp核苷酸序列.62条序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为31.53%、22.63%、27.30%、18.53%和58.83%,A+T含量显著高于G+C含量,这一结果与甲壳类、双壳贝类等的COI线粒体基因片段中的观察结果相似.通过统计变异位点、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数进行基因序列变异分析.AMOVA分析表明,3群体间总遗传分化系数Fst=0.3611(P<0.01),群体间存在较高的遗传分化,其中象山湾群体与莱州湾群体之间的遗传分化系数最高,莱州湾群体与海洲湾群体之间的遗传分化系数最低.另外用MEGA4.0软件中的NJ法构建分子进化树,同时由NCBI下载同源序列,探讨了长臂虾亚科几个种的系统进化关系,用NJ法构建的系统树显示,脊尾白虾不同单倍型先与长臂虾属和小长臂虾属聚为一支,然后与沼虾属聚为一支.  相似文献   

9.
采用PCR方法扩增了皱纹盘鲍(4个群体)和九孔鲍(1个群体)共5个群体(53个样本)16S rRNA基因片段(16S),测序获得了1000 bp核苷酸序列,其中669 bp核苷酸序列用于遗传差异分析,旨在评估我国皱纹盘鲍不同群体间及其与九孔鲍间的遗传差异。从52个序列中共检测到17种单倍型,其中皱纹盘鲍4个群体有13种单倍型,九孔鲍1个群体(9个样本)有4种单倍型。单倍型核苷酸序列比对显示,变异位点占比对位点的20.5%,基于单倍型的皱纹盘鲍4个群体间的遗传距离为0.002~0.011,平均为0.005;九孔鲍群体内的平均遗传距离为0.004,两种鲍间的平均遗传距离为0.218;两种鲍间的遗传分化系数 F‐统计量 FST平均为0.982,皱纹盘鲍4群体间的 FST值为0.0051~0.0065。本研究显示2种鲍群体内16S变异很小。系统发育分析鲍属11种鲍的聚类关系,显示皱纹盘鲍与盘鲍、日本鲍交叉聚为一支,九孔鲍与杂色鲍也交叉聚为一支,4个种类未聚成单系支。  相似文献   

10.
采用聚合酶链式反应(PCR)技术对海南三亚野生斑节对虾(Penaeus monodon)20个个体的mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到16S rRNA基因的495 bp的核苷酸序列和控制区序列470 bp的核苷酸片段。用Clustal X软件对16S rRNA和控制区序列进行了比对,通过ARLEQUIN 2000软件对所得线粒体16S rRNA基因片段和控制区序列进行了比较分析。16S rRNA序列检测出17个多态位点,8种单倍型;控制区序列检测出100个多态位点,17种单倍型。该种群16S rRNA序列基因多样度(H)和碱基多样度(π)分别为0.700和0.0045;控制区序列的H和π分别为0.984和0.0480。研究结果表明:16S rRNA序列不适应斑节对虾的种群遗传多样性分析;控制区序列适应斑节对虾种群遗传多样性研究。  相似文献   

11.
南四湖大鳞副泥鳅mtDNAD-loop区遗传多样性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
根据线粒体D-loop序列研究了南四湖大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)群体(n=30)的遗传多样性。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约1000 bp的扩增产物。PCR产物经纯化和测序后,得到了963 bp的核苷酸片段。用CLUSTALX软件进行排序比较,在30个个体中...  相似文献   

12.
本文利用PCR技术扩增了6个野生群体大泷六线鱼线粒体12S r RNA基因的部分序列。在获得的582bp碱基序列中,共检测到314个变异位点,占总位点数的53.95%。34尾个体共定义了16种单倍型,6个群体的单倍型多样性指数为0.40~1.00,核苷酸多样性指数为0.00071~0.10441。中性检验Fu's Fs值为1.19782(P0.01)。分子变异分析表明:Fst=0.88326(P0.01),群体间和群体内变异分别为88.33%和11.67%。不同个体间的遗传距离构建的NJ和MP系统树表明,东港和旅顺群体亲缘关系较近,构成一个分支,其他群体构成另一分支。  相似文献   

13.
中国近海11种鳀科鱼类分子系统发育的初步研究   总被引:2,自引:2,他引:0  
以鳀科鱼类为研究对象,分析其线粒体16S rRNA基因片断序列,探讨了5属11种中国鳀科鱼类的亲缘关系。得到16S rRNA可比序列长度为472~501 bp,共存在20个插入/缺失,125个变异位点。总体上看,序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。根据16S rRNA基因片段差异计算的种间遗传距离从0.22%(黄吻棱鳀和中颌棱鳀,刀鲚和凤鲚)到18.54%(长颌棱鳀和康氏侧带小公鱼),以金色小沙丁鱼作为外群构建的系统树,棱鯷属依次与鲚属、黄鲫属相聚,再与棱鳀属的赤鼻棱鳀相聚;最后与鳀属和侧带小公鱼属形成的分支相聚。赤鼻棱鳀自成单独的一支,建议将赤鼻棱鳀从棱鳀属中划分出来。  相似文献   

14.
利用PCR技术扩增河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)、鸭绿沙塘鳢(Odontobutis yaluensis)、中华沙塘鳢(Odontobutis sinensis)、葛氏鲈塘鳢(Perccottus glenii)及尖头塘鳢(Eleotris oxycephala)的线粒体D-loop区并测序,获得河川沙塘鳢、鸭绿沙塘鳢、中华沙塘鳢、葛氏鲈塘鳢及尖头塘鳢线粒体D-loop区全序列分别为853bp、853bp、1028bp、852bp、848bp,结合GenBank中平头沙塘鳢(Odontobutis platycephala)、刺盖塘鳢(Eleotris acanthopoma)、黑体塘鳢(Eleotris melanosoma)、褐塘鳢(Eleotris fusca)、中华乌塘鳢(Bostrychussinensis)、云斑尖塘鳢(Oxyeleotris marmorata)、溪鳢(Rhyacichthys aspro))等7种虾虎鱼类同源的D-loop区序列,分析了这12种虾虎鱼类的系统发育关系。所使用的同源序列长度为832~846bp,其中保守位点452个,变异位点405个,简约信息位点258个,单态位点145个,转换/颠换平均值为0.8。基于Kimura2-parameter模型的12种虾虎鱼类遗传距离范围为0.043~0.312,在Kimura2-parameter模型构建的邻接树和非加权配对法系统树中,河川沙塘鳢、鸭绿沙塘鳢、中华沙塘鳢、平头沙塘鳢聚为一大支,刺盖塘鳢、黑体塘鳢、褐塘鳢、尖头塘鳢、溪鳢、葛氏鲈塘鳢聚为另一支。  相似文献   

15.
对光滑河蓝蛤Potamocorbula laevis、黑龙江河蓝蛤P.amurensis、焦河蓝蛤P.ustulata、红肉河蓝蛤P.rubromuscula4个野生种共40个个体的线粒体COI和16SrRNA基因片段进行了扩增和测序,经过筛选和剪切,得到长度为650bp和450bp的片段。序列分析显示,序列的碱基组成中G+C含量较低,16SrRNA基因种间和种内的变异较低,COI基因片段种内和种间的变异较高。以沙海螂Mya arenaria为外群,用MEGA 4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,通过遗传距离和系统进化树可以看出,4种河蓝蛤未能达到不同种之间显著的遗传分化。  相似文献   

16.
基于12SrRNA序列研究龟鳖类的系统进化特征   总被引:2,自引:0,他引:2  
为研究龟鳖类的系统进化关系,以期为龟鳖类的保护和合理开发利用提供基础资料,测定了15种龟类线粒体12SrRNA基因片段的序列。比对后获得一致序列长为433 bp,有191个变异位点,总变异率为43.2%,其中简约信息位点108个。A、T、G、C的平均含量分别为21.46%、34.42%、25.85%和18.27%。A+T含量(55.9%)高于G+C含量(44.2%)。在433个核苷酸位点中,有插入/缺失35个,转换为34,颠换为21,转换/颠换比率为1.67。与NCBI上其它一些龟鳖的序列进行比对后,得到414 bp的一致序列,其中236个为变异位点,总变异率为57.00%;简约信息位点181个。A、T、G、C的平均含量分别为35.7%、22.2%、18.1%、24.0%。A+T含量(57.9%)高于G+C含量(42.1%)。在414个核苷酸位点中,转换为30,颠换为14,转换/颠换比率为2.12。基于Kimura双参数模型分析龟鳖类种间、属间、科间遗传距离,并用邻接法构建分子系统树。结果显示:7种闭壳龟种间差异在0~0.043,平均为0.022;淡水龟科属间遗传距离为0.007~0.140,平均为0.074;曲颈龟亚目9个科间(不包括平胸龟)遗传距离为0.055~0.197,平均为0.139。由此认为,淡水龟科与陆龟科亲缘关系比龟科更近;不支持将闭壳龟属拆分为闭壳龟属和盒龟属;支持将平胸龟属归为鳄龟科的一个属。  相似文献   

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