五个斑点叉尾群体的微卫星遗传多样性分析

用8对微卫星引物对1997-2004年引进的5个斑点叉尾群体进行遗传多样性分析,计算并统计等位基因数、多态信息含量（PIC）、杂合度、遗传相似性系数、遗传距离等参数。实验显示8个微卫星位点在5个斑点叉尾群体中共检测到42个等位基因,平均期望杂合度为0.6338～0.7320,表明其遗传多样性程度处于中等偏上水平。平均多态信息含量为0.5756～0.6869,说明基因座为高度多态基因座（PIC〉0.5）。群体间遗传相似系数为0.7504～0.9203。聚类分析显示,04群体与其他4个群体的亲缘关系较远。结果表明：引进的5个斑点叉尾群体均具有较高的遗传多样性,遗传信息丰富,遗传变异大,为良好的育种材料。     

江苏省6个翘嘴鳜群体的遗传多样性分析

利用20对微卫星引物对江苏省5个内陆湖(太湖、滆湖、洪泽湖、高邮湖和骆马湖)和长江的翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)野生种群进行遗传多样性分析,研究江苏省不同水域翘嘴鳜的遗传多样性差异和亲缘关系。结果表明,6个水域的翘嘴鳜群体遗传多样性丰富,其中长江翘嘴鳜群体的平均有效等位基因数为6. 524 8,平均期望杂合度为0. 922,平均多态信息含量为0. 827 3,均高于其它5个翘嘴鳜群体,说明长江翘嘴鳜群体的遗传多样性高于其它5湖的翘嘴鳜群体。哈迪温伯格平衡显示,只有2个位点上存在不平衡,其余都满足哈迪温伯格平衡。从6个水域翘嘴鳜群体之间的遗传相似系数和遗传距离来看,太湖翘嘴鳜群体和滆湖翘嘴鳜群体的亲缘关系最近,骆马湖翘嘴鳜群体和太湖翘嘴鳜群体的亲缘关系最远。研究结果可为江苏省翘嘴鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子基础资料。     

我国五大湖日本沼虾线粒体COI基因部分片段序列比较

对我国五大湖日本沼虾100个野生个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I（COI）部分序列进行了测定和分析，经比对获得578bp核苷酸片段，发现49个变异位点，得到35个单倍型，包括7个共享单倍型，各群体都具有较好的单倍型多态性和核苷酸多态性，其中鄱阳湖群体遗传多样性相对最高。AMOVA分析表明，五群体间总遗传分化系数F_st＝0.31873 （P<0.05）， 群体间具有较高的遗传分化。MEGA3.1软件计算五群体的Kimura 2-paramter遗传距离，洞庭湖群体和巢湖群体之间的遗传距离最远为0.0191，巢湖群体和洪泽湖群体之间的遗传距离最近为0.0051。以同属胖掌沼虾（Macrobrachium inflatum）为外群分别构建了NJ和UPGMA系统树，结果显示洞庭湖和鄱阳湖为一族群，太湖、巢湖和洪泽湖为一族群。     

中国五大湖三角帆蚌群体与诸暨养殖群体生长性能的比较研究

对鄱阳湖(PY)、洞庭湖(DT)、太湖(TH)、巢湖(CH)、洪泽湖(HZ)等中国五大湖中三角帆蚌群体和诸暨(ZJ)养殖群体进行了周年生长比较研究。结果表明:四个生长性状指标在各群体间存在显著差异,体重增长速度依次为PY>ZJ>CH>TH>DT>HZ,壳长增长速度依次为PY>DT>CH>ZJ>TH>HZ,壳高增长速度依次为PY>CH>DT>TH>HZ>ZJ,壳宽增长速度依次为PY>DT>CH>TH>ZJ>HZ;三角帆蚌的生长可划分为2个阶段,3~11月为快速生长阶段,其中5~9月为最适生长期,11月到翌年3月为缓慢生长阶段;在全年的任一生长阶段,鄱阳湖群体的三角帆蚌平均成活率最高。依据生长性能和成活率评价,鄱阳湖群体三角帆蚌最佳。     

鲫鱼4群体基因组DNA遗传多样性及亲缘关系的微卫星分析

采用微卫星技术，用9对微卫星引物对4个鲫鱼群体普通鲫鱼(C．auratus auratus)、红鲫(C．suratus red var)、白鲫(C．auratus cuvieri)和彭泽鲫(C．auratus auratus var．Pengze)的遗传多样性及亲缘关系进行研究。结果表明，4种鲫鱼的平均遗传杂合度值在0．607～0．721，其中自鲫0．721、红鲫0．652、彭泽鲫0．629、鲫鱼0．607；平均多态信息含量值在0．530～0．670，其中自鲫0．670、红鲫0．586、彭泽鲫0．549、鲫鱼0．530。由此可见，4个鲫鱼群体的遗传多样性总体水平较高，但白鲫的遗传多样性最高，鲫鱼的遗传多样性最低。在4种鲫鱼群体间，鲫鱼和白鲫群体间的遗传相似性指数最小(0．714)，遗传距离值最大(0．286)，说明这两种群体亲缘关系较远；白鲫与红鲫群体间遗传相似性指数最大(0．812)，遗传距离值最小(0．188)，这可推断白鲫与红鲫亲缘关系较近。聚类分析结果表明，白鲫和红鲫亲缘关系较近，而鲫鱼和彭泽鲫亲缘关系较近。研究鲫鱼遗传多样性对鲫鱼种质资源的保护和遗传改良具有重要意义。     

不同野生群体与家系养殖翘嘴鳜遗传多样性分析

为探讨长江野生群体、通江湖泊野生群体和家系养殖翘嘴鳜群体的遗传多样性,利用7个高度多态的微卫星标记对5个群体进行遗传分析。结果显示,7个微卫星位点的等位基因数、有效等位基因数平均值分别为29和9。观测杂合度、期望杂合度、平均多态信息量平均值分别为0.853、0.886和0.875。通过平均多态信息量PIC统计发现,遗传多样性从大到小依次为:长江野生群体>梁子湖群体>洞庭湖群体>武汉养殖群体>无锡养殖群体。遗传距离及遗传相似系数分析表明,长江野生群体和无锡养殖群体间的遗传距离最大(0.813),遗传相似系数最小(0.444)。UPGMA聚类分析显示,5个群体可分为2个亚群,其中亚群I包括梁子湖群体、洞庭湖群体和长江野生群体,亚群II包括武汉养殖群体和无锡养殖群体。结果表明翘嘴鳜不同种群间的基因交流受到了一定的地理阻碍,特别是养殖群体与长江野生群体表现较高的遗传分化。     

我国五大淡水湖日本沼虾线粒体COI基因部分片段序列比较

对我国五大淡水湖日本沼虾100个野生个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列进行了测定和分析,经比对获得578 bp核苷酸片段,发现49个变异位点,得到35个单倍型,包括7个共享单倍型,各群体都具有较好的单倍型多态性和核苷酸多态性,其中鄱阳湖群体遗传多样性相对最高.AMOVA分析表明,五群体间总遗传分化系数Fst=0.3187(P<0.05),群体间具有较高的遗传分化.MEGA3.1软件计算五群体的Kimura 2-paramter遗传距离,洞庭湖群体和巢湖群体之间的遗传距离最远为0.0191,巢湖群体和洪泽湖群体之间的遗传距离最近为0.0051.以同属胖掌沼虾(Macrobrachium inflatum)为外群分别构建了NJ和UPGMA系统树,结果显示洞庭湖和鄱阳湖为一族群,太湖、巢湖和洪泽湖为一族群.     

南水北调东线南四湖湖鲚种群的形态判别与地理亲缘关系

为澄清南水北调东线南四湖湖鲚种群的地理亲缘关系，运用多变量形态度量学方法，基于26项形态特征参数比较研究了4个水域的鲚（Coilia ectenes）种群之间的形态差异。检视南四湖湖鲚样本50尾、太湖湖鲚50尾、洪泽湖湖鲚50尾、利津水库刀鲚1980年代标本50尾。聚类分析结果表明：洪泽湖群体和南四湖群体之间的形态最为接近，首先聚为一支；太湖群体聚为另一支；黄河附属水体利津水库群体与其他3个群体的亲缘关系相对较远。以筛选10个性状的特征值建立的函数判别分析，判别准确率为洪泽湖群体82．7％、利津水库群体100％、南四湖群体84％和太湖群体84．9％，综合判别准确率为84．3％。主成分分析，洪泽湖群体、南四湖群体和太湖群体之间的重叠较多，群体间的遗传距离较近。单因子方差分析，4个鲚群体间有15项形态比例参数差异达到极显著水平（P ＜0．01），其他11个形态比例参数的差异系数均小于1．28，表明 4个鲚群体间的形态差异尚未达到亚种水平，属于不同地理群体间的差异。从水系连通上推断，南四湖湖鲚为2002年长江向南四湖应急生态补水时由洪泽湖和骆马湖湖鲚群体扩散建群。     

中国东北部山区细鳞鱼4个群体遗传多样性分析

采用微卫星法,利用11对微卫星引物对黑龙江省松花江流域、吉林省图们江支流红旗河流域、吉林省白山市鸭绿江流域及吉林省图们江支流密江流域随机采集的94尾细鳞鱼样本进行遗传多样性分析,探讨4个不同流域细鳞鱼群体的遗传多样性差异及其亲缘关系。结果显示,4个群体共检测到等位基因147个,各群体有效等位基因数为1.6541~2.4143,平均观测杂合度为0.3849~0.5186,平均期望杂合度为0.3488~0.5003,4个群体平均多态信息含量为0.3320~0.4704。亲缘关系分析显示,红旗河流域群体与密江流域群体遗传距离最小(0.0954),亲缘关系最近。松花江流域群体与其他3个群体的遗传距离较大,亲缘关系较远。群体间相似指数在0.7112以上,相似性较高。     

日本沼虾三个野生群体亲缘关系分析

为研究我国野生日本沼虾洞庭湖、鄱阳湖、龙感湖3个不同地理群体之间的亲缘关系,利用微卫星(SSR)分子标记技术对上述3个群体进行了亲缘关系分析。从47对引物中筛选出11对引物对日本沼虾上述3个不同地理群体的基因组进行PCR扩增,共扩增90个条带,其中69个(占76.6 ％)为多态性条带。参照pBR322DNA/MspI Marker估算所扩增的条带大小,根据条带的位置确定其基因型,并利用GENEPOP32软件进行遗传距离和相似指数数据分析。结果发现:日本沼虾3个不同地理群体间遗传距离最大为0.196 5,最小为0.186 1,平均遗传距离为0.188 8。采用NTsys2.20聚类分析软件的UPGMA聚类法进行聚类分析的结果表明:龙感湖群体与鄱阳湖群体的亲缘关系最近,而与洞庭湖群体的亲缘关系最远。     

Genetic diversity of freshwater pearl mussel (Hyriopsis cumingii) in populations from the five largest lakes in China revealed by inter-simple sequence repeat (ISSR)

Triangle sail mussel (Hyriopsis cumingii) is the most important mussel species commercially exploited for freshwater pearl culture in China. Its genetic diversity was studied among populations from the five largest freshwater lakes of China, Poyang Lake (PY), Dongting Lake (DT), Taihu Lake (TH), Hongze Lake (HZ), and Chaohu Lake (CH), by the polymorphism of the inter-simple sequence repeats (ISSRs). Polymerase chain reaction (PCR) detections showed that a total of 62 loci were amplified from eight primers; of those, 31.88%, 31.15%, 31.03%, 27.27% and 26.92%, respectively, were polymorphic in each of the five populations across all genotypes tested. The average heterozygosities were 0.4747, 0.3274, 0.2366, 0.2099 and 0.2018 in each of these populations from PY, TH, DT, CH and HZ, respectively. Phylogenic analyses showed that PY and TH populations clustered with CH and HZ and formed a group, while the DT population on its own formed a separated branch. The smallest distance (0.0404) was scored between PY and TH populations, indicative of their closest relationship; the biggest distance (0.2438) was found between PY and DT populations, suggesting their greatest divergence. The present study provided genetic basis for managing mussel stocks from these lakes separately to best preserve the genetic diversity of H. cumingii. On the other hand, since the population in PY displayed the highest genetic diversity, it may be used preferably in future selective breeding to improve pearl yield and quality.     

RAPD分析野生和养殖三角帆蚌的遗传多样性

用150个随机引物对野生三角帆蚌和养殖三角帆蚌进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析，最终筛选出2．0个引物，分别能扩增出1-10条大小不等的片段，片段长度在500—2000bp之间。野生三角帆蚌和养殖三角粤蚌的种内相似系数分别为0．787和0．833，显示野生种群基因组发生的变异较养殖种群大。野生三角帆蚌和养殖三角帆蚌种群间遗传距离为0．054，表明三角帆蚌野生和养殖种群亲缘关系比较接近。     

安徽省10个日本沼虾群体遗传多样性微卫星分析

为研究安徽省日本沼虾(Macrobrachium nipponense)群体的遗传多样性,利用微卫星标记技术,采用10对微卫星引物对安徽省6个野生群体(女山湖NSH、巢湖CH、姑溪河GXH、南漪湖NYH、长江东至段CJ、升金湖SJH)和4个养殖群体(滁州CZ、太湖1号F2TH1H、当涂DT、养贤YX)的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示:所选用的10对微卫星标记均表现为高度多态性(PIC0.5),各群体均具有较高的遗传多样性水平(期望杂合度He=0.795~0.876)。分子方差分析(AMOVA)显示,遗传变异有3.64%来自群体之间,96.36%来自于群体内部。遗传分化和遗传距离分析显示,群体间遗传分化属于中低水平(Fst0.15),NSH和TH1H之间的遗传分化最小(Fst=0.002 8),遗传距离最近(D=0.039 8),而SJH和CZ之间的遗传分化最大(Fst=0.114 4),遗传距离最远(D=0.226 0)。基于群体间Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,NSH和TH1H遗传关系最近。综上所述,10个群体遗传多样性水平较高,各群体间遗传分化属于中低水平。     

三角帆蚌微卫星位点筛选及多态性分析

采用磁珠富集法,以生物素标记的(CA)10寡核苷酸为探针,构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)基因组微卫星富集文库。根据微卫星位点的侧翼序列设计引物,随机挑选扩增出与预期大小相符的32对引物,引物荧光标记后对24个三角帆蚌个体分别进行PCR扩增,共筛选出20对多态性较好的引物。结果表明,20个微卫星位点的等位基因数为5～20,有效等位基因数2.321 3～13.260 3。观察杂合度和期望杂合度分别为0.318 2～1.000 0和0.582 5～0.946 1;PIC值0.547 2～0.919 9;其中14个位点符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。本研究筛选的20个微卫星标记可作为三角帆蚌遗传多样性、种群遗传结构等研究的理想分子标记。     

珍珠蚌5个群体不同阶段生长性能及外部形态变异分析

采用温室大棚早繁技术,获得三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)选育群体、武义养殖群体、鄱阳湖、洞庭湖野生群体,池蝶蚌(Hyriopsis schlegelii)养殖群体的子代,对1龄和2龄蚌的生长性能进行分析,并利用三种多元统计分析方法对1龄蚌外部形态变异进行了研究。结果显示:珍珠蚌5个群体的养殖性能由高到低为:池蝶蚌群体选育群体鄱阳湖群体洞庭湖群体养殖群体。生长指标之间存在显著相关性,与体质量相关程度由大到小为:壳长、壳宽和壳高。1龄时,影响珍珠蚌体质量的生长指标主要为壳长,2龄时,为壳长和壳宽。珍珠蚌生长后期壳宽对体重的影响比重加大,壳高与体重的相关性降低。三种多元分析结果显示,1龄时,池蝶蚌群体与鄱阳湖群体、洞庭湖群体以及养殖群体的外部形态存在较大的相似性,综合判别率较低,选育群体外部形态较前四者存在明显差异。     

刀鲚类Tc1转座子的分子特征及拷贝数变化的意义

为了探讨刀鲚2种不同生活史种群的遗传结构差异以及成因,本研究利用分子克隆及转座子展示技术,从刀鲚基因组中分离、鉴定出一类新的、命名为Cn-Tc1的转座子。该转座子全长1896 bp,为鳀科鱼类第一类被挖掘的Tc1转座子。Cn-Tc1自身包含另一个长度为1040 bp的类Tc1,表明Cn-Tc1在基因组内的转座经历过多次迸发。Cn-Tc1的5’和3’末端反向重复序列长度分别为64和83 bp,转座插入位点具有"TATA"基序。预测的Cn-Tc1转座酶具有与DNA结合的保守结构,提示其仍具有转座潜能。Cn-Tc1插入位点侧翼序列的GC含量呈不均匀分布,均值低于AT含量。运用荧光定量PCR方法,估算了靖江、象山、洞庭湖、鄱阳湖、太湖以及崇明等水域刀鲚种群基因组中Cn-Tc1拷贝数,分别为3.140×103、2.992×103、6.876×103、5.205×103、5.531×103和3.046×103个。单因素方差分析发现,象山、崇明、靖江种群间的拷贝数差异性不显著,而与其他种群的差异性均显著;鄱阳湖、太湖和洞庭湖种群之间差异性亦不显著,但与其他种群均呈显著性差异。研究结果表明,Cn-Tc1促进了遗传结构的改变,为刀鲚种群的适应性进化提供了自然选择的基础。     

不同固定剂及固定时间对三角帆蚌DNA提取效果比较

以三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)为对象,研究了无水乙醇,95%乙醇,4%多聚甲醛,福尔马林溶液,TE缓冲液5种固定剂不同固定时间对三角帆蚌斧足DNA提取质量及PCR扩增的影响。结果显示95%乙醇固定后提取的三角帆蚌基因组DNA降解少,DNA浓度高,OD260/OD2 8 0在1.8~2.0之间,OD260/OD230在1.5左右,表明95%乙醇固定后三角帆蚌基因组DNA的提取质量最好,再依次为无水乙醇、福尔马林溶液、4%多聚甲醛,DNA提取质量最差的是用TE固定的三角帆蚌。     

2种育珠蚌遗传多样性分析

采用ＲＡＰＤ和同工酶凝胶电泳的方法，对三角帆蚌和褶纹冠蚌的遗传多样性进行了分析。结果显示，三角帆蚌群体内的相似度为０．２９１７，褶纹冠蚌的为０．３６３６；两者的群体间相似系数为０．６７２３，遗传距离为０．３２７７。ＥＳＴ和ＬＤＨ同工酶在褶纹冠蚌外套膜及内脏团组织中的表达酶谱均比在三角帆蚌中复杂，２种组织相比则内脏团中的表达酶谱比外套膜复杂。三角帆蚌和褶纹冠蚌同作为亲缘关系比较接近的主要育珠蚌种，两者各有优缺点。在珍珠养殖和育种上，一方面要重视野生资源的保护，避免近亲繁殖；另一方面要建立种质资源库，不断筛选出更多更好的优良性状，提高育珠的质量和产量。     

三疣梭子蟹选育家系微卫星分析

采用微卫星标记技术分析不同世代三疣梭子蟹选育家系的遗传结构。利用16个多态性微卫星位点分析了三疣梭子蟹家系F1到F4 4个选育家系的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示，随着选育的进行，4个世代家系遗传多样性指标值逐渐下降，F1到F4 16个微卫星位点的平均多态信息含量从0.6753 下降到0.4061，平均等位基因数从3.5下降到2.1333，平均观测杂合度从0.6435 下降到0.4774，平均等位基因纯合率从0.5669到0.4024。对各个位点进行H-W检验，每个世代出现不同程度的平衡偏离。对各家系进行F-检验，各家系存在不同程度的遗传分化，结果表明，19.07％ 的遗传分化来自群体间，80.93％的遗传分化来自群体内。另外，对Fis值的计算显示，4个家系在整体上均表现为一定程度的杂合子缺失，其中F4有12个位点、F3有6个位点、F2有3个位点、F1有8个位点处于杂合子缺失状态。遗传距离逐渐增加，相邻世代间的遗传相似性逐步升高。随着选育的进行，结果表明，经过连续4代的选育，选育群体的遗传基础逐步得到纯化，基因型逐渐趋向纯合、稳定，经进一步的选育可望获得较稳定的品系。