吉富品系尼罗罗非鱼抗病性状分子标记筛选及遗传多样性分析

文章采用微卫星标记技术,对吉富品系尼罗罗非鱼(GIFT strain Oreochromis niloticus)抗病群体和易感病群体进行了遗传差异分析。结果显示:在30个微卫星位点中20个能扩增出多态性高、重复性好和扩增条带清晰;抗病群体和易感病群体的平均等位基因数分别为2.5和2.4个;观测杂合度和期望杂合度分别为0.476和0.453,0.44和0.457;多态信息含量PIC分别为0.359和0.379;UNH845和UNH189位点在抗病群体中偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),GM180位点在易感病群体偏离Hardy-Weinberg平衡,两个群体间的遗传距离和遗传分化指数0.055和0.054。此外GM251和GM462位点的差异等位基因片段(135bp和198bp)与抗病性状存在一定的连锁关系。以上结果表明,吉富品系尼罗罗非鱼抗病群体与易感病群体之间的遗传多样性差异不明显,筛选出2个与抗病性状相关的微卫星标记,为开展吉富品系尼罗罗非鱼抗病品种分子标记辅助选育奠定了基础。     

罗非鱼性别相关微卫星标记的初步筛选

为分析罗非鱼群体的遗传多样性以及筛选与罗非鱼性别相关的微卫星标记。应用24对微卫星引物,使用常规PCR及聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法在两个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)群体和两个奥利亚罗非鱼(O.aureus)群体中初步筛选到UNH931、GM128、GM201、GM258、GM597以及UNH898共6个与性别相关的微卫星标记。然后使用降落PCR以及毛细管电泳的方法在两个尼罗罗非鱼群体、两个奥利亚罗非鱼群体以及ZY 1、WY 1、YY 1和YY 2型罗非鱼群体中进一步扩增这6个微卫星标记,统计各群体的遗传多样性参数:6个微卫星标记在上述群体共297个样本中检测到95个等位基因,其大小在97~302 bp之间,各位点在各群体等位基因数在1~13个之间,各群体平均观测等位基因数为2.167~9.333,平均有效等位基因数为1.624~4.966,平均观测杂合度为0.324~0.983,平均期望杂合度为0.329~0.782,平均多态信息含量为0.275~0.753;两个尼罗罗非鱼群体、WY 1和YY 2群体达到高度多态(PIC>0.5),两个奥利亚罗非鱼群体、ZY 1和YY 1群体为中度多态(0.25相似文献   

罗非鱼杂交F1代与亲本的遗传关系及其杂种优势的利用

用ＲＡＰＤ 技术研究奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼杂交子代和亲本的遗传关系及其在杂种优势中的应用。在所用的１６ 个随机引物中,有１１ 个引物在罗非鱼亲代和杂交子代间呈现多态。遗传相似性指数和遗传距离的计算结果表明,正交子代（ 尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂） 在遗传关系上界于亲代之间,不表现出明显的倾向性;而反交子代（ 奥利亚罗非鱼♀×尼罗罗非鱼♂） 却与母本奥利亚罗非鱼极其相似。说明正、反交子代与两亲本遗传相似性有明显的不同,表明遗传性状介于两亲本之间的杂交子代更有可能形成显著的杂种优势。同时发现,扩增片段ＯＰＡ０７１９００ 、ＯＰＡ０７９６０ 、ＯＰＺ１４７２０ 和ＯＰＺ１４６００ 可以作为鉴别尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼和正交子代的遗传标记。     

罗非鱼微卫星DNA指纹图谱的构建

采用微卫星DNA指纹图谱技术对奥利亚罗非鱼、尼罗罗非鱼和橙色莫桑比克罗非鱼进行品种鉴定和遗传多样性分析。从103对罗非鱼微卫星引物中筛选出82对多态性高、带型清晰稳定的引物，用这 82对引物检测3种罗非鱼的遗传结构，共检测到605个等位基因，平均等位基因数7.37个，数据经Popgen32计算和EXCEL工具作图，构建3种罗非鱼的DNA指纹数据库，并绘制了DNA指纹图谱模式图。结果显示，奥利亚罗非鱼、尼罗罗非鱼和橙色莫桑比克罗非鱼的平均观测杂合度分别为0.179 6、0.530 1和0.312 2，平均期望杂合度分别为0.203 2、0.678 6和0.291 3，平均多态信息含量分别为0.075 4、0.608 3和0.152 8，由此可见，尼罗罗非鱼群体的遗传多样性水平最高，奥利亚罗非鱼群体遗传多样性最低。同时筛选得到16对具特异性条带的核心引物组合可将3种罗非鱼完全区分，每个位点可在其中一种罗非鱼中扩增出独有的条带，从而将这种罗非鱼与其它两种区分开来，将16对特异引物的图谱数据转化成计算机可以识别的数码指纹，可以方便地应用于罗非鱼及其杂交种的鉴定研究。为解决罗非鱼品种混杂遗传渐渗问题和保护罗非鱼种质资源提供技术支撑。     

橙色莫桑比克罗非鱼微卫星遗传多样性分析及其与尼罗罗非鱼差异位点的筛选

用33对在尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）中能有效扩增的微卫星引物，对橙色莫桑比克罗非鱼（Oreochromis mossambicus）进行PCR扩增，结果有32对引物能获得稳定的特异性条带，占总数的97．0％，其中15个微卫星位点具多态性，表明大部分尼罗罗非鱼的微卫星位点存在于橙色莫桑比克罗非鱼中。用具多态性的15个微卫星位点，对橙色莫桑比克罗非鱼30尾个体进行扩增分析，结果共检测到44个等位基因，大小在113～232bp之间，平均多态信息含量（PIC）为0．4308，平均观测杂合度（鼠）为0．5489，平均期望杂合度（垃）为0．5248，个体间平均遗传距离为0.3132，表明所选橙色莫桑比克罗非鱼群体遗传多样性较丰富，种群结构比较合理。本研究还对尼罗罗非鱼和橙色莫桑比克罗非鱼间特异位点进行了分析，发现有7个位点（UNH899、UNH208、UNH853、UNH876、UNH222、UNH933、UNH773）可有效区分莫桑比克罗非鱼和尼罗罗非鱼，可作为罗非鱼种质鉴定的分子标记。[中国水产科学，2008，15（3）：400-406]     

我国尼罗罗非鱼和奥利亚罗非鱼养殖群体的遗传渐渗

用ＬＫＢ平板电泳仪，４．４％聚丙烯酰胺凝胶对南京罗非鱼良种场尼罗罗非鱼，奥利亚罗非鱼养殖群体肌，肝，脑，心，眼中的１０种同工酶进行电泳分析的结果表明，奥利亚罗非鱼的群体未见的多态位点，平均杂合度为０，是超“纯”的养殖群体，尼罗罗非鱼群体中有２０％的尼奥杂交鱼，其体形酷似尼罗，难以肉眼鉴别，由此可见，我国尼罗罗非鱼养殖群体中已存在遗传渐渗问题，须注意防杂和提纯。在剔除了杂交鱼后，该场尼罗罗非鱼群体的     

吉奥罗非鱼（新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）和4个近缘遗传型罗非鱼的遗传差异的RAPD、SSR比较分析

以1个新型杂交鱼-吉奥罗非鱼（新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）群体，4个近缘遗传型罗非鱼群体[奥尼（尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）、新吉富罗非鱼、尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼]为实验材料，采用RAPD和SSR技术，比较分析这两个杂交种间及它们同亲本间的遗传差异。RAPD方面：①群体多态座位比例（P）-吉奥（20．4％）〉新吉富（18．5％），但〈奥利亚（21．4％）〈奥尼（21．7％）〈尼罗（22．3％）；②Nei’S平均遗传相似系数（Jp）-吉奥（0．9086）〈新吉富（0．9231），但〉奥利亚（0．8895）〉尼罗（0．8588）〉奥尼（0．8069）；③香农多样性指数（Ho）-吉奥（0．1326）〉新吉富（0．1103），但〈奥利亚（0．1514）〈尼罗（0．1742）〈奥尼（0．2410）；④群体两两间遗传相似系数（Ipop）-吉奥-奥尼（0．9444）〈吉奥-尼罗（0．9496）〈吉奥-新吉富（0．9544），但〉吉奥-奥利亚（0．9383）。SSR方面：①平均有效等位基因数（Ne）-吉奥（2．43）〉新吉富（2．31）〉尼罗（1．94）〉奥利亚（1．18），但〈奥尼（2．82）；②平均遗传杂合度（H）-吉奥（0．700）〉尼罗（0．570）〉奥利亚（0．497）〉新吉富（0．398），但〈奥尼（0．816）；③群体的多态信息含量（PIC）-吉奥（0．661）〉尼罗（0．568）〉奥利亚（0．513）〉新吉富（0．420），但〈奥尼（0．692）；④依据遗传距离构建的NJ树和UPGMA树，奥利亚罗非鱼单独为一支，吉奥等4种罗非鱼为一支。总的说来，RAPD和SSR两种技术检测结果所反映的群体遗传信息一致。这表明，无论是吉奥还是奥尼，两个杂交种在遗传上都同各自的母本较近，这同作者先前揭示的形态和生长等方面的母本效应一致。     

尼罗罗非鱼♀×萨罗罗非鱼♂杂交后代的遗传分离分析

应用微卫星标记对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)♀×萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)♂杂交后代(F1、F2)的遗传分离情况进行了初步研究.在86对微卫星引物中,筛选出21对在尼罗罗非鱼和萨罗罗非鱼中存在差异等位基因的特异性引物,共检测出59个等位基因,包含32个尼罗罗非鱼和24个萨罗罗非鱼特异等位基因.F1观测杂合度(Ho=0.998)大于 F2(Ho=0.739), F2有效等位基因数(Ne=2.48)、平均多态信息含量(PIC=0.497)与 F1的(Ne=2.45、PIC=0.489)相似.F1中所有位点均表现为尼罗罗非鱼与萨罗罗非鱼杂合基因型.F2中位点等位基因分离情况各异,通过卡方检验,有18个位点符合孟德尔遗传(P>0.05),2个位点GM145、UNH003表现为偏离孟德尔遗传(P<0.05),1个位点GM276不分离.在18个孟德尔遗传位点中, F2中尼罗罗非鱼特异等位基因频率为48.3%,萨罗罗非鱼特异等位基因频率为47.7%;基因型出现F1型、尼罗罗非鱼型、萨罗罗非鱼型的比例分别为58.2%、19.9%、21.9%.结果表明, F2较好地继承了F1的遗传杂合性,但也存在一定程度的分离.     

吉奥罗非鱼（新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）和4种近缘遗传型罗非鱼的遗传差异的RAPD、SSR比较分析

以1种新型杂交鱼-吉奥罗非鱼（新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）群体，4种近缘遗传型罗非鱼[奥尼（尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）、新吉富罗非鱼、尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼]为实验材料，采用RAPD和SSR技术，比较地分析杂交种间及它们同亲本间的遗传差异。RAPD方面：①群体多态座位比例（P）-吉奥（20.4%）>新吉富（18.5%），但奥利亚（21.4%）<奥尼（21.7%）<尼罗（22.3%）；②Nei's平均遗传相似系数(I_p)-吉奥（0.9086）<新吉富（0.9231），但>奥利亚（0.8895）>尼罗（0.8588）>奥尼（0.8069）；③香农多样性指数(H_o)-吉奥（0.1326）>新吉富（0.1103），但<奥利亚（0.1514）<尼罗（0.1742）<奥尼（0.2410）；④群体两两间遗传相似系数(I_pop)-吉奥-奥尼(0.9444)<吉奥-尼罗（0.9496）<吉奥-新吉富（0.9544），但>吉奥-奥利亚（0.9383）。SSR结果：① 平均有效等位基因（N_e）数-吉奥(2.43)>新吉富(2.31)>尼罗（1.94）>奥利亚（1.18），但<奥尼（2.82）；②平均遗传杂合度（H）-吉奥(0.700)>尼罗（0.570）>奥利亚（0.497）>新吉富(0.398)，但<奥尼 (0.816)；③ 群体的多态信息含量（PIC）-吉奥（0.661）>尼罗（0.568）>奥利亚（0.513）>新吉富（0.420），但<奥尼（0.692）； ④ 依据遗传距离构建的NJ树和UPGMA树，奥利亚罗非鱼单独为一支，吉奥等4种罗非鱼为一支。总的说来，RAPD和SSR两种技术检测结果所反映的群体遗传信息一致。这表明，无论是吉奥还是奥尼，两个杂交种在遗传上都同各自的母本较近，这同作者先前揭示的形态和生长等方面的母本效应一致。     

罗非鱼雌、雄群体遗传差异的RAPD分析

从40个随机引物中分别筛选出15和18个,对奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼雌、雄群体进行RAPD分析,结果显示:奥利亚罗非鱼雌性群体的多态位点比例为56.25%,基因多样性指数为0.2358,Shannon氏指数为0.3417,群体内的遗传相似指数为0.8625;雄性群体的多态位点比例为57.50%,基因多样性指数为0.2356,Shannon氏指数为0.3418,群体内的遗传相似指数为0.8375。尼罗罗非鱼雌性群体的多态位点比例为47.44%,基因多样性指数为0.1788,Shannon氏指数为0.2637,群体内的遗传相似指数为0.7667;雄性群体的多态位点比例为64.10%,基因多样性指数为0.2347,Shannon氏指数为0.3486,群体内的遗传相似指数为0.6769。试验结果表明,奥利亚罗非鱼雌、雄性群体的遗传多样性程度接近,而尼罗罗非鱼雄性群体的遗传多样性要比雌性群体丰富,遗传变异比雌性群体大。