微卫星分子标记指导镜鲤群体选育

本文用26个扩增效果好的微卫星分子标记分析了镜鲤（Cyprinus carpio L.）养殖亲本群体的遗传结构,指导其群体选育。本研究共检测到153个等位基因,片段大小为108~400 bp,平均等位基因数（A）5.8846个,平均有效等位基因数（Ne）2.8625个,平均观察杂合度（Ho）0.5063,平均期望杂合度（He）0.5602,平均多态信息含量（PIC）0.5292,表明该繁育群体处于较高的遗传多样性水平。用χ2检验和遗传偏离指数估计Hardy-Weinberg平衡,表明群体处于平衡状态,但在多个位点表现出杂合子缺失严重,显示出人工选择的痕迹。用PHYLIP3.6软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA聚类图,依据亲本个体间的遗传差异,以避免近亲交配为原则,建立最佳亲本配组体系,繁育获得2个选育群体,以常规群体繁育子代群体作为对照组,对子代群体的遗传结构及数量性状分析显示,选育群体保持了较高的遗传多样性水平,群体平均期望杂合度在0.5414~0.5449之间,其生长速度较对照群体快14.81%~63.71%。连续2年的生长实验证实,微卫星标记指导群体选育技术在保持群体的遗传多样性水平,避免近交衰退,快速建立优良种群方面具有一定的优势。     

一个镜鲤家系的遗传多样性及经济性状的遗传连锁分析

本试验在一个镜鲤家系中,随机选取68尾作为实验鱼,在测量体重、体长、全长等数量性状的同时,利用15个微卫星分子标记对其进行遗传检测,共检测到40个等位基因,每个基因座的等位基因数为1～4个不等,平均等位基因2.66个,片段长度在132-551之间,有效等位基因数（Ne）为1.3721～3.8278,平均观察杂合度（Ho）为0.3235～1.0000,平均期望杂合度（He）为0.3464～0.7442,平均多态信息含量（PIC）为0.4754。结果表明：该镜鲤家系的遗传多样性处于中等水平,但在较大的选择压力下已严重偏离Hardy-Wenberg平衡。利用SPSS程序下的GLM过程对15个微卫星位点与主要经济性状的相关性进行分析,结果发现：HLJ021、HLJ354、HLJ551共3个微卫星位点对镜鲤体重显著影响（p〈0.05）,其中,位点HLJ021、HLJ044、HLJ551、HLJ1330还对体高存在显著影响（p〈0.05）,HLJ354对体长、体厚、全长存在显著影响（p〈0.05）。本研究所鉴定的与生长性状相关的标记可为德国镜鲤分子标记辅助育种提供重要信息。     

五个斑点叉尾群体的微卫星遗传多样性分析

用8对微卫星引物对1997-2004年引进的5个斑点叉尾群体进行遗传多样性分析,计算并统计等位基因数、多态信息含量（PIC）、杂合度、遗传相似性系数、遗传距离等参数。实验显示8个微卫星位点在5个斑点叉尾群体中共检测到42个等位基因,平均期望杂合度为0.6338～0.7320,表明其遗传多样性程度处于中等偏上水平。平均多态信息含量为0.5756～0.6869,说明基因座为高度多态基因座（PIC〉0.5）。群体间遗传相似系数为0.7504～0.9203。聚类分析显示,04群体与其他4个群体的亲缘关系较远。结果表明：引进的5个斑点叉尾群体均具有较高的遗传多样性,遗传信息丰富,遗传变异大,为良好的育种材料。     

大鳞副泥鳅７个群体遗传变异的微卫星分析

利用泥鳅的微卫星引物跨种扩增大鳞副泥鳅,通过家系扩增、PCR产物测序筛选出6个座位,用于大鳞副泥鳅7个野生群体的遗传结构分析。结果显示,群体的平均等位基因数在3.167与4.833之间,平均观测杂合度（Ho）在0.248与0.417之间,平均期望杂合度（He）在0.379与0.505之间,多个座位存在零等位基因、杂合子缺失现象,显示大鳞副泥鳅种群遗传多样性较低。采用 UPGMA 法对7个群体基于 DA 遗传距离进行聚类,可分为4类,位于长江中下游的沙市、澧县、武汉、鄱阳湖群体先聚为一类,后与石首群体聚类,最后与珠江水系的广州群体聚类,而位于长江上游的泸州群体则单独聚为一类。群体的 F-统计量（Fst）为0.2987,表明群体间存在显著的遗传分化,主要由泸州群体与其它地区群体间的遗传分化引起。     

5个红鳍东方鲀养殖群体微卫星DNA遗传多态性分析

对中国国内主要养殖区域红鳍东方鲀种质资源情况进行调查,采用微卫星标记分析技术,选用20对微卫星引物,对国内来自不同养殖区的5个红鳍东方鲀养殖群体：文登群体（WD）、莱州群体（LZ）、日本群体1（J1）、日本群体2（J2）、唐海群体（THQ）,进行遗传多样性分析。实验结果显示,12对引物具有多态性。5个群体的等位基因数为2~8个不等;平均观测杂合度分别为0.27、0.26、0.18、0.25、0.20;平均期望杂合度分别为0.55、0.57、0.69、0.71、0.62;平均多态信息含量排列顺序为J2（0.65）＞J1（0.63）＞THQ（0.55）＞LZ（0.51）＞WD（0.48）。分析结果表明,1）WD和LZ群体间遗传距离最小,为0.233 6;LZ与J1群体间遗传距离大,为0.624 2;2）WD群体遗传多样性为中度多态（0.25＜PIC＜0.5）,LZ、J1、J2以及THQ群体遗传多样性均为高度多态（PIC≥0.5）。分析结果表明目前国内主要养殖区域红鳍东方鲀具有较高的遗传多样性,有较好的遗传改良潜力。     

杞麓鲤保种群体的遗传结构分析

杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)是云南特有水产种质资源，为研究杞麓鲤保种群体的遗传结构，本研究开发了15个多态性高的杞麓鲤微卫星(SSR)分子标记，并对保种群体进行了SSR分析。结果显示：杞麓鲤保种群体40个个体的平均等位基因数为7.8个，有效等位基因数为3.2～8.9,期望杂合度为0.696 4～0.900 0,多态信息含量为0.647 6～0.877 0,保种群体遗传多样性水平较高。基于突变模型与等位基因分布均检测到了保种群体的瓶颈效应，近交系数F_is为0.249 7,保种群体存在近交现象，并且10个SSR位点偏离Hardy-Weinberg平衡。结果表明杞麓鲤保种群体的遗传多样性较高，但经历了瓶颈效应，不利于继续保种。     

广西野生鲤与建鲤的遗传多样性分析

利用10个微卫星标记,对2代群体选育的建鲤(Cyprinus carpio var.Jian)和封闭水体的广西野生鲤鱼进行遗传多样性分析,共检测到53个等位基因,等位基因位点数在4~7个之间,平均等位基因数5.3个,片段长度在118~284 bp之间,有效等位基因在1.167 5~1.520 3,平均为1.360 2,广西野生鲤群体的有效等位基因数1.562,大于建鲤的1.388;位点观测杂合度在0.397~0.762之间,平均为0.562 6,期望杂合度0.301~0.629之间,平均0.463 3,广西野生鲤群体的期望杂合度0.581,大于建鲤的0.473;微卫星位点多态性信息含量(PIC)在0.289 7~0.685 0之间,平均多态信息含量0.438 8,为中度多态性,广西野生鲤群体多态信息含量0.685,大于建鲤的0.424,两个群体平均基因分化系数为0.106 9,广西本地野生鲤与建鲤的遗传距离为0.1463,相似性系数为0.828 4,表明广西野生鲤与建鲤之间存在明显的遗传异质性。     

稻田适养品种呆鲤的遗传多样性分析

为探明湘黔山区稻田养殖呆鲤群体的遗传多样性现状，采用14对微卫星引物对湘西永顺、怀化藕团、黔东南锦屏县的呆鲤养殖群体与湘江野鲤自然群体、兴国红鲤养殖群体的遗传多样性及群体间的遗传分化水平进行研究。结果显示：14个微卫星位点平均等位基因数为16.571～19.214,平均有效等位基因数为9.420～11.143,各群体的平均遗传观测杂合度为0.705～0.778,平均期望杂合度为0.884～0.893,平均多态信息含量为0.883～0.891;各位点群体间的遗传分化系数平均值为0.017,基因流为3.088～27.730,5%的遗传变异来自于群体间，而95%的变异来源于群体内个体间和个体内。试验结果表明，本次采集的5个群体均具有较高的遗传多样性，群体间存在一定的基因流动且遗传分化较弱，在长期的稻田养殖条件下，呆鲤群体遗传多样性未下降，未与湘江野鲤产生明显分化，但藕团呆鲤与湘江野鲤产生了一定的遗传分化。     

魁蚶4个地理群体遗传多样性微卫星分析

利用多态性好的20对微卫星引物,对中国日照、黄岛、蓬莱和韩国的4个魁蚶地理群体进行了遗传多样性分析。结果显示,20个位点在4个群体中的等位基因数为3～17,平均等位基因数为8．35,平均有效等位基因数为6．2306;观测杂合度（He）为0．4667～0．9667;期望杂合度（H。）为0．6198～0．9318;多态信息含量（PIC）为0．5301～0．9093,表现出高的遗传多样性水平。4个群体间的遗传分化指数（Fst）在0．0132～0．0314之间,呈现出较低的遗传分化。群体间的遗传距离在0．1255～0．2458之间;通过构建UPGMA聚类树,显示日照群体和黄岛群体最先聚类,再与蓬莱群体聚类,最后与韩国群体聚类,说明中国群体与韩国群体亲缘关系较远。     

扁吻鱼微卫星的筛选及群体多样性分析

本文采用磁珠富集法筛选新疆扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps Day)的微卫星分子标记,获得13个位点,同时随机抽取1000对鲤引物检测扁吻鱼同源位点的多态性,获得具多态性位点18对。应用31对引物对扁吻鱼与塔里木裂腹鱼(Schizthorax biddulphi)进行遗传多样性分析,共检测到110个等位基因,每个位点的等位基因数为2~6个,扁吻鱼群体平均多态信息含量为0.5353,平均观测杂合度为0.5306,平均期望杂合度为0.6057。表明扁吻鱼群体多态性较高,遗传多样性处于中等偏上水平。群体间遗传距离为0.4763,遗传相似系数为0.6211,表明两个群体为同科不同属的群体。     

津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。     

德国镜鲤选育系F4天津群体中不同体型的遗传结构分析

本文利用15对微卫星分子标记，对德国镜鲤选育系F4天津群体中的高背型和长条型德国镜鲤的遗传结构进行分析，结果表明：两种体型德国镜鲤F4群体平均等位基因数分别为5．0和5．1，平均期望杂合度分别为0．5527和0．5591．平均观测杂合度分别为0．5906和0．5824，平均多态信息含量分别为0．5653和0．5470。以卡方检验估计群体Hardy—Weinberg平衡显示有大部分位点发生了偏离。两体型间遗传相似性为0．8330，相似性较高。群体间遗传分化微弱（Fst=0．0242），群体内变异占总变异的97．58％。说明高背型德国镜鲤和长条型德国镜鲤在遗传结构上差异较小。由天津群体的等位基因数为5．05，期望杂合度为0．5559，观测杂合度为0．5865，多态信息含量为0．5562，可知天津群体属于中度多态，遗传多样性保持较高水平。     

微卫星分子标记指导镜鲤群体选育

本文用26个扩增效果好的微卫星分子标记分析了镜鲤（Cyprinus carpio L.）养殖亲本群体的遗传结构,指导其群体选育。本研究共检测到153个等位基因,片段大小为108~400 bp,平均等位基因数（A）5.8846个,平均有效等位基因数（Ne）2.8625个,平均观察杂合度（Ho）0.5063,平均期望杂合度...     

卵形鲳鲶育种群体遗传多样性分析

利用11个微卫星位点,对海南三亚和广东大亚湾2个卵形鲳够（Trachinotusovatus）育种群体进行了遗传多样性评价和聚类分析。结果显示,海南三亚和广东大亚湾2个卵形鲳够育种群体的平均等位基因（Na）分别为5．0和3．6,平均有效等位基因（Ne）为2．965和2．244,观测杂合度（Ho）分别为0．292—0．814和0．207—0．840,期望杂合度（He）分别为0．307～0．813和0．189～0．761,海南三亚群体中多态信息含量（PIC）为0．014～0．719,平均为0．509,而广东大亚湾群体的PIC为0．168—0．711,平均为0．436。海南三亚群体有5个位点偏离哈迪-温伯格平衡（P〈0．05）,广东大亚湾群体有2个位点偏离哈温-伯格平衡;2个群体间的遗传相似系数为0．561,遗传距离为0．578,遗传分化指数（Fst）为0．152。Structure软件分析显示海南三亚和广东大亚湾2个卯形鲳鳞群体各为一支,2个群体间具有较大的遗传分化,可作为2个育种群体管理,2个群体问进行杂交选育预期可获得较好的遗传进展。     

长江、珠江、黑龙江水系野生鲢遗传多样性的微卫星分析

采用34个微卫星分子标记，对长江（湘江、监利、枞阳）、珠江、黑龙江（抚远）鲢共5个群体的观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e )、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(N_e)等进行了遗传检测，根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离，以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡，以近交系数(F_ST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化。同时，基于Nei氏标准遗传距离获得NJ聚类图。共检测出154个等位基因，其中有80个共有基因。位点等位基因1～9个不等，平均等位基因4.666 7，平均有效等位基因2.948 9。5群体平均观测杂合度为0.329 5～0.461 9，平均期望杂合度为0.500 2～0.552 9，平均多态信息含量为0.443 5～0.493 0。表明5群体为中度多态，遗传多样性较低，且长江不同地理群体的遗传多样性也有差异，但差异不显著。通过群体间遗传相似性和遗传距离比较显示：长江3个群体间遗传相似系数最大，遗传距离最小；黑龙江与长江鲢群体间相似系数较大（平均0.871 8），遗传距离较小（平均0.137 4）表明二者遗传分化亦最小；珠江鲢与长江鲢间的相似系数最小（平均0.831 0），遗传距离最大（平均0.185 2），其遗传分化差异较大，结果未显现出群体间遗传差异的大小与其地理距离远近呈正相关。     

3个德国镜鲤养殖群体遗传变异的微卫星分析

利用10个多态微卫星标记对我国北方不同地区3个德国镜鲤(Cyprinus carpioL.mirror)群体(绥化,BL;哈尔滨,BZ;天津,TJ)的遗传多样性及群体间的亲缘关系进行研究。结果显示,3个养殖群体在10个位点上表现出较高的多态性,其中9个位点表现为高度多态(PIC>0.5);平均杂合度为0.629 3;10个位点共检测出144个等位基因;BL与TJ群体的总体变异水平高于BZ群体。Nei氏DA遗传距离分析显示,BL与TJ群体的遗传距离最近,而与BZ群体的遗传距离最远;群体间遗传分化微弱(Fst=0.031 5),群体内变异占总变异的96.85%,3个群体各自特有的等位基因频率普遍较低(0.0125~0.1500),群体共有的等位基因频率相对较高。上述结果表明,3个德国镜鲤养殖群体仍保持着较高的遗传多样性,群体间未产生明显的遗传分化。