合浦珠母贝3个家系的AFLP标记分离与遗传多样性研究

对AFLP标记在合浦珠母贝(Pinctada fucata)印度家系(印度贝♀×印度贝♂,PII)、杂交家系(三亚贝♀×印度贝♂,PSI)和三亚家系(三亚贝♀×三亚贝♂,PSS)的遗传分离及3个家系的遗传多样性进行了分析。3对引物共产生57个位点,分离位点比例为57.4%~87.7%,符合孟德尔规律的分离位点为70.0%~71.0%;1:1分离位点占总分离位点的24.0%~45.2%,其中杂交家系的比例最高。3个家系的多态位点比例为93.0%~100.0%,总基因多样性为0.460。家系内的基因多样性为PII0.434,PSI0.331,PSS0.366,平均为0.377±0.030。家系间的遗传分化显著(GST=0.180)。遗传距离分析表明,PSI与PSS之间的遗传距离最大(0.157),PII与PSS之间的遗传距离最小(0.121)。UPGMA系统树表明,PII和PSS的亲缘关系较近,而PSI与这2个家系较远。上述结果表明,第一代家系的遗传多样性仍很高,但家系之间的遗传分化较大。该研究结果对育种过程中遗传资源管理具有一定指导作用。     

合浦珠母贝遗传连锁图谱的构建

用AFLP标记构建了印度合浦珠母贝(Pinctada fucata)全同胞家系的遗传图谱。用经过筛选的36对引物组合对父母本和62个子代个体进行遗传分析,共得到1 547个标记,包括581个1∶1分离标记。母本分离标记294个,其中178个符合1∶1孟德尔分离规律;父本分离标记287个,其中182个符合1∶1孟德尔分离规律。雌性框架图包括33个遗传标记,分布在14个连锁群中,标记间平均间隔24.3 cM,有2个3联体,11个连锁对,图谱总长度为488.5 cM。雄性框架图包括53个遗传标记,分布在19个连锁群中,标记间平均间隔30.5 cM,有4个3联体,10个连锁对,图谱总长度为1 035.5 cM。雌雄两个框架图中AFLP标记的分布都较均匀。雌雄基因组估算长度分别为1 168.4 cM和2 037.1 cM,图谱覆盖率分别为41.8%和50.8%。本研究为进一步构建高密度遗传连锁图谱及QTL定位分析奠定了基础。     

合浦珠母贝双列杂交家系的建立与遗传分析

以采自广西北海(B)、广东徐闻(X)、海南三亚(S)的3个不同养殖群体的合浦珠母贝为亲贝,按照完全双列杂交的方式,建立了9个交配组合,每个组合10个家系,共90个家系。出苗经60d养殖后,比较各家系的育种值,并对家系进行综合评价。结果表明:壳长的Kung育种值大于20的家系有8个,分别为BX2(表示北海♂×徐闻♀的2号家系,余依此类推)、BX9、BB4、BB5、BB8、BS9、XS3、SB8,其中XS3的壳长及壳宽的Kung育种值和综合评定值均最大,XX3最小。BB4和XS3的综合评定值大于1。壳长的一般配合力为三亚群体17.40,徐闻17.45,北海18.27;壳高为三亚14.74,徐闻14.79,北海15.54。壳长的特殊配合力为三亚—徐闻17.75,三亚—北海18.27,徐闻—北海18.12;壳高为三亚—徐闻14.98,三亚—北海15.51,徐闻—北海15.46。壳长的平均杂种优势为三亚—徐闻1.41,三亚—北海0.96,徐闻—北海0.67;壳高为三亚—徐闻1.13,三亚—北海1.60,徐闻—北海1.19。表明北海的亲本较好。     

合浦珠母贝选育家系的遗传多样性分析

该研究选取具有多态性的6对微卫星引物对构建的2批合浦珠母贝(Pinctada fucata)完全双列杂交家系的遗传多样性进行了分析。6个微卫星标记在9个家系360个个体中共检测到32个等位基因,有效等位基因(Ne)为1.758 7~3.586 5,观测杂合度(Ho)为0.144 4~0.488 9,期望杂合度(He)为0.432 0~0.722 2,Shannon指数(I)为0.691 9~1.507 4。9个家系都有单态位点,平均Ho为0.129 2~0.466 7,平均He为0.155 0~0.439 6,平均I为0.248 5~0.712 2。有19个位点(占35.19%)极显著地偏离Hardy-Weinberg平衡。各家系之间的遗传距离为0.109 0~1.137 2,遗传相似性系数为0.320 7~0.896 8。家系L4B46与L4B48的遗传距离最大,与D3D313的遗传距离最小。UPGMA法聚类分析显示,9个家系分为3支,L4B48单独成一支,B4D426、B4D427与D4B445聚成一支,其余家系聚成一支。该研究结果为合浦珠母贝家系选择育种的亲本选择与交配设计提供了科学依据。     

合浦珠母贝全同胞家系贝壳珍珠质颜色分析

合浦珠母贝（Pinctada fucata）小片贝的珍珠质颜色直接影响育珠贝所产珍珠的颜色。每个合浦珠母贝的珍珠质颜色都有自己的颜色特征值,即三刺激值和颜色参数。试验选择16个合浦珠母贝全同胞家系,用CSE成像分析色度系统测量并比较各家系左壳内侧外缘珍珠质颜色参数Lab和三刺激值,以筛选适合做插核小片贝的家系。珍珠质的颜色参数明度（L）为98.586～105.234,其中F16家系的明度最大,F3家系的明度最小;a（红绿色品）为-0.967～-6.577,b（黄蓝色品）为5.915～11.237,F14家系色品最偏向于绿色（-a）,F16家系色品最偏向于黄色（b）。F3和F14家系贝壳外缘珍珠质的色差（ΔEab）最大（7.885）,肉眼能明显觉察。16个家系的合浦珠母贝都属于白色系列,其中离白光中心最近（a2＋b2最小）且个体颜色集中的F1家系最适合用作小片贝来选育培养。     

合浦珠母贝精子激活的离子选择性↑（*）

合浦珠母贝(Ｐｉｎｃｔａｄａｆｕｃａｔａ)是我国海产珍珠最重要的母贝,其繁殖生物学有特殊之处,即人工解剖获得的精子在自然海水中不运动,没有受精能力,需用一定的化学物质激活才能受精[1～3]。生产中常用一定浓度的氨海水来激活。但激活过程中有关离子的作用未见有文献...     

合浦珠母贝幼贝生长性状的遗传参数估计

以广东徐闻和海南三亚2个地理群体合浦珠母贝(Pinctada fucata)为亲本, 采用人工授精方法构建了33个全同胞家系。在162日龄时从每个家系随机抽取50个个体, 共1 650个, 测量其壳长、壳高、壳宽和体质量4个生长性状, 利用动物模型对4个性状进行遗传参数分析。结果表明, 合浦珠母贝4个生长性状的总平均值分别为(16.28 ± 4.46) mm、(14.85 ± 4.39) mm、(4.58 ± 1.52) mm、(0.66 ± 0.67) g。4个性状的遗传力分别为0.202 ± 0.020、0.203 ± 0.020、0.200 ± 0.021和0.204 ± 0.020, 均属中等遗传力, 因此可以用选择育种进行遗传改良。4个性状间表型相关系数和遗传相关系数的范围分别为0.667~0.698和0.685~0.959, 其中壳长、壳高和壳宽之间的遗传相关系数均低于0.7, 与表型相关一致, 而三者与体重间的遗传相关系数较高(0.868~0.959), 其中壳宽与体质量间的遗传相关系数最高(0.959)。本研究中合浦珠母贝的4个性状为中等遗传力, 并可通过对壳宽的选育来改良体质量性状。上述结果为进一步开展合浦珠母贝选择育种研究奠定了基础。

     

RAPD标记在合浦珠母贝家系F1代的分离方式

对RAPD标记在合浦珠母贝F1代全同胞家系共27个样品中的分离方式进行了研究。从21条RAPD随机引物中筛选了8条引物用于扩增分析,结果共扩增出49个位点,其中正常位点47个(95.9%),异常位点2个(4.1%),即子代有扩增带而双亲无。47个正常位点中3个位点在F1中不分离(6.4%),44个位点发生分离(93.6%,即多态位点)。卡方检验表明,44个分离位点中32个符合孟德尔分离规律(72.7%),12个位点发生偏分离(27.3%)。符合孟德尔分离位点中按11分离位点占43.8%,31分离位点占56.2%,其中,父本特有标记、母本特有标记和双亲共有标记分别占28.2%,15.6%和56.2%,父本特有标记略多于母本特有标记。根据“双假测交”理论,11分离位点是构建F1代家系的作图位点。较高的11分离位点表明,利用RAPD标记构建合浦珠母贝遗传连锁图谱是可行的。     

合浦珠母贝同工酶的电泳分析

采用聚丙烯酰胺梯度凝胶垂直板电泳技术和特异性染色方法,对合浦珠母贝外套膜、闭壳肌、肝脏和鳃组织中的15种同工酶系统进行分析,结果表明a-GPDH、ADH在4种组织中均未见表达;AK、AMY、PGM、ALP、GDH和LDH只在肝脏中表达,而ME、SOD、EST、MDH、G6PD、6PGD和AAT则有较广泛的组织分布,其中12个座位(Aat-1、Aat-2、Sod-1、Sod-2、Sod-3、Sod-4、m-Mdh-c、G6pd-2、6Pgd-2、Ak-1、Gdh-1、Me-2)具有多态性,多态位点比例为46.1％,平均杂合度0.1122±0.0576。     

合浦珠母贝3个养殖群体的RAPD分析

利用RAPD标记技术检测了广西省北海市、海南省三亚市、广东省深圳市等 3个地理种群养殖合浦珠母贝(Pinctadamartensii)基因组DNA的多态性 ,并对其遗传结构进行了初步分析。从 4 0个随机引物中筛选出 13个10bp引物 ,它们在 3种群中共扩增出了 14 0条DNA片段 ,3种群共有片段 16条 ,DNA片段数分别为 5 8、91和 71条 ,多态性位点比例分别为 4 1 4 % ,6 5 0 %和 5 8 4 %。遗传距离分析表明 ,广西种群与广东种群的亲缘关系较近 ,而与海南种群亲缘关系较远。 13个引物中 ,引物S11和S3 58扩增出的 3种群指纹图谱差异显著 ,可作为 3种群鉴定的分子标记。     

鲤鱼的遗传连锁图谱（初报）

建立了鲤鱼的遗传连锁图谱。图谱有ＲＡＰＤ分子标记５６个,鲤鱼的ＳＳＬＰ标记２６个,鲤鱼ＳＳＬＰ标记１９个,斑马鱼的ＳＳＬＰ分子标记７０个,鲤鱼基因标记９１个,共有标记２６２个;图谱有５０个连锁组,连锁图给出鲤鱼的基因组大小在５７８９ＣＭ左右。     

海洋经济贝类遗传图谱的相关研究进展

遗传连锁图谱的构建,是遗传学研究的一个重要领域,它为人们进一步认识生物基因组组成、克隆染色体的基因及定位重要经济性状的主效基因奠定了基础.遗传图谱的建立为基因定位,特别是一些重要经济性状和数量性状位点(QTL)定位,以至最终为克隆这些基因提供基础.     

牙鲆遗传连锁图谱的构建

利用基因组测序得到的大量微卫星序列,以681383B为父本、6812E36为母本杂交获得的F1为作图群体,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)微卫星标记(SSR)遗传连锁图谱。雌雄图谱共定位SSR标记529个,其中雄性连锁图谱包括418个标记,分布在24个连锁群上,总长度1 418.1 cM,标记平均间隔3.62 cM,图谱覆盖率为88.7%;雌性连锁图谱包括437个标记,分布在24个连锁群上,总长度1 298.1 cM,标记平均间隔为3.16 cM,图谱覆盖率为89.1%。牙鲆中密度遗传图谱的构建为QTL分析以及分子标记辅助育种进一步奠定基础,并可以有效推动牙鲆的遗传改良工作,推动牙鲆养殖业的可持续发展。     

利用中国明对虾单对杂交亲本及其F↓（2）群体构建RAPD遗传连锁图谱

由中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)单对杂交亲本(G♀和G♂)及其F2为作图群体,构建了中国明对虾RAPD分子标记的遗传连锁图谱。109个引物共产生284个符合孟德尔分离规律的位点,符合1∶1孟德尔分离类型的位点共234个,符合3∶1孟德尔分离类型的位点50个。利用拟测交理论分别构建中国明对虾雌虾、雄虾的遗传连锁图谱。107个1∶1分离标记分布于雌虾连锁图谱中,包括31个连锁群,图谱总长度为1 406.1 cM,所有标记间的平均间隔为18.5 cM;91个1∶1分离标记分布于雄虾连锁图谱中,包括26个连锁群,图谱总长度为1 187.7 cM,所有标记间的平均间隔为18.27 cM;利用F2自交模型构建了雌虾和雄虾共同的分子标记,35个3∶1分离标记分布于雌雄共有的连锁图谱中,包括10个连锁群,图谱总长度为432.9 cM,所有标记间的平均间隔为17.3 cM。     

半滑舌鳎微卫星标记遗传连锁图谱的构建

利用全基因组测序方法筛选出微卫星标记,以渤海近海野生个体和人工养殖的半滑舌鳎(Cynoglossus semi-laevis)为亲本交配产生的F1全同胞家系为作图群体,构建了半滑舌鳎雌、雄微卫星标记遗传连锁图谱。用320对引物对父母本和92个F1个体进行遗传分析,共得到288个分离标记,其中包含112个偏分离标记(P<0.05)。其中雌性框架图包含242个标记,分布在21个连锁群上,总长度1 311.9 cM,标记间平均距离为4.9 cM,图谱覆盖率为83.3%;雄性框架图定位标记218个,21个连锁群,总长度1 316.2 cM,标记间平均距离为5.5 cM,覆盖率为82%。半滑舌鳎遗传连锁图谱的构建为半滑舌鳎重要经济性状QTL定位、分子标记辅助育种和性别控制奠定了重要基础。     

中国西门塔尔牛第6号染色体上部分微卫星的特征

利用微卫星技术对牛第6号染色体上9个微卫星位点进行了研究,检测其在中国西门塔尔牛育种核心群中152头母牛的多态性。本试验9个位点中,BM4528为单态,BM4203属于中度多态位点(0.5>PIC>0.25),而其它的7个位点均是高度多态位点(PIC>0.5)。     

Isolation of microsatellite markers by in silico screening implicated for genetic linkage mapping in Japanese pufferfish Takifugu rubripes

ABSTRACT:   The search for dinucleotide repeat microsatellites within scaffolds 1–25 of genome database JGI Fugu v3.0 for the pufferfish Takifugu rubripes revealed that 80% of microsatellite loci consisted of five to 13-fold repeats with locus-specific differences in density. Eleven out of 15 microsatellite loci isolated from the database with which genotyping using wild pufferfish was successfully performed showed polymorphism; that is, the means of the number of alleles and expected and observed heterozygosities at these 11 loci were 21.8, 0.915 and 0.829, respectively. It was confirmed that eight out of the 11 polymorphic loci were inherited through the Mendelian law and one pair of microsatellite loci derived from the same scaffold was linked. These results demonstrated that these loci are useful for constructing a linkage map in the pufferfish as DNA markers.     

水产动物遗传图谱的构建和 QTL 定位研究进展

改革开放三十年来,我国水产养殖业取得了举世瞩目的成就,产量约占世界水产养殖总产量的70％,养殖对象也由四大家鱼不断向各名特优鱼扩展。但由于我国水产养殖行业与国外相比发展较晚,基础研究较为薄弱,加之育种过程中缺乏科学的规范和标准,苗种总体质量不高,种质资源退化较为严重,出现生长速度慢、抗病力低、成活率低等现象。在如今养殖环境每况愈下和高密度养殖的条件下,很容易爆发大规模死亡。因此,水产动物的良种选育成为了制约我国渔业经济进一步发展的瓶颈。为了解决这个棘手的问题,我国遗传学家对良种选育工作开展了广泛而深入的研究。早期的选育工作将主要精力集中于遗传参数的估计以制定相应的选择策略［1‐2］,尽管在育种实践过程中取得了不少的成就,但亦有其缺陷：（1）从本质上讲是将控制数量性状的多微效基因作为一个整体来研究,因此终究只能是一种数率统计和概率推断,无法将控制性状的基因分离出来,更无法从基因水平上阐明性状差异产生的原因;（2）由于基因型到表型的过程中伴有遗传信息的改变,所以通过表型值进行选育往往不能达到很好的效果,甚至可能出现很大的偏差。因此,QTL 定位应运而生,它的理论基础也是将数量性状看成是多个微效基因共同作用的结果,所不同的是,它可以通过高密度遗传图谱的构建和连锁概率分析,将影响性状的各主效基因分离开来并定位于某一区间,进一步精细定位后,通过图位克隆或候选基因等方法实现目的基因的分离克隆,这就从分子水平上解决了数量性状的遗传本质问题,并且完成了从结构基因组研究向功能基因组研究的过渡。除此之外,对 QTL 的选择是直接对基因型的选择,排除了环境因素对选择所造成的影响,精确度大大提高,并可以对个体进行早期选择,使育种周期大大缩短。由于遗传图谱构建和QTL定位对于基因组研究及育种实践的重要性,国内外科研人员对许多水产动物都开展了相关研究［3‐33］。当然,Q T L的成功定位必须依赖于高质量、高饱和度的的遗传图谱。至目前为止,有近20种海淡水养殖动物公布了遗传连锁图谱,虹鳟（On‐corhynchus mykiss ）、罗非鱼（ Tilapia）、大西洋鲑（Salmo salar）等都建立了中高密度的遗传图谱,为其基因组研究和育种工作打下了坚实的基础。