松江鲈群体遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对辽宁丹东和河北秦皇岛2个地区松江鲈(Trachidermus fasciatus)群体的遗传多样性进行了分析。结果显示:77个ISSR引物中有4个引物能扩增出清晰条带,4个引物对两个群体各24个样品扩增出27个位点。松江鲈丹东和秦皇岛两群体的多态位点比率均为44.44%,Shannon′s指数分别为0.2728、0.2836。Shannon′s指数和AMOVA分析均显示松江鲈的遗传变异主要来自于群体内个体间。松江鲈UPGMA系统树没有依据群体分别聚类,无明显遗传趋异。两个松江鲈野生群体的平均杂合度和多态位点与处于濒危状态的江豚类似,多态性位点比例低于濒危状态的平胸龟和长江刀鲚。结果表明:两个地区松江鲈群体的遗传多样性处于较低水平,遗传变异相对贫乏;松江鲈丹东和秦皇岛两个群体间无明显的遗传分化,亲缘关系较近。     

不同地理群体日本蟳非特异性免疫及抗氧化酶活力的比较

为探索不同地理群体日本蟳的免疫水平,实验对大连黑石礁、莱州湾、海州湾和象山4个地理群体日本蟳的肝胰腺、肌肉、血清和鳃组织中的抗氧化以及与非特异性免疫相关的酶活性进行分析,并对其在不同群体间的酶活差异进行了比较.结果表明,所检测的各种酶在日本蟳各组织中均存在,但是不同群体间不同酶活性有所差异.大连群体日本蟳的血清ACP、AKP、LSZ酶活均显著高于海州湾群体(P＜0.05),与其它两个群体没有显著性差异；大连群体日本蟳肝胰腺和血清MDA含量显著高于海州湾群体(P＜0.05),而在肌肉和鳃组织中没有显著性差异(P＞0.05)；大连群体日本蟳肝胰腺和鳃组织中的SOD、GSH-px和CAT酶活显著高于海州湾群体(P＜0.05),其活性以大连群体最高,莱州湾群体次之,海州湾群体最低.通过对日本蟳4个地理群体间免疫相关酶活的差异比较,发现不同地理群体日本蟳免疫水平存在差异,研究结果为日本蟳种质资源的研究提供数据支持.     

中国沿海6个花鲈群体的形态差异分析

通过聚类分析、主成分分析和判别分析等多元分析方法,对东港、绥中、秦皇岛、青岛、舟山以及珠海等6个花鲈(Lateolabrax maculatus)地理群体的8个形态比例性状进行了研究。聚类分析和主成分分析表明,6个花鲈群体可被分为两支:来自黄海、渤海海域的东港、秦皇岛、绥中和青岛群体为一支(北方群体);东海海域的舟山群体和南海海域的珠海群体为另一支(南方群体)。南北群体间有一定程度的形态分化,和舟山群体相比,珠海群体和北方群体的亲缘关系更近。主成分分析获得的3个主成分方差贡献率分别为31.726%、27.744%和14.075%,累计贡献率为73.545%。利用8个变量构建的6个地理种群的判别公式,判别准确率在63.6%~84.4%之间,综合判别准确率72.7%。本研究结果为花鲈地理种群判别、种质资源评价以及良种选育等提供了基础资料。     

中国沿海6个花鲈群体的遗传多样性分析

利用8对微卫星或简单重复序列[microsatellite or simple sequence repeats(SSR)]标记对辽宁东港(DG)、绥中(SZ),河北秦皇岛(QHD),山东青岛(QD),浙江舟山(ZS)以及广东珠海(ZH)海域的6个花鲈(Lateolabrax maculatus)群体进行遗传多样性分析。结果表明,共检测到等位基因90个,每个位点的等位基因数(NA)为3~20;有效等位基因数(Ae)为1.7~11.4;观测杂合度(Ho)为0.355~0.971;期望杂合度(He)为0.398~0.912;多态信息含量(PIC)为0.365~0.906;6个群体的遗传多样性处于中等水平且群体间差异不显著(P0.05),其中舟山群体的遗传多样性最高(NA=11;He=0.762;PIC=0.734),绥中群体的遗传多样性最低(NA=9.8;He=0.721;PIC=0.692);哈代?温伯格平衡检验显示,除秦皇岛群体外,标记Lama18、Lama21和Lama29在其他5个群体中偏离HWE(P0.01)。位点Lama18与Lama42间存在极显著性的连锁不平衡(P0.01);分子方差(AMOVA)分析结果显示群体间、群体内个体间以及所有个体间的方差均达显著性水平(P0.01);群体间配对Fst(pair-wise Fst)和遗传距离分析结果显示,舟山群体与其他5个群体遗传分化最远,遗传距离最大,而北方的绥中、东港、青岛以及秦皇岛4个群体间分化不显著;聚类分析显示,珠海与秦皇岛群体先聚合,再与舟山群体聚为一支。绥中、东港、青岛群体聚为一支;遗传组分分析结果显示,6个花鲈群体中共包含3个主要遗传组分,其中舟山群体遗传混杂少,遗传信息保留完整,而绥中、东港和青岛3个群体遗传组分类似,遗传混杂严重。另外,秦皇岛与珠海群体约40%的遗传组分相同;研究结果表明,中国沿海的花鲈群体中除舟山群体外,绥中、东港、青岛、秦皇岛和珠海5个群体的遗传多样性已受到现有养殖模式与养殖逃逸的影响。     

利用16S rRNA和COI基因序列对三疣梭子蟹不同群体遗传特征的比较分析

采用PCR扩增技术对三疣梭子蟹日本北海道群体、韩国东海岸群体和我国山东即墨市会场村群体3个野生群体的16S rRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度为523和658bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了不同群体间的序列差异和遗传多样性水平。结果显示,我国会场三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性水平较低。用MEGA4.0软件中的NJ法构建的分子进化树,基于16S rRNA片段构建的NJ系统树所反映的分类关系与基于COI基因片段构建的系统树并不一致,主要不同在于与日本蟳的分类关系上,基于16S rRNA基因片段构建的NJ系统树显示梭子蟹科的3个属聚为两大支:三疣梭子蟹不同的单倍型先聚在一起,再和梭子蟹属的远海梭子蟹及塞氏梭子蟹聚为一支;而青蟹属的3种蟹先聚在一起,再和日本蟳聚为一支。而基于COI基因片段构建的系统树显示,梭子蟹属先与青蟹属的两种蟹聚为一支,然后再与日本蟳聚在一起。本研究共发现19种单倍型,我国会场群体与日本北海道群体、韩国东海岸群体均有共享单倍型,表明我国会场群体与国外两个野生群体的遗传背景相似。这些资料为我国三疣梭子蟹的种质资源保护和利用提供了基础的分子生物学依据。     

中国大陆沿海六水系绒螯蟹_中华绒_省略__群体亲缘关系_生化遗传差异分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析比较了分布于我国大陆沿海 6个主要水系的两种绒螯蟹 (中华绒螯蟹、日本绒螯蟹 )群体间的生化遗传差异。结果发现 ,(1)辽河、黄河、长江和瓯江中华绒螯蟹群体间的生化遗传差异不显著 ,四个群体间的遗传距离D =0 .0 0 0 6～ 0 .0 0 53,属种内群体间差异。 (2 )珠江和南流江日本绒螯蟹群体间的生化遗传差异也不显著 ,两个群体间遗传距离D=0 .0 0 0 7,尚未达到亚种分化水平。 (3)辽河、黄河、长江和瓯江中华绒螯蟹与珠江和南流江日本绒螯蟹在SOD同工酶表型上有明显差异 ,SOD - 2位点仅在辽河、黄河、长江和瓯江中华绒螯蟹中表达 ,而SOD - 4位点仅在珠江和南流江日本绒螯蟹中表达 ,这些可作为中华绒螯蟹与日本绒螯蟹群体区分的生化遗传标志。辽河、黄河、长江和瓯江中华绒螯蟹群体同珠江和南流江日本绒螯蟹群体间的遗传距离较大 ,D =0 .0 72 1～ 0 .0 74 7。 (4 )聚类分析表明 ,在我国大陆沿海水系分布的绒螯蟹可分为两大类群 ,辽河、黄河、长江和瓯江水系的绒螯蟹属北方类群 ,即中华绒螯蟹 ;珠江和南流江的绒螯蟹属南方类群 ,即日本绒螯蟹。     

中国东海日本鳗鲡居群遗传结构的AFLP分析

采用AFLP分子标记技术，以中国东海日本鳗鲡两个群体（闽江流域玻璃鳗养成的成鳗和长江口捕获的玻璃鳗）为材料研究其遗传多样性水平及群体的遗传结构。结果表明：6对选择性扩增引物共检测到363个位点其中闽江流域群体和长江口群体的多态位点数、多态位点频率、Nei’s基因多样性系数、Shannon’s信息指数分别为228和269、 62.81%和74.10%、 0.2781和0.3077、0.4092和0.4493，日本鳗鲡这两个群体均具有较丰富的遗传变异，但闽江流域群体的明显低于长江口群体。两群体的遗传相似度为0.814，遗传距离为0.2103，在用Nei’s遗传距离构建的遗传聚类图上，两群体明显分为两支，显示了群体分化现象，不同地理群到达产卵地的时间不同可能是造成这种现象的主要原因。     

两个马氏珠母贝养殖群体遗传多样性微卫星分析

以两个马氏珠母贝(Pinctada martensii Dunker)养殖群体为对象,采用微卫星分子标记技术对两个群体的遗传结构进行了研究,分析了各群体内的遗传多样性和两个群体间的遗传分化.结果表明,在广东养殖贝和三亚养殖贝群体中,分别获得232和230条扩增片段,两群体的平均观测杂合度分别为0.28和0.29,平均多态信息含量分别为0.44和0.46,平均有效等位基因数分别为2.25和2.13,显示两个群体的群体遗传多样性水平相差较小(p<0.05),两群体间遗传变异性小,其遗传多样性处于中等水平.两个养殖群体的基因分化系数(GST)为0.0448,群体之间属于轻度偏中度分化水平.     

利用微卫星分子标记分析渤海湾的口虾蛄遗传多样性

2019年11月在渤海湾的秦皇岛、唐山、昌黎、天津和黄骅海域,用单拖网采集口虾蛄活样本,取背部肌肉,采用12对微卫星引物,分析渤海湾5个海域口虾蛄自然群体的遗传多样性。研究结果表明,5个群体的等位基因数为3～16,平均有效等位基因数为2.9063～3.4102,平均观测杂合度为0.5004～0.5342,平均期望杂合度为0.5310～0.5491,平均多态信息含量为0.5422～0.6038;哈代温伯格平衡检验表明,5个群体81.67%位点处于平衡状态。天津群体与唐山群体的遗传距离最远,相似度最低。系统进化树结果显示,秦皇岛群体与唐山群体聚在一起,昌黎群体与黄骅群体聚在一起,而后又与天津群体聚在一起。综上所述,5个群体遗传多样性水平较高,具有一定的育种潜力,可以作为良好的育种材料。     

日本沼虾淀山湖野生群体和养殖群体肌肉营养成分分析

为了比较日本沼虾(Macrobrachium nipponensis)淀山湖野生群体和养殖群体的肌肉营养成分、氨基酸和脂肪酸组成,分别选择两个群体体长5 cm以上、附肢完整的个体,对其身体各部分进行称量测定后,取腹部肌肉用于营养成分分析。试验结果:野生日本沼虾可食用部分的比例[(51.0±1.13)%]显著高于养殖群体[(42.95±4.76)%](P0.05);野生和养殖群体每100 g新鲜肌肉中粗蛋白质含量分别为19.6、18.5 g,水分分别为78.83、79.82 g,粗脂肪分别为0.9、0.1 g,粗灰分均为1.1 g,碳水化合物均为0.4 g;野生和养殖群体肌肉中17种氨基酸总量的质量分数分别为78.688%、76.114%,其中9种人体必需氨基酸分别为37.642%、33.689%,鲜味氨基酸分别为32.228%、32.305%;两个群体均含有丰富的钠、铜、镁、锌、铁、钙等多种对人体有益的微量元素;野生群体EPA+DHA的含量极显著高于养殖群体,而多不饱和脂肪酸总量极显著低于养殖群体(P0.01)。结果表明,日本沼虾淀山湖野生群体与养殖群体肌肉的营养成分存在较大差异,从总体上看,野生群体优于养殖群体。     

牙鲆骨骼生长性状与微卫星标记的相关性分析

利用106对牙鲆微卫星标记,对62尾双单倍体牙鲆的基因组DNA进行检测;用X射线检测仪对其骨骼进行成像,以骨骼图片测量体高和体长;用SPSS 13.0软件对双单倍体牙鲆的体质量、体长、体高进行相关分析和回归分析;用最小二乘法对微卫星标记与体质量、体长、体高作相关性分析。结果获得17个与体质量、体长、体高显著相关的标记,其中,Poli162TUF与体质量、体长、体高显著相关(P0.05);Poli72HFSM、Poli106TUF与体质量、体高显著相关(P0.05);Poli2023TUF、Poli1013TUF与体长、体高显著相关(P0.05);Po-li2042TUF、Poli1980TUF、Poli2045TUF、Poli2039TUF、Poli34TUF、PoGT17、HLJYP45、HLJYP81与体长显著相关(P0.05);Poli102TUF、Poli136TUF、Poli62MHFS、6-G3与体高显著相关(P0.05)。这些标记反映了牙鲆的生长优势性状,可作为辅助育种的参考标记。     

微卫星QTL标记分析豫选黄河鲤群体遗传结构及生长性状相关性

用35个镜鲤微卫星QTL标记评估了豫选黄河鲤(Cyprinus carpio var.haematopterus)群体的遗传结构,并评估了不同基因型与生长性状(体重、体长、体高和体厚)的相关性,筛选了在群体中具有性状优势的基因型。35个微卫星标记在288个豫选黄河鲤个体中的扩增结果显示,各标记等位基因数为3~13,平均每个标记6.828 6个;平均有效等位基因数为4.520 8;平均观测杂合度为0.603 0;平均期望杂合度为0.701 9;平均多态信息含量为0.665 6,群体整体处于高度多态水平(PIC0.5)。利用SPSS19.0的GLM模型分析标记与性状的相关性,共17个微卫星标记与性状表现出不同程度的相关性,其中HLJ2456、HLJ2387和CA1677 3个标记与相应的性状相关性达极显著水平。用Duncan氏多重比较找到了每个微卫星标记具有生长性状优势的基因型,下一步可根据优势基因型指导豫选黄河鲤家系配组,开展基于QTL结果的分子聚合育种研究。     

长丰鲢生长性状相关微卫星标记的初步筛选

为了筛选出与长丰鲢生长性状相关的分子标记,以指导其种质鉴定和选择育种工作,实验利用15个多态微卫星标记,对6、17和36月龄长丰鲢进行了遗传多样性和生长性状关联分析。结果显示,各月龄长丰鲢的观测杂合度（H_o）和期望杂合度（H_e）均高于0.5,PIC均值分别为0.555、0.445和0.490,表明各月龄长丰鲢群体均具有较高的遗传多样性。其中,染色体LG15上的位点BL55在3个月龄组均含有231 bp片段的等位基因,该位点上的基因型225/231、231/245分别对长丰鲢起负面影响和正面影响;为了研究该位点在其他鲢群体中的适用性,分别选取长江、湘江2个野生的鲢群体进行验证。研究表明,231 bp片段的等位基因在长江鲢群体和湘江鲢群体中均存在,据此初步确定标记BL55为与鲢生长性状相关的候选标记,对鲢的遗传改良和选择育种均有一定的参考价值。     

长吻鮠单核苷酸多态性标记与生长性状关联分析

为开发长吻鮠(Leiocassis longirostris)生长性状相关的分子标记，为其分子辅助育种提供基础资料，以115尾长吻鮠为研究对象，运用57个单核苷酸多态性标记(SNPs)位点与体重、全长、体长和头高进行关联分析。结果显示，有10个SNPs位点与生长性状显著相关，其中3个SNPs位点(Cluster-65_137265、Cluster-65_111833和Cluster-65_137642)对所测量的4个生长性状均有显著影响(P<0.05)；3个SNPs位点(Cluster-65_120392、Cluster-65_5592_0和Cluster-65_105077)对体重、全长和体长有显著影响(P<0.05)；Cluster-65_110382对全长、体长和头高有显著影响(P<0.05)；Cluster-65_19497和Cluster-24304_1对全长和体长有显著影响(P<0.05)；Cluster-65_130153对体长和头高有显著影响(P<0.05)。此外，Cluster-65_137265、Cluster-65_111833、Cluster-65_110382和Cluster-65_137642分别与阴离子交换蛋白2样亚型X1 (anion exchange protein 2-like isoform X1)神经突起导向因子4样(netrin-4-like)、酪氨酸蛋白激酶Tec亚型X2 (tyrosine-protein kinase Tec isoform X2)和氨甲酰磷酸合成酶1 (carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial, CPS1)相似度最高，表明这4个基因可能参与调控了长吻鮠的生长。对与生长相关的10个SNPs位点进行多态性检测，平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.537和0.467，平均多态信息含量为0.357。本研究为长吻鮠的遗传改良和选择育种提供了基础资料，并首次发现了4个可能与长吻鮠生长相关的基因。     

大黄鱼22个微卫星标记在F1家系中的分离方式及与生长性状的相关分析

研究了1个大黄鱼F1家系150个个体22个微卫星位点的基因型分布,并分析了标记位点与生长性状的相关性。结果显示,22个位点共检测到60个等位基因,平均等位基因数为2.73,平均有效等位基因数为2.37;平均观测杂合度与期望杂合度分别为0.75和0.73,部分位点基因型分布严重偏离孟德尔定律,暗示其可能与适应性基因相连锁,其中LYC0446位点附近可能存在隐性纯合致死基因。LYC0077位点与体质量、体长和体高均呈显著相关(P<0.05),其中等位基因A(165 bp)对应的生长性状表型值最大,可以作为选育快长性状的有效分子标记;LYC0015和LYC0243与体高呈显著相关(P<0.05),与体长、体质量的相关不显著(P>0.05),LYC0015位点的等位基因C(110 bp)和LYC0243位点的等位基因A(160 bp)为有利的等位基因。对LYC0015、LYC0077和LYC0243进行不同基因型个体表型值的多重比较,找到3种对生长性状有利的基因型,分别为BC、AA和AB。同时,以体质量性状为参照,对3个位点不同基因型组合进行比较,找到一个最优基因型组合(BC/AA/AB),与3个位点单独分析对应的最优基因型完全一致,符合加性作用模型。     

红鳍东方鲀F_1代混养群体的基因型鉴定及QTL分析

利用微卫星标记的方法,分别对3个家系红鳍东方鲀的基因型进行鉴定,并通过此方法对3个家系混养后的混合群体进行区分,利用区分的结果与混合群体的生长性状指标进行QTL分析,结果为F0041中的基因型153/150,标记F0254中的基因型325/335,标记F0220中的基因型175/189,标记F0254中的基因型325/335与河鲀的体长、体质量表型值正相关,标记F0041基因型153/143,F0151标记中的250/250基因型,标记F0157中的基因型167/198,标记F0220中的基因型175/205与河鲀的体长、体质量表型值负相关.以期采用此方法能够为今后的亲子鉴定、个体识别及家系识别提供理论基础.     

草鱼生长相关的微卫星标记在选育群体中的验证

生长性状是水产动物遗传育种中的重要经济性状,利用与性状相关的分子标记与育种相结合的手段,可以大大加速育种进程。在对草鱼生长性状的前期研究中,采用数量性状位点(QTL)定位的方法,在1号连锁群中发现了2个与生长相关的QTL。在此基础上,实验利用这2个QTL侧翼的2对微卫星标记(CID391_2、CID1512、CID973_1和CID254_1),对长江草鱼选育群体的480个个体进行分析,以期基于草鱼QTL定位结果,对草鱼生长相关的微卫星标记在选育群体中进行验证。结果显示:(1)4个微卫星标记在该群体中均具有高度多态性,其中各位点观测等位基因数(N_a)为12～23个,有效等位基因数(N_e)为4～12个,观测杂合度(H_o)为0.607～0.904,期望杂合度(H_e)为0.751～0.902;(2)利用方差分析及多重比较对4个多态性的微卫星标记与选育草鱼群体的生长性状(体质量和体长)进行关联分析,发现CID391_2在雌性个体中,各基因型与体质量和体长之间均无显著差异;而在雄性个体中,各基因型与体质量和体长之间差异显著。CID1512、CID973_1和CID254_1在雌性或雄性个体中,各基因型与体质量和体长之间均具有显著差异。研究表明,对草鱼生长相关的微卫星标记在选育群体中的验证结果,为进一步开展草鱼生长性状QTL定位研究和基于QTL结果的分子标记辅助育种(MAS)实践奠定理论基础。     

津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。     

中国明对虾单个家系中与生长性状相关微卫星标记的初步筛选

以1个人工授精获得的中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)F2家系为材料,对其中80尾中国明对虾进行正态分布检验,选择19个稳定扩增的微卫星位点对每一个体进行扩增和基因分型,分析家系遗传信息.利用最小二乘法对微卫星位点与中国明对虾体长、全长、体质量性状进行关联性分析.采用SPSS 11.5软件作微卫星分子标记与经济性状的方差分析,考察各微卫星位点对体长、全长、体质量3个经济性状的影响程度.结果表明,中国明对虾体长、全长、体质量3个性状均呈正态分布(P＞0.05);相关分析得到,19个微卫星位点中RS0683和FC019两个微卫星位点与体长、全长、体质量呈显著相关(P＜0.05);同时对差异显著的位点进行不同基因型间经济性状的多重比较,RS0683标记座位AA基因型在体长、全长、体质量的表型效应上极显著高于AB、BB基因型(P＜0.01),表明该标记位点基因型AA与3种经济性状正相关;FC019标记座位的AA基因型体长、全长、体质量显著低于AB、BC基因型(P＜0.05),表明该标记位点基因型AA与3种经济性状呈负相关.     

Assessing the genetic structure of three Japanese flounder (Paralichthys olivaceus) stocks by microsatellite markers

Ten highly variable microsatellite loci were used to investigate one common population and two selected hatchery populations of Japanese flounder Paralichthys olivaceus. All of the 10 microsatellite loci screened in this study showed marked polymorphism. A total of 76 different alleles were observed over all loci. The number of alleles per locus ranged from 3.67 to 8.67. The average of observed (Ho) and expected heterozygosity (He) ranged from 0.610 to 1.000, and from 0.536 to 0.821, respectively. A total of 14 unique alleles were found in common population, and 3 unique alleles each were found in susceptible and resistant populations. The effective number of alleles varied from 2.14 for Po35 to 5.60 for Po91. The number of genotypes ranged from 5.33 for Po56 to 12.33 for Po1. Compared with the common population, the two selected hatchery populations, susceptible and resistant, showed significant genetic changes such as fewer alleles per locus, a smaller number of low-frequency alleles, and a small number of unique alleles and a small number of genotypes, all indicative of a reduction in genetic diversity. Intentional or accidental release of selected Japanese flounders into natural sea areas might result in disturbance of local gene pools and loss of genetic variability. So, it is needed to monitor genetic variability of selected hatchery populations for the conservation of natural Japanese flounder resources.