微卫星产物变性与非变性PAGE-银染方法比较

用哲罗鱼的微卫星引物对哲罗鱼的2个微卫星位点进行PCR扩增。将扩增产物在变性与非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)上电泳,银染后发现微卫星扩增产物在二者上的电泳结果存在明显差异。在非变性凝胶中存在较多非特异条带,而在变性凝胶中微卫星扩增产物条带清晰,易于鉴定。     

AFLP技术的优化及在三倍体银鲫DNA指纹图谱中的应用

扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism,AFLP)技术具有多态性丰富,所需DNA量少,灵敏度高等优点,但流程繁琐,花费时间长。本文根据AFLP技术的特点,在酶切-连接和聚丙烯酰胺凝胶的制备,这两方面做了很大改进。采用优化的AFLP技术分析三倍体银鲫的DNA指纹图谱,不仅缩短了实验所需时间,而且获得了稳定清晰的扩增带型。     

合浦珠母贝3个养殖群体的RAPD分析

利用RAPD标记技术检测了广西省北海市、海南省三亚市、广东省深圳市等 3个地理种群养殖合浦珠母贝(Pinctadamartensii)基因组DNA的多态性 ,并对其遗传结构进行了初步分析。从 4 0个随机引物中筛选出 13个10bp引物 ,它们在 3种群中共扩增出了 14 0条DNA片段 ,3种群共有片段 16条 ,DNA片段数分别为 5 8、91和 71条 ,多态性位点比例分别为 4 1 4 % ,6 5 0 %和 5 8 4 %。遗传距离分析表明 ,广西种群与广东种群的亲缘关系较近 ,而与海南种群亲缘关系较远。 13个引物中 ,引物S11和S3 58扩增出的 3种群指纹图谱差异显著 ,可作为 3种群鉴定的分子标记。     

ISSR-PCR技术在对虾中的应用初步研究

采用ISSR（Inter Simple Sequence Repeats)技术对中国对虾（Penaeus chinensis)进行了PCR扩增。优化了PCR反应体系和反应参数。对PCR产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测，从100条ISSR引物中筛选了40条有清晰产物的引物，每条引物检测到的位点数从1到19不等，平均每条引物可检测到位点数为7．7个。实验发现：中国对虾简单重复序列区主要由两碱基循环组成。通过分析ISSR－PCR技术本身的原理，探讨了该技术相对于同工酶检测和RAPD技术在遗传多样性分析中的优势所在，以及该技术用于遗传标识的确认和遗传图谱构建方面的前景。     

坛紫菜种质材料DNA指纹图谱的构建

采用20对简单重复序列(SSR)引物对福建省坛紫菜种质资源库中保存的44个坛紫菜种质材料进行了遗传分析,共检测到了81个多态性位点,每对引物检测到的等位基因介于2~6个之间,平均为4.05个,引物的PIC值介于0.15~0.79之间,平均为0.57。然后根据3对引物(Phes08,Phes03和PC13)扩增出的16个多态性位点构建了44个坛紫菜种质材料的指纹图谱库,使得每一种质材料均具有其特异的DNA指纹图谱。并根据指纹图谱中各扩增位点条带的有无,将指纹图谱转化成了计算机可以识别的数码指纹,开发了相应的数码指纹识别软件,为坛紫菜种质的自动化鉴定及坛紫菜种质资源库的信息化管理奠定了基础。     

长臀AFLP分析体系的建立

以珠江长臀(Cranoglanis bouderius)为试验材料,建立了长臀扩增酶切片段长度多态性(AFLP)分析体系,对其分析过程中的DNA提取、双酶切、单酶切、连接、预扩增、选择性扩增、银染等步骤进行了检测,并对反应条件进行了优化。用PstI/TaqI、EcoRI/MseI等2组双酶切组合构建长臀的AFLP指纹图谱,条带清晰可辨,扩增信号强,得到清晰的长臀AFLP指纹图谱。     

长臀鮠AFLP分析体系的建立

以珠江长臀(鮠)(Cranoglanis bouderius)为试验材料,建立了长臀(鮠)扩增酶切片段长度多态性(AFLP)分析体系,对其分析过程中的DNA提取、双酶切、单酶切、连接、预扩增、选择性扩增、银染等步骤进行了检测,并对反应条件进行了优化.用PstⅠ/TaqⅠ、EcoRⅠ/MseⅠ等2组双酶切组合构建长臀鲍的AFLP指纹图谱,条带清晰可辨,扩增信号强,得到清晰的长臀(鮠)AFLP指纹图谱.     

微卫星标记在坛紫菜丝状体品系DNA指纹构建中的应用

用从条斑紫菜EST数据库中筛选合成的微卫星引物对8个坛紫菜丝状体品系进行微卫星DNA指纹扩增。5个微卫星引物共扩增出32条带,其中3对引物所扩增出的5个条带(AU192094—127、AU187410—335、AU187410—190、AU194267—203和AU194267—328)被用来构建8个坛紫菜丝状体品系的DNA指纹。在这个图谱中,每个丝状体品系都有独一的指纹模式,彼此很容易被区分开。所获得的DNA指纹图谱,可用来进行孟德尔分离研究,及为坛紫菜纯系鉴定提供分子基础。     

鲮鱼、麦瑞加拉鲮鱼及露斯塔野鲮酯酶同工酶的电泳研究

用聚丙烯酰胺凝胶垂直平板电冰法,分析鲮鱼、麦瑞加拉鲮鱼及露斯塔野鲮的脑、眼、心脏、肾及肝脏等5种组织的脂酶(EST)同工酶谱及其相对迁移特性,发现酯酶同工酶在三种实验鱼内表现出组织的分布特异性,三个种间的各个相应组织具有明显的差异。     

西伯利亚鲟(Acipenser baeri)养殖群体遗传结构的AFLP分析

本研究构建了西伯利亚鲟(Acipenser baeri)扩增片段长度多态性(AFLP)分析体系,分析了DNA提取、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等步骤.用7对引物对24尾西伯利亚鲟进行了AFLP分析,每对引物扩增的位点数在24～39之间,共扩增出了234个位点,多态性位点为116个,多态性比例为...     

刺参基因组DNA甲基化水平及模式对温度变化的响应

本研究为了探讨刺参(Apostichopus japonicus)在不同温度胁迫下的DNA甲基化水平与甲基化模式变化,利用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)和酶联免疫吸附法(ELISA)对刺参在3个温度下(20℃、26℃和32℃)的纵肌、呼吸树、消化道和体壁4个组织进行分析。WGBS测序结果显示,在消化道组织中,20℃、26℃和32℃温度组全基因组总甲基化水平分别为(1.70±0.01)%、(1.79±0.11)%和(1.59±0.04)%,26℃组处于休眠状态,刺参消化道基因组甲基化水平升高,而32℃组高温胁迫下,甲基化水平下降;在总甲基化位点中,CG类型是主要的甲基化修饰(96%以上),CHH和CHG位点占比较低;30%甲基化水平的甲基化位点中,CHG和CHH为本类型甲基化的最高点,且显著高于CG类型。ELISA检测结果显示,3种不同温度下,刺参呼吸树和消化道组织的甲基化水平范围为2.68%~3.29%,均高于纵肌和体壁组织;温度变化后,刺参呼吸树和消化道组织的总甲基化水平均有显著变化,而纵肌和体壁的总甲基化水平基本不变,表明DNA甲基化可能参与刺参的高温胁迫调控机制。刺参应对温度变化过程中DNA甲基化水平的研究,从表观遗传学视角解析温度升高对刺参不同组织的影响,可为丰富刺参甲基化研究内容和无脊椎动物的甲基化发生规律提供参考。     

DNA芯片技术及其应用

本文介绍了DNA芯片技术的基本过程,主要包括DNA芯片的制备、样品的制备及与探针的杂交、杂交结果的检测与读出。还介绍了其应用前景及目前存在的一些问题。     

家猪线粒体DNA多态性分析

线粒体DNA作为分子标记已广泛应用于各个研究领域,并取得了许多有价值的成果。文章综述了动物线粒体DNA的结构特征、遗传特征及线粒体DNA多态性的研究方法,并概述了家猪线粒体DNA(mtDNA)的一些特点,着重讨论了家猪mtDNA多态性的最新研究领域成果,详细地论述了mtDNA多态性在家猪的起源、进化、分类以及群体遗传结构分析等方面的应用,旨在为今后开展家猪的繁殖、育种工作提供一些有益的帮助。     

鲉形目鱼类DNA条形码分析及鲉科DNA条形码电子芯片建立

为建立鲉形目内各物种的快速鉴别方法,本研究扩增了我国47个鲉形目物种并下载了Gen Bank上收录的鲉形目共计23科85属233种873条细胞色素C氧化酶I基因(COI)序列,分析该基因结构特性。结果表明,鲉形目DNA条形码基因的碱基变异中,不变位点508个,占总位点数的82.1%;转换位点70个,颠换位点41个,分别占总位点数的11.3%和6.6%;种内遗传距离为0~0.019,平均遗传距离为0.003?0.0034;属内种间遗传距离为0.003~0.258,平均值为0.086?0.038;基于233个物种的COI序列构建的系统进化树显示,227个物种(97.4%)能聚为独立分支,且具有较高支持度。在此基础上以鲉科11属39种鱼类的DNA条形码为例,筛选出25个种的37个特异性探针,以此探针对鲉科鱼类进行物种快速鉴定成功率为64.1%,研究结果表明DNA条形码芯片用于鲉科的鉴定具有一定的可行性。     

DNA分子标记技术概述

综述了DNA分子标记技术的类型及代表性分子标记技术的基本原理和优缺点,对常用分子标记技术进行了对比,并对其发展趋势进行了展望。     

9种鱼类非放射性DNA指纹图谱

用ＤＩＧ标记Ｊｅｆｆｒｅｙｓ人源小卫星３３．６和３３．１５为探针,与青鱼、草于、鲢、鳙、鲤、团头鲂、鳜鱼、尼罗罗非鱼,奥利亚罗非鱼基团组ＤＮＡ进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交,获得多态性丰富的个体特异性ＤＮＡ指纹图谱,建立了９种鱼类的非放射性ＤＮＡ指纹图谱。用ＤＩＧ标记小卫星探针制作鱼类ＤＮＡ指纹图谱安全可靠,克服了用放射性元素标记探针制作鱼类ＤＮＡ指纹图谱的限制和不足,拓宽了鱼类ＤＮＡ方图谱的应用范围９     

Analysis of DNA relationships among Aeromonas species by RAPD (randomly amplified polymorphic DNA) typing

Genetic differences between a collection of aeromonads were studied in two laboratories by analysis of randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). A single randomly designed primer, generated reproducible profiles of genomic DNA in both laboratories for Aeromonas salmonicida subspecies salmonicida, although the profiles differed between laboratories. Analysis of atypical strains of A. salmonicida and isolates of the A. hydrophila group produced scattered profiles in both laboratories. The uniform fingerprints produced for A. salmonicida subspecies salmonicida indicate genomic homogeneity. The scattered RAPD profiles of the motile aeromonads demonstrate the genomic diversity of this group. A group of unspeciated motile aeromonads gave uniform fingerprints, suggesting the possibility of a genomically homogeneous species. Although the RAPD technique is susceptible to the effects of minor technical variations, this study has demonstrated that where there is DNA similarity, it can be recognized, and where there is diversity, differentiation can be made. RAPD promises to be useful in epidemiological studies for rapid identification of bacteria where a source of reference DNA is available and may be useful in preliminary investigations of relatedness within groups.     

Determination of DNA content of whole fish

ABSTRACT:   The DNA content of whole fish from 31 different North Atlantic fish species was determined. Sample preparation was performed on board the fishery research vessel 'Walter Herwig III' directly after catch and sorting. Up to three homogenates were prepared of each 10 specimens per species by mincing the whole fish. The homogenates were heated to destroy nuclease activity, and then stored at frozen temperature until being analyzed in the laboratory. Measurement of DNA content was carried out using the DNA specific fluorescent dye Hoechst 33258 (Serva Biochemica, Heidelberg, Germany). Matrix effects as light scattering and quenching could be estimated by use of standard addition of calf thymus DNA. DNA contents were referred to dry weight of sample material, and ranged from 570 µg to 3500 µg/g dry weight of homogenate. The coefficient of variation did not exceed 25% of mean for one species; coefficient of variation for all investigated species did not exceed 30% of mean, which was 1020 µg/g dry weight.     

鳙小卫星DNA的克隆

鳙基因组ＤＮＡ 经内切酶Ｓａｕ３ＡⅠ完全酶切后，与Ｂａｍ ＨⅠ－ ｐＵＣ１８ 质粒连接，转化ＤＨ５α后，获得９３３ 个重组体。用人源小卫星探针３３ ．１５ 对重组体进行原位杂交筛选，获得１４ 个阳性克隆，取其中的１ 个阳性克隆（ 即小卫星ｐＢＣ１７４） 作探针，与５ 尾鳙和４ 尾鲢基因组ＤＮＡ 杂交，能产生具有高度变异性的、个体特异性的ＤＮＡ 指纹图，表明克隆的鳙小卫星ｐＢＣ１７４ 可用于鱼类ＤＮＡ 指纹分析。     

微卫星DNA标记在水产养殖中的应用

微卫星具有多态性高、数量丰富、共显性遗传和分析简单等优点,已成为最受青睐的分子标记之一;并在农业动植物的遗传多样性、遗传结构和遗传育种研究和生产上得到广泛的应用,但在水产养殖中的应用还处于初始阶段。简要介绍了微卫星DNA标记在水产养殖中的应用及发展前景。