胡椒属植物DNA条形码初步研究

为筛选胡椒属DNA条形码最佳片段,研究了ITS、rbcL、psbJ-petA和matK基因片段的有效使用性、种内种间变异和barcoding gap,并评估了序列鉴定效率。结果显示：ITS和matK的barcoding gap图相对较好,matK物种水平鉴定成功率高,ITS种间变异较大,而其他2个候选序列不能进行有效鉴定。为此,推荐matK和ITS作为胡椒属植物潜在的DNA条形码序列,并依此探索建立该属的DNA条形码鉴定方法。     

2种枇杷属植物的trnH-psbA条形码序列变异及其近缘属系统发育初步研究

选用枇杷野生近缘种‘栎叶枇杷’和栽培种‘早钟6号’、‘香妃’,对其叶绿体基因组trnH-psbA基因间隔区进行PCR克隆与测序,利用生物信息学方法分析其序列特征,并构建苹果亚科内19个属的系统发育树。结果表明:trnH-psbA序列长323~392 bp(GenBank登录号:KF022254、KF022255、KF022256),G+C含量30.10%~33.13%,共有1个核苷酸替换(substitution)和2个插入/缺失(indel);基于trnH-psbA DNA条形码序列的分子系统进化分析结果表明,苹果亚科内形成2个大的分支,枇杷属与石斑木属的亲缘关系最近(平均遗传距离为0.055)。此结果表明叶绿体基因trnH-psbA序列可有效地进行枇杷属内物种鉴别及属间分类,是枇杷属植物DNA条形码研究的标准基因之一。     

31种石斛属植物及金石斛遗传多样性SRAP分析及DNA指纹图谱研究

石斛属（Dendrobium Sw.）为兰科（Orchidaceae）兰亚科（Subfam. Orchidoideae）植物,在我国有着广泛的分布与应用,多用于名贵中药材和观赏植物,具有较高的经济价值。由于苛刻的生长条件加上过度的开发利用,导致野生石斛资源破坏严重,大部分种类已近枯竭,这也导致市场上出现的石斛种质混杂、真伪鉴定困难等问题亟待解决。石斛属植物遗传多样性的研究和数字指纹图谱的建立,可以为石斛的品种鉴定与分类、良种选择与保护提供理论依据,对保护药用植物生物多样性也具有十分重要的意义。以31种石斛属植物及金石斛（Flickingeria comata）为研究对象,应用SRAP-PCR分子标记技术对其开展遗传多样性分析并构建DNA指纹图谱。结果表明：利用筛选出来的15对引物进行扩增,共扩增出264个位点,其中多态性位点为251个,平均每对引物扩增出16.73个多态性位点,多态比率达95.08%,其中Me2-Em5、Me4-Em3、Me4-Em5、Me7-Em3、Me7-Ee7等5对引物的多态百分率均为100%,这些引物组合对石斛种类的鉴别效率较高;经过计算31种石斛属植物与金石斛间的观测等位基因数（N_a）为1.784,有效等位基因数（N_e）为1.430,Nei’s基因多样性指数（H）为0.202,Shannon’s信息指数（I）为0.386,石斛种间存在较高的遗传变异度与丰富的遗传多样性水平;其遗传相似系数的变化范围为0.591~0.851,亲缘关系较近,当遗传相似性系数为0.660时,金石斛单独聚为一类,当遗传相似性系数为0.724时,可将31个石斛属植物进一步分为10组;构建DNA指纹图谱可单独鉴别出31种石斛属植物以及金石斛,为石斛遗传背景分析和快速鉴别石斛种类提供科学依据。     

石斛属植物开发利用研究进展

综述了部分石斛属植物形态学观察、分子标记应用、组织培养技术进展,指出石斛属植物开发利用所面临的问题,如不同品种之间鱼龙混杂,自然资源锐减,部分品种濒临灭绝等,并提出保护石斛属植物的具体建议。     

基于trnH-psbA和matK序列的不同种油茶种苗DNA条形码分析

为有效鉴别出不同种油茶种苗,收集101份不同种油茶种苗作为试材,其中18份越南油茶、79份普通油茶、1份博白大果油茶、3份红花油茶,利用叶绿体基因组trnH-psbA和matK序列进行扩增并测序分析,随后对序列进行拼接及特征分析,并计算样本种间及种内遗传距离,构建系统发育树.结果表明:101份供试材料的trnH-psb...     

海南石斛属植物亲缘关系的SRAP分析

利用SRAP技术对海南9种石斛种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。从30对SRAP引物中筛选获得18对多态性引物,对石斛属9个种的基因组DNA进行扩增。共获得285条多态性条带,平均每个引物产生15．8个多态性条带。材料间遗传相似系数变化范围为0．179～0．636,说明本实验所测试的材料具有较广的遗传变异。根据SRAP标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析。将石斛属的9个种分为4类。结果表明：密花石斛和华石斛之间的亲缘关系最近,美花石斛和海南石斛之间亲缘关系最远;同时也说明海南省内分布的石斛具有丰富的遗传多样性,SRAP标记技术很好地从分子水平上揭示了石斛种质资源的遗传背景、亲缘关系。     

石斛属部分植物SRAP-PCR反应体系的建立与优化

建立石斛属(Dendrobium)植物SRAP-PCR反应体系,为石斛的品种鉴定与分类提供理论和技术基础.采用单因素及正交试验对反应体系中的各因子进行优化,确定最优退火温度,并筛选有效引物.结果表明:适用于石斛属植物SRAP 最佳的反应体系为:Mg2+2.5 mmol/L,dNTPs 0.25 mmol/L,Taq D...     

橡胶灵芝菌（Ganoderma pseudoferreum）DNA 条形码检测 筛选

选用 10 对 DNA 条形码标准序列 ITS、COI、nrDNA-LSU、nrDNA-SSU 和 trnL DNA 对海南和云南红根病区 分离的 21 个橡胶灵芝菌进行检测。除 COI 和 trnL DNA 外,其他 8 对引物均扩增得到 PCR 产物,产物大小范围为 268~1 355bp,种内相似度为 98.05%~99.54%。分别将扩增得到的序列与 GenBank 公布上的 Ganoderma 属和常见真 菌属序列,共 77 个 ITS、74 个 nrDNA-LSU 和 74 个 nrDNA-SSU 序列进行系统进化树构建与分析。结果表明：nrDNA-LSU 序列和 nrDNA-SSU 序列种间差异较小,不能准确区分 Ganoderma 属及其他属;5 对 ITS 序列均能区分 Ganoderma 属,但仅 ITS1/ITS4 序列能将 Ganoderma 属下 16 个种归入不同分支。ITS1/ITS4 序列表现出适宜的种内与种间差异, 适宜作为 G. pseudoferreum 的 DNA 条形码。     

SDS法提取石斛基因组DNA的研究

以密花石斛(Dendrobium densiflorum Lindley ex Wallich)为研究试材,对植物SDS方法提取基因组DNA中的若干影响因子诸如药品、试剂配制方法、DNA取材部位、蛋白质去除次数、DNA析出时间、提取样品水浴时间等进行了比较分析。结果表明：不同的SDS缓冲液配制方法提取效果差异较大,Wang's配方产率及纯度都较高;石斛花苞的DNA提取产率较叶片高,但纯度较叶片低;提取过程中,适宜的水浴时间当为30～40 min,过短DNA产率下降,过长会引起DNA的降解,或最后产物中增加     

基于DNA条形码和SRAP的太子参种质遗传多样性分析

应用DNA条形码和SRAP分子标记技术,开展15份太子参种质资源遗传差异分析。太子参DNA条形码显示：ITS1序列的突变位点占比最多为2.16%,rbcL6序列的突变位点占比最少为1.23%;psbA-trnH序列缺失位点占比最多为4.88%;ITS1序列的GC含量最高,达55.52%;psbA-trnH序列的GC含量最低,仅为24.71%。太子参SRAP标记筛选出9对引物,扩增出215个位点,其中42个为多态性位点,多态性位点百分率（PPL）为19.53%;从扩增位点总数看,多态性条带丰富、清晰,既有共同位点又有特异性位点;7个居群Nei’s遗传多样性指数（H）范围为0.3466～0.4985,Shannon信息指数（I）范围为0.5301～0.6917,显示出较高的遗传多样性水平,太子参种群基因多样性（Ht）为0.4004,其中种群内基因多样性（Hs）和遗传分化系数（Gst）分别为0.0901、0.3103,分别占Ht的77.50%、22.50%。种源间Gst为0.7506,即有75.06%的遗传变异存在于种源间,24.94%的遗传变异存在于种源内,表明太子参种源间遗传变异大于种源...     

应用Sos恢复系统筛选与番木瓜环斑病毒CI互作的寄主因子

应用Sos恢复系统(Sos recruitment system)筛选可能与番木瓜环斑病毒CI(Cylindrical inclusion protein,圆柱形内含体蛋白)相互作用的寄主蛋白因子,通过营养缺陷、温度敏感筛选、回转验证、序列测定和同源比对分析,获得1种候选的互作寄主蛋白,该蛋白与植物的叶绿体延伸因子Tu(Elongation factor Tu,EF-Tu)具有较高的相似性,并对其在番木瓜环斑病毒(Papaya Ringspot Virus,PRSV)致病与植物防御过程中的功能进行初步分析。     

割手密种质资源遗传多样性的ISSR分析

为探讨国内割手密种质资源的遗传多样性,本研究采用ISSR分子标记对采自8省的52份割手密种质资源进行了分析。结果表明,22条ISSR引物共扩增出127条条带,其中多态性条带121条,多态率达95.3%。材料间遗传相似系数GS在0.60~0.91之间。UPGMA聚类分析结果表明:在遗传相似系数0.72时52份材料可分为4大类;ISSR分析结果显示,割手密遗传多样性丰富,可以用ISSR对割手密进行分子水平的鉴定和遗传多样性研究。     

槟榔基因组DNA提取方法及RAPD分析体系的初步优化

采用CTAB法、改良CTAB法和高盐低pH法等3种不同的方法比较了槟榔基因组DNA提取的效果,其中改良CTAB法最优,提取的DNA质量高,DNA降解少,杂质含量少。通过对退火温度、DNA模板用量、TaqDNA聚合酶浓度等因素的优化实验,建立了槟榔RAPD分析体系,从PCR扩增程序和反应体系两个方面对槟榔RAPD分析体系进行了优化并验证了优化后的体系扩增谱带清晰、多态性强稳定性好。     

奥默柯达酵母植酸酶基因phy1在毕赤酵母中的表达

将奥默柯达酵母(Kodamaea ohmeri)植酸酶基因phy1构建到巴斯德毕赤表达载体pPICZαA中,转入到受体菌X-33中,成功实现了奥默柯达酵母植酸酶基因phy1的分泌表达。利用BMMY培养基进行诱导培养,甲醇诱导3 d后,重组酶产量达到最高,为6 290 U/mL,SDS-PAGE显示重组酶的大小约为62 ku。通过对表达产物的酶学性质研究,发现该重组酶具有较好的热稳定性及较广泛的pH适用范围,其最适作用温度为65℃,最适作用pH为5.0。     

香蕉β-淀粉酶基因家族的系统进化分析

β-淀粉酶(beta-amylase,Bmy)是一类关键的淀粉水解酶,在香蕉果实成熟淀粉降解转化为可溶性糖的过程中发挥着重要的作用。为了全面了解Bmy基因在香蕉基因组中的特征,研究基于香蕉基因组数据,通过生物信息学的方法对香蕉Bmy基本理化性质、二级结构预测、亚细胞定位、内含子和外显子结构和保守结构域进行初步的预测与分析,并构建系统发育树。结果表明:编码香蕉β-淀粉酶的基因有15个,根据在染色体的位置命名为Ma Bmy1~15,Ma Bmy基因家族编码的氨基酸范围在68~1 453 aa,编码的蛋白相对分子量介于7.8~162.6 ku之间,15个Ma Bmy蛋白中有10个偏酸性,5个偏碱性。不稳定指数分析发现6个Ma Bmy蛋白为稳定蛋白;疏水性分析表明,所有的Ma Bmy蛋白为亲水性蛋白;香蕉Ma Bmy家族内含子最少含有2个,最多的含有10个;进化分析表明,Ma Bmy家族分4个亚家族,且与水稻的亲缘关系较近。研究结果为深入探讨Ma Bmy基因的功能及调控香蕉果实成熟的应用奠定基础。