茶树AFLP分子连锁图谱的构建

采用改进的AFLP技术体系,对祁门4号×潮安大乌叶的F1代群体进行连锁图谱的构建。经22对引物组合的选择性扩增,共获得1925条带,平均每对引物产生87.5条带,获得多态性带485条,多态性带的比率为25.19%。共有356(73.40%)个多态性位点符合孟德尔分离比例(P=0.01),其中发生1:1分离的位点为247(69.38%)个,发生3:1分离的位点为109(30.62%)个。采用Mapmaker/Exp3.0软件进行连锁分析,分别构建了祁门4号与潮安大乌叶的AFLP分子连锁图谱,其中母本图谱包括由208个标记组成的17个连锁群,总图距为2457.7cM,标记间平均间距为11.9cM。父本图谱包括由200个标记组成的16个连锁群,总图距为2545.3cM,标记间平均间距为12.8cM。     

红麻SRAP、ISSR遗传连锁图构建的初步研究

应用SRAP、ISSR标记构建红麻分子遗传连锁图,以半野生种Ga42（源自加纳）和栽培种阿联红麻（源自埃及）杂交产生的203株F2代分离群体作为作图群体。筛选出多态性好的27对SRAP引物组合和5个ISSR引物,对F2作图群体进行PCR扩增,共产生108个多态性条带,平均每个引物组合产生3．4个多态性条带。最多的可产生8条多态性条带。应用MAPMAKER／EXP3．0软件对108个多态性条带进行遗传连锁分析,被分为16个连锁群（LOD≥3．0）,初步构建了首张红麻遗传连锁图谱。该图谱总长为1336．6cM,平均两个标记位点间距为17．82cM。本文还讨论了图谱构建存在的偏分离有关问题与对策。可为进一步构建较高密度、分布均匀的遗传图谱及基因定位奠定了良好的基础。     

利用重组近交系群体检测花生青枯病抗性SSR标记

用抗青枯病花生品种远杂9102与感病品种Chico杂交，从F2起用单粒传法构建了花生重组近交系群体（RIL）F6和F7。采用354对SSR引物对重组近交系F6群体的基因组DNA鉴定，获得多态性标记45个。结合重组近交系群体F6和F7青枯病抗性鉴定结果，应用相关软件统计分析，构建了栽培种花生部分遗传连锁图。图谱总长度为603.9cM，含29个标记（28个SSR标记和1个表型标记）的8个连锁群，还有17个独立的SSR标记；获得了与青枯病抗性相关的SSR标记2个（7G02和PM137），位于该图谱的第1连锁群上，与青枯病抗性基因间的遗传距离为10.9cM和13.8cM，并且位于抗性基因的两侧，两标记间的距离为23.7cM。     

大穗材料高麦1号/ 密小穗F2群体穗长性状的QTL初步定

为了解小麦穗长性状的遗传特性,并将其应用于分子标记辅助育种,以大穗材料高麦1号/密小穗的292个植株的F2群体为材料,利用SSR标记对穗长进行了QTL定位分析.结果表明,选用500对SSR引物对高麦1号和密小穗两个亲本进行多态性检测,共获得180对在双亲问有多态性的引物,多态性引物检出率为36.0％.利用这180对引物进一步进行F2群体筛选,有96对引物在群体中表现出多态性,占多态性标记的53.3％.利用QTL_IciMapping软件构建出小麦染色体组的8个连锁群图谱,并将96对SSR引物定位到遗传连锁图谱上.图谱全长1 383.29 cM,标记间的平均遗传距离15.37 cM.平均每个连锁群有11.25个标记,含有标记最多的是4A和6B染色体,各有17个标记,其次是3A和7B染色体,含有9～14个标记,1B和5D染色体含有的标记最少,只有5～7个.共检测出7个与穗长相关的QTL位点,包括6个加性QTL和1个加性+显性QTL.7个QTL的加性效应值均为正值,单个QTL的贡献率为2.04％～15.26％.其中3A染色体上的QTL位点距离其最近标记只有0.58 cM,为连锁最紧密的一个位点,并且其加性效应值最大,可解释表型变异的15.26％.因此,3A染色体上存在控制穗长的主效基因.     

大穗材料高麦1号/密小穗F_2群体穗长性状的QTL初步定位

为了解小麦穗长性状的遗传特性,并将其应用于分子标记辅助育种,以大穗材料高麦1号/密小穗的292个植株的F2群体为材料,利用SSR标记对穗长进行了QTL定位分析。结果表明,选用500对SSR引物对高麦1号和密小穗两个亲本进行多态性检测,共获得180对在双亲间有多态性的引物,多态性引物检出率为36.0%。利用这180对引物进一步进行F2群体筛选,有96对引物在群体中表现出多态性,占多态性标记的53.3%。利用QTL_IciMapping软件构建出小麦染色体组的8个连锁群图谱,并将96对SSR引物定位到遗传连锁图谱上。图谱全长1 383.29cM,标记间的平均遗传距离15.37cM。平均每个连锁群有11.25个标记,含有标记最多的是4A和6B染色体,各有17个标记,其次是3A和7B染色体,含有9~14个标记,1B和5D染色体含有的标记最少,只有5~7个。共检测出7个与穗长相关的QTL位点,包括6个加性QTL和1个加性+显性QTL。7个QTL的加性效应值均为正值,单个QTL的贡献率为2.04%~15.26%。其中3A染色体上的QTL位点距离其最近标记只有0.58cM,为连锁最紧密的一个位点,并且其加性效应值最大,可解释表型变异的15.26%。因此,3A染色体上存在控制穗长的主效基因。     

木薯分子标记遗传连锁图谱的构建及相关性状QTL定位

用木薯推广品种KU50为母本,SC124为父本通过杂交得到包含235个单株的F1分离群体,构建了一张包含150个标记的分子遗传连锁图谱,其中EST-SSR有72个位点,SSR有58个位点,SRAP有20个位点,这些位点分布了21个连锁群,总长度为1434.48cM,标记间距为9.56cM.遗传图谱的连锁群的长度在16.89～139.63 cM,标记的间距是0.2～47.0cM,标记位点比较多的是LG1、LG2、LG4、LG9、LG10,分别是17、18、13、14、15个,而标记数最少的是LG20,只有2个标记.用IciQTLMaping3.2软件在LOD=2.5进行QTL分析,检测了块根产量(WCY)、耐寒性分析(CR11、CR12)、干物质含量(DMC11、DMC12)3个木薯数量性状,总共得到34个QTL位点,分布在12个连锁群上.其中关于WCY的QTL位点总共有17个,贡献率为21.70％～55.23％,平均贡献率为40.74％;CR11相关的QTL位点有4个,贡献率为2.97％～33.29％,平均贡献率为18.20％.与CR12相关的QTL定位有3个,贡献率为5.23％～29.85％,平均贡献率为18.28％;与DMC12性状相关的QTL位点有4个,贡献率为15.87％～38.52％,平均贡献率为26.24％;与DMC11性状相关的位点有6个,贡献率为13.84％～22.15％,平均贡献率为17.56％.     

大麦DH群体在耐低氮相关遗传连锁图谱初步构建中的运用

为给大麦耐低氮基因的发掘提供参考,以耐低氮品种BI-04和氮敏感品种BI-45为亲本,用通过花药离体培养方法得到的84个单倍加倍体(DH)后代作为作图群体进行耐低氮性遗传图谱的构建。利用376对SSR引物对亲本BI-04和BI-45进行多态性检测,共筛选出76对多态性引物,多态性频率为20.2%。利用Joinmap 4.0作图软件构建BI-04×BI-45 DH群体分子标记连锁图谱,取LOD>3.0进行分子标记连锁分析,构建了含有7个连锁群、27对标记的分子标记连锁图谱,连锁群总长度为303.6 cM,标记之间的平均遗传距离为11.24 cM。这7个连锁群包含了大麦的7条染色体,为大麦耐低氮的QTL分析奠定了一定的基础。     

一个与马铃薯青枯病抗性连锁的SRAP标记筛选

以两个马铃薯二倍体分离群体ED和CE共105个基因型为材料,利用群分法(BulkedSegregantAnalysis,BSA)筛选与马铃薯青枯病抗性基因连锁的分子标记。在8个正向引物和11个反向引物组成的88对SRAP引物组合中,筛选获得了一个与马铃薯青枯病抗性紧密连锁的SRAP标记M32,遗传连锁分析表明,该标记在ED群体和CE群体中与抗性位点之间的遗传距离分别为10.2cM和17.3cM。     

能源甘蔗亲本分子标记初步研究

应用ISSR和RAPD标记对6个能源甘蔗亲本构建的分离群体进行甘蔗亲本的分子遗传初步分析,结果显示,在供试亲本间扩增出的多态性引物中,RAPD扩增的PPB值为43.80%,平均PIC值为0.755;ISSR的PPB为46.30%,平均PIC为0.677,说明ISSR比RAPD的多态性检测水平略低,但重复性优于RAPD,利用其中的ISSR引物UBC845对5个半同胞群体的分析结果呈1∶1分离。     

甘蓝型油菜MI CMS恢复基因的RAPD标记

以MI CMS育性分离群体(宁A6/宁R1)F2为基础群体,结合BSA法,利用500条10bp的随机引物对不育与可育DNA池进行筛选,存在差异的引物再对分离群体进行检测,获得了与MI CMS恢复基因Rfm连锁的RAPD标记2个,即:OPH1590和OPS7380.他们位于恢复基因的两侧,遗传图距分别为5.6cM和17.3cM.     

银耳芽孢遗传多样性分析

利用ISSR和RAPD分子标记分析了不同来源的14株银耳芽孢多样性.4个ISSR引物和2个RAPD引物总扩增条带数为40条带,其中多态性位点数为39,多态性位点百分比97.50%.平均等位基因位点数为1.9750,平均有效等位基因位点数为1.393 1,物种水平上Nei's基因多样度指数为0.2270,Shannon遗传多样性指数为0.3559.UPGMA聚类方法对14个银耳菌株进行聚类分析,聚类结果表明,福建省内栽培的不同银耳菌种芽孢没有差异,福建省内银耳菌种比较单一,遗传背景相当狭隘;但这些菌株的芽孢与野生采集分离的银耳菌株的芽孢存在一定的差异.     

甘蓝型油菜遗传图谱的构建及开花期的QTL分析

在由两个春性甘蓝型油菜双低品种DH401（早花）和Q2（迟花）的F1代植株通过小孢子培养所获得的DH（doubled haploid）群体中，应用SSR、SRAP及AFLP标记构建了一张遗传连锁图谱，并对开花期性状进行了数量性状座位（QTL）分析。在亲本间共检测到263个有多态性的遗传标记，其中SSR标记有88个、SRAP标记101个及AFLP标记74个。其中248个标记分布于19个连锁群，总遗传距离为1634.7 cM，标记间平均遗传距离为6.6 cM，标记偏分离比例达到27.4% (p<0.01)且主要集中在第4、5连锁群。应用QTLMAPPER 1.6在武汉、和政分别检测到2个和4个控制开花期的主效QTL位点，分别解释了68.63%和75.83的开花期表型变异，其中有2个主效QTL位点在这两地同时被检测到。另外也分析了影响开花期的上位效应并探讨了本研究结果在实际育种中的意义。     

大豆M型细胞质雄性不育恢复基因标记定位

鉴于与恢复基因紧密连锁的分子标记在分子辅助选择育种中的应用前景,采用SSR标记法定位大豆CMS恢复系WR016的恢复基因.根据(W931A×WR016)F1、F2的植株育性,分析表明大豆M型不育系统为单基因配子体不育.由于大豆M-CMS恢复系WR016的恢复基因定位在A1连锁群上,利用A1连锁群上的大豆SSR引物对不育系W931A和恢复系WR016构建的F,分离群体进行分析,获得了与恢复基因连锁的三个标记Satt684、Satt276和Sat545,遗传距离分别为29.5cM、10.7 cM和14.1 cM.虽然10.7 cM还是一个较远的距离,但为进一步精确定位恢复基因,并最终克隆恢复基因打下了基础.     

玉米分子遗传图谱的构建

以R15(抗)和Ye478(感)为亲本配制F2分离群体并以该群体为作图群体。利用778对SSR引物对亲本R15、Ye478之间的多态性进行了检测,筛选出159对多态性SSR引物用于F2群体分析。利用这159对(20.4%)多态性标记构建玉米的遗传连锁图谱,其中有9个SSR标记没连锁上。其余150个标记分布于玉米的10条染色体上,覆盖玉米基因组1775.7cM,标记间平均距离为11.8cM。     

利用RAPD、ISSR分子标记分析野牡丹属亲缘关系

采用ISSR和RAPD分子标记技术对9个种44份野牡丹属种质资源进行了亲缘关系分析。结果表明:11条ISSR引物共扩增出91条谱带,其中多态性条带90条,多态性条带的比率为98.9%;16条RAPD引物共扩增出113条谱带,其中101条多态性条带,多态性比率为89.38%。2种分子标记相比较,ISSR分子标记检测出的多态性比率更高。44份野牡丹属种质明显聚为2组,种质资源遗传相似系数在0.61~0.88,平均相似系数0.75。基于不同引物的条带组合构建了供试的44份野牡丹属种质资源的ISSR和RAPD指纹图谱,采用这2种指纹图谱可对供试的所有野牡丹属种质资源进行鉴定。     

Evaluation of genetic diversity in turmeric (Curcuma longa L.) using RAPD and ISSR markers

Turmeric (Curcuma longa L.) is an industrially important plant used for production of curcumin, oleoresin and essential oil. In the present study we examined the genetic diversity among turmeric accessions from 10 different agro-climatic regions comprising 5 cultivars and 55 accessions. Two DNA-based molecular marker techniques, viz., random amplified polymorphism DNA (RAPD) and inter simple sequence repeat (ISSR) were used to assess the genetic diversity in turmeric genotypes. A total of 17 polymorphic primers (11 RAPDs and 6 ISSRs) were used in this study. RAPD analysis of 60 genotypes yielded 94 fragments of which 75 were polymorphic with an average of 6.83 polymorphic fragments per primer. Number of amplified fragments with RAPD primers ranged from 3 to 13 with the size of amplicons ranging from 230 to 3000 bp in size. The polymorphism ranged from 45 to 100 with an average of 91.4%. The 6 ISSR primers produced 66 bands across 60 genotypes of which 52 were polymorphic with an average of 8.6 polymorphic fragments per primer. The number of amplified bands varied from 1 to 14 with size of amplicons ranging from 200 to 2000 bp. The percentage of polymorphism using ISSR primers ranged from 83 to 100 with an average of 95.4%. Nei's dendrogram for 60 samples using both RAPD and ISSR markers demonstrated an extent of 62% correlation between the genetic similarity and geographical location. The result of Nei's genetic diversity (H) generated from the POP gene analysis shows relatively low genetic diversity in turmeric accessions of South eastern ghat (P7), Western undulating zone (P8) with 0.181 and 0.199 value whereas highest genetic diversity (0.257) has been observed in Western central table land (P9). Knowledge on the genetic diversity of turmeric from different agro-climatic regions can be used to future breeding programs for increased curcumin, oleoresin and essential oil production to meet the ever-increasing demand of turmeric for industrial and pharmaceutical uses.