SSR标记技术在甜瓜杂交种纯度检验中的应用

 以两个甜瓜杂交品种(系) ‘东方蜜1号’和‘01231’及其亲本为材料, 用SSR分子标记技术研究杂种与其双亲之间扩增谱带的多态性, 以甄别真假杂种。所试验的23对SSR引物中有8对引物分别在两个甜瓜杂交种和其双亲之间存在扩增多态性, 表现为: 多数SSR引物对自交系的扩增只出现1条带,但部分引物在某些自交系中扩增出2条带, 杂交种条带均为父母本的互补型, 很适合做杂交种纯度鉴定。用引物M6 对‘东方蜜1号’和引物M17对‘01231’各100粒单种子进行SSR鉴定, 所测纯度分别为100%和96% , 与田间纯度99.6%和96.2%非常接近, 显示出SSR标记技术在甜瓜杂交种子纯度的室内快速检测中有广泛应用前景。     

SSR标记鉴定甜瓜品种‘红月亮’种子纯度

为明确甜瓜品种‘红月亮’F1代的种子纯度,通过提取甜瓜‘红月亮’子叶DNA,利用SSR(Simple Sequence Repeats)分子标记对甜瓜品种红月亮F1代种子DNA进行了PCR扩增、检测与分析。结果表明,在20个SSR引物组合对亲本及F1代筛选中,共有6对引物组合具有多态性,多态率30%。选择CMBR026用于‘红月亮’F1代种子纯度鉴定,使用该标记共检测118株,其中2株为自交株,种子纯度为98.3%;试验用的‘红月亮’种子田间鉴定纯度为99.5%,鉴定结果一致。SSR分子标记方法更能准确鉴别出‘红月亮’中的不纯株,且大大缩短纯度鉴定周期。     

利用SSR技术鉴定西瓜品种纯度

利用SSR分子标记技术对‘雪龙三号’西瓜品种及其亲本间的多态性进行了引物筛选和种子纯度研究。结果表明,在供选的23对SSR核心引物中,有2对引物(BVWS02048和BVWS00106)在‘雪龙三号’杂交种及其亲本的带型具有多态性。利用这2对引物对‘雪龙三号’进行纯度鉴定,鉴定结果均为98%,与大田纯度检测结果吻合率达99%,说明SSR分子标记对‘雪龙三号’的纯度鉴定结果是可靠的。同时2对引物鉴定结果的一致也验证了品种的真实性。     

SSR标记鉴定甜瓜品种‘红月亮’种子纯度

为明确甜瓜品种‘红月亮’F1代的种子纯度,通过提取甜瓜‘红月亮’子叶DNA,利用SSR（SimpleSe—quenceRepeats）分子标记对甜瓜品种红月亮F。代种子DNA进行了PCR扩增、检测与分析。结果表明,在20个SSR引物组合对亲本及F。代筛选中,共有6对引物组合具有多态性,多态率30％。选择CMBR026用于‘红月亮’F1代种子纯度鉴定,使用该标记共检测118株,其中2株为自交株,种子纯度为98．3％;试验用的‘红月亮’种子田间鉴定纯度为99．5％,鉴定结果一致。SSR分子标记方法更能准确鉴别出‘红月亮’中的不纯株,且大大缩短纯度鉴定周期。     

利用SSR分子标记技术快速鉴定津甜100甜瓜种子纯度

利用SSR分子标记技术鉴定甜瓜种子纯度,是甜瓜种子生产、销售过程中的关键环节,对甜瓜产业发展具有重要意义。利用津甜100亲本对24对甜瓜SSR引物进行多态性筛选,得到多态性高、在F₁代中条带差异较大的2对引物。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对F₁群体进行鉴定,鉴定结果与田间鉴定结果一致,纯度均为99.0%。因此,笔者筛选得到多态性高、条带差异大的2对引物,可鉴定津甜100甜瓜种子。     

西瓜品种‘蜜多’种子纯度SSR标记鉴定

为了准确、快速鉴定西瓜杂交种纯度,建立8424类型西瓜品种的SSR分子标记纯度鉴定体系。基于23对西瓜SSR核心引物,对天津市静海区主要种植的8424类型西瓜品种‘蜜多’进行分子标记纯度鉴定。从供试引物中,总共筛选到4对在双亲上具有多态性差异的特异性引物,并从中选出2对多态性良好,条带清晰的引物10号和22号,应用于‘蜜多’的分子标记纯度鉴定。对4份杂交F_1代样品进行分子鉴定,结果分别为97.4%、94.9%、98.1%、97.8%,对比分子鉴定结果和田间形态学鉴定结果,结果偏差≤1.5%,表现出高度一致。研究结果表明,SSR分子标记适用于该品种纯度鉴定,并可以取缔田间表型鉴定,实现准确、快速检测。     

利用SSR标记快速鉴定西瓜杂交种纯度

为了快速高效地鉴定杂交种纯度,建立完善的西瓜杂交种纯度SSR分子标记鉴定技术体系。利用30对杂合率高、多态性高的SSR引物对‘豫艺360’‘豫艺黑小宝’‘国豫二号’和‘甜王’这4份在河南省广泛种植的西瓜杂交种父母本进行筛选,筛选出7对条带清晰、多态性较好的引物。通过PCR反应体系扩增及凝胶电泳进行纯度分析,对4份杂交种的F_1样本进行鉴定,纯度分别为91.1%、93.2%、92.6%、91.4%,将分子标记鉴定结果与田间形态学鉴定的结果相比对,两者偏差≤2%,在允许范围之内,表现出高度一致。     

黄瓜新品种‘津优401’种子纯度的SSR鉴定

为了改变现有的田间检测周期长以及受气候条件影响的弊端,建立一种高效、准确的纯度检测方法,采用SSR分子标记技术对黄瓜新品种‘津优401’种子的纯度鉴定结果进行比较。结果表明:在备选的100对引物中有12对引物在亲本间出现多态性互补的条带,尤其引物N67和N87,由于它们的特异性强、条带清晰的特点以及与田间鉴定的高度吻合被选为鉴定‘津优401’黄瓜新品种种子纯度的标记引物,从而将以往该品种种子纯度鉴定的时间从2~3个月缩短到4~5 h。     

利用多重PCR鉴定西瓜杂交种纯度

为快速、高效鉴定西瓜杂交种纯度,建立一套完善的SSR分子标记鉴定体系,利用覆盖西瓜全基因组的192对SSR标记对小果型西瓜品种‘锦霞八号’亲本进行多态性筛选,共获得36个条带清晰、多态性好的SSR标记,多态性率为18.8%,这些标记分别位于西瓜第1、2、3、4、5、6、8、10、11号染色体。根据这些多态性标记的扩增片段大小,从中选出4对进行双重PCR和三重PCR分组扩增,成功建立了‘锦霞八号’杂交种的双重和三重PCR纯度鉴定体系。3组标记鉴定结果基本吻合‘,锦霞八号’杂交种的纯度为100%。将标记鉴定结果与田间形态学鉴定结果对比,2种方法鉴定的结果高度一致。将三重PCR技术用于鉴定西瓜杂交种纯度,为西瓜杂交种纯度快速高效鉴定奠定了研究基础。     

'吉椒15号'和'吉椒16号'辣椒种子纯度SSR分子标记鉴定体系的初步建立

以‘吉椒15号’和‘吉椒16号’辣椒及其亲本为研究材料,筛选快速鉴定其种子纯度的SSR分子标记。结果发现,72对候选SSR引物中,有6对在杂交种及亲本之间具有多态性且重复性好的共显性标记,其中SSR11、SSR16、SSR34、SSR48及SSR52分别在‘吉椒15号’及其亲本间具有多态性,SSR11、SSR14、SSR16及SSR52分别在‘吉椒16号’及其亲本间具有多态性,上述6对SSR引物可以作为鉴定种子纯度的分子标记。研究结果表明,采用单个SSR标记或2～3个组合标记可以快速鉴定出‘吉椒15号’和‘吉椒16号’辣椒种子中混杂的母本或异形株,SSR分子标记鉴定体系的初步建立可以为辣椒种子纯度的鉴定工作提供便利。     

甜瓜分子标记纯度鉴定研究

以2个甜瓜品种西域雪1号、西域雪2号及其亲本为试材,建立并优化了单粒种子DNA快速提取法和适合甜瓜的RAPD、SSR分子标记杂交种纯度鉴定体系。从100条随机引物中筛选出G17用于西域雪2号纯度鉴定,可有效区分母本和杂交种。从19对SSR引物中筛选出9对稳定扩增、多态性丰富的引物构建西域雪1号、西域雪2号的SSR指纹图谱。SSR分子标记用较少引物即可扩增出品种特异性条带,且多数F1代带型呈双亲互补,非常适合种子纯度鉴定。同时,使用高浓度、非变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染,条带更清晰,可区分只相差1个碱基的扩增片段,同RAPD相比,SSR分子标记更适合甜瓜杂交种纯度快速鉴定。     

西瓜杂交种纯度SSR分子鉴定技术研究

以西瓜杂交一代品种黑宝、红与黑、黑优美及其亲本为试验材料,利用SSR标记对西瓜杂交种纯度进行了快速鉴定筛选试验。从93对SSR引物中最终筛选到4对特异性引物可快速准确地区分父本、母本及F1代,且鉴定结果与大田鉴定结果一致;同时对西瓜大群体快速基因组DNA提取、PCR扩增等进行了优化,初步建立了西瓜杂交种纯度SSR分子鉴定技术体系。     

Functional characterization of watermelon (Citrullus lanatus L.) EST–SSR by gel electrophoresis and high resolution melting analysis

The present work was conducted to characterize the functionality of 257 watermelon EST–SSR primer pairs for their PCR amplification and polymorphisms. EST–SSR markers were tested on DNA sample panels of six watermelon cultigens and two related species of Citrullus lanatus var. citroides and Citrullus colocynthis based on agarose gel electrophoresis and high resolution melting (HRM) analysis. Successful PCRs were shown for 240 primer pairs (79%), and 173 primer pairs (67%) were polymorphic in a watermelon DNA sample panel on agarose gel electrophoresis. In addition, HRM analysis of 24 EST–SSR markers that were monomorphic on agarose gel separation identified an additional 19 polymorphic markers, indicating that HRM is an efficient tool for the rapid screening of sequence variations and allele discrimination. In the assessment of genetic relationships, six watermelon cultivars were closely related together (0.91–0.97) and demonstrated a narrow genetic base in the watermelon genetic pool. A high level of genetic dissimilarity (0.36–0.97) was shown between watermelon species and other related species. Marker transferability to melon species (Cucumis melo L.) was examined by cross-species PCR amplification and genetic diversity assessment in eight melon cultigens. Of the 257 EST–SSR primer pairs, 79 (32.9%) showed successful PCR amplification from melon DNA samples. A dendrogram of the genetic relationship based on 22 EST–SSR markers showed a clear classification of melon genotypes in accordance to fruit characteristics. The EST–SSR markers characterized in this study will contribute to diverse genomic investigations and breeding efforts, including comparative genome mapping, marker-assisted selection, and DNA fingerprinting for genetic diversity and cultivar identification in many cucurbit crops.     

利用SSR分子标记鉴定“中丝2号”丝瓜杂交种纯度

为了建立一套丝瓜种子纯度的快速鉴定方法，采用SSR分子标记对丝瓜杂交一代品种“中丝2号”的纯度进行鉴定，利用24对SSR引物对“中丝2号”丝瓜及其亲本的DNA进行扩增。结果表明：从24对引物中筛选出1对特异性引物ZS-SSR24，能够分别在“中丝2号”母本和父本中扩增出特异的2条多态性条带，大小分别为220 bp和250 bp,F1继承双亲的特异性条带，利用此标记能够鉴定出混在F1中的父本或母本。经田间鉴定，供试丝瓜种子纯度为91.3%，这与分子标记的结果完全吻合，故该标记能够用于“中丝2号”丝瓜品种的纯度鉴定。     

基于SRAP的三倍体无子西瓜品种指纹分析和杂种纯度鉴定

为了解三倍体无子西瓜品种SRAP(Sequence-Related Amplified Polymorphism)扩增特点及其在三倍体西瓜杂种纯度鉴定中的适应性,利用SRAP引物组合对当前生产上推广的9个三倍体无子西瓜品种进行了指纹分析和杂种纯度鉴定研究。结果表明,1)30对引物组合中筛选出多态性引物组合24对,共产生109条多态性带,平均每对引物组合产生多态性带4.5条,单个组合的多态性比率在12.5%～80%。2)结合多对SRAP引物组合,可以鉴别不同品种。3)在黑蜜5号及其父母本的指纹分析中,发现有1对引物组合(ME4/EM3)在黑蜜5号杂交种上扩增出了特异的条带,可以区分母本和杂交种,试验证明该引物组合能够用于黑蜜5号的杂种纯度鉴定。     

甜瓜杂交种SSR指纹图谱的构建

以2个甜瓜杂交品种(系)的种子东方蜜1号和01-31为试材,从63对SSR引物中筛选出10对扩增产物具有稳定多态性的引物,这些引物分布在甜瓜整个基因组,每对引物可以检测到2～4个数目不等的多态性片段(allele),共27个多态性片段,平均为2.7个,片段大小介于85￣270bp之间,并从入选的10对SSR引物中选出7对构建了这2个甜瓜杂交种的指纹图谱。在比较分析各试材图谱的基础上,探讨了品种指纹图谱的统计学方法,并对构建的2个甜瓜杂交种的指纹图谱进行了可信度分析,建立了适于种子检验中使用的标准SSR标记指纹图谱。实验表明,利用SSR技术进行甜瓜杂交种的纯度鉴定是可行的、有效的。     

川翠3号黄瓜SSR指纹图谱的构建及种子纯度鉴定

为了建立杂交黄瓜品种川翠3号的快速纯度鉴定体系,用164对全基因组覆盖的SSR引物对川翠3号及其亲本进行了多态性筛选及纯度鉴定。其中4对引物表现出稳定的共显性,电泳图谱清晰、易分辨,特异性强,对川翠3号种子鉴定纯度为99.0%,真、假杂种编号与田间鉴定结果一致,可以用来区别其中混杂的母本、父本及其他种子,说明这4对引物组成的指纹图谱能为川翠3号杂交种的真伪鉴定、纯度检测及亲本提纯等提供准确的技术指导。