国家果树种质南京桃资源圃初级核心种质构建

 利用国家果树种质南京桃资源圃中保存的630份资源的60个描述项信息,通过比较分组、逐步聚类和随机3类取样方法,以及取样比例的筛选,进行了初级核心种质构建研究。结果显示：逐步聚类取样方法优于分组取样和完全随机取样方法;逐步聚类取样方法的最适取样比例为15%;不同聚类模型间存在差异,聚类后的取样方法间也存在差异;欧式距离和内平方距离法逐步聚类后优先选取高均偏种质的方法更适宜桃初级核心种质的构建。通过缺失表型添加,构建的初级核心种质包括99份资源,占原始库的15.7%,具100%表型保留比例。经多样性指数、表型方差、变异系数检验,以及数量性状的均值和极差符合率检验,初级核心种质具有良好的代表性。     

基于形态数据的大白菜核心种质构建方法的研究

 以国家蔬菜种质资源中期库收集保存的1 651份大白菜种质为试材,按照大白菜分类系统和生态型,采用分层分组法,将所有种质分为6组。基于43个形态性状的数据,比较了4种组内取样比例法、6种总体取样规模和2种取样方法在构建大白菜核心种质中的作用和效果。结果表明：组内以多样性比例法更能使各组的取样份数或比例趋于平衡,并较好地保持原始收集品的变异度。当总体取样规模为15%时,多样性比例法所构建的核心种质的遗传多样性指数达到最大,表型保留比例亦能达到98％左右;而当总体取样规模增加到20%以上时,虽然表型保留比例接近100％,但核心种质遗传多样性指数迅速降低。因此,认为15%总体取样规模较为合适。在一定的组内取样比例法和总体取样规模下,聚类取样构建的核心种质的遗传多样性指数（I）、表型保留比例（RPR）和变异系数（CV）均比随机取样的高。根据获得的优化方案最终在表型水平建立了包含248份种质的中国大白菜核心种质。     

山东省牡丹核心种质的构建策略研究

牡丹是我国十大传统名花之一,栽培品种丰富.以山东省菏泽市332个牡丹品种为材料,通过对其22个数量及质量性状的调查研究,采用按花型分组的方案,选取5个总体取样比例及4个组内取样策略,共组成20种不同的取样策略进行比较,以获得最佳核心种质.研究表明:当总体取样比例由15%增至25%时,表型保留比例上升不明显,因此选择15%作为总体取样比例.组内最佳取样策略为S策略.在332个牡丹品种中选出50个,再加入10个优良性状突出品种和珍稀品种,最终构建的山东省牡丹核心种质的品种为60个.     

基于果实相关性状的江西野生毛花猕猴桃初级核心种质的构建方法研究

【目的】利用在江西省南城县、宜黄县境内收集的118份野生毛花猕猴桃资源果实的20个表型性状,研究野生毛花猕猴桃初级核心种质的构建方法。【方法】采取逐步聚类,在30%取样比例下,以欧式距离为遗传距离,对3种取样方法(随机取样、偏离度取样和优先取样)、4种系统聚类方法(类平均法、离差平方和法、最长距离法和最短距离法)进行比较,以筛选出的最佳构建策略进一步比较不同取样比例(15%、20%、25%、30%、35%及40%)的构建效果,从而确定最适取样比例。【结果】(1)比较3种取样方法表明,采用优先取样法优于其他2种取样方法;(2)比较4种聚类方法表明,类平均法优于其他3种聚类方法;(3)最适取样比例为30%。【结论】通过主成分分析法验证表明,在30%取样比例下,采取欧式距离,利用类平均法进行逐步聚类,结合优先取样法构建的野生毛花猕猴桃初级核心种质能够最大程度地保留原始种质的遗传信息。     

利用ISSR分子标记构建南疆杏种质资源核心种质

【目的】探讨分子水平构建南疆杏核心种质的方法,建立最适核心种质。【方法】以138份南疆杏种质资源为材料,根据SM、Jaccard和NeiLi遗传距离,采用UPGMA聚类法进行多次聚类,以随机取样策略为对照,利用位点优先取样策略研究核心种质构建的方法;采用丢失的等位基因数以及遗传多样性各指标进行t检验来确定最适构建方法;分别将核心种质与原种质和保留种质进行t检验和遗传多样性比较,以此来评价核心种质的代表性;并用主坐标轴分析法和表型性状对核心种质进行确认。【结果】位点优先取样策略优于随机取样策略;通过Jaccard遗传距离构建的核心种质要优于SM和NeiLi遗传距离;采用主坐标轴分析法和表型数据分析显示,利用位点优先取样策略和Jaccard遗传距离构建的核心种质能够较全面的代表原种质的遗传多样性;31份核心种质资源,保留了原种质22.46%的样品,多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数的保留率分别达到92.37%、97.62%、98.82%、102.52%、107.17%和106.36%。【结论】采用位点优先取样策略和Jaccard遗传距离进行多次聚类,是较适宜的构建南疆杏种质资源核心种质的方法,构建的31份核心种质能全面代表原种质的遗传多样性。     

不同分组取样方法初步构建山葡萄核心种质的研究

根据SSR分析结果的聚类情况,采用3种方法构建124份山葡萄种质资源的核心种质,通过比较基因型数、等位基因、有效等位基因、Shannon多样性指数和基因多样度,证明采用逐步聚类法构建的核心种质代表性较好。在此基础上,考虑到雄花山葡萄的特异性和山葡萄品种在实际生产、科学研究上的重要性,人为补充了未入选的雄花山葡萄和山葡萄品种(共10份资源)。利用该法构建了由41份材料组成的山葡萄资源核心种质(取样比例占总样本的33.1%),其中野生种质资源33份,占核心种质的80.5%;选育品种8份,占核心种质的19.5%;从花型来看,雌花资源27份,占核心种质的65.8%,两性花和雄花资源各7份,各占核心种质的17.1%。山葡萄核心种质的基因型数、等位基因、有效等位基因、Shannon多样性指数和基因多样度的保留率分别为86.7%、97.9%、100.0%、99.0%和99.8%,表明构建的41个山葡萄样本的核心种质能在遗传多样性上很好地代表初始种质。     

利用表型性状构建新疆野杏种质资源核心种质

【目的】以135份新疆野杏株系为试材,根据叶片、果实、果核和果仁等器官35个表型性状的遗传多样性,研究新疆野杏核心种质构建的方法。【方法】采用逐步聚类法,以25%的取样比例为例,通过3种取样策略、2种遗传距离和4种系统聚类方法相互组合构建了24个核心种质。并以筛选出的最佳构建策略进一步比较8种不同取样比例(15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%和50%)对构建核心种质的影响,以此来选择最适取样比例。通过对原种质、保留种质和核心种质的表型遗传多样性和变异程度,及各种质不同数量性状间的t检验来评价核心种质的代表性;并用主成分分析法对核心种质进行确认。【结果】构建新疆野杏核心种质时,2种遗传距离中欧氏距离优于马氏距离,4种聚类方法中离差平方和法优于另外3种,3种取样策略中优先取样策略较适宜新疆野杏核心种质的构建,而偏离度取样策略和随机取样策略则不适宜;25%是最适宜的取样比例;对核心种质的评价和确认表明,所构建的33份野杏核心种质资源可以很好地代表原种质,较好的保留了原种质的遗传多样性和变异。【结论】取样比例为25%时,采用优先取样策略,根据欧氏距离和离差平方和法进行逐步聚类构建的核心种质最有代表性,是构建新疆野杏核心种质的较好方法,并得到了33份代表种质,为野杏资源的有效保存奠定了基础。     

基于表型性状的甜瓜核心种质构建

【目的】以国家西瓜甜瓜种质资源中期库中的1 200份甜瓜种质为材料,根据19个表型性状的遗传变异,构建甜瓜核心种质。【方法】原始种质按照地理来源分为22组,各组种质根据表型数据分别进行聚类,按照不同比例(10%、15%、20%、25%和30%)取样,构建候选核心种质。通过比较候选样本的遗传多样性指数、表型保留比例、表型频率方差、变异系数等4个检验指标,最终确定甜瓜核心种质,并对其代表性进行评价。【结果】通过比较不同的取样比例,初步获得5个候选样本,其中采用15%的取样比例构建的核心种质包含189份甜瓜种质,其4个检验指标均达到最佳水平,确定为最终的核心种质。此核心种质各性状的特征值和表型频率分布与原始种质基本一致。【结论】研究所构建的甜瓜核心种质具有较好的代表性和遗传多样性,可作为原始种质代表性样本。     

基于SSR 标记构建平菇栽培品种核心样本方法的探讨

 为了探讨基于DNA分子标记构建平菇栽培品种核心样本的方法,基于48个平菇栽培菌株的11个SSR位点,根据遗传距离进行UPGMA聚类,采用位点优先取样策略,结合表型性状,在不同SSR等位基因保留比例（100%、95%、90%、85%、80%）水平上构建核心样本,进而确定取样量。采用稀有等位基因保留比例以及对Nei’s基因多样度和Shannon’s信息指数进行t检验,评价核心样本的代表性,并且根据表型保留比例以及极差、均值和标准差的符合率对核心样本的代表性作进一步确认。结果表明：采用位点优先取样策略,在等位基因保留比例为95%的水平上构建的核心样本能够以最小的样本量最大限度地代表原种质的遗传多样性。     

基于优化LDSS法的中国李（Prunus salicina）初级核心种质构建

核心种质的构建不仅能够提高种质资源的保存效率、方便资源管理,而且有利于种质资源的深入研究和种质创新。以国家果树种质熊岳李杏圃中保存的405份中国李为材料,依据46个农艺性状的鉴定数据,在按品种类群和杂交类型分组的基础上采用S策略和优化后的最小距离逐步取样法（ILDSS）经2次抽样构建出中国李初级核心种质。该核心种质样本...     

Construction and evaluation of a primary core collection of apricot germplasm in China

As the origin center of apricots, China has the richest apricot germplasm resources. The establishment of core collections is very important for a better evaluation and utilization of apricot germplasm. In this study, 1501 apricot accessions from the initial collections in China were used to sample and establish a primary core collection. Data of 18 traits including both quantitative and qualitative were collected and used to design sampling strategy. The overall sampling strategy includes principles for grouping, sampling proportion within group and sampling method from each group. Three sampling proportions 5%, 10% and 15% were used in the study. Our results suggest that 10% was the best entire sampling ratio for primary core collection of apricots. With 10% entire sampling ratio, the optimal sampling strategy was to group samples based on their growing regions, in combination with logarithmic sampling proportion within each group. Using this sampling strategy, we have established a primary core collection with 150 accessions, and the primary core collection can well represent the genetic diversities of the entire collection. The genetic diversity of the apricot primary core collection was further analyzed using Simple Sequence Repeats (SSRs) molecular marker technique. A total of 22 polymorphic specific primers were developed and 196 alleles were detected. The average number of alleles in each locus was 8.9, suggesting that there were very rich genetic variances among the prime core collection. This also confirms that our primary core collection is a good representation of the genetic diversities of the whole collections at DNA level.     

中国地方胡萝卜品种资源的核心样品构建

 以340份我国地方胡萝卜品种为材料, 通过对4个数量性状和9个质量性状的评价进行聚类分组, 设定适宜的阈值, 以靠近阈值最近的材料作为候选样品, 分别按10%、15%和20%比例初步构建了胡萝卜3个核心种质。对3个核心样品13个性状基本参数与总体资源比较的结果表明, 3个核心样品的β - 胡萝卜素、干物质及维生素C的含量平均值均与总体资源存在显著差异, 但核心样品的4个数量性状与总体资源符合度(表型保留比例) 比较好。核心样品9个质量性状表现型频率与总体无显著差异, 符合度均达到了100%。随着取样比例的减少, 核心样品的地域分布迅速减少, 10%核心样品的分布省市数比总体资源减少了8个, 资源主要来源省市所占比例由原来的50%降到了35%。因此, 建议以15%～20%作为构建小规模胡萝卜资源核心样品的适宜比例。     

黄瓜种质核心样本构建方法初探

 对来自不同国家或地区的90份代表性黄瓜种质进行了RAPD分析, 并利用其数据对构建黄瓜核心样本的方法进行了探讨。在聚类分析的基础上, 分别按初选核心样本的10%、15%、20%、25%、35%和45%抽取核心样本, 通过对它们的多态位点数、丢失位点数和遗传多样性指数的比较, 认为25%左右是构建黄瓜种质核心样本较为理想的比例; 另外经过对组内随机取样法、最大离差度法和最大遗传距离法3种不同抽样方法的比较, 认为最大遗传距离法较为适合用RAPD数据构建黄瓜核心样本。进一步的验证表明, 按上述方法构建的核心样本能比较好地代表初选核心样本, 同时也不能忽视保留样本的作用。     

基于EST-SSR标记与果实品质性状的贵州野生刺梨核心种质构建

采用10对EST-SSR引物和9个果实品质性状指标对收集的220份野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt)资源的遗传多样性进行分析,结果表明:10对EST-SSR引物共扩增出多态性条带27条,多态百分率为76.67%;9个品质性状中平均单果质量、可滴定酸、固酸比、维生素C和类黄酮含量的变异系数达到20%以上;说明该220份贵州野生刺梨种质资源遗传变异丰富,遗传多样性分布范围较广,适于进行核心种质的构建研究。进一步将9个品质性状指标进行6级分类,并处理为9个品质标记共产生54条多态带,与EST-SSR标记一起,采用Nei’s遗传距离进行UPGMA聚类,同时采用位点优先取样策略进行核心种质构建,以表型保留比例、均值差异百分率、方差差异百分率、极差符合率、变异系数变化率、多态性位点百分率、Nei’s基因多样性指数、Shannon’s信息指数等对核心种质进行评价,并利用主坐标分析法对核心种质进行确认。结果表明:构建的32份核心种质在分子水平,表型水平及地区分布上都能够代表原种质的遗传多样性。     

加工番茄核心种质构建及其遗传背景分析

基于50年来收集的3 026份加工番茄不同类型种质资源,分别利用20个表型性状和均匀覆盖12条染色体的46个SNP标记,采用5种不同方法（Mstrat、Random、REMC、SBS和SFS）构建了10种初始核心种质。通过对其代表性评价与分析,最终确定了加工番茄最佳核心种质。Mstrat是构建加工番茄亚群核心种质的最佳方法,采用10%抽样比例所构建的302份最佳核心种质GCC1对原始种质的遗传结构和多样性均具有较好的代表性。通过对原始种质群体结构和主成分分析,加工番茄种质资源可分为2个较大的群体,遗传背景分别是基于代表性材料普通栽培番茄E6203和M82,所构建的GCC1核心种质均匀分布在原始种质资源群体。     

基于SSR标记和表型性状构建苦瓜核心种质的研究

利用苦瓜21个SSR标记和9个表型性状数据,对地理来源多样的184份苦瓜种质资源进行核心种质构建.结合基因型数据的M策略抽样法和表型数据的随机抽样法,共抽取出34份苦瓜种质资源作为核心种质.34份苦瓜核心种质保留了原始种质93.46％的等位基因和大部分地理来源.对核心种质的SSR基因型代表性进行评价,核心种质和原始种质...