蔬菜虫害防控创新团队在小菜蛾蛋白质基因组研究方面获得突破

正蔬菜虫害防控创新团队在小菜蛾蛋白质基因组方面取得重要突破,相关研究成果近期在线发表在蛋白组学权威期刊MolecularCellular Proteomics(分子与细胞蛋白组学)上。随着高通量测序技术的不断发展,上万种生物的全基因组DNA序列被测序完成。其基因组的注释主要基于预测软件和已知蛋白的同源搜索,不可避免地导致编码蛋白质基因的错误注释     

果树全基因组测序现状与展望

全基因组测序可以获得物种的基因组序列信息,对于探索物种起源和进化过程及基因的开发利用等研究至关重要。本文中综述了7种重要果树(苹果、柑橘、葡萄、梨、草莓、香蕉和桃)的全基因组测序研究进展,探讨果树全基因组测序目前存在的问题,并对未来果树全基因组测序、DNA测序技术的选择、测序后的研究方向、测序数据的开放性等问题进行讨论。     

草菇全基因组框架图

采用Roche 454 GS FLX测序技术和Solexa测序技术相结合,进行了草菇(Volvariella volvacea)全基因组的测序,最终获得了长度为35.67Mb的草菇全基因组序列。通过生物信息学预测,获得了11097个蛋白编码基因,其中5516个基因有明确的功能注释信息。这是在国际上首次报道的草菇基因组框架图。     

番木瓜成熟过程中全基因组DNA甲基化和转录组变化分析

采用全基因组DNA甲基化(WGBS)和转录组测序(RNA-seq)技术对番木瓜4个成熟时期(绿熟期、破色期、熟化期、腐熟期)的果实样品进行高通量测序.C位点、CG、CHG和CHH序列平均甲基化水平分别为17.15％、49.33％、34.30％和8.28％.全基因组DNA甲基化水平在果实成熟过程中持续下降,同时差异表达基...     

氯化苄法提取植物内生放线菌基因组DNA

以植物内生放线菌菌株GL0806123为试材,用氯化苄快速提取植物内生放线菌菌株GL0806123基因组DNA。建立用氯化苄提取植物内生放线菌基因组DNA的方法。结果表明:用氯化苄法能够成功提取植物内生放线菌菌株GL0806123基因组DNA,以此为模板PCR扩增出16S rDNA区段,测序后可用于菌种鉴定。氯化苄法是一种快速提取植物内生放线菌基因组DNA的方法。     

山楂属植物中苹果褪绿叶斑病毒的RT-PCR检测及病毒脱除方法

【目的】建立优化的山楂属植物苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)的RT-PCR检测体系,获得以山楂组培苗为试材的高效ACLSV脱除方法。【方法】基于转录组高通量测序解析的山楂属植物ACLSV基因组序列设计病毒检测引物,比较c DNA模板浓度、Taq DNA聚合酶种类及采样部位对病毒RT-PCR检测效果的影响。通过组培苗热处理和培养基中添加三氮唑核苷来脱除山楂植株中的ACLSV。【结果】基于转录组高通量测序获得的2个ACLSV山楂分离物的全基因组序列设计并筛选出适合于山楂属植物ACLSV的RT-PCR检测引物。建立了优化的山楂属植物ACLSV的RT-PCR检测体系。对80份山楂样品进行病毒检测,其中有18个样本检测出ACLSV,带毒率为22.5%。比较了热处理(37℃、30d)、化学处理(培养基中添加20 mg·L-1的三氮唑核苷,处理40 d)、热处理与化学处理结合方法(处理30 d)3种方法对山楂组培苗中ACLSV的脱除效率,表明热处理或热处理与化学处理结合的方法能够完全脱除山楂中的ACLSV,而单独化学处理的脱毒率不能达到100%。【结论】建立了优化的山楂属植物ACLSV的RT-PCR检测体系,表明组培苗热处理是脱除山楂植株中ACLSV的有效方法。     

国际马铃薯和番茄基因组测序进展

 国际番茄基因组项目计划精细测定220 Mb的常染色质区域,马铃薯基因组项目计划测定全基因组840 Mb的DNA序列。中国是两个项目的参与国,负责番茄染色体III,XI和马铃薯染色体X,XI的测序工作。基于番茄和马铃薯基因组间存在着高度的相似性,在二者染色体XI的测序的同时运用了比较测序的方法。     

杞柳丰产栽培技术

杞柳(Salix purpurea L.),别名簸箕柳、绵柳,杨柳科柳属落叶丛生灌木.杞柳柳条芯细长、柔韧、色泽白亮,是编织生活、生产用具和工艺品的主要原料;杞柳叶形、花序极其优美,又是较好的庭院观赏植物,在园艺绿化、水土保持等方面具有广泛的应用前景.杞柳喜水湿,尤适于沟坡、湖边和淤积的河滩低湿地栽植,且一次栽植,多年收条,成本低,效益高,是重要的经济树种.     

基于In-fusion技术的ERECTA基因植物表达载体的构建

以黄瓜品种‘长春密刺’(CCMC)为试材,利用高保真酶Iproof及不依赖于酶切的In-fusion技术,构建基于本底启动子驱动的黄瓜ERECTA基因的植物表达载体,以探讨ERECTA基因在黄瓜中的功能,以期为黄瓜抗性性状的遗传改良提供技术支持。结果表明:从CCMC的基因组DNA中克隆的2段gERECTA(DNA序列)长度分别为8 940bp和9 812bp,并分别命名为CsgERECTA-Flag和CsgERECTA-Poly。经过质粒PCR、梯度片段PCR和测序结果的鉴定表明,pCAMBIA3301-gERECTA的2个植物表达载体都已成功构建并转入根癌农杆菌EHA105中。     

植物细胞质雄性不育的研究进展

细胞质雄性不育(CMS)是植物普遍存在的一种现象,在生产应用与基础研究中具有显著优势。利用CMS雄性不育系进行杂交制种是当前杂种优势利用的有效途径,具有F1纯度高、制种简单、亲本不易流失等优点。本文综述了细胞质雄性不育分子机理的研究进展,讨论了叶绿体基因组(cp DNA)及线粒体基因组(mt DNA)与细胞质雄性不育的关系,为以后植物雄性不育及其育性恢复基因的研究提供理论参考。