猪源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测试剂盒的研制

根据Gen Bank中猪源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因floR的序列设计1对特异性引物,扩增出floR基因片段,克隆到p MD-18T载体上,构建p MD-18T-floR阳性标准质粒。通过SYBR GreenⅠ荧光定量PCR反应条件的优化、荧光定量PCR标准曲线的建立、熔解曲线的分析及敏感性、特异性、重复性试验,建立针对猪源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因floR的荧光定量PCR检测方法,并研制出检测试剂盒,同时对从养殖场分离的156株大肠杆菌进行耐药表型和耐药基因检测。结果显示,研制的试剂盒灵敏度可达1.0×101拷贝,重复性好,特异性强,对大肠杆菌磺胺类耐药菌株、β-内酰胺类耐药菌株、大环内酯类耐药菌株检测均为阴性,熔解曲线分析,扩增产物的熔解温度为88.8~89.2℃,没有引物二聚体和非特异性扩增峰出现,耐药表型与耐药基因检测符合率为96.7%。表明研制的试剂盒适合于临床样品猪源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因的检测。     

猪传染性胸膜肺炎放线杆菌磺胺类药物耐药基因的检测

为了解河南省及周边地区规模化猪场猪传染性胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)对磺胺类药物的耐药情况,本研究从河南省及周边地区49个规模化猪场的肺脏和气管中分离出79株疑似APP菌株,血清型鉴定结果显示,分离菌株为1、2、3、5、7、8、9、10型APP,采用纸片扩散法对分离株进行了耐药表型鉴定,同时采用PCR方法对磺胺类药物耐药基因进行了检测。药敏试验结果显示,APP对磺胺类药物的耐药率为100%(79/79)。根据Gen Bank中登录的序列,设计了3对特异性引物,对磺胺类药物的耐药基因Sul1、Sul2、Sul3进行扩增检测。耐药基因检测结果显示,分离的79株细菌中,Sul2基因检出率为100%(79/79),Sul1基因的检出率为79.75%(63/79),Sul3基因的检出率为89.87%(71/79),Sul1和Sul2基因同时检出率为70.89%(56/79),Sul1和Sul3同时检出率为62.03%(49/79),Sul2和Sul3基因同时检出率为77.22%(61/79)。     

黏菌素耐药基因mcr-1 TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立针对黏菌素耐药基因mcr-1的Taq Man-MGB荧光定量PCR检测方法,为监控mcr-1基因携带细菌提供技术支持。【方法】针对mcr-1基因保守序列设计特异性引物和MGB探针,构建重组质粒作为阳性标准品,优化引物、探针浓度及Rox参比染料用量、退火温度等反应条件,建立针对mcr-1基因的Taq Man-MGB荧光定量PCR检测方法,并通过特异性、敏感性、重复性试验及临床应用验证其实用性。【结果】Taq Man-MGB荧光定量PCR最佳反应体系20.00μL:Premix Ex Taq~(TM)10.00μL,Rox参比染料(50×)0.25μL,引物MCR-1F/MCR-1R(10μmol/L)各0.50μL,MCR-1-P探针(10μmol/L)0.50μL,重组质粒pMCR-1(模板)2.00μL,灭菌双蒸水6.25μL。扩增程序:95℃预变性20 s;95℃10 s,60℃20 s,进行40个循环。该检测方法能特异性扩增出mcr-1基因,其检测敏感性为2.85拷贝/μL,是常规PCR的100倍,组内和组间重复性试验的变异系数为0.37%~1.18%,均小于1.20%。采用建立的Taq Man-MGB荧光定量PCR对82株广西鸡源致病性沙门氏菌分离株进行检测,结果未发现有携带mcr-1基因的菌株。【结论】针对mcr-1基因建立的Taq Man-MGB荧光定量PCR检测方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的特点,可用于临床筛查mcr-1基因,为监控mcr-1基因携带细菌提供技术支持。     

牛产气荚膜梭菌荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立特异性强、灵敏度高、重复性好的产气荚膜梭菌荧光定量PCR检测方法，本试验根据产气荚膜梭菌的plc基因保守序列设计合成特异性引物探针，摸索其最佳反应条件，进行灵敏性、特异性、重复性以及临床样本验证。结果表明：建立的方法具有较好的灵敏性、特异性及重复性，最低检出限度为8.26×10¹拷贝/μL，在8.26×10³～8.26×10⁸拷贝/μL的范围内具有良好的线性关系，同时不与其他致病菌发生交叉反应，组间及组内的变异系数均小于4%，应用比方法在采集的300份临床样品中检出24份阳性样品，与常规细菌分离鉴定方法结果符合率为94.12%。说明试验成功建立了牛产气荚膜梭菌荧光定量PCR检测方法，这将为牛产气荚膜梭菌的快速诊断提供技术支持。     

跨膜蛋白39A基因SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立及评价

为建立一种快速检测跨膜蛋白39A(TMEM39A)基因的方法,根据GenBank中登录的不同种属TMEM39A基因序列的保守区域,设计并合成1对荧光定量通用性引物,经过条件优化,建立了检测TMEM39A基因的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。结果显示:标准品模板在3. 937×10~8～3. 937×10~3拷贝·μL~(-1)范围内呈良好的线性关系,R~2可达0. 999;该方法特异性较好,检测灵敏度可达3. 937×10~2拷贝·μL~(-1);组内和组间变异系数均小于1%,具有较高的重复性和稳定性;利用该方法能够检测出不同细胞中的TMEM39A含量,具有种属通用性。该研究方法的建立为临床上提供了一种TMEM39A的快速检测和定量分析技术。     

鲜奶中肠出血性大肠杆菌O157∶H7的定量PCR检测

为建立鲜奶中肠出血性大肠杆菌(Enterohaemorrhagic E.coli,EHEC)O157∶H7的特异性检测方法,以EHEC O157∶H7独有的遗传标志性基因Z0372为靶序列设计引物和探针,以梯度稀释的含有Z0372基因的重组质粒作为标准品进行Taqman荧光定量PCR反应,分析该方法的敏感性、特异性,并检测鲜奶样品以验证Taqman荧光定量PCR实用性和可靠性。结果表明,建立的定量PCR方法在1μl 1×101拷贝至1μl 1×106拷贝之间具有良好的线性关系,相关系数达到0.996,扩增效率112%。该方法的检测灵敏度为1μl 70拷贝,敏感性较高,而且特异性良好,与其他血清型大肠杆菌、沙门氏杆菌和志贺氏菌等易混淆菌株核酸之间没有交叉反应。批间和批内检测的变异系数(RSD)低于2%,表明该方法重复性良好。     

TaqMan–MGB探针荧光定量PCR检测致对虾急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌

根据pir AVp基因保守序列设计特异性引物和TaqMan–MGB探针,经优化反应体系及条件,建立检测致对虾急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌(VpAHPND)的TaqMan–MGB探针荧光定量PCR方法;以重组质粒为标准品制作标准曲线,并进行特异性、敏感性、重复性及临床应用试验。结果表明:该方法定量范围宽,起始模板浓度范围为1×101～1×109拷贝/反应时,标准曲线具良好的线性关系;最低检测限约为10拷贝/反应,与对虾其他病原菌及病毒无交叉反应,重复试验变异系数为0.37%～0.47%,可在1 h内完成单个样品检测;对临床对虾样品及水样的检测结果表明,与世界动物卫生组织(OIE)推荐的套式PCR法相比,可提高VpAHPND的阳性检出率,且检测为阳性的样品包含全部套式PCR法检测为阳性的样品。可见,应用TaqMan–MGB探针建立的检测VpAHPND的荧光定量PCR方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好、能快速定量等优点,可用于临床对虾样品及水样的VpAHPND检测。     

禽坦布苏病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立禽坦布苏病毒(Avian Tembusu virus,ATmV)TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。【方法】根据ATmV非结构蛋白NS1的基因特征,设计特异性的引物和探针,建立基于TaqMan探针检测ATmV的实时荧光定量PCR检测方法,对其特异性、重复性进行检测。用建立的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法和之前建立的RT-PCR方法同时对临床15份疑似ATmV感染的病料进行检测,计算其符合率。【结果】成功建立了检测ATmV的实时荧光定量PCR检测方法,当NS1基因含量为(2.67×102)~(2.67×107)拷贝/μL时有良好的线性扩增,其扩增相关系数为0.998,扩增效率为99.9%。建立的ATmV实时荧光定量PCR检测方法敏感度高,最低检测限为2.67×102拷贝/μL;特异性强,对水禽常见病毒(如Ⅰ型鸭肝炎病毒、新型鸭呼肠孤病毒、禽流感病毒、禽Ⅰ型副粘病毒与番鸭细小病毒等)检测均为阴性;重复性好,组内变异系数和组间变异系数分别为0.39%~1.17%和0.51%~1.82%。对临床送检的15份病料,TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的阳性率为73.33%(11/15),RTPCR方法的阳性率为60.0%(9/15),2种方法的符合率为100.0%。【结论】建立了基于TaqMan探针的ATmV实时荧光定量PCR检测方法,该方法可应用于ATmV感染的早期检测。     

猪圆环病毒2型Taqman探针法实时荧光定量PCR检测方法的建立

猪圆环病毒2型(PCV2)是一种引起仔猪Sus scrofa多系统衰竭综合征、免疫抑制、皮肤肾病综合征等疾病的病原体。根据GenBank中PCV2 ORF1基因序列设计合成特异性引物和探针,以PCV2基因组DNA为模板,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增目的片段,并将目的片段克隆至pMD18-T载体,构建阳性标准品。以阳性标准品为模板,优化荧光定量PCR反应条件,建立标准曲线,进行灵敏性、重复性和特异性验证,并应用此方法对临床样品进行检测。结果表明:阳性质粒标准品构建成功,该检测方法的引物与探针的最佳浓度皆为0.2μmol·L~(-1),线性检测范围为2.1×10~(13)~2.1×10~6拷贝·L~(-1),最低检测限值为8.828×10~6拷贝·L~(-1),且与其他相关疾病无交叉反应;各批次检测变异系数低,检测方法稳定性好。本研究建立的敏感性高、特异性好的实时荧光定量PCR方法,为PCV2的快速检测提供了新工具。     

基于TaqMan-MGB探针的虾肝肠胞虫荧光定量PCR检测方法

【目的】基于TaqMan-MGB探针建立虾肝肠胞虫(EHP)荧光定量PCR检测方法,为EHP的快速定量检测及实时监测提供技术手段。【方法】以EHP的SSU rDNA基因为检测靶基因,在其保守区设计特异性的扩增引物和TaqMan-MGB探针,将PCR扩增目标片段克隆至pMD18-T载体构建重组质粒pMD18-T-SSU~(EHP)(标准品),以标准品DNA为模板优化反应体系,建立检测EHP的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR;以10倍梯度稀释的标准品DNA为模板构建扩增标准曲线,并进行特异性、敏感性、重复性及临床应用试验。【结果】制备的重组质粒pMD18-T-SSU~(EHP )DNA稳定性好,可满足作为标准品和阳性对照的要求;标准品(pMD18-T-SSU~(EHP))起始模板范围为2.0×10~1～2.0×10~9拷贝/反应时,建立的标准曲线线性关系良好,对应的线性回归方程为y=-3.232×lg(x)+39.51。基于TaqMan-MGB探针建立的EHP荧光定量PCR对标准品的检测灵敏度可达20拷贝/反应,对临床虾样品EHP的检测灵敏度约10拷贝/mg,较农业农村部推荐的套式PCR约提高10倍;对虾类其他常见病原均无扩增反应,其组内和组间变异系数分别为0.26%～0.72%和0.56%～0.92%,整个检测过程可在1 h内完成。采用建立的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR与套式PCR同时对276份临床虾样品进行检测比较,发现两种方法的符合率为96.7%,检测低拷贝数虾样品时前者具有更高的灵敏度;2018和2019年广西虾样品的EHP阳性检出率分别为16.2%和30.6%。【结论】基于TaqMan-MGB探针建立的EHP荧光定量PCR检测方法具有特异性强、灵敏度高、重复性好、定量范围宽及简单快速等优点,适用于虾类样品的EHP定量检测,可为EHP实时监测及EHPD快速诊断提供一种新的技术手段。     

临床分离大肠杆菌磺胺敏感性及磺胺抗性相关基因的检测

对分离自中国东北牛(n=181)、猪(n=182)、鸡(n=146)和鹌鹑(n=55)的粪便及病变器官的564株大肠杆菌菌株进行磺胺敏感性与磺胺抗性基因检测。分别用肉汤微量稀释法和聚合酶链式反应检测磺胺敏感性和磺胺抗性基因。结果表明:在564株菌株中,235(41.7%)株对磺胺试剂敏感,329(58.3%)株对磺胺甲恶唑有抗性,190(33.7%)株对甲氧苄啶-磺胺甲恶唑有抗性;不同动物分离株的磺胺抗性比例不同,从牛、猪、鸡和鹌鹑中分离到的菌株int1基因的比例分别是12.2%、44.5%、40.4%、18.2%,sul1基因比例分别是5.5%、37.4%、28.1%、3.6%,sul2基因比例分别是39.2%、25.3%、29.5%、10.9%,但在牛、鸡、鹌鹑源菌株中未检测到sul3基因,在182株猪源大肠杆菌中检测到13株(7.1%)sul3基因阳性菌株。菌株的磺胺抗性与其包含的抗性基因之间不完全吻合。     

上海凡纳滨对虾源副溶血弧菌耐药性及其耐药基因检测分析

【目的】掌握上海地区养殖凡纳滨对虾源副溶血弧菌的耐药性及耐药基因携带情况,并明确耐药表型与耐药基因间的相关性,为科学防控凡纳滨对虾副溶血弧菌病及揭示耐药机制提供理论依据。【方法】通过K-B纸片扩散法检测21株上海凡纳滨对虾源副溶血弧菌对14种常见抗生素的敏感性,采用二倍稀释法测定高度敏感抗生素对副溶血弧菌的最小抑菌浓度（MIC）和最小杀菌浓度（MBC）,并以PCR检测其耐药基因的携带情况,包括β-内酰胺类耐药基因blaTEM和blaCARB、磺胺类耐药基因Sul II和Sul III、氨基糖苷类耐药基因strA和str B、四环素类耐药基因tetA及I类整合子inT1基因。【结果】21株上海凡纳滨对虾源副溶血弧菌对14种常见抗生素表现出不同程度的多重耐药性,六重耐药1株（4.76%）,五重耐药3株（14.29%）,四重耐药5株（23.81%）,三重耐药8株（38.10%）,二重耐药4株（19.05%）;AMP/PG/SMX和PG/SMX为优势耐药菌谱。上海凡纳滨对虾源副溶血弧菌对恩诺沙星的敏感率最高（90.48%）,对应的MIC为0.10~1.60μg/mL、MBC为3.20~12.80μg/mL。blaTEM、blaCARB、Sul II、Sul III、str B和inT1等耐药基因的检出率分别为23.81%、71.43%、33.33%、19.05%、9.52%和23.81%,未检测出strA和tetA基因。从21株上海凡纳滨对虾源副溶血弧菌中共检出11种耐药基因型,其优势耐药基因型有blaCARB（28.57%）、blaCARB-blaTEM（14.29%）、blaCARB-Sul II（14.29%）和Sul III-inT1（9.52%）。除str A基因和tetA基因外,其余耐药基因与其对应抗生素耐药表型间均存在相关性,但其相关性不显著（P>0.05）。【结论】上海凡纳滨对虾源副溶血弧菌对14种常见抗生素表现出不同程度的敏感性,对恩诺沙星的敏感性最高,故可考虑将恩诺沙星作为上海地区凡纳滨对虾副溶血弧菌病防控的备选药物。此外,针对对虾源副溶血弧菌日趋严重的多重耐药问题,应同时加强副溶血弧菌耐药基因及整合子携带情况的监测,掌握其流行趋势,以提高对虾副溶血弧菌病的防控策略。     

食源性大肠杆菌的PCR检测

为了将PCR技术更好地应用于食品安全检测，利用多重PCR对大肠杆菌uidA基因和7种毒理基因进行扩增，并对人为污染大肠杆菌的水和牛奶进行普通和实时定量PCR限度检测。结果发现，2组多重PCR反应即可完成uidA和7种毒理基因的检测；普通PCR和实时定量PCR检测限度相同，对人为污染水检测限度为2.8×10 cfu/mL， 对人为污染牛奶的检测限度为2.8×10⁴ cfu/mL。     

锦鲤疱疹病毒潜伏感染实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种特异和敏感的检测锦鲤疱疹病毒(koi herpesvirus,KHV)潜伏感染的方法,以KHV Sph基因为靶序列设计特异性引物,通过条件优化建立Real–Time PCR检测方法,并且对该方法进行特异性和敏感性评估及临床样品应用研究。结果显示:建立的方法与鲤痘疱疹病毒、金鱼造血器官坏死病病毒和鳗鲡疱疹病毒均无交叉反应,特异性强;最低检出率为42拷贝/μL,灵敏度高。用本方法对63份临床样品进行检测,有锦鲤疱疹病毒病(KHVD)病史的18份样品的检测结果全为阳性,阳性率为100%;从有临床症状的鱼中得到的15份样品的检测结果全为阳性,阳性率为100%;30份无任何临床症状鱼中的6份被检测为阳性,阳性率为20%。本试验中建立的水生动物疱疹病毒潜伏感染快速检测方法,可为潜伏感染KHV的临床检测提供一种快速、敏感和特异的检测手段,可为KHVD的分子流行病学调查和预防提供参考。     

罗氏沼虾野田村病毒和十足目虹彩病毒1二重荧光定量PCR检测方法的建立及应用

【目的】建立能同时检测罗氏沼虾野田村病毒（MrNV）和十足目虹彩病毒1（DIV1）的二重荧光定量PCR,为罗氏沼虾白尾病（WTD）及虹彩病毒病（DIV1D）的临床诊断和疫情监测提供更简便和高效的检测方法。【方法】分别根据MrNV-CP基因和DIV1-MCP基因的保守序列设计特异性引物和TaqMan-MGB探针,将目的基...     

鸡源致病性大肠杆菌对四环素类抗生素耐药性及耐药基因检测

为更好地了解鸡源致病性大肠杆菌对四环素类抗生素的耐药性及耐药基因分布,从陕西省部分规模化养鸡场的病、死鸡中经分离鉴定得到158株致病性大肠杆菌。采用K-B药敏纸片法检测致病性大肠杆菌分离株对4种四环素类药物的药敏性,PCR方法检测3种四环素类耐药基因,用DNAStar软件对获得的耐药基因序列与GenBank中的相关序列进行比对。结果显示,鸡源致病性E.coli分离株对四环素、金霉素、土霉素以及多西环素的耐药率分别为88.6%、77.2%、87.3%、50.6%,3重以上耐药菌株占78.5%。四环素类耐药基因tetA、tetB的检出率分别为81.4%、20.7%,未检测到tetC基因。结果表明,鸡源致病性E.coli对四环素类抗生素普遍具有耐药性,且以多重耐药为主;耐药基因tetA的检出率与其耐药性呈正相关。     

中国马铃薯疮痂病菌快速PCR检测技术

【目的】马铃薯疮痂病菌具有明显的组成多样性,通过筛选不同疮痂病菌的通用探针引物,建立针对该类病原菌的定性检测方法。【方法】以目前中国存在的不同致病种的代表菌株CPS-1（Streptomyces scabies）、CPS-2（S. galilaeus）、CPS-3（S. acidiscabies）、CPS-4（S. turgidiscabies）为材料,根据NCBI GenBank中已登记的疮痂病菌特有毒素合成基因簇中的基因txtA、txtB、txtC（P450）、txtD（nos）等序列设计引物,对不同菌株的基因组扩增,选择特异性和稳定性较高的引物作为探针引物,经温度梯度筛选优化反应体系后建立成熟的检测技术。【结果】获得的通用检测引物B1/B2对所有致病菌株均表现较好的特异性,可稳定扩出目的条带,而非致病菌株均无条带。利用孢子稀释法验证建立的检测方法对菌株DNA的灵敏度为20 pg•μL-1,对孢子的检测阈值约为4.0 CFU/μL。对测试样品基因组扩增结果表明,疮痂病原链霉菌、病薯样品组织、病田土样均检测到目的条带,而非疮痂病原链霉菌、健康薯块组织、非病田土样和其它菌株均未扩出目的条带,说明该方法的特异性较好。【结论】建立了马铃薯疮痂病菌的定性检测方法,可实现对菌株、病组织和土壤样品的快速检测。     

鳄鱼源气单胞菌的毒力基因与耐药特性分析

对海南地区患病暹罗鳄（Crocodylus siamensis）体内分离出的10株气单胞菌(5株嗜水气单胞菌、3株达卡气单胞菌、1株简达气单胞菌和1株维氏气单胞菌)进行了毒力基因、耐药基因的检测以及抗生素药物敏感性试验。结果表明:气溶素、肠毒素、蛋白酶等基因检出率较高，其中，lip和ela 2种毒力基因检出率高达100%；喹诺酮类、四环素类、磺胺类、β?内酰胺类、氨基糖苷类耐药基因检出率大于50%；气单胞菌对喹诺酮类抗生素、四环素类抗生素、氨基糖苷类抗生素、氯霉素类和碳青霉烯类抗生素的敏感率较高，而对于β?内酰胺类抗生素、磺胺类抗生素和糖肽类抗生素耐药率较高。     

番茄种质资源黄化曲叶病毒病抗性的鉴定与评价

鉴于目前商业番茄品种黄化曲叶病毒病抗性难以甄别,对86份番茄种质的番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)抗性基因进行PCR检测并进行田间抗病性鉴定。结果表明,目前抗TYLCV番茄种质抗性基因主要是Ty-1/ty-1和Ty-1/ty-1+Ty-3a/ty-3,2种类型抗病种质(19份、23份)分别占总抗病种质(61份)的31.15%和37.70%。在仅含有Ty-1基因的25个番茄种质中,有80.00%田间表现抗病,而同时含有Ty-1和Ty-3a 2个基因的26个番茄种质中,田间抗病率达100%,说明抗性基因具有累加效应。通过抗性基因PCR方式进行抗病检测,准确率达到81.40%。同时推荐了M-17号、达丽等25份抗TYLCV番茄优良品种。     

山羊痘病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank中山羊痘病毒(AY077835)gp063基因DNA序列,应用Beacon Designer 7.0软件,设计合成1对引物和1条TaqMan探针,同时制备含有靶DNA序列的pEASY-T1重组质粒标准品。通过引物、探针浓度的筛选及反应条件的优化,建立了山羊痘病毒TaqMan法实时荧光定量PCR。该方法组内和组间重复试验变异系数均低于2%,最低浓度检测极限值为1×100copies/μL,上机检测时间少于40 min。运用该方法对不同时期流行于云南局部的山羊痘临床组织病料进行定量检测,生成的标准曲线斜率(Slope)为-3.36,截距(Intercept)为41.08,相关系数(R2)为0.999 989,阳性对照及送检样品抽提DNA中病毒含量依次为:P(TK)2.70×105copies/μL,华坪(HP)毒株1.45×106copies/μL,景谷(JG)毒株5.12×105copies/μL,保山(BS)毒株2.96×105copies/μL,宣威(XW)毒株1.86×105copies/μL,永胜(YS)毒株1.36×103copies/μL。结果表明:所建立方法具有灵敏、特异、安全、快速的特点,适合于山羊痘的早期检测。