房山区4种动物源性成分PCR检测试验

本研究利用牛、羊、猪、鸡线粒体mtDNA中保守序列16s rRNA，设计一对动物的通用引物，检测了含有动物源性成分的样品，同时设计了针对牛、羊、猪、鸡mtDNA中的保守序列，选择4对特异性引物，扩增得到目的片段大小分别为271 bp、274 bp、212 bp和266 bp。利用通用引物，优化了PCR反应体系及其反应条件，建立了从未知样品中快速获取动物源性成分检测的PCR方法；利用牛、羊、猪、鸡特异性引物，建立了PCR方法快速鉴定牛、羊、猪、鸡这4种动物源性成分的方法。     

肉中猪源性成分Real-time PCR定量检测技术

【目的】建立一种快速、准确的肉中猪源性成分定量检测方法。【方法】首先从GenBank数据库中筛选猪特异性的微卫星DNA，根据微卫星DNA核酸序列设计引物，对常见10种动物基因组DNA进行PCR扩增，通过有无扩增产物判断筛选的微卫星DNA对猪源性成分的特异性。然后根据微卫星DNA核酸序列，设计特异性引物和探针，建立猪源性成分Real-time PCR检测方法，采用双标准曲线分别对猪源性成分和总动物源性成分进行定量，计算猪源性成分的百分含量。【结果】筛选到猪特异性微卫星DNA（Accession EF172428），根据其序列设计的引物SEQ-sus2-F/R只能从猪基因组DNA中扩增出目的条带，其他动物的基因组均无目的条带扩增。建立的Real-time PCR检测方法灵敏度为0.02 ng/25 μL反应体系。该方法能够准确检测出混合DNA样品中猪源性成分和混合肉样品中猪源性成分，百分误差分别约为1.32%和1.06%—7.12%。【结论】本研究利用Real-time PCR技术建立的定量猪源性成分的检测方法可以用来检测猪源性成分在混合样品中的百分含量。     

3种动物性食品的分子生物学鉴定方法研究

【目的】建立一种快速、高效、准确的动物源性食品材质的鉴定方法。【方法】采用PCR方法扩增猪、羊、牛动物组织mtDNA的COⅠ基因,对PCR扩增片段进行测序并构建系统发生树;以HinfⅠ酶为内切酶,对3种样品的COⅠ基因进行聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析。【结果】对测序结果进行多重序列比对发现,猪、羊、牛COⅠ基因的碱基差异为19.0%~25.9%,物种内的碱基差异仅为0.1%~1.6%。猪、羊、牛COⅠ基因PCR扩增片段经HinfⅠ酶切后的长度依次为40,411,449 bp;144,376,381 bp和46,377,479 bp,限制性片段长度具有物种特异性。【结论】COⅠ基因的序列及PCR-RFLP分析,可用于猪、牛、羊动物源性食品的材质鉴定。     

同步检测动物源性成分的四重PCR的条件优化和检出限分析

为建立肉制品中牛、羊、猪、鸡动物源性成分的快速高效多重PCR检测方法,利用4对牛、羊、猪和鸡源特异性PCR引物(靶基因序列来源于线粒体基因组)对多重PCR反应条件进行优化,并确定该检测方法的检出限。结果表明:四重PCR方法最佳反应条件为牛、羊、猪、鸡源特异性引物浓度分别为0.16μmol∕L、0.40μmol∕L、0.16μmol∕L、0.16μmol∕L,退火温度58℃,退火时间45 s,循环次数40。在最佳反应条件下,所建立的牛、羊、猪和鸡4种动物源性成分四重PCR的g DNA检出限为25 pg。应用优化后的四重PCR方法对20份市售肉制品样本进行盲样检测,验证鉴别方法的准确性,结果与现行标准的检测结果一致,掺假率达45%。本试验为该4种动物源性成分的快速检测提供了技术支撑。     

基于多重PCR技术同时检测肉制品中6种动物源性成分

为建立一种检测肉制品中6种动物源性成分(牛、羊、鸡、猪、鸭和驴等)的多重PCR方法,比较了3种DNA提取方法,设计筛选了6对引物并对其特异性进行验证,同时对影响多重PCR扩增效率的因素(引物比例、退火温度和镁离子浓度等)进行优化。结果表明:试剂盒法为最佳的DNA提取方法;多重PCR法最优反应条件:引物比例为牛∕羊∕鸡∕鸭∕猪∕驴=2∕1∕1∕0.5∕1∕1,退火温度为58.6℃,镁离子浓度为3 mmol∕L,各动物源性成分DNA最低检出限为0.1 ng。该方法具有特异性强、灵敏度高、简单快捷等优点,可用于肉制品中6种动物源性成分的同时检测。     

基于TaqMan PCR鉴定猪源性成分的引物和探针研发

为了研发具有自主知识产权的猪源性成分检测的引物和探针,比对猪、牛、羊、马、鸡、鸭、兔、鹅等8种动物的线粒体基因组,筛选并设计猪特异性的引物和探针组合进行荧光定量PCR。研究结果表明,所研发的猪源性成分检测的引物和探针仅对猪相关DNA模板有典型扩增曲线,对其他动物来源的DNA模板无扩增,具有高度的猪源性特异性。灵敏度实验表明,利用此引物和探针的检测方法具有高度的灵敏度,可达1 pg级。肉制品中猪源性定量检测实验说明此方法具有较好的定量检测能力。此引物和探针组合适用于猪源性食品和农畜产品的检验检测。     

食品中4种肉类成分多重PCR的快速鉴别方法

【目的】建立快速可靠的用于食品中4种肉类（猪肉、牛肉、羊肉和鸡肉）成分快速鉴别的通用引物多重PCR（universal primers-multiplex PCR,UP-M-PCR）方法。【方法】使用DNeasy试剂盒提取法、SDS-蛋白酶K法和CTAB-蛋白酶K法分别提取肉类中总DNA,通过比较提取效率和纯度,确定提取肉类中总DNA的方法;基于动物线粒体细胞色素b基因的差异性位点,设计两组各5条长度不同的多重PCR引物,建立并优化多重PCR反应体系,通过电泳检测扩增产物分子量差异实现4种肉类的快速鉴别;应用优化的多重PCR方法对80份市售食品样本进行盲样检测,验证鉴别方法的准确性。【结果】SDS-蛋白酶K法与DNeasy试剂盒提取法的DNA效率显著优于CTAB-蛋白酶K法;在优化的反应条件下,选择特异性高、序列较长的多重PCR引物可有效地进行食品中猪、牛、羊和鸡源性成分的快速鉴定,检测灵敏度达到皮克级DNA;对市售食品样本的鉴别验证了方法的实用价值。【结论】多重PCR方法精确稳定,可用于食品中多种动物源性成分的快速鉴别。     

肉制品中羊源性成分PCR检测方法的建立及其应用

根据羊特异性线粒体DNA片段,设计合成一对引物,并以生、熟羊肉为材料,建立了肉制品中羊源性成分的PCR检测方法,并用于生、熟羊肉的鉴定。PCR扩增产物DNA片段大小为295 bp。用Sau3AⅠ限制性内切酶进行酶切鉴定,酶切产物为204 bp和91 bp。PCR产物和酶切产物的片段大小与预期目标相符,其检测灵敏度达到0.225 pg DNA。合成的羊源性DNA引物可以扩增出羊肉的目的 DNA片段,而对马、狗、驴、兔和猪等14种动物DNA无扩增效果。利用该法对83份羊肉制品进行鉴定,检出率为100%。结果表明,该法快速简便,且具有较高的特异性和敏感性,可用于市售牛肉制品中牛源性成分的鉴定。     

利用通用引物检测天然宠物饲料中的动物源性成分

[目的]为天然宠物饲料的快速筛查和种类鉴定提供有效的技术支持.[方法]根据动物线粒体细胞色素b基因序列,设计1对通用引物,建立动物源性成分的检测方法.[结果]通过设计并合成通用引物、优化PCR反应体系及其条件,建立了1种检测样品中动物源性成分的简便、快速PCR方法.该检测方法灵敏度高,最低检测限可达0.001％.[结论]该检测方法操作简便、结果准确、灵敏度高,可作为天然宠物饲料中动物源性成分的鉴定方法之一.     

7对猪源性成分检测相关引物的特异性评测

为了评测物种鉴定PCR体系的特异性及其影响因素,实验对猪源性成分鉴定相关的7对引物就退火温度、镁离子浓度和不同Taq酶的影响进行了研究。结果表明,退火温度和镁离子浓度对PCR特异性有着重要影响,而其中2对引物优化后仍与鼠、兔、牛、羊、鸡和鸭有非特异性扩增。不同的Taq酶对引物特异性也有重要影响,本实验中r Taq酶在7对引物PCR体系中特异性最佳。通过对引物体系的优化和选择不同的Taq酶,可以有效提高特异性,减少非特异性扩增,为建立物种鉴定的PCR体系及多重PCR提供了基础。     

Development and Application of a PCR Approach for Detection of Bovis, Sheep, Pig, and Chicken Derived Materials in Feedstuff

A PCR method for detection of bovis, sheep, pig, and chicken derived materials in feedstuff was established, and the existing method was improved according to the research on general primer and species-specific primers. First, general primer designed according to 16S rRNA gene sequence of hovis, sheep, pig, chicken, fish, and horse mtDNA was used for primary detection of animal derived materials in feedstuff. Species-specific primers designed according to conserved sequence of mtDNA of bovis, sheep, pig, and chicken were used for amplification of a 271,274, 149, and 266 bp fragment, respectively. Further confirmation of the detection result was then carried out. PCR method for detection of animal derived materials in unknown feedstuff was developed by using general primer, relevant PCR system, and PCR condition. Also a PCR method for detection of each species （bovines, sheep, pig, and chicken） was designed by using our speciesspecific primers. High sensitivity and specificity of our method were confirmed with a minimum detection level of 0.1%. Method for detection of animal derived materials in this research is not only cheap and easy for operation but also precise and reliable results can be obtained. It could be one of the effective methods for the detection of animal derived materials in feedstuff.     

三重PCR检测草莓灰霉病菌、炭疽病菌和黄萎病菌

【目的】探索和优化检测条件,建立同时检测草莓灰霉病菌Botrytiscinerea,炭疽病菌Colletotrichum gloeosporioides和黄萎病菌Verticillium dahliae的三重PCR检测体系,为3种病害的早期快速诊断和鉴定提供技术和方法。【方法】选择可以组合的3种病原菌特异引物,研究多重PCR的影响因素,优化PCR退火温度,采用正交试验方法,以3个引物组、TaqDNA聚合酶、dNTP和Mg2+六因素三水平优化多重PCR体系。【结果】建立并验证适合上述草莓主要病原菌的三重PCR最佳检测体系,可分别扩增出729、539和450bp的特异条带,最适退火温度为50℃,25μL的反应体系中含有0.32μmol·L-1C729+/-、0.032μmol·L-1DB19/DB22、0.32μmol·L-1CgInt/ITS4、1.5UTaq聚合酶、0.15mmol·L-1dNTP、1.6mmol·L-1MgCl2。【结论】利用上述引物组合和反应体系进行三重PCR检测,能够快速从田间发病植株和土壤中将草莓灰霉病菌、草莓炭疽病菌和草莓黄萎病菌检测出来,灵敏度可以达到10pg菌丝DNA。     

含有扩增内标的食品中猪肉和鸡肉成分Taqman探针实时荧光PCR检测方法的建立

【目的】建立含有扩增内标（IAC,Internal amplification control）的用于食品中猪肉和鸡肉成分鉴别的Taqman探针实时荧光PCR检测方法。【方法】分别基于猪的beta actin 基因和鸡的transforming growth factor 基因设计引物和探针;考察引物和探针的特异性与灵敏度;设计并构建扩增内标,优化体系中扩增内标浓度,建立内标实时荧光PCR体系;使用该检测体系对鲜肉和熟肉来源的DNA模板进行检测评价;应用该体系对市售38份样本进行盲样检测。【结果】含有扩增内标的Taqman探针实时荧光PCR体系能有效地进行食品中猪肉和鸡肉成分的快速检测,非目标物种在40个循环内均无出现扩增,检出限均为0.5 ng DNA;该体系对鲜肉和熟肉来源的DNA模板检测无显著差异;对市售食品样本的鉴别验证了方法的实用价值。【结论】该方法准确稳定,可用于食品中猪肉和鸡肉成分的快速检测。     

牛分枝杆菌SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立一种检测牛分枝杆菌的SYBR Green I 实时荧光定量PCR,为防控牛结核病提供技术支持。【方法】根据牛分枝杆菌特异性基因序列（No. MBU87961,gi9954088）设计合成一对扩增牛分枝杆菌的特异性引物,从引物设计、各成分配比、样品采集及样品DNA提取等方面进行优化,并对建立的方法进行标准曲线、溶解曲线分析及特异性、敏感性、重复性、临床样品检验试验。【结果】牛分枝杆菌SYBR Green I实时荧光定量PCR的检测模板范围为1.0×109～1.0×10拷贝/μL时,其标准曲线呈良好的线性关系,溶解曲线表现为单一波峰,Tm值为86.48～86.65℃。SYBR Green I实时荧光定量PCR的牛型分枝杆菌扩增结果为阳性,其他参试菌株均为阴性;可检测出10拷贝/μL的牛分枝杆菌DNA,敏感性是常规PCR的100倍;Ct值变异系数小于5%,重复性好;对50份PPD检测为阳性的牛鼻黏液、牛奶和淋巴结进行检测,其结果与常规PCR检测结果一致。【结论】建立的SYBR Green I实时荧光定量PCR具有快速、便捷、准确等优点,适合于牛分枝杆菌的鉴别诊断。     

应用PCR法检测向日葵茎溃疡病菌的研究

【目的】设计出向日葵茎溃疡病菌(Phomopsis helianthi M.Muntanola-Cvetkovic)的特异性引物,建立该病菌PCR快速检测方法。【方法】用真菌通用引物ITS4/ITS5对向日葵茎溃疡病菌进行PCR扩增,将扩增产物进行克隆、酶切分析和测序,用DNAMAN软件设计出检测该病菌的特异性引物PHDF1和PHDF2,优化PCR反应体系。【结果】PCR反应体系为:25 mM MgCl22.4μL,10 mM dNTP 0.3μL,10 uM引物各1.5μL,模板7ng,最佳退火温度61.6℃,建立了该病菌PCR检测方法。【结论】应用该方法检测供试的13个菌株,该对引物可以准确的将向日葵茎溃疡病菌与其他拟茎点霉属的真菌区分开来,该病菌的PCR扩增片段为326 bp。     

稻蝗属特异性SCAR分子标记的鉴定

【目的】研究稻蝗属特异性DNA分子标记,为稻蝗属物种的分类鉴定提供快速有效的分子检测方法。【方法】基于稻蝗属物种及其近缘属种的大量RAPD-PCR结果,筛选出稻蝗属物种特异性的RAPD条带,对该特异RAPD条带进行克隆、测序。基于所测序列设计特异引物,以稻蝗属不同物种和蝗总科其它物种基因组DNA为模板进行PCR扩增。【结果】随机引物S823可在稻蝗属不同物种扩增出约650bp的RAPD条带,经对该条带的克隆、测序,发现在3个受试的稻蝗属物种中序列同源度达92.3%—96.6%,序列G+C含量大于15%,并富含大量的A、T重复区;基于已知序列设计的特异引物对稻蝗属7个物种可以扩增出目的条带(550bp),而对赤胫伪稻蝗及蝗总科其它物种均无扩增条带。【结论】鉴定了稻蝗属特异的RAPD条带,基于该条带序列设计的特异引物可用于稻蝗属物种的快速分子鉴定。     

对辣椒抗性基因Me3表现毒性的南方根结线虫 群体的SCAR分子标记

【目的】研究南方根结线虫（Meloidogyne incognita）Me3毒性变异群体的分子标记,用快速有效的分子方法来鉴定毒性变异的发生。【方法】以南方根结线虫的无毒群体以及抗性基因Me3毒性群体为材料,用根据南方根结线虫基因组设计的100对引物和19对来自文献的引物进行扩增,筛选出在3个种群中扩增的差异条带,设计SCAR引物,并建立多重PCR反应体系。【结果】得到了7对能在3个群体稳定扩增出差异条带的多态性引物,把其中的2个位点开发为SCAR标记,能够区分开3个线虫群体。多重PCR反应体系在无毒群体和Me3毒性群体中分别扩增出1条999 bp和1条629 bp的条带,在混合群体扩增出999和629 bp的2条带。【结论】成功开发了对Me3表现毒性的南方根结线虫变异群体的分子标记,可用多重PCR体系一次性鉴定Me3毒性变异的发生。     

细胞和病毒活疫苗中支原体污染的PCR检测方法建立与应用

【目的】在生物学研究及生物制品生产中易发生支原体污染,针对我国当前支原体检验方法在时效性和敏感性上的不足,建立一种简便快速、特异敏感的支原体检验PCR方法。【方法】从SILVA数据库下载包含全部细菌、古菌和真菌的核糖体rRNA小亚基（16S/18S, SSU）参考序列的库文件SILVA_123_SSURef,从中提取全部支原体序列,经去重复后得到181条（种）支原体（包括139个已分类的单一种类和42个未分类的支原体）的16S rRNA序列,经比对后选取高变区V6到V9为检测目标区段,设计筛选出表现最佳的检测引物,建立检测支原体的通用PCR方法。选取12种常见的支原体或2种甾原体作为待检样品对该PCR方法进行检测范围验证;取6种不同动物来源的常用传代细胞和3种常见细菌进行特异性验证;选取了5种最常见的支原体和1种甾原体进行敏感性试验;并将其与经典培养法一同对17批（种）动物病毒活疫苗（分别用于6种动物）和24份8种细胞培养物样本进行对比检测以评价其实际应用效果。【结果】建立了一种通用的支原体PCR检测方法,检测引物由2条上游引物（5′-GCAAARCTATRGARAYATAGYVGAG-3′和5′-GCAAAGGCTTAGAAATAAGTTCGGAG-3′）和1条下游引物（5′- CCARCTCYCATRGTKTGACGG-3′）组成,引物配比为3﹕1﹕4,最佳退火温度为56℃。采用该PCR方法对14个较常见的支原体种类进行检测,结果均能扩增出396—413 bp大小的特异性条带,表明该方法的检测范围符合检测要求;对6种动物传代细胞和3种常见细菌进行检测,结果均未扩增出特异性条带,表明其特异性良好;灵敏度测定结果表明该PCR方法的检测下限可达20—200 CCU的活菌,对应的核酸为1.5—15.0 pg;对共计17批病毒活疫苗和24份细胞样品的检测结果与培养法检测结果基本一致,表明本研究建立的支原体PCR检测方法与培养法有很好的一致性,而且敏感性更高。【结论】建立的支原体PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好、简单快速,为细胞及病毒活疫苗中可能的支原体污染提供了一种准确可靠的快速检测方法。     

一种适合扩增枣基因片段侧翼序列的SON-PCR技术

 【目的】建立一种适合枣相关基因侧翼序列延伸的SON-PCR技术。【方法】在原有SON-PCR基础上进行改进,将原有SON-PCR第2轮两段式反应改进为两步式,即第2轮首先加入单引物进行单侧嵌套引物引发5′端进行选择扩增,然后以第1步产物为模板,以少量的第1轮引物和第2轮引物进行特异性扩增,使特异性和效率进一步加强;将原来第2轮扩增模板浓度调整至10 ng?μL-1左右,以适合枣相关基因侧翼序列扩增。【结果】利用该体系对‘骏枣’1条626 bp的片段进行了侧翼序列扩增,获得了1条934 bp的编码富含亮氨酸重复序列的相关片段;同时以其它2条枣基因片段为起始序列进行了侧翼序列扩增,进一步验证了此技术的通用性。【结论】建立了一种能够快速、高效地扩增枣基因片段侧翼序列的SON-PCR技术。